43 Bảng 4.1 Tổng số trình tự trong CSDL gene hsp-70 và RT-RNaseH Họ Số trình tự gene Số trình tự protein Closteroviridae 125 125 Caulimoviridae 200 200 Bảng 4.2 Số trình tự gene hsp-70 Họ Genus Species Số trình tự Closteroviridae Ampelovirus Grapevine leafroll-associated virus 1 45 Grapevine leafroll-associated virus 3 16 Grapevine leafroll-associated virus 9 2 Closterovirus Beet yellows virus 3 Apricot stem pitting asso 3 Mint virus 1 4 Citrus tristeza virus 6 Little cherry virus 1 2 Grapevine leafroll-associated virus 2 2 Crinivirus Sweet potato chlorotic stunt virus 16 Cucurbit yellow stunting disorder virus 3 Tomato infectious chlorosis virus 9 Potato yellow vein virus 7 Tomato chlorosis virus 4 Beet pseudo-yellows virus 3 Tổng số trinh tự 125 Tƣơng tự, số trình tự về protein của họ Closteroviridae cũng thu nhận đƣợc với số lƣợng tƣơng ứng với gene hsp-70 (mỗi trình tự điều có một trình tự protein tƣơng ứng trong CSDL). Bảng 4.3 Số trình tự gene RT-RNaseH Họ Genus Species Số trình tự Caulimoviridae Badnavirus Banana streak Obino l'Ewai virus 13 Banana streak Goldfinger virus 10 Banana streak Imove virus 8 44 Banana streak Uganda A virus 11 Banana streak Uganda B virus 2 Banana streak Uganda C virus 1 Banana streak Uganda D virus 2 Banana streak Uganda E virus 3 Banana streak Uganda F virus 2 Banana streak Uganda G virus 2 Banana streak Uganda H virus 2 Banana streak Uganda I virus 26 Banana streak Uganda J virus 4 Banana streak Uganda K virus 4 Banana streak Uganda L virus 20 Banana streak Uganda M virus 32 Banana streak virus 1 Rubus yellow net virus 2 Stilbocarpa mosaic bacilliform virus 1 Banana streak OL virus 2 Taro bacilliform virus 9 Citrus yellow mosaic virus 2 Bougainvillea spectabilis chlorotic vein-banding virus 1 Pineapple bacilliform virus 1 Sugarcane bacilliform virus 1 Cacao swollen shoot virus 5 Kalanchoe top-spotting virus 1 Banana streak GF virus 1 45 Banana streak virus strain Acuminata Vietnam 1 Banana streak Mys virus 1 Caulimovirus Cauliflower mosaic virus 8 Blueberry red ringspot virus 2 Dahlia mosaic virus 2 Carnation etched ring virus 2 Horseradish latent virus 1 Peanut chlorotic streak virus 2 Cassava vein mosaic virus 2 Figwort mosaic virus 2 Petuvirus Petunia vein clearing virus 4 Soymovirus Peanut chlorotic streak virus 2 Soybean chlorotic mottle virus 2 Tổng số trình tự 200 Trong CSDL chứa hai đối tƣợng chính thì còn chứa đối tƣợng phụ nhằm cung cấp các thông tin khác để bổ sung cho hai đối tƣợng chính nhƣ: tên tác giả, tên bài báo, cây phân loài,… CSDL về hai gene hsp-70 và RT-RNaseH, rất tiện ích cho việc truy xuất, nghiên cứu các thông tin liên quan đến trình tự DNA, protein, loài, các đặc trƣng của từng loài chứa hai gene này, tiết kiệm thời gian tìm hiểu, nắm bắt thông tin nhanh. CSDL này đƣợc xây dựng trên hai gene khá bảo tồn ở hai loài nên chúng ta có thể dựa vào các thông tin trong CSDL để nghiên cứu các hiện tƣợng biến chủng trong họ, giúp đƣa ra các kết luận chính xác về các biến chủng xảy ra ở trên hai gene này. Nhƣng CSDL nhỏ, chỉ có 325 trình tự gene hsp-70 và RT-RNaseH ở hai họ virus, chứa lƣợng thông tin ít và chƣa có chế độ bảo mật. Ở cấp độ phòng thí nghiệm, cơ quan nghiên cứu hay trƣờng đại học thì việc xây dựng CSDL cho từng đối tƣợng (về một gene, một sinh vật,…) thì rất tiện ích để phục vụ cho các nghiên cứu về một đối tƣợng nhất định. 46 4.4. Trang web thể hiện thông tin CSDL gene hsp-70 và RT-RNaseH Cấu trúc của các trang web CSDL gene hsp-70 và RT-RNaseH thể hiện ở hình (4.4) Hsp-70 and RT-RNaseH gene DATABASE WEB PAGE HOME PAGE SEARCH PAGE TOOL PAGE TAXONOMY PAGE ABOUT PAGE LINK PAGE ACCESSION NUMBER(s) ORGANISM ALIGNMENT CAULIMOVIRDAE CLOSTEROVIRIDAE BIOTECH. Dep. BLAST Hình 4.4 Sơ đồ cấu trúc của trang web CSDL gene hsp-70 và RT-RNaseH 46 47 4.4.1. Trang thông tin chung về CSDL gene hsp-70 và RT-RNaseH (HOME PAGE)  Nội dung trang web: cung cấp thông tin về các giống, loài trong họ, trình tự của từng loài, kiểm tra độ tƣơng đồng về trình tự (nucleotide và protein) giữa các loài trong họ thông qua công cụ Alignment.  Hình thức thể hiện: Hình 4.5 4.4.2. Trang tìm kiếm (SEARCH PAGE)  Nội dung của trang web: cho phép ngƣời dùng tìm kiếm trình tự gene hay protein có trong CSDL gene hsp-70 và RT-RNaseH. Trong trang này gồm có hai thanh công cụ tìm kiếm. Tìm kiếm khi biết ACCESSION NUMBER, hai là khi biết tên của loài trong họ. Hình 4.5 Trang HOME PAGE 48  Hình thức thể hiện:  Với trang tìm kiếm khi biết ACCESSION NUMBER(s) o Khi biết ACCESSION NUMBER (số truy cập của CDSL GenBank), ngƣời ta dùng có thể nhập một hoặc nhiều mã số này, để tìm các trình tự nucleotide, protein,… có mã số tƣơng ứng (Hình 4.6). o Ngƣời dùng có thể tùy chọn các phần sẽ hiện thị trong kết quả tìm kiếm, ví dụ ngƣời dùng có thể tùy chọn các phần cần thông tin cần tìm và kết quả sẽ hiển thị sau khi thực hiện lệnh SEARCH là trình tự protein, gene và cả phần định nghĩa, tác giả, ngày xuất bản, tựa đề của bài báo,… của trình tự gene hsp-70 và RT-RNaseH (Hình 4.7). Hình 4.6 Trang tìm kiếm trình tự khi biết ACCESSION NUMBER 49  Với trang tìm kiếm khi biết tên của loài. o Khi biết tên của sinh vật, chúng ta có thể nhập tên của nó vào trong thanh ORGANISM(s). để tìm sinh vật đó trong CSDL (phụ lục). o Ngƣời dùng có thể tùy chọn các phần sẽ hiển thị trong kết quả tìm kiếm, ví dụ ngƣời dùng có thể tùy chọn phần hiển thị nhƣ là loài, giống, vùng phân bố, đặc tính sinh lý,… của sinh vật đó (phụ lục). 4.4.3. Trang công cụ (TOOL PAGE) Sắp gióng cột (alignment) hai hay nhiều trình tự là một công cụ khá thông dụng để khảo sát sự tƣơng đồng, đột biến, nghiên cứu chức năng của gene. Mặc khác để tìm trình tự tƣơng đồng với một trình tự quan tâm, các nhà sinh học thƣờng sử dụng Hình 4.7 Trang kết quả tìm kiếm trình tự khi biết ACCESION NUMBER 50 công cụ BLAST. Do nhu cầu đó, chúng tôi đã tích hợp hai công cụ này vào trang web CSDL gene hsp-70 và RT-RNaseH.  Nội dung trang web: trang này cung cấp hai công cụ chủ yếu để phân tích trình tự sinh học, đó là sắp gióng cột (alignment) và tìm kiếm trình tự tƣơng đồng (BLAST).  Hình thức thể hiện:  Với công cụ Alignment: ngƣời sử dụng có thể nhập vào một hay nhiều trình tự (có thể là DNA hay protein) thông qua ô nhập văn bản hay một tập tin dƣới định dạng FASTA. Rồi chọn một hay nhiều trình tự trong CSDL gene hsp-70 và RT-RNaseH để thực hiện sắp gióng cột (có thể thực hiện Alignment giữa các gene, protein trong CSDL) (Hình 4.8).  Với công cụ BLAST: ngƣời dùng có thể nhập vào một trình tự (có thể là DNA hay protein). Trình tự này sẽ đƣợc so sánh tƣơng đồng cục bộ với CSDL của trình tự gene hsp-70 và RT-RNaseH. Các tham số của BLAST: giá trị mong đợi E_value, ma trận sử dụng có thể thay đổi (Hình 4.10). Hình 4.8 Trang web tìm kiếm trình tự tƣơng đồng bằng Alignment 51 Hình 4.9 Trang kết quả Alignment giữa các trình tự Hình 4.10 Trang web tìm kiếm trình tự tƣơng đồng bằng BLAST . xảy ra ở trên hai gene này. Nhƣng CSDL nhỏ, chỉ có 325 trình tự gene hsp -70 và RT-RNaseH ở hai họ virus, chứa lƣợng thông tin ít và chƣa có chế độ bảo mật. Ở cấp độ phòng thí nghiệm, cơ quan. 4.1 Tổng số trình tự trong CSDL gene hsp -70 và RT-RNaseH Họ Số trình tự gene Số trình tự protein Closteroviridae 125 125 Caulimoviridae 200 200 Bảng 4.2 Số trình tự gene hsp -70 Họ. thông tin CSDL gene hsp -70 và RT-RNaseH Cấu trúc của các trang web CSDL gene hsp -70 và RT-RNaseH thể hiện ở hình (4.4) Hsp -70 and RT-RNaseH gene DATABASE WEB