Đang tải... (xem toàn văn)
Thu thập nguồn gene và tổ chức dữ liệu gene
PHẦN E: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 119 II ĐỀ NGHỊ Có biện pháp lọc liệu tốt tổ chức liệu hợp lý Hiện chúng tơi chƣa đƣa đƣợc phƣơng án hồn hảo cho việc chọn lọc thơng tin, liệu vừa thiếu vừa dƣ thừa khơng kiểm sốt đƣợc Hồn thiện việc áp dụng công nghệ Hibernate để xây dựng sở liệu cho đề tài Cần có thời gian để hồn thiện sản phẩm Do thời gian có hạn kiến thức cần để hoàn thành đề tài cịn nhiều, chủ yếu kiến thức cơng nghệ thông tin nên sản phẩm dừng mức tìm kiếm liệu keyword chƣa làm hài lịng ngƣời dùng Trong tƣơng lai phát triển thêm hình thức tìm kiếm khác nhƣ: o Tạo chọn lựa theo qui định, giúp ngƣời dùng lấy đƣợc thông tin cần thiết cách nhanh chóng o Tích hợp cơng cụ tìm kiếm trình tự nhƣ BLAST, giúp ngƣời dùng tìm đƣợc trình tự mong muốn thơng qua trình tự có Ngồi phát triển thêm cơng cụ phân tích trình tự nhƣ Clustalw, Readseq…hỗ trợ thao tác trình tự cho ngƣời dùng Tồn giao diện chƣơng trình sử dụng tiếng Anh Để mở rộng phạm vi sử dụng sau này, phát triển phiên song ngữ Anh – Việt, trang sử dụng tiếng Việt giúp nhà Sinh học nƣớc dễ dàng sử dụng, trang tiếng Anh tạo tiền đề cho việc hợp tác quốc tế sau lĩnh vực Bioinformatics Đề tài phát triển xa đƣợc đầu tƣ Nhƣ ta xây dựng thêm sở liệu khác liên quan đến trồng biến đổi di truyền nhƣ: o Cơ sở liệu vector dùng chuyển gene vào thực vật o Cơ sở liệu primer dùng chẩn đoán GMO o Xây dựng sở liệu cho tất gene thị (Marker Genes) dùng trình chuyển gene Vấn đề quan tâm khác Trong trình tìm hiểu sở liệu trình tự GenBank/EMBL/DDBJ nhận thấy sở liệu tiến hành tổ chức lƣu trữ trình tự tất nhà NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG PHẦN E: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 120 nghiên cứu giới Việc trình tự đƣợc chấp nhận phải qua đánh giá nghiêm ngặt hội đồng thẩm định Hiện trung tâm Phân Tích tiến hành giải trình tự sản phẩm PCR nghiên cứu sinh học phân tử Việc giải trình tự hồn hảo hay khơng, nhiên kết cần cho tham khảo so sánh lần thí nghiệm hay thí nghiệm ngƣời với ngƣời khác Các trình tự chƣa thể đƣợc lƣu giữ sở liệu giới Vì cần có nơi tổ chức lƣu trữ trình tự này, đồng thời cung cấp công cụ cần thiết giúp nhà nghiên cứu thuận lợi việc thao tác với trình tự NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG Tài liệu tham khảo 121 TÀI LIỆU THAM KHẢO TIẾNG VIỆT Cao Thị Ngọc Phƣợng, 2003 Tài liệu sở liệu Đại học Khoa Học Tự Nhiên, 22 trang Bùi Trang Việt, 2002 Sinh học phân tử (Giáo trình cao học) ĐH Quốc gia TP HCM Nguyễn Hồng Minh Ngọc, 2004 Hồn thiện phương pháp chẩn đốn nơng sản chuyển gen dựa kỹ thuật PCR Khóa luận tốt nghiệp Kỹ sƣ Nông học, Đại học Nông Lâm TpHCM, Việt Nam Nguyễn Hữu Hổ, 2004 Công nghệ gene thực vật Viện sinh học nhiệt đới TP HCM Trần Hiếu Thuận, 2003 Tài liệu lập trình Perl Đại Học Khoa Học Tự Nhiên, 22 trang Trần Linh Thƣớc, 2002 Thực tập Bioinformatics Đại Học Khoa Học Tự Nhiên, 64 trang Trần Văn Cách, 2005 Tin – Sinh Học Nhà xuất Khoa Học Kỹ Thuật, 144 trang TIẾNG NƢỚC NGOÀI Baldi, Pierre and Brunak, Soren , 2001 Bioinformatics The Machine Learning Approach A Bradford Book, The MIT Press, Cambridge, Massachusetts, London, England Barnes, R Michael and Gray, C.Ian, 2003 Bioinformatics for Geneticists John Wiley & Sons Ltd, (411 pages) 10 Baxevanis, D Andreas., Francis Ouellette, B.F Bioinformatics – A Practical Guide to the Analysis of Gene and Proteins Wiley Publishing, Inc 11 Blast-Helpgroup, 2004 NCBI User Service BLAST Program Selection Guide NCBI, NLM, NIH, 8600 Rockville Pike, Bethesda, MD 20894 NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG Tài liệu tham khảo 122 12 Borém, Aluízio., Santos, R Fabrício., Bowen, E.David., 2003 Understanding Biotechnology Prentice Hall PTR, 240 pages 13 Claverie, Jean-Michel., Notredame Cedric., 2003 Bioinformatics for Dummies Wiley Publishing, Inc 14 Core Servlet and JavaServer Pages Sun Microsystems Press 15 García-Cas, Virginia., González, Ramón., Cifuentes, Alejandro Detection of genetically modified maize by pcr and capillary gel electrophoresis (cge) using uncoated columns 16 Hernandez, Marta., Pla, Maria., Esteve, Teresa., Prat, Salome., Puigdomenech, Pere., Ferrando, Alejandro., 2003 A specific real-time quantitative PCR detection system for event MON810 in maize YieldGard® based on the 3’transgene integration sequence Transgenic Research 12: p.181 Kluwer Academic Publishers Printed in the Netherlands 17 Hernandez,Marta., Rýo, Adolfo., Esteve, Teresa., Prat, Salome and Pla, Maria., 2001 A Rapeseed-Specific Gene, Acetyl-CoA Carboxylase, Can Be Used as a Reference for Qualitative and Real-Time Quantitative PCR Detection of Transgenes from Mixed Food Samples J Agric Food Chem 49, p.3623 18 Ilene Mizrachi, 2003 GenBank: The Nucleotide Sequence Database NCBI HandBook, Chapter 19 Jayson Falkner & Kenvin Jones, 2003 Servlet and JavaServer Pages The J2EE Technology Web Tier 20 Koschinsky, S., Peters, S., Schwieger, F., Tebbe, C.C., 1999 Applying molecular techniques to monitor microbial communities in composting processes Atlantic Canada Society for Microbial Ecology, Halifax, Canada, p:3 21 Kunzek, Herbert., Kroh, W Lothar., Bögl, Werner Klaus Quality control for foods produced by genetic engineering Berlin 2004, p.58 22 Kurniawan, Budi., 2002 Java for the Web with Servlets, JSP, and EJB: A Developer's Guide to J2EE Solution New Riders Publishing 23 National Veterinary Institute (Norway) and INRA (France) Protocol for eventspecific quantitation of Bt11 in maize GMO specific real-time PCR system, p:3 NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG Tài liệu tham khảo 123 24 Ostell, Jim., 2003 The Entrez Search and Retrieval System NCBI HandBook, chapter 15 25 Ovesná, Jaroslava , Dědičová, Lenka., Horáček, Jiří., sadilová, Eva., Kučera, Ladislav and Měsková, Ludmila., 2002 Comparison of Different PCR-based Protocols for Detection of Roundup Ready Soybean Czech J Genet Plant Breed 38, (1):55–63, p:56,57 26 Pauli, Urs., Liniger, Marianne., Zimmermann, Andreas and Schrott, Martin Extraction and Amplification of DNA from 55 Foodstuffs Mitt Lebensm Hyg 91 (2000), p:494 27 Ritala, Anneli., Teeri, Teemu., Marttila, Salla., Rasmussen, K Soren., 2003 Transgenic raw materials in food production - Detection of transgene and heterologous protein levels NT TECHN REPORT 542, p:14 28 Schwartz, L Randal Learning Perl O‟Reilly 29 Shan, Guomin., Lipton, Cynthia., Gee, J Shirley and Hammock, D Bruce., 2002 Immunoassay, biosensors and other nonchromatographic methods Handbook of Residue Analytical Methods for Agrochemicals, p.663 John Wiley & Sons, Ltd, Chichester 30 Sirotkin, Karl., et al., 2002 The Processing of Biological Sequence Data at NCBI NCBI HandBook, chapter 13 31 Tengel, C., Schüssler, P., Setzke, E., Balles, J and Sprenger-Haussels, M Detection of genetically modified soybean and maize in raw and processed foodstuffs QIAGEN News 32 Tisdall, D Jame Mastering Perl for Bioinformatics Copyright © 2003 O'Reilly & Associates, Inc 33 Tisdall, D.Jame., Copyright © 2001 Beginning Perl for Bioinformatics O‟Reilly, first Edition 34 Van den Eede, G., Weighardt, F., Mazzara, M and Anklam, E., 2002 The Certification of Reference Materials of Dry-Mixed Soya Powder with different Mass Fractions of Roundup Ready Soya IRMM-410S European Communities, p:19 NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG Tài liệu tham khảo 124 35 Windels, Pieter., Taverniers, Isabel., Van Bockstaele, Erik Ann Depicker., De Loose, Marc., 2001 Characterisation of the Roundup Ready soybean insert Eur Food Res Technol 213:107–112, p:109 36 Zhen Tao, Xing-Feng Cai, Sheng-Li Yang and Yi Gong Detection of Exogenous Genes in Genetically Modified Plants With Multiplex Polymerase Chain Reaction Plant Molecular Biology Reporter 19: p 293 TÀI LIỆU THAM KHẢO TRÊN INTERNET [1] NCBI: (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/glance/ourmission.html) [2] EMBL: (http://www.ebi.ac.uk/Information/) (http://www.embl.org/aboutus/generalinfo/index.html) [3] DDBJ: (http://www.ddbj.nig.ac.jp/intro-e.html) [4] Readseq: http://iubio.bio.indiana.edu/soft/molbio/readseq/ http://iubio.bio.indiana.edu/soft/molbio/readseq/classic/ http://iubio.bio.indiana.edu/soft/molbio/readseq/java/ [5] BLAST: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/BLASTinfo/information3.html ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/ [6] BLAT: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start http://www.soe.ucsc.edu/~kent/exe/ [7] ClustalW: http://www.ebi.ac.uk/clustalw/ http://www.ebi.ac.uk/clustalw/clustalw_frame.html ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/clustalw/ ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/dos/clustalw/ NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG Tài liệu tham khảo [8] HMMER: http://hmmer.wustl.edu/ ftp://ftp.genetics.wustl.edu/pub/eddy/hmmer/CURRENT/00README ftp://ftp.genetics.wustl.edu/pub/eddy/hmmer/2.2g/hmmer-2.2g.tar.gz [9] MEME/MAST: http://meme.sdsc.edu/meme/website/intro.html http://meme.sdsc.edu/meme/website/meme-download.html ftp://ftp.sdsc.edu/pub/sdsc/biology/meme [10] EMBOSS: http://www.hgmp.mrc.ac.uk/Software/EMBOSS/ http://www.hgmp.mrc.ac.uk/Software/EMBOSS/userdoc html http://www.hgmp.mrc.ac.uk/Software/EMBOSS/Doc/Tutorial/ http://www.hgmp.mrc.ac.uk/Software/EMBOSS/download html http://www.hgmp.mrc.ac.uk/Software/EMBOSS/Jemboss/ [11] http://www.biojava.org/docs/api14/index html [12] http://biotech.jrc.it/documents/GMOmethods-Report-PCR.pdf NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG 125 126 Phần phụ lục PHỤ LỤC A THỐNG KÊ DANH SÁCH TÍNH TRẠNG VÀ CÂY TRỒNG BIẾN ĐỔI DI TRUYỀN BẢNG DANH SÁCH CÁC CÂY CHUYỂN GENE STT Tên Tiếng Anh Tên Tiếng Việt Alfalfa cỏ linh lăng Cabbage cải bắp Cocoa cacao Canola cải dầu Carnation cẩm chƣớng Cauliflower cải hoa, sup-lơ Chicory rau diếp xoăn Chilli ớt khô Cotton vải 10 Creeping Bentgrass 11 Eggplant 12 Eucalyptus khuynh diệp, bạch đàn 13 Field Pea đậu Hà Lan 14 Flax, Linseed lanh 15 Lentil đậu lăng 16 Lupin đậu lupin 17 Maize ngô 18 Melon dƣa hấu 19 Oilseed rape cải dầu 20 Oilseed turnip củ cải Thụy Điển 21 Orange cam 22 Papaya đu đủ 23 Peanut đậu phọng NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG 127 Phần phụ lục tiêu 24 Pepper 25 Pigeonpea 26 Poplar dƣơng 27 Potato khoai tây 28 Rice lúa 29 Soybean đậu nành 30 Squash Bí 31 Subterr.Clover cỏ ba 32 Sugar Beet củ cải đƣờng 33 Sugar Cane mía 34 Sunflower hƣớng dƣơng 35 Tobacco thuốc 36 Tomato cà chua 37 Wheat lúa mì BẢNG DANH SÁCH CÁC TÍNH TRẠNG ĐƢỢC BIẾN ĐỔI Tính trạng STT Apomixis Bollworm control with multiple genes Bollworm control with single genes Control of Asian Corn-Borer Control of Boll Weevil Control of Corn Rootworm Control of Corn-Borer Cyclohexanone herbicide tolerance, specifically sethoxydim Delayed fruit softening by suppressing polygalacturonase activity 10 Delayed ripening (reduced ethylene) Delayed 11 ripening by introduction of a gene degradation of a precursor of the plant hormone, ethylene NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG that results in Phần phụ lục 128 Delayed softening through suppression of polygalacturonase (PG) enzyme 12 activity 13 Delayed/Improved ripening 14 Disease resistance 15 Fungal disease resistance 16 Glufosinate ammonium herbicide tolerance and fertility restored 17 Glufosinate ammonium herbicide tolerance and male sterility 18 Glyphosate herbicide resistance 19 Glyphosate herbicide tolerance 20 Herbicide resistance 21 Herbicide tolerance 22 High laurate and myristic acid seed content 23 High lauric acid 24 High lysine 25 High oleic acid 26 High oleic acid seed content 27 Higher starch content 28 Higher starch/solids 29 Hybrid technology 30 Hybrid/herbicide tolerance Imidazolinone herbicide tolerance, specifically Cyanamid AC299 263 31 (imazamox, active ingredient) 32 Imidazolinone herbicide tolerance, specifically imazethapyr 33 Imidazolinone herbicide tolerance 34 Improved disease resistance 35 Improved fiber/staple quality 36 Improved hybrid technology 37 Improved protein 38 Increased shelf life (reduced ethylene) 39 Increased shelf-life (delayed ripening) due to reduced ethylene accumulation NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG 129 Phần phụ lục through introduction of truncated aminocyclopropane cyclase (ACC) synthase gene Increased shelf-life due to reduced ethylene accumulation through introduction of truncated aminocyclopropane cyclase (ACC) synthase gene; Sulfonylurea 40 herbicide tolerance, specifically triasulfuron and metsulfuron-methyl 41 Insect protected/herbicide tolerance 42 Insect resistance 43 Longer shelf life (reduced ethylene) 44 Male sterility 45 Male sterility/fertility restoration system 46 Modified flower colour Modified flower colour; Sulfonylurea herbicide tolerance, specifically 47 triasulfuron and metsulfuron-methyl 48 Modified oil Modified seed fatty acid content, specifically high laurate levels and myristic 49 acid production 50 Modified seed fatty acid content, specifically high oleic acid expression Modified seed fatty acid content, specifically high oleic acid, low linolenic 51 acid content 52 Modified seed fatty acid content, specifically low linolenic acid 53 Modified starch content 54 Multiple Virus resistance (PVX, PVY, PLRV) 55 Nicotine reduced 56 Other oil modifications 57 Oxynil herbicide resistance 58 Oxynil herbicide tolerance, including bromoxynil and ioxynil Phosphinothricin (PPT) herbicide 59 ammonium 60 Phosphinothricin herbicide resistance 61 Quality/high solids 62 Resistance to bacterial blight NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG tolerance, specifically glufosinate Phần phụ lục 63 Resistance to Colorado Beetle 64 Resistance to Colorado Beetle + Virus resistance 65 Resistance to Colorado potato beetle 66 Resistance to Colorado potato beetle (Leptinotarsa decemlineata, Say) 130 Resistance to Colorado potato beetle (Leptinotarsa decemlineata, Say); 67 resistance to potato virus Y (PVY) Resistance to Colorado potato beetle (Leptinotarsa decemlineata, Say); 68 resistance to potato leafroll luteovirus (PLRV) 69 Resistance to corn root worm (Coleopteran, Diabrotica sp.) 70 Resistance to cucumber mosaic virus 71 Resistance to European corn borer (Ostrinia nubilalis) Resistance to European corn borer (Ostrinia nubilalis); phosphinothricin (PPT) 72 herbicide tolerance, specifically glufosinate ammonium Resistance to European corn borer (Ostrinia nubilalis); glyphosate herbicide 73 tolerance 74 Resistance to lepidopteran insects Resistance to lepidopteran insects; oxynil herbicide tolerance, including 75 bromoxynil Resistance to lepidopteran pests including, but not limited to, cotton 76 bollworm, pink bollworm, tobacco budworm 77 Resistance to lepidopteran pests 78 Resistance to papaya ringspot virus 79 Resistance to potato leafroll virus 80 Resistance to potato virus Y 81 Resistance to potato weevil/storage pests 82 Resistance to rice-borers 83 Resistance to storage grain pests 84 Resistance to storage pests Resistance to viral infection, cucumber mosaic virus (CMV), watermelon 85 mosaic virus (WMV) 2, zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) 86 Resistance to viral infection, papaya ringspot virus (PRSV) NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG 131 Phần phụ lục Resistance to viral infection, watermelon mosaic virus (WMV) 2, 87 zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) 88 Resistance to watermelon mosaic virus 89 Resistance to zucchini yellow mosaic virus 90 Sulfonylurea herbicide tolerance Sulfonylurea herbicide tolerance, specifically 91 metsulfuronmethyl 92 Virus resistance 93 Glufosinate Tolerant Canola 94 Glufosinate Tolerant Corn 95 Glufosinate Tolerant Corn 96 Glufosinate Tolerant Canola (import) 97 Modified Fruit Ripening Tomato 98 Virus Resistant Squash I 99 Virus Resistant Squash II 100 Sethoxydim Herbicide Tolerant Corn 101 Male Sterility/Glufosinate Tolerant Chicory 102 Flavr SavrTM Tomato 103 Bromoxynil Tolerant Cotton 104 Laurate Canola 105 Insect Protected and Bromoxynil Tolerant Cotton 106 Virus Resistant Tomato 107 Virus Resistant Tobacco 108 Virus Resistant Papaya 109 Glufosinate Tolerant Corn 110 Insect Protected Corn 111 Insect Protected and Glufosinate Tolerant Corn 112 Improved Ripening Tomato 113 Sulfonylurea Tolerant Cotton 114 High Oleic Acid Soybean NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG triasulfuron and 132 Phần phụ lục 115 Florigene Carnations with Increased Vase Life 116 Carnations with Modified Flower Color 117 Glyphosate Tolerant Soybean 118 Improved Ripening Tomato 119 Insect-Protected Potato 120 Insect-Protected Cotton 121 Glyphosate Tolerant Cotton 122 Glyphosate Tolerant Canola 123 Insect-Protected Corn 124 Glyphosate Tolerant Corn 125 Insect Protected and Glyphosate Tolerant Corn 126 Insect-Protected Corn 127 Insect-Protected Corn 128 Insect-Protected/Glufosinate Tolerant Corn 129 Insect-Protected/Glufosinate Tolerant Sweet Corn 130 Insect-Resistant Corn 131 Hybrid Glufosinate Tolerant Oilseed Rape 132 Male Sterility /Glufosinate Tolerant Oil Seed Rape 133 Fertility Restorer /Glufosinate Tolerant Oil Seed Rape 134 Hybrid Glufosinate Tolerant Corn 135 Male Sterility/Glufosphate Tolerant Corn 136 Fertility Restorer/Glufosinate Tolerant Corn 137 Bromoxynil Tolerant Canola 138 Bromoxynil Tolerant Tobacco 139 Sulfonylurea Tolerant Flax 140 Improved Ripening Tomato BẢNG DANH SÁCH CÁC YẾU TỐ DI TRUYỀN LIÊN QUAN TÍNH TRẠNG ĐƢỢC BIẾN ĐỔI NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG 133 Phần phụ lục STT Tính trạng Yếu tố di truyền delta(12)-fatty fatty acid composition acid Nguồn dehydro- Glycine max genase -nt- fatty acid desaturase NULL -nt- thioesterase Umbellularia californica barnase ribonuclease inhibitor Bacillus fertility restoration herbicide tolerance -nt- amyloliquefaciens 5-enolpyruvylshikimate-3- Agrobacterium phosphate synthase tumefaciens CP4 5-enolpyruvylshikimate-3- Z mays phosphate synthase acetolactate synthase -nt- AHAS genes (S4-Hr4) acetolactate synthase -nt- -nt- 10 -nt- 11 -nt- nitrilase Klebsiella pneumoniae subspecies ozanae N- S hygroscopicus acetyltransferase N- S viridochromogenes acetyltransferase Cry1Ab delta-endotoxin (Btk HD- Bacillus 14 15 insect resistance subsp kurstaki (Btk) Cry1Ac delta-endotoxin Bacillus 17 -nt- 18 thuringiensis subsp kurstaki (Btk) cry1F delta-endotoxin -nt- thuringiensis 1) -nt- 16 tolerant Ochrobactrum anthropi phosphinothricin 13 chlorsulfuron glyphosate oxidoreductase -nt- -nt- tolerant Nicotiana tabacum phosphinothricin 12 chlorsulfuron line of A thaliana acetolactate synthase chimera of resistant Bacillus thuringiensis var aizawai Cry2Ab delta-endotoxin Bacillus thuringiensis cry3A delta-endotoxin Bacillus -nt- NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG thuringiensis subsp Tenebrionis 134 Phần phụ lục cry3Bb1 delta-endotoxin 19 Bacillus -nt- subsp kumamotoensis cry9c delta-endotoxin 20 -nt- 21 -nt- 22 23 lepidopteran resistance -nt- 25 modified color 26 27 28 Bacillus thuringiensis subsp Tolworthi protease inhibitor S tuberosum cry1F delta-endotoxin Bacillus thuringiensis barnase ribonuclease Bacillus male sterility 24 thuringiensis amyloliquefaciens DNA adenine methylase Escherichia coli dihydroflavonol reductase Petunia hybrida -nt- flavonoid 3p, 5p hydroxylase Petunia hybrida -nt- flavonoid 3p, 5p hydroxylase Viola sp acetolactate synthase Brassica napus mutations 29 -nt- acetolactate synthase Helianthus annus 30 -nt- acetolactate synthase Lens culinaris 31 -nt- acetolactate synthase Oryza sativa 32 -nt- acetolactate synthase Triticum aestivum 33 -nt- acetolactate synthase Z mays 34 -nt- acetyl-CoA-carboxylase Z mays nicotinate-nucleotide 35 nicotine reduced phosphorylase (carboxylating) 1-amino-cyclopropane 36 37 ripening delayed -nt- pyro- Nicotiana tabaccum -1- Dianthus caryophyllus carboxylic acid synthase L 1-amino-cyclopropane-1- Pseudomonas carboxylic acid deaminase chlororaphis aminocyclopropane cyclase Tomato 38 -nt- synthase 39 -nt- polygalacturonase Tomato 40 -nt- S-adenosylmethionine hydrolase E coli bacteriophage T3 helicase potato leafroll luteovirus 41 virus resistance (PLRV) orf replicase (RNA dependent RNA potato leafroll luteovirus 42 -nt- polymerase) NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG (PLRV) orf 135 Phần phụ lục viral coat protein 43 -nt- -nt- -nt- -nt- potato potyvirus Y (PVY) strain O Watermelon -nt- Zucchini yellow mosaic potyvirus BẢNG DANH SÁCH CÂY TRỒNG, TÍNH TRẠNG, SỐ ID STT mosaic potyvirus viral coat protein 47 ringspot (common strain) viral coat protein 46 papaya potyvirus (PRSV) viral coat protein 45 mosaic cucumovirus viral coat protein 44 Cucumber Cây trồng, tính trạng Argentine Canola (Glufosinate) HCN10 Argentine Canola (Glufosinate) HCN92 Argentine Canola (Glufosinate) T45 (HCN28) Argentine Canola (Herbicide tolerance + fertility) MS1, RF1 =>PGS1 Argentine Canola (Herbicide tolerance + fertility) MS1, RF2 =>PGS2 Argentine Canola (Herbicide tolerance + fertility) MS8xRF3 Argentine Canola (Herbicide tolerance + fertility) PHY14, PHY35 Argentine Canola (Herbicide tolerance + fertility) PHY36 Argentine Canola (Herbicide tolerance) GT200 10 Argentine Canola (Herbicide tolerance) GT73, RT73 11 Argentine Canola (Herbicide tolerance) NS738, NS1471, NS1473 12 Argentine Canola (Oil content) 23-18-17, 23-198 13 Argentine Canola (Oil content) 45A37, 46A40 14 Argentine Canola (Oil content) 46A12, 46A16 15 Argentine Canola (Oxynil) OXY-235 16 Carnation (Delayed ripening) 66 NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG Phần phụ lục 136 17 Carnation (Flower colour) 4, 11, 15, 16 18 Carnation (Flower colour) 959A, 988A, 1226A, 1351A, 1363A, 1400A 19 Chicory (Herbicide tolerance + fertility) RM3-3, RM3-4, RM3-6 20 Cotton (Glufosinate) LLCotton25 21 Cotton (Herbicide tolerance) MON1445/1698 22 Cotton (Insect resistance) 15985 23 Cotton (Insect resistance) 281-24-236 24 Cotton (Insect resistance) 3006-210-23 25 Cotton (Insect resistance) MON531/757/1076 26 Cotton (Lepidopteran pests + oxynil) 31807/31808 27 Cotton (Oxynil) BXN 28 Cotton (Sulfonylurea) 19-51A 29 Creeping Bentgrass (Herbicide tolerance) ASR368 30 Flax, Linseed (Sulfonylurea) FP967 31 Lentil (Herbicide tolerance) RH44 32 Maize (Cyclohexanone) DK404SR 33 Maize (ECB + glyphosate) MON802 34 Maize (ECB + glyphosate) MON809 35 Maize (ECB) MON80100 36 Maize (Glufosinate) B16 (DLL25) 37 Maize (Glufosinate) T14, T25 38 Maize (Herbicide tolerance + fertility) 676, 678, 680 39 Maize (Herbicide tolerance + fertility) MS3 40 Maize (Herbicide tolerance + fertility) MS6 41 Maize (Herbicide tolerance + insect resistance) 176 42 Maize (Herbicide tolerance + insect resistance) BT11 (X4334CBR, X4734CBR) 43 Maize (Herbicide tolerance + insect resistance) CBH-351 44 Maize (Herbicide tolerance + insect resistance) DBT418 45 Maize (Herbicide tolerance + insect resistance) TC1507 46 Maize (Herbicide tolerance) 3751IR 47 Maize (Herbicide tolerance) EXP1910IT 48 Maize (Herbicide tolerance) GA21 NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG Phần phụ lục 49 Maize (Herbicide tolerance) IT 50 Maize (Herbicide tolerance) MON832 51 Maize (Herbicide tolerance) NK603 52 Maize (Insect resistance) DAS-06275-8 53 Maize (Insect resistance) MON810 54 Maize (Insect resistance) MON863 55 Melon (Delayed ripening) A, B 56 Papaya (Virus resistant) 55-1/63-1 57 Polish Canola (Glufosinate) HCR-1 58 Polish Canola (Herbicide tolerance) ZSR500/502 59 Potato (CPB + virus resistant) RBMT15-101, SEMT15-02, SEMT15-15 60 Potato (CPB + virus resistant) RBMT21-129, RBMT21-350, RBMT22-082 137 Potato (CPB) ATBT04-6, ATBT04-27, ATBT04-30, ATBT04-31, ATBT04-36, 61 SPBT02-5, SPBT02-7 62 Potato (CPB) BT6, BT10, BT12, BT16, BT17, BT18, BT23 63 Rice (Glufosinate) LLRICE06, LLRICE62 64 Rice (Herbicide tolerance) CL121, CL141, CFX51 65 Rice (Herbicide tolerance) PWC16 66 Soybean (Glufosinate) A2704-12, A2704-21, A5547-35 67 Soybean (Glufosinate) A5547-127 68 Soybean (Glufosinate) GU262 69 Soybean (Glufosinate) W62, W98 70 Soybean (Herbicide tolerance) GTS 40-3-2 72 Soybean (Oil content) G94-1, G94-19, G168 73 Soybean (Oil content) OT96-15 74 Squash (Virus resistant) CZW-3 75 Squash (Virus resistant) ZW20 76 Sugar Beet (Glufosinate) T120-7 77 Sugar Beet (Herbicide tolerance) GTSB77 78 Sugar Beet (Herbicide tolerance) H7-1 79 Sunflower (Herbicide tolerance) X81359 80 Tobacco (Oxynil) C/F/93/08-02 NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG Phần phụ lục 81 Tobacco (Plant quality) Vector 21-41 82 Tomato (Delayed ripening) 1345-4 83 Tomato (Delayed ripening) 35 N 84 Tomato (Delayed ripening) 8338 85 Tomato (Delayed ripening) B, Da, F 86 Tomato (Delayed ripening) FLAVR SAVR 87 Tomato (Insect resistance) 5345 88 Wheat (Herbicide tolerance) AP205CL 89 Wheat (Herbicide tolerance) AP602CL 90 Wheat (Herbicide tolerance) MON71800 91 Wheat (Herbicide tolerance) SWP965001 92 Wheat (Herbicide tolerance) Teal 11A NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG 138 ... sở liệu giới Vì cần có nơi tổ chức lƣu trữ trình tự này, đồng thời cung cấp cơng cụ cần thiết giúp nhà nghiên cứu thu? ??n lợi việc thao tác với trình tự NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG Tài liệu. .. dựa kỹ thu? ??t PCR Khóa luận tốt nghiệp Kỹ sƣ Nông học, Đại học Nông Lâm TpHCM, Việt Nam Nguyễn Hữu Hổ, 2004 Công nghệ gene thực vật Viện sinh học nhiệt đới TP HCM Trần Hiếu Thu? ??n, 2003 Tài liệu. .. tự NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG Tài liệu tham khảo 121 TÀI LIỆU THAM KHẢO TIẾNG VIỆT Cao Thị Ngọc Phƣợng, 2003 Tài liệu sở liệu Đại học Khoa Học Tự Nhiên, 22 trang Bùi Trang Việt, 2002 Sinh