Đang tải... (xem toàn văn)
Nghiên cứu và khuếch đại gene TK2017 mã hóa Osmotically Inducible Protein C ( OsmC) từ vi khuẩn chịu nhiệt Thermococcus kodakarensis KOD1. (Khóa luận tốt nghiệp)Nghiên cứu và khuếch đại gene TK2017 mã hóa Osmotically Inducible Protein C ( OsmC) từ vi khuẩn chịu nhiệt Thermococcus kodakarensis KOD1. (Khóa luận tốt nghiệp)Nghiên cứu và khuếch đại gene TK2017 mã hóa Osmotically Inducible Protein C ( OsmC) từ vi khuẩn chịu nhiệt Thermococcus kodakarensis KOD1. (Khóa luận tốt nghiệp)Nghiên cứu và khuếch đại gene TK2017 mã hóa Osmotically Inducible Protein C ( OsmC) từ vi khuẩn chịu nhiệt Thermococcus kodakarensis KOD1. (Khóa luận tốt nghiệp)Nghiên cứu và khuếch đại gene TK2017 mã hóa Osmotically Inducible Protein C ( OsmC) từ vi khuẩn chịu nhiệt Thermococcus kodakarensis KOD1. (Khóa luận tốt nghiệp)Nghiên cứu và khuếch đại gene TK2017 mã hóa Osmotically Inducible Protein C ( OsmC) từ vi khuẩn chịu nhiệt Thermococcus kodakarensis KOD1. (Khóa luận tốt nghiệp)
ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM LÝ THỊ LƢỢNG Tên đề tài: NGHIÊN CỨU VÀ KHUẾCH ĐẠI GENE TK2017 MÃ HÓA OSMOTICALLY INDUCIBLE PROTEIN ( OsmC) TỪ VI KHUẨN CHỊU NHIỆT THERMOCOCCUS KODAKARENSIS KOD1 KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC Hệ đào tạo Chuyên ngành Khoa Khóa học : Chính quy : Cơng nghệ Sinh học : CNSH - CNTP : 2012 - 2016 Thái Nguyên, năm 2016 ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM LÝ THỊ LƢỢNG Tên đề tài: NGHIÊN CỨU VÀ KHUẾCH ĐẠI GENE TK2017 MÃ HÓA OSMOTICALLY INDUCIBLE PROTEIN ( OsmC) TỪ VI KHUẨN CHỊU NHIỆT THERMOCOCCUS KODAKARENSIS KOD1 KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC Hệ đào tạo : Chính quy Chuyên ngành : Công nghệ Sinh học Khoa : CNSH - CNTP Lớp : K44 - CNSH Khóa học : 2012 - 2016 Giảng viên hƣớng dẫn: TS Phạm Bằng Phƣơng Thái Nguyên, năm 2016 i LỜI CẢM ƠN Trong q trình học tập nghiên cứu để hồn thành khóa luận tốt nghiệp tơi nhận quan tâm, hướng dẫn, giúp đỡ tận tình thầy cơ, bạn bè gia đình Nhân dịp hồn thành luận văn này: Tơi xin chân thành gửi lời cảm ơn sâu sắc đến TS Phạm Bằng Phƣơng - giảng viên, trưởng môn Công nghệ Sinh học khoa Công nghệ Sinh học Công nghệ Thực phẩm ,Trường Đại học Nông Lâm Thái Nguyên hướng dẫn trực tiếp đề tài, thầy tận tình bảo tạo điều kiện thuận lợi để tơi hồn thành tốt đề tài Tôi xin cảm ơn kỹ sư Ma Thị Hồn, Cán phòng trực thực hành Sinh học phân tử Kĩ thuật di truyền khoa Công nghệ Sinh học Công nghệ Thực phẩm, Trường Đại học Nông Lâm Thái Nguyên bạn sinh viên khoa Công nghệ Sinh học Công nghệ Thực phẩm làm nghiên cứu phòng Tơi xin chân thành cảm ơn Ban Chủ nghiệm Khoa Công nghệ Sinh học Công nghệ Thực phẩm, thầy cô khoa dạy dỗ suốt thời gian qua, cảm ơn cán công tác phòng thí nghiệm khoa Cơng nghệ Sinh học Cơng nghệ Thực phẩm tạo môi trường thuận lợi cho học tập, nghiên cứu, thực đề tài Cuối cùng, xin cảm ơn bố mẹ, thầy cô, bạn bè ủng hộ mặt vật chất tinh thần giúp tơi hồn thành đề tài Tôi xin chân thành cảm ơn ! Thái Nguyên, ngày 20 tháng 05 năm 2016 Sinh viên thực Lý Thị Lƣợng ii DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 2.1: Thành phần môi trường nuôi cấy phân lập vi khuẩn Thermococcus kodakarensis KOD1 Bảng 2.2 Thành phần khoáng chất vi lượng 12 Bảng 2.3 Thành phần Trace vitamins 13 Bảng 2.4 : Danh sách protein bị ảnh hưởng stress thẩm thấu T kodakarensis KOD1 22 Bảng 3.1: Cặp mồi sử dụng để nhân gene TK2017 29 Bảng 3.2: Thành phần phản ứng PCR 36 Bảng 4.1: Sự tương đồng chuỗi Peptid 41 iii DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 2.1: Vi khuẩn Thermococcus kodakarensis KOD1 Hình 2.2: Cây phân loại vi khuẩn chịu nhiệt Thermococcus kodakarensis KOD1 Hình 2.3: Genome vi khuẩn chịu nhiệt Thermococcus kodakarensis KOD1 Hình 2.4 10 Hình 2.5 10 Hình 2.6 11 Hình 2.7 11 Hình 2.8 11 Hình 2.9 12 Hình 2.10: Phân tích hình ảnh sử dụng phần mền PDQuest 19 Hình 2.11: Xác định phiên beta chaperonin ( điểm 4) phép đo phổ khối 20 Hình 2.12: Phát protein up – redulated OsmC sốc căng thẳng T kodakarensis KOD1 phần mềm phân tích PDQuest 21 Hình 2.13: Những kiểu thể điểm protein T kodakarensis KOD1 stress thẩm thấu 25 Hình 3.1: Nhiệt độ gắn mồi cho phản ứng PCR gene TK2017 30 Hình 3.2 Điểm đẳng điện khối lượng phân tử protein OsmC 30 Hình 3.3: Sau bổ sung thành phần .32 Hình 3.4 Máy ly tâm 32 Hình 3.5: Sau ly tâm 33 Hình 3.6: Sau ly tâm lần 33 Hình 3.7: Chu trình nhiệt phản ứng PCR 37 Hình 4.1: Vùng bảo toàn sơ chức protein chứa gene TK2017 40 Hình 4.2.: So sánh trình tự peptid phần mềm Bioedit .41 iv Hình 4.3: Trình tự peptide OsmC/Ohr family stress-inducible protein [Thermococcus kodakarensis] 42 Hình 4.4: Trình tự peptide OsmC/Ohr family stress-inducible protein [Pyrococcus sp NA2] 42 Hình 4.5: Trình tự peptide OsmC/Ohr family stress-inducible protein [Thermococcus zilligii] 43 Hình 4.6: Trình tự peptide osmotically inducible protein OsmC [Thermococcus eurythermalis] 43 Hình 4.7: Kết tách chiết DNA genome từ vi khuẩn Thermococcus kodakarensis KOD1 44 Hình 4.8: Sản phẩm PCR gene TK2017 từ vi khuẩn Thermococcus kodakarensis KOD1 45 v DANH MỤC TỪ, CỤM TỪ VIẾT TẮT Từ viết tắt Nghĩa đầy đủ µl : Microlit (1 µl = 10-3 ml) DNA : Deoxyribonucleic acid - Một loại nucleic acid PCR : Polymerase Chain Reaction Bp : Base pair (Cặp base nito) dNTP : Deoxynucleotide Triphotphate Amp : Ampicillin BLAST : Basic Local Alignement Search Tool E coli : Escherichia coli IPTG : Isopropyl Thiogalactoside Kb : Kilo base -kilo base nito SDS : Sodium Dodecyl Sulfate TAE : Tris- acetate- EDTA NCBI : National center for biotechnology information Dal : Dalton TK : Thermococcus kodakarensis vi MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN i DANH MỤC CÁC BẢNG ii DANH MỤC CÁC HÌNH iii DANH MỤC TỪ, CỤM TỪ VIẾT TẮT v MỤC LỤC vi Phần 1: MỞ ĐẦU 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Mục đích nghiên cứu 1.3 Mục tiêu nghiên cứu 1.4 Ý nghĩa đề tài 1.4.1 Ý nghĩa khoa học 1.4.2 Ý nghĩa thực tiễn Phần 2: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 Tổng quan vi khuẩn Thermococcus kodakarensis KOD1 2.1.1 Nguồn gốc phân loại 2.1.1.1 Nguồn gốc 2.1.1.2 Phân loại 2.1.2 Đặc điểm chung hệ gen 2.1.3 Vai trò vi khuẩn chịu nhiệt Thermococcus kodakarensis KOD1 2.1.4 Đặc điểm nuôi cấy 2.2 Tổng quan protein OsmC gene Tk2017 mã hóa 13 2.2.1 Protein 13 2.2.1.1.Khái niệm protein 13 2.2.1.2 Tính chất protein 13 2.2.1.3 Chức Protein 15 2.2.1.4 Vai trò protein 16 2.2.2 Protein OsmC gen Tk2017 mã hóa 18 2.2.2.1 Trình tự protein OsmC gene Tk2017 mã hóa 18 vii 2.2.2.2 Phân tích proteomic tác dụng thẩm thấu T.kodakarensis KOD1 19 2.3 Tình hình nghiên cứu nước giới 25 2.3.1 Tình hình nghiên cứu nước 25 2.3.2 Tình hình nghiên cứu giới 26 Phần 3: ĐỐI TƢỢNG, NỘI DUNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 28 3.1 Đối tượng phạm vi nghiên cứu 28 3.1.1 Đối tượng nghiên cứu 28 3.1.2 Phạm vi nghiên cứu 28 3.2 Địa điểm thời gian tiến hành 28 3.2.1 Địa điểm nghiên cứu 28 3.2.2 Thời gian tiến hành 28 3.3 Hóa chất, thiết bị vật liệu 28 3.3.1 Hóa chất 28 3.3.2 Thiết bị 29 3.3.3 Vật liệu 29 3.3 Nội dung nghiên cứu 31 3.4 Phương pháp nghiên cứu 31 3.4.1 Phương pháp nuôi phục hồi từ chủng gốc 31 3.4.2 Phương pháp tách triết DNA tổng số [10] 31 3.4.3 Phương pháp khuếch đại đoạn DNA phản ứng PCR 34 3.4.4 Phương pháp điện di gel Agarose[1] 37 Phần 4: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 40 4.1 Kết so sánh trình tự protein gene TK2017 mã hóa với trình tự protein vi khuẩn cơng bố ngân hàng gene NCBI (Gene bank) 40 4.2 Kết tách triết DNA genome từ vi khuẩn Thermococcus kodakarensis KOD1 44 viii 4.3 Kết khuếch đại gene TK2017 từ hệ gene vi khuẩn Thermococcus kodakarensis KOD1 44 Phần 5: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 46 5.1 Kết luận 46 5.2 Kiến nghị 46 TÀI LIỆU THAM KHẢO ...ĐẠI H C THÁI NGUYÊN TRƢỜNG ĐẠI H C NÔNG LÂM LÝ THỊ LƢỢNG Tên đề tài: NGHIÊN C U VÀ KHUẾCH ĐẠI GENE TK2017 MÃ HÓA OSMOTICALLY INDUCIBLE PROTEIN ( OsmC) TỪ VI KHUẨN CHỊU NHIỆT THERMOCOCCUS KODAKARENSIS. .. C C HÌNH Hình 2.1: Vi khuẩn Thermococcus kodakarensis KOD1 Hình 2.2: C y phân loại vi khuẩn chịu nhiệt Thermococcus kodakarensis KOD1 Hình 2.3: Genome vi khuẩn chịu nhiệt Thermococcus kodakarensis. .. tách chiết DNA genome từ vi khuẩn Thermococcus kodakarensis KOD1 44 Hình 4.8: Sản phẩm PCR gene TK2017 từ vi khuẩn Thermococcus kodakarensis KOD1 45 v DANH M C TỪ, C M