Khảo sát tình trạng Methyl hóa tại các đảo CpG thuộc vùng Promoter của gen GSTP1trên một số loại ung thư

83 386 0
  • Loading ...
1/83 trang

Thông tin tài liệu

Ngày đăng: 24/11/2014, 01:14

B GIÁO DC VÀ ÀO TO TRNG I HC M TP.HCM BÁO CÁO KHÓA LUN TT NGHIP  TÀI: KHO SÁT TÌNH TRNG METHYL HÓA TI CÁC O CpG THUC VÙNG PROMOTER CA GEN GSTP1 TRÊN MT S LOI UNG TH KHOA CÔNG NGH SINH HC CHUYÊN NGHÀNH: VI SINH-SINH HC PHÂN T Ging viên hng dn: PGS. TS. Lê Huyn Ái Thúy ThS. Lao c Thun Sinh viên thc hin: Võ Th Ngha MSSV: 1053010489 Khóa hc: 2010 - 2014 Tp. H Chí Minh, tháng 5 nm 2014 Báo Cáo Khóa Lun Tt Nghip GVHD: PGS. TS. Lê Huyn Ái Thúy Nm hc: 2010 - 2014 ThS. Lao c Thun SV: Võ Th Ngha i LI CM N  có đc bài báo cáo khóa lun nƠy thì đơy lƠ kt qu ca mt thi gian dài tìm hiu và thc hin đ tài, ngoài nhng n lc ca bn thân thì s giúp đ, hng dn ca các thy cô góp mt phn rt ln đ em có th hoƠn thƠnh đ tài này. Li đu tiên em xin chân thành cm n Cô_PGS.TS Lê Huyn Ái Thúy lƠ ngi đƣ đng tên hng dn em trong k khóa lun tôt nghip này, em xin chân thành cm n cô đƣ hng dn, góp Ủ đ em có th hoàn thành tt bài báo cáo. Em cng xin chơn thƠnh cm n Thy_ThS Lao c Thun là mt ngi thy, ngi anh luôn tn tình quan tơm vƠ giúp đ em trong thi gian qua, trong quá trình sa bài báo cáo cng nh trong quá trình thc nghim. ng thi em cng xin cm n các bn trong phòng thí nghim Sinh Hc Phân T cng nh tt c các bn, các em khóa 2011 trong nhóm nghiên cu khoa hc khoa Công Ngh Sinh Hc trng i Hc M Thành Ph H Chí Minh đƣ giúp đ em trong quá trình làm khóa lun cng nh chia s nhng khó khn trong sut quá trình va qua. Cui cùng, con xin gi li cm n đn gia đình đƣ lƠ ch da tinh thn, tip thêm cho con ngun đng lc rt ln trong nhng lúc khó khn khi lƠm đ tài khóa lun tt nghip này. Tuy nhiên, do hn ch v kin thc cng nh thi gian nên bài báo cáo khóa lun tt nghip không tránh khi nhng thiu sót. Vì vy, em rt mong nhn đc s đóng góp ý kin quý báu ca quý Thy, Cô đ em có th hoàn thin hn nhng hiu bit v chuyên đ này. Mt ln na xin chân thành cm n mi ngi. Kính chúc mi ngi tht nhiu sc khe, nim vui, thành công trong cuc sng và trong công vic! TP. H CHệ MINH, ngƠy 22 tháng 5 nm 2014 SV. Võ Th Ngha Báo Cáo Khóa Lun Tt Nghip GVHD: PGS. TS. Lê Huyn Ái Thúy Nm hc: 2010 - 2014 ThS. Lao c Thun SV: Võ Th Ngha ii MC LC DANH MC HÌNH v DANH MC BNG vii DANH MC CH VIT TT ix PHN 1. TNG QUAN V UNG TH 1.1 TNG QUAN V UNG TH 3 1.1.1 Tình hình ung th trên th gii 4 1.1.2 Tình hình ung th  Vit Nam 5 1.2 TNG QUAN V DU CHNG SINH HC (Biomarkers) 7 1.3 EPIGENETICS 9 1.3.1 Khái nim epigenetics 9 1.3.2 o CpG 10 1.3.3 Khái nim methyl hóa DNA 11 1.3.4 C ch gơy ung th do s methyl hóa DNA 13 1.4 TNG QUAN V GEN GSTP1 15 1.4.1 GST (glutathione S-transferases) 15 1.4.2 Gen GSTP1 (Glutathione S Tranferase P1) 15 1.4.3 C ch hot đng ca GSTP1 16 1.5 Các phng pháp phát hin s methyl hóa DNA 19 1.5.1 Phng pháp bin đi BSP (Bisulfide sequencing PCR) 19 1.5.2 Phng pháp Methylation Specific PCR (MSP) 19 PHN 2. VT LIU VÀ PHNG PHÁP NGHIÊN CU Báo Cáo Khóa Lun Tt Nghip GVHD: PGS. TS. Lê Huyn Ái Thúy Nm hc: 2010 - 2014 ThS. Lao c Thun SV: Võ Th Ngha iii 2.1 VT LIU 20 2.1.1 Khai thác c s d liu 20 2.1.2. Kho sát in vitro 21 2.2 PHNG PHÁP NGHIÊN CU 23 2.2.1 Khai thác c s d liu 23 2.2.2 Kho sát in silico 23 2.3 KHO SÁT IN VITRO 24 2.3.1 Tách chit DNA 24 2.3.2 Kim tra cht lng DNA thu nhn bng phng pháp đo quang ph 26 2.3.3 Bin đi bisulfide DNA 26 2.3.4 Phn ng MSP 27 2.3.5 in di trên gel agarose 29 PHN 3. KT QU VÀ THO LUN 3.1 KHAI THÁC D LIU 30 3.1.1 Thng kê s liu tn s Methyl hóa ca GSTP1 trên ung th vú 31 3.1.2 Thng kê s liu tn s Methyl hóa ca GSTP1 trên ung th c t cung 34 3.1.3 Thng kê s liu tn s Methyl hóa ca GSTP1 trên ung th tuyn tinlit 36 3.2 KT QU KHO SÁT IN SILICO 40 3.2.1 Trình t và các nhân t phiên mã ca gen 40 3.2.2 ánh giá thông s vt lý mi 43 3.3 KT QU THC NGHIM 49 3.3.1 Kt qu tách chit DNA 40 3.3.2 Kt qu phn ng MSP trên các mu DNA bnh phm ung th vú 50 Báo Cáo Khóa Lun Tt Nghip GVHD: PGS. TS. Lê Huyn Ái Thúy Nm hc: 2010 - 2014 ThS. Lao c Thun SV: Võ Th Ngha iv 3.4 MC  LIÊN QUAN TÍNH CHT METHYL HÓA TI VÙNG PROMOTER  GEN GSTP1 VI NHÓM TUI/  TUI CA CÁC BNH NHÂN UNG TH VÚ 54 3.5 MC  LIÊN QUAN TệNH CHT METHYL HịA TI VỐNG PROMOTER  GEN GSTP1 VI GIAI ON BNH CA CÁC BNH NHÂN UNG TH VÚ 54 3.6 KHO SÁT MC  LIÊN QUAN (T SUT CHÊNH - ODD RATIO - OR VÀ NGUY C TNG I - RELATIVE RISK - RR) GIA TệNH CHT METHYL HịA VI UNG TH VÚ 55 PHN 4. KT LUN VÀ  NGH 4.1 KT LUN 54 4.2  NGH 58 TÀI LIU THAM KHO 59 PH LC 67 Báo Cáo Khóa Lun Tt Nghip GVHD: PGS. TS. Lê Huyn Ái Thúy Nm hc: 2010 - 2014 ThS. Lao c Thun SV: Võ Th Ngha v DANH MC HỊNH Hình 1.1 T l mc bnh và t l t vong trên toàn th gii nm 2012 4 Hình 1.2 T l mc bnh và t vong vì ung th ca Vit Nam nm 2012 6 Hình 1.3 Methyl hóa DNA đc nghiên cu rng rƣi nh mt du chng sinh hc 8 Hình 1.4 S methyl hóa ca cytosine to thành 5-methylcytosine 10 Hình 1.5 S b sung nhóm -CH 3 vào v trí 5’ca cytosine nh enzyme DNMTs 12 Hình 1.6 Mô hình s bin đi gen bi methyl hóa DNA to khi u 13 Hình 1.7 C ch gơy ung th ca DNA methylation 14 Hình 1.8 V trí gen GSTP1 trên NST s 11 16 Hình 1.9 Chc nng ca protein GSTP1 trong t bào 17 Hình 1.10 Mô hình mô t tng tác ca GSTP1-JNK và GSTP1- TRAF2 trong con đng diu chnh tín hiu JNK và TNF- . 18 Hình 1.11 Biu đ tn s methyl hóa ca GSTP1 qua các loi mu ung th vú khác nhau 34 Hình 1.12 Biu đ tn s methyl hóa ca GSTP1 qua các loi mu ung th c t cung khác nhau 36 Hình 1.13 Biu đ tn s methyl hóa ca GSTP1qua các loi mu ung th tuyn tin lit khác nhau 39 Hình 1.14 V trí gen GSTP1 trên nhim sc th s 11[92] 40 Hình 1.15 Các đo CpG trên vùng promoter gen GSTP1 41 Hình 1.16 S phân b ca mt s yu t phiên mã trên gen GSTP1 42 Báo Cáo Khóa Lun Tt Nghip GVHD: PGS. TS. Lê Huyn Ái Thúy Nm hc: 2010 - 2014 ThS. Lao c Thun SV: Võ Th Ngha vi Hình 1.17 Cu trúc gen GSTP1 43 Hình 1.18 V trí bt cp ca mi methyl lên gen GSTP1 46 Hình 1.19 Kt qu Annhyb mi methyl GSTP1 trên vùng trình t kho sát 46 Hình 1.20 Kt qu đin di sn phm MSP vi cp mi methyl G1-M-F và G-M-R 50 Hình 1.21 Kt qu đin di sn phm MSP vi cp mi methyl G1-M-F và G-M-R 51 Hình 1.22 Kt qu gii trình t sn phm MSP ca gen GSTP1 52 Báo Cáo Khóa Lun Tt Nghip GVHD: PGS. TS. Lê Huyn Ái Thúy Nm hc: 2010 - 2014 ThS. Lao c Thun SV: Võ Th Ngha vii DANH MC BNG Bng 1.1 Tng kt tình trng ung th trên th gii 2012 5 Bng 1.2 Trình t mi methyl s dng cho MSP 28 Bng 1.3 Chu trình nhit cho phn ng MSP vi GSTP1 28 Bng 1.4 Tn s Methyl hóa ca gen GSTP1 trên mu ung th vú 31 Bng 1.5 Thng kê tn s methyl hóa trung bình có trng s ca GSTP1 trên ung th vú 33 Bng 1.6 Thng kê tn s Methyl hóa ca gen GSTP1 trên mu ung th c t cung 34 Bng 1.7 Thng kê tn s methyl hóa trung bình có trng s caGSTP1 trên ung th c t cung 35 Bng 1.8 Thng kê tn s Methyl hóa ca gen GSTP1 trên mu ung th tuyn tin lit . 36 Bng 1.9 Thng kê tn s methyl hóa trung bình có trng s caGSTP1 trên ung th tuyn tin lit 38 Bng 1.10 Trình t mi methyl tham kho t nghiên cu trc ca phòng thí nghim sinh hc phân t 45 Bng 1.11 Thông s vt lý ca mimethyl k tha ti phòng thí nghim sinh hc phân t đi hc M TP.HCM 45 Bng 1.12 Mi tham kho t các bài báo thng kê 47 Bng 1.13 Thông s đánh giá mi theo IDT 48 Bng 1.14 Nng đ và cht lng DNA tách chit 49 Báo Cáo Khóa Lun Tt Nghip GVHD: PGS. TS. Lê Huyn Ái Thúy Nm hc: 2010 - 2014 ThS. Lao c Thun SV: Võ Th Ngha viii Bng 1.15 Tng kt kt qu methyl hóa ca GSTP1 trên 10 mu ung th vú 53 Bng 1.16 Mc đ liên quan gia tính cht methyl hóa ti vùng promoter ca GSTP1 vi ung th vú 57 Báo Cáo Khóa Lun Tt Nghip GVHD: PGS. TS. Lê Huyn Ái Thúy Nm hc: 2010 - 2014 ThS. Lao c Thun SV: Võ Th Ngha ix DANH MC CH VIT TT CpG: Cytosine phospho guanine DNMTs: DNA methyltransferase DNMT1: DNA methyltransferase 1 DNMT3A: DNA methyltransferase 3A DNMT3B: DNA methyltransferase 3B IDT: Integrated DNA technology JNK: C-Jun N-terminal kinase GSH: glutathionine HDAC (Histone deacetylase ) MSP: Methylation Specific PCR PCR: Polymerase Chain Reaction SAM: S-adenosylmethionine UTR: Untranslated Region UV: Ultraviolet WHO: World Health Organization MBD: Methylation-binding protein TRDs: Transcription re-pression domains [...]... trong b gen, chúng tr i dài trên trình t gen và xen k v i các vùng không b methyl hóa, nh 0,5-3,0 kb, trung bình xu t hi n trên kho ng m i 100kb trên b ng v o CpG hi n di Khi gen tr c kho ng i [31, 17] trong ph n promoter c a gen [17 ,39 ,84] ng thì t i nh o CpG trên vùng promoter c a gen không b methyl hóa, ch nh ng phân nhóm riêng bi t t n vùng u tiên c a gen b methyl hóa Nh ng v nh n bi t c a các nhân... n nhóm methyl này x y ra sau quá trình sao chép c a DNA [24] Trên nh ng t bào ng có kho ng 3-6% cytosine là b methyl hóa, m m trong quá trình phát tri n c i i và s phát tri n c a b nh trên nh ng t bào khác nhau S methyl hóa c a các dinucleotide CpG không ph i là m t s phân b ng u nhiên trên b ng x thu c vùng promoter c a gen [36 methyl hóa, nh o CpG b o CpG ng có kho o CpG b ng n m trên vùng promoter. .. hi hóa DNA t mc ng methyl hóa trên DNA S methyl t vai trò quan tr ng trong vi gen, mô hình b ng d u ti t bi u hi n n nhi u b nh khác nhau [15, 32, 45, 77, 80] Khi s methyl hóa quá m c x y ra trên vùng promoter c a các gen c ch kh i u s d n nh ng ho Bi u hi n c a gen b ti iv chép c a gen s b gián ti ng b t n c a gen b ng nhi c ch riêng bi t, khác nhau [11, 12] tr c ti gián tr c ti p, khi m t gen b methyl. .. m trên vùng promoter c a các gen gi nhà (housekeeping gene) S methyl hóa quá m c x y ra trên các gen này d n c ch ho ng c a chúng [24, 32] Enzyme S-adenosylmethionine (SAM) có vai trò quan tr hóa t i methyl o CpG SAM là m t h các enzyme có tên là DNA Methyltranferase (DNMTs) Có b n lo i DNA methyltransferases (DNMTs), bao g m NDMT1, DNMT3A, DNMT3B và DNMT3L H m v th methyl hóa c a b i m soát là enzyme... i vùng promoter d n làm ng ng quá trình phiên mã [28, 53] Y u t HDAC ( cg n vào vùng DNA methyl hóa làm c ch quá trình phiên mã, s g n c a HDAC vào ic t phiên mã Nh ng gen vùng promoter Facter-TF) s tr ng thái không b methyl hóa quá m tr ng thái ho nh v t i vùng kh Hình 1.7 n s ti p c n c a các y u o CpG trên ng, y u t phiên mã (Transcription ng phiên mã c a gen [51] [61] 14 - 2014 Chú thích: (A) Gen. .. v i các t khóa epigenetics, DNA methylation, breast cancer, cervical cancer, Prostate cancer nh m thu th p thông tin, d li u bao g m nh ng thông tin t ng quan v t n s methyl hóa c t cung, n ti n li t, epigenetics, methyl hóa DNA, thu th p trình t c a gen GSTP1 thông qua mã s accession number NC_000011.10 c a nhi m s c th 11 2.2.2 Kh o sát in silico 2.2.2.1 Th ng kê t n s methyl hóa Th ng kê trung bình... nhi o CpG trong vùng promoter (B) Trong mô tuy n ti n li t kh e m nh, các y u t -1 và Sp-1 liên k t v i promoter và kích thích phiên mã (C) Trong b n ti n li o CpG b methyl hóa y, h qu c a methyl hóa DNA trên nh ng gen c ch kh i u là làm gi m s bi u hi n gen vì v kích ho t ho c g i là làm im l ng gen Hi ng im l ng này là do s ng c a quá trình gi m ái l c hay làm xóa b hoàn toàn kh n k t c a các y u... c a DNA v i các ch ng l i v i quá trình stress ssis [21] Bên c trong nh GSTP1 ng b methyl hóa trên nhi u lo i cao, bao g t i t n s methyl hóa t n ti n li t [50, 59, 62, 64, 70] Chính vì th vi c Kh o sát tình tr ng methyl hóa t thu c vùng promoter c a gen GSTP1 trên m t s lo thi t trong quá trình tìm ra d u ch ng sinh h c GSTP1 cho m t s lo i ung ng chính là lý do mà chúng tôi th c hi o CpG là r t c... phiên mã, nh m mb os ng c a gen o này b methy hóa v i t n s cao hi n di n trong các t bào ung [31, 17] thành 5-methylcytosine 10 - 2014 1.3.3 Khái ni m methyl hóa DNA Methyl hóa DNA là m t hi tri ng c a epigenetics x y ra trong quá trình phát ng c a t bào Nó là m t lo i bi n nhóm methyl (-CH3) i liên k t c ng hóa tr t c thêm vào v trí C5 c a Cytosine trong c p dinucleotide CpG nh xúc tác c a enzyme S-adenosylmethionine... thành công c a mô hình methyl hóa DNA DNMT3A và DNMT3B th c hi n de novo methyl hóa t c là ho t o ra các v trí methyl hóa m i Chúng ch u trách nhi m trong vi c thi t l p mô hình methyl hóa DNA trong quá trình hình thành giao t và phôi s m [3, 46, 52] 11 - 2014 Hình 1.5 -CH3 enzyme DNMTs [4] Các enzyme DNMTs là de novo khác gen Trong tham g quá ] 12 - 2014 Hình 1.6 [54] 1.3 s methyl hóa DNA t qu c a nhi . I HC M TP.HCM BÁO CÁO KHÓA LUN TT NGHIP  TÀI: KHO SÁT TÌNH TRNG METHYL HÓA TI CÁC O CpG THUC VÙNG PROMOTER CA GEN GSTP1 TRÊN MT S LOI UNG TH KHOA CÔNG NGH SINH. “Kho sát tình trng methyl hóa ti các đo CpG thuc vùng promoter ca gen GSTP1 trên mt s loi ung th”là rt cn thit trong quá trình tìm ra du chng sinh hc GSTP1 cho mt s loi ung. QUAN TÍNH CHT METHYL HÓA TI VÙNG PROMOTER  GEN GSTP1 VI NHÓM TUI/  TUI CA CÁC BNH NHÂN UNG TH VÚ 54 3.5 MC  LIÊN QUAN TệNH CHT METHYL HịA TI VỐNG PROMOTER  GEN GSTP1 VI
- Xem thêm -

Xem thêm: Khảo sát tình trạng Methyl hóa tại các đảo CpG thuộc vùng Promoter của gen GSTP1trên một số loại ung thư, Khảo sát tình trạng Methyl hóa tại các đảo CpG thuộc vùng Promoter của gen GSTP1trên một số loại ung thư

Từ khóa liên quan

Gợi ý tài liệu liên quan cho bạn