52 4.4.4. Trang cây phân loài (Taxonomy)  Nội dung trang web: trang gồm có hai trang về hai họ Caulimoviridae và Closteroviridae.  Hình thức thể hiện: Hình 4.11 4.4.4.1. Trang Caulimoviridae: cung cấp thông tin chung cho các đặc trƣng cho họ nhƣ thông tin về các giống, loài trong hai họ, đồng thời, kích thƣớc genome, hình thể, các đặc tính sinh hóa, dãy kí chủ trong tự nhiên, triệu chứng, vùng phân bố, các loài trong họ,… Hình 4.11 Trang web cây phân loài của hai họ 53  Nội dung trang web: đƣợc thể hiện qua các mục điển hình sau: o Đặc tính Virion: cung cấp các thông tin về hình thể, đặc tính vật lý và hóa lý, acid nucleic, protein, tổ chức genome,… o Đặc tính sinh học: cung cấp các thông tin về dãy kí chủ tự nhiên, kí chủ trung gian, triệu chứng, vùng phân bố địa lý, phƣơng pháp chuẩn đoán,… o Cấu trúc phân loài: chứa các thông tin về các thành viên trong loài.  Hình thức thể hiện: Hình 4.12 Hình 4.12 Trang web thể hiện nội dung các đặc tính của họ 54 4.4.4.2. Trang Closteroviridae: cung cấp các thông tin về họ Closteroviridae tƣơng tự nhƣ trang caulimoviridae (phụ lục). 4.4.5. Trang liên kết (LINK PAGE) Trang này thực hiện việc liên kết đến một vài CSDL lớn trên thế giới nhƣ NCBI, EMBL,… (phụ lục). 4.4.6. Trang thông tin về bộ môn công nghệ sinh học (ABOUT PAGE) Trang này cung cấp các thông tin về cấu trúc tổ chức, các hoạt động giáo dục - đào tạo và nghiên cứu khoa học,… của khoa công nghệ sinh học (phụ lục). Dùng giao diện web để truy xuất thông tin và chia sẽ nguồn thông đó. Trang web đƣợc viết dựa trên mụch đích tiện ích cho ngƣời sử dụng. Các thông tin cần truy xuất hầu hết điều hiển thị trên giao diện web. Nên ngƣời sử dụng chỉ check vào các ô chọn lựa để truy xuất các thông tin mong muốn. Web chứa trang công cụ Alignment và BLAST giúp ngƣời sử dụng tìm kiếm các trình tự tƣơng đồng thông qua công cụ này chúng ta có thể biết đƣợc mức độ tƣơng đồng của về trình tự giữa các loài. Ngoài ra, trên web này còn liên kết với các CSDL lớn nhƣ NCBI, EBI, DDBj, SIB thông qua trang liên kết. Mục đích của trang web chỉ phục vụ cho việc truy xuất thông tin trong nội bộ ở cấp độ phòng thí nghiệm, trƣờng đại học,… nên chúng tôi không xây dựng chế độ bảo mật cho web. Tuy nhiên, trang web còn tồn tại một số vấn đề nhƣ số lƣợng trang trên web ít (6 trang chính), các thông tin cung cấp không chƣa đáp ứng thỏa mãn cho các nghiên cứu lớn và các công cụ đƣợc tích hợp vào ít cần đƣợc bổ sung vào thêm. 55 PHẦN 5 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 5.1. KẾT LUẬN  Chúng tôi đã tải đƣợc 325 trình tự gene hsp-70 và RT-RNaseH từ cơ sở dữ liệu NCBI.  Thông qua việc tìm hiểu về hai họ virus, trình tự gene tƣơng đồng, trình tự protein bảo tồn và kết hợp với ClustalW. Chúng tôi đã xác định đƣợc vị trí gene hsp-70 và RT-RNaseH nằm trong ORF hay trong genome của chúng.  CSDL có 325 trình tự đƣợc tích hợp với Web  Trang Web CSDL gene hsp-70 và RT-RNaseH gồm có 6 trang chính, đó là HOME, SEARCH, TOOL, TAXONOMY, LINK, ABOUT PAGE. Ngoài ra, từ những trang web chính này còn có thể kết nối đến những trang phụ khác để cung cấp những tiện ích cho ngƣời dùng. Từ các trang web này, ngƣời sử dụng có thể truy xuất thông tin, so sánh một trình tự quan tâm với các trình tự trong cơ sở dữ liệu gene hsp-70 và RT-RNaseH, tìm kiếm trình tự, các đặc tính của loài,… 5.2. ĐỀ NGHỊ  Dùng từ khóa chính xác hơn để khảo sát đƣợc toàn bộ các loài chứa hai gene này ở hai họ và khảo sát về hai hai giống còn lại trong họ Caulimoviriae trên NCBI.  Tiến hành khảo sát chính xác vị trí gene hsp-70 và RT-RNaseH trong ORF hay genome của hai loài virus thông qua các thông tin cung cấp trên mạng hay sử dụng trình tự nucleotide đã biết để thiết kế một primer, primer còn lại đƣợc thiết kế ngẩu nhiên, thông qua các kỹ thuật sinh học phân tử để thu nhận đƣợc chính xác vị trí và chiều dài của gen.  Mở rộng CSDL gene khác của loài (nhƣ gene mã hóa cho protein vỏ,…) của hai họ hay các họ khác, đồng thời bổ sung các thông tin về trình tự gene, trình tự và cấu trúc protein, đặc tính của họ, … Thông qua việc thu nhận các thông tin liên quan đƣợc đăng tải trên Internet hay các thông tin từ nghiên cứu của phòng thí nghiệm. 56  Xây dựng nhiều trang web chứa các thông tin và công cụ (thiết kế primer, enzyme cắt giới hạn, xây dựng mô hình cấu trúc,…) phục vụ cho việc khai thác thông tin và các ứng dụng khác.  Tiến hành thiết kế primer phục vụ cho phản ứng PCR phân biệt các loài trong họ và giữa các họ thông qua các trang web thiết kế primer trực tuyến trên Internet nhƣ GeneFisher, Primer3,… Hay xây dựng trang web chứa công cụ phục vụ cho thiết kế primer nhƣ GPRIME, Primer3,…kết hợp với ngôn ngữ lập trình Perl. 57 PHẦN 6 TÀI LIỆU THAM KHẢO TÀI LIỆU TIẾNG VIỆT 1. Đƣờng Hồng Dật, Khoa học bệnh cây. Nhà xuất bản nông nghiệp. trang 104-106. 2. Lƣu Phúc Lợi. 2004. Xây dựng cơ sở dữ liệu gene pbp (PENICILLIN- BINDING PROTEIN) ở Vi khuẩn Streptococcus pneumoniae. Luận văn tốt nghiệp cử nhân CNSH. Đại học Khoa Học Tự Nhiên – Đại học Quốc Gia thành phố Hồ Chí Minh. 3. Cao Ngọc Phƣợng, 2003. Tài liệu cơ sở dữ liệu. Đại học Khoa Học Tự Nhiên – Đại học Quốc Gia thành phố Hồ Chí Minh. 4. Võ Cẩm Quy, 2003. Tài liệu soạn thảo web. Đại học Khoa Học Tự Nhiên – Đại học Quốc Gia thành phố Hồ Chí Minh. 5. Lê Thành Sách và Nguyễn Cao Đạt, 2001. Tài liệu lập trình mạng (phần 1, 2, 4) . Đại học Bách Khoa – Đại học Quốc Gia thành phố Hồ Chí Minh. 6. Trần Hiếu Thuận, 2003. Tài liệu lập trình Perl. Đại học Khoa Học Tự Nhiên – Đại học Quốc Gia thành phố Hồ Chí Minh. 7. Trần Linh Thƣớc, 2002. Thực tập Bioinformatics (Công nghệ sinh học). Đại học Khoa Học Tự Nhiên – Đại học Quốc Gia thành phố Hồ Chí Minh. 8. Trần Thành Trai, 1996. Nhập môn cơ sở dữ liệu. Nhà xuất bản trẻ. TÀI LIỆU NƢỚC NGOÀI 9. Alkowni R., Rowhani A., DauBert S. and Golino D., 2004. Partial characterization of new ampelovirus associated with grapevine leafroll diease. Journal of Plant Pathology 86(2): 123-133. 10. Dina V.Alzhanova, Alberto J.Napuli, Rebecca Creamer and Valerian V.Dolja., 2001. Cell-to-cell movement and assembly of plant closterovirus: roles for the capsid proteins and Hsp70 homolog. The EMBO Journal 20: 6997-7007. 11. James Tisdall, 2001. Beginning Perl for bioinformatics. 1 st edition, O’Reilly & Associates, Inc. 468 pages. 12. James Tisdall, 2001. Mastering Perl for bioinformatics. 1 st edition, O’Reilly & Associates, Inc. 369 pages. 58 13. Kreuze J. F., Savenkov E. I., and Valkonen J. P. T., 2002. Complete genome sequence and analyses of the subgenomic RNAs of sweet potato chlorotic stunt virus reveal several new features for the genus crinivirus. Journal of Virology 76: 9260-9270. 14. Levy Jay A., Heinz Fraenkel-Conrat, Owens Robert A., 1994. Virology. 3 rd edition, Prentice-Hall, Inc. 147-152 pages. 15. Livia Stavolone, Antonio Ragozzino and Thomas Hohn., 2003. Characterization of cestrum yellow leaf curling virus: a new member of the family Caulimoviridae. Journal of General Virology 84: 3459-3464. 16. Qi Huang and John Hartung S., 2001. Cloning and sequence analysis of an infectious clone of citrus yellow mosaic virus that can infect sweet orange via agrobacterium-mediated inoculation. Journal of General Virology 82: 2549-2558. 17. Sedyo Hartono, Tomohide Natsuaki, Yoshikatsu Genda and Seiichi Okuda., 2003. Nucleotide sequence and genome organization of Cucumber yellows virus, a member of the genus Crinivirus. Journal of General Virology 84: 1007–1012. 18. Wise D. J. and Carter G.R., 2005. Viral Replication and Genetics. A Concise Review of Veterinary Virology A3253.0205. TÀI LIỆU TỪ CÁC TRANG WEB: 19. http://history.perl.org 20. http://ppm.activestate.com/PMMpackages/zips/6xx-builds-only/ 21. http://stein.cshl.org/WWW/software/CGI/ 22. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/index.html 23. http://www.cat.cc.md.us/courses/bio141/labmanua/lab1/empneumo.html 24. http://au.expasy.org 25. http://www.anaesthetist.com/icu/infect/ab.html 26. http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalW/clustalw.html 27. http://www.ncbi.nih.gov/BLAST/blast_whatsnew.shtml#20040512 28. http://httpd.apache.org/ 29. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ICTVdb/ICTVdB/15000000.htm 30. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ICTVdb/ICTVdB/17000000.htm 31. http://arbl.cvmbs.colostate.edu/hbooks/genetics/biotech/enzymes/rt.html 32. http://au.expasy.org/ 33. http://www.stopbit.com/mysql-tutorial/manual-introduction.html#History 59 PHỤ LỤC MỘT SỐ HÌNH ẢNH TRANG WEB TRONG CSDL GENE hsp-70 VÀ RT-RNaseH. Trang tìm thông tin khi biết tên sinh vật Trang kết quả tìm kiếm thông tin bằng tên sinh vật 60 Trang Link Trang About . từ cơ sở dữ liệu NCBI.  Thông qua việc tìm hiểu về hai họ virus, trình tự gene tƣơng đồng, trình tự protein bảo tồn và kết hợp với ClustalW. Chúng tôi đã xác định đƣợc vị trí gene hsp-70 và. đƣợc toàn bộ các loài chứa hai gene này ở hai họ và khảo sát về hai hai giống còn lại trong họ Caulimoviriae trên NCBI.  Tiến hành khảo sát chính xác vị trí gene hsp-70 và RT-RNaseH trong. có thể truy xuất thông tin, so sánh một trình tự quan tâm với các trình tự trong cơ sở dữ liệu gene hsp-70 và RT-RNaseH, tìm kiếm trình tự, các đặc tính của loài, … 5.2. ĐỀ NGHỊ  Dùng từ khóa