Đang tải... (xem toàn văn)
Dịnh danh và phân nhóm nấm Trichoderma spp. phân lập tại việt nam
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HCM ------ KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỊNH DANH VÀ PHÂN NHÓM NẤM Trichoderma spp. PHÂN LẬP TẠI VIỆT NAM Ngành học: CÔNG NGHỆ SINH HỌC Niên khóa: 2003 – 2007 Sinh viên thực hiện: NGUYỄN THỊ KHẢ TÚ Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 9/2007 iii BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HCM BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC ------- ĐỊNH DANH VÀ PHÂN NHÓM NẤM Trichoderma spp. PHÂN LẬP TẠI VIỆT NAM Giáo viên hƣớng dẫn Sinh viên thực hiện TS. LÊ ĐÌNH ĐÔN NGUYỄN THỊ KHẢ TÚ Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 9/2007 iii iv TÓM TẮT Trichoderma Mục đích Trichoderma Trichoderma spp Trichoderma spp. (Trichoderma Phƣơng pháp thực hiện rDNA (Internal Transcribed Space tef1 (4th large intron) (EF tef1 Trichoderma TreeView 1.6.6. tef1 Trichoderma Kết quả đạt đƣợc Trichoderma. Trichoderma. Trichoderma T. longibrachiatum, T. asperellum, T. atroviride, T. harzianum, T. virens T. asperellum v T. asperellum Kết luận tef1 Trichoderma. tef1 Trichoderma vi ABSTRACT Trichoderma spp. collecarried out by Nguyen Thi Kha Tu, from 19 Mar, 2007 to 19 Aug, 2007 at Plant Protection Pepartment, Argonomy Faculty, Nong Lam University and Phytobiotechnology Laboratory, Reseach Institute Biological and Enviromental Technology, Nong Lam University. This thesis was based on molds identified results then using Clustal 1.83 and Treeview 1.6.6 software to compare ITS rDNA (Internal Transcribed Space rDNA) stable and apart of tef1 (EF 1 alpha) funtional regions with their data on NCBI to identifying species and grouping of 11 Trichoderma genus. Finally, ITS rDNA and apart of tef1 regions of 11 Trichoderma genus were compared with their data at different ecological, geographic areas on over the world to clear the genetic relationship. The results show that confirming exactly the species of 10 Trichoderma genus, T68 genus was identified T. atroviride. Establishing and clearing the genetic relationship among 11 Trichoderma genus. In which, 11 Trichoderma genus in Viet Nam of 5 species T. longibrachiatum, T. asperellum, T. atroviride, T. harzianum , T. virens (except T. asperellum genus (T6)) have a rather far genetic relationship from others in the world. 10 genus orginated from locality and T. asperellum (T6) is the one migrated in our country. Genetic relationship among 5 species is stable and suitable with morphological characteristics. vii MỤC LỤC . iv ABSTRACT vi . vi . x . xii xii . 0 . 0 1.1. 0 1.2. 0 1.3. 0 . 2 . 2 2.1. Trichoderma . 2 2.1.1. . 2 2.1.2. 2 2.1.3. . 3 2.1.4. . 4 2.1.5. . 4 2.2. Trichoderma . 6 2.3. Trichoderma 7 2.4. rDNA . 9 2.5. tef1 . 10 2.6. . 10 2.7. Trichoderma 11 2.8. Trichoderma . 13 . 15 viii 15 3.1. 15 3.1.1. . 15 3.1.2. u 15 3.2. . 16 3.3. . 17 3.4. . 17 3.5. Trichoderma 17 3.6. . 18 3.7. . 18 3.8. 19 3.9. . 21 3.10. Trichoderma . 22 3.11. 24 Trichoderma 24 g 4 . 25 . 25 4.1. . 25 4.2. tef1 . 26 4.3. . 27 4.4. . 35 4.4.1. tef1 35 4.4.2. rDNA 37 4.5. 39 4.6. tef1 . 41 . 44 ix . 44 5.1. 44 5.2. . 44 x DANH SÁCH CÁC CHỮ VIẾT TẮT dNTP: Deoxyribonucleotide triphosphate. DNA: Deoxyribonucleic acid EDTA: Ethylene diamin tetracetic acid. PCR: Polymerase chain reaction. RAPD: Random amplified polymorphism DNA. RNA: Ribonucleic acid. SDS: sodium dodecyl sulfate. Taq: Thermus aquaticus. TAE: Tris-glacial acetic acid- ethylenne diamine tetra acetic acid. TE: Tris ethylene diamine tetra acetate. Tm: Melting Tempereture . . [...]... phân tử Kết hợp các maker phân tử (ITS1, ITS2, RAPD) với phân tích đă ̣c điể m sinh lý và kết quả phân nhóm dựa vào hình thái để phân tích các teleomorphs của Trichoderma (Kuhls và cs (1996, 1997), Samuels (1996), Samuels và cs (1998), Turner và cs (1997)) Năm 2004, Druzhinina Irina và cs đã bổ sung hệ thống phân loại và phổ hệ di truyền của Trichoderma/ Hypocrea bằng cách kết hợp hình thái với phân. .. các nấm gây bệnh hại cây trồng bởi TS Lê Đình Đôn và cs, tại bộ môn Bảo vệ Thực vật, khoa Nông học, trƣờng Đại học Nông Lâm Thành phố Hồ Chí Minh, dựa theo khóa phân loại Trichoderma của Gary J Samuels (2004) và tiêu bản chuẩn Bảng 3 1 Các dòng nấm sử dụng để định danh và phân nhóm trong đề tài Ký hiệu T38 T14 T6 Tên loài định danh dựa vào hình thái T virens T harzianum Chƣa xác định Địa điểm phân lập. .. hình thái với phân tích sinh lý và phân tử Hiện nay, vùng ITS – rDNA đƣợc xem là cơ sở đáng tin cậy để phân nhóm và định danh Trichoderma Tuy nhiên, chỉ dựa vào vùng ITS – rDNA và đặc điểm hình thái thì rất khó phân biệt đƣợc T viride với T koningii và T atroviride nhƣng nếu phân tích thêm vùng tef1 (large intron) thì hoàn toàn có thể phân biệt giữa chúng Phƣơng pháp định danh GCPSR (Genealogical Concordance... calmodulin (cal1), endochitinase 42 (ech42) và vùng tef1 sẽ giúp việc định danh chính xác hơn, phân biệt đƣợc giữa các nhóm với nhau hay giữa loài cùng nhóm Lại Hà Tố Hoa (2006), khuyếch đại vùng ITS – rDNA và một phần vùng tef1 với 2 cặp primer ITS4 – ITS5 và ElongR – ElongF của dòng Trichoderma T4 (đƣợc TS Lê Đình Đôn và cs phân lập và định danh bằng hình thái tại bộ môn Bảo vệ thực vật, khoa Nông học,... Mục đích Định danh tên loài và phân nhóm xác định mối qua hệ di truyền giữa Trichoderma phân lập ở Việt Nam 11 dòng Xác định mối quan hệ di truyền 11 dòng Trichoderma với dữ liệu của chúng ở các vùng sinh thái, địa lý khác nhau trên thế giới 1.3 Yêu cầu Phục hồi 11 dòng Trichoderma từ những ống nghiệm lƣu trữ nguồn nấm Nuôi cấy và nhân sinh khối Trichoderma Ly trích DNA từ sinh khối Trichoderma với... giới bằng phần mềm ClustalX 1.83 và phần mềm TreeView 1.6.6 1 Chƣơng 2 TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 Giới thiệu về nấm Trichoderma 2.1.1 Phân loại Trichoderma là một trong những nhóm vi nấm gây nhiều khó khăn cho việc định danh, phân loại do còn nhiều đặc điểm cần thiết cho việc định danh, phân loại vẫn chƣa đƣợc biết đầy đủ Theo truyền thống, hệ thống phân loại thƣờng dựa vào sự khác biệt về đặc trƣơng hình... 1990, việc định danh và phân nhóm Trichoderma chỉ dựa vào đặc điểm hình thái và đặc điểm sinh lý (đánh giá các isoenzyme) Năm 1969, Rifai đƣa ra các đặc điểm hình thái của tất cả các loài Trichoderma Sau đó, Bisett (1984, 1991a, 1991b, 1991c, 1992, 1998 (Gams và Bissett)) bổ sung các đặc điểm hình thái của Hypocrea và Gliocladium, là teleomorphs của Trichoderma Phƣơng pháp định danh chỉ dựa vào hình thái... 1991 và 1992, Bruns và cs đƣa ra liên tiếp các nghiên cứu trên vùng rDNA để phân nhóm, nhận biết tính đa 11 dạng và mối quan hệ di truyền của những loài nấm sợi khi so sánh sự thay đổi trình tự của vùng SSU – rDNA (18S) Dựa trên trình tự vùng 18S, 5.8S và ITS – rDNA, Berbee và cs (1995) đã chứng minh Penicillium spp., Aspergillus spp và Paecilomyces spp thuộc lớp Trichocomaceae Năm 1991, Bruns và cs phân. .. khoẻ) Nấm Trichoderma sử dụng những mô già và mô chết của cây chủ, bằng cách đó nấm Trichoderma cạnh tranh và triệt tiêu đƣờng xâm nhiễm của nấm Botrysis spp và Sclerotina spp Không những thế, Trichoderma còn cạnh tranh dịch tiết của cây với nấm Phytium spp do dịch tiết của cây kích thích sự nảy mầm, mọc thành khuẩn ty của những túi bào tử Phytium spp (gây bệnh cho cây) và lây nhiễm vào cây Trichoderma. .. nghiệp này nhằm mục đích định danh tên loài với độ chính xác cao, bằng cách kết hợp kết quả định danh dựa vào hình thái với trình tự vùng bảo tồn ITS – rDNA và một phần vùng chức năng tef1 (4th large intron) mà phƣơng pháp định danh chỉ bằng hình thái không hoàn toàn chính xác Đồng thời, phân nhóm tạo phổ hệ di truyền để thành lập dữ liệu chi tiết về quần thể nấm Trichoderma phân lập từ các vùng sinh thái, . DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HCM ------ KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỊNH DANH VÀ PHÂN NHÓM NẤM Trichoderma spp. PHÂN LẬP TẠI VIỆT. DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HCM BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC ------- ĐỊNH DANH VÀ PHÂN NHÓM NẤM Trichoderma spp. PHÂN LẬP TẠI VIỆT