Việc phân loại vi khuẩn nói riêng và vi sinh vật nói chung gặp khá nhiều khó khăn vì số lượng vi sinh vật quá nhiều mà sự khác biệt giữa chúng lại quá lớn, có sự khác biệt khá lớn giữa sơ đồ phân loại vi sinh vật so với động vật và thực vật. Trong hệ thống phân loại thì loài (species) là đơn vị cơ bản, nhưng khái niệm về loài giữa vi sinh vật và động, thực vật lại khác nhau. Trong vi khuẩn học, khái niệm về loài là một quần thể được sinh ra từ một vi khuẩn ban đầu (clone), các thành viên của một clone này có thể phân biệt với các clone khác ở một số đặc điểm. Do vậy vấn đề lớn trong phân loại vi khuẩn là xác định được các đặc điểm giống nhau và khác nhau giữa các clone để xếp loại chúng. Để xác định các loài vi khuẩn có thể căn cứ vào các đặc tính sau: - Hình thái, kích thước, cấu tạo tế bào, phản ứng nhuộm Gram, các chất chứa trong tế bào, năng lực hoạt động, khả năng sinh vỏ nhầy, hình dạng và vị trí của bào tử. - Đặc tính nuôi dưỡng, sinh trưởng trên các moi trưởng, hình thái, màu sắc khuẩn lạc, - Đặc tính sinh lý, sinh hoá và cấu trúc kháng nguyên như quan hệ với nguồn oxy, nguồn cacbon, nguồn nitơ, quan hệ với nhiệt độ, pH, khả năng khử nitrat, lên men các loại đường các phản ứng huyết thanh học, khả năng gây bệnh - Số lượng các tính chất sinh học: dây là phương pháp phân loại gián tiếp, dựa trên các đặc điểm genotip và phenotip. - Tỷ lệ các base nitơ của các ADN. - Cấu trúc phân tử của protein. Như vậy việc phân loại các loài vi khuẩn là một việc hết sức phức tạp, tinh vi, không thể căn cứ vào đặc tính riêng biệt mà xác định được ngay, cũng chính vì thế mà cho đến nay việc phân loại vi khuẩn vẫn chưa thực sự hoàn thiện. Đơn vị cơ bản trong phân loại là loài (species), đây là đơn vị phân loại cơ bản nhất, tên khoa học của loài thường đặt tên kép, tên giống đặt trước và tên loài đặt sau. Mỗi loài vi khuẩn đều mang một tên khoa học riêng, tên này được đặt theo nguyên tắc “danh pháp kép” của Linné, gồm 2 từ: từ thứ nhất chỉ tên giống (viết hoa), từ thứ hai chỉ tên loài (viết thường). Ví dụ: Saccharomyces cerevisiae. Các đơn vị trên loài là : - Giống (genus hoặc genera). Ví dụ: Bacillus, Saccharomyces. - Tộc (tribe): thường có tận cùng bằng –eae. Ví dụ: Escherichieae. - Họ (family): thường có tên tận cùng là -aceae. Ví dụ: Chlorobiaceae. - Bộ (order): thường có tạn cùng là –ales. Ví dụ: Pseudomonadales. Trên bộ còn có lớp, ngành, giới. Các đơn vị dưới loài gồm có: thứ, dạng và một đơn vị gọi là chủng hay nòi. - Thứ (variety) chỉ một nhóm nhất định trong một loài. Ví dụ: Mycobacterium tuberculosis var. bovis (vi khuẩn lao bò), Mycobacterium tuberculosis var. avium (vi khuẩn lao gia cầm), Mycobacterium tuberculosis var. hominis (vi khuẩn lao người). - Dạng (type hoặc forme): chỉ nhóm nhỏ dưới thứ. Ví dụ: người ta căn cứ vào những đặc tính khác nhau về phản ứng huyết thanh mà chia phế cầu khuẩn thành 80 dạng khác nhau như Streptococcus pneumoniae tip 14. - Chủng hay nòi (Strain): chỉ một chủng, nòi vi sinh vật của một loài mới được phân lập thuần khiết từ một cơ chất nào đó. Các cá thể cùng một loài nhưng được phân lập từ những nơi khác nhau không giống nhau hoàn toàn được gọi là chủng hay nòi khác nhau và được ký hiệu bằng những con số, những chữ viết tắt theo qui ước riêng của người nghiên cứu. Ví dụ: Staphylococcus aureus ATCC 1259. Từ trước đến nay đã có nhiều hệ thống phân loại vi khuẩn khác nhau, tuy nhiên có hai hệ thống phân loại được sử dụng chủ yếu, đó là hệ thống phân loại của D. N Bergey và của N.A. Craxilnhicop. . pháp phân loại gián tiếp, dựa trên các đặc điểm genotip và phenotip. - Tỷ lệ các base nitơ của các ADN. - Cấu trúc phân tử của protein. Như vậy vi c phân loại các loài vi khuẩn là một vi c. tinh vi, không thể căn cứ vào đặc tính riêng biệt mà xác định được ngay, cũng chính vì thế mà cho đến nay vi c phân loại vi khuẩn vẫn chưa thực sự hoàn thiện. Đơn vị cơ bản trong phân loại. Mycobacterium tuberculosis var. bovis (vi khuẩn lao bò), Mycobacterium tuberculosis var. avium (vi khuẩn lao gia cầm), Mycobacterium tuberculosis var. hominis (vi khuẩn lao người). - Dạng (type