     !"#  TIN SINH HỌC Chương II TÌM KIẾM DỮ LIỆU SINH HỌC   CHƯƠNG II. TÌM KIẾM DỮ LIỆU SINH HỌC 1. CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC VÀ CÁC NGÂN HÀNG DLSH 2. CÁC CÔNG CỤ TÌM KIẾM, PHÂN TÍCH CÁC CSDL 3. THỰC HÀNH TÌM KIẾM CÁC DLSH   $%&''()!'*)$+,-'./'0$  $&12345617135859:;<=>6 7?@?A8@<=>>B>9CDE<F@:;G6 <H<=65FB> I1JF @ :=G6<H K:>B>9LMCD  $9:NL%O1PQR5%6<4S2 IJ 9NT<G MB>UC345615GR 5$V'@W)V@VX<>SI3456E<FY L%O5%6<42EV7E<F>>V>K8 I. Cơ sở dữ liệu sinh học và các ngân hàng dữ liệu sinh học: ""!9Z696;&1234561   $%&''()!'*)$+,-'./'0$  $9:;3456?@<FBNR65<= 65F<=>Q>   CF[\]QF % I%19@< L\ 6J19T5 I<=65FB>?^>> B><FHL;6\L91JV_9N^9 K9>L;6\]= L%O<= >Z6>C 456; <=65F<?<=>><<F54 :12 `LICD I. Cơ sở dữ liệu sinh học và các ngân hàng dữ liệu sinh học: ""!9Z696;&1234561   $%&''()!'*)$+,-'./'0$ I. Cơ sở dữ liệu sinh học và các ngân hàng dữ liệu sinh học: ""!9Z696;&1234561  J?L\51J5%O@a@<=1PQRB> 965F@<S65F<CD? A?: ;?%bc<H d\>1ef F=g\ ^<LJ%O1hgECSJ2LC6g<>9 :NY5Z6>LRGL;`6=g$B>9 eg  J<FL\51J5%O<=1PQRB>>>< "CD<F$9:N[S>i LT ><YB><F@<T\ ^<RS@ :@&Z6>   $%&''()!'*)$+,-'./'0$ I. Cơ sở dữ liệu sinh học và các ngân hàng dữ liệu sinh học: ""!9Z696;&1234561  Genomic:Ge43456;:3<6N;B> I RS1hGL  Proteomic:Ge91ef B>F7<F8B> IR S :^&Z6>B> I1hL\< I> LM15TGLEM j>\]\L\5kO 1ef 3 B>Ge9 ?A<RS1hM bL] `67`5%Rhl<F8   $%&''()!'*)$+,-'./'0$ >N\9&123456C345615 B>R  $V'7>>5$F<Fm<VF5N'm< >8  W)V7W6<F>)5F65><V5N>S<><N8  VX7?>>V>KmX>>8  EV7E<F>>V>K8 1.2. Các cơ sở dữ liệu sinh học:   $%&''()!'*)$+,-'./'0$ 1.2.1. NCBI (>>5$F<Fm<VF5N'm< >)& 123456B>)n7oopppS5 o8<$V'\ 9 q  PubMed:`>a\ PB>&"#rrrrrrKRZ6e `6<5s1N7oo pppS5 o6S F3o8  Booksheft:= KR 4:&Se^9BL; `6   PubMed central:5hO4MTK>11J KROJWt<Ft@E6S)F3F<>5u<6Nh 3K:MR&"vrMTK>   $%&''()!'*)$+,-'./'0$   OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man8& "#rrrL q@w)')L%O36N<=S2R1s<? )!61KI17MX1K18@Le" JS3<6N;5qL%O63>F   OMIA 7w5F)F3F5>'F<>F? >518 5 I&12 3456B>9F@9F<J5M3<6N;9T<M B>95LIh  Journals: = KR 9&123456MTuKR J 1.2.1. NCBI (>>5$F<Fm<VF5N'm< >)   $%&''()!'*)$+,-'./'0$ 1.2.1. NCBI (>>5$F<Fm<VF5N'm< >) [...]... II TÌM KIẾM CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC 1.3.1 Cơ sở dữ liệu về nucleotit(nucleotide databases): http://www.ddbj.nig.ac.jp/ Chương II TÌM KIẾM CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC 1.3 Sử dụng trình tự DNA và protein: 1.3.2 Cơ sở dữ liệu protein: http://www.uniprot.org/ Chương II TÌM KIẾM CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC 1.3.2 Cơ sở dữ liệu protein: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein?db=protein Chương II TÌM KIẾM CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH. .. với GenBank (Mỹ) và cơ sở dữ liệu ADN của Nhật Bản (DDBJ) Chương II TÌM KIẾM CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC 1.2.1 EMBL (European Molecular Biology Laboratory ) Chương II TÌM KIẾM CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC 1.2.1 EMBL (European Molecular Biology Laboratory ) Chương II TÌM KIẾM CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC 1.2.3 DDBJ ( DNA Data Bank of Japan) Ngân hàng dữ liệu DNA của Nhật Bản là ngân hàng dữ liệu về các trình tự nucleotide... http://www.uwcm.ac.uk/uwcm/mg/hgmd0.html Chương II TÌM KIẾM CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC 1.3 Sử dụng trình tự DNA và protein: 1.3.4 Cơ sở dữ liệu toàn bộ gen (genome): http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/ Chương II TÌM KIẾM CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC 1.3 Sử dụng trình tự DNA và protein: 1.3.4 Cơ sở dữ liệu toàn bộ gen (genome): http://cmr.jcvi.org/tigr-scripts/CMR/CmrHomePage.cgi Chương II TÌM KIẾM CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC 1.3 Sử dụng trình... Nhật Bản được gửi thông qua DDBJ Chương II TÌM KIẾM CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC 1.2.3 DDBJ ( DNA Data Bank of Japan) Chương II TÌM KIẾM CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC 1.2.3 DDBJ ( DNA Data Bank of Japan) Chương II TÌM KIẾM CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC 1.2.4 PDB ( Protein Data Bank) PDB là kho lưu trữ duy nhất trên toàn thế giới, thông tin về các cấu trúc 3D của các phân tử sinh học lớn, bao gồm cả protein và axit nucleic... Chương II TÌM KIẾM CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC 1.3.3 Cơ sở dữ liệu cấu trúc 3D Domain: http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do Chương II TÌM KIẾM CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC 1.3 Sử dụng trình tự DNA và protein: 1.3.4 Cơ sở dữ liệu toàn bộ gen (genome): Trong giữa thập niên 1970, các phương pháp để cô lập các trình tự DNA đã được thành lập và ý tưởng lập bản đồ toàn bộ bộ gien đã nảy sinh Một số loài sinh học (virus,... sở dữ liệu toàn bộ gen (genome): http://cmr.jcvi.org/tigr-scripts/CMR/CmrHomePage.cgi Chương II TÌM KIẾM CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC 1.3 Sử dụng trình tự DNA và protein: 1.3.5 Cơ sở dữ liệu hệ thống học: Chứa tên các sinh vật có trong cơ sở dữ liệu di truyền với ít nhất một trình tự nucleotit hoặc trình tự axit amin Cung cấp một hệ thống phân loại và đơn vị phân loại Chương II TÌM KIẾM CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH. ..Chương II TÌM KIẾM CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC 1.2.1 NCBI (National Centre for Biotechnology Information ): Chương II TÌM KIẾM CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC 1.2.1 NCBI (National Centre for Biotechnology Information ): Chương II TÌM KIẾM CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC 1.2.2 EMBL (European Molecular Biology Laboratory ) EMBL cấu thành tài nguyên trình... là cơ sở dữ liệu trình tự di truyền của NIH Chẳng hạn chúng ta có thể xem bản ghi cho 1 gen của Saccharomyces cerevisiea thì GenBank đã cung cấp đầy đủ Cứ sau 2 tháng, 1 phiên bản update được đưa ra Chương II TÌM KIẾM CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC 1.3.1 Cơ sở dữ liệu về nucleotit(nucleotide databases): http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/ Chương II TÌM KIẾM CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC 1.3.1 Cơ sở dữ liệu về nucleotit(nucleotide... SINH HỌC 1.3.3 Cơ sở dữ liệu cấu trúc 3D Domain: MMDB (molecular modeling database) : Cơ sở dữ liệu mô hình cấu trúc phân tử 3D, bao gồm các protein và các polynucleotide MMDB chứa hơn 28.000 cấu trúc và được liên kết với phần còn lại của cơ sở dữ liệu của NCBI, bao gồm các trình tự ,trích dẫn, phân loại học và các trình tự, cấu trúc lân cận Chương II TÌM KIẾM CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC 1.3.3 Cơ sở dữ liệu. .. duy nhất ở châu Á Cơ sở dữ liêêu này trao đổi các dữ liệu thu thập được với cơ sở dữ liệu EMBL và GenBank Các cơ sở dữ liệu này hầu như thống nhất được gọi là “ISND, cơ sở dữ liệu trình tự nucleotide quốc tế" DDBJ thu thập dữ liệu chuỗi chủ yếu là từ các nhà nghiên cứu Nhật Bản, nhưng tất nhiên vẫn chấp nhận dữ liệu từ các nhà nghiên cứu trong bất kỳ các quốc gia khác 99% dữ liệu INSD từ các nhà nghiên .     !"#  TIN SINH HỌC Chương II TÌM KIẾM DỮ LIỆU SINH HỌC   CHƯƠNG II. TÌM KIẾM DỮ LIỆU SINH HỌC 1. CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC VÀ CÁC NGÂN HÀNG DLSH 2. CÁC CÔNG. MB>UC345615GR 5$V'@W)V@VX<>SI3456E<FY L%O5%6<42EV7E<F>>V>K8 I. Cơ sở dữ liệu sinh học và các ngân hàng dữ liệu sinh học: ""!9Z696;&1234561   $%&''()!'*)$+,-'./'0$  $9:;3456?@<FBNR65<= 65F<=>Q>. 456; <=65F<?<=>><<F54 :12 `LICD I. Cơ sở dữ liệu sinh học và các ngân hàng dữ liệu sinh học: ""!9Z696;&1234561   $%&''()!'*)$+,-'./'0$ I.