Đang tải... (xem toàn văn)
Dịch AIDS ảnh hưởng đến triệu người trên toàn thế giới và đã làm hơn 22 triệu người chết. AIDS gây ra bởi HIV retrovirus tấn công hệ thống miễn dịch của con người làm cho nạn nhân dễ bị nhiễm nhiều bệnh khác nhau. Do mức độ nghiêm trọng của virus HIV, nhiều nghiên cứu đã được dành để phát triển liệu pháp kháng virus. Trong những năm gần đây, các chất ức chế protease và chất ức chế men sao chép ngược Nucleoside được nghiên cứu và phát triển. Trong đó các chất ức chế protease đóng vai trò quan trọng. Mặc dù các chất ức chế không chữa được bệnh nhưng có thể nâng cao chất lượng và kéo dài tuổi thọ của những người bị nhiễm AIDS. Đã có hơn 2000 chất ức chế protease được tạo ra nhưng chỉ có khoảng 9 chất được cấp phép sử dụng. Mục đích của luận văn này đó là nghiên cứu hiệu quả của thuốc kháng HIV trên cơ sở tương tác của chín chất ức chế với HIV 1 protease nguyên bản. Các chất ức chế protease gồm: Saquinavir, Indinavir, Ritonavir, Amprenavir, Nelfinavir, Lopinavir, Atazanavir, Tipranavir và Darunavir. Chúng tôi sử dụng nguồn dữ liệu từ protein data bank. Đây là kho lưu trữ rất phong phú về cấu trúc 3D của các phân tử lớn như protein hay enzyme. Chúng tôi lấy file cấu trúc 3D của các chất ức chế tương tác với HIV 1 protein. Sau đó, chúng tôi sử dụng phần mềm Accelrys Discovery Studio để những amino axit trong protease hình thành liên kết hidro với chất ức chế. Sau đó chúng tôi sẽ xây dựng hệ phân tử gồm amino axit có liên kết hidro và chất ức chế. Chúng tôi sẽ tính toán năng lượng liên kết hidro giữa amino axit trong protease và chất ức chế bằng Gaussian09W. Từ những giá trị tính toán được, chúng tôi thu được kết quả như sau: Sự tương tác liên phân tử giữa chất ức chế và HIV 1 protease hình thành do liên kết hidro giữa chất ức chế và các phần amino axit trong protease quyết định hiệu quả sử dụng chất ức chế trong điều trị HIV. Những phần amino axit quyết định khả năng tương tác giữa chất ức chế và HIV 1 protease là những amino axit ở trung tâm hoạt động như asp25A, asp25B. Bên cạnh đó, các phần amino axit Asp29 và asp30 cũng đóng vai trò quan trọng. Nhóm chức quan trọng nhất của chất ức chế để tăng khả năng tương tác giữa chúng và HIV 1 protease đó là nhóm hidroxyl (OH). Sau đó phải kể đến các nhóm chức CO, NH. Tipranavir là trường hợp đặc biệt trong các chất ức chế đã nghiên cứu. Tipranavir hình thành những liên kết yếu với phân tử protease, khả năng tương tác kém chặt chẽ nhưng Tipranavir có hiệu quả cao trong quá trình sử dụng để điều trị HIV, đặc biệt với chủng HIV 1 protease đột biến. Điều này mở ra hướng nghiên cứu mới về các chất ức chế tương tác kém với phân tử protease nhưng lại tạo hiệu cao trong sử dụng. Darunavir là một chất ức chế mới nhất và có hiệu quả cao nhất trong các chất ức chế. Darunavir hình thành nhiều liên kết hidro có cường độ mạnh với phân tử HIV1 protease và hiệu quả sử dụng Darunavir trong quá trình chữa HIV rất cao. Điều này phù hợp với những nhận định chúng tôi đưa ra trước đó về mối quan hệ giữa hiệu quả sử dụng chất ức chế và khả năng tương tác chất ức chế với phân tử protease.
MỤC LỤC !" #$%& '()* +,) %./0//12345678 %./0//1238 +9)#/:;<6& /%467= >2?/123&@&" #"A"B34@#":@$&;%-:CC #D%/:%#E57 F 8,) #&B& <G#4G7H =123&@&" #I00/;JK F9)#/:;<6& /%<5% :"K C*CG#<:/LM 8123N%"OI0"*">2?"P:QRLMF =C*C"S) ?"&@&" #4&@&" #%"; )") &7L=MT =C*CB*U"%V/T =+W"X#*@YZ:B%%%#+K F>2?#B%:@C[ZL=M+K F) #B%:@C[Z+K F+V0/";\+ +]^_]+F +%`%%V)")Ia_]+F ++ #&:;&"P:_]<4b%c@0_]<C #&:;&7+d ++S) ?""P:_]<C #&:;&+d +++W"e"P:_]<C #&:;&K +*""SW"".C #&:;&f*I% ); +:()%:I% ++g%#:I% + +_$%:I% 8 +8&h%:I% 8 +=/C &:I% = +F#C%:I% F +H:i::I% H +d%C ::I% d +T5: ):I% T Luận văn thạc sĩ khoa học +j5k_l]mnopqr8 +j5k_l8 ++^Qgs5_q]Qgs5_q+=8+ +^_KTt]m]_Qt=K8 +8rpu_vGw_5gq8F Gwx]mxqy8H Gxqrlz_]_g{8H +Gxqrlzg_q]_g{=K Gxqrlz_5_]_g= 8GxqrlzQ6_]_g== =GxqrlzgQ]_g=d FGxqrlzq_]_gFK HGxqrlz|]_gF dGxqrlz_g]_gFF TGxqrlz5g]_gFT Kr]^}r_k~•w]m_]< gqQQH+ GwyH8 m__lGxqHF PHỤ LỤC Nguyễn Thu Hằng Cao học K20 Hóa học + Luận văn thạc sĩ khoa học MỞ ĐẦU J:b"@YZf€"•%?C"#I%V"%‚%X"Ia"S) ?"C[Zƒ@%„ f.J:b"I0"*"()-@)1J:b"ƒ@0/ …%a)"".C‚WJ:b"/0"† $U2#*"%a)`$%‡B%."P:C‚Wƒ2ˆ‰%"#CŠCD[-$UI0%. f."*""S) ?"C[Z"J"*"X"S(): bIa/3/‹0#2J #Œ e/>2[-ƒ;UC* %•:"J"P:%b"I0fŽ)1X#*@0/"# J:b"@YZ2Y"W$A #U".ƒ \0/3 #"*"")-„ 0C* %•:I0C'B%.‹"B%VƒJ:b"@YZ0-"0"J, •:(): b2•%I`%;UC* %•")-„0J:;%0J:;% %„"W)IaŒ2N%C[ZfJ/€‚"*"C #&%ƒ:D%)"@&%"ƒ&i-/&‘ ’“"*"X#*@,) ƒ"J•%.f.I0%„"W)IaŒ2N%C[Z „/*-XI0$U2#*X"Sƒ#NXI0*"23"P:"?5`%;UO Y "P:/*-XI0C>/a/J:b"ƒJ:;%b"ƒ2‹"B%V@0J:$Y"0-"0 C* %•I0%a)@#N%)•"/`%2”2Y"".N#ƒ;Z$A%V)()‚ „.%`% 2”"J%a)@#N%B%V$Y"2Y"2%a)".2•"Œ:"*"BV%•/•#ƒ #2J"J BV_5 5–"_5‚\2. %V)‰% „#0.%`%I02”@0/++ %V)‰%"._5[- :B\%_] & #I% );S"€V•/%‡$–""P: "#‰%@0/"#N[$‡B–%‡/%a)BVf*":)5#/W"23%„/ b"P:I% );_]ƒ%a)%„"W)2”2Y"$02•C* %•@%V)C*Cf* I% ); #Œe/>2[-ƒ"*""SW"".C #&:;&I0"SW""./&;:# "ŠCY")"@&#;%$&2Y"%„"W)I0C* %• #2J"*""SW"". C #&:;&2JI:% †(): b‹"$—"*""SW"".f€"Œ:2Y"BV "J•[":#"S@YI0fŠ#$0%)'%b"P:Œ‰%B–%‡/ _5”"J+KKK"SW"".C #&:;&2Y"N# :"•"Jf#‚T"S 2Y""SCCŠC;Z$A]%V"N# :"SW"".C #&:;&2”2&/@N%%a/-Ib "#Œ‰%B–BV_5/3@:%•2˜C „.%`%2”"J%a) %„"W)Ia"SW"".C #&:;&ƒ #2J‰c"2.%V)()‚I0f‚e *""P:"SW"".C #&:;&I`%C #&:;&_]•2*%*%V)()‚"P:"S Nguyễn Thu Hằng Cao học K20 Hóa học Luận văn thạc sĩ khoa học W"".ƒ‰%:$U:I0#%a) )• #2J"J )• S(): b2J@0@%„ f.%$ #%Œ:"*":/%#:D%"P:_]C #&:;&I0"SW"".C #&:;&XI! I1-ƒ"?€%@U:"b2a0%{™%„"W)%V)()‚"P:)•"f*_] „" ;\*""P:/3;•"SW"".C #&:;&I`%_]C #&:;&B“@,) š[- @0/3 #Œ`2%/`%\ )[/W$A%b" #J:b" 4{&& h# #/C):%#:@&/%; -7N%G#:J:b"ƒ ‰N%b" G#:b"U%„EN%b")•"%:03%[-@0`%„"W)"J %• Ib )1IeB:#ˆ/"*"C>;:){ < \2>) < {'(): < +)ˆ$Œ@%V)I0"€"AX#* < {G.()‚I0‚#@)1 < G.@)1I00%@%V):/f‚# 3%$)%„"W){ < •%)J:VC[Zˆ/"SW"".C #&:;&I0"*":/%#:D% # _]<C #&:;& < XJ"@%„f.ƒ23$0%@%„f.ƒe@Y@%„f.%$ #%Œ:"*""S W"".C #&:;&I0"*":/%#:D% #_]<C #&:;& < 5U:I0#"*"€;•Ia@%„f.%$ #ƒ2: :Œ1DŠI0f.@)1 Ia/•%@%„V%Œ:f‚e*""P:)•"f*_]I0@%„f. %$ # < : :`2%%.C&# #I%V"%„"W)Ia)•"f*_] ?€%-Ib@)1Ie0-;›@00%@%V)Œ)X""#I%V"%„"W)Ia)•" f*_]ƒI!%V:-)•""Œ:_]I9@0/3IS2a/0%`%-b" # `"I0 „.%`% S():[/ Nguyễn Thu Hằng Cao học K20 Hóa học + Luận văn thạc sĩ khoa học CHƯƠNG 1 TỔNG QUAN 1.1. CƠ SỞ HÓA LƯỢNG TỬ 1.1.1.Phương trình Schrodinger tổng quát [4, 6, 7] rC$A"b"@YZI0#J:b"2”"• …/•%@%„V%Œ: N*% "P:VI1@,I%/€2Y"D*"2–B\%C !" #$%& \ N*%$œ "J$N'()*;:){ • ψ ψH E= 47 #2J#*Z:/%@# • H I00/;JψCA)3"I0#b:23"P:"*"N [g _ I0b:23"P:"*"&@&" # % !" #$%& @0C !"B‚"P:"b"@YZI0"J X"S/3%„2a b% € % "P: V N I% /€ ) 2Y" œ I%V" %‚% C ! " #$%& ƒ:!/ :2Y"%* –"P:0/;JψI0e@YWQ :/%@#2>-2P"#/3VC[Z@0{ 7g4]7 4]7 ƒg4]7g47 4 )"@)"@&@&")"@ ++++= − elecelec 4+7 ŠC>2?’# EqCC&&%/& 2Y";Z$A2•2%‚J:I%V"%‚% C !" ž$%& ]!f•%@Y"P:N[@`00@>f•% @Y&@&" #$#2JN[")-•23 S"1/;#I`%&@&" #J•J% “ƒWI`%/3;cCD.CD*"2–"P:"*"N[N%/3‰%2%•/BSfŸƒV @)€"J•2N`%e@Y"U"%•)B“"*";cCD.C@N%"*"&@&" #"P:J]! I1-ƒV"J•2Y"*"0:%C>{C>")-•23"P:N[I0C> ")-•23"P:"*"&@&" #5#2Jƒ/3"*"W"J•*"#*Z :/%@##0C>470:%C>ƒ/3"#")-•23"P:N[I0/3 "#")-•23"P:&@&" #ƒW"@0"#CŠC:%C>"P:B0%#*2Y"%‚%/3 Nguyễn Thu Hằng Cao học K20 Hóa học Luận văn thạc sĩ khoa học "*"23"@1C5#2JƒD[-$U/3#*Z:/%@#&@&" #/0JB ():;•N 23e"P:"*"N[{ ∑∑∑∑ ∑∑ <<= = = ++−∇= _ _¡ _¡ ¡_; ¢% %¢ % ; % %; ; + % &@&" g || | + 47 ŠC>2?’# <qCC&&%/& D&/"*"&@&" #")-•23 # ‰N[•423eN[B“f€7ƒ@?"2J;•N*" •2%V%Œ:"*"N[)-„Z] )"@ @0“;•ƒ„"J•*";•N0- f %#*Z:/%@#"P:&@&" #?"0-#*Z:/%@# \0{ ∑∑ ∑∑ <= = = +−∇= ¢% %¢ % ; % %; ; + % &@&" | + 487 #2Jƒ@0;•N[ƒ;•&@&" # #Vƒ| ; @02%VX"N[ƒ %; @0f#‚"*"œ&@&" #%2.N[;ƒ %¢ @0f#‚"*"%Œ::%&@&" #% I0¢ !" ž$%& \0{ Ψ &@ £QΨ &@ 4=7 2[-Ψ &@ @00/;J&@&" #A"2X""P )"P:J:b"X#*@0 %‚%C !4=7ƒ„\2[-"J•;Z$Af,%V)Ψ :-Ψ &@ #C !0- 1.1.2. Lý thuyết Phiếm hàm mật độ (DFT) [8] ,) C%./0//123"#CŠC:-.0/;J<&@&" #Ψ4D ƒD + ƒ D 7CW"NCI0C !" #$%& B“/3/123&@&" #ρ4 7I0; 2ˆX#*f•/%‚%a),) C%./0//1234567 S 2%‚Ia%‚) I1@,ƒ"#2‰#*b"$92.%‚) 0-f* CW"NC:)2[-"?€%;› !B0-";\@,) IaC%./0//123 1.1.1.1. Phiếm hàm mật độ) Nguyễn Thu Hằng Cao học K20 Hóa học 8 Luận văn thạc sĩ khoa học 0/;•B%•)$%‡/3()-@)12•2%œB%.;•D2./3%* –h4D7%./ 0/B%•)$%‡/3()-@)12•2%œ/30/h2./3%* –6LhMƒ #2Jh4D7@0 /30/%* –fŸIb ψψ H • "P:#*@YZ@0/3C%./0/{"#B%.ψ "?:;›"J/3%* –B“;•"P:fŸIb0-]!.ƒUI`% ψψ CC*CB%.C[€$A ##*@YZ [ ] K= ψδ E @0;Uf‚#;*"U" %•)#‹""U" –"P:/3C%./0/ ]%C[4$%hh& &%:@7"P:/3C%./0/@0C>CA)3") XI0# δh"P:B%.C[4$%hh& &"&76Lh¤δhME6LhMO%δh4D72a)"J•2JJCI0#B%. C[0-I0.I`%δh S :"J•I%. $D7D4h 7D4h 6 6 δ δ δ δ ∫ = 4F7 #2J2N%@Y 74xf F δ δ @02N#C%./0/"P:6&#h\D 1.1.1.2. Mẫu Thomas-Fermi (TF) œe/TF8ƒ@,) /`%"•2Y"C*B%•)$`%$N/#$&@$U: „ "€ !"P:#/:;I06& /%I0#Œe/T+H<T+d%a)*"%‚2”@0/ 2Y"2J@0;Z$ACC*C•f„2•/€‚;UC[B•"P:&@&" # # )-„Z#/:;2”C*B%•)%‚%. “{™Các electron được phân bố đồng nhất trong không gian pha 6 chiều mô tả chuyển động của các electron với tỷ lệ 2 cho mỗi thể tích h 3 và có một trường thế hiệu dụng mà chính nó được xác định bởi điện tích hạt nhân và sự phân bố electron này”*B%•)0-%?C:"J•$9 : "€W"C%./0/23e#/:;<6& /%467'%%.I–:) [ ] ∫ = rr dCT FTF 74 ¥= ρρ dH++74 K ¥++ == π F C 4H7 #2J@%/∆]→KI`%ρ£∆¥∆]£ρ4 7Œ)N Nguyễn Thu Hằng Cao học K20 Hóa học = Luận văn thạc sĩ khoa học 1.1.1.3. Gần đúng mật độ electron cục bộ (local density approximation – LDA) 3 #Œ,\(): bS"P:@,) C%./0//123 %V2N%@0>2?/123"A"B3 #CŠC>2?0-ƒX"S&@&" # 2Y"D*"2–@0C%./0/"P:/123&@&" #B“"*"*C$A/•%@%„V "A"B34@#":@ &@:%#7>2?"#/3V&@&" #2ˆ•4#/#&&#);7 œ4H7"J$N>2?"P:23e&@&" #&#/123ρ4 7 # f%2J"€W"e@Y2Y"$9 :/3"*""‹"›"J$N{ +++ + ¦ ¦ + 7ƒ4 74747ƒ4 + rrrrrrrrrr rr dd r dvdE r ρρρ ∫ ∫∫∫ ++ ∇−= = 4d7 #2Je@Y"J;•N{23e&@&" #ƒ.e[< &@&" #I0.e&@&" #<&@&" #4d7"W:/30//123ρ4 7#N23I0 :%0/ρ 4 §ƒ 7I0ρ + 4 ƒ + 7F#N23.)%.CA"B ():$N :#2'%I0 (): #4d7."•X2."*"e@Y•2%V"'2%•?[< &@&" #I02¨-&@&" #E&@&" #:"J•)2Y""€W"e@Y&#/1 23&@&" # [ ] + + + ¥= 7474 + 74 7474 rr rr rr r r rrr ddd r ZdCE FTF ∫∫∫∫ − +−= ρρ ρ ρρ 4T7 [-@0C%./0/e@Y"P:@,) #/:;<6& /%Ia"*")-„ Z]`%"*"C[Zƒ;•NW:%2Y"B%.2'%"#C—YC.)"?:%‚ %. “ N*%K"P:/3)-„Z2:2Y"D&/DŠ!/123&@&" #;› C‚%WI`%"U"%•)C%./0/e@Y [ ] 74r ρ TF E I`%2%a)f%V"©BW" [ ] ∫ == rrr $7474 ρρ 4K7 #2J@0';•&@&" # #)-„Z:"J•2:2%a)f%V"©BW" 0-I0#B“CC*C[Z4/)@%C@%& 7: :&123&@&" #\ N *%KC‚%)[&#)-„@,B%.C[ [ ] ∫ =−− K7ª744« NdE TFTF rr ρµρδ 47 Nguyễn Thu Hằng Cao học K20 Hóa học F Luận văn thạc sĩ khoa học $9`%C !Q)@& <: :& [ ] 7474 = 74 ¥+ rr r φρ δρ ρδ µ −== F TF TF C E 4+7 #2J TF µ @0[Z: :&ƒφ4 7@0.•2%V\2%•/ )3"Ia[I0 C[B•&@&" ##0C> 2 r rr r d r Z ∫ − −= + + 74 74 ρ φ r 47 !47"J•%‚%2Y"I`%2%a)f%V"©BW"4K7I0* /123&@&" #12Y"I0#C !4T7;›"#'e[-@0@, ) #/:;<6& /%Ia)-„Zƒ/3/€! S2%‚ 1.1.1.4. Lý thuyết Hohenberg-Kohn (HK) #/3‰%%:$0%ƒ/9)6f€2Y"%a);U"?,$#23"XD*" f%/€‚)-„Zf€2Y""*"/9)f*"I0I!.ƒ‰2Y"D&/ @0/3/9) S2%‚f€"J>/(): b2•%I`%I%V"$UB*#2–@Y X"S)-„ZƒC[ZI0I1@,"S c)-I1-ƒ!!2”:-2'%f% #&B& I0G#4TF872aD)S/3@,) ";\"• : “I`% N*%K /9)6"J•2Y"D&//3%.C"1`%/3@,) "XD*"{@,) C%./0//123 %‚;Z “I`%/3V&@&" #2Y"/€‚B\%:/%@# ∑∑∑ <== ++∇−= N ji ij N i ii N i r vH 747 + 4 • + r 487 #2J ∑ −= α α α i i r Z v 74r @0.™#0%š4&D& :@7*"$A@„&@&" #%œN[ "J2%VX"| α % @0b:23f€%:'YCI`%b:23;C%; % 0b:23 i χ "P: &@&" #‚e@Y N*%KI00/;J N*%K2a)2Y"D*"2– B“"*""U"%•)#*C%./0/e@YQLψM Nguyễn Thu Hằng Cao học K20 Hóa học H Luận văn thạc sĩ khoa học [ ] ΨΨ ΨΨ =Ψ H E • 4=7 #2J xdHH ΨΨ=ΨΨ ∫ •• ¬ I0 [ ] K EE ≥Ψ 4F7 •%I`%/3V<&@&" #.#0%I4 7D*"2–#0#0:/%@#ƒ .I0I4 7D*"2–S"‚"*"X"S"P: N*%K,) #&B& < G#WSYCW"#*I%V";Z$A/123&@&" #@0B%.";\ ;:){ .#0%I4 72Y"D*"2–B\%/123&@&" #ρ4 7I`%/3“;•"3 f€2*f•4 %I%:@7 ’\%I!ρ4 7D*"2–;•&@&" #„"J•;)- : “ρ4 7"-D*"2– 0/;J N*%KψI0S"‚"*"X"Sf*""P:V), “I4 7f€ "•%`%N #@U"*"#)@#/B]%V""W/%@,) 0- S2 %‚ I1-ƒρD*"2–ƒIƒI0I!.D*"2–S"‚"*"X"S\ N*% K"®N23eLρMƒ.e]LρMI0'eQLρM:-"#47 :"J{ [ ] [ ] [ ] [ ] [ ] ρρρρρρ HKeenev FdvVVTE +=++= ∫ rrr 7474 4H7 #2J [ ] [ ] [ ] ρρρ eeHK VTF += 4d7 [ ] [ ] termalnonclassicJV ee ¯+= ρρ 4T7 [ ] ++ + 7474 + rrrr dd r J ρρρ ∫∫ = 4+K7 Nguyễn Thu Hằng Cao học K20 Hóa học d [...]... thể X –ray của HIV -1 protease kết hợp với mô hình peptit Cấu trúc tinh thể của HIV -1 protease kết hợp với mô hình peptit không dễ bị thủy phân đã gợi ý cho việc thiết kế các chất ức chế protease sau này Việc phân tích cấu trúc tinh thể của protease với mô hình hexapeptit đã chỉ ra rằng sự tương tác của chất ức chế với protease bao gồm 2 yếu tố quan trọng: liên kết hidro và tương tác... virus, HIV- 1 protease gây độc và cắt nhiều protein của vật chủ như actin, Bcl2 và procaspase 8 Các nghiên cứu cũng khẳng định, sử dụng các chất ức chế protease có thể ngăn chặn hiện tượng tự diệt do protease HIV- 1 gây nên Nguyễn Thu Hằng 30 Cao học K20 Hóa học Luận văn thạc sĩ khoa học 1.2.3 Các chất ức chế protease kháng virus Chất ức chế HIV- 1 protease được thiết kế thành công dựa trên cấu... 1.2.2 Protease của HIV- 1 (gọi tắt là HIV- 1 protease) [5] HIV- 1 protease là một enzyme không thể thiếu trong chu trình sống của virus Protease cần thiết để phân cắt các tiền chất polyprotein virus gag và gag-pol thành những protein cấu trúc và chức năng trong quá trình trưởng thành của virus Các nghiên cứu cho thấy, khi ức chế hoạt tính của protease hoặc gây đột biến trên gen mã hóa cho protease, ... là một chất ức chế protease với các hoạt động chống lại HIV- 1 protease HIV- 1 protease là một loại enzyme cần thiết cho sự phân cắt proteolytic của các tiền chất polyprotein của virus vào các protein chức năng cá nhân tìm thấy trong lây nhiễm HIV- 1 Saquinavir liên kết với trung tâm hoạt động của protease và ức chế sự hoạt động của enzyme Ức chế này ngăn cản sự phân cắt của polyproteins... của ritonavir là ức chế enzyme chính và làm các chất ức chế khác chuyển hóa tốt hơn Vì tác dụng của ritonavir như vậy nên ritonavir được dùng với liều thấp và nâng cao hiệu quả lâm sàng đối với các thuốc ức chế protease HIV khác Ban đầu ritonavir được nghiên cứu để làm chất ức chế protease HIV Đây là một trong những chất ức chế phức tạp nhất Ritonavir hiếm khi được sử dụng riêng... nguyên tử chính của peptit chất ức chế liên kết hidro với phần 25 -29 trong một chuỗi và đoạn polipeptit gồm phần 48-50 trong chuỗi còn lại, chuỗi bên của chất ức chế nằm trong phần đối xứng của protease Cấu trúc cơ bản của chất ức chế thường tạo liên kết hidro với asp29 và asp30 Dựa vào cấu trúc và kiến thức về tương tác giữa peptit và protease có thể thiết kế chất ức chế kháng virus... chủ Với vai trò đặc biệt quan trọng như trên, HIV- 1 protease là một trong các đích nghiên cứu nhằm tìm ra loại thuốc ngăn chặn sự nhân lên của HIV 1.2.2.1 Cấu trúc của HIV -1 protease Nguyễn Thu Hằng 28 Cao học K20 Hóa học Luận văn thạc sĩ khoa học Navia và tập thể tại phòng thí nghiệm Mecrk là nhóm đầu tiên tạo được cấu trúc tinh thể của HIV- 1 protease vào năm 1989, kể từ đó cấu trúc của protease. .. trò của chất ức chế protease là chịu trách nhiệm phân cắt chuỗi polypeptid gag và gag-pol của virus thành những chuỗi nhỏ hơn có chức nǎng cho phép virus HIV hoàn thiện Quá trình phân cắt và hoàn thiện diễn ra trong giai đoạn cuối cùng của vòng đời HIV Chất ức chế enzyme protease giải phóng ra các mảnh virus bị nhiễu loạn về cấu trúc và không gây nhiễm Chất ức chế protease có tác dụng trên. .. là hệ hàm cơ sở này là hệ hàm cơ sở hóa trị tách đôi Hệ hàm cơ sở tách ba, tách bốn cũng được thực hiện giống như thế, ký hiệu là x-yxwG, xyzwvG, ví dụ hệ hàm cơ sở 6-311G là hệ hàm cơ sở hóa trị tách ba Chú ý là các obitan có dấu phẩy và các obitan không có dấu có kích thước khác nhau Hệ hàm cơ sở phân cực: 6-31G(d), 6-31G(d,p), Các hệ hàm cơ sở tách hóa trị như trên cho phép... dµp là hằng số trong hệ hàm cơ sở cho trước Tập hợp các hàm (1.78) được gọi là hệ hàm cơ sở Theo phương trình (1.76), obitan phân tử là sự kết hợp tuyến tính các hàm cơ sở (1.78): φ i = ∑ c µi χ µ =∑ c µi ∑ d µp g p µ =1 µ =1 p (1.79) Các hệ hàm cơ sở được phân loại theo số lượng và loại hàm cơ sở chứa trong chúng Dưới đây là một số loại hệ hàm cơ sở cơ bản hay được . bố đồng nhất trong không gian pha 6 chiều mô tả chuyển động của các electron với tỷ lệ 2 cho mỗi thể tích h 3 và có một trường thế hiệu dụng mà chính nó được xác định bởi điện tích hạt nhân và. !4=7ƒ„2[-"J•;Z$Af,%V)Ψ :-Ψ &@ #C !0- 1.1.2. Lý thuyết Phiếm hàm mật độ (DFT) [8] ,) C%./0//123"#CŠC:-.0/;J<&@&". S():[/ Nguyễn Thu Hằng Cao học K20 Hóa học + Luận văn thạc sĩ khoa học CHƯƠNG 1 TỔNG QUAN 1.1. CƠ SỞ HÓA LƯỢNG TỬ 1.1.1.Phương trình Schrodinger tổng quát [4, 6, 7] rC$A"b"@YZI0#J:b"2”"•