Đang tải... (xem toàn văn)
Thu thập nguồn gene và tổ chức dữ liệu gene
Phần phụ lục NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG 163 KVM-6 Reverse primer 5'-TGTCCAATCGTAAGCGTTCCT-3' 55 maize Bt11 IVS2-2 adh 1S-Intron2 (IVS2) and phosphinothricin N-acetyl transferase (pat) gene Forward primer 5'-CTGGGAGGCCAAGGTATCTAAT-3' PAT-B Reverse primer 5'-GCTGCTGTAGCTGGCCTAATCT-3' 56 maize T25 T25-F7 phosphinothricin N-acetyl transferase (pat) gene and CaMV 35S terminator Forward primer 5'-ATGGTGGATGGCATGATGTTG-3' T25-R3 Reverse primer 5'-TGAGCGAAACCCTATAAGAACCC-3' 57 maize MON810 VW01 5' junction between the host maize genome and the CaMV 35S promoter of the transgene Forward primer 5'-TCGAAGGACGAAGGACTCTAACG-3' VW03 Reverse primer 5'-TCCATCTTTGGGACCACTGTCG-3' 58 IVR1-F maize invertase gene Forward primer 5'-CCGCTGTATCACAAGGGCTGGTACC-3' IVR1-R Reverse primer 5'-GGAGCCCGTGTAGAGCATGACGATC-3' Phần phụ lục NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG 164 59 soya Roundup Ready TM RR-F Forward primer 5'-CCGGAAAGGCCAGAGGAT-3' RR-R Reverse primer 5'-GGATTTCAGCATCAGTGGCTACA-3' 60 Soya lectin-F lectin gene Forward primer 5'-TGGTCGCGCCCTCTACTC-3' Soya lectin-R Reverse primer 5'-GGCGAAGCTGGCAACG-3' 61 maize Event 176 CRY2-F cryIA(b) synthetic gene Forward primer 5'-CCCATCGACATCAGCCTGAGC-3' CRY2-R Reverse primer 5'-CAGGAAGGCGTCCCACTGGC-3' 62 ZM1-F maize high-mobility-group (hmg) gene Forward primer 5'-TTGGACTAGAAATCTCGTGCTGA-3' ZM1-R Reverse primer 5'-GCTACATAGGGAGCCTTGTCCT-3' 63 Cat-f Forward primer 5'-ATAGCGACGGAGAGTTAG-3' Cat-r Reverse primer 5'-TTTGTATTCTGAGCATAGTGA-3' 64 maize Maize StarLink (CBH 351) Cry9C-5' Forward primer 5'-CCTATAGCTTCCCTTCTTCC-3' (?) 35Ster-3' Reverse primer 5'-TGCTGTAATAGGGCTGATGA-3' (?) 65 papaya Papaya 55-1, 66-1 NosC-5' Nos terminator and CaMV 35S promoter Forward primer 5'-TTACGGCGAGTTCTGTTAGG-3' CaMN-3' Reverse primer 5'-CATGTGCCTGAGAAATAGGC-3' Phần phụ lục NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG 165 66 potato Potato NewLeaf Plus (RBMT21-129, RBMT21-350, RBMT22-082) p-FMV02-5' Forward primer 5'-AAATAACGTGGAAAAGAGCTGTCCTGA-3' PLRV01-3' Reverse primer 5'-AAAAGAGCGGCATATGCGGTAAATCTG-3' 67 potato Potato NewLeaf Plus (RBMT21-129, RBMT21-350, RBMT22-082) PLRV-rep1-5' Forward primer 5'-CTTCTTTCACGGAGTTCCAG-3' PLRV-rep1-3' Reverse primer 5'-TCGTCATTAAACTTGACGAC-3' 68 potato Potato NewLeaf Y (RBMT15-101, SEMT15-02, SEMT15- p-FMV05-5' Forward primer 5'-AAAAGAGCTGTCCTGACAGC-3' Phần phụ lục NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG 166 15) PVY02-3' Reverse primer 5'-TCCTCCTGCATCAATTGTGT-3' 69 potato Potato NewLeaf Y (RBMT15-101, SEMT15-02, SEMT15-15) PVY01-5' Forward primer 5'-GAATCAAGGCTATCACGTCC-3' PVY01-3' Reverse primer 5'-CATCCGCACTGCCTCATACC-3' 70 MON 863 primer1 Forward primer 5'-GTAGGATCGGAAAGCTTGGTAC-3' MON 863 primer2 Reverse primer 5'-TGTTACGGCCTAAATGCTGAACT-3' 71 adh1 primer 1 Forward primer 5'-CCAGCCTCATGGCCAAAG-3' adh1 primer 2 Reverse primer 5'-CCTTCTTGGCGGCTTATCTG-3' 72 soybean lectin 1a Forward primer 5'-GACCTCCTCGGGAAAGTTAC-3' GM04 Reverse primer 5'-GCCCATCTGCAAGCCTTTTTGTG-3' 73 XTPNT-S TNOS Forward primer 5'-caggtcgctgtcaTTGAATCCTGTTGCCGGTCTT-3' XTPNT-A Reverse primer 5'-caggtcgctgtcaATAATTGCGGGACTCTAATC-3' Phần phụ lục NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG 167 74 XTPCM-S P35S Forward primer 5'-caggtggcagtcaTCATTGCGATAAAGGAAAGG-3' XTPCM-A Reverse primer 5'-caggtggctgtgaCGAAGGATAGTGGGATTGTG-3' 75 XTPCP4-S EPSPS Forward primer 5'-caggctgctctgaCGAATATCCGATTCTCGCTGTC-3' XTPCP4-A Reverse primer 5'-gacgacgcactcaCGCCCTCATCGCAATCCAC-3' 76 XTPGUS-S GUS Forward primer 5'-ccgtcactcgtcaCTGCTGTCGGCTTTAACCTC-3' XTPGUS-A Reverse primer 5'-cagcaccaggtcaGCGTCGCAGAACATTACATT-3' 77 XTPNPT-S NPT-II Forward primer 5'-caggtcgctgtcaTTTCTCGGCAGGAGCAAGG-3' XTPNPT-A Reverse primer 5'-caggtcgctgtcaACTGGGCACAACAGACAATC-3' 78 XTPNP-S PNOS Forward primer 5'-caggtcgctgtcaCAAAAGTCGCCTAAGGTCAC-3' XTPNP-A Reverse primer 5'-caggtcgctgtcaTACCGAGGGGAATTTATGGA-3' 79 XTPCpTI-S CpTI Forward primer 5'-caggacgcacagaACCACCTCGGAAGTAATCAT-3' XTPCpTI-A Reverse primer 5'-cagcacgcagtcaGGTTTGTAACAGAAATCAGCAA-3' 80 Spu-35S1-f CaMV promoter Forward primer 5'-CTTCGCAAGACCCTTCCTC-3' Spu-cryVm1-r Cry V gene Reverse primer 5'-GCTGGAGAACGATTGGTGC-3' 81 EPSPS RR Soy-specific Forward primer 5'-TGGCGCCCAAAGCTTGCATGGC-3' Phần phụ lục NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG 168 EPSPS RR Soy-specific Reverse primer 5'-CCCCAAGTTCCTAAATCTTCAAGT-3' 82 Cry1Ab Cry1A(b) (specific for Bt Maize) Forward primer 5'-ACCATCAACAGCCGCTAGAACGACC-3' Cry1As Cry1A(b) (specific for Bt Maize) Reverse primer 5'-TGGGGAACAGGCTCACGATGTCCAG-3' 83 TR03 18S rDNA Forward primer 5'-TCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTA-3' TR04 18S rDNA Reverse primer 5'-AATTTGCGCGCCTGCTGCCTTCCTT-3' 84 Zein3 zein Forward primer 5'-AGTGCGACCCATATTCCAG-3' Zein4 zein Reverse primer 5'-GACATTGTGGCATCATCATTT-3' 85 PAT1 patatin Forward primer 5'-GTTATTATCCCTTAGCGTTGC-3' PAT2 patatin reverse primer 5'-AATTGTTTTGTGAATGACGAG-3' 86 PAT3 patatin forward primer 5'-GGATCCAGCATTTTCTTCA-3' PAT4 patatin Reverse primer 5'-TAGCTAACATCCATCGTAGAGG-3' 87 JSF3 Forward primer 5'-CACACAGGAGATTATTATAGGG-3' JSR3 Reverse primer 5'-GGGAATAAGGGCGACACG-3' 88 ADH-F3 forward primer Forward primer 5‟-CgTCgTTTCCCATCTCTTCCTCC-3‟ Phần phụ lục NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG 169 ADH-R4 reverse primer Reverse primer 5‟- CCACTCCgAgACCCTCAgTC-3‟ 89 Bt113JFor primer Forward primer 5‟-gCggAACCCCTATTTgTTTA-3‟ Bt113JRev primer Reverse primer 5‟-TCCAAgAATCCCTCCATgAg-3‟ 90 Ap1 AmpR(AF427133) Forward primer 5'-TATTCAACATTTCCGTGTCGC-3' Ap2 Reverse primer 5'-TTTCGTTCATCCATAGTTGCC-3' 91 Nost5'F Forward primer 5‟-ttggcaataaagtttcttaagattgaat-3‟ Nost5'R Reverse primer 5'-acatgcttaacgtaattcaacagaaatt -3‟ 92 RRS-F Forward primer 5‟-gccatgttgttaatttgtgccat-3‟ RRS-R Reverse primer 5‟-gaagttcatttcatttggagaggac-3‟ 93 35S4-JUNC Forward primer 5'-ctttgaagacgtggttggaa-3' RRS3-JUNC Reverse primer 5'-aaaggaaggtggctcctaca-3' 94 MaiY-F1 Forward primer 5'-TAGTCTTCGGCCAGAATGG-3' MaiY-R3 Reverse primer 5'-CTTTGCCAAGATCAAGCG-3' 95 MaiJ-F2 Forward primer 5'-TTGGACTAGAAATCTCGTGCTGA-3' Phần phụ lục NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG 170 mhmg-rev Reverse primer 5'-GCTACATAGGGAGCCTTGTCCT-3' 96 GBSSI(GT1) Forward primer 5'-CAGCTATTTCCCAATTGGTTG-3' GBSSI(GT1) Reverse primer 5'-GCGGTAGCATAAGTGCCAAG-3' 97 GBSSI(GT2) Forward primer 5'-GCAGGTTTGGATTACCAGGA-3' GBSSI(GT2) Reverse primer 5'-CAGCAATGCCAGTTTTACGA-3' 98 MCRA013 and CW14-11 mutant allent Forward primer 5'-AGAAATTTGAGAAGCAGATTGAGCAG-3' MCRA013 and CW14-11 mutant allent Reverse primer 5'-TCAATTTTGTCACATTCAACGAGC-3' 99 MC14-11 mutant allele Forward primer 5'-CTGACAAGGCAAGAGGAGTTGTT-3' MC14-11 mutant allele Reverse primer 5'-ACAGCTGGTGCAGACTTTATGCTTA-3' 100 CaMV promoter Forward primer 5´-CCg ACA gTg gTC CCA Aag Atg gAC-3´ Reverse primer 5´-ATATagAggAagggTCTTgCgAAgg-3´ 101 Roundup Ready Soybean Forward primer 5´-TCATTTCATTTggAgAggACACg-3´ Reverse primer 5´-ggAATTgggATTAagggTTTgTATC-3´ Phần phụ lục NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG 171 102 NOS terminator Forward primer 5´-gAATCCTgTTgCCggTCTTgCgATg-3´ Reverse primer 5´-TCgCgTATTAAATgTATAATTgCgggACTC-3´ 103 CaMV virus Forward primer 5´-gCgTAYACAACAAgTCagCAAACA-3´ Reverse primer 5´-TCCTggAgATTATTACTCgggTAgA-3´ 104 Forward primer 5´-CCAgAAgAACATTgggTCAATgC-3´ Reverse primer 5´-ATAgCTgACAgAAgTTgTTgCCg-3´´ 105 35S plt1 primer Forward primer 5'-GGTTCCCTATGTTTATTTTAACCTG-3' 35S plt2 primer Reverse primer 5'-CCTTCAATTTAACCGATGC-3' 106 nos 1 primer Forward primer 5'-AGCGCGCAAACTAGGATAAA-3' nos 1 NEST primer Reverse primer 5'-GCGCGGTGTCATCTATGTTA-3' 107 nos 2 primer Forward primer 5'-CTTCATGTTCGGCGGTCT-3' nos 3 primer Reverse primer 5'-AATCGTAGACCCCGACGAG-3' 108 nos 4 primer Forward primer 5'-TGGGAAATTTTAGCGAGATTAT-3' nos 5 primer Reverse primer 5'-TCTGGGAGAAGCAGTTACTTA-3' 109 nos plt2 primer Forward primer 5'-GATCGGAGAAGAACTGTTTGA-3' Phần phụ lục NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG 172 nos plt1 primer Reverse primer 5'-GAGAACTACCTTCTCACCGCATT-3' 110 RR-F Forward primer 5'-GCCATGTTGTTAATTTGTGCCAT-3' RR-R Reverse primer 5'-GAAGTTCATTTCATTTGGAGAGGAC-3' 111 primer1 β-amylase gene Forward primer 5'-TTAAGTCAGGATGTGTGCGTCTTC-3' primer2 Reverse primer 5'-TCAACCAAACGGCACCCTAT-3' 112 primer1 EG1 gene Forward primer 5'-CGAGGTCCATCCCAAGTTGA-3' primer2 Reverse primer 5'-CACCCCCCGGACTTTGTAC-3' 113 primer1 BAR gene Forward primer 5'-GAACTGGCATGACGTGGGTT-3' primer2 Reverse primer 5'-GGTACCGGCAGGCTGAAGT-3' 114 primer1 Ubi-1 gene Forward primer 5'-ATAGGGTTTGGTTTGCCCTTTT-3' primer2 Reverse primer 5'-CAAGTGCACGGCATATATTGAAAT-3' [...]... dẫn, bỏ qua các kí tự đặc biệt "." và " ", sau đó đóng đƣờng dẫn lại: @files = grep (!/^\.\.?$/, readdir(DIRECTORY)); closedir(DIRECTORY); Với mỗi phần tử trong mảng @files, nếu nó là file và là file text thì cất nó vào mảng @filetext; nếu bên trong thƣ mục là thƣ mục khác thì lặp lại việc mở thƣ mục, xét các phần tử trong thƣ mục, nếu nó là file và là filetext thì cất vào mảng @filetext foreach my $file... print "Cannot open directory $directory!\n"; exit; } # Đọc đường dẫn, bỏ qua các kí tự đặc biệt "." và " " @files = grep (!/^\.\.?$/, readdir(DIRECTORY)); closedir(DIRECTORY); # Nếu là file, và là file text cất nó vào mảng @filetext # Nếu đường dẫn, lặp lại kiểm tra file text trong thành phần # của nó và cất vào mảng @filetext foreach my $file (@files) { # If the directory entry is a regular file if (-f... return ($key,$value); } Các thành phần trong chương trình con và chức năng của từng thành phần Đoạn mã này bao gồm ba chƣơng trình con tƣơng tác hỗ trợ cho nhau Chúng đƣợc khai báo nhƣ sau: sub tao_hash_acc { } sub get_next_sum { } sub tach_acc_sum { } Hai chƣơng trình con get_next_sum và tach_acc_sum, mỗi chƣơng trình có một chức năng riêng và cùng hỗ trợ cho chƣơng trình con tao_hash_acc Chƣơng trình... Cú pháp: mkpath(["$dir/$foldername"],1, 0711); Chức năng tạo một thƣ mục trong một đƣờng dẫn đƣợc chỉ ra Module lib 'E:\baitap\beginning\giaiquyetthucte'; module_file; Đây là module tự tạo ra, module này có nhiều chức năng xử lý file nhƣ đọc file từ thƣ mục, mở file, ghi vào file, tạo thƣ mục Module này nằm trong thƣ mục 'E:\baitap\beginning\giaiquyetthucte', nên khi dùng ta phải gọi đƣờng dẫn tới... chomp $filename; unless (open (FH,"+>$filename")){ print "Cannot open this file $filename!!!"; } print FH (values %hash); close FH; } } 4) Nhiệm vụ 4: Tổng hợp thành 1 file chƣơng trình hoàn chỉnh, với đầy đủ cả 3 chức năng trên và tạo thành một file kết quả tổng hợp (lƣu file tên là hashloc.pl) #!usr/bin/perl use strict; use warnings; NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG Phần phụ lục 179 # Mo file theo tung... } # Đọc đường dẫn, bỏ qua các kí tự đặc biệt "." và " " @files = grep (!/^\.\.?$/, readdir(DIRECTORY)); closedir(DIRECTORY); # Nếu là file, và là file text cất nó vào mảng @filetext # Nếu là đường dẫn, lặp lại kiểm tra file text trong thành phần của # Nó và cất vào mảng @filetext foreach my $file (@files) { # Nếu thành phần trong đường dẫn là file if (-f "$directory/$file") { if ("$directory/$file"... dẫn tới các file text # trong đường dẫn return @filetext; } Các thành phần trong chương trình con và chức năng của từng thành phần Các phần chính trong chƣơng trình gồm: NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG 174 Phần phụ lục Khai báo chƣơng trình con sub read_dir{ } Chƣơng trình con nhận tham số truyền vào nhƣ sau: my($directory) = @_; Khai báo các biến my (@filetext) = (); my @files = (); my @totalfile... FH; print "****************\n"; print "OK!!!Da ghi xong"; print "\n****************"; NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG 180 Phần phụ lục 181 } } 5) Nhiệm vụ 5: Tải trình tự từ danh sách đƣợc tổng hợp ở trên và lƣu vào thƣ mục đƣợc chỉ ra Đoạn mã: #!usr/bin/perl use strict; use warnings; use LWP::Simple; # Khai bao bien my($path1,$path2,$path3,@content,@accs,$url,$undownacc,$i); print "\n**************************************\n";... print "\n******************\n"; print "OK!!!Da load xong"; 6) Nhiệm vụ 6: Phân loại dữ liệu trình tự theo các trƣờng (lƣu file tên là group_division.pl) Đoạn mã: #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; use File::Copy; NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG Phần phụ lục 183 use File::Path; use lib 'E:\baitap\beginning\giaiquyetthucte'; use module_file; #Chuong trinh phan loai du lieu genbank theo division print... return $div; } Các thành phần trong chương trình và chức năng của từng thành phần NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG Phần phụ lục 184 Ta thấy chƣơng trình đƣợc viết rất ngắn, ở đây ta chủ yếu sử dụng các module có sẵn: Module File::Copy; Cú pháp: move ("$filename","$folder") or die "Move failed: $!"; copy ("$filename","$folder") or die "Copy failed: $!"; Chức năng di chuyển hay sao chép một file tới thƣ . my($key) = ($value =~ /^[0 -9] +:s{2}([A-Z]+\_*[0 -9] {5,}).*/s); return ($key,$value); } Các thành phần trong chương trình con và chức năng của từng thành. =($value =~ /^[0 -9] +:s{2}([A-Z]+\_*[0 -9] {5,}).*/s); return ($key,$value); } 3) Nhiệm vụ 3: Ghi tất cả kết quả vào một file kết quả tổng hợp Đoạn mã: