B GIÁO DC VÀ ÀO TO VIN KHOA HC VÀ CÔNG NGH VIT NAM VIN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VT  KHIU TH THÚY NGC NGHIÊN CU S PHÂN B CA MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS KIU GEN BEIJING VÀ MI LIÊN QUAN N TÍNH KHÁNG THUC LAO TI VIT NAM LUN VN THC S SINH HC Hà Ni – 2010 B GIÁO DC VÀ ÀO TO VIN KHOA HC VÀ CÔNG NGH VIT NAM VIN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VT  KHIU TH THÚY NGC NGHIÊN CU S PHÂN B CA MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS KIU GEN BEIJING VÀ MI LIÊN QUAN N TÍNH KHÁNG THUC LAO TI VIT NAM Chuyên ngành: Sinh hc thc nghim Mã s: 60 42 30 LUN VN THC S SINH HC Cán b hng dn khoa hc TS. BS. NGUYN VN HNG Hà Ni – 2010 LI CM N . Trc tiên tôi xin bày t lòng bit n chân thành và sâu sc nht ti TS.BS. Nguyn Vn Hng, Trng khoa Vi sinh, Bnh vin Phi Trung ng, ngi thy đã hng dn, ch bo tn tình cho tôi ngay t nhng bc đi đu tiên và to mi điu kin thun li đ tôi hoàn thành khóa lun tt nghip này. Tôi xin chân thành cm n Ban lãnh đo Bnh vin, cán b viên chc Khoa Vi sinh - Bnh vin Phi Trung ng đã giúp đ tôi trong quá trình hc tp. Tôi xin trân trng cm n các thy, cô giáo Trng i hc Thái Nguyên, Vin Sinh thái và Tài nguyên Sinh vt và Vin Công ngh Sinh hc đã hng dn và truyn th kin thc cho tôi trong thi gian hc tp, nghiên cu. Cui cùng tôi xin gi li cm n sâu sc ti nhng ngi thân trong gia đình tôi, bn bè và đng nghip đã to điu ki n, đng viên và giúp đ tôi trong sut thi gian làm lun vn. Tôi xin chân thành cm n tt c nhng s giúp đ quí báu đó./. Hà ni, ngày 27 tháng 12 nm 2010 Hc viên Khiu Th Thúy Ngc Lun vn thc s sinh hc Khiu Th Thúy Ngc DANH MC CÁC CH VIT TT Ch vit tt Tên đy đ AFB Acid fast bacilli BCG Bacillus Calmette-Guerin – vaccine phòng lao bp Base pair - Cp baznit CI Confidence Interval – khong tin cy. CTCLQG Chng trình chng lao quc gia. ddNTP Dideoxynucleotide dNTP Deoxynucleotide DNA Acid deoxyribonucleic DTS Directly Observed Treatment, Short-course - hóa tr liu ngn ngày có kim soát trc tip. DR Direct Repeat – vùng lp li trc tip DST Drug Sensitivity test – Th nghim nhy cm thuc ECL Enhanced chemiluminescene - phn ng quang hóa EMB Ethambuton EtBr Ethidium Bromide INH Izoniazid Mbp Mega base pair LJ Lowenstein-Jensen – môi trng đc dùng nuôi cây vi khun lao MGIT Mycobacteria Growth Indicator Tube – môi trng lng dùng đ nui cy vi khun lao Non-Beijing Không phi kiu gen Beijing OR Odds Ratio – t sut chênh. Lun vn thc s sinh hc Khiu Th Thúy Ngc PCR Polymerase Chain Reaction - Phn ng chui Polymerase RFLP Restriction Fragement Length Polymorphism – đa hình chiu dài các đon ct bi enzym gii hn RIF Rifampicin SDS Sodium Dodecyl Sulphate SM Streptomycin Spoligotyping Spacer oligonucleotide typing – Trình t các đon nucleotide đm ST no Shared Type number – s th t kiu gen M.tuberculosis thng nht trên th gii TE Tris - EDTA UPGMA Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean – Phng pháp nhóm theo cp các giá tr trung bình s hc. v/p Vòng/phút VK Vi khu n WHO World Health Organization – T chc Y t th gii Lun vn thc s sinh hc Khiu Th Thúy Ngc DANH MC CÁC BNG Bng Tên bng Trang Bng 1 Bnh nhân lao và t l t vong do lao ti các châu lc 10 Bng 2 Thành phn phn ng PCR nhân gen vùng DR ca VK lao 34 Bng 3 Các kiu gen M.tuberculosis đc phân loi bng k thut spoligotyping 40 Bng 4 T l M.tuberculosis kiu gen Beijing phân lp t bnh nhân lao phi AFB (+) mi và lao phi AFB (+) đã điu tr. 43 Bng 5 Phân b M.tuberculosis kiu gen Beijing ti Vit Nam 45 Bng 6 T l M.tuberculosis kiu gen Beijing phân lp t bnh nhân lao phi AFB (+) mi phân b theo nhóm tui 46 Bng 7 T l M.tuberculosis kiu gen Beijing phân lp t bnh nhân lao phi AFB (+) mi phân b theo gii tính. 47 Bng 8 T l M.tuberculosis kiu gen Beijing phân lp t bnh nhân lao phi AFB (+) đã điu tr phân b theo nhóm tui. 47 Bng 9 T l M.tuberculosis kiu gen Beijing phân lp t bnh nhân lao ph i AFB (+) đã điu tr phân b theo gii tính. 48 Bng 10 T l M.tuberculosis kiu gen Beijing phân lp t c hai nhóm bnh nhân lao phi AFB (+) phân b theo nhóm tui. 49 Bng 11 T l M.tuberculosis kiu gen Beijing phân lp t c hai nhóm bnh nhân lao phi AFB (+) phân b theo gii tính. 50 Lun vn thc s sinh hc Khiu Th Thúy Ngc Bng 12 M.tuberculosis kiu gen Beijing và tính kháng thuc bt kì trong nhóm bnh nhân lao phi AFB (+) mi. 50 Bng 13 M.tuberculosis kiu gen Beijing và tính kháng đa thuc trong nhóm bnh nhân lao phi AFB (+) mi 51 Bng 14 M.tuberculosis kiu gen Beijing và tính kháng thuc bt kì trong nhóm bnh nhân lao phi AFB (+) đã điu tr. 51 Bng 15 M.tuberculosis kiu gen Beijing và tính kháng đa thuc trong nhóm bnh nhân lao phi AFB (+) đã điu tr. 52 Bng 16 T l bnh nhân mc M.tuberculosis kiu gen Beijing ti các vùng khác nhau trên th gii 55 Bng 17 M.tuberculosis kiu gen Beijing và mi liên quan đn tính kháng thuc lao ti mt s nc trên th gii. 63 Lun vn thc s sinh hc Khiu Th Thúy Ngc DANH MC CÁC HÌNH Hình Tên hình Trang Hình 1 i tng gây bnh ch yu ca M.tuberculosis complex 4 Hình 2 Vi khun lao soi di kính hin vi 5 Hình 3 Cu to thành t bào ca M.tuberculosis 6 Hình 4 Vi khun lao có th xâm nhp vào mi c quan ca c th 7 Hình 5 Tình hình bnh lao trên th gii (WHO 2010) 9 Hình 6 Tình hình bnh lao ti Vit Nam 12 Hình 7 Tác dng ca các thuc lao lên quá trình phát trin ca M.tuberculosis 15 Hình 8 AFB nhum Ziehl-Neslsen và nhum Auramin 17 Hình 9 Yu t qun thng ca VK lao khi mc trên môi trng lng và h thng BACTEC MGIT960 19 Hình 10 M.tuberculosis trên môi trng Lowenstein-Jensen 19 Hình 11 Kt qu đin di sn phâm PCR cho chn đoán xác đnh M.tuberculosis có kích thc 249 bp. 20 Hình 12 Trình t gen M.tuberculosis có kích thc khong 4,4 Mbp 22 Hình 13 Vùng DR trên b gen M.tuberculosis 24 Hình 14 Nguyên tc phát tín hiu lai bng Streptavidine-peroxidase 25 Hình 15 T l phân b M.tuberculosis kiu gen Beijing trên th gii 27 Hình 16 S đ nghiên cu 32 Lun vn thc s sinh hc Khiu Th Thúy Ngc Hình 17 Các bc tin hành k thut Spoligotyping 36 Hình 18 Phòng Sinh hc Phân t - Khoa Vi sinh, Bnh vin Phi T, ni thc hin k thut spoligotyping phân loi M.tuberculosis 38 Hình 19 Kt qu phim spoligotyping ca M.tuberculosis 39 Hình 20 Cây phân loi trình t đm ca M.tuberculosis đc nhóm bng phng pháp UPGMA 42 Hình 21 T l các nhóm kiu gen M.tuberculosis 43 Hình 22 Phân b M.tuberculosis kiu gen Beijing ti Vit Nam 45 Hình 23 Phân b M.tuberculosis kiu gen Beijing phân lp t bnh nhân lao phi AFB (+) mi theo nhóm tui 46 Hình 24 Phân b M.tuberculosis kiu gen Beijing phân lp t bnh nhân lao phi AFB (+) đã điu tr theo nhóm tui 48 Hình 25 Phân b M.tuberculosis kiu gen Beijing phân lp t c hai nhóm bnh nhân lao phi AFB (+) theo nhóm tui 49 Hình 26 T l phân b và mi liên quan đn tính kháng thuc lao ca M.tuberculosis kiu gen Beijing trên th  gii. 64 Lun vn thc s sinh hc Khiu Th Thúy Ngc MC LC  T VN  1 CHNG 1: TNG QUAN TÀI LIU 3 1.1. I CNG V BNH LAO 3 1.1.1. Lch s bnh lao 3 1.1.2. Vi khun lao - Mycobacterium tuberculosis 4 1.1.3. C ch gây bnh lao 7 1.1.4. Mt s yu t nguy c mc lao 8 1.1.5. Triu chng lâm sàng ca bnh nhân lao phi 8 1.1.6. Tình hình bnh lao trên Th gii 8 1.1.7. Tình hình bnh lao ti Vit Nam 11 1.2. TÍNH KHÁNG THUC CA VI KHUN LAO 13 1.2.1. nh ngha và phân loi 13 1.2.2. C ch kháng thuc ca vi khun lao 14 1.2.3. Yu t nguy c làm tng t l vi khun lao kháng thuc 16 1.3. PHNG PHÁP CHN OÁN VI KHUN HC BNH LAO 17 1.3.1. Phng pháp nhum soi kính trc tip 17 1.3.2. Phng pháp nuôi cy vi khun lao 18 1.3.3. Phng pháp Sinh hc phân t 20 1.4. M.TUBERCULOSIS KIU GEN BEIJING 23 1.4.1. nh ngha 23 1.4.2. K thut spoligotyping trong phân loi chng M.tuberculosis. 23 1.4.3. Ch s phân loi - discrimation index 25 1.4.4. Mt s nghiên cu v Mycobacteriu tuberculosis kiu gen Beijing và tính kháng thuc lao. 26 [...]... gen Beijing phân l p t b nh nhân lao ph i AFB (+) m i theo nhóm tu i và gi i tính 46 3.2.3 T l M .tuberculosis ki u gen Beijing phân l p t b nh nhân lao ph i AFB (+) ã i u tr theo nhóm tu i và gi i tính 47 3.2.4 T l M .tuberculosis ki u gen Beijing phân l p t c hai nhóm b nh nhân lao ph i AFB (+) theo nhóm tu i và gi i tính 49 3.3 M I LIÊN QUAN GI A M .TUBERCULOSIS KI U GEN BEIJING VÀ... nhân lao ph i AFB (+) m i theo nhóm tu i và gi i tính 58 4.2.3 T l M .tuberculosis ki u gen Beijing phân l p t b nh nhân lao ph i AFB (+) ã i u tr theo nhóm tu i và gi i tính 59 4.2.4 T l M .tuberculosis ki u gen Beijing c hai nhóm b nh nhân lao ph i AFB (+) m i và ã i u tr theo nhóm tu i và gi i tính 60 4.3 M I LIÊN QUAN GI A M .TUBERCULOSIS KI U GEN BEIJING VÀ TÍNH KHÁNG THU C LAO ... KI U GEN C A M .TUBERCULOSIS 53 4.1 PHÂN B 4.1.1 Các ki u gen c a M .tuberculosis c phân lo i b ng k thu t Spoligotyping 53 4.1.2 K t qu ch s phân lo i c a ph 4.2 PHÂN B ng pháp Spoligotyping 55 M .TUBERCULOSIS KI U GEN BEIJING THEO MI N A LÝ, NHÓM TU I VÀ GI I TÍNH 57 4.2.1 Phân b M .tuberculosis ki u gen Beijing trên toàn qu c 57 4.2.2 T l M .tuberculosis ki u gen Beijing phân. .. QU NGHIÊN C U 39 3.1 PHÂN B CÁC KI U GEN C A M .TUBERCULOSIS 39 3.1.1 Các ki u gen c a M .tuberculosis c phân lo i b ng k thu t Spoligotyping 39 3.1.2 K t qu ch s phân lo i c a ph 3.2 PHÂN B ng pháp Spoligotyping 44 M .TUBERCULOSIS KI U GEN BEIJING THEO MI N A LÝ, NHÓM TU I VÀ GI I TÍNH 44 3.2.1 Phân b M .tuberculosis ki u gen Beijing trên toàn qu c 44 3.2.2 T l M .tuberculosis. .. GI A M .TUBERCULOSIS KI U GEN BEIJING VÀ TÍNH KHÁNG THU C LAO 50 3.3.1 M .tuberculosis ki u gen Beijing và tính kháng thu c lao trong nhóm b nh nhân lao ph i AFB (+) m i 50 Lu n v n th c s sinh h c Khi u Th Thúy Ng c 3.3.2 M .tuberculosis ki u gen Beijing và tính kháng thu c lao trong nhóm b nh nhân lao ph i AFB (+) ã i u tr 51 CH... u gi và b o qu n chúng trong nhi u n m 1.1.3 C ch gây b nh lao Vi khu n lao th ng xâm nh p theo ng hô h p qua các gi t n cb t và gây nên lao ph i (90% t ng s lao) Chúng c ng có th xâm nh p vào ng tiêu hóa (qua s a bò t i) và gây nên lao d dày, ru t [9] T các c quan b lao ban ng máu và b ch huy t u (ph i, ng ru t ), vi khu n lao theo n t t c các c quan và gây lao khác nhau c a c th (lao h ch, lao màng... chúng tôi th c hi n tài nghiên c u v i m c tiêu: 1 Xác nh s phân b c a Mycobacterium tuberculosis ki u gen Beijing t i Vi t Nam 2 Tìm hi u m i liên quan c a ch ng vi khu n này v i tính kháng thu c lao t i Vi t Nam 2 Lu n v n th c s sinh h c Khi u Th Thúy Ng c CH 1.1 IC NG 1: T NG QUAN TÀI LI U NG V B NH LAO 1.1.1 L ch s b nh lao B nh lao là m t b nh truy... bênh nhân lao m i (kháng thu c tiên phát- Primary Kháng thu c drug resistance): là s xu t hi n ch ng vi khu n lao kháng thu c lao m i b nh nhân c ch n oán và ch a dùng thu c lao ho c ã dùng thu c lao d i 30 ngày - bênh nhân lao ã i u tr (kháng thu c m c ph i – Kháng thu c Acquired drug resistance): là s xu t hi n ch ng vi khu n lao kháng thu c b nh nhân lao ã i u tr thu c lao ít nh t 30 ngày - Kháng thu... tính ch t kháng thu c c a VK lao - Kháng m t lo i thu c (mono-drug resistance): VK lao kháng v i m t lo i thu c ch ng lao hàng m t - Kháng nhi u lo i thu c (poly-drug resistance): VK lao kháng v i trên m t lo i thu c chông lao hàng m t - Kháng a thu c (multi-drug resistant – MDR): VK lao kháng th i t i thi u hai thu c izoniazid (INH) và rifampicin (RIF) ng ây là hai thu c có hi u l c tiêu di t VK lao. .. ch ng vi khu n lao kháng thu c b nh nhân lao t i th i i m i u tra, bao g m b nh nhân lao m i và b nh nhân lao ã i u tr [3] 1.2.2 C ch kháng thu c c a vi khu n lao Kháng thu c có th là m t c tính liên quan v i m t loài nguyên v n, do t bi n m c ph i ho c do v n chuy n gen Gen kháng thu c mã hóa thông tin theo nh ng c ch ch a d ng t ó vi sinh v t s d ng ch ng l i hi u l c c c hi u c a kháng sinh theo . nhân lao phi AFB (+) theo nhóm tui và gii tính. 49 3.3. MI LIÊN QUAN GIA M .TUBERCULOSIS KIU GEN BEIJING VÀ TÍNH KHÁNG THUC LAO 50 3.3.1. M .tuberculosis kiu gen Beijing và tính kháng. Hình 25 Phân b M .tuberculosis kiu gen Beijing phân lp t c hai nhóm bnh nhân lao phi AFB (+) theo nhóm tui 49 Hình 26 T l phân b và mi liên quan đn tính kháng thuc lao ca M .tuberculosis. THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VT  KHIU TH THÚY NGC NGHIÊN CU S PHÂN B CA MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS KIU GEN BEIJING VÀ MI LIÊN QUAN N TÍNH KHÁNG THUC LAO TI VIT NAM