...
tượng tràn miền nhớ khi ta tổchức chương trình trực tiếp bằng đệ quy.
2. Tổchứcdữliệu và chương trình: Tổchứcdữliệu tính toán dần theo từng bước, nên
tìm cách khử đệ quy. Thông thường, ... giá trị thẩm mỹ sẽ là: T(i,j-1).
Tổng hợp lại ta có giá trị tối ưu khi cắm i bó hoa vào j lọ sẽ là:
T(i,j)=max {T(i-1,j-1)+v[i,j], T(i,j-1)}.
2. Tổchứcdữliệu và chương trình: Nếu dùng mảng ... giá trị thẩm mỹ khi cắm hoa
đó vào lọ j, v[i,j]. Các số liệu đều là số tự nhiên và được ghi cách nhau bởi dấu cách trên
mỗi dòng.
Dữ liệu vào ghi trong tệp văn bản HOA.INP: dòng đầu tiên là...
... lắp dữ liệu, tổng hợp danh sách tổng hợp 85
II.3.2. Tải trình tự 90
III. Các kết quả thu đƣợc từ quá trình tải trình tự từ Genbank 92
IV. Tổchứcdữliệu 93
IV.1. Cách thức tổchứcdữliệu ... hiểu dữliệu bài báo trên PubMed và dữliệu trình tự GenBank trên NCBI.
Tìm hiểu các công cụ sinh học dùng trong Bioinformatics.
Giai đoạn 2: Xây dựng và tổchức các dữ liệu.
Tìm kiếm dữliệu ... xây dựng CSDL 57
II. TÌM KIẾM DỮLIỆU BÀI BÁO 58
II.1. Tìm kiếm tổng hợp tính trạng 58
II.2. Tổng hợp dữliệu Primer dùng trong phát hiện GMO 64
III. TÌM KIẾM DỮLIỆU TRÌNH TỰ 66
III.1. Tìm...
... DDBJ đã hợp tác với hai ngân hàng dữliệu thông qua trao đổi dữ
liệu và thông tin trên Internet và tổchức hai cuộc họp, cuộc họp ban cố vấn ngân hàng
dữ liệu DNA quốc tế ( the International ... đổi dữliệu hàng ngày với EMBL/EBI và
GenBank/NCBI, nên ba cơ sở dữliệu này chia sẽ cùng dữliệu tại bất kỳ thời điểm
nào. DDBJ cũng cung cấp nhiều công cụ cho phân tích và lấy ra các dữliệu ... cứu và tạo ra số Accession number cho
dữ liệu trình tự đƣợc gởi tới. DDBJ tập hợp dữliệu chủ yếu từ các nhà khoa học Nhật,
tuy nhiên cũng chấp nhận dữliệu và tạo Accession number cho các nhà...
... có thể truy cập cùng
một dữ liệu. Điều này nghĩa là nếu một chƣơng trình cần thay đổi cáchtổchứcdữ liệu,
ta phải tìm tất cả các chức năng hoặc các lệnh truy cập dữliệu đó để có những thay ... Đây là cách tiếp cận truyền thống, tƣơng tự nhƣ
nhiều ngôn ngữ khác, chẳng hạn nhƣ Perl. Chƣơng trình sẽ nhìn dữliệu trên các dòng
và cột của bảng cơ sở dữ liệu, chứ không cho ta một cách nhìn ...
Biến mảng giống nhƣ biến vô hƣớng, nó đƣợc tạo ra để lƣu dữ liệu. Tuy nhiên dữ
liệu là một danh sách (list) (danh sách là một nhóm dữliệu vô hƣớng đƣợc sắp xếp
theo thứ tự).
Mở đầu biến mảng...
... cơ sở dữliệu khác
trên thế giới.
- Thông tin trong các cơ sở dữliệu này là rất lớn và luôn đƣợc cập nhật thƣờng
xuyên (sau mỗi 24 giờ).
- Trong phạm vi đề tài tập hợp và tổchứcdữliệu ... PHƢƠNG PHÁP TIẾN HÀNH – Tìm kiếm dữliệu trình tự
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
72
Choose database: giới hạn phạm vi cơ sở dữliệu tìm kiếm trong các cơ sở dữ
liệu của chƣơng trình BLAST. ... yêu cầu.
- Mục đích của ta là lấy trình tự trong cơ sở dữ liệu. Trƣớc khi tìm kiếm ta phải
tìm hiểu cấu trúc của loại dữliệu này, và cách thức tìm chúng. (Xem phụ lục B)
* Các bƣớc thực hiện:...
...
93
IV. Tổchứcdữliệu
IV.1. Cách thức tổchứcdữliệu
Về khía cạnh công nghệ thông tin, nguyên tắc tổchức một hệ thống ứng dụng
phần mềm nhƣ sau:
Sơ đồ 4.1: Mô hình tổchức một ... TRUNG
94
IV.2. Tiến hành tổ chức, phân loại dữliệu
Nhận xét về dữliệu mà ta đang có, sẽ có rất nhiều cách để phân loại dữliệu này,
tuy nhiên khi phân tích các dữliệu ta thấy mỗi trình tự ... nhiều cách để phân loại dữ liệu, tuy nhiên việc phân loại dữliệu cũng phải
phụ thuộc vào việc khảo sát dữliệu có đƣợc. Dữliệu của ta là các record Genbank, ta
thấy khi khảo sát dữliệu mỗi...
... tử AND, OR, NOT. Theo
mặc định keywords đƣợc tìm kiếm trong cơ sở dữliệu NLBI (Nông Lâm
Bioinformatics Group). Các cơ sở dữliệu Genbank, EMBL, DDBJ hiện tại
chƣa tích hợp đƣợc.
Ta thực ... cùng sau khi chƣơng trình phân Division đã chạy xong
Dữ liệu của ta đƣợc phân loại theo từng trƣờng riêng biệt, đây là cấu tạo tầng dữ
liệu của ta.
Thống kê kết quả cuối cùng, tất cả các trình ... VÀ THẢO LUẬN
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
98
V. Java tiến hành xử lý dữliệu
Xây dựng ứng dụng tra cứu dữliệu trình tự thông qua các keyword do ngƣời
dùng chọn lựa và nhập vào.
V.1....
... NGHỊ
1. Có biện pháp lọc dữliệu tốt hơn và tổchứcdữliệu hợp lý hơn
Hiện tại chúng tôi chƣa đƣa ra đƣợc phƣơng án hoàn hảo cho việc chọn lọc
thông tin, vì thế dữliệu hiện nay của chúng ... xây dựng
thêm các cơ sở dữliệu khác cũng liên quan đến cây trồng biến đổi di truyền nhƣ:
o Cơ sở dữliệu các vector dùng trong chuyển gene vào thực vật.
o Cơ sở dữliệu primer dùng trong chẩn ... các trình tự này.
Tài liệu tham khảo
NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
121
TÀI LIỆU THAM KHẢO
TIẾNG VIỆT
1. Cao Thị Ngọc Phƣợng, 2003. Tài liệu cơ sở dữ liệu. Đại học Khoa Học Tự...
...
record trình tự.
Cách tìm kiếm: Không thể tìm kiếm ở cơ sở dữliệu trình tự nucleotide
và protein bởi số MEDLINE UID. Tuy nhiên, bạn có thể tìm kiếm ở cơ
sở dữliệu tài liệu (PubMed) của Entrez ... lại record trình tự.
Cách tìm kiếm: Không thể tìm kiếm ở cơ sở dữliệu trình tự nucleotide
và protein bởi số PubMed ID. Tuy nhiên, bạn có thể tìm kiếm tài liệu ở
cơ sở dữliệu PubMed của Entrez ... nối với cơ sở dữliệu NCBI Taxonomy,
nơi chứa những tham khảo giữa tên thông thƣờng, tên đặc biệt và
những sinh vật tƣơng đồng đã đƣợc giữ trong cơ sở dữliệu trình tự.
Organism Cách tìm kiếm:...
... %hash);
close FH;
}
}
4) Nhiệm vụ 4: Tổng hợp thành 1 file chƣơng trình hoàn chỉnh, với đầy đủ cả 3
chức năng trên và tạo thành một file kết quả tổng hợp. (lƣu file tên là hashloc.pl)
#!usr/bin/perl ... "\n******************\n";
print "OK!!!Da load xong";
6) Nhiệm vụ 6: Phân loại dữliệu trình tự theo các trƣờng. (lƣu file tên là
group_division.pl)
Đoạn mã:
#!/usr/bin/perl ... "Copy failed: $!";
Chức năng di chuyển hay sao chép một file tới thƣ mục đƣợc chỉ ra.
Module File::Path;
Cú pháp:
mkpath(["$dir/$foldername"],1, 0711);
Chức năng tạo một thƣ...
... hiểu dữliệu bài báo trên PubMed và dữliệu trình tự GenBank trên NCBI.
Tìm hiểu các công cụ sinh học dùng trong Bioinformatics.
Giai đoạn 2: Xây dựng và tổchức các dữ liệu.
Tìm kiếm dữliệu ... có thể truy cập cùng
một dữ liệu. Điều này nghĩa là nếu một chƣơng trình cần thay đổi cáchtổchứcdữ liệu,
ta phải tìm tất cả các chức năng hoặc các lệnh truy cập dữliệu đó để có những thay ... :
Dữliệu không lớn chỉ vài ngàn gene đƣợc xem là thông dụng nhất trong công
nghệ chuyển gene hiện nay.
Phải thiết lập các mối liên hệ trong dữ liệu, tiến tới quản lý dữliệu một cách...
... sở dữ liệu
Vũ Tuyết Trinh, b/m Hệ thống thông tin,
Khoa CNTT, ĐHBKHN 4
Nội dung
9
Tổng quan về tổ chứcbộ nhớ ngoài
{
Tổ chứctệp đống
{
Tổ chứctệpbăm
{
Tổ chứctệpchỉ dẫn
{
Cây cân bằng
Tổ chứctệp ... sở dữ liệu
Vũ Tuyết Trinh, b/m Hệ thống thông tin,
Khoa CNTT, ĐHBKHN 12
Các phép toán
{
Tìm kiếm1 bản ghi
{
Thêm 1 bản ghi
{
Xoá 1 bản ghi
{
Sửa đổimộtbản ghi
So sánh các cáchtổchứcdữ liệu
{
Tệp ... việcsử dụng nhiều trang bộ nhớ cho 1
cụm
Nhập môn cơ sở dữ liệu
Vũ Tuyết Trinh, b/m Hệ thống thông tin,
Khoa CNTT, ĐHBKHN 1
Tổ chứcdữ liệuvậtlýệ ậ ý
Vũ Tuyết Trinh
trinhvt@it-hut.edu.vn
Bộ môn...
... là 79
Tổ chức tệp băm (Hash File)
Tổchức tệp dữ liệu
Phân chia các bản ghi vào các cụm
Mỗi cụm gồm một hoặc nhiều khối
Mỗi khối chứa số lượng bản ghi cố định
Tổchức lữu trữ dữliệu ... tệp dữliệu hay
một vài trường (đặc biệt là các trường khoá)
của các bản ghi dữ liệu.
Xác định các yêu cầu này cho phép thiết kế dữliệu
vật lý hiệu quả thông qua việc sử dụng các tổchức ... bản ghi
Tìm kiếm + đánh dấu xóa hệ thống cần tổchức lại
đĩa theo định kỳ
Sửa đổi một bản ghi:
Tìm kiếm và sửa các trường
9
Tổ chứcdữliệu vật lý
...
... phần liên thông, xác định chu trình… sẽ phải vận dụng cách
tổ chứcdữliệu tương tự như thuật toán sẽ trình bày dưới đây.
Bài này đòi hỏi tổchức các tập quân bài sao cho thực hiện nhanh nhất ... tài
cung cấp. Các số trên cùng một dòng cách nhau qua dấu cách.
Dữliệu ra: Hiển thị trên màn hình số lượng người còn có bài trên tay.
Thí dụ:
Dữ liệu vào:
BAIGOP.INP
Kết quả hiển thị trên ... trong dãy.
Tên chương trình: abc.pas.
Dữ liệu vào: tệp văn bản abc.inp có cấu trúc như sau:
- Dòng thứ nhất chứa hai số tự nhiên N và k cách nhau qua dấu cách,
6 N 500, 1
k
N. N...