BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN ĐẠI HỌC MỞ HÀ NỘI - VŨ THỊ HUYỀN XÁC ĐịNH VI KHUẩN GRAM ÂM MANG GEN MEDIATE COLISTIN RESISTANT (MCR-1) KHÁNG COLISTIN PHÂN LậP TRONG THựC PHẩM VÀ MÔI TRƯờNG CHĂN NUÔI LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC Hà Nội,10/2016 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN ĐẠI HỌC MỞ HÀ NỘI - LUẬN VĂN THẠC SĨ Chuyên ngành : Công nghệ sinh học Mã ngành : 60420201 XÁC ĐịNH VI KHUẩN GRAM ÂM MANG GEN MEDIATE COLISTIN RESISTANT (MCR-1) KHÁNG COLISTIN PHÂN LậP TRONG THựC PHẩM VÀ MÔI TRƯờNG CHĂN NUÔI HỌC VIÊN THỰC HIỆN : VŨ THỊ HUYỀN HƯỚNG DẪN KHOA HỌC : PGS.TS PHẠM THỊ TÂM Hà Nội, 10/2016 LỜI CẢM ƠN Để hồn thành luận văn này, trước hết tơi xin gửi lời cảm ơn chân thành sâu sắc tới PGS.TS Phạm Thị Tâm, người định hướng nghiên cứu đề tài hướng dẫn tận tình tạo điều kiện giúp đỡ suốt trình thực luận văn Tơi xin gửi lời cảm ơn sâu sắc tới hỗ trợ anh chị cán bộ, giảng viên Khoa Công nghệ Sinh học, Viện đại học Mở Hà Nội Tôi xin cảm ơn tập thể Thầy/Cô Khoa Sau đại học, Viện đại học Mở Hà Nội giúp tơi hồn thành chương trình đào tạo thạc sỹ ngành cơng nghệ sinh học Đặc biệt, xin trân trọng cảm ơn tập thể cán bộ, đồng nghiệp khoa Xét nghiệm Vi sinh Bệnh viện Nhi Trung ương chia sẻ khó khăn, giúp đỡ tơi q trình học tập cơng tác Tơi thực biết ơn gia đình ủng hộ động viên để tơi hồn thành khóa học Hà Nội, ngày 28 tháng 10 năm 2016 Tác giả Vũ Thị Huyền LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đề tài nghiên cứu tôi, tất số liệu kết luận văn trung thực chưa công bố đề tài khác Hà Nội, ngày 28 tháng 10 năm 2016 Tác giả Vũ Thị Huyền MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN LỜI CAM ĐOAN DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT DANH MỤC CÁC BẢNG DANH MỤC CÁC HÌNH VẼ MỞ ĐẦU CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Tình hình kháng thuốc giới 1.2 Tình hình vi khuẩn kháng kháng sinh Việt Nam 1.2.1 Sử dụng kháng sinh cộng đồng 1.2.2 Sử dụng kháng sinh tình hình kháng kháng sinh bệnh viện 1.3 Sử dụng kháng sinh kháng kháng sinh chăn nuôi 1.4 Nguyên nhân kháng thuốc 10 1.4.1 Sử dụng thuốc kháng khuẩn khơng thích hợp 10 1.4.2 Công tác kiểm nghiệm, kiểm tra chất lượng thuốc hạn chế 11 1.4.3 Phòng kiểm soát bệnh truyền nhiễm chưa hiệu 11 1.4.4 Hệ thống giám sát kháng thuốc chưa thiết lập 11 1.4.5 Sử dụng thuốc kháng khuẩn chăn ni chưa kiểm sốt hợp lý 11 1.4.6 Các quy định chuyên môn khám, chữa bệnh chưa cập nhật thường xuyên, liên tục 11 1.4.7 Nhận thức cộng đồng, cán y tế kháng thuốc hạn chế 12 1.5 Kháng sinh Colistin 12 1.5.1 Cơ chế tác dụng colistin 12 1.5.2 Dạng sử dụng, thải trừ thuốc phổ kháng khuẩn 13 1.5.3 Tình hình kháng colistin 14 1.5.4 Cơ chế gây kháng colistin 16 1.5.5 Gen kháng kháng sinh colistin 18 CHƯƠNG ĐỐI TƯỢNG, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 21 2.1 Đối tượng nghiên cứu 21 2.2 Nội dung nghiên cứu 21 2.3 Thiết bị, dụng cụ, mơi trường hóa chất 21 2.3.1 Thiết bị: 21 2.3.2 Dụng cụ 21 2.3.3 Môi trường, hóa chất 22 2.4 Phương pháp nghiên cứu 22 2.4.1 Phương pháp lấy mẫu thịt gà, lợn (Theo QCVN 01-04: 2009/ BNNPTNT) 22 2.4.2 Phương pháp lấy mẫu tăm trực tràng gà, lợn 23 2.4.3 Phương pháp lấy mẫu chất thải môi trường chăn nuôi 23 2.4.4 Phương pháp xử lý mẫu 23 2.4.5 Phương pháp phân lập vi khuẩn E.coli 23 2.4.6 Phương pháp phân lập vi khuẩn Salmonella 24 2.4.7 Phương pháp phân lập vi khuẩn Campylobacter 24 2.4.8 Phương pháp đánh giá độ nhạy cảm kháng sinh (CLSI 2015) 25 2.4.9 Kỹ thuật tách chiết DNA 26 2.4.10 Kỹ thuật PCR phát gen mcr-1 (1,626 bp) 26 2.4.11 Kỹ thuật điện di DNA gel agarose 27 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 28 3.1 Mức độ nhiễm số loài vi khuẩn gram âm thực phẩm môi trường chăn nuôi 28 3.2 Mức độ kháng kháng sinh chủng vi khuẩn gram âm phân lập 30 3.2.1 Kết xác định tính mẫn cảm với số loại kháng sinh vi khuẩn E coli phân lập 31 3.2.2 Kết xác định tính mẫn cảm với số loại kháng sinh vi khuẩn Salmonella phân lập 33 3.2.3 Kết xác định tính mẫn cảm với số loại kháng sinh vi khuẩn Campylobacter phân lập 36 3.2.4 Mức độ kháng kháng sinh colistin chủng vi khuẩn phân lập 38 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 49 Kết luận 49 Đề nghị 50 TÀI LIỆU THAM KHẢO 51 DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT ANSORP Asian Network for Surveillance of Resistant Pathogens BHI Brain Heart Infusion BNNPTNT Bộ Nông nghiệp phát triển nông thôn DNA Deoxyribonucleic acid ECDC European Centre for Disease Prevention and Control ESBL Extended-spectrum beta-lactamase KONSAR Korean Nationwide Surveillance of Antimicrobial Resistance LPS Lipopolysaccharide MCR-1 Mediate colistin resistant MDR Multi Drug Resistance - Đa kháng thuốc MIC Minimum Inhibitory Concentration - Nồng độ ức chế tối thiểu PCR Polymerase Chain Reaction QCVN Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia RNA Ribonucleic acid WHO World Health Organization XLD Xylose Lysine Deroxycholate DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 2.1 Đặc điểm vi khuẩn Campylobacter 25 Bảng 3.1 Mức độ ô nhiễm số loài vi khuẩn gram âm mẫu thí nghiệm 29 Bảng 3.2 Quy định đánh giá mức độ mẫn cảm với kháng sinh CLSI, 2015 30 Bảng 3.3 Tỷ lệ kháng kháng sinh vi khuẩn E.coli phân lập 31 Bảng 3.4 Tỷ lệ kháng kháng sinh vi khuẩn Salmonella phân lập 33 Bảng 3.5 Tỷ lệ kháng kháng sinh vi khuẩn Campylobacter phân lập 36 Bảng 3.6 Tỷ lệ kháng kháng sinh colistin vi khuẩn phân lập 39 DANH MỤC CÁC HÌNH VẼ Hình 1.1 Tỉ lệ kháng kháng sinh thường dùng loài vi khuẩn gram âm Hình 1.2 Các nước giới phát gen mcr-1 thể động vật 19 Hình 1.3 Các nước giới phát gen mcr-1 20 thực phẩm môi trường 20 Hình 1.4 Các nước giới phát gen mcr-1 người 20 Hình 3.1 Tỷ lệ kháng kháng sinh chủng vi khuẩn E.coli phân lập 32 Hình 3.2 Tỷ lệ kháng kháng sinh chủngvi khuẩn Salmonella phân lập 35 Hình 3.3 Tỷ lệ kháng kháng sinh chủngvi khuẩn Campylobacter phân lập 37 Hình 3.4 Tỷ lệ mẫn cảm với colistin chủng vi khuẩn phân lập 38 Hình 3.5 Tỷ lệ mẫn cảm với colistin chủng vi khuẩn phân lập 41 Hình 3.6 Kết điện di đồ sản phẩm PRC phát gen mcr-1 42 Hình 3.7 So sánh trình tự gen mcr-1 từ mẫu phân lập với trình tự GeneBank mã số KX013539.1 43 Hình 3.8 Mức độ tương đồng trình tự gen mcr-1 từ mẫu phân lập với trình tự GeneBank 47 Query 361 TTAAACGCAGCGTTTATCATGCGTATCATTGGTTTGGGTGTGCTACCAAGTTTGCTTGTG 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 22472 TTAAACGCAGCGTTTATCATGCGTATCATTGGTTTGGGTGTGCTACCAAGTTTGCTTGTG 22531 Query 421 GCTTTTGTTAAGGTGGATTTTCCGACTTGGGGCAAGGGTATGATGCGCCGATTGGGCTTT 480 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 22532 GCTTTTGTTAAGGTGGATTATCCGACTTGGGGCAAGGGTTTGATGCGCCGATTGGGCTTG 22591 Query 481 ATCGTGGCAAGTCTTGCGCTGATTTTACTGCCTGTGGTGGCGTTCAGCAGTCATTATGCC 540 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 22592 ATCGTGGCAAGTCTTGCGCTGATTTTACTGCCTGTGGTGGCGTTCAGCAGTCATTATGCC 22651 Query 541 AGTTTCTTT-GCGTGCATAAGCCGCTGCGTAGCTATGTCAATCCGATCATGCCAATCTAC 599 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 22652 AGTTTCTTTCGCGTGCATAAGCCGCTGCGTAGCTATGTCAATCCGATCATGCCAATCTAC 22711 Query 600 TCGGTGGGTAAGCTTGCCAGTATTGAGTATAAAAAAGCCTGTGCGCCAAAAGATACCATT 659 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 22712 TCGGTGGGTAAGCTTGCCAGTATTGAGTATAAAAAAGCCAGTGCGCCAAAAGATACCATT 660 TATCACGCCAAAGACGCGGTACAAGCAACCAAGCCTGATATGCGTAAGCCACGCCTAGTG 22771 Query 719 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 22772 TATCACGCCAAAGACGCGGTACAAGCAACCAAGCCTGATATGCGTAAGCCACGCCTAGTG 22831 Query 720 GTGTTCGTCGTCGGTGAGACGGCACGCGCCGATCATGTCAGCTTCAATGGCTATGAGCGC 779 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 22832 GTGTTCGTCGTCGGTGAGACGGCACGCGCCGATCATGTCAGCTTCAATGGCTATGAGCGC 22891 Query 780 GATACTTTCCCACAGCTTGCCAAGATCGATGGCGTGACCAATTTTAGCAATGTCACATCG 839 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 22892 GATACTTTCCCACAGCTTGCCAAGATCGATGGCGTGACCAATTTTAGCAATGTCACATCG 22951 Query 840 TGCGGCACATCGACGGCGTATTCTGTGCCGTGTATGTTCAGCTATCTGGGCGCGGATGAG 899 44 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 22952 TGCGGCACATCGACGGCGTATTCTGTGCCGTGTATGTTCAGCTATCTGGGCGCGGATGAG 23011 Query 900 TATGATGTCGATACCGCCAAATACCAAGAAAATGTGCTGGATACGCTGGATCGCTTGGGC 959 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 23012 TATGATGTCGATACCGCCAAATACCAAGAAAATGTGCTGGATACGCTGGATCGCTTGGGC 960 GTAAGTATCTTGTGGCGTGATAATAATTCGGACTCAAAAGGCGTGATGGATAAGCTGCCA 23071 Query 1019 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 23072 GTAAGTATCTTGTGGCGTGATAATAATTCGGACTCAAAAGGCGTGATGGATAAGCTGCCA 1020 AAAGCGCAATTTGCCGATTATAAATCCGCGACCAACAACGCCATCTGCAACACCAATCCT 23131 Query 1079 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 23132 AAAGCGCAATTTGCCGATTATAAATCCGCGACCAACAACGCCATCTGCAACACCAATCCT 23191 Query 1080 TATAACGAATGCCGCGATGTCGGTATGCTCGTTGGCTTAGATGACTTTGTCGCTGCCAAT 1139 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 23192 TATAACGAATGCCGCGATGTCGGTATGCTCGTTGGCTTAGATGACTTTGTCGCTGCCAAT 23251 Query 1140 AACGGCAAAGATATGCTGATCATGCTGCACCAAATGGGCAATCACGGGCCTGCGTATTTT 1199 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 23252 AACGGCAAAGATATGCTGATCATGCTGCACCAAATGGGCAATCACGGGCCTGCGTATTTT 1200 AAGCGATATGATGAAAAGTTTGCCAAATTCACGCCAGTGTGTGAAGGTAATGAGCTTGCC 23311 Query 1259 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 23312 AAGCGATATGATGAAAAGTTTGCCAAATTCACGCCAGTGTGTGAAGGTAATGAGCTTGCC 1260 AAGTGCGAACATCAGTCCTTGATCAATGCTTATGACAATGCCTTGCTTGCCACCGATGAT 23371 Query 1319 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 45 Sbjct 23372 AAGTGCGAACATCAGTCCTTGATCAATGCTTATGACAATGCCTTGCTTGCCACCGATGAT 1320 TTCATCGCTCAAAGTATCCAGTGGCTGCAGACGCACAGCAATGCCTATGATGTCTCAATG 23431 Query 1379 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 23432 TTCATCGCTCAAAGTATCCAGTGGCTGCAGACGCACAGCAATGCCTATGATGTCTCAATG 1380 CTGTATGTCAGCGATCATGGCGAAAGTCTGGGTGAGAACGGTGTCTATCTACATGGTATG 23491 Query 1439 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 23492 CTGTATGTCAGCGATCATGGCGAAAGTCTGGGTGAGAACGGTGTCTATCTACATGGTATG 1440 CCAAATGCCTTTGCACCAAAAGAACAGCGCAGTGTGCCTGCATTTTTCTGGACGGATAAG 23551 Query 1499 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 23552 CCAAATGCCTTTGCACCAAAAGAACAGCGCAGTGTGCCTGCATTTTTCTGGACGGATAAG 1500 CAAACTGGCATCACGCCAATGGCAACCGATACCGTCCTGACCCATGACGCGATCACGCCG 23611 Query 1559 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 23612 CAAACTGGCATCACGCCAATGGCAACCGATACCGTCCTGACCCATGACGCGATCACGCCG 1560 ACATTATTAAAGCTGTTTGATGTCACCGCGGACAAAGTCAAAGACCGCACCGCATTCATC 23671 Query 1619 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 23672 ACATTATTAAAGCTGTTTGATGTCACCGCGGACAAAGTCAAAGACCGCACCGCATTCATC 23731 Query 1620 CGCTGA 1625 |||||| Sbjct 23732 CGCTGA 23737 46 Hình 3.8 Mức độ tương đồng trình tự gen mcr-1 từ mẫu phân lập với trình tự GeneBank 47 Ở Việt Nam, nghiên cứu Surbhi cộng năm 2016 chủng E.coli phân lập từ mẫu tăm trực tràng gà nuôi Hưng n lợn ni số lò mổ Hà Nội phát tỷ lệ chủng gen mcr1 37,5% (9/24 chủng), chủng dương tính gen mcr- phân lập từ mẫu trực tràng lợn nuôi, chủng phân lập từ mẫu lợn lò mổ Bằng phương pháp giải trình tự gen Sanger cộng năm 1977, tác giả xác định trình tự gen mcr-1 chủng phân lập tương đồng 100% với trình tự gen mcr-1 Trung Quốc [65] Như vậy, với kết thu nhận thấy: tình trạng kháng kháng sinh colistin chủng vi khuẩn gram âm Việt Nam phổ biến Sự xuất gen mcr-1ở chủng vi khuẩn mối nguy cần kiểm soát để tránh truyền lây gen kháng kháng sinh, tạo thành quần thể vi khuẩn kháng colistin 48 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ Kết luận - Đã xác định tỷ lệ mẫu vi khuẩn E.coli, Salmonella vàCampylobacter 1.076 mẫu thịt lợn/gà, mẫu tăm trực tràng lợn/gà, mẫu chất thải chuồng lợn/gà, tỷ lệ nhiễm tương ứng là: từ 63,2981,75%, 28,24-69,31%, 8,24-14,15% - Đã xác định mức độ kháng loại kháng sinh thường gặp chủng vi khuẩn phân lập là: + Đối với vi khuẩn E.coli: kháng mạnh với với kháng sinh tetracyclin (100%), trimethoprim/sulfamethoxazol (80%), ampicillin (75,84%), streptomycin (70,07%); Cephalothin norfloxacin có tỷ lệ kháng tương đương nhau, chiếm 4,97% + Đối với vi khuẩn Salmonella: cephalothin, tetracyclin, streptomycin, trimethoprim/sulfametoxazol, gentamycin, enrofloxacin, ampicillin bị kháng với tỷ lệ từ 51,29-73,41% + Đối với vi khuẩn Campylobacter: kháng kháng sinh norfloxacin enrofloxacin 90,82% trimethoprim/sulfamethoxazol với đối 89,8%, tetracyclin 67,35% 41,84%; kháng sinh cephalotin, ampicillin, neomycin, streptomycin có tần xuất bị kháng tương ứng là: 23,47%, 19,39%, 13,27%, 11,22% Gentamycin không bị kháng - Đã xác định mức độ kháng colistin chủng E.coli, Salmonella vàCampylobacter phân lập 4,7%, 9,41% 24,49% - Đã xác định 01 chủng vi khuẩn E.coli dương tính với gen mcr-1 Trình tự gen thu tương đồng 99% với trình tự nucleotide gen mcr-1 nằm plasmid pBA76, pBA77, pABC149 GeneBank có mã số KX013540.1, KX013539.1, KX013538.1 49 2.Đề nghị Cần có nghiên cứu điều tra với quy mơ tồn quốc để có nhìn tồn cảnh tình trạng kháng kháng sinh colistin, từ xây dựng kế hoạch hành động việc giám sát lây truyền gen kháng làm hạn chế mức thấp tình trạng kháng kháng sinh 50 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng Việt Phân tích thực trạng sử dụng kháng sinh kháng kháng sinh Việt Nam, 2010 (Situation Analysis on Antibiotic Use and Resistance in Vietnam, 2010, GARP - Việt Nam) http://bachmai.gov.vn/index.php?option=com_content&task=view&id=159 LeBas, Trần Thị Hạnh, Nguyễn Tiến Thành (2007),Epidemiological analysis of Salmonella enterica subsp Enterica during the pig slauterhouse process in Viet Nam using serotyping and pulsed - field gel electrophoresi,Tạp chí Khoa học kĩ thuật thú y, tập XIV, số Lý Thị Liên Khai, 2014, Khảo sát chất lượng thịt heo vấy nhiễm vi sinh vật hai sở giết mổ gia súc thành phồ Cao Lãnh, Đồng Tháp thành phố Cần Thơ, Tạp chí Khoa học Trường Đại học Cần Thơ Số chuyên đề: Nông nghiệp (2014)(2): 53-62 Cầm Ngọc Hoàng, Nguyễn Thị Thanh Thủy , Nguyễn Bá Tiếp (2014) Đánh giá thực trạng giết mổ ô nhiễm vi khuẩn thịt lợn sở giết mổ thuộc tỉnh Nam Định, Tạp chí Khoa học Phát triển 2014, tập 12, số 4: 549-557 Trần Thị Thùy Giang, Nguyễn Thị Nguyệt, Nguyễn Văn Trí, Nguyễn Thị Lệ Hồ, Vương Xuân Vân, Uông Nguyễn Đức Ninh, Phẩm Minh Thu, Cao Hữu Nghĩa (2014), Khảo sát độ nhiễm khuẩn khả kháng kháng sinh E.coli phân lập từ thực phẩm viện Pasteur, thành phố Hồ CHí Minh, Tạp chí Khoa học ĐHSP TPHCM Phạm Hoàng Sơn Hưng, Nguyễn Xuân Hòa, Phan Vũ Hải, Nguyễn Thị Hồng Thắm(2016) Đánh giá tính mẫn cảm kháng sinh E.coli Salmonella spp phân lập từ lợn theo mẹ bị tiêu chảy huyện Phú Vang, Thừa Thiên Huế, Tạp chí khoa học đại học Huế T 119, S (2016) Nguyễn Viết Không, Phạm Thị Ngọc, Đinh Xuân Tùng, Lapar Ma Lucila, Fred Unger, Nguyễn Việt Hùng, Phạm Đức Phúc, Phạm Thị Nga,Gilbert Jeffrey 51 (2012) Ô nhiễm Salmonella điểm giết mổ gia cầm quy mô nhỏ huyện ngoại thành Hà Nội, Tạp chí Nơng nghiệp phát triển Nông thôn kỳ tháng 2/2012 Hoàng Văn Hùng cs (2015) Nghiên cứu nguyên gây tiêu chảy cấp tính kháng kháng sinh cùa vi khuẩn bệnh nhân người lớn, Tạp chí Y học Quân sự, số tháng 10 Nguyễn Đắc Trung (2009) Đặc điểm kháng kháng sinh chế truyền gen kháng thuốc chủng Salmonella typhi phân lập Việt Nam, Tạp chí Khoa học Cơng nghệ 11 Võ Ngọc Bảo, Nguyễn Ngọc Diễn, R Fries(2006) Tình hình nhiễm Campylobacter thân thịt gà lò giết mổ gia cầm thành phố Hồ Chí Minh,Tạp chí Khoa học Kỹ thuật Thú y , tập 13, số 1, trang 33-37 12 Lưu Quỳnh Hương, Trần Thị Hạnh, Phùng Đắc Cẩm, Nguyễn Thị Bé (2006).Điều tra tỷ lệ nhiễm Campylobacter spp, từ thịt gà thu thập địa bàn Hà Nội,Viện Nghiên cứu Vệ sinh Dịch tễ, Hà Nội 13 Đỗ Bích Duệ, Vũ Văn Hạnh (2009),Nghiên cứu số đặc điểm vi khuẩn E.coli thịt lợn tươi số chợ khu vực phố Thái Ngun, Tạp chí Khoa học Cơng nghệ 97(09): 93 - 97 Tài liệu tiếng Anh 14 Antimicrobial Resistance Global Report on Surveillance, 2014 [http://apps.who.int/iris/bitstream/10665/112642/1/9789241564748_eng.pdf] 15 Jae-Hoon Song, Sook-In Jung, Kwan Soo Ko, Na Young Kim, Jun Seong Son, Hyun-Ha Chang, Hyun Kyun Ki, Won Sup Oh, Ji Yoeun Suh, Kyong Ran Peck, Nam Yong Lee, Yonghong Yang, Quan Lu, Anan Chongthaleong, Cheng-Hsun Chiu, M K Lalitha, Jennifer Perera, Ti Teow Yee, Gamini Kumarasinghe, Farida Jamal, Adeeba Kamarulzaman, Navaratnam Parasakthi, Pham Hung Van, Celia Carlos, Thomas So, Tak Keung NgandAtef Shibl High Prevalence of Antimicrobial Resistance among Clinical Streptococcus pneumoniae Isolates in Asia (an ANSORP Study Antimicrob Agents Chemother June 2004, Vol 48, No 6, 2101-2107 52 16 Yi-Yun Liu, Yang Wang, Timothy R Walsh, Ling-Xian Yi, Rong Zhang, James Spencer, Yohei Doi, Guobao Tian, Baolei Dong, Xianhui Huang, Lin-Feng Yu, Danxia Gu, Hongwei Ren, Xiaojie Chen, Luchao Lv, Dandan He, Hongwei Zhou, Zisen Liang, Jian-Hua Liu, Jianzhong Shen (2016) The Lancet Infectious Disease.Volume 16, No 2, p161-168 17 Global tuberculosis control 2012- WHO 18 Transatlantic Taskforce on Antimicrobial Resistance, U.S & E.U, 2011 19 Song JH & ANSORP Antimicrobial Agents And Chemotherapy, June 2004, p 2101-2107 20 Zhang, W., et al., Antibiotic use in five children’s hospitals during 2002-2006: the impact of antibiotic guidelines issued by the Chinese Ministry of Healthy pharmacoepidemiology and drug safety, 2008 17: p 306-311 21 Larsson, M., Antibiotic use and resistance: Assessing and improving utilisation and provision of antibiotics and other drugs in Vietnam PhD Thesis, 2003 22 Hoa, N.Q., et al., Unnecessary antibiotic use for mild acute respiratory infections in 28-day follow-up of 823 children under five in rural Vietnam Journal of Antimicrobial Chemotherapy 2007 23 http://www.cddep.org/sites/cddep.org/files/vn_an.pdf 24 Talbot GH, Bradley J, Edwards JE Jr, Gilbert D, Scheld M, Bartlett JG Bad bugs need drugs: An update on the development pipeline from the antimicrobial availability task force of the Infectious Diseases Society of America Clin Infect Dis 2006;42:657-68 (Erratum in Clin Infect Dis 2006;42: 1065 25 Li J, Nation RL, Milne RW, Turnidge JD, Coulthard K Evaluation of colistin as an agent against multi-resistant gram-negative bacteria Int J Antimicrob Agents 2005;25:11-25 26 Falagas ME, Kasiakou SK, Tsiodras S, Michalopoulos A The use of intravenous and aerosolized polymyxins for the treatment of infections in critically ill patients: a review of the recent literature Clin Med Res 2006;4:138-46 53 27 Falagas ME, Kasiakou SK Colistin: The revival of polymyxins for the management of multidrug-resistant gram-negative bacterial infections Clin Infect Dis 2005;40:1333-41 28 Li J, Nation RL, Turnidge JD, et al Colistin: The re-emerging antibiotic for multidrug-resistant gram-negative bacterial infections Lancet Infect Dis 2006;6:589-601 29 Li J, Coulthard K, Milne R, et al Steady-state pharmacokinetics of intravenous colistin methanesulphonate in patients with cystic fibrosis J Antimicrob Chemother 2003;52:987-92 30 Li J, Milne RW, Nation RL, Turnidge JD, Coulthard K Stability of colistin and colistin methanesulfonate in aqueous media and plasma as determined by highperformance liquid chromatography Antimicrob Agents Chemother 2003;47: 1364-70 31 Bergen PJ, Li J, Rayner CR, Nation RL Colistin methanesulfonate is an inactive prodrug of colistin against Pseudomonasaeruginosa Antimicrob Agents Chemother 2006;50:1953-8 32 Rodriguez CH, Pautaso J, Bombicino K, Vay C, Famiglietti A Sensitivity to colistin: evaluation of cut-off points available in disk diffusion test [in Spanish] Rev Argent Microbiol 2004;36:125-9 33 Li J, Milne RW, Nation RL, Turnidge JD, Smeaton TC, Coulthard K Use of high-performance liquid chromatography to study the pharmacokinetics of colistin sulfate in rats following intravenous administration Antimicrob Agents Chemother 2003;47:1766-70 34 Storm DR, Rosenthal KS, Swanson PE Polymyxin and related peptide antibiotics Annu Rev Biochem 1977;46:723-63 35 Dixon RA, Chopra I Leakage of periplasmic proteins from Escherichia coli mediated by polymyxin B nonapeptide Antimicrob Agents Chemother 1986;29:781-8 54 36 Peterson AA, Hancock RE, McGroarty EJ Binding of polycationic antibiotics and polyamines to lipopolysaccharides of Pseudomonas aeruginosa J Bacteriol 1985;164:1256-61 37 Kasiakou SK, Rafailidis PI, Liaropoulos K, Falagas ME Cure of post-traumatic recurrent multiresistant gram-negative rod meningitis with intraventricular colistin J Infect 2005;50: 348-52 38 Li J, Rayner CR, Nation RL, et al Heteroresistance to colistin in multidrugresistant Acinetobacter baumannii.Antimicrob Agents Chemother 2006;50:2946-50 39 Galani I, Kontopidou F, Souli M, et al Colistin susceptibility testing by Etest and disk diffusion methods Int J Antimicrob Agents 2008;31:434-9 40 Arroyo LA, Garcia-Curiel A, Pachon-Ibanez ME, et al Reliability of the E-test method for detection of colistin resistance in clinical isolates of Acinetobacter baumannii J Clin Microbiol 2005;43:903-5 41 Ko KS, Suh JY, Kwon KT, et al High rates of resistance to colistin and polymyxin B in subgroups of Acinetobacterbaumannii isolates from Korea J Antimicrob Chemother 2007;60:1163-7 42 Yau W, Owen RJ, Poudyal A, et al Colistin heteroresistance in multidrugresistant Acinetobacter baumannii clinical isolates from the western pacific region in the SENTRY antimicrobial surveillance programme J Infect 2009;58:138-44 43 Doi Y, Husain S, Potoski B, et al Extensively drug-resistant Acinetobacter baumannii Emerg Infect Dis 2009;15:980-2 44 Li J, Nation RL, Owen RJ, Wong S, Spelman D, Franklin C Antibiograms of multidrug-resistant clinical Acinetobacterbaumannii: promising therapeutic options for treatment of infection with colistin-resistant strains Clin Infect Dis 2007;45:594-8 55 45 Hawley JS, Murray CK, Griffith ME, et al Susceptibility of Acinetobacter strains isolated from deployed U.S military personnel Antimicrob Agents Chemother 2007;51:376-8 46 Hernan RC, Karina B, Gabriela G, Marcela N, Carlos V, Angela F Selection of colistin-resistant Acinetobacter baumannii isolates in postneurosurgical meningitis in an intensive care unit with high presence of heteroresistance to colistin Diagn Microbiol Infect Dis 2009;65:188-91 47 Li J, Turnidge J, Milne R, Nation RL, Coulthard K In vitro pharmacodynamic properties of colistin and colistin methanesulfonate against Pseudomonas aeruginosa isolates from patients with cystic fibrosis Antimicrob Agents Chemother 2001;45:781-5 48 Schulin T In vitro activity of the aerosolized agents colistin and tobramycin and five intravenous agents against Pseudomonasaeruginosa isolated from cystic fibrosis patients in southwestern Germany J Antimicrob Chemother 2002;49:403-6 49 Denton M, Kerr K, Mooney L, et al Transmission of colistin-resistant Pseudomonas aeruginosa between patients attending a pediatric cystic fibrosis center Pediatr Pulmonol 2002;34: 257-61 50 Antoniadou A, Kontopidou F, Poulakou G, et al Colistin-resistant isolates of Klebsiella pneumoniae emerging in intensive care unit patients: first report of a multiclonal cluster J Antimicrob Chemother 2007;59:786-90 51 Poudyal A, Howden B, Bell J, et al In vitro pharmacodynamics of colistin against multidrug-resistant Klebsiella pneumoniae J Antimicrob Chemother 2008;62:1311-18 52 Suh J-Y, Son J, Chung D, et al Nonclonal emergence of colistin-resistant Klebsiella pneumoniae isolates from blood samples in South Korea Antimicrob Agents Chemother 2010;54:560-2 56 53 Owen RJ, Li J, Nation RL, Spelman D In vitro pharmaco-dynamics of colistin against Acinetobacter baumannii clinical isolates J Antimicrob Chemother 2007;59:473-7 54 Tan TY, Ng LS, Tan E, Huang G In vitro effect of minocycline and colistin combinations on imipenem-resistant Acinetobacterbaumannii clinical isolates J Antimicrob Chemother 2007;60:421-3 55 Tan CH, Li J, Nation RL Activity of colistin against heteroresistant Acinetobacter baumannii and emergence of resistance in an in vitro pharmacokinetic/pharmacodynamic model, Antimicrob Agents Chemother 2007;51:3413-15 56 Macfarlane EL, Kwasnicka A, Ochs MM, Hancock RE PhoP-PhoQ homologues in Pseudomonas aeruginosa regulate expression of the outer-membrane protein OprH and polymyxin B resistance, Mol Microbiol 1999;34:305-16 57 Gunn JS, Ryan SS, Van Velkinburgh JC, Ernst RK, Miller SI Genetic and functional analysis of a PmrA-PmrB-regulated locus necessary for lipopolysaccharide modification, antimicrobial peptide resistance, and oral virulence of Salmonella enterica Serovar Typhimurium, Infect Immun 2000;68:6139-46 58 Soncini FC, Groisman EA Two-component regulatory systems can interact to process multiple environmental signals J Bacteriol 1996;27:6796-801 59 McPhee JB, Bains M, Winsor G, et al Contribution of the PhoP-PhoQ and PmrA-PmrB two-component regulatory systems to Mg2+-induced gene regulation in Pseudomonasaeruginosa, J Bacteriol 2006;188:3995-4006 60 McPhee JB, Lewenza S, Hancock RE Cationic antimicrobial peptides activate a two-component regulatory system, PmrAPmrB, that regulates resistance to polymyxin B and cationic antimicrobial peptides in Pseudomonas aeruginosa, Mol Microbiol 2003;50:205-17 61 Moskowitz SM, Ernst RK, Miller SI PmrAB, A two-component regulatory system of Pseudomonas aeruginosa that modulates resistance to cationic antimicrobial peptides and addition of aminoarabinose to lipid, A J Bacteriol 2004;186:575-9 57 62 Marwa E.A Aly, Tamer M Essam and Magdy A Amin (2012), Antibiotic Resistance Profile of E coli Strains Isolated from Clinical Specimens and Food Samples in Egypt, International Journal of Microbiological Research, 3(3), pp.176- 182 63 Muhammad Ali Akond, Saidul Alam, S.M.R Hassan, Momena Shirin (2009), Antibiotic Resistance of Escherichia Coli Isolated From Poultry and Poultry Environment of Bangladesh, Internet Journal of Food Safety, Vol.11, pp.19-23 64 Muhammad Idrees, Muhammad Ali Shah, Shazia Michael, Raheel Qamar and Habib Bokhar (2011), Antimicrobial Resistant Escherichia coli Strains Isolated From Food Animals in Pakistan, Pakistan J Zool, Vol 43(2), pp.303-310 65 Surbhi Malhotra-Kumar, Basil Britto Xavier, Anupam J Das, Christine Lammens, Ha Thi Thu Hoang, Ngoc Thi Pham,Herman Goossens (2016) Colistin-resistant Escherichia coli harbouring mcr-1 isolated from food animals in Hanoi, Vietnam, The Lancet Infectiuos Disease Volume 16, No 3, p286-287 58 ... loài vi khuẩn gram âm thực phẩm môi trường chăn nuôi 28 3.2 Mức độ kháng kháng sinh chủng vi khuẩn gram âm phân lập 30 3.2 .1 Kết xác định tính mẫn cảm với số loại kháng sinh vi khuẩn. .. hiệu Ý nghĩa thực tiễn Vi c xác định mức độ kháng kháng sinh nói chung kháng colistin nói riêng chủng vi khuẩn gram âm phân lập từ số loại thực phẩm môi trường chăn nuôi để làm sở cho vi c tuyên... bào kháng colistin khơng có khả tạo biofilm 1. 5.5 .Gen kháng kháng sinh colistin Tháng 11 năm 2 015 , Liu cộng phát plasmid mang gen kháng colistin (Mediated Colistin Resistance gene, mcr -1) vi khuẩn