Ứng dụng kỹ thuật sinh học phân tử trong xác định đột biến trên gen KRAS Đích nhắm phân tử gián tiếp trong điều trị ung thư đại trực tràng

97 598 1
  • Loading ...
1/97 trang

Thông tin tài liệu

Ngày đăng: 24/11/2014, 02:36

 I HC M THÀNH PH H CHÍ MINH  oOo  NG DNG K THUT SINH HC PHÂN T NH T BIN TRÊN GEN K-RAS: M PHÂN T GIÁN TIU TR UNI TRC TRÀNG      MSSV: 1053012873  2014     gian    -        .                    DANH MC HÌNH: Hình 1.1. Th hin t l mc bnh và t l t vong trên toàn th gii [13] 04  05 Hình 1.3. T l mc các b bii trc tràng (màu vàng)  nam gii trên th gii [13] 06 Hình 1.4. T l mc các b bii trc tràng (màu vàng)  n gii trên th gii [13] 06 Hình 1.5. T l mc các b bii trc tràng (màu vàng)  nam gii ti Vit Nam [13] 07 Hình 1.6. T l mc các b bii trc tràng (màu vàng)  n gii ti Vit Nam [13] 07 Hình 1.7. Các loi thuu tr nh th EGFR [20]  12 Hình 1.8. EGFR  13 Hình 1.9. Cu trúc th th EGFR [37] 14 Hình 1.10. V trí gen K-Ras trên NST s 12 15 Hình 1.11. [4] 17 Hình 3.1. T l t bin ca by v trí ph bin trên gen K-ras ng s 34 Hình 3.2.K-rast bin trên gen (B) 36 Hình 3.3. V trí cp mi phn ng PCR khui exon 1 gen K-ras 42 Hình 3.4. V trí bt cp ca các mi (trong phn ng AS-PCR) và các mi/mu dò (trong phn ng AS Real-time PCR) 42  Kt qu PCR vi cp mi K-ras trên 2 mu bnh phm 9 và 16. Thang chun 100 bp 46 Hình 3.6. Kt qu DNA và n mi K-ras. Thang chun 100 bp. 47 Hình 3.7. Kt qup mi K-ras. Thang chun 100 bp. 48 Hình 3.8. Mt st bin phát hic bi trình t 49 Hình 3.9. Kt qu gii trình t codon 12 và 13 trên các mu 51 Hình 3.10. Mu 33 vi tín hiu nn b nhiu 51 Hình 3.11. Kt qu-PCR trên ba mu 18, 20 và 16. 55 Hình 3.12. Kt qu-PCR trên ba mn ng 75 V, thi gian 30 phút) 56 Hình 3.13. Kt qu-PCR trên ba mn dng 75 V, thi gian 50 phút) 56 Hình 3.14. Kt qu AS Real-time PCR phát hit bin G12A âm tính trên tt c các mu th nghim 57 Hình 3.15. Kt qu AS Real-u 1 và 16 57 DANH MC BNG: Bng 2.1. Thành phn phn ng PCR vi K-ras 24 Bng 2.2. Chu k nhit cho phn ng PCR vi K-ras 25 Bng 2.3. Thành phn phn ng Real time PCR vi mt bin 27 Bng 2.4. Chu k nhit cho phn ng Real time PCR vi mt bin 27 Bng 3.1. T l t bin gen K-ras trên i trc tràng 28 Bng 3.2. T l t bin gen EGFR trên các lo 30 Bng 3.3. Các loi mc s dng trong các tài liu tham kho 31 Bng 3.4. T l t bin by v trí ph bin trên gen K-ras 31 Bng 3.5. S c gch i)  codon 12 và 13 dt bin 34 Bng 3.6.  trên gen K-ras 35 Bng 3.7. Trình t và các thông s i ca IDT cho phn ng PCR khui exon 1 gen K-ras 39 Bng 3.8. Trình t và các thông s i ca IDT cho phn ng AS- PCR và AS Real-time PCR phát hit bin ni tri trên exon 1 gen K-ras 40 Bng 3.9. Ch s OD ca 3 mu 5, 16, 17 43 Bng 3.10.  45 Bng 3.11. Ký hit bin phát hic 51 Bng 3.12. Tng s t bin trên các mu 52 DANH MC CH VIT TT A : Adenine ANOVA : Analysis of value AS-PCR : Allele-specific Polymerase Chain Reaction AS-Real-Time PCR : Allele-specific Real Time Polymerase Chain Reaction ATP : Adenosine triphosphate ADP : Adenosine diphosphate BCR : Breakpoint cluster region BLAST : Basic Local Alignment Search Tool bp : base pair C : Cytosine COLD-PCR : Coamplification at Lower Denaturation temp PCR DNA : Deoxyribonucleic acid EDTA : Ethylenediaminetetraacetic acid EGF : Epidermal Growth Factor EGFR : Epidermal Growth Factor Receptor ErbB : V-erb-b2 erythroblastic leukemia viral oncogene hom- olog FISH : Fluorescent in situ hybridization G : Guanidine Grb2 : Growth factor receptor-bound protein 2 HRM : High Resolution Melting K-ras : Kirsten-ras/ V-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog LNA-PCR : Locked nucleic acid PCR MAPK : Mitogen Activated Protein kinase MEK : Mitogen Activated Protein kinase kinase NCBI : National Center for Biotechnology Information OD : Optical Density PCR : Polymerase Chain Reaction PI3K : Phosphoinositide 3-Kinase RNA : Ribonucleic acid SDS : Sodium dodecyl sulfat SNP : Single-nucleotide polymorphism SSCP : Single-strand conformation polymorphism TE : Tris 0,1M - EDTA 0001M TGF- : Transforming Growth Factor- TKIs : Tyrosine Kinase Inhibitors Tm : Nhi nóng chy UTR : Untranlated region UV : Ultraviolet WHO : World Health Organization    65  67   46   1  1.  3 2.          CANCER): 4 3.  8 4.  . 9 4.1.V  ca liu pháp nh 9 4.2.V thuu tr: 10 5. N: 12 6. EGFR: 12 7. K-ras: 15 8. --REAL-TIME PCR: 18  1. VT LIU 19 2. U 19 2.1.Khai thác d liu và kho sát in silico 19 2.2.Kho sát in vitro 21 PH 1. KT QU KHAI THÁC D LIU VÀ KHO SÁT IN SILICO 28 1.1 Khai thác d liu - Các lot bin trên gen K-ras 28 1.2.Kt qu kho sát in silico 36 2. KT QU THC NGHIM: 42 2.1.Tách chit DNA và kim tra DNA b gen sau tách chit: 42 u kin phn  46 2.3.Kt qu-gii trình t phát hit bin trên gen K-ras   48 2.4.Kt quAlelle-Specific PCR (AS-PCR) phát hit bin trên gen K-ras 54  1. KT LUN 59 2.  59 TÀI LIU THAM KHO 60  PH LM LÂM SÀNG VÀ GII PHU BNH CA 19 MU I TRC TRÀNG 65 PH LC 2: PHÂN TÍCH KT QU GII TRÌNH T CA 19 MI TRC TRÀNG VÀ 1 MU VÚ 67 [...]... lâm sàng trong vi c phát tri n các li u pháp th h m i ch 7 K-ras: Tham kh o t ngu n: http://ghr.nlm.nih.gov/gene /KRAS, gen K-ras mô t c Gen K-ras (V-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogene hom- olog/ Kirsten-ras) n m trên NST s 12, v trí 12p12.1, mã hóa cho protein K- ras [46] Hình 1.10 V trí gen K-Ras trên NST s 12 Nhi u công trình nghiên c u trên th gi c th c hi n nh m phân tích tình tr ng gen K-ras... nhân sinh h c, ch ng h n nhi m trùng virus, vi khu n ho c ký sinh trùng theo WHO, ung vong và 7.6 2008, và các là nguyên nhân hàng ca ung vong 13% trong các ca vong) chính là: (1.370.000 vong) dày (736.000 vong) Gan (695.000 vong) tràng (608.000 Vú (458.000 C trên cung (275.000 vong) vong) vong) 3 Kho ng 70% c a t t c các ca t vong do ung nh p th p và trung bình c WHO d x y ra ng h p t vong t b nh ung. .. c tràng không th y thông s b Không nh ng có th phát hi c các lo i b ng, nên th c hi n n i soi i tràng bi n ch ng mà còn có th th c hi n sinh thi t các mô V i s phát tri n c a ngành sinh h c phân t pháp ch th trình t [19, 29] hóa mô mi n d ng d ng sinh h c phân t c phát tri n C t bi n trên các gen liên quan b ng PCR [5], gi i m tra phát hi n kháng nguyên b ng nh c giúp cho vi c phát hi n s chính xác. .. nhân N i tràng và c c t b , nó có t th H u h t các ung 4 i tr u xu t phát t tràng (g i tràng và tr c i tr c tràng) có th xâm l n và gây t n h i mô và n nh th i hay gan) S lan tràng c , tuy nhiên nó v ra b ph n khác c cg n nh i là i tr c tràng m c dù kh i u x y M u tr i tr c tràng là r t h n ch [17] .2 và 1.3 n 60% Â - 5 Hình 1.3 T l m c các b tr c tràng (màu vàng) Hình 1.4 T l m c các b tr c tràng (màu... bi n gen K-ras có ph n ng kém khi t bi n K-ras c cho là m u tr v i các thu c c ng h p xu t hi n s m 1 trong CRC và chi m kho ng 30-40 % [4] Nh t bi n ph bi n nh nh trong CRC x y ra trong exon 1 Nh ng kh i u mà có m exon 1 (codon 12 và/ho c 13) c a gen K-ras s u tr s d ng ch t c t bi n ng v c ch EGFR, bao g m cetuximab ho c pani- tumumab Nh ng thành t u trong nghiên c u k thu t sinh h c phân t i trong. .. ng m mv im c u tr b nh này , v i mong mu n ch t ng t u i tr c tràng tr li u pháp nh i c t bi n trên gen K-ras m t cách chi ti ra m t c th gi i công b qua nh ng áp i tr c tràng nh m xác b nh Vi ra kh t h u tr thích h p cho t ng b nh nhân c th giúp gi m th i u tr cho b nh nhân 2 1 T : [44] Ung phát sinh thành bào bào u là bào bình quá trình ung tác giai các các là u ác tính di thay này là và các tác nhân... chính xác cao i tr c tràng 8 4 : S phá v ng c at bào là trung tâm c a vi c d nb g nh n s phát tri i phân t - nguyên nhân d c ng thông tin tri n v ng v vi c M t trong nh u tr p lý và hi u qu u tr Thu t ng [35] li u pháp nh thu c ch c n m t th h m i c a c s n xu t nh m can thi p vào m c tiêu phân t c th ng là m c cho là có vai trò quan tr ng trong phát tri n sinh kh i u Vi nh các g d a trên m t s hi u bi... nam gi i trên th gi i [13] bi i n gi i trên th gi i [13] ,6 ,6 %) (Hình 1.4 và 1.5) 6 Hình 1.5 T l m c T l m c các b i tr c tràng (màu vàng) bi nam gi i t i Vi t Nam [13] Hình 1.6 T l m c các b nh ung th tr c tràng (màu vàng) bi i n gi i t i Vi t Nam [13] Các nguyên nhân [33] [14] - Polyp: c tính [17, 33] - 7 - -70, trong khi cá - Nh ng ph n t ng m ng tr c t cb - M t trong nh t bi i tr c tràng ng d... bi n x t ng gen này bi u hi n quá m c [17] 3 [17]: Xét nghi m máu ch phân: khi m c b i tràng ng s rò r máu ng phân và th i ra Xét nghi m máu trong phân có th s phát hi n cm ng nh các thành ph n máu, liên t c nhi u l n ki m tra n u cho th y k t qu ng t ch y máu mãn tính ki m tra có hay không s t n t i c a các kh Ch p X quang: Có th quan sát hình nh c h th ng tiêu hóa, c n ph i ng tiêu hóa i tràng, có... trên toàn th gi i 13,1 tri u vào 2030 và t l t vong trên toàn th gi i [13] 2 T (COLORECTAL CANCER): i tràng là ph n cu i c a ng tiêu hóa (t n cùng là h u môn) Kh tr c tràng phát tri n t niêm m c thành i i tr c tràng Nh ng kh i u lành c g i là polyp Kh i u ác tính c cg i tr c tràng [17] Nh ng kh i u polyp lành tính không th xâm l n vào nh ng mô lân c n và không th n nh Nh ng ng có th c t b d dàng trong . oOo  NG DNG K THUT SINH HC PHÂN T NH T BIN TRÊN GEN K-RAS: M PHÂN T GIÁN TIU TR UNI TRC TRÀNG . Bng 3.1. T l t bin gen K-ras trên i trc tràng 28 Bng 3.2. T l t bin gen EGFR trên các lo 30 Bng 3.3. Các loi mc s dng trong các tài liu tham kho. 3.2. K-ras t bin trên gen (B) 36 Hình 3.3. V trí cp mi phn ng PCR khui exon 1 gen K-ras 42 Hình 3.4. V trí bt cp ca các mi (trong phn ng AS-PCR)
- Xem thêm -

Xem thêm: Ứng dụng kỹ thuật sinh học phân tử trong xác định đột biến trên gen KRAS Đích nhắm phân tử gián tiếp trong điều trị ung thư đại trực tràng, Ứng dụng kỹ thuật sinh học phân tử trong xác định đột biến trên gen KRAS Đích nhắm phân tử gián tiếp trong điều trị ung thư đại trực tràng, Ứng dụng kỹ thuật sinh học phân tử trong xác định đột biến trên gen KRAS Đích nhắm phân tử gián tiếp trong điều trị ung thư đại trực tràng

Gợi ý tài liệu liên quan cho bạn