d ỌC TRƢỜN U ỌC SƢ P M  TRẦN T Ị K M AN ẶC ỂM ÌN T Á VÀ A D NG DI TRUYỀN CỦA SÕ LÔN Anadara antiquata Demo Version - Select.Pdf SDK LUẬN VĂN T THEO ỊNH CS S N ỌC ƢỚNG NGHIÊN CỨU Thừa Thiên u ỌC TRƢỜN U ỌC SƢ P M  TRẦN THỊ KIM ANH ẶC ỂM ÌN T Á VÀ A D NG DI TRUYỀN CỦA SÕ LÔN Anadara antiquata Chuyên ngành: Động vật học Mã số: 60 42 01 03 Demo Version - Select.Pdf SDK Giảng viên hướng dẫn khoa hoc: TS TRẦN VĂN GIANG PGS.TS TRẦN QUỐC DUNG LUẬN VĂN THẠC S SINH HỌC THEO ĐỊNH HƯỚNG NGHIÊN CỨU Thừa Thiên Hu 2018 i LỜ CAM OAN Tôi xin cam đoan trực ti p thực nghiên cứu luận văn Mọi k t thu nguyên không chỉnh sửa chép từ nghiên cứu khác; số liệu sơ đồ k t luận văn chưa cơng bố Mọi liệu hình ảnh biểu đồ trích dẫn tham khảo luận văn thu thập sử dụng từ nguồn liệu mở với đồng ý tác giả Các phần mềm phân tích NYSYS 2.1 POPGENE32 có quyền sử dụng với đồng ý (nhóm) tác giả xây dựng phần mềm Tơi xin hồn tồn chịu trách nhiệm với lời cam đoan ọc viên Trần Thị Kim Anh Demo Version - Select.Pdf SDK ii Trong suốt thời gian học tập hoàn thành luận văn xin chân thành cảm ơn quý thầy cô giáo Khoa Sinh học, Trường Đại học Sư phạm Hu nhiệt tình truyền đạt ki n thức cho Tôi xin cảm ơn thầy cô tạo điều kiện thuận lợi cho hồn thành luận văn Đặc biệt tơi xin bày tỏ lời cảm ơn chân thành sâu sắc đ n thầy giáo TS Trần Văn Giang thầy giáo PGS.TS Trần Quốc Dung tận tình hướng dẫn, bảo tạo điều kiện thuận lợi để tơi hồn thành luận văn Version Select.Pdf Tơi xinDemo gửi lời cảm -ơn đ n quýSDK thầy cô giáo Phòng thí nghiệm Di truyền-Vi sinh, Phòng thí nghiệm Động vật học, Trường Đại học Sư phạm Hu Viện Công nghệ sinh học Đại học Hu đặc biệt TS Hoàng Tấn Quảng giúp đỡ dẫn nhiệt tình trình nghiên cứu Cuối tơi xin bày tỏ lòng bi t ơn sâu sắc đ n người thân gia đình bạn bè quan tâm động viên giúp đỡ suốt thời gian học tập nghiên cứu để hoàn thành luận văn Huế, tháng 10 năm 2018 Tác giả luận văn Trần Thị Kim Anh iii MỤC L ỤC MỞ ẦU 1 Lí chọn đề tài .1 Mục tiêu đề tài Chƣơng : TỔNG QUAN VẤN Ề N ÊN CỨU 1.1 Tổng quan sò lơng Anadara antiquata .2 1.1.1 Danh pháp phân loại 1.1.1.1 Danh pháp .2 1.1.1.2 Phân loại 1.1.2 Đặc điểm hình thái 1.2 Phân bố 1.3 Sinh trưởng 1.4 Đặc điểm dinh dưỡng 1.5 Vai trò 1.6 Tình hình khai thác sò lơng Việt Nam .4 1.7 Các nghiên cứu sò lơng 1.7.1 Trên th giới Demo Version - Select.Pdf SDK 1.7.2 Ở Việt Nam 10 1.8 Ứng dụng thị phân tử nghiên cứu đa dạng di truyền 11 1.8.1 Kỹ thuật đa hình đoạn khu ch đại ngẫu nhiên (RAPD) 11 1.8.2 Một số kỹ thuật khác 14 1.8.2.1 Kỹ thuật đa hình chiều dài đoạn giới hạn (RFLP) 14 1.8.2.2 Kỹ thuật đa hình độ dài đoạn khu ch đại (AFLP) 15 1.8.2.3 Vi vệ tinh .15 Chƣơng ỐI TƢỢN VÀ P ƢƠN P ÁP N ÊN CỨU 17 2.1 Đối tượng nguyên vật liệu thi t bị nghiên cứu 17 2.1.1 Đối tượng nghiên cứu 17 2.1.2 Nguyên vật liệu nghiên cứu 17 2.1.3 Hóa chất thi t bị sử dụng nghiên cứu .18 2.2 Thời gian địa điểm nghiên cứu .19 2.2.1 Địa điểm nghiên cứu 19 2.2.2 Thời gian nghiên cứu 19 iv 2.3 Phương pháp nghiên cứu .20 2.3.1 Phương pháp nghiên cứu đặc điểm hình thái .20 2.3.2 Tách chi t DNA tổng số .20 2.3.3 Phương pháp PCR-RAPD 21 2.3.4 Phương pháp điện di gel agarose 22 2.3.5 Phương pháp tinh sản phẩm PCR 23 2.3.6 Phương pháp xử lý số liệu 23 2.3.7 Xây dựng giản đồ phả hệ 23 Chƣơng K T QUẢ N ÊN CỨU VÀ T ẢO LUẬN .24 3.1 Một số đặc điểm hình thái sò lơng A antiquata 24 3.1.1 Kích thước vỏ .24 3.1.2 Thể tích vỏ thể tích khoang vỏ 27 3.1.3 Trọng lượng vỏ khô tỷ trọng vỏ 27 3.2 K t tách chi t DNA tổng số 28 3.3 K t thực RAPD-PCR 29 3.3.1 K t RAPD với primer OPD11 .30 3.3.2 K t quảDemo RAPD với primer OPN06 .32 Version - Select.Pdf SDK 3.3.3 K t RAPD với primer OPG17 .34 3.3.4 K t RAPD với primer OPA03 .36 3.3.5 K t RAPD với primer OPB01 .38 3.3.6 K t RAPD với primer OPA04 .40 3.3.7 K t RAPD với primer OPF04 42 3.3.8 K t RAPD với primer OPB11 .44 3.4 Phân tích mối quan hệ di truyền sò lơng A antiquata 46 3.4.1 Mối quan hệ di truyền cá thể sò lơng A antiquata 46 3.4.2 Mối quan hệ di truyền quần thể sò lơng A antiquata 47 K T LUẬN VÀ K N NGHỊ .49 TÀ L ỆU THAM KHẢO 51 PHỤ LỤC v DANH MỤC CÁC TỪ V AFLP T TẮT Amplified fragment length polymorphism (Đa hình độ dài đoạn khu ch đại) Bp Base pair (cặp base nitơ) Cs cộng DNA Deoxyribonucleic acid EDTA Ethylenediamine tetraacetic acid NTSYSpc Numerical Taxonomy System for personal computer PCI Phenol: Chloroform: Isoamylalcohol PCR Polymerase chain reaction (Phản ứng chuỗi trùng hợp) PPB Percentage of polymorphic band (Tỷ lệ băng đa hình) PBS Phosphate buffered saline RAPD Random amplified polymorphic DNA (Đa hình đoạn khu ch đại ngẫu nhiên) RFLP Restriction fragment length polymorphism (Đa hình độ dài đoạn cắt hạn ch ) SDS Demo Version Select.Pdf SDK Sodium-dodecylsulfate SSR Simple sequence repeat (Sự lặp lại trình tự đơn giản) TAE Tris base: Acetic acid: EDTA vi DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng Hàm lượng trung bình Pb Cu sò lơng ven biển Đà Nẵng 10 Bảng 2.1 Các mẫu sò lơng A antiquata sử dụng nghiên cứu 17 Bảng 2.2 Trình tự primer ngẫu nhiên sử dụng nghiên cứu 18 Bảng 2.3 Các hóa chất sử dụng nghiên cứu .18 Bảng 2.4 Những thi t bị sử dụng nghiên cứu 19 Bảng 3.1 Kích thước vỏ sò lơng A antiquata (mm) 25 Bảng 3.2 Thể tích vỏ thể tích khoang vỏ sò lơng A antiquata(ml) 27 Bảng 3.3 Trọng lượng vỏ khô (g) tỷ trọng vỏ sò lơng A antiquata 28 Bảng 3.4 Các mẫu DNA sò lơng sử dụng nghiên cứu đa dạng di truyền 30 Bảng 3.5 Khoảng cách di truyền (dưới đường chéo) hệ số tương đồng di truyền (trên đường chéo) bốn quần thể sò lơng A antiquata 47 Demo Version - Select.Pdf SDK vii DANH MỤC CÁC ÌN Hình 1.1 Hình thái vỏ sò lơng A antiquata A Mặt ngồi; B Mặt Hình 2.1 Các địa điểm thu mẫu sò lơng A antiquata .18 Hình 3.1 Điện di đồ DNA tổng số số mẫu sò lơng 30 Hình 3.2 Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPD11 32 Hình 3.3 Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPN06 33 Hình 3.4 Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPG17 35 Hình 3.5 Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPA03 37 Hình 3.6 Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPB01 39 Hình 3.7 Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPA04 41 Hình 3.8 Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPF04 43 Hình 3.9 Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPB11 45 Hình 3.10 Giản đồ phả hệ DNA cá thể sò lơng A antiquata nghiên cứu 46 Hình 3.11 Giản đồ phả hệ thu phương pháp UPGMA dựa khoảng cách di truyền Nei (1972) bốn quần thể sò lơng A antiquata 48 Demo Version - Select.Pdf SDK viii MỞ ẦU Lí chọn đề tài Sò lơng Anadara antiquata thuộc ngành Thân mềm (Mollusca), lớp Hai mảnh vỏ (Bivalvia) có giá trị kinh t cao Hiện sò lơng ăn ưa thích Việt Nam số nước th giới Sò lông loại hải sản tốt cho sức khỏe thành phần dinh dưỡng sò lơng protein lipid đường tổng số… có tác dụng tăng cường dẻo dai, cung cấp lượng cho thể… Ngoài việc làm thực phẩm, thịt vỏ sò lơng y học cổ truyền dùng làm thuốc Đông y gọi thịt sò lơng mao kham nhục có vị ngọt, mặn tính ấm khơng độc có tác dụng bổ huy t ôn trung kiện vị, nhuận ngũ tạng tiêu khát khai vị, trị lỵ kinh niên gây sốt lạnh, chữa thi u máu huy t hư tiêu hóa đau dày Vỏ sò lơng gọi mao kham tử có thành phần chủ y u calcium carbonate (trên 97%) dược liệu có vị ngọt, mặn tính lạnh có tác dụng tiêu tích hóa đàm chữa v t máu tụ tím bầm tê bại đại tiện máu mủ, ki t lỵ cam răng… Tuy nhiên ngày với thị hóa mở rộng khu dân cư khai thác mức làm cho nguồn lợi sò lơng đầm phá ven biển nước ta bị giảm sút nghiêm trọng Demo Version Select.Pdf SDK Việt Nam nằm vùng -nhiệt đới gió mùa có địa hình kiểu đất, cảnh quan đa dạng, tạo điều kiện thuận lợi cho phát triển loài sinh vật Ở nước ta, sò lơng tập trung chủ y u vùng ven biển tỉnh Quảng Ninh, Hải Phòng Quảng Nam Đà Nẵng Bình Thuận [18] Tuy nhiên chưa có cơng bố đặc điểm hình thái di truyền sò lơng A antiquata nước ta nói chung vùng ven biển miền Trung nói riêng Xuất phát từ lý chúng tơi ti n hành thực đề tài: “Nghiên cứu đặc điểm hình thái đa dạng di truyền sò lơng Anadara antiquata” Mục tiêu đề tài Xác định số đặc điểm hình thái đánh giá đa dạng di truyền sò lơng A antiquata số tỉnh thuộc miền Trung Việt Nam ... hành thực đề tài: Nghiên cứu đặc điểm hình thái đa dạng di truyền sò lơng Anadara antiquata Mục tiêu đề tài Xác định số đặc điểm hình thái đánh giá đa dạng di truyền sò lơng A antiquata số tỉnh... trọng vỏ sò lơng A antiquata 28 Bảng 3.4 Các mẫu DNA sò lông sử dụng nghiên cứu đa dạng di truyền 30 Bảng 3.5 Khoảng cách di truyền (dưới đường chéo) hệ số tương đồng di truyền (trên đường... quan hệ di truyền sò lơng A antiquata 46 3.4.1 Mối quan hệ di truyền cá thể sò lơng A antiquata 46 3.4.2 Mối quan hệ di truyền quần thể sò lơng A antiquata 47 K T LUẬN VÀ K N