Đang tải... (xem toàn văn)
đề cương môn sinh tài liệu, giáo án, bài giảng , luận văn, luận án, đồ án, bài tập lớn về tất cả các lĩnh vực kinh tế, k...
34 ĐỀ CƢƠNG MÔN HỌC SINH TIN HỌC (Bioinformatics) 1. Thông tin chung về môn học - Tên môn học: Sinh tin học - Mã môn học: 211117 - Môn học: Bắt buộc - Số tín chỉ: 02 - Các môn học tiên quyết: Sinh học phân tử, Di truyền số lượng, Phương pháp nghiên cứu khoa học - Giờ tín chỉ đối với các hoạt động: 45 tiết + Nghe giảng lý thuyết: 8 tiết + Sửa bài tập cá nhân và nhóm: 3 tiết + Hoạt động theo nhóm – thảo luận: 4 tiết + Thực hành, thực tập (ở Phòng máy tính): 30 tiết + Tự học: 45 tiết 2. Mục tiêu của môn học Môn học giới thiệu cho sinh viên ngành Công nghệ Sinh học về hệ thống dữ liệu sinh học (các ấn phẩm, công trình khoa học và các trình tự sinh học) và phương pháp khai thác dữ liệu trên mạng Internet (bao gồm việc tìm kiếm và sử dụng các phần mềm trực tuyến). Đồng thời, sinh viên cũng được làm quen một số công cụ phần mềm phân tích trình tự gene, protein trong sinh học phân tử và kỹ thuật di truyền. Ngoài ra, việc phân tích các dữ liệu từ thực nghiệm sinh học phân tử cũng được trình bày trong môn học này. Thông qua môn học, sinh viên có khả năng tự tìm được các bài báo về nghiên cứu công nghệ sinh học, trình tự sinh học như trình tự DNA, RNA, protein, các cấu trúc sinh học, xử lý các thông tin cũng như trình tự sinh học đó như thiết kế mồi, sắp giống cột, tìm motif, tìm ORF, tạo cây phân loài từ trình tự hay từ kết quả của các kỹ thuật marker phân tử. 3. Tóm tắt nội dung môn học Khai thác dữ liệu trên mạng Internet: nguyên tắc cơ bản về tìm kiếm thông tin trên mạng Internet; tìm kiếm các bài báo, các nghiên cứu về công nghệ sinh học trên mạng Internet; giới thiệu về CSDL sinh học lớn trên mạng Internet như CSDL NCBI của Mỹ, EMBL của Châu Âu và DDPJ của Nhật Bản, nguyên tắc cơ bản về cách tìm và truy xuất các trình tự sinh học có trong các CSDL này, nhằm phục vụ cho nghiên cứu về sinh học phân tử, vi sinh và sinh hóa trong công nghệ sinh học, khai thác các phần mềm trực tuyến như: BLAST (tìm kiếm trình tự tương đồng), ORFfinder (tìm kiếm khung đọc mở) của CSDL sinh học NCBI; Primer3 phục vụ cho thiết kế mồi; lập bản đồ enzyme cắt giới hạn bằng webcut… Làm quen một số công cụ phần mềm phân tích gene trong sinh học phân tử và kỹ thuật di truyền: ClustalX: sắp giong cột hai hay nhiều trình tự, xây dựng cây phả hệ dựa trên phương pháp neighbour-joining; TreeView: vẽ cây phả hệ dựa trên dữ liệu ra của phần mềm ClustalX, Phylip…; DNAclub: là phần mềm khá thông dụng trong sinh học phân tử có các công cụ như thiết kế mồi, lập bản đồ enzyme cắt giới hạn, dịch mã trình tự, tìm ORF, tạo trình tự reverse, complement …; Plasdraw: vẽ bản đồ plasmid trong kỹ thuật tạo dòng; Annhyb: là phần mềm hỗ trợ việc trình bày các kết quả nghiên cứu về sinh học phân tử cũng như công nghệ di truyền có liên quan đến các trình tự sinh học. Ngoài ra, Annhyb còn có them một số tính năng trong phần mềm DNAclub; NTSYSPC: giúp phân nhóm di truyền trên cơ sở biểu hiện đa hình từ kết quả diện di trong kỹ thuật RAPD, RFLP, SSR và AFLP; Chromas: hiển thị kết quả giải trình tự dưới dạng các mũi màu và cho xuất kết quả trình tự thành tập tin văn bản; giới thiệu khái quát, cách sử dụng và ứng dụng của bộ phần mềm về BioInformatics đầu tiên của Việt Nam (HiBO). 35 4. Nội dung chi tiết môn học Chƣơng Mở đầu: Giới thiệu sơ lƣợc 1 thông hiểu Câu 1: - Có loại điện tích: điện tích dương điện tích âm - Các vật nhiễm điện loại ñẩy nhau, vật nhiễm điện khác loại hút Câu 2: - Dòng điện dòng điện tích dịch chuyển có hướng - Chiều dòng điện theo quy ước chiều từ cực dương qua dây dẫn thiết bị điện tới cực âm nguồn điện Câu 3:- nguồn điện có khả cung cấp dòng điện để dụng cụ điện hoạt động -mỗi nguồn điện có cực: cực dương (+) cực âm (-) Ví dụ: máy phát điện, bình acquy, pin mặt trời, bình đinamô - kí hiệu: tự vẽ kí hiệu Câu 4: - chất dẫn điện chất cho dòng điện qua vd: bạc, thuỷ ngân, dung dịch axit,… Câu 5: - chất cách điện chất kô cho dòng điện qua vd: nước nguyên chất, chất dẻo, thuỷ tinh,… Câu 6: - kim loại có electron thoát khỏi nguyên tử chuyển động tự kim loại, chung đc gọi electron tự - dòng điện kim loại dòng electron tự dịch chuyển có hướng câu 7: - Dòng điện có tác dụng: + Tác dụng nhiệt: bàn ủi, đđèn dây tóc, …… + Tác dụng phát sáng: đèn bút thử điện, đèn led, … + Tác dụng từ: chuông điện, quạt điện, máy bơm nước, cần cẩu điện, … + Tác dụng hóa học: mạ điện (mạ vàng, mạ kền, … ) + Tác dụng sinh lí: vật lý trị liệu, châm cứu điện … Câu 8: - tê liện thần kinh, (hoại tử), nặng tử vong Câu 9:kô bt làm tự ik mà làm vận dụng thấp Câu 10: lau nhiều lần vào hình ti vi hay mặt kính, mặt gương soi khăn khô hình ti vi hay mặt kính, mặt gương soi cọ xát với khăn khô làm hình ti vi hay mặt kính, mặt gương soi bị nhiễm điện nên hút bụi vải Câu 11: thước nhựa nhận thêm electron vải thô bớt electron Vì vật nhiễm điện âm nhận thêm electron, vật nhiễm điện dương bớt electron Câu 12: cánh quạt quay cánh quạt cọ xát với k/khí cánh quạt bị nhiễm điện hút hạt bụi bay lơ lửng k/khí nên cánh quạt gia đình thường bám bụi Câu 13: -cường độ dòng điện số ampe kế cho biết mức độ mạnh hay yếu dòng điện kí hiệu là: I - đơn vị đo cường độ dòng điện ampe kế, kí hiệu là: A câu 14: - Đơn vị đo hiệu ñiện Vôn (V) Dụng cụ ño hiệu ñiện Vôn kế - tự vẽ kí hiệu câu 15:- mắc ampe kế nối tiếp vào mạch điện cho chốt (+) ampe kế nối với (+) nguồn điện, chốt (-) ampe kế nối với đồ dùng điện (-) nguồn điện - tự vẽ sơ đồ câu 17:a) 0,25 kV = 250 V b) 1200 mV = 1,2 V c) 350 mA = 0,35 A d) 2,15 A = 2150 mA vận dụng cao: Tự soạn 1 1 1 Đ Đ E E À À C C Ư Ư ƠNG CHI TIE ƠNG CHI TIE Á Á T MÔN HO T MÔN HO Ï Ï C C SINH THA SINH THA Ù Ù I CÔNG NGHIE I CÔNG NGHIE Ä Ä P P ¾ ¾ CBGD CBGD đ đ ăng ăng ky ky ù ù gia gia û û ng ng : : ThS ThS Nguyễn Nguyễn Thò Thò Vân Vân Ha Ha ø ø ¾ ¾ Ta Ta ø ø i i lie lie ä ä u u tham tham kha kha û û o o : : z z Sinh Sinh tha tha ù ù i i ho ho ï ï c c công công nghie nghie ä ä p p – – Alain Navarro & Philippe Alain Navarro & Philippe Revin Revin - - 2000 2000 z z Sinh Sinh tha tha ù ù i i môi môi tr tr ư ư ơ ơ ø ø ng ng ho ho ï ï c c cơ cơ ba ba û û n n - - GSTS GSTS Lê Lê Huy Huy Ba Ba ù ù va va ø ø Lâm Lâm Minh Minh Trie Trie á á t t - - 2000 2000 z z Sinh Sinh tha tha ù ù i i ho ho ï ï c c – – Pha Pha à à n n Th Th ự ự c c ta ta ä ä p p – – Trònh Trònh Thò Thò Thanh Thanh & & L L ư ư u u Lan Lan H H ư ư ơng ơng - - 2001 2001 z z Leture Leture of Basic and Applied Tropical Ecology of Basic and Applied Tropical Ecology – – Dr. Stephen Elliott Dr. Stephen Elliott – – 1996 1996 z z Fundamental Ecology Fundamental Ecology - - E.P.Odum E.P.Odum - - 1972 1972 z z Concepts of ecology Concepts of ecology - - Edward J. Edward J. Kormondy Kormondy - - 1969 1969 z z Thông Thông tin tin trên trên ca ca ù ù c c trang trang web: web: z z http:// http:// conbio.net/vl/browse conbio.net/vl/browse (virtual library of Ecology & biodiversity) (virtual library of Ecology & biodiversity) z z http://pbil.univ http://pbil.univ - - lyon1.fr/ecology/ecology lyon1.fr/ecology/ecology - - www.html www.html (Ecology WWW page) (Ecology WWW page) z z http:// http:// www.csu.edu.au/landscape_ecology/landscape.html www.csu.edu.au/landscape_ecology/landscape.html 2 2 M M ụ ụ c c tiêu tiêu mơn mơn h h ọ ọ c c ¾ ¾ Môn Môn ho ho ï ï c c nha nha è è m m cung cung ca ca á á p p cho cho sinh sinh viên viên không không chuyên chuyên nga nga ø ø nh nh Môi Môi tr tr ư ư ơ ơ ø ø ng ng nh nh ư ư õng õng kie kie á á n n th th ứ ứ c c cơ cơ ba ba û û n n ve ve à à sinh sinh tha tha ù ù i i va va ø ø môi môi tr tr ư ư ơ ơ ø ø ng ng , , ve ve à à đ đ o o ä ä c c ho ho ï ï c c sinh sinh tha tha ù ù i i nha nha è è m m nghiên nghiên c c ứ ứ u u ca ca ù ù c c mo mo á á i i quan quan he he ä ä gi gi ư ư õa õa ca ca ù ù c c sinh sinh va va ä ä t t vơ vơ ù ù i i nhau nhau va va ø ø vơ vơ ù ù i i môi môi tr tr ư ư ơ ơ ø ø ng ng va va ø ø co co ù ù the the å å va va ä ä n n du du ï ï ng ng chu chu ù ù ng ng trong trong ca ca ù ù c c công công ta ta ù ù c c kha kha ù ù c c nhau nhau co co ù ù liên liên quan quan đ đ e e á á n n ca ca ù ù c c va va á á n n đ đ e e à à ta ta ø ø i i nguyên nguyên , , môi môi tr tr ư ư ơ ơ ø ø ng ng v v à à cơng cơng nghi nghi ệ ệ p p . . 2 3 3 Đ Đ ề ề cương cương chi chi ti ti ế ế t t ¾ ¾ Pha Pha à à n n I: I: Kha Kha ù ù i i nie nie ä ä m m chung chung ve ve à à môi môi tr tr ư ư ơ ơ ø ø ng ng va va ø ø he he ä ä sinh sinh tha tha ù ù i i ¾ ¾ I.1 I.1 Kha Kha ù ù i i nie nie ä ä m m ve ve à à môi môi tr tr ư ư ơ ơ ø ø ng ng z z Đ Đ ònh ònh ngh ngh ó ó a a z z Môi Môi tr tr ư ư ơ ơ ø ø ng ng , , Năng Năng l l ư ư ơ ơ ï ï ng ng va va ø ø Va Va ä ä t t cha cha á á t t z z Môi Môi tr tr ư ư ơ ơ ø ø ng ng va va ø ø kinh kinh te te á á ¾ ¾ I.2 I.2 Kha Kha ù ù i i nie nie ä ä m m ve ve à à nguy nguy ha ha ï ï i i va va ø ø ô ô nhiễm nhiễm ¾ ¾ I.2.1 Ô I.2.1 Ô nhiễm nhiễm z z Ô Ô nhiễm nhiễm cu cu ï ï c c bo bo ä ä z z Ô Ô nhiễm nhiễm l l ư ư u u niên niên z z nhiễm nhiễm ba ba á á t t th th ư ư ơ ơ ø ø ng ng ¾ ¾ I.2.2 I.2.2 ĐỀ CƯƠNG ÔN TẬP HỌC KỲ I MÔN : SINH 9 PHẦN A : LÝ THUYẾT I / Chương 1 : Các thí nghiệm của Men đen . 1. Một số khái niệm cơ bản : a/ Di truyền là hiện tượng truyền đạt các tính trạng của bố mẹ ,tổ tiên cho thế hệ con cháu . b/ Biến dị : là hiện tượng con cái sinh ra khác với bố mẹ và khác nhau về nhiều chi tiết . c/ Cặp tính trạng tương phản là 2 trạng thái biểu hiện trái ngược nhau của cùng một loại tính trạng . Ví dụ : Hoa đỏ và hoa trắng là cặp tính trạng tương phản của loại tính trạng màu sắc hoa . d/ Thể dồng hợp chứa cặp gen gồm 2 gen tương ứng giống nhau . Ví dụ : AA ,AABB ,AAbb . e/ Thể dị hợp chứa cặp gen gồm 2 gen tương ứng khác nhau . Ví dụ : Kiểu gen chứa 1 cặp gen dị hợp : Aa ,AABb , aabbMm Kiểu gen chứa 2 cặp gen dị hợp :AaBb , AABbMm. g/ Giống thuần hay dòng thuần là giống có đặc tính di truyền đồng nhất ,các thế hệ sau giống các thế hệ trước . Giống thuần chủng có kiểu gen ở thể đồng hợp . h/ Biến dị tổ hợp là sự tổ hợp lại các tính trạng của P làm xuất hiện các tính trạng khác P ở con cháu . 2. Các định luật : a/ Định luật phân ly : (sgk) b/ Định luật phân ly độc lập: Lai 2 bố mẹ khác nhau về 2 hay nhiều cặp tính trạng thuần chủng tương phản di truyền độc lập với nhau cho F2 có tỷ lệ mỗi kiểu hình bằng tích tỷ lệ các tính trạng hợp thành nó . c/ Lai phân tích là phép lai giữa cá thể mang tính trạng trội có kiểu gen chưa biết với cá thể mang tính trạng lặn . Mục đích là để xác dịnh kiểu gen của cá thể mang tính trạng trội . d/ Trội không hoàn toàn : Khi lai bố mẹ khác nhau về một cặp tính trạng thuần chủng ,trội không hoàn toàn thì F1 đồng tính tính trạng trung gian ,F2 phân ly theo tỷ lệ 1 Trội : 2 trung gian : 1 lặn . 3. Cách giải bài tập di truyền : a/ Dạng toán thuận : Cho biết kiểu hình của P xác định kiểu gen ,kiểu hình của F1,F2 • Bước 1 : Xác định trội lặn . • Bước 2 : Quy ước gen • Bước 3 : Xác định kiểu gen • Bước 4 : Lập sơ đồ lai b/ Dạng toán nghịch : Biết tỷ lệ kiểu hình ở F1,F2,xác định P - Nếu F1 thu được tỷ lệ 3:1 thì cả bố và mẹ đều dị hợp 1 cặp gen (Aa) - Nếu F1 thu được tỷ lệ 1:1 thì bố hoặc mẹ một bên dị hợp 1 cặp gen (Aa) còn người kia có kiểu gen đồng hợp lặn (aa) - Nếu F1 đồng tính thì P thuần chủng - Nếu F1 phân ly tỷ lệ 1: 2 : 1 thì cả bố và mẹ đều dị hợp 1 cặp gen nhưng tính trạng trội là trội không hoàn toàn . II .Chương II : NHIỄM SẮC THỂ . 1/ Nhiễm sắc thể : - Tính đặc trưng của bộ NST: Tế bào của một loài sinh vật đặc trưng về số lượng và hình dạng xác định . - Bộ NST lưỡng bội : Chứa các cặp NST tương đồng ký hiệu là 2n NST - Bộ NST đơn bội : Chứa 1 chiếc của mỗi cặp tương đồng ký hiệu là n NST 2/ Nguyên phân : • Nguyên phân là gì ? • Kết quả của quá trình nguyên phân :từ một tế bào mẹ mang 2n NST sau 1 lần nguyên phân tạo thành 2 tế bào con có bộ NST giống nhau và giống với tế bào mẹ . • Ý nghĩa của nguyên phân : Nguyên phân là phương thức sinh sản của tế bào và lớn lên của cơ thể, đồng thời duy trì ổn định bộ NST đặc trưng của loài qua các thế hệ tế bào và cơ thể • Diễn biến của NST trong quá trình nguyên phân : NST đơn NST kép Tâm động Crômatit Kỳ đầu Không tồn tại 2n 2n 4n Kỳ giữa Không tồn tại 2n 2n 4n Kỳ sau 4n Không tồn tại 4n Không tồn tại Kỳ cuối 2n Không tồn tại 2n Không tồn tại 3/ Giảm phân : • Giảm phân là gì ? • Kết quả của giảm phân ? • Ý nghĩa ? • Diễn biến của NST trong quá trình giảm phân ? 4/ Phát sinh giao tử và tụ tinh : a/ Sự giống nhau và khác nhau giữa phát sinh giao tử đực và giao tử cái ? • Giống nhau : +Các tế bào mầm (noãn nguyên bào ,tinh nguyên bào )đều tiến hành nguyên phân liên tiếp nhiều lần . + Noãn bào bậc I và tinh bào bậc I đều trãi qua giảm phân để hình thành giao tử • Khác nhau : Phát sinh giao tử đực Phát sinh giao tử cái 1 tinh bào bậc I qua giảm phân 1 cho 2 tinh bào bậc 2 ,kích thước bằng nhau. 1 noãn bàobậc I qua giảm phân 1 cho 1 thể cực thứ Câu 1.Hệ tuần hoàn kín có ở những loài động vật nào? A.mực ống, bạch tuộc, giun đốt, động vật có xương sống. B.có ở đa số động vật thân mền và chân khớp. C.chỉ có ở động vật có xương sống. D.chỉ có ở mực ống, bạch tuộc, giun đốt. Câu 2.vì sao ở lưỡng cư và bò sát(trừ cá sấu) có sự pha máu ở tâm thất? A.vì chúng là động vật biến nhiệt. B.vì không có vách ngăn giữa tâm thất và tâm nhĩ. C.vì tim chỉ có 2 ngăn. D.vì tim có 3 ngăn hay 4 ngăn, vách ngăn tâm thất chưa hoàn toàn. Câu 3.vì sao người già khi huyết áp cao dễ bị xuất huyết não? A.vì mạch bị xơ cứng nên không co bóp, đặc biệt các mạch ở não, khi huyết áp cao dễ làm vỡ mạch máu. B.vì mạch bị sơ cứng tính đàn hồi kém, đặc biệt các mạch ở não, khi huếyt áp dễ làm vỡ mạch máu. C.vì mạch bị sơ cứng máu bị ứ động, đặc biệt các mạch ở não, khi huếyt áp dễ làm vỡ mạch máu. D.vì mạch dày lên tính đàn hồi kém, đặc biệt các mạch ở não, khi huếyt áp dễ làm vỡ mạch máu. Câu 4.trong vòng tuần hòan lớn của hệ tuần hoàn kép máu theo tĩnh mạch trở về tim là máu gì? A.giàu oxi B.nghèo oxi C.giàu CO2 D.nghèo dinh dưỡng. Câu 5.cá sấu là loài bò sát co tim. A.tim 2 ngăn B.tim 3 ngăn C.tim 4 ngăn, vách ngăn chưa hoàn thành rõ ràng D. tim 4 ngăn, vách ngăn hòan thành rõ ràng. Câu 6. đặc điểm cấu tạo nào của khí khổng thuận lợi cho quá trình đóng mở? A.mép(vách) trong của tế bào dày, mép ngoài mỏng B.mép(vách) trong và mép ngoài của tế bào đều rất dày C.mép(vách) trong và mép ngoài của tế bào đều rất mỏng D.mép(vách) trong của tế bào mòng, mép ngoài dày. Câu 7.vai trò photpho đối với động vật là? A.thành phần của tế bào va màng tế bào, hoạt hóa enzim. B.thành phần của protêin, axit nuclêit C.chủ yếu giữ cân bằng nước và ion trong tế bào, hoạt hóa enzim, mở khí khổng. D.thành phần của axit nuclêit, phôtpholipit. Côenzim:cần cho ni73 hoa, đậu quả, phát triển rễ. Câu 8.sự biểu hiện thiếu nitơ của cây là? A.là nhỏ có màu vàng đậm, màu của thân không bình thường, sinh trưởng rể bị tiêu giảm B.sinh trưởng bị còi cọc, lá có màu vàng C.là mới có màu vàng, sinh trưởng rễ bị thiêu giảm D.là màu vàng nhạt, mép lá màu trắng và có nhiều chấm đỏ trên mặt lá. Câu 9.nhóm thực vật C3 được phân bố thế nào? A.ống ở vùng nhiệt đới B.chỉ sống ở vùng ôn đới và nhiệt đới C.phân bố rộng rãi trên thế giới, chủ yếu ở vùng ôn đới và nhiệt đới D.sống ở vùng sa mạc. Câu 10.pha tối xảy ra trong vị trí nào của lục lạp? A. ở màng ngoài B. ở màng trong C. ở chất nền D. ở tilacôit Câu 11.điểm bù ánh sáng là? A.cường độ ánh sáng mà ở đó cường độ quang hợp lớn hơn cường độ hô hấp B.cường độ ánh sáng mà ở đó cường độ quang hợp và cường độ hô hấp bằng nhau C.cường độ ánh sáng mà ở đó cường độ quang hợp nhỏ hơn cường độ hô hấp D.cường độ ánh sáng mà ở đó cường độ quang hợp lớn gấp 2 lần cường độ hô hấp. Câu 12. giai đoạn đường phân diễn ra ở trong? A.ty thể B.tế bào chất C.lục lạp D.nhân.