Đang tải... (xem toàn văn)
Nghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt NamNghiên cứu giông hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne Incognita bằng chỉ thi phân tử ở VIệt Nam
ĐẠI HỌC HUẾ VIỆN CÔNG NGHỆ SINH HỌC ***** SONEXAY RASPHONE NGHIÊN CỨU GIỐNG HỒ TIÊU (Piper spp.) KHÁNG Meloidogyne incognita BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ Ở VIỆT NAM Chuyên ngành: Sinh học Mã số: 9420101 LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC HUẾ, 2024 ĐẠI HỌC HUẾ VIỆN CÔNG NGHỆ SINH HỌC ***** SONEXAY RASPHONE NGHIÊN CỨU GIỐNG HỒ TIÊU (Piper spp.) KHÁNG Meloidogyne incognita BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ Ở VIỆT NAM Chuyên ngành: Sinh học Mã số: 9420101 LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Người hướng dẫn khoa học: PSG.TS Trương Thị Hồng Hải TS Nguyễn Quang Cơ HUẾ, 2024 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan, kết số liệu trình bày đề tài Luận án Tiến sĩ “Nghiên cứu giống hồ tiêu (Piper spp.) kháng Meloidogyne incognita thị phân tử Việt Nam” trung thực chưa cơng bố cơng trình trước Các báo khoa học công bố với đồng ý đồng tác giả Tơi hồn toàn chịu trách nhiệm kết nghiên cứu Tất giúp đỡ cho việc thực luận án cảm ơn thơng tin trích dẫn luận án ghi rõ nguồn gốc Huế, tháng 01 năm 2024 Tác giả SONEXAY RASPHONE i LỜI CẢM ƠN Trong trình thực luận án này, em nhận nhiều giúp đỡ quý báu tạo điều kiện nhiều tập thể cá nhân: Trước hết em xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến PGS.TS Trương Thị Hồng Hải, TS Nguyễn Quang Cơ TS Nguyễn Văn Phi Hùng trực tiếp hướng dẫn chu đáo, tận tình hiệu suốt trình thực luận án Em xin tỏ lòng biết ơn thầy cô Xin gửi lời cảm ơn chân thành sâu sắc tới: Lãnh Sứ Quán CHDCND Lào Đà Nẵng, Việt Nam; Phòng Hợp tác quốc tế đào tạo, Đại học Huế; Phòng Đào tạo Hợp tác quốc tế, Bộ môn Sinh học, Trung tâm Nghiên cứu Ứng dụng kỹ thuật Y sinh tiến tiến, Viện Công nghệ Sinh học, Đại học Huế Đặc biệt, em xin gửi lời cảm ơn đến hỗ trợ học phí từ dự án SSHEP (Lào) hỗ trợ kinh phí thực luận án từ Đề tài Khoa học Công nghệ cấp Quốc gia (Việt Nam) (Mã số: ĐTĐL.CN - 08/20) Cuối em xin cảm ơn người thân gia đình bạn bè ln nguồn động viên to lớn, quan tâm hỗ trợ nhiều mặt Chân thành cảm ơn! Huế, tháng 01 năm 2024 Nghiên cứu sinh SONEXAY RASPHONE ii KÝ HIỆU VIẾT TẮT STT 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 Ký hiệu A AD ADDN Nội dung Adenine Ấn Độ Giống hồ tiêu Ấn Độ trồng Đồng Nai Amplified fragment Length Polymorphism (Đa hình chiều dài đoạn AFLP khuếch đại) Anchored Microsatellite Primed PCR (PCR với mồi vi vệ tinh cố AMP - PCR định) ANOVA Analysis of Variance (Phân tích đa hình) ARP Adventitious Root Production (Sự sản sinh rễ bất định) Allele Specific Associated Primers (Các mồi liên kết đặc hiệu với ASAP alen) DLS Direct Label and Stain (Nhãn trực tiếp vết bẩn) Basic Local Alignment Search Tool (Cơng cụ Tìm kiếm Đối chiếu BLAST Nội Cơ bản) bp Base Pair (Cặp nucleotide) BRBD Braxin trồng Bình Dương BSA Bulked Segregant Analysis (Phân tích tách biệt hàng loạt) BT Branching Type (Dạng phân cành) C Cytosine Cleaved Amplified Polymorphic Sequence (Trình tự đa hình CAPS khuếch đại bị cắt) CRD Complete Block Design (Thiết kế khối hoàn chỉnh) CTAB Cetryl Ammonium Bromide Amplification Fingerprinting – DNA (Khuếch đại dấu vân tay – DAF - DNA DNA) DGGE Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (Điện di gel biến tính) DHF Dengue Hemorrhagic Fever (Sốt xuất huyết Dengue) DNA Deoxyribose Nucleic Acid dNTP Deoxyribo Nucleotide Triphosphates EB Eppendorf buffer (Đệm Eppendorf) Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay (Xét nghiệm hấp thụ miễn ELISA dịch liên kết với enzyme) EST Expressed Sequence Tags (Thẻ trình tự biểu hiện) F solani Fusarium solani Food and Agriculture Organization (Tổ chức Lương thực Nông FAO nghiệp) FS Fruit Shape (Dạng quả) G Guanine Kb Kilobyte H seinhorsti Hoplolaimus seinhorsti HC Holding Capacity (Khả bám trụ) CRD Complete Randomized Design (Thiết kế ngẫu nhiên hoàn chỉnh) HUIB Hue University Institute of Biotechnology (Viện Công nghệ sinh iii 36 IISR 37 IPCR 38 IPGRI 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 IRYS ISSR ITS KDL LBH LBS LDK LDL LLS LM LN MABC MAS 52 matK 53 Mb 54 MEGA X 55 56 MgCl2 Mi 57 NCBI 58 59 60 ng NGS NNPTNT 61 NTSYS 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 P nigrum L PCA PCR PD PGH PH pH PN POPGEN POS PPN QTL học, Đại học Huế) Indian Institute of Sugarcane Research (Viện nghiên cứu mía đường Ấn Độ) Inverse Polymerase Chain Reaction (Phản ứng chuỗi polymerase nghịch đảo) International Plant Genetic Resources Institute (Viện tài nguyên di truyền thực vật quốc tế) Irys System (Hệ thống Irys) Inter Simple Sequence Repeats (Chuỗi lặp lại đơn giản giữa) Internal Transcript Spacer (Bộ đệm phiên mã bên trong) Lampung Daun Kecil Lateral Branch Habit (Tập tính cành bên) Leaf Base Shape (Hình dạng gốc lá) Lampung Daun Kecil Lampung Daun Lebar Leaf Lamina Shape (Hình dạng phiến lá) Leaf Margin (Mép lá) Lộc Ninh Molecular - Asissted Backcrossing (Phân tử - lai chéo có hỗ trợ) Molecular - Assissted Selection (Phân tử - Hỗ trợ lựa chọn) Megakaryocyte Associated Tyrosine Kinase (Tyrosine Kinase liên kết với Megakaryocyte) Megabyte Molecular Evolutionary Genetics Analysis X (Phần mềm phân tích di truyền tiến hóa phân tử phiên 10) Magnesium chloride Meloidogyne incognita National Center for Biotechnology Information (Trung tâm Thông tin Công nghệ Sinh học Quốc gia) Nanogram Next - Generation Sequencing (Giải trình tự hệ tiếp theo) Nơng Nghiệp Phát Triển Nông Thôn Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System (Hệ thống phân loại số phân tích đa biến) Piper nigrum L Principal Components Analysis (Phân tích thành phần chính) Polymerase Chain Reaction (Phản ứng chuỗi polymerase) Piper Devaricatum Plant Growth Habit (Kiểu sinh trưởng cây) Piper Hancie Potential of Hydrogen (Tiềm hydro) Piper nigrum Population Genetics (Di truyền quần thể) Pubescence on Stem (Lông tơ thân cây) Plant Parasitic Nematodes (Tuyến trùng ký sinh thực vật) Quantitative Trait Locus (Locus tính trạng số lượng) iv 74 R similis 75 RAM 76 RAMP 77 RAPD 78 RCBD 79 rcbL 80 RFLP 81 82 RKN RSP 83 RT – PCR 84 S – SAP 85 SAM PL 86 SAS9.1 87 SCAR 88 89 90 91 92 93 94 SDA SEDL SO SR SRDN SRGL SS 95 S-SAP 96 SSCP 97 SSI 98 SSLP 99 SSR 100 STMS 101 102 103 104 105 106 STR STS T(U) TCVN TH QIA Radopholus similis Random Amplified Microsatellites (Vi vệ tinh khuếch đại ngẫu nhiên) Random Amplified Microsatellite Polymorphism (Đa hình vi vệ tinh khuếch đại ngẫu nhiên) Random Amplification of Polymorphic DNA (Đa hình DNA khuếch đại ngẫu nhiên) Randomized Complete Block Design (Thiết kế khối hoàn chỉnh ngẫu nhiên) Ribulose Bisphosphate Carboxylase Restriction Fragment Length Polymorphism (Đa hình độ dài đoạn cắt giới hạn) Root Knot Nematodes (Tuyến trùng nốt sưng) Runner Shoot Production (Sự sinh chồi từ thân) Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (Phản ứng chuỗi polymerase phiên mã ngược) Sequence Specific Amplification Polymorphism (Đa hình khuếch đại trình tự đặc hiệu) Selective Amplification of Microsatellite Polymorphic Loci (Khuếch đại có chọn lọc locus đa hình vi vệ tinh) Statistical Analysis System 9.1 (Hệ thống phân tích thống kê 9.1) Sequence Characterized Amplified Region (Vùng khuếch đại đặc trưng trình tự) Strand Displacement Amplification (Chỉ thị nhân sợi thay thế) Sẻ trồng Đắk Lắk Spike Orientation (Hướng mọc bông) Sri Lanka Sri Lanka trồng Đồng Nai Sri Lanka trồng Gia Lai Spike Shape (hình dạng bơng) Sequence Specific Amplification Polymorphism (Đa hình khuếch đại trình tự đặc hiệu) Single Stranded Conformation Polymorphism (Đa hình hình dạng sợi đơn) Site Selected Insertion (Chèn vị trí chọn lọc) Simple Sequence Length Polymorphism (Đa hình độ dài chuỗi đơn giản) Simple Sequence Repeats (Chuỗi lặp lại trình tự đơn giản) Sequence Tagged Microsatellite Site (Vị trí vi vệ tinh gắn thẻ theo trình tự) Short Tandem Repeats (Chuỗi lặp lại song song ngắn) Sequence Tagged Sites (Các vị trí gắn thẻ trình tự) Thymine (Uracine) Tiêu Chuẩn Việt Nam Type of hermaphroditism (Hình dạng hoa) Qatar Investment Authority (Cơ quan đầu tư Qatar) v 107 TOV 108 ddRAD 109 110 111 UBC UK μll 112 UPGMA 113 114 USD VL 115 VNTR 116 WLB 117 YOSTC Type of Veining (Kiểu gân lá) Double Digest Restriction Associated DNA (DNA phối hợp cắt đôi nhờ men phân cắt hạn chế) University of British Columbia (Đại học British Columbia) United Kingdom (Vương quốc Anh) Microlite Unweighted Pair Group Mean Average (Trung bình nhóm cặp khơng có trọng số) United States Dollar (Đơ la Mĩ) Vĩnh Linh Variable Number Tandem Repeat (Chuỗi lặp lại song song với tần số khác nhau) Worm Lisis Buffer (Bộ đệm worm Lisis) Young (emerging) Orthotropic Shoot Tip Colour (Màu đỉnh chồi con) vi MỤC LỤC Lời cam đoan i Lời cảm ơn ii Ký hiệu viết tắt iii Mục lục Error! Bookmark not defined Danh mục bảng xi Danh mục hình xiii ĐẶT VẤN ĐỀ 1 Tính cấp thiết đề tài Mục tiêu đề tài Error! Bookmark not defined Tính đề tài Chương TỔNG QUAN CÁC VẤN ĐỀ NGHIÊN CỨU 1.1 Cơ sở lý luận đề tài 1.1.1 Sơ lược tuyến trùng Meloidogyne incognita 1.1.1.1 Giới thiệu tuyến trùng M incognita 1.1.1.2 Phân loại tuyến trùng M incognita 1.1.1.3 Tác hại tuyến trùng M incognita 1.1.1.4 Biện pháp xử lý tuyến trùng M incognita 1.1.2 Sơ lược hồ tiêu 1.1.2.1 Giới thiệu hồ tiêu 1.1.2.2 Vai trò, tác dụng hồ tiêu 10 1.1.2.3 Đặc điểm hình thái hồ tiêu 11 1.1.2.4 Phân bố hồ tiêu 12 1.1.2.5 Các giống hồ tiêu sử dụng 13 1.1.2.6 Các phương pháp lai tạo giống hồ tiêu 15 1.1.3 Các phương pháp ghép áp dụng hồ tiêu 16 1.1.4 Chỉ thị phân tử 18 1.1.4.1 Định nghĩa thị phân tử 18 1.1.4.2 Các loại thị phân tử 19 1.1.4.3 Vai trò thị phân tử 21 vii 1.2 Cơ sở thực tiễn đề tài 23 1.2.1 Tình hình sản xuất hồ tiêu sử dụng giống hồ tiêu giới Việt Nam 23 1.2.2 Tình hình bệnh tuyến trùng Meloidogyne incognita gây hại hồ tiêu giới Việt Nam 25 1.2.3 Tình hình ứng dụng thị phân tử chọn tạo giống kháng bệnh tuyến trùng hồ tiêu giới Việt Nam 28 1.2.4 Tình hình lai tạo giống hồ tiêu kháng tuyến trùng giới Việt Nam 29 1.2.5 Tình hình sản suất sử dụng ghép hồ tiêu kháng tuyến trùng giới Việt Nam 30 Chương NỘI DUNG, VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 33 2.1 Nội dung nghiên cứu 33 2.2 Vật liệu nghiên cứu 33 2.3 Phương pháp nghiên cứu 37 2.3.1 Đánh giá đa dạng di truyền tập đồn dịng/giống hồ tiêu thu thập Việt Nam 37 2.3.1.1 Đánh giá đa dạng di truyền tập đồn dịng/giống hồ tiêu đặc điểm hình thái 37 2.3.1 Định danh dòng/giống hồ tiêu thu thập kỹ thuật sinh học phân tử37 2.3.1.3 Đánh giá đa dạng di truyền tập đồn dịng/giống hồ tiêu thị phân tử 39 2.3.2 Chọn lọc dịng/giống hồ tiêu có khả kháng tuyến trùng chịu úng 39 2.3.2.1 Đánh giá khả kháng tuyến trùng tập đoàn hồ tiêu 39 2.3.2.2 Đánh giá khả chịu úng số dòng/giống hồ tiêu .41 2.3.3 Phát triển thị phân tử DNA liên kết với tính kháng tuyến trùng hồ tiêu phương pháp BSA 41 2.3.3.1 Nghiên cứu nhận điện thị phân tử liên kết với tính kháng tuyến trùng phương pháp BSA 41 2.3.3.2 Nghiên cứu chuyển đổi thị RAPD thành thị SCAR 42 viii