... Phân tích gen mức độ ADN protein A) Ở mức độ ADN Trìnhtự toàn gen HP1125 vừa giải mã so sánh với gen tương ứng chủng nước chương trình Blast Nhìn chung, gen Việt nam có tương đồng cao với gen tương ... Hultman (6a) Phân tích trìnhtự đoạn ADN: Chương trình Blast trang Web sử dụng để phân tích trìnhtự protein cuar gen KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN Khuếch đại gen HP1125 phương pháp PCR Toàn gen HP1125 khuyếch ... đại gen HP1125 phương pháp PCR M Thang chuẩn ADN 100 cặp bazơ Sản phẩm PCR có kích thướckhoảng 540 cặp bazo kiểm tra phương pháp điện di Kết giảitrìnhtự Sản phẩm PCR, sau làm giảitrìnhtự trực...
... Phân tích gen mức độ ADN protein A) Ở mức độ ADN Trìnhtự toàn gen HP1125 vừa giải mã so sánh với gen tương ứng chủng nước chương trình Blast Nhìn chung, gen Việt nam có tương đồng cao với gen tương ... Hultman (6a) Phân tích trìnhtự đoạn ADN: Chương trình Blast trang Web sử dụng để phân tích trìnhtự protein cuar gen KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN Khuếch đại gen HP1125 phương pháp PCR Toàn gen HP1125 khuyếch ... đại gen HP1125 phương pháp PCR M Thang chuẩn ADN 100 cặp bazơ Sản phẩm PCR có kích thướckhoảng 540 cặp bazo kiểm tra phương pháp điện di Kết giảitrìnhtự Sản phẩm PCR, sau làm giảitrìnhtự trực...
... chương trình tin – sinh h c ng d ng nghiên c u x lý, phân tích so sánh chu i gen thu nh n - Chương trình so sánh phân tích chu i gen GeneDoc m t chương trình Nicholas Nicholas (1997) [48] l p trình ... ngu n gen 2.3.6 Gi i trình t x lý chu i gen 2.3.6.1 Gi i trình t DNA 2.3.6.2 Tinh s ch s n ph m c a ph n ng gi i trình t 2.3.6.3 Thu nh n, x lý phân tích d li u chu i gen ... c) Ghi chú: ñ dài gen h gen tính b ng bp; 5’UTR 3’UTR: ph n không mã hóa ñ u cu i h gen; Lelystad: ch ng ñ i di n dòng châu Âu (genotype I); VR-2332: ch ng ñ i di n dòng B c M (genotype II); GD*:...
... Các phương pháp giảitrìnhtựgen Có phương pháp chính: Phương pháp hoá học Maxam Gilbert: phương pháp sử dụng để xác định trìnhtựgen không đựơc sử dụng phổ biến Phương ... phương pháp cải tiến Tạo điều kiện thuận lợi cho việc tự động hoá Giảm giá thành phản ứng Tăng tốc độ phản ứng => Nhiều trung tâm giảitrìnhtựgen sử dụng phương pháp họ đọc hàng triệu bp ngày ... dTTP ddTTP C T A G Đoạn ADN cần giảitrìnhtự Mồi Sequencing .CCTATGGAATGC- ống phản ứng A * * ** * phản ứng C ống * ** ống phản ứng G * * ống phản ứng T ** Phóng xạ tự ghi sợi AND đơn tổng hợp ống...
... Thịnh NỘI DUNG Khái niệm giảitrìnhtựgen ý nghĩa GTTG Phương pháp giảitrìnhtự gen: 2.1 Phương pháp Maxam – Gilbert 2.2 Phương pháp Sanger 2.3 Phương pháp giảitrìnhtựgentự động So sánh phương ... giảitrìnhtựgentự động Bước 1: Chuẩn bị (DNA khuôn, dNTP ddNTP có gắn màu quỳnh quang, enzyme, mồi…) Bước 2: Nhân DNA PCR Bước 3: Nạp sản phẩm PCR vào máy giảitrìnhtựgen chạy máy giảitrình ... phát màu, màu ứng với nucleotide hiển thị đỉnh 2.3 Phương pháp giảitrìnhtựgentự động Đọc kết 2.3 Phương pháp giảitrìnhtựgentự động ABI Automated Sequencers (contd.) ABI 310 Capillary ABI...
... ADN đợc xử lý vào máy giảitrìnhtựgen để đọc tự động trìnhtự nucleotide FliC Có thể đọc sợi đọc đồng thời hai sợi để tăng độ xác trìnhtự đợc đọc Kết trìnhgiảitrìnhtựgen FliC đợc lu máy ... paratyphi B GenBank (http: //www ncbi nlm nih gov) 27 TCNCYH phụ 32 (6) - 2004 Các gen FliC Salmonella khác đợc giảitrìnhtự so sánh với để tìm vùng đặc trng cho loài, FliC - a gen FliC Salmonella ... loại có ngân hàng gen (GenBank, www ncbi nlm nih gov) đợc đăng ký công bố thức với số truy cập AY657000 AY657001 Sau xin giới thiệu gen FliC Salmonella paratyphi B (Hình 1) Hình Gen FliC - b Salmonella...
... dụng kỹ thuật PCR khuyếch đại vùng 16S – 23S rDNA ITS làm vật liệu giảitrìnhtựgen hrpF đặc trƣng vi khuẩn gây bệnh Do hạn chế phƣơng pháp giảitrìnhtựgen không mang lại kết Tuy nhiên, kết ... tác nhân gây bệnh đốm cải Tp HCM phƣơng pháp PCR giảitrìnhtự vùng 16S – 23S rDNA” Đề tài phần chƣơng trình nghiên cứu bệnh vi khuẩn họ thập tự Bộ môn Bảo Vệ Thực Vật, Đại Học Nông Lâm Tp HCM ... đại vùng 16S – 23S rDNA 1: CC1, 2: CC2, 3: CC3, 4: Ladder 1,5kb, 5: HM1, 6: HM2, 7: Q12-1, 8: DC Sản phẩm PCR đƣợc tinh đọc trìnhtựTrìnhtự DNA có đƣợc so sánh với liệu ngân hàng gen để định...
... chủng C.perfringens giới, sử dụng chương trình Blast để tìm Ngân hàng gen quốc tế trìnhtự có mức tương đồng nucleotid cao với trìnhtựgiải mã Kết blast cho hàng chục gen có trìnhtự tương đồng ... C.perfringens phân lập từ dê, cừu mắc bệnh viêm ruột tiêu chảy, giảitrìnhtựgen16S rRNA chủng phân lập Các đặc tính chủng thể bảng Bảng Đặc tính chủng C.perfringens lựa chọn giải mã 16S rRNA ... nhau, - Giữa typ A (trình tự A-CNt-58) typ D (trình tự D-DNt-135) typ C (trình tự C-DHn1) khác biệt nucleotid, hay độ tương đồng 99,8% Mức tương đồng tương tự nội typ D (giữa trìnhtự D-DNt-135 D-DKh1...
... đại vùng 16S – 23S rDNA 1: CC1, 2: CC2, 3: CC3, 4: Ladder 1,5kb, 5: HM1, 6: HM2, 7: Q12-1, 8: DC Sản phẩm PCR đƣợc tinh đọc trìnhtựTrìnhtự DNA có đƣợc so sánh với liệu ngân hàng gen để định ... họ thập tự Cụ thể mở rộng địa bàn (Đồng Bằng Sông Cửu Long, Lâm Đồng, Long An tỉnh có canh tác rau), nghiên cứu phổ kí chủ rộng (cây họ thập tự) Hoàn thành đề tài mức giảitrìnhtự vùng 16S – 23S ... pháp PCR khuếch đại vùng 16S – 23S rDNA có kích thƣớc 1,1 kb sử dụng cặp primer Xan1330 Xan322 làm vật liệu giảitrìnhtự Thực phản ứng với thành phần nêu Bảng 3.1 theo chu trình nhiệt Bảng 3.2 Phƣơng...
... Khuếch đại vùng 16S – 23S rDNA ITS vi khuẩn Phản ứng tiến hành với cặp mồi không chuyên biệt đƣợc thiết kế nhằm khuếch đại trìnhtự vùng ITS (intergenic spacer sequence) nằm vùng rDNA 16S 23S (Goncalves ... sequencer 3.5.7.4 Quy trình tóm tắt bƣớc đọc trìnhtự Sản phẩm PCR GFX PCR DNA and gel band Purification kit Tinh Chu kỳ nhiệt: Hóa chất: BDT mix Buffer 950C/5 phút Phản ứng đọc trìnhtự 950C/30 giây ... ứng phòng vệ kí chủ, thể hoại tử mô bị nhiễm (Klement, 1982) Tổ hợp gen bao gồm 21 gengen điều tiết hrpX, hrpG nằm bên Các gen hrp mã hóa protein hrp Các protein thành phần hệ thống phóng tiết...
... dụng kỹ thuật PCR khuyếch đại vùng 16S – 23S rDNA ITS làm vật liệu giảitrìnhtựgen hrpF đặc trƣng vi khuẩn gây bệnh Do hạn chế phƣơng pháp giảitrìnhtựgen không mang lại kết Tuy nhiên, kết ... tác nhân gây bệnh đốm cải Tp HCM phƣơng pháp PCR giảitrìnhtự vùng 16S – 23S rDNA” Đề tài phần chƣơng trình nghiên cứu bệnh vi khuẩn họ thập tự Bộ môn Bảo Vệ Thực Vật, Đại Học Nông Lâm Tp HCM ... 12 2.3 Vùng ITS (rDNA intergenic spacer) gen hrpF (hypersensitive reaction and pathogenicity) 13 2.3.1 Gen hrpF (hypersensitive reaction and pathogenicity) 13 iii 2.3.2 Ribosome...
... ảnh minh họa kỹ thuật giảitrìnhtự theo phương pháp Sanger [13] Giảitrìnhtự DNA chia làm bước lớn: PCR giảitrìnhtự đọc trìnhtự máy tự động Bước 1: PCR giảitrìnhtự Thành phần hỗn hợp phản ... nhân đoạn gen đặc hiệu với OI - Chạy điện di kiểm tra sản phẩm Bước 4: Giảitrìnhtự sản phẩm PCR gồm bước: - Thực phản ứng PCR giảitrìnhtự - Tinh sản phẩm PCR giảitrìnhtự - Giảitrìnhtự trực ... dài nucleotid Sản phẩm PCR giảitrìnhtự điện di đọc kết máy Bước 2: Đọc trìnhtự máy tự động Để thực đọc trìnhtự máy tự động mạch DNA đơn sản sinh ống phản ứng giảitrình phải đánh dấu huỳnh...
... 2010 Giảitrìnhtự DNA Mục đích: Xác định thứ tự nucleotide (A,C,G T) mạch DNA gen Ứng dụng công nghệ sinh học: nghiên cứu, khám phá, chuẩn đoán điều tra Vấn đề Phương pháp giảitrìnhtự ... Biotech, 2008 Giảitrìnhtự gene hay gen cho nghiên cứu có liên quan Phát đột biến gene (liên quan đến ung thư, kháng thuốc), SNP (trong cá nhân hóa liệu pháp điều trị), kiểu gene (genotype virus ... ddNTP blocker Cắt periodate oligo Giảitrìnhtự sinh tổng hợp Polony PCR Solid sequencing Tiến trình: Chuẩn bị thư viện DNA Emulsion/Wildfire PCR Giảitrìnhtự ligation Wildfire PCR Sequencing:...
... 18) Hình 18 So sánh trìnhtự DNA với trìnhtự protein nhóm Nhóm gồm trìnhtự chủng LPH209 với trìnhtự protein dài gồm 413 axit amin Trìnhtự protein chủng sai khác với trìnhtự protein Thite_72629 ... gồm 16 axit amin trìnhtự protein (Hình 15) Mặc dù sai khác trìnhtự DNA, trìnhtự protein hay vị trí intron, exon chủng lớn trìnhtự peptide tín hiệu giống giống với trìnhtự Thielavia terrestris ... So sánh trìnhtự DNA với trìnhtự protein nhóm Nhóm có trìnhtự khác biệt lớn với trìnhtự ThCEL 72629 (khoảng 5%) đặc biệt 21 axit amin cuối từ axit amin 370 đến 391 Nguyên nhân trìnhtự Thite_72629...
... băng để giảitrìnhtự Sản phẩm PCR sau tinh giảitrìnhtự trực tiếp, sử dụng mồi ITS1 Xử lý trìnhtự chuỗi nucleotid phần mềm chuyên biệt, bao gồm SeqEd1.03, AsemblyLIGNv1.9c hệ chương trình MacVector8.2 ... băng thu phân tích giám định loài ADN tinh vào ống để đưa Một số sản phẩm PCR giảitrìnhtựgiảitrìnhtự Sau giảitrình tự, chuỗi cho chuỗi nucleotid lồng nhau, không nucleotid xử lý phân tích phần ... phân biệt để thu clon riêng giải sách mẫu, kết PCR, chuỗi gengiảitrìnhtựtrình tự, kết truy cập Ngân hàng Gen Kết truy cập Ngân hàng Gen chủ yếu liệt kê xác định loài số 51 mẫu truy cập, kết...
... pGEM -3Z mang gen novS 2.2.7 Giảitrìnhtựgen Để giảitrìnhtựgen ta tiến hành tách plasmid tái tổ hợp pGEMnovS tế bào vi khuẩn E.coli XL1 Blue biến nạp trên, sau gửi giảitrìnhtự 2.2.8 Tạo ... 12: 10a So sánh trìnhtự axit amin gen novS với gen mã số AAF67512.1 10b So sánh trìnhtự axit amin gen novS với gen mã số AAN65241.1 10c So sánh trìnhtự axit amin gen novS với gen mã số AAG29801.1 ... Nghiệp K13 Viện Đại Học Mở Hà Nội 3.1.3 Kết xác định trìnhtự đoạn gen NovS Đoạn gen novS plasmid pGEM -3Z đuợc giảitrìnhtự Kết giảitrìnhtựgen novS sau: ATTGGAGCTCACCGCGGTGGCGGCCGCTCTAGAACTAGTGGATCCCCCGGGCTGCAG...
... bị giảitrìnhtự hệ Roche 01 máy khối phổ để phân tích cấu trúc chức protein Thiết bị giảitrìnhtự Roche giảitrìnhtự đoạn DNA có kích thước đến 800 nucleotide Ngoài mục tiêu giảitrìnhtự ... 10/1998 Trìnhtự DNA 95% vùng chứa gen 99% vùng chứa gen Tháng 4/2003 trìnhtựgen người trìnhtựgen người hoàn thành với độ hoàn thành với độ xác tới 99,99% xác 99,99% Công suất giá 500 Mb trình tự/ ... Để tìm trìnhtự hệ gen hoàn chỉnh người với hệ thống giảitrìnhtự tại, cần phải giảitrìnhtự DNA người tương đương với khoảng 30 lần (30X) Nếu trìnhtự thực trung bình lần dọc theo hệ gen (1X)...
... pháp giảitrìnhtự chuỗi xem có nhiều ưu điểm bật bên cạnh việc xác định trìnhtự chuỗi Nucleotids gen HBV để từ so sánh với thư viện gen xác định HBV genotypes mà dựa vào kết giảitrìnhtự xác ... Việc xác định thứ tự Nu gắn kết với dọc theo chiều dài gen (DNA) gọi việc giảitrìnhtự chuỗi (Sequencing), trìnhtự gắn kết Nu gọi trìnhtự chuỗi (Sequence) Cấu tạo gen HBV HBV có gen phân tử DNA, ... Khi điện di gel có độ ly giải cao ta có trìnhtự Nu, dựa vào phần mềm máy cho trìnhtự chuỗi DNA HBV So sánh thư viện gen máy tính se cho ta biết kiểu gen vi rút kiểu gen đột biến công bố HBV...
... phân loại HBV genotypes cần dựa trìnhtự chuỗi (sequence) đoạn gen HBV phần trìnhtự chuỗi gen pre-S; S Có nhiều phương pháp nghiên cứu dùng việc xác định HBV genotypes giảitrìnhtự chuỗi (sequencing), ... pháp giảitrìnhtự chuỗi xem có nhiều ưu điểm bật bên cạnh việc xác định trìnhtự chuỗi Nucleotids gen HBV để từ so sánh với thư viện gen xác định HBV genotypes mà dựa vào kết giảitrìnhtự xác ... xác định thứ tự Nu gắn kết với dọc theo chiều dài gen (DNA) gọi việc giảitrìnhtự chuỗi (Sequencing), trìnhtự gắn kết Nu gọi trìnhtự chuỗi (Sequence) 2, CẤU TẠO BỘ GEN HBV: HBV có gen phân tử...