BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT NGUYỄN HUYỀN TRANG PHÂN LẬP VÀ TUYỂN CHỌN CHỦNG PSEUDOMONAS SP SINH HOẠT CHẤT KHÁNG VIBRIO SP GÂY BỆNH Ở TÔM NUÔI LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Hà Nội – 2014 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT - PHÂN LẬP VÀ TUYỂN CHỌN CHỦNG PSEUDOMONAS SP SINH HOẠT CHẤT KHÁNG VIBRIO SP GÂY BỆNH Ở TÔM NUÔI LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số: 60420114 Người hướng dẫn khoa học: TS NGUYỄN CHÍ THUẬN Học viên: NGUYỄN HUYỀN TRANG Hà Nội – 2014 LỜI CẢM ƠN Tơi xin tỏ lòng biết ơn chân thành sâu sắc tới TS Nguyễn Chí Thuận Trưởng phòng Cơng nghệ Phơi - Viện Cơng nghệ Sinh học tận tnh hướng dẫn dìu dắt tơi q trình nghiên cứu hồn thành luận án Tơi xin chân thành cảm ơn TS Nguyễn Hoàng Uyên, người giúp đỡ tận tnh bảo q trình thực luận án Tơi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới phòng Đào tạo - Viện Sinh thái Tài nguyên sinh vật, trường Đại học Thái Nguyên lãnh đạo Viện Công nghệ Sinh học, Viện Khoa học Công nghệ Việt Nam tạo điều kiện cho tơi hồn thành luận văn Bên cạnh đó, tơi xin cảm ơn người thân gia đình bạn bè tạo điều kiện, động viên, giúp đỡ vật chất tnh thần để tơi hồn thành luận văn Một lần tơi xin chân thành cảm ơn! Hà Nội, ngày 15 tháng 12 năm 2014 Học viên Nguyễn Huyền Trang Bảng chữ viết tắt APW Alkaline Pepton Water bp Base pair CFU Colony-Forming Unit DNA Deoxyribonucleic acid IPTG isopropyl-β-D-thiogalactoside kb Kilobase pair LB Luria - Bertani NB Nutrient broth PCA phenazine - 1carboxylic PCN Pyocyanin PCR Polymerase Chain Reaction RNA Ribonucleic acid rRNA Ribosomal ribonucleic acid SAM S-adenosylmethionine TCA Trichloroacetic acid X-gal 5-bromo-4-chloro-3-indodyl-β galactosidase Luận văn thạc sỹ Nguyễn Huyền Trang MỤC LỤC MỞ ĐẦU Chương 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Tổng quan vi khuẩn Pseudomonas aeruginosa 1.1.1 Phân loại 1.1.2 Đặc điểm 1.1.3 Cấu trúc gen 1.1.4 Phương pháp xác định vi khuẩn Pseudomonas aeruginosa 10 1.1.4.1.Phương pháp phân lập vi sinh truyền thống 10 1.1.4.2 Phương pháp sinh học phân tử phân loại vi khuẩn 10 1.1.5 Ứng dụng vi khuẩn Pseudomonas aeruginosa 11 1.2 Hoạt chất pyocyanin 12 1.2.1.Cấu trúc pyocyanin tham gia gen 12 1.2.2.Hoạt tính kháng khuẩn pyocyanin 13 1.2.3 Ứng dụng hoạt chất pyocyanin 14 1.3.Tổng quan Vibrio sp gây bệnh tôm nuôi 15 Luận văn thạc Nguyễn Huyền sỹ 1.3.1.Đặc điểm phân loại chủng Vibrio sp gây bệnh tômTrang nuôi 15 1.3.2 Bệnh vi khuẩn Vibrio sp gây tôm 15 1.3.2.1 Lịch sử phát triển bệnh: 15 1.1.2.2 Đặc điểm dịch tễ 17 1.3.3 Các phương pháp phòng ngừa điều trị 18 1.3.2.1 Biện pháp phòng bệnh tổng hợp 18 1.3.2.2 Điều trị 19 Chương 2: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP 21 2.1 Vật liệu nghiên cứu 21 Luận văn thạc sỹ Nguyễn Huyền Trang 2.1.1 Đối tượng nghiên cứu 21 2.1.2 Thiết bị 21 2.1.3 Hóa chất 22 2.1.3.1 Hóa chất sử dụng cho vi sinh: 22 2.1.3.2 Hóa chất sử dụng sinh học phân tử: 24 2.2 Phương pháp nghiên cứu 25 2.2.1 Phương pháp vi sinh 25 2.2.1.1 Phương pháp phân lập vi khuẩn môi trường King A 25 2.2.1.2 Phương pháp nhuộm tế bào quan sát hình thái vi khuẩn 26 2.2.1.3 Phương pháp xác định hoạt tnh enzyme vi khuẩn 26 2.2.1.4 Phương pháp lập kháng sinh đồ 27 2.2.1.5 Phương pháp xác định mật độ vi khuẩn: 27 2.2.1.6 Phương pháp tách chiết xác định sắc tố pyocyanin - PCN [32] 28 2.2.1.7 Phương pháp xác định ảnh hưởng thời gian nuôi cấy đến sinh khối nồng độ hoạt chất vi khuẩn 28 2.2.1.8 Phương pháp xác định khả kháng Vibrio sp: 28 Luận văn thạc Nguyễn Huyền sỹ 2.2.2 Phương pháp sinh học phân tử Trang 29 2.2.2.1 Phương pháp tách chiết DNA tổng số 29 2.2.2.2 Phương pháp PRC khuếch đại gen 30 2.2.2.3 Phương pháp điện di 32 2.2.2.4 Phương pháp làm sản phẩm PCR 33 2.2.2.5 Phương pháp tách dòng gen tái tổ hợp (Cloning) 34 2.2.2.6 Phương pháp giải trình tự gen 36 Chương KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 38 3.1 Kết phân lập xác định P aeruginosa phương pháp vi sinh vật 38 3.1.1 Kết phân lập vi khuẩn P aeruginosa môi trường King A 38 Luận văn thạc sỹ Nguyễn Huyền Trang 3.1.2 Kết nhuộm Gram 39 3.1.3 Kết nghiên cứu hoạt tnh enzyme 40 3.1.4 Kết thử hoạt tính kháng kháng sinh 41 3.2 Kết xác định P aeruginosa phương pháp sinh học phân tử 42 3.2.1 Kết tách chiết DNA tổng số 42 3.2.2 Kết PCR gen đặc hiệu P aeruginosa (PA): 43 3.2.3 Kết PCR gen 16s rRNA 44 3.2.4 Kết tách dòng tái tổ hợp mang đoạn gen 16s rRNA 45 3.2.5 Kết giải trình tự gen 16s rRNA định tên vi khuẩn 47 3.3 Kết nghiên cứu khả sinh hoạt chất kháng Vibrio sp P.aeruginosa PS39 51 3.3.1 Kết xác định ảnh hưởng thời gian nuôi cấy đến sinh khối vi khuẩn nồng độ hoạt chất 51 3.3.2 Kết xác định khả kháng Vibrio dịch nuôi vi khuẩn hoạt chất PCN 54 3.3.3.Xác định nồng độ hoạt chất PCN ức chế Vibrio sp 56 3.3.4 Kết xác định ảnh hưởng nồng độ hoạt chất PCN ức chế Vibrio in vitro 58 Luận văn thạc sỹ Nguyễn Huyền Trang KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 61 TÀI LIỆU THAM KHẢO 62 Phụ lục 74 Phụ lục 75 60 Lightner D.V., Redman R.M., Pantoja C.R., Noble B.L., Tran L.H (2012) “Early mortality syndrome affects shrimp in Asia” Glob Aquacult Advocate Jan/Feb 2012: 40 Editorial responsibility: Grant Stentford, Weymouth, UK 61 Lundgren B.R., Thornton W., Dornan M.H., Villegas-Peñaranda L.R., Boddy C.N., Nomura C.T (2013) “Gene PA2449 is essential for glycine metabolism and Pyocyanin biosynthesis in Pseudomonas aeruginosa PAO1” J Bacteriol 195:2087–3000 62 Millican R C (1962) “Biosynthesis of Pyocyanine” Can J Microbiol 9: 809-819 63 Mohamed M Gharieb, Mostafa M.El-Sheekh, Sabha M.El-Sabbagh, Walaa T.Hamza (2013) “Effcacy Of Pyocyanin Produced By Pseudomonas aeruginosa As A Topical Treatment Of Infected Skin Of Rabbits” Biotechnology Vol 7, Issue 64 Natonal Center for Biotechnology Informaton site (NCBI) 65 P aeruginosa PA14 Genomic Sequencing Project 66 Pai S.S., Anas A.A., Jayaprakash N.S., Priyaja P., Sreelakshmi B., Philip R.,Mohandas A & Bright Singh I.S (2010) “Penaeus monodon larvae can be protected from Vibrioharveyi infection by preemptive treatment of rearing system with antagonistic or nonantagonistic bacterial probiotcs” Aquaculture Research 41, p 847-860 67 Parsons J.F., Greenhagen B.T., Shi K., Calabrese K., Robinson H., Ladner J.E (2007) “Structural and functional analysis of the Pyocyanin biosynthetic protein Phz M from Pseudomonas aeruginosa” Biochemistry 46:1821–1828 68 Pattamarat Rattanachuay (2010) “Inhibition of shrimp pathogenic Vibrios by extracellular compounds from a proteolytic bacterium Pseudomonas sp W3” Journal of Biotechnology Vol.13 No.1, Issue of January 15 69 Pattamarat Rattanachuay, Duangporn Kantachote,Manee Tantrungkij (2010) “AntiVibrio compounds produced by Pseudomonas sp W3:characterisaton and assessment of their safety to shrimps” World J Microbiol Biotechnol, DOI 10.1007/s11274-010-0529 70 Pieper D., Stadler-Fritzche K., Scholomann M., and Knackmuss H (1992) “Metabolism of 2-Chloro-4-Methylphenoxyacetate by Alcaligenes eutrophus JMP 134: Implications for the Degradaton of Chloro- and Methyl-Substituted Aromatics via ortho Cleavage” Pseudomonas Molecular Biology and Biotechnology 1992 p 268-272 71 Pierson L.S., Pierson E.A (2010) “Metabolism and functon of phenazines in bacteria: impacts on the behavior of the bacteria in the environment and biotechnological process” Appl Micorbiol Biotechnol 18:1659–1670 72 Porter R.C (2009) Studies in pigment producton by Pseudomonas aeruginosa M.S thesis, Texas Tech University, TX, 59 p 73 Prabhakaran Priyajal (2012) Pyocyanin (5-methyl-1-hydroxyphenazine) Produced by Pseudomonas aeruginosa as Antagonist to Vibrios in Aquaculture: Overexpression, Downstream Process and Toxicity Natonal Centre for aquatic animal health Cochin University of science and technology Kochi 682016, Kerala, India Thesis Doctor of Philosophyin marine biotechnology Chape Toxicity of Pyocyanin on various biological systems, p 94-127 74 Prabhakaran Priyajal (2014) “Antogonistc effect of Pseudomonas aeruginosa isolates from various ecological niches on Vibrio species pathogenic to crustaceans” Journal of Coastal Life Medicine 2014; 2(1): 76-84 70 75 Preetha R., Jose S., Prathapan S., Vijayan K.K., Jayaprakash N.S., Philip R and Bright Singh I.S (2010) “An inhibitory compound produced by Pseudomonas with effectiveness on Vibrio harveyi” Aquaculture Research 41, 1452-1461 71 76 Priest F.G and Austn B (1993) “Modern bacterial taxonomy”, Chapman and Hall, pp 50 - 94 77 Pseudomonas Genome Database 78 Rabaey K., and Verstraete W (2005) “Microbial Fuel Cells: novel biotechnology for enegy generation” TrendS in Biotechnology, Volume 23 79 Rojo F., and Dinamarca A (2004) Catabolite Repression and Physiological Control Pseudomonas 2004 p 365-366 80 Ryan K.J., Ray C.G (editors) (2004) Sherris Medical Microbiology (ấn 4) McGraw Hill 81 Saha S., Thavasi R., Jayalakshmi S (2008) “Phenazine pigments from Pseudomonas aeruginosa and their application as antbacterial agent and food colourants” Res J Microbiol 3:122–128 82 Saosoong K., Wongphathanakul W., Paorsiri C., Ruangviriyachi C (2009) “Isolation and analysis of antbacterial substance produced from Pseudomonas aeruginosa TISTR 781” KKU Sci J 37:163-172 83 Scot Angell, Bennie J Bench, Howard Williams (2006) “Pyocyanin Isolated from a Marine Microbial Populaton: Synergistic Production between Two Distnct Bacterial Species and Mode of Acton” Chemistry & Biology 13, 1349– 1359, 84 Sheeba J (2007) “Isolaton, pigment producton, antifungal activity and antibiogram patern of Pseudomonas aeruginosa” - a study M.Phil., Thesis, Bharathidasan University, 39 p 85 Spilker T et al (2004) “PCR-Based Assay for Differentaton of Pseudomonas aeruginosa from Other Pseudomonas species Recovered from Cystic Fibrosis Patients” J.Clin Mcrobiol Vol 42, No 5; 2074–2079 72 86 Stanisich V., and Richmond M (1075) “Gene Transfer in the Genus Pseudomonas” Genetics and Biochemistry of Pseudomonas 1975 p 170-175 87 Stover K., Pham Q., Erwin L., Mizoguchi D., Warrener P., Hickey J., Brinkman L., Hufnagle O., Kowalid D., M Lagrou, R.L Garber, L Goltry, E Tolentino, S Westbrock-Wadman, Y Yuan, L.L Brody, S.N Coulter, Folger,R., Kas A., Larbig K., Lim R., Smith K., Spencer D., Wong K.,Wu Z., Paulsenk J., Reizer Z., Saier H., Hancock R., Lory S., and Olson V (2000) “Complete genome sequence of Pseudomonas aeruginosa PA01, an opportunistc pathogen” Nature 2000 Volume 406 p 961-964 88 Sudhakar T., Karpagam S., Shiyama S (2013) “Antifungal efcacy of Pyocyanin produced from bioindicators of nosocomial hazards” Int J ChemTech Res 5:1101–1106 89 Sweden E.G (2010) Study the effect of “Antibiotcs on Pyocyanin producton from Pseudomonas aeruginosa and Pyocyanin as antibiotic against different pathogenic bacteria” J Univ Anbar Pure Sci 4:15–18 90 Tom Defoirdt, Peter Bossier, Patrick Sorgeloos and Willy Verstraete (2004) “The impact of mutaton in quorum sensing systems of Aeromonas hydrophila, Vibrioanguillarum and Vibrioharveyi on their virulence towards gnotobiotcally culture Artemia franciscana” Ghent University, Belgium 91 Valls M., Cases I., and Lorenzo V (2004) “Transcripton Mediated by rpoN-Dependent Promoters” Pseudomonas 2004 p 398-302 92 Waksman S.A., Woodruff H.B (1940) “The soil as a source of microorganisms antagonistc to disease producing bacteria” J Bacteriol 40:581– 600 73 93 Wiehlmann L., Wagner G., Cramer N., Siebert B., GudowiusP., Morales G., Ko T., Delden C., Weinel C., Slickers P., and Tu B (2007) “Population structure 74 of Pseudomonas aeruginosa ” Preceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 2007 Volume 104 p 8101–8106 94 Williams H.D., Zlosnik J.E., Ryall B (2007) “Oxygen, cyanide and energy generaton in the cystc fibrosis pathogen Pseudomonas aeruginosa” Adv Microb Physiol 52: 1–71 doi:10.1016/S0065-2911(06)52001-6 95 Worlitzsch D., Tarran R., Ulrich M., et al (2002) “Effects of reduced mucus oxygen concentration in airway Pseudomonasinfectons of cystc fibrosis patents” J Clin Invest 109 (3): 317–25 doi:10.1172/JCI13870 96 Young C (1947) “Pigment production and antbiotic activity in cultures of Pseudomonas aeruginosa” J Bact 54, 109 Tài liệu Web 97 htp://aquanetviet.org/post/1885627/t-ng-quan-v-s-d-ng-ch-ph-m-sinhh-c- probiotics-ki-m-so-t-d-ch-b 98 htp://www.framelco.com/eng/products/feed-additves-monoglycerides The Netherlands 1-Monoglycerides May Prevent EMS June 21, 2013 99 htp://vi.wikipedia.org/wiki/Pseudomonas_aeruginosa#cite_ref-7 75 Phụ lục LOCUS KJ579 1529 bp DNA linear BCT 22-APR-2014 DEFINITION Pseudomonas aeruginosa strain PS39 16S ribosomal RNA gene, partial sequence ACCESSION KJ579953 VERSION KJ579953.1 GI:612340567 SOURCE Pseudomonas aeruginosa ORGANISM Pseudomonas aeruginosa Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pseudomonadales; Pseudomonadaceae; Pseudomonas REFERENCE (bases to 1529) AUTHORS Thuan,N.C., Uyen,N.H and Trang,N.H TITLE Pseudomonas aeruginosa pyocyanin and antibacterial activity JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 1529) AUTHORS Thuan,N.C., Uyen,N.H and Trang,N.H TITLE Direct Submission JOURNAL Submited (14-MAR-2014) Embryotechnology, Insttute of Biotechnology, 18 Hoang Quoc Viet, Hanoi, Hanoi 10 000, Vietnam FEATURES Locaton/Qualifers source 1529 /organism="Pseudomonas aeruginosa" /mol_type="genomic DNA" /strain="PS39" /db_xref="taxon:287" /collected_by="N.C Thuan" rRNA 1529 /product="16S ribosomal RNA" 76 ORIGIN agagttgat cctggctcag attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgagc 61 ggatgaaggg agcttgctcc tggatcagc ggcggacggg tgagtaatgc ctaggaatct 121 gcctggtagt gggggataac gtccggaaac gggcgctaat accgcatacg tcctgaggga 181 gaaagtgggg gatctcgga cctcacgcta tcagatgagc ctaggtcgga tagctagt 241 ggtggggtaa aggcctacca aggcgacgat ccgtaactgg tctgagagga tgatcagtca 301 cactggaact gagacacggt ccagactcct acggggggca gcagtgggga atattggaca 361 atgggcgaaa gcctgatcca gccatgccgc gtgtgtgaag aaggtctcg gatgtaaag 421 cactttaagt tgggaggaag ggcagtaagt taatacctg ctgtttgac gtaccaaca 481 gaataagcac cggctaactt cgtgccagca gccgcggtaa tacgaagggt gcaagcgta 541 atcggaata ctgggcgtaa agcgcgcgta ggtggttcag caagttggat gtgaaatccc 601 cgggctcaac ctgggaactg catccaaaac tactgagcta gagtacggta gagggtggtg 661 gaatttcctg tgtagcggtg aaatgcgtag atataggaag gaacaccagt ggcgaaggcg 721 accacctgga ctgatactga cactgaggtg cgaaagcgtg gggagcaaac aggatagat 781 accctggtag tccacgccgt aaacgatgtc gactagccgt tgggatcct gagatctag 841 tggcgcagct aacgcgataa gtcgaccgcc tggggagtac ggccgcaagg taaaactca 901 aatgaatga cgggggcccg cacaagcggt ggagcatgtg gtttaattcg aagcaacgcg 961 aagaaccta cctggccttg acatgctgag aacttccag agatggatg gtgcctcgg 1021 gagctcagac acaggtgctg catggctgtc gtcagctcgt gccgtgagat gtgggtaa 1081 gtcccgtaac gagcgcaacc cttgtcctta gttaccagca cctcgggtgg gcactctaag 1141 gagactgccg gtgacaaacc ggaggaaggt ggggatgacg tcaagtcatc atggcccta 1201 cggccagggc tacacacgtg ctacaatggt cggtacaaag ggtgccaag ccgcgaggtg 1261 gagctaatcc cataaaaccg atcgtagtcc ggatcgcagt ctgcaactcg actgcgtgaa 1321 gtcggaatcg ctagtaatcg tgaatcagaa tgtcacggtg aatacgttcc cgggccttgt 1381 acacaccgcc cgtcacacca tgggagtggg ttgctccaga agtagctagt ctaaccgcaa 1441 gggggacggt taccacggag tgatcatga ctggggtgaa gtcgtaacaa ggtagccgta 1501 ggggaacctg cggctggatc acctcctta 77 Phụ lục So sánh trình tự gen 16s rRNA chủng PS39 với trình tự gen chủng vi khuẩn lấy ngân hàng gen: * 20 * 40 * 60 * 80 * KJ579953 : AGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGATGAAGGGAGCTTGCTCCTGGATTCAGCGGCGGAC : AF125317 : : 97 97 JN003625 : A : 97 HQ288928 : : 97 JF708186 : : 97 GQ180117 : A : 97 GU566322 : : 97 EF432565 : : 97 JQ249910 : - : 96 NR_074828 : A : 100 * 120 * 140 * 160 * 180 97 * KJ579953 : GGGTGAGTAATGCCTAGGAATCTGCCTGGTAGTGGGGGATAACGTCCGGAAACGGGCGCTAATACCGCATACGTCCTGAGGGAGAAAGTGGGGGATC : 194 AF125317 : : 194 JN003625 : : 194 HQ288928 : : 194 JF708186 : : 194 GQ180117 : : 194 GU566322 : : 194 EF432565 : : 194 JQ249910 : : 193 NR_074828 : : 194 KJ579953 : TTCGGACCTCACGCTATCAGATGAGCCTAGGTCGGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTACCAAGGCGACGATCCGTAACTGGTCTGAGAGGAT : 291 AF125317 : : 291 JN003625 : : 291 HQ288928 : : 291 JF708186 : : 291 GQ180117 : : 291 GU566322 : : 291 EF432565 : : 291 JQ249910 : G : 290 NR_074828 : : 291 KJ579953 : GATCAGTCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGGGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGCGAAAGCCTGATCCAGCCATGCC : 388 AF125317 : A : 388 JN003625 : A : 388 HQ288928 : A : 388 JF708186 : A : 388 GQ180117 : A : 388 GU566322 : A : 388 EF432565 : A : 388 JQ249910 : A : 387 NR_074828 : A : 388 200 * 300 220 * * 320 240 * * 340 260 * * 360 280 * * 380 * 400 * 420 * 440 * 460 * 480 KJ579953 : GCGTGTGTGAAGAAGGTCTTCGGATTGTAAAGCACTTTAAGTTGGGAGGAAGGGCAGTAAGTTAATACCTTGCTGTTTTGACGTTACCAACAGAATA : 485 AF125317 : : 485 JN003625 : : 485 HQ288928 : : 485 JF708186 : : 485 GQ180117 : : 485 GU566322 : : 485 EF432565 : : 485 JQ249910 : : 484 NR_074828 : : 485 KJ579953 : AGCACCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGTGGTTCAGCA : 582 AF125317 : : 582 JN003625 : : 582 HQ288928 : : 582 JF708186 : : 582 GQ180117 : : 582 GU566322 : : 582 EF432565 : C : 582 JQ249910 : : 581 NR_074828 : : 582 KJ579953 : AGTTGGATGTGAAATCCCCGGGCTCAACCTGGGAACTGCATCCAAAACTACTGAGCTAGAGTACGGTAGAGGGTGGTGGAATTTCCTGTGTAGCGGT : 679 AF125317 : : 679 JN003625 : : 679 HQ288928 : : 679 JF708186 : : 679 GQ180117 : : 679 GU566322 : : 679 EF432565 : : 679 JQ249910 : : 678 NR_074828 : : 679 KJ579953 : GAAATGCGTAGATATAGGAAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACCACCTGGACTGATACTGACACTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATT : 776 AF125317 : : 776 JN003625 : : 776 HQ288928 : : 776 JF708186 : : 776 GQ180117 : : 776 GU566322 : : 776 EF432565 : : 776 JQ249910 : : 775 NR_074828 : : 776 KJ579953 : AGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCGACTAGCCGTTGGGATCCTTGAGATCTTAGTGGCGCAGCTAACGCGATAAGTCGACCGCCTGG : 873 AF125317 : : 873 JN003625 : : 873 HQ288928 : : 873 JF708186 : : 873 GQ180117 : : 873 GU566322 : : 873 EF432565 : : 873 JQ249910 : : 872 NR_074828 : : 873 * 500 * * 780 * 600 700 * 520 * * 800 * 540 620 720 * * * 820 * 560 640 740 * * * 840 * 660 760 * 580 * 68 * 860 * 880 * 900 * 920 * 940 * 960 * KJ579953 : GGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTA : AF125317 : : 970 JN003625 : : 970 HQ288928 : : 970 JF708186 : : 970 GQ180117 : : 970 GU566322 : : 970 EF432565 : : 970 JQ249910 : : 969 NR_074828 : : 970 980 * 1000 * 1020 * 1040 * 1060 KJ579953 : CCTGGCCTTGACATGCTGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAGCTCAGACACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGA : 1067 AF125317 : A T : 1067 JN003625 : A T : 1067 HQ288928 : A T : 1067 JF708186 : A T : 1067 GQ180117 : A T : 1067 GU566322 : A T : 1067 EF432565 : A T : 1067 JQ249910 : A T : 1066 NR_074828 : A T : 1067 * 1080 * 1100 * 1120 * 1140 * 1160 KJ579953 : GATGTTGGGTTAAGTCCCGTAACGAGCGCAACCCTTGTCCTTAGTTACCAGCACCTCGGGTGGGCACTCTAAGGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAG : 1164 AF125317 : : 1164 JN003625 : : 1164 HQ288928 : : 1164 JF708186 : : 1164 GQ180117 : : 1164 GU566322 : : 1164 EF432565 : : 1164 JQ249910 : : 1163 NR_074828 : : 1164 * 1180 * 1200 * 1220 * 1240 * 1260 KJ579953 : GAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGGCCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGTCGGTACAAAGGGTTGCCAAGCCGCGAGGTGG : 1261 AF125317 : : 1261 JN003625 : : 1261 HQ288928 : : 1261 JF708186 : T : 1261 GQ180117 : : 1261 GU566322 : : 1261 EF432565 : : 1261 JQ249910 : : 1260 NR_074828 : : 1261 * 1280 * 1300 * 1320 * 1340 * 13 KJ579953 : AGCTAATCCCATAAAACCGATCGTAGTCCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGAATCAGAATGTCACGG : 1358 AF125317 : : 1358 JN003625 : : 1358 HQ288928 : : 1358 JF708186 : : 1358 GQ180117 : : 1358 GU566322 : : 1358 EF432565 : : 1358 JQ249910 : : 1357 970 NR_074828 : : 1358 60 * 1380 * 1400 * 1420 * 1440 * KJ579953 : TGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCTCCAGAAGTAGCTAGTCTAACCGCAAGGGGGACGGTTACCA : 1455 AF125317 : : 1455 JN003625 : : 1455 HQ288928 : : 1455 JF708186 : : 1455 GQ180117 : : 1455 GU566322 : : 1455 EF432565 : : 1455 JQ249910 : : 1454 NR_074828 : : 1455 1460 * 1480 * 1500 * 1520 KJ579953 : CGGAGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACC-TGCGGCTGGATCACCTCCTT : 1528 AF125317 : .- : 1528 JN003625 : .- : 1528 HQ288928 : .G : 1529 JF708186 : .- : 1528 GQ180117 : .- : 1528 GU566322 : .- : 1528 EF432565 : .- : 1528 JQ249910 : .- : 1527 NR_074828 : .- : 1528 ... phẩm sinh học nuôi trồng thủy sản Đề tài nghiên cứu: Phân lập tuyển chọn chủng Pseudomonas sp sinh hoạt chất kháng Vibrio sp gây bệnh tôm nuôi thực nhằm mục đích phân lập chủng Pseudomonas sp. .. DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT - PHÂN LẬP VÀ TUYỂN CHỌN CHỦNG PSEUDOMONAS SP SINH HOẠT CHẤT KHÁNG VIBRIO SP GÂY BỆNH... 1.3.Tổng quan Vibrio sp gây bệnh tôm nuôi 15 Luận văn thạc Nguyễn Huyền sỹ 1.3.1.Đặc điểm phân loại chủng Vibrio sp gây bệnh tômTrang nuôi 15 1.3.2 Bệnh vi khuẩn Vibrio sp gây tôm 15 1.3.2.1