Appendix I: Clinical characteristics and genotype profile of the patients.      Table 1: Clinical characteristics of recruited patients.  Patient   Current Age  Age At  no.   (2011)  Diagnosis  Gender 10  14  9.24  M  11  10  5.74  M  13  9  4.58  F  14  18  3.91  F  16  24  2.18  F  18  18  5.44  M  19  24  2.7  F  20  20  16  F  21  19  1.67  M  22  22  6.35  M  24  24  1.7  M  25  16  2  F  26  22  2  M  27  25  14.19  F  28  13  4  F  32  22  1.83  F  33  34  35  36  15  9  23  23  2  4.78  16  6.5  F  M  F  M  Race  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  Renal Biopsy Finding  MCNS  MCNS  FSGS  Not performed  FGS  MCNS  MCNS; IgM nephropathy  Not performed  FMPGN  Minor abnormalities  Not performed  Not performed  Not performed  FMPGN  Not performed  FMPGN  Minor glomerular  abnormalities  MCNS  Minor abnormalities  Not performed  Poor  Prognosis  No  No  Yes  No  Yes  No  No  No  No  No  No  No  No  No  No  No  Steroid  Resistant  No  Yes  Yes  No  No  No  No  No  No  No  No  No  No  Yes  No  No  On CNI  therapy  Yes**  Yes  Yes**  No  Yes  No  Yes  No  Yes  Yes  No  No  No  Yes  No  No  No  No  No  No  No  No  No  No  No  Yes  Yes  No  146 Patient   Current Age  Age At  no.   (2011)  Diagnosis  Gender 37  11  6  M  38  4  4.41  M  41  16  1.11  M  43  23  1.88  M  45  18  3  M  Race  CH  CH  CH  CH  CH  46  50  51  53  54  21  11  12  10  19  1.41  4  3  2  3  F  M  M  F  M  CH  CH  CH  CH  CH  58  60  62  63  64  65  66  67  68  74  75  30  17  18  17  20  13  11  25  15  12  14  11  3.5  0.9  3.53  5.77  8.99  5.01  1.9  1.76  1  1.08  F  M  F  F  F  M  F  M  M  F  F  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  Renal Biopsy Finding  Not performed  Not performed  Minor abnormalities  Not performed  Not performed  Minor abnormalities, IgM  nephropathy  Not performed  Not performed  Not performed  Not performed  Diffuse mesangial  proliferative  glomerulonephritis with  global and segmental  sclerosis  Not performed  FMPGN  Not performed  Not performed  Not performed  Not performed  FSGS  FGS  Not performed  FSGS  Poor  Prognosis  No  No  No  No  No  Steroid  Resistant  No  No  Yes  No  No  On CNI  therapy  No  No  No  No  No  Yes  No  No  No  No  No  No  No  No  No  Yes**  No  No  No  No  Yes*  No  No  No  No  No  No  Yes*  Yes  No  No  Yes  No  Yes  No  No  No  No  Yes  No  No  Yes  Yes**  No  Yes  No  No  No  No  Yes**  Yes  No  Yes  147 Patient   Current Age  Age At  no.   (2011)  Diagnosis  Gender 77  30  5  F  79  8  6  F  Race  CH  CH  80  81  82  83  31  8  32  28  3  5  9.53  5.47  F  M  M  M  CH  CH  CH  CH  84  89  90  91  93  94  105  110  114  115  118  119  11  21  21  9  5  19  24  29  15  33  22  16  4  10.85  10.81  7  2.61  11.01  4.79  5  0  2  12.33  4.01  F  F  F  F  M  M  M  F  F  M  F  M  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  121  127  130  132  15  14  19  16  10.8  2  7  1.02  M  M  M  F  CH  CH  CH  CH  Renal Biopsy Finding  Not performed  Not performed  Mesangial injury, GN w IgM  deposits and global sclerosis  Not performed  FSGS  FGS  Glomerular minor  abnormalities with  mesangial IgM IF  FSGS  MCNS  FSGS  Not performed  FSGS  Not performed  FSGS with a cellular crescent  MCNS  FGS  FGS   Not performed  Glomerular minor  abnormalities  MCNS  IgM nephropathy, MCNS  Minimal change. Findings  Poor  Prognosis  No  No  Steroid  Resistant  No  No  On CNI  therapy  No  No  No  No  No  Yes  No  No  No  No  No  No  No  Yes**  No  No  No  Yes  No  Yes*  No  Yes*  No  No  No  No  No  Yes  No  Yes  No  Yes  No  Yes  No  No  No  No  Yes  Yes  No  Yes**  No  Yes**  No  Yes**  No  Yes  Yes  No  No  No  No  No  No  No  Yes  No  Yes  No  Yes  No  148 Patient   Current Age  Age At  no.   (2011)  Diagnosis  Gender Race  137  139  140  141  143  144  148  151  153  156  159  160  161  162  164  8  23  28  15  20  20  12  14  22  12  37  32  12  9  21  1.96  19.01  7  2  4  5  3.27  10  11.91  2.66  2  1.61  2.84  5.58  3.59  M  M  M  F  M  F  M  F  F  M  M  M  F  M  M  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  169  170  172  173  174  13  21  12  20  18  1.58  12.19  4  15.25  12  M  M  M  M  F  CH  CH  CH  CH  CH  210  216  12  9  11  8  F  M  CH  CH  Renal Biopsy Finding  compatible with IgM  nephropathy   FSGS  FSGS  FMPGN  FGS  Not performed  Not performed  FSGS  FSGS  Minor abnormalities  FGS  Not performed  FMPGN  FSGS  Not performed  FSGS  Mesangial injury GN w IgM  deposits and global sclerosis  FSGS  Not performed  MCNS  FSGS  Diffuse Mesengial  Hypercellularity  Not performed  Poor  Prognosis  Steroid  Resistant  On CNI  therapy  Yes  Yes*  No  No  No  No  No  Yes*  No  No  No  No  No  No  No  Yes  Yes  No  No  No  No  No  Yes  Yes  No  No  Yes  No  No  Yes  Yes**  Yes**  No  Yes**  No  No  No  Yes**  No  Yes  No  No  Yes  No  Yes  No  Yes  No  No  Yes*  Yes  Yes  No  No  Yes  Yes**  Yes  No  No  Yes  No  No  No  No  Yes  No  149 Patient   Current Age  Age At  no.   (2011)  Diagnosis  Gender 220  10  4  M  223  6  5  F  231  11  9  M  232  6  3  M  235  18  9  M  236  10  7  M  239  21  3  M  244  9  2  M  252  19  17  M  253  4  4  M  254  14  11  M  255  13  11  M  3  25  21  F  4  7  3  M  40  21  1.61  M  48  33  5  M  97  32  6.5  M  98  25  3.5  M  99  12  2  M  100  19  2  M  102  13  4  m  103  17  15  M  104  13  6  M  108  14  3.88  M  109  26  19  F  111  24  3  F  Race  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  ML  ML  ML  ML  ML  ML  ML  ML  ML  ML  ML  ML  ML  ML  Renal Biopsy Finding  Not performed  Not performed  Not performed  FSGS  FSGS  FSGS  Not performed  FSGS  MCNS  MCNS  MCNS  FMPGN  FSGS  FSGS  FMPGN  FSGS  Minor abnormalities  MCNS  Not performed  Minimal glomerular changes  Not performed  FSGS  FSGS  Minor Abnormalities  FSGS  Not performed  Poor  Prognosis  No  No  No  Yes  No  Yes  No  Yes*  No  No  No  No  Yes  No  No  Yes*  No  No  No  No  No  No  No  No  Yes*  No  Steroid  Resistant  No  No  No  Yes  No  No  No  Yes  Yes  Yes  Yes  No  Yes  Yes  No  Yes  No  No  No  No  No  Yes  Yes  Yes  Yes  No  On CNI  therapy  No  No  No  Yes  Yes  Yes  No  Yes**  Yes  Yes  Yes  No  Yes**  Yes  Yes  Yes**  Yes  No  No  Yes  No  Yes**  Yes**  No  Yes**  No  150 Patient   Current Age  Age At  Poor  Steroid  On CNI  no.   (2011)  Diagnosis  Gender Race  Renal Biopsy Finding  Prognosis  Resistant  therapy  112  22  3  F  ML  FSGS  Yes*  Yes  Yes**  126  27  2  F  ML  FSGS  Yes*  Yes  Yes**  128  8  4  F  ML  Not performed  No  No  No  135  17  2  F  ML  Not performed  No  No  No  157  15  3.87  F  ML  FGS IgM nephropathy  No  Yes  Yes  163  7  3.11  M  ML  FSGS  No  Yes  Yes  217  24  8  M  ML  Not performed  No  No  No  238  15  8.87  M  ML  MCNS  No  No  Yes  243  16  4  M  ML  MCNS  No  Yes  No  247  20  6  M  ML  IgM Nephropathy  No  No  No  FGS:  Focal  global  glomerulosclerosis.  FMPGN:  Focal  mesangial  proliferative  glomerulonephritis.  FSGS:  Focal  segmental  glomerulonephritis.GN: Glomerulonephritis. MCNS: Minimal change nephrotic syndrome.   *Patient progressed to end‐stage renal disease. **Patient is resistant to calcineurin inhibitor.                              151 Table 2: Genotyping profile of the significant SNPs for the patients.  Patient  no.  10  11  13  14  16  18  19  20  21  22  24  25  26  27  28  32  33  34  35  36  37  38  41  NPHS1  Gender  M  M  F  F  F  M  F  F  M  M  M  F  M  F  F  F  F  M  F  M  M  M  M  Race  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  c.294C>T (I98I)  c.349G>A  (E117K)  c.2289C>T  (T763T)  c.‐51G>T  NPHS2  c.288C>T  (S96S)  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/T  C/T  C/T  C/C  C/T  C/C  C/T  C/T  C/C  C/C  C/T  T/T  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  G/A  A/A  A/A  G/A  A/A  G/A  G/A  G/G  G/A  G/G  A/A  G/A  G/A  G/G  G/A  G/A  G/G  G/A  G/A  A/A  A/A  G/G  G/A  C/T  C/C  C/C  C/C  C/C  C/T  C/T  C/T  C/T  C/T  C/C  C/T  C/T  C/T  C/T  C/T  T/T  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  G/T  G/T  G/T  G/G  G/G  G/T  G/G  G/T  G/T  G/T  G/G  G/T  G/G  G/T  G/T  G/T  G/G  G/G  G/G  G/G  G/T  G/G  G/T  C/T  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  c.1038A>G  (L346L)  A/G  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/G  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  152 Patient  no.  43  45  46  50  51  53  54  58  60  62  63  64  65  66  67  68  74  75  77  79  80  81  82  83  NPHS1  Gender  M  M  F  M  M  F  M  F  M  F  F  F  M  F  M  M  F  F  F  F  F  M  M  M  Race  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  c.294C>T (I98I)  c.349G>A  (E117K)  c.2289C>T  (T763T)  c.‐51G>T  NPHS2  c.288C>T  (S96S)  C/C  C/C  C/T  C/C  C/C  C/C  C/T  C/T  C/T  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/T  C/C  C/T  C/T  C/C  C/C  C/T  A/A  G/G  G/A  A/A  G/A  G/A  G/A  G/G  G/A  A/A  G/A  A/A  G/A  G/A  G/A  G/G  G/A  G/A  G/A  G/A  G/G  A/A  G/G  G/A  C/C  C/C  C/T  C/C  C/C  C/C  C/T  C/T  C/T  C/C  C/T  C/C  C/T  C/C  C/C  C/C  C/C  C/T  C/C  C/T  C/T  C/C  C/C  C/T  G/G  G/G  G/G  G/G  G/G  G/G  G/G  G/G  G/G  T/T  G/G  G/G  G/G  G/G  G/G  G/T  G/G  G/G  G/G  G/G  G/G  G/G  G/G  G/T  C/C  C/C  C/C  C/T  C/C  C/C  C/C  C/C  C/T  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/T  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  c.1038A>G  (L346L)  A/A  A/A  A/G  A/G  A/A  A/A  A/A  A/A  A/G  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/G  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  153 Patient  no.  84  89  90  91  93  94  105  110  114  115  118  119  121  127  130  132  137  139  140  141  143  144  148  151  NPHS1  Gender  F  F  F  F  M  M  M  F  F  M  F  M  M  M  M  F  M  M  M  F  M  F  M  F  Race  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  c.294C>T (I98I)  c.349G>A  (E117K)  c.2289C>T  (T763T)  c.‐51G>T  NPHS2  c.288C>T  (S96S)  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/T  C/T  C/T  C/T  C/T  C/C  C/C  C/C  C/T  C/C  C/T  C/C  C/T  C/C  C/T  C/T  C/C  C/C  G/A  G/A  G/G  G/A  G/G  G/A  G/A  G/G  G/G  G/G  G/A  G/A  G/A  A/A  G/A  G/A  G/G  A/A  G/G  G/A  G/A  G/A  A/A  G/G  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/T  C/T  C/T  C/T  T/T  C/T  C/C  C/T  C/C  C/T  C/C  C/T  C/C  C/T  C/C  C/T  C/T  C/C  C/C  G/G  G/T  G/G  G/G  G/G  G/G  G/G  G/G  G/G  G/G  G/G  G/G  G/T  G/G  G/G  G/G  G/G  G/G  G/G  G/T  T/T  G/G  G/T  G/T  C/C  C/C  C/C  C/T  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/T  C/T  C/C  C/C  T/T  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  c.1038A>G  (L346L)  A/A  A/A  A/A  A/G  A/A  A/A  A/A  A/G  A/A  A/A  A/G  A/G  A/A  A/G  A/G  A/A  A/G  G/G  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  154 Patient  no.  153  156  159  160  161  162  164  169  170  172  173  174  210  216  220  223  231  232  235  236  239  244  252  253  NPHS1  Gender  F  M  M  M  F  M  M  M  M  M  M  F  F  M  M  F  M  M  M  M  M  M  M  M  Race  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  CH  c.294C>T (I98I)  c.349G>A  (E117K)  c.2289C>T  (T763T)  c.‐51G>T  NPHS2  c.288C>T  (S96S)  T/T  C/T  C/T  C/C  C/C  C/T  C/T  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/T  C/C  C/T  C/C  C/T  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/T  G/G  G/A  G/A  A/A  G/A  G/A  G/A  A/A  G/A  G/A  A/A  A/A  A/A  G/A  G/A  G/A  A/A  G/G  A/A  A/A  A/A  A/A  G/G  G/A  T/T  C/T  C/T  C/C  C/T  C/T  C/T  C/C  C/C  C/T  C/C  C/C  C/C  C/T  C/C  C/T  C/C  C/T  C/T  C/C  C/C  C/C  C/T  C/T  G/G  G/G  G/G  G/G  G/G  G/G  G/G  G/G  T/T  G/T  G/G  G/T  G/G  G/G  G/G  G/G  G/G  G/T  G/G  G/G  G/T  G/G  G/T  G/T  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  c.1038A>G  (L346L)  A/G  A/A  A/A  A/G  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  155 Patient  no.  254  255  3 4 40 48 97 98 99 100 103 104 108 109 111 112 126 128 135 157 163 217 238 243 NPHS1  Gender  M  M  F  M  M  M  M  M  M  M  M  M  M  M  F  F  F  F  F  F  F  M  M  M  Race  CH  CH  ML  ML  ML  ML  ML  ML  ML  ML  ML  ML  ML  ML  ML  ML  ML  ML  ML  ML  ML  ML  ML  ML  c.294C>T (I98I)  c.349G>A  (E117K)  c.2289C>T  (T763T)  c.‐51G>T  NPHS2  c.288C>T  (S96S)  T/T  C/C  C/C  C/T  C/C  C/C  C/C  C/T  C/C  C/T  C/C  C/C  C/T  C/C  C/C  C/T  C/C  C/T  C/T  C/T  C/C  C/C  C/C  C/C  G/G  G/A  G/A  G/G  G/A  G/G  G/A  G/G  G/A  G/G  G/A  G/A  G/G  A/A  A/A  G/A  G/A  G/G  G/A  G/A  A/A  A/A  G/G  A/A  T/T  C/C  C/T  T/T  C/C  C/C  C/C  C/T  C/C  C/T  C/C  C/C  T/T  C/C  C/C  C/T  C/C  C/T  C/T  C/T  C/C  C/C  C/C  C/C  G/G  G/G  G/G  G/G  G/G  G/G  G/G  G/T  G/G  G/G  G/G  G/T  G/G  G/G  G/G  G/G  G/T  G/G  G/G  G/G  G/G  G/G  G/G  G/G  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/T  C/C  C/C  C/T  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/C  C/T  C/C  C/C  C/C  c.1038A>G  (L346L)  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/G  A/A  A/A  A/G  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/A  A/G  A/A  A/A  A/A  156 Patient  no.  247 102   NPHS1  Gender  M  M  Race  ML  ML  c.294C>T (I98I)  c.349G>A  (E117K)  c.2289C>T  (T763T)  c.‐51G>T  NPHS2  c.288C>T  (S96S)  C/C  C/C  G/A  G/G  C/C  C/T  G/T  G/G  C/C  C/C  c.1038A>G  (L346L)  A/G  A/A    157 Appendix II: Hardy‐Weinberg Results for NPHS1 and NPHS2 variants     Table 3: Hardy‐Weinberg for Chinese controls for NPHS1 variants.  Genotype  c.170T>C (n=125)  TT  CT  c.65C>T (n=125)  CC  CT  c.151C>T (n=125)  CC  CT  c.294C>T (n=221)  CC  CT  TT  c.349G>A (n=221)  AA  GA  GG  c.494C>T (n=125)  CC  CT  c.803G>A (n=125)  GG  GA    c.1233C>T (n=125)  CC  CT  c.1339G>A (n=125)  GG  GA  c.2223C>T (n=125)  CC  CT  TT  c.2289C>T (n=1903)  CC  CT  TT  Frequency    92 (74%)  33 (26%)    124  1    119 (95%)  6 (5%)    165 (75%)  56 (25%)  0 (0%)  77 (35%)  116 (52%)  28 (13%)  125 (100%)  0 (0%)  117 (94%)  8 (6%)  125 (100%)  0 (0%)  118 (94%)  7 (6%)  108 (86%)  17 (14%)  0 (0%)  1320 (69%)  529 (28%)  54 (3%)  p‐value    0.13      1      1      0.03        0.16        1      1      1      1      1        0.93      158 c.2398C>T (n=125)  CC  CT  c.2871G>A (n=125)  GG  GA  c.3230A>G (n=221)  AA  AG  c.3315G>A (n=221)  GG  GA  AA      122 (98%)  3 (2%)  125 (100%)  0 (0%)  217 (98%)  4 (2%)  95 (43%) 101 (46%) 25 (11%)   1       1      1      0.88        159 Table 4: Hardy‐Weinberg for Malay controls for NPHS1 variants.  Genotype  c.170T>C   TT  CT  c.151C>T (n=96)  CC  CT  c.294C>T (n=185)  CC  CT  CT  c.349G>A (n=184)  AA  GA  GG  c.803G>A (n=96)  GG  GA  c.2223C>T (n=96)  CC  CT  c.2289C>T (n=185)  CC  CT  CT  c.3047G>A (n=96)  GG  GA  c.3230A>G (n=185)  AA  AG  c.3315G>A (n=184)  GG  GA  AA              Frequency    81 (84%)  15 (16%)    82 (85%)  14 (15%)    159 (86%)  24 (13%)  2 (1%)  50 (27%)  94 (51%)  40 (22%)  82 (85%)  14 (15%)  93 (97%)  3 (3%)  150 (81%)  33 (18%)  2 (1%)  96 (100%)  0 (0%)  178 (96%)  7 (4%)  23 (12%)  88 (48%)  73 (40%)  p‐value    1      1      0.27        0.77        1      1      0.7        1      1      0.75      160 Table 5: Hardy‐Weinberg for Chinese controls for NPHS2 variants.  Genotype  c.‐670C>T (n=125)  CC  CT  TT  c.‐116C>T  (n=125)  CC  CT  TT  c.‐51G>T (n=125)  GG  GT  TT  c.288C>T (n=221)  CC  CT  CT  c.685G>A (n=125)  GG  GA  c.871C>T (n=125)  CC  CT  c.954T>C (n=221)  TT  TC  CC  c.1038A>G (n=221)  AA  AG  GG                        Frequency     26 (21%)  65 (52%)  34 (27%)    51 (41%)  51 (41%)  23 (18%)    104 (83%)  21 (17%)  0    167 (76%)  52 (24%)  2 (1%)  125 (100%)  0  125 (100%)  0  46 (21%)  117 (53%)  58 (26%)  172 (78%)  49 (22%)  0  p‐value    0.72        0.13        1        0.54        1      1      0.42        0.084      161 Table 6: Hardy‐Weinberg for Malay controls for NPHS2 variants.  Genotype  c.‐670C>T  CC  CT  TT  c.‐116C>T (n=96)  CC  CT  TT  c.‐51G>T (n=96)  GG  GT  TT  c.288C>T (n=185)  CC  CT  CT  c.954T>C (n=184)  TT  TC  CC  c.1038A>G (n=185)  AA  AG  GG                  Frequency    19 (20%)  50 (52%)  27 (28%)    42 (44%)  45 (47%)  9 (9%)    73 (76%)  22 (23%)  1 (1%)    158 (85%)  26 (14%)  1 (1%)  33 (18%)  92 (50%)  59 (32%)  159 (86%)  25 (14%)  1 (1%)  p‐value    0.69        0.65        1        1        0.88        1        162 Appendix III: Linkage disequilibrium results for NPHS1 and NPHS2 variants    Table 7: Linkage disequilibrium for NPHS1 variants in Chinese.    c.170T>C  c.‐170T>C    c.65C>T    c.65C>T  D’: 0.65  p=0.002    c.151C>T      c.151C>T  D’: 0.97  p=0.298  D’: 0.23  pT        c.294C>T  D’: 0.76  pA          c.349G>A  D’: 0.78  pT  D’: 0.77  p=0.74  D’: 0.026  p=0.79  D’: 0.019  p=0.88  D’: 0.79  p=0.73  D’: 0.92  p=0.41    c.803G>A              c.803G>A  D’: 0.98  p=0.19  D’: 0.22  p=0.0038  D’: 0.99  pT                c.1233C>T  D’: 0.96  p=0.023  D’: 0.026  p=0.79  D’: 0.019  p=0.88  D’: 0.96  p=0.029  D’: 0.94  p=0.30  D’: 0.32  p=0.50  D’: 0.012  p=0.94    c.1339G>A                  c.1339G>A  D’: 0.99  p=0.13  D’: 0.72  p=0.80  D’: 0.83  p=0.70  D’: 0.99  p=0.11  D’: 0.69  p=0.024  D’: 0.0053  p=0.98  D’: 0.89  p=0.62  D’: 0.0053  p=0.98    c.2223C>T                    c.2223C>T  D’: 0.77  pG  D’: 0.95  p=0.43  D’: 0.098  p=0.99  D’: 0.48  p=0.90  D’: 0.95  p=0.40  D’: 0.19  p=0.67  D’: 0.026  p=0.79  D’: 0.64  p=0.95  D’: 0.026  p=0.79  D’: 0.72  p=0.80  D’: 0.91  p=0.57  D’: 0.96  p=0.32  D’: 0.28  p=0.95  D’: 0.026  p=0.79    c.3315G>A                              *Values in bold: Significant LD between the SNPs  163 c.3315G>A  D’: 0.24  p=0.13  D’: 0.98  p=0.16  D’: 0.74  p=0.15  D’: 0.23  p=0.12  D’: 0.14  p=0.062  D’: 0.97  pC  c.151C>T  c.294C>T c.349G>A c.803G>A c.170T>C    c.151C>T    D’: 0.99  p=0.17    c.294C>T      D’: 0.84 pT        c.3047G>A        c.3230A>G        c.3315G>A        c.2223C> T  D’: 0.99 pT    c.‐116C>T    c.‐116C>T  D’: 0.76 pT  D’: 0.83 pT        c.288C>T  D’: 0.92 pA          c.685C>A  D’: 0.93  p=0.33  D’: 0.95  p=0.207  D’: 0.71  p=0.79  D’: 0.66  p=0.82    c.871C>T            c.871C>T  D’: 0.98 p=0.15  D’: 0.98 p=0.064  D’: 0.90 p=0.64  D’: 0.88 p=0.68  D’: 0.97  pC            c.954T>C  D’: 0.86 pT      c.954T>C      c.1038A>G        c.‐51G>T  D’: 0.99 pT  D’: 0.99 p=0.0001  D’: 0.55 p=0.083  D’: 0.99 p=0.11      c.954T>C  D’: 0.85  pT (p.Ile98Ile)    Human Rat Mouse Cattle Chimpanzee Dog ASVELRCGVSTPGSAVQWAKDGLLLGPDPRIPGFPRYRLEGDPARGEFHLHIEACDLSDD TTVKLWCGVRAPGSVVQWAKDGLLLGPNPKMPGFPRYSLEGDRAKGEFHLLIEACDLSDD STVKLWCGVRAPGSVVQWAKDGLLLGPNPKIPGFPRYSLEGDSAKGEFHLLIEACDLSDD AVAELRCGVRAPGSAVQWAKDGLLLGPDPRIPSFPRYRLEGDPAKGEFHLHIEACDLSDD ASVELRCGVSTPGSAVQWAKDGLLLGPDPRIPGFPRYRLEGDPARGEFHLHIEACDLSDD ATAELQCGVHAPGSVVQWAKDGLLLGPDPRIPRFPRYRLEGDPSRGEFHLHIEACDLSDD   c.349G>A (p.Glu117Lys)    Human Rat Mouse Cattle Chimpanzee Dog AEYECQVGRSEMGPELVSPRVILSILVPPKLLLLTPEAGTMVTWVAGQEYVVNCVSGDAK AEYECQVGRSELGPELVSPKVILSILVSPKVLLLTPEAGSTVTWVAGQEYVVTCVSGDAK AEYECQVGRSELGPELVSPSVILSILVSPKVLQLTPEAGSTVTWVAGQEYVVTCVSGDAK AEYECQVGRSETGPELVSPRVILSILVPPKVLQLTPEAGSTVTWVAGQEYTVSCVSGDAK AEYECQVGRSETGPELVSPRVILSILVPPKLLLLTPEAGTMVTWVAGQEYVVSCVSGDAK AEYECQVGRSETGPELVSPRVILSVLVPPKVLQLTPEAGSTVTWVAGQEYVVTCVSGDAK   c.494C>T (p.Ala165Val)    Human Rat Mouse Cattle Chimpanzee Dog AEYECQVGRSEMGPELVSPRVILSILVPPKLLLLTPEAGTMVTWVAGQEYVVNCVSGDAK AEYECQVGRSELGPELVSPKVILSILVSPKVLLLTPEAGSTVTWVAGQEYVVTCVSGDAK AEYECQVGRSELGPELVSPSVILSILVSPKVLQLTPEAGSTVTWVAGQEYVVTCVSGDAK AEYECQVGRSETGPELVSPRVILSILVPPKVLQLTPEAGSTVTWVAGQEYTVSCVSGDAK AEYECQVGRSETGPELVSPRVILSILVPPKLLLLTPEAGTMVTWVAGQEYVVSCVSGDAK AEYECQVGRSETGPELVSPRVILSVLVPPKVLQLTPEAGSTVTWVAGQEYVVTCVSGDAK 167 c.803G>A (p.Arg268Glu)  Human Rat Mouse Cattle Chimpanzee Dog PIKASFTVNVLFPPGPPVIEWPGLDEGHVRAGQSLELPCVARGGNPLATLQWLKNGQPVS PIKASFTMNILFPPGPPVIDWPGLNEGHVRAGENLELPCTARGGNPPATLQWLKNGKPVS PIKASFTMNILFPPGPPVIDWPGLNEGHVRAGENLELPCIARGGNPPATLQWLKNGKPVS PIKASFTMNVLFPPGPPVIEWPGLDEGQVRAGQSLELLCTARGGNPLATLQWLKNGQPVS PIKASFTVNVLFPPGPPVIEWPGLDEGHVRAGQSLELPCVARGGNPLATLQWLKNGQPVS PIRVSVTMNVLFPPGPPVIEWPGLDEGHVRAGQSLELLCVARGGNPPATLQWLKNGQPMS   c.1233C>T (p.Asn411Asn)    Human Rat Mouse Cattle Chimpanzee Dog RREDNGLTLTCEAFSEAFTKETFKKSLILNVKYPAQKLWIEGPPEGQKLRAGTRVRLVCL RREDNGLPLTCEAFSDAFSKETFKKSLTLNVKYPAQKLWIEGPPEGQYIRTGTRVRLVCL KREDNGLSLTCEAFSDAFSKETFKKSLTLNVKYPAQKLWIEGPPEGQSIRTGTRVRLVCL RREDNGLTLTCEAFSEAFTKETFKKSLTLNVKYPAQKLWIEGPPEGQRLRAGNRVRLVCL RREDNGLTLTCEAFSEAFTKETFKKSLILNVKYPAQKLWIEGPPEGQKLRAGTRVRLVCL RREDNGLTLTCEAFSEAFTKETFKKSLTLNVKYPAQKLWIEGPPEGQRLRAGTRVRLVCL c.1339G>A (p.Glu447Lys)    Human Rat Mouse Cattle Chimpanzee Dog RREDNGLTLTCEAFSEAFTKETFKKSLILNVKYPAQKLWIEGPPEGQKLRAGTRVRLVCL RREDNGLPLTCEAFSDAFSKETFKKSLTLNVKYPAQKLWIEGPPEGQYIRTGTRVRLVCL KREDNGLSLTCEAFSDAFSKETFKKSLTLNVKYPAQKLWIEGPPEGQSIRTGTRVRLVCL RREDNGLTLTCEAFSEAFTKETFKKSLTLNVKYPAQKLWIEGPPEGQRLRAGNRVRLVCL RREDNGLTLTCEAFSEAFTKETFKKSLILNVKYPAQKLWIEGPPEGQKLRAGTRVRLVCL RREDNGLTLTCEAFSEAFTKETFKKSLTLNVKYPAQKLWIEGPPEGQRLRAGTRVRLVCL c.2223C>T (p.Thr741Thr)    Human Rat Mouse Cattle Chimpanzee Dog WNVTRADDGLYQLHCQNSEGTAEARLRLDVHYAPTIRALQDPTEVNVGGSVDIVCTVDAN WNVTRADDGFYQLHCQNSEGTAEALLKLDVHYAPTIRALRDPTEVNVGGSVDIVCTVDAN WNVTRADDGFYQLHCQNSEGTAEALLKLDVHYAPTIRALKDPTEVNVGGSVDIVCTVDAN WNVTRADDGLYQLHCQNSEGTAEALVRLDVQYAPTIRALQDPTEVNVGDSVDIVCTVDAN WNVTRADDGLYQLHCQNSEGTAEALLRLDVHYAPTIRALQDPTEVNVGGSVDIVCTVDAN WNVTRADDGLYQLHCQNSEGTAETLVRLDVHYAPTIRALQDPTEVNIGGSVDIVCTVDAN c.2289C.T (p.Val763Val)    Human Rat Mouse Cattle Chimpanzee Dog WNVTRADDGLYQLHCQNSEGTAEARLRLDVHYAPTIRALQDPTEVNVGGSVDIVCTVDAN WNVTRADDGFYQLHCQNSEGTAEALLKLDVHYAPTIRALRDPTEVNVGGSVDIVCTVDAN WNVTRADDGFYQLHCQNSEGTAEALLKLDVHYAPTIRALKDPTEVNVGGSVDIVCTVDAN WNVTRADDGLYQLHCQNSEGTAEALVRLDVQYAPTIRALQDPTEVNVGDSVDIVCTVDAN WNVTRADDGLYQLHCQNSEGTAEALLRLDVHYAPTIRALQDPTEVNVGGSVDIVCTVDAN WNVTRADDGLYQLHCQNSEGTAETLVRLDVHYAPTIRALQDPTEVNIGGSVDIVCTVDAN   c.2398C>T (p.Arg800Cys)    Human Rat Mouse Cattle Chimpanzee Dog PILPGMFNWERLGEDEEDQSLDDMEKISRGPTGRLRIHHAKLAQAGAYQCIVDNGVAPPA PILPEMFSWERLGEEEEDLNLDDMEKVSKGSTGRLRIRQAKLSQAGAYQCIVDNGVAPAA PILPEMFSWERLGEDEEELNLDDMEKMSKGSTGRLRIRQAKLSQAGAYQCIVDNGVAPAA PILPEMFNWERLGEEGEDQNLDDMEKMSKGSTGRLRIHHAKLTQAGAYQCIVDNGVAPPA PILPGMFSWERLGEDEEDQSLDDMEKISRGPTGRLRIHHAKLAQAGAYQCIVDNGVAPPA PILPEMFSWERLGEEEEDQSLDDMEKISKGSTGRLRIHHAKLAQAGAYQCIVDNGVAPPA 168 c.2871G>A (p.Val957Val)    Human Rat Mouse Cattle Chimpanzee Dog LKVVSLTPHSVGLEWKPGFDGGLPQRFCIRYEALGTPGFHYVDVVPPQATTFTLTGLQPS LKVVSISPHSVGLEWKPGFDGGLPQRFQIRYEALETPGFLHVDVLPTQATTFTLTGLKPS LKVVSVSPHSVGLEWKPGFDGGLPQRFQIRYEALESPGFLYMDVLPAQATTFTLTGLKPS LKAVSMTPYSVGLEWKPGFDGGLPQRFQIRYEALETPGFLYMDVLPPQATTFTLTGLQPS LKVVSLTPHSVGLEWKPGFDGGLPQRFCIRYEALGTPGFHYVDVLPPQATTFTLTGLQPS LKVVSMTPYSVGLEWKPGFDGGLPQKFQIRYEALGTPGFLYMDVLPPDATTFTLTGLQPS   c.3230A>G (p.Asn1077Ser)  Human Rat Mouse Cattle Chimpanzee Dog FALGGLLLLSNASCVGGVLWQRRLRRLAEGISEKTEAGSEEDRVRNEYEESQWTGERDTQ FAVGGLLLLSNASCVGGLLWRRRLRRLAEEISEKTEAGS-EDRIRNEYEESQWTGDRDTR FAVGGLLLLSNASCVGGLLWRRRLRRLAEEISEKTEAGSEEDRIRNEYEESQWTGDRDTR LAVGGLLLLSNASCVGGFLWQRRLKRLAEGISEKTETGSEEDRVRNEYEESQWTGDRDTR FALGGLLLLSNASCVGGVLWQRRLRRLAEGISEKTEAGSEEDRVRNEYEESQWTGERHTQ FAVGGLLLLSNISCVGGFLWQRRLRRLAEGISEKTETGSEEDRVRNEYEDSRWTGDQDTR c.3315G>A (p.Ser1105Ser)    Human Rat Mouse Cattle Chimpanzee Dog FALGGLLLLSNASCVGGVLWQRRLRRLAEGISEKTEAGSEEDRVRNEYEESQWTGERDTQ FAVGGLLLLSNASCVGGLLWRRRLRRLAEEISEKTEAGS-EDRIRNEYEESQWTGDRDTR FAVGGLLLLSNASCVGGLLWRRRLRRLAEEISEKTEAGSEEDRIRNEYEESQWTGDRDTR LAVGGLLLLSNASCVGGFLWQRRLKRLAEGISEKTETGSEEDRVRNEYEESQWTGDRDTR FALGGLLLLSNASCVGGVLWQRRLRRLAEGISEKTEAGSEEDRVRNEYEESQWTGERHTQ FAVGGLLLLSNISCVGGFLWQRRLRRLAEGISEKTETGSEEDRVRNEYEDSRWTGDQDTR                                             169 NPHS2 (Podocin)     c.288C>T (p.Ser96Ser)    Human Rat Mouse Cattle Chimpanzee Dog SGRAGTPGEPRAPAA--TVVDVDEVRGSGEEGTEVVALLESERPEEGTKSSGLGACEWLL AGRMGTREEHRAPAA--TVVNVDEVRSPGEEGRKVVALLESERPEEGIKPSGLGACEWLL TGRTATRGEPRAPAATATVVDVDEVRGPGEEGTEVVALLESERPEEGIKPSGLGACEWLL LGRAGSPGEPRAPAA--TVVDVDEVRGSGEEGTEVVALLESERPEEGTKSSSLGACEWLL LPDGQGPXEPRAPAA--TVVDVDEVRGSGEEGTEVVALLESERPEEGTKSSGLGACEWLL KERRHPTKHRRSHTS-HGREATGEWARLGTTNAAREARSGFLWPRKSTKSSGLGACEWLL   c.871C>T (p.Arg291Trp)    Human Rat Mouse Cattle Chimpanzee Dog RQAKVRMIAAEAEKAASESLRMAAEILSGTPAAVQLRYLHTLQSLSTEKPSTVVLPLPFD RQAKVRVIAAEGEKAASESLRMAAEILSGTPAAVQLRYLHTLQSLSTDKPSTVVLPLPFD RQAKVRVIAAEGEKAASESLRMAAEILSGTPAAVQLRYLHTLQSLSTEKPATVVLPLPFD RQAKVRMIAAEGEKAASESLRMAAEILSGTPAAAQLRYLHTLQSLSTEKPSTVVLPLPFD RQAKVRMIAAEGEKAASESLRMAAEILSGTPAAVQLRYLHTLQSLSTEKPSTVVLPLPFD RQAKVRVIAAEGEKAASEALRRAAEILAATPAAVQLRYLHTLQSLSTDRPSTVVLPLPFD   c.954T>C (p.Ala318Ala)    Human Rat Mouse Cattle Chimpanzee Dog RQAKVRMIAAEAEKAASESLRMAAEILSGTPAAVQLRYLHTLQSLSTEKPSTVVLPLPFD RQAKVRVIAAEGEKAASESLRMAAEILSGTPAAVQLRYLHTLQSLSTDKPSTVVLPLPFD RQAKVRVIAAEGEKAASESLRMAAEILSGTPAAVQLRYLHTLQSLSTEKPATVVLPLPFD RQAKVRMIAAEGEKAASESLRMAAEILSGTPAAAQLRYLHTLQSLSTEKPSTVVLPLPFD RQAKVRMIAAEGEKAASESLRMAAEILSGTPAAVQLRYLHTLQSLSTEKPSTVVLPLPFD RQAKVRVIAAEGEKAASEALRRAAEILAATPAAVQLRYLHTLQSLSTDRPSTVVLPLPFD   c.1038A>G (p.Leu346Leu)    Human Rat Mouse Cattle Chimpanzee Dog DLRLQTLEIPFHEIVTKDMFIMEIDAICYYRMENASLLLSSLAHVSKAVQFLVQTTMKRL DLRLQTLEIPFHEVVTKDMFIMEIDAVCYYRMENASLLLSSLAHVSKAIQFLVQTTMKRL DLRLQTLEIPFHEVVTKDMFIMEIDAVCYYRMENASLLLSSLAHVSKAIQFLVQTTMKRL DLRLQTLEIPFHEIVTKDMFVMEIDAICYYRMENASLLLNSLAHVSKAVQFLVQTTMKRL DLRLQTLEIPFHEIVTKDMFIMEIDAICYYRMENASLLLSSLAHVSKAVQFLVQTTMKRL DLRLQTLEIPFHEVVTKDMFIMEIDAICYYRMENASLLLSSLAHVSKAIQFLMQTTMKRL  170 [...]... c.65C>T (n= 125 )  CC  CT  c.151C>T (n= 125 )  CC  CT  c .29 4C>T (n =22 1)  CC  CT  TT  c.349G>A (n =22 1)  AA  GA  GG  c.494C>T (n= 125 )  CC  CT  c.803G>A (n= 125 )  GG  GA    c. 123 3C>T (n= 125 )  CC  CT  c.1339G>A (n= 125 )  GG  GA  c .22 23C>T (n= 125 )  CC  CT  TT  c .22 89C>T (n=1903)  CC  CT  TT  Frequency    92 (74%)  33  (26 %)    124   1    119 (95%)  6 (5%)    165 (75%)  56  (25 %)  0 (0%)  77 (35%)  116 ( 52% )  28  (13%)  125  (100%) ... c.‐670C>T (n= 125 )  CC  CT  TT  c.‐116C>T  (n= 125 )  CC  CT  TT  c.‐51G>T (n= 125 )  GG  GT  TT  c .28 8C>T (n =22 1)  CC  CT  CT  c.685G>A (n= 125 )  GG  GA  c.871C>T (n= 125 )  CC  CT  c.954T>C (n =22 1)  TT  TC  CC  c.1038A>G (n =22 1)  AA  AG  GG                        Frequency     26   (21 %)  65 ( 52% )  34  (27 %)    51 (41%)  51 (41%)  23  (18%)    104 (83%)  21  (17%)  0    167 (76%)  52 (24 %)  2 (1%)  125  (100%)  0  125  (100%) ... 117 (94%)  8 (6%)  125  (100%)  0 (0%)  118 (94%)  7 (6%)  108 (86%)  17 (14%)  0 (0%)  1 320  (69%)  529   (28 %)  54 (3%)  p‐value    0.13      1      1      0.03        0.16        1      1      1      1      1        0.93      158 c .23 98C>T (n= 125 )  CC  CT  c .28 71G>A (n= 125 )  GG  GA  c. 323 0A>G (n =22 1)  AA  AG  c.3315G>A (n =22 1)  GG  GA  AA      122  (98%)  3  (2% )  125  (100%)  0 (0%)  21 7 (98%)  4  (2% )  95 (43%)... Frequency    19  (20 %)  50 ( 52% )  27   (28 %)    42 (44%)  45 (47%)  9 (9%)    73 (76%)  22   (23 %)  1 (1%)    158 (85%)  26  (14%)  1 (1%)  33 (18%)  92 (50%)  59 ( 32% )  159 (86%)  25  (14%)  1 (1%)  p‐value    0.69        0.65        1        1        0.88        1        1 62 Appendix III: Linkage disequilibrium results for NPHS1 and NPHS2 variants    Table 7: Linkage disequilibrium for NPHS1 variants in Chinese. ... D’: 0.0053  p=0.98  D’: 0.89  p=0. 62 D’: 0.0053  p=0.98    c .22 23C>T                    c .22 23C>T  D’: 0.77  pT  NPHS2  c .28 8C>T  (S96S)  T/T  C/C ... p=0.19  D’: 0 .22   p=0.0038  D’: 0.99  pT                c. 123 3C>T  D’: 0.96  p=0. 023   D’: 0. 026   p=0.79  D’: 0.019  p=0.88  D’: 0.96  p=0. 029   D’: 0.94  p=0.30  D’: 0. 32 p=0.50  D’: 0.0 12 p=0.94    c.1339G>A                  c.1339G>A  D’: 0.99  p=0.13  D’: 0. 72 p=0.80  D’: 0.83  p=0.70  D’: 0.99  p=0.11  D’: 0.69  p=0. 024   D’: 0.0053 ... Patient  no.  24 7 1 02   NPHS1  Gender  M  M  Race  ML  ML  c .29 4C>T (I98I)  c.349G>A  (E117K)  c .22 89C>T  (T763T)  c.‐51G>T  NPHS2  c .28 8C>T  (S96S)  C/C  C/C  G/A  G/G  C/C  C/T  G/T  G/G  C/C  C/C  c.1038A>G  (L346L)  A/G  A/A    157 Appendix II: Hardy‐Weinberg Results for NPHS1 and NPHS2 variants     Table 3: Hardy‐Weinberg for Chinese controls for NPHS1 variants.  Genotype  c.170T>C (n= 125 )  TT  CT ... p=0.50  D’: 0.0 12 p=0.94  D’: 0.0 32 p=0.50  D’: 0.0053  p=0.98  D’: 0. 62 p=0.85  D’: 0.96  p=0.061  D’: 0. 023   p=0.83    c. 323 0A>G                            c. 323 0A>G  D’: 0.95  p=0.43  D’: 0.098  p=0.99  D’: 0.48  p=0.90  D’: 0.95  p=0.40  D’: 0.19  p=0.67  D’: 0. 026   p=0.79  D’: 0.64  p=0.95  D’: 0. 026   p=0.79  D’: 0. 72 p=0.80  D’: 0.91  p=0.57  D’: 0.96  p=0. 32 D’: 0 .28   p=0.95  D’: 0. 026   p=0.79  ...   (20 11)  Diagnosis  Gender 22 0  10  4  M  22 3  6  5  F  23 1  11  9  M  23 2  6  3  M  23 5  18  9  M  23 6  10  7  M  23 9  21   3  M  24 4  9  2 M  25 2  19  17  M  25 3  4  4  M  25 4  14  11  M  25 5 ... A/A  A/A  154 Patient  no.  153  156  159  160  161  1 62 164  169  170  1 72 173  174  21 0  21 6  22 0  22 3  23 1  23 2  23 5  23 6  23 9  24 4  25 2  25 3  NPHS1  Gender  F  M  M  M  F  M  M  M  M  M  M ... 0.93      158 c .23 98C>T (n= 125 )  CC  CT  c .28 71G>A (n= 125 )  GG  GA  c. 323 0A>G (n =22 1)  AA  AG  c.3315G>A (n =22 1)  GG  GA  AA      122  (98%)  3  (2% )  125  (100%)  0 (0%)  21 7 (98%)  4  (2% )  95 (43%)