i Låìi Caím Ån Được phân công khoa Nông học, trường Đại học Nông Lâm Huế đồng ý cô giáo hướng dẫn TS Nguyễn Thị Thu Thủy, thực đề tài luận văn “Đánh giá đa dạng di truyền độ độc tính chủng vi khuẩn Ralstonia solanacearum Smith thu thập tỉnh phía Nam Việt Nam” Để hoàn thành luận văn này, tỏ lòng kính trọng biết ơn sâu sắc đến cô giáo TS Nguyễn Thị Thu Thủy cô giáo TS Trương Thị Hồng Hải người trực tiếp tận tình hướng dẫn suốt trình thực viết đề tài Với vốn kiến thức tiếp thu trình học không tảng cho trình nghiên cứu đề tài mà hành trang quý báu giúp trưởng thành sống Xin chân thành cảm ơn thầy cô giáo trực tiếp giảng dạy truyền đạt kiến thức khoa học chuyên ngành thời gian học tập trường Xin ghi nhận đóng góp nhiệt tình anh chị học viên cao học lớp K19, K20, nhóm em sinh viên K45, K46, K47, bạn trường THPT Lê Hồng Phong giúp đỡ trình thực đề tài Có thể khẳng định thành công luận văn này, trước hết thuộc công lao tập thể Đặc biệt quan tâm, động viên khuyến khích từ phía gia đình người bạn tốt đồng hành Trần Thị Bảo Ngà Nhân đây, xin bày tỏ lòng biết ơn sâu đậm đến tất người Mặc dù cố gắng nhiều song buổi đầu làm quen với công tác nghiên cứu khoa học phòng thí nghiệm hạn chế kỹ thao tác nên tránh khỏi thiếu sót định Tôi mong nhận đóng góp quý thầy cô bạn đồng nghiệp để luận văn hoàn chỉnh Tôi xin chân thành cảm ơn! Huế, ngày 20 tháng năm 2015 Học viên Phạm Thanh Bình LỜI CAM ĐOAN ii Để hoàn thiện công trình nghiên cứu tiến hành công việc liên quan từ xử lý mẫu, phân lập mẫu, chạy PCR đánh giá đa dạng di truyền phòng Công nghệ Sinh học, phòng thí nghiệm Bệnh thực thí nghiệm lây nhiễm nhà lưới Bộ môn Bảo vệ thực vật, trường Đại học Nông lâm Huế Đây thành tập thể nhóm nghiên cứu Tất số liệu, thông tin luận văn ghi nhận từ thực tế nghiên cứu Vì cam đoan tất số liệu luận văn xác khách quan, có tính khoa học cao chưa công bố luận văn cao học khác Huế, ngày 20 tháng năm 2015 Học viên Phạm Thanh Bình iii MỤC LỤC 1.4.3.1 Chỉ thị sinh hoá 29 1.4.3.2.1 Chỉ thị RFLP (Restriction Fregment Length Polymorphism) 31 1.4.3.2.2 Chỉ thị AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) 31 *Nguyên lý phương pháp .31 AFLP (Đa hình chiều dài đoạn DNA khuếch đại chọn lọc) phương pháp dựa sở kĩ thuật PCR Nguyên lý phương pháp gắn đoạn DNA ngắn (adapter) vào đầu mạch DNA sau cắt enzyme giới hạn Sau thiết kế mồi theo đoạn DNA ngắn có gắn thêm nucleotide tiến hành phản ứng PCR 31 1.4.3.2.3 Chỉ thị SSR (Simple Sequence Repeat) .32 iv DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CHỮ VIẾT TẮT AFLP : Amplified Fragment Length Polymorphism AVRDC : The World Vegetable Center (Trung tâm rau giới) cs : Cộng DNA : Deoxy ribonucleic axit dNTP :Deoxy nucleotide triphosphates H7996 : Haiwaii 7996 HXVK : Héo xanh vi khuẩn PCR : Polymerase chain reaction (Phản ứng chuỗi polymerase) RAPD : Random Amplified Polymorphic DNA (Phân tích DNA đa hình nhân ngẫu nhiên) RE : Restriction enzyme RFLP : Restriction Fragment Length Polymorphism RNA : Ribonucleic acid SSR : Simple Sequence Repeats TBE : Tris-Boric acid-EDTA TE : Tris-EDTA TLB : Tỷ lệ bệnh Tp : Thành phố W700 : West Virginia 700 v DANH MỤC BẢNG 1.4.3.1 Chỉ thị sinh hoá 29 1.4.3.1 Chỉ thị sinh hoá 29 1.4.3.2.1 Chỉ thị RFLP (Restriction Fregment Length Polymorphism) 31 1.4.3.2.1 Chỉ thị RFLP (Restriction Fregment Length Polymorphism) 31 1.4.3.2.2 Chỉ thị AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) .31 1.4.3.2.2 Chỉ thị AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) 31 *Nguyên lý phương pháp 31 *Nguyên lý phương pháp .31 AFLP (Đa hình chiều dài đoạn DNA khuếch đại chọn lọc) phương pháp dựa sở kĩ thuật PCR Nguyên lý phương pháp gắn đoạn DNA ngắn (adapter) vào đầu mạch DNA sau cắt enzyme giới hạn Sau thiết kế mồi theo đoạn DNA ngắn có gắn thêm nucleotide tiến hành phản ứng PCR 31 AFLP (Đa hình chiều dài đoạn DNA khuếch đại chọn lọc) phương pháp dựa sở kĩ thuật PCR Nguyên lý phương pháp gắn đoạn DNA ngắn (adapter) vào đầu mạch DNA sau cắt enzyme giới hạn Sau thiết kế mồi theo đoạn DNA ngắn có gắn thêm nucleotide tiến hành phản ứng PCR 31 1.4.3.2.3 Chỉ thị SSR (Simple Sequence Repeat) 32 1.4.3.2.3 Chỉ thị SSR (Simple Sequence Repeat) .32 vi DANH MỤC SƠ ĐỒ, HÌNH VẼ, ĐỒ THỊ 1.4.3.1 Chỉ thị sinh hoá 29 1.4.3.1 Chỉ thị sinh hoá 29 1.4.3.2.1 Chỉ thị RFLP (Restriction Fregment Length Polymorphism) 31 1.4.3.2.1 Chỉ thị RFLP (Restriction Fregment Length Polymorphism) 31 1.4.3.2.2 Chỉ thị AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) .31 1.4.3.2.2 Chỉ thị AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) 31 *Nguyên lý phương pháp 31 *Nguyên lý phương pháp .31 AFLP (Đa hình chiều dài đoạn DNA khuếch đại chọn lọc) phương pháp dựa sở kĩ thuật PCR Nguyên lý phương pháp gắn đoạn DNA ngắn (adapter) vào đầu mạch DNA sau cắt enzyme giới hạn Sau thiết kế mồi theo đoạn DNA ngắn có gắn thêm nucleotide tiến hành phản ứng PCR 31 AFLP (Đa hình chiều dài đoạn DNA khuếch đại chọn lọc) phương pháp dựa sở kĩ thuật PCR Nguyên lý phương pháp gắn đoạn DNA ngắn (adapter) vào đầu mạch DNA sau cắt enzyme giới hạn Sau thiết kế mồi theo đoạn DNA ngắn có gắn thêm nucleotide tiến hành phản ứng PCR 31 1.4.3.2.3 Chỉ thị SSR (Simple Sequence Repeat) 32 1.4.3.2.3 Chỉ thị SSR (Simple Sequence Repeat) .32 MỞ ĐẦU ĐẶT VẤN ĐỀ Bệnh héo xanh vi khuẩn Ralstonia solanacearum gây bệnh hại phổ biến nghiêm trọng đồng ruộng, có khu phân bố rộng vùng nhiệt đới, cận nhiệt đới nhiều khu vực ôn đới giới [39] Đây loại vi khuẩn tìm thấy lục địa, có nhiều chủng sinh lý nòi sinh học khác nhau, có phổ ký chủ rộng, có khả gây hại 200 loại cây, đặc biệt gây hại nặng họ cà cà chua, cà tím, khoai tây, thuốc khác họ đậu phụng, gừng, chuối [64] Bệnh khó phòng trừ vi khuẩn có khả tồn lâu dài đất, thể ký chủ thực vật thân, hạt giống, củ giống, tàn dư thực vật, Tác hại bệnh héo xanh nghiêm trọng, bệnh héo gây hại nặng làm chết diện tích lớn, gây khuyết mật độ Bệnh gây hại làm ảnh hưởng đến suất, giảm từ 15-95%, chí có lên tới 100% ảnh hưởng đến phẩm chất rau thu hoạch [38] Chẳng hạn, đầu năm 2000, bệnh héo xanh vi khuẩn (HXVK) làm giảm suất từ 30-80% ruộng khoai lang Đài Loan [99] Theo dự báo nhà khoa học, với thay đổi khí hậu toàn cầu, bệnh HXVK ngày gây hại nghiêm trọng sản xuất Việt Nam nằm khu vực khí hậu nhiệt đới nóng ẩm thuận lợi cho bệnh phát triển Bệnh HXVK thường phát sinh gây hại nặng vùng chuyên canh rau màu truyền thống, bệnh gây hại nước, nhiên mức độ nhiễm phụ thuộc vào nhiều yếu tố như: chế độ luân canh trồng, kỹ thuật canh tác, Biện pháp dùng hóa chất phòng chống bệnh HXVK cho có hiệu vi khuẩn có nguồn gốc từ đất xâm nhập sinh sản hệ thống bó mạch Hiện phương pháp ghép cà chua suất cao lên gốc cà tím EG203 có khả kháng bệnh HXVK áp dụng rộng rãi xem biện pháp hiệu để phòng trị bệnh HXVK Tuy nhiên, nhiều ruộng trồng cà chua ghép xuất tỷ lệ bị bệnh cao, đặc biệt thời tiết nóng ẩm Điều cho thấy không bền vững tính kháng Ralstonia solanacearum giống Nguyên nhân đa dạng di truyền vi khuẩn gây bệnh yếu tố môi trường [96] Chọn tạo giống mang gen kháng bệnh xem biện pháp ưu việt hiệu Nhưng tính kháng giống phụ thuộc nhiều vào độ độc tính chủng vi khuẩn Chính để tạo giống kháng bền vững phải hiểu đặc điểm di truyền độ độc tính chủng vi khuẩn vùng sinh thái khác Để chọn tạo giống kháng bệnh cần định dạng chủng vi khuẩn gây bệnh độ độc tính chủng đến đối tượng gây bệnh Tuy nhiên, chưa có tài liệu cụ thể nghiên cứu phân loại đánh giá độ độc tính chủng vi khuẩn Ralstonia solanacearum Việt Nam Từ thực tiễn trên, tiến hành thực đề tài: “Đánh giá đa dạng di truyền độ độc tính chủng vi khuẩn Ralstonia solanacearum Smith thu thập tỉnh phía Nam Việt Nam” MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU Đề tài nhằm đánh giá đa dạng di truyền độc tính chủng vi khuẩn Ralstonia solanacearum làm sở cho công tác chọn tạo giống kháng bệnh HXVK Ý NGHĨA KHOA HỌC VÀ THỰC TIỄN Ý nghĩa khoa học Kết đề tài góp phần tạo sở khoa học để xây dựng phương pháp đánh giá đa dạng di truyền, phân loại đánh giá độ độc tính chủng vi khuẩn Ralstonia solanacearum Ý nghĩa thực tiễn - Phân loại chủng vi khuẩn Ralstonia solanacearum thu thập phía Nam Việt Nam để hỗ trợ việc thiết lập chương trình kiểm soát bệnh HXVK Việt Nam - Đánh giá độ độc tính chủng vi khuẩn Ralstonia solanacearum góp phần làm sở cho việc chọn giống có tính kháng cao để bố trí trồng vùng thích hợp với mục đích hạn chế bệnh cao NHỮNG ĐIỂM MỚI CỦA ĐỀ TÀI - Cung cấp cho nhà sinh học, nhà lai tạo giống, nghiên cứu bệnh học thông tin chủng vi khuẩn Ralstonia solanacearum tỉnh phía Nam Việt Nam - Xác định độ độc tính chủng vi khuẩn Ralstonia solanacearum tỉnh phía Nam Việt Nam Chương TỔNG QUAN CÁC VẤN ĐỀ NGHIÊN CỨU 1.1 CÂY CÀ CHUA Cây cà chua (Lyeopersicum esculentum Mill) thuộc họ Cà (Solanaceae) rau chính, chiếm vị trí thứ hai sau khoai tây, trồng hầu hết nước giới Cà chua sử dụng nhiều hình thức khác ăn tươi, làm salat, nước uống chế biến làm dạng dự trữ, sản phẩm chế biến có nhiều dạng đống hộp dạng bốc vỏ, dạng cô đặc, nước sốt cà chua, mứt cà chua, 1.1.1 Giá trị dinh dưỡng Theo bảng phân tích thành phần hoá học Viện dinh dưỡng (Bộ Y tế), 100g cà chua có 94g nước; 0,6g protit; 4,2g gluxit; 0,8g xenlulô; 12mg canxi; 26mg photpho; 1,4mg sắt; loại vitamin caroten cung cấp 20kcalo [4] Quả cà chua chín có màu đỏ tươi tạo màu đẹp ngon miệng cho ăn Màu đỏ cho thấy hàm lượng vitamin A thiên nhiên cà chua cao, trung bình cần 100g cà chua chín tươi đáp ứng 13% nhu cầu ngày vitamin A, vitamin B6, vitamin C Ngoài có vitamin B1, B2, PP…[16] Các chất khoáng vi lượng có cà chua canxi, sắt, kali, photpho, lưu huỳnh, nickel, cobalt, iôt, axit hữu dạng muối citrat tuỳ theo môi trường trồng, cà chua có đồng, molibden Chính nhờ yếu tố này, cà chua coi thức ăn giàu chất dinh dưỡng, dễ tiêu hoá, tăng cường sức đề kháng thể Khi so sánh thành phần dinh dưỡng cà chua với số rau khác táo, chanh, anh đào, dâu tây Beeker-Billing thấy rằng: nhóm vitamin cà chua chiếm tỷ lệ cao (vitamin A, C, B1, B2) đặc biệt vitamin A C gấp 10 lần dâu tây, gấp lần so với anh đào [21] Ngoài ra, cà chua có tác dụng mặt y học Theo Võ Văn Chí (1997) [6], cà chua có vị tinh mát, giải nhiệt, kháng khuẩn, lọc máu, nhuận tràng, giúp hoạt hóa tốt tinh bột Nước ép cà chua kích thích gan, tốt cho dày Sắc tố lycopen cà chua đánh giá với bêta-caroten chất chống oxy hoá mạnh, vừa ngăn chặn tế bào ung thư, vừa chống hình thành cục máu đông thành mạch Cà chua cung cấp lượng, chất khoáng, làm tăng sức sống, làm cân tế bào, khai vị, giải nhiệt, hoạt huyết, chống nhiễm khuẩn, chống nhiễm độc, làm kiềm hóa trình axit, lợi tiểu, thải ure, giúp tiêu hóa dễ dàng tinh bột Cà chua định dùng ăn hay lấy dịch để uống trị suy nhược, ăn không ngon miệng, nhiễm độc mãn tính, thừa máu… 10 1.1.2 Tình hình sản xuất cà chua giới Cà chua loại trồng có lịch sử phát triển tương đối muộn lại loại thực phẩm ưa chuộng hàng đầu có khả thích ứng rộng, hiệu kinh tế giá trị sử dụng cao Trên giới có nhiều giống đời nhằm đáp ứng nhu cầu ngày cao người số lượng chất lượng Theo FAO (2013), có tới 158 nước trồng cà chua Diện tích, suất sản lượng cà chua giới năm 2013 sau: 4725 nghìn ha, 34,69 tấn/ha, 163,963 triệu Trong số loại rau trồng sử dụng phổ biến giới cà chua đứng thứ sau khoai tây Diện tích lớn nhiều lần so với loại rau khác, cho thấy tầm quan trọng cà chua vấn đề tiêu thụ sử dụng giới Bảng 1.1 Diện tích loại rau trồng phổ biến giới (năm 2013) Loại rau Diện tích (triệu ha) Khoai tây 19.337 Cà chua 4.725 Đậu xanh 1.543 Súp lơ cải xanh 1.251 Cà rốt củ cải 1.199 “Nguồn: http://faostat3.fao.org/download/Q/QC/E” 1.1.3 Tình hình sản xuất cà chua Việt Nam Cà chua du nhập vào Việt Nam 100 năm trở lại trở thành loại rau phổ biến sử dụng ngày rộng rãi Cà chua nước ta trồng chủ yếu vụ Đông với diện tích khoảng 6.800-7.300 thường tập trung tỉnh thuộc đồng trung du Bắc Bộ (Hà Nội, Hải Dương, Vĩnh Phúc….), miền Nam tập trung tỉnh An Giang, Tiền Giang, Lâm Đồng [1] Hiện có số giống chịu nhiệt lai tạo chọn lọc trồng miền Trung, Tây Nguyên Nam nên diện tích ngày mở rộng Nhiều giống cà chua lai ghép có chất lượng tốt phát triển mạnh Đà Lạt, tỉnh Lâm Đồng Một số giống cà chua chất lượng xuất thị trường giới Ở nước ta, giống cà chua trồng chủ yếu thuộc nhóm sau đây: 88 PHỤ LỤC 89 PHỤ LỤC KẾT QUẢ XỬ LÝ THỐNG KÊ STATISTIX 10.0 Tỷ lệ bệnh LSD All-Pairwise Comparisons Test of TLB for Giong*Chung Giong Chung Mean Homogeneous Groups 86,667 A 80,000 A 73,333 AB 2 53,333 BC 1 40,000 CD 40,000 CD 40,000 CD 33,333 CDE 33,333 CDE 26,667 DEF 20,000 DEF 20,000 DEF 3 20,000 DEF 13,333 DEF 6,6667 EF 6,6667 EF 0,0000 F 0,0000 F Comparisons of means for the same level of Giong Alpha 0,05 Standard Error for Comparison 11,843 Critical T Value 2,042 Critical Value for Comparison 24,186 Error term used: LNL*Giong*Chung, 30 DF Comparisons of means for different levels of Giong Alpha 0,05 Standard Error for Comparison 13,893 90 Critical T Value 2,332 Critical Value for Comparison 32,396 Error terms used: LNL*Giong and LNL*Giong*Chung There are groups (A, B, etc.) in which the means are not significantly different from one another Split-plot AOV Table for TLB Source DF SS F P LNL 548,1 274,07 Giong 13703,7 6851,85 10,00 0,0278 Error LNL*Giong 2740,7 685,19 Chung 19948,1 3989,63 18,96 0,0000 Giong*Chung 10 1674,1 167,41 0,80 0,6334 Error LNL*Giong*Chung 30 6311,1 210,37 Total 44925,9 53 Grand Mean 32,963 CV(LNL*Giong) 79,41 CV(LNL*Giong*Chung) MS 44,00 Tukey HSD All-Pairwise Comparisons Test of TLBTB for GiỐNG GiỐNG Mean 53,333 A 31,100 B 14,450 C Homogeneous Groups Alpha 0,05 Standard Error for Comparison 4,3087 Critical Q Value 3,881 Critical Value for Comparison 11,824 All means are significantly different from one another 91 Tukey HSD All-Pairwise Comparisons Test of TLBTB for CHỦNG CHỦNG Mean 66,667 A 46,667 AB 35,533 BC 22,233 CD 13,333 D 13,333 D Homogeneous Groups Alpha 0,05 Standard Error for Comparison 6,0934 Critical Q Value 4,904 Critical Value for Comparison 21,129 There are groups (A, B, etc.) in which the means are not significantly different from one another 2.Chỉ số bệnh Split-plot AOV Table for CSB4 Source DF SS F P LNL 4,148 2,0741 Giong 116,148 58,0741 7,84 0,0413 Error LNL*Giong 29,630 7,4074 Chung 26,370 5,2741 0,88 0,5057 Giong*Chung 10 47,407 4,7407 0,79 0,6366 Error LNL*Giong*Chung 30 179,556 5,9852 Total 403,259 53 Grand Mean 1,7037 CV(LNL*Giong) 159,75 CV(LNL*Giong*Chung) 143,60 MS 92 LSD All-Pairwise Comparisons Test of CSB4 for Giong*Chung Giong Chung Mean Homogeneous Groups 5,3333 A 1 4,0000 AB 4,0000 AB 4,0000 AB 4,0000 AB 2,6667 AB 2 2,6667 AB 2,6667 AB 1,3333 AB 0,0000 B 0,0000 B 0,0000 B 0,0000 B 0,0000 B 0,0000 B 3 0,0000 B 0,0000 B 0,0000 B Comparisons of means for the same level of Giong Alpha 0,05 Standard Error for Comparison 1,9975 Critical T Value 2,042 Critical Value for Comparison 4,0795 Error term used: LNL*Giong*Chung, 30 DF Comparisons of means for different levels of Giong Alpha 0,05 Standard Error for Comparison 2,0367 Critical T Value 2,188 Critical Value for Comparison 4,4562 Error terms used: LNL*Giong and LNL*Giong*Chung 93 There are groups (A and B) in which the means are not significantly different from one another Split-plot AOV Table for CSB7 Source DF SS F P LNL 61,04 30,519 Giong 381,04 190,519 3,31 0,1421 Error LNL*Giong 230,52 57,630 Chung 414,81 82,963 2,79 0,0348 Giong*Chung 10 116,74 11,674 0,39 0,9398 Error LNL*Giong*Chung 30 892,44 29,748 Total 2096,59 53 Grand Mean 5,6296 CV(LNL*Giong) 134,85 CV(LNL*Giong*Chung) MS 96,88 LSD All-Pairwise Comparisons Test of CSB7 for Giong*Chung Giong Chung Mean Homogeneous Groups 13,333 A 12,000 AB 10,667 ABC 9,3333 ABC 1 8,0000 ABC 8,0000 ABC 8,0000 ABC 2 6,6667 ABC 6,6667 ABC 5,3333 ABC 94 4,0000 ABC 4,0000 ABC 3 2,6667 BC 1,3333 BC 1,3333 BC 0,0000 C 0,0000 C 0,0000 C Comparisons of means for the same level of Giong Alpha 0,05 Standard Error for Comparison 4,4533 Critical T Value 2,042 Critical Value for Comparison 9,0949 Error term used: LNL*Giong*Chung, 30 DF Comparisons of means for different levels of Giong Alpha 0,05 Standard Error for Comparison 4,7885 Critical T Value 2,247 Critical Value for Comparison 10,761 Error terms used: LNL*Giong and LNL*Giong*Chung There are groups (A, B, etc.) in which the means are not significantly different from one another Split-plot AOV Table for CSB14 Source DF SS F P LNL 270,81 135,41 Giong 2215,70 1107,85 6,07 0,0614 Error LNL*Giong 730,07 182,52 Chung 1946,37 389,27 4,91 0,0021 Giong*Chung 10 305,19 30,52 0,38 0,9436 Error LNL*Giong*Chung 30 2380,44 79,35 Total 7848,59 53 MS 95 Grand Mean 11,630 CV(LNL*Giong) 116,17 CV(LNL*Giong*Chung) 76,60 LSD All-Pairwise Comparisons Test of CSB14 for Giong*Chung Giong Chung Mean Homogeneous Groups 29,333 A 28,000 AB 25,333 ABC 18,667 ABCD 18,667 ABCD 2 16,000 ABCDE 1 13,333 ABCDE 12,000 BCDE 10,667 CDE 9,3333 CDE 3 8,0000 CDE 6,6667 DE 5,3333 DE 4,0000 DE 2,6667 DE 1,3333 DE 0,0000 E 0,0000 E Comparisons of means for the same level of Giong Alpha 0,05 Standard Error for Comparison 7,2732 Critical T Value 2,042 Critical Value for Comparison 14,854 Error term used: LNL*Giong*Chung, 30 DF 96 Comparisons of means for different levels of Giong Alpha 0,05 Standard Error for Comparison 8,0226 Critical T Value 2,274 Critical Value for Comparison 18,240 Error terms used: LNL*Giong and LNL*Giong*Chung There are groups (A, B, etc.) in which the means are not significantly different from one another Split-plot AOV Table for CSB21 Source DF SS F P LNL 285,0 142,52 Giong 5109,9 2554,96 6,95 0,0500 Error LNL*Giong 1471,4 367,85 Chung 5068,1 1013,63 7,27 0,0001 Giong*Chung 10 717,6 71,76 0,51 0,8663 Error LNL*Giong*Chung 30 4184,9 139,50 Total 16837,0 53 Grand Mean 17,407 CV(LNL*Giong) 110,18 CV(LNL*Giong*Chung) MS 67,85 LSD All-Pairwise Comparisons Test of CSB21 for Giong*Chung Giong Chung Mean Homogeneous Groups 46,667 A 42,667 AB 41,333 AB 28,000 ABC 2 24,000 BCD 24,000 BCD 97 1 18,667 BCD 17,333 CD 16,000 CD 13,333 CD 3 12,000 CD 10,667 CD 8,0000 CD 4,0000 CD 4,0000 CD 2,6667 D 0,0000 D 0,0000 D Comparisons of means for the same level of Giong Alpha 0,05 Standard Error for Comparison 9,6435 Critical T Value 2,042 Critical Value for Comparison 19,695 Error term used: LNL*Giong*Chung, 30 DF Comparisons of means for different levels of Giong Alpha 0,05 Standard Error for Comparison 10,880 Critical T Value 2,296 Critical Value for Comparison 24,978 Error terms used: LNL*Giong and LNL*Giong*Chung There are groups (A, B, etc.) in which the means are not significantly different from one another Split-plot AOV Table for CSB28 Source DF SS MS LNL 353,8 176,89 Giong 8412,4 4206,22 Error LNL*Giong 1468,4 367,11 F P 11,46 0,0221 98 Chung 7448,0 1489,60 8,71 0,0000 Giong*Chung 10 878,2 87,82 0,51 0,8671 Error LNL*Giong*Chung 30 5132,4 171,08 Total 23693,3 53 Grand Mean 21,556 CV(LNL*Giong) 88,89 CV(LNL*Giong*Chung) 60,68 LSD All-Pairwise Comparisons Test of CSB28 for Giong*Chung Giong Chung Mean Homogeneous Groups 61,333 A 52,000 AB 48,000 ABC 33,333 BCD 2 30,667 BCDE 29,333 CDEF 1 22,667 CDEF 21,333 DEFG 21,333 DEFG 18,667 DEFG 3 14,667 DEFG 10,667 DEFG 9,3333 DEFG 5,3333 EFG 5,3333 EFG 4,0000 FG 0,0000 G 0,0000 G 99 Comparisons of means for the same level of Giong Alpha 0,05 Standard Error for Comparison 10,680 Critical T Value 2,042 Critical Value for Comparison 21,811 Error term used: LNL*Giong*Chung, 30 DF Comparisons of means for different levels of Giong Alpha 0,05 Standard Error for Comparison 11,655 Critical T Value 2,263 Critical Value for Comparison 26,372 Error terms used: LNL*Giong and LNL*Giong*Chung There are groups (A, B, etc.) in which the means are not significantly different from one another 100 PHỤ LỤC MỘT SỐ HÌNH ẢNH THÍ NGHIỆM Xử lý mẫu bệnh sau thu thập Phân lập mẫu sau xử lý 101 Thu dịch vi khuẩn môi trường 523 trước lây nhiễm 102 Cà chua trước lây nhiễm Cà chua sau lây nhiễm [...]... loài vi khuẩn Ralstonia solanacearum thu thập tại Nhật Bản và một số nước Đông Nam châu Á Tsuchiya và cs (2004) [94] đã xác định loài vi khuẩn Ralstonia solanacearum thu c nhóm 1 của Nhật Bản (bao gồm các chủng của biovar N2, 3 và 4 thu c race 1) có quan hệ gần gũi với các chủng của biovar 3, 4 và 5 thu c division I (Châu Á và Australia), còn các chủng vi khuẩn thu c nhóm 2 (biovar N2 thu c race 3) của. .. cho thấy các nguồn 36 vi khuẩn phân lập được kiểm tra đều có tính độc cao đối với khoai tây và đều thu c phylotype I biovar 4 [98] Yingqui Liu (2009) [99] khi đánh giá đa dạng di truyền của 120 chủng vi khuẩn Ralstonia solanacearum thu thập từ các vùng trồng thu c lá tại Nhật Bản đã cho kết quả: 3 chủng thu c phylotype IV và 117 chủng thu c phylotype I Nghiên cứu đặc điểm phân bố, tác hại của bệnh... đa dạng di truyền có vai trò vô cùng quan trọng trong tiến hóa và thích nghi của các sinh vật, mọi biến động ở cấp độ đa dạng di truyền đều có những tác động đến những cấp độ cao hơn và cuối cùng là ảnh hưởng đến đa dạng sinh học Đa dạng di truyền là biểu hiện sự đa dạng của các biến dị có thể di truyền trong một loài, một quần xã hoặc giữa các loài, các quần xã Xét cho cùng, đa dạng di truyền chính... Những khuẩn lạc của vi khuẩn bị mất độc tính thường nhỏ, màu kem hay đỏ sẫm Khả năng tổng hợp chất nhầy polysacharit là một thu c tính chung của tất cả các chủng phân lập Ralstonia solanacearum có tính độc Tuy nhiên sự tương quan giữa khả năng tổng hợp chất nhầy và tính độc của vi khuẩn rất phức tạp Về mặt sinh hóa của tính độc, khi nghiên cứu so sánh sự tổng hợp IAA (axit indol 3-axetic) ở Ralstonia solanacearum. .. biết nhanh chóng race 3 của các chủng vi khuẩn Ralstonia solanacearum Prasannakumar M K và cs (2012) [80] đã thu thập 57 chủng vi khuẩn Ralstonia solanacearum gây bệnh trên nhiều ký chủ ở các vùng trồng rau khác nhau ở Ấn Độ Nhóm nghiên cứu đã xác định được 54 chủng vi khuẩn này thu c race 1, biovar 3 Đặc biệt có 3 chủng, trong đó có 2 chủng vi khuẩn phân lập trên cây gừng và 1 chủng phân lập trên cà... lợi của môi trường do vi c tạo ra những tính trạng hữu ích như tính kháng sâu bệnh hay tính thích nghi Giá trị của đa dạng di truyền được thể hiện thông qua vi c sử dụng và khai thác các tính trạng quý, hiếm của tài nguyên di truyền thực vật như tính chống chịu, năng suất, chất lượng và khả năng thích nghi - Giá trị khai thác (Exploration Value): Đa dạng di truyền được xem là kho dự trữ tiềm năng các. .. duy trì cả các hệ sinh thái hoang dã lẫn các hệ thống nông nghiệp truyền thống Ngoài ra, đa dạng di truyền còn có giá trị về thẩm mỹ (thưởng thức, giải trí) và giá trị về đạo đức Có một số loài có cả giá trị sử dụng, thẩm mỹ và đạo đức; song về giá trị cũng không phải đều nhau giữa các mặt giá trị và giữa các loài [22] 1.4.3 Các phương pháp nghiên cứu đa dạng di truyền Đa dạng di truyền giữa các nguồn... lạc được thu thập ở các địa phương khác nhau Kết quả đối chiếu trên cả 20 mồi đều chỉ ra sự sai khác di truyền của 6 chủng khuẩn phân lập đó Nhóm tác giả cũng đã phân tích sự đa dạng genome của các chủng vi khuẩn Ralstonia solanacearum gây bệnh héo xanh cây lạc bằng kỹ thu t RADP để làm cơ sở khoa học cho vi c xác định nhận dạng độc tính của các nòi gây bệnh ở một số địa phương khác nhau để tìm ra các. .. cứu thành phần nòi biovar vi khuẩn trên cây trồng cạn đã thu được kết quả: các isolate vi khuẩn héo xanh thu thập được từ các vùng trồng cà chua, khoai tây ở miền Bắc Vi t Nam chủ yếu thu c biovar 3 Các isolate thu thập trên lạc chủ yếu thu c biovar 3 và 4, các biovar 3 và 4 đều gây bệnh trên cà chua, khoai tây, thu c lá và cà 19 1.3 TÌNH HÌNH NGHIÊN CỨU VỀ BỆNH HÉO XANH VI KHUẨN 1.3.1 Triệu chứng bệnh... nhóm được cho 15 chủng vi khuẩn thu thập ở Hasan và Chikmagalur vùng Karnataka, Ấn Độ thu c race 1 Dựa vào kỹ thu t PCR tác giả cũng xác định chính xác 15 chủng vi khuẩn là vi khuẩn Ralstonia solanacearum thu c phylotype I Nghiên cứu về bệnh HXVK hại khoai tây ở Đài Loan đã cho thấy tác hại của bệnh làm giảm năng suất khoai tây từ 30-80% Nghiên cứu đặc tính sinh học của 10 chủng vi khuẩn phân lập từ các ... tài: Đánh giá đa dạng di truyền độ độc tính chủng vi khuẩn Ralstonia solanacearum Smith thu thập tỉnh phía Nam Vi t Nam MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU Đề tài nhằm đánh giá đa dạng di truyền độc tính chủng. .. pháp đánh giá đa dạng di truyền, phân loại đánh giá độ độc tính chủng vi khuẩn Ralstonia solanacearum Ý nghĩa thực tiễn - Phân loại chủng vi khuẩn Ralstonia solanacearum thu thập phía Nam Vi t Nam. .. học thông tin chủng vi khuẩn Ralstonia solanacearum tỉnh phía Nam Vi t Nam - Xác định độ độc tính chủng vi khuẩn Ralstonia solanacearum tỉnh phía Nam Vi t Nam 9 Chương TỔNG QUAN CÁC VẤN ĐỀ NGHIÊN