Đang tải... (xem toàn văn)
Đánh giá tình trạng nhiễm bệnh virus (Cucumber Mosaic Virus, Tobacco Mosaic Virus và Tomato Spotted Wilt Virus) trên cà chua (Solanum lycopersicum) ở tỉnh Lâm Đồng bằng kỹ thuật ELISA và bước đầu xây dựng quy trì
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH BỘ MƠN CƠNG NGHỆ SINH HỌC KHĨA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐÁNH GIÁ TÌNH TRẠNG NHIỄM BỆNH VIRUS (CUCUMBER MOSAIC VIRUS, TOBACCO MOSAIC VIRUS VÀ TOMATO SPOTTED WILT VIRUS) TRÊN CÀ CHUA (Solanum lycopersicum) Ở TỈNH LÂM ĐỒNG BẰNG KỸ THUẬT ELISA VÀ BƢỚC ĐẦU XÂY DỰNG QUY TRÌNH CHẨN ĐỐN TOBACCO MOSAIC VIRUS BẰNG KỸ THUẬT RT-PCR Ngành học : CƠNG NGHỆ SINH HỌC Niên khóa : 2001-2005 Sinh viên thực : LÂM NGỌC HẠNH Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 9/2005 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO ĐẠI HỌC NƠNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH BỘ MƠN CƠNG NGHỆ SINH HỌC BÁO CÁO TĨM TẮT ĐÁNH GIÁ TÌNH TRẠNG NHIỄM BỆNH VIRUS (CUCUMBER MOSAIC VIRUS, TOBACCO MOSAIC VIRUS VÀ TOMATO SPOTTED WILT VIRUS) TRÊN CÀ CHUA (Solanum lycopersicum) Ở TỈNH LÂM ĐỒNG BẰNG KỸ THUẬT ELISA VÀ BƢỚC ĐẦU XÂY DỰNG QUY TRÌNH CHẨN ĐOÁN TOBACCO MOSAIC VIRUS BẰNG KỸ THUẬT RT-PCR Giáo viên hƣớng dẫn: Sinh viên thực hiện: PGS.TS BÙI CÁCH TUYẾN LÂM NGỌC HẠNH Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 9/2005 LỜI CẢM TẠ Tôi xin chân thành cảm tạ: Gia đình chỗ dựa vật chất tinh thần cho suốt thời gian học tập làm luận văn Ban Giám Hiệu Trƣờng Đại Học Nông Lâm Tp HCM Ban Chủ Nhiệm môn Công Nghệ Sinh Học tồn thể q Thầy Cơ mơn PGS TS Bùi Cách Tuyến tận tình hƣớng dẫn tơi hồn thành luận văn PGS TS Trần Thị Dân, TS Đinh Duy Kháng, TS Bùi Minh Trí, TS Lê Đình Đơn, anh Nguyễn Đức Tồn tận tình giúp đỡ thực luận văn tốt nghiệp Các thầy cô cho nhiều kiến thức bổ ích Anh Nguyễn Văn Sơn anh chị Chi Cục Bảo vệ Thực vật tỉnh Lâm Đồng tạo điều kiện, giúp đỡ tơi q trình làm luận văn Chú Nguyễn Văn Sang anh chị Phịng Nơng Nghiệp huyện Đơn Dƣơng, anh Nguyễn Tấn Ngọc anh chị Phịng Nơng Nghiệp huyện Đức Trọng tận tình hỗ trợ, dẫn tơi Các thầy cơ, anh chị Trung Tâm Phân Tích Thí Nghiệm trƣờng Đại học Nơng Lâm giúp đỡ, tạo điều kiện cho tơi hồn thành tốt luận văn Tập thể lớp Cơng Nghệ Sinh Học khóa 27 tất anh chị, bạn bè gắn bó, góp sức tơi suốt thời gian học tập làm luận văn vừa qua iii TÓM TẮT Lâm Ngọc Hạnh Đại học Nơng Lâm Tp Hồ Chí Minh Tháng 9/2005 ”Đánh giá tình trạng nhiễm bệnh virus (Cucumber Mosaic Virus, Tobacco Mosaic Virus Tomato Spotted Wilt Virus) cà chua (Solanum lycopersicum) tỉnh Lâm Đồng kỹ thuật ELISA bƣớc đầu xây dựng quy trình chẩn đoán virus Tobacco Mosaic Virus kỹ thuật RT-PCR” đƣợc tiến hành huyện Đơn Dƣơng, huyện Đức Trọng Trung Tâm Phân Tích Thí Nghiệm Hóa Sinh trƣờng Đại học Nông Lâm, từ tháng 3/2005 đến tháng 8/2005 Thí nghiệm đƣợc thực gồm nội dung Mẫu đƣợc thu theo triệu chứng bệnh virus, ruộng mẫu kết hợp với điều tra sơ tình hình bệnh cà chua 21 thơn thị trấn thuộc huyện Đơn Dƣơng Đức Trọng Từ đó, đánh giá tình hình bệnh virus cà chua địa bàn nghiên cứu Xác định tác nhân gây bệnh virus cà chua (TMV, CMV, TSWV) phƣơng pháp DAS-ELISA sử dụng kháng thể đa dịng Mẫu đƣợc phân tích cà chua có triệu chứng bệnh virus Mỗi mẫu đƣợc kiểm tra virus để xác định có virus virus nhiễm riêng lẻ hay đồng thời lên mẫu nghiên cứu hay không Mẫu dƣơng tính TMV đƣợc chọn để thực RT-PCR nhằm bƣớc đầu xây dựng quy trình RT-PCR để chẩn đốn TMV Từ đó, khẳng định lại kết ELISA đồng thời sản phẩm thu đƣợc từ RT-PCR đƣợc dùng cho nghiên cứu xa Kết thu đƣợc: - Điều tra sơ tình hình bệnh Đơn Dƣơng Đức Trọng cho thấy thời điểm nghiên cứu cà chua Đức Trọng bị tàn phá nặng nề bệnh virus cà chua Đơn Dƣơng tốt - Kết DAS-ELISA cho thấy dịch bệnh virus Đức Trọng chủ yếu CMV gây TMV có gây bệnh nhƣng TSWV chƣa gây bệnh khu vực vào thời điểm nghiên cứu - Bƣớc đầu tìm đƣợc quy trình RT-PCR tạo sản phẩm đặc hiệu nhƣng chƣa khẳng định đƣợc sản phẩm khuếch đại từ khn mẫu iv SUMMARY This is Lam Ngoc Hanh studying at Nong Lam University and finishing the thesis on 9th, 2005 The thesis entitled “Diagnosing Cucumber Mosaic Virus, Tobacco Mosaic Virus and Tomato Spotted Wilt Virus by DAS-ELISA and formulating the RT-PCR process to diagnose Tobacco Mosaic Virus in Viet Nam” This research was conducted from 3th, 2005 to 8th, 2005 at Don Duong, Duc Trong districts and in the laboratory of biotechnology and chemistry of Nong Lam University The objects of this research are as follows: - Collecting the samples with the virus symptoms, samples per each field and generally investigating the virus infection on tomato in Don Duong and Duc Trong districts so that the virus disease incidence in Don Duong and Duc Trong districts can be evaluated - Diagnosing pathogens in tomato such as Cucumber Mosaic Virus, Tobacco Mosaic Virus and Tomato Spotted Wilt Virus by DAS-ELISA kit using polyclonal antibodies from rabbit The samples tested are tomato leaves appearing the virus symptoms Each sample is tested for Cucumber Mosaic Virus, Tobacco Mosaic Virus and Tomato Spotted Wilt Virus - Samples of Tobacco Mosaic Virus positive are seleted to conduct the RT-PCR We try to formulate the RT-PCR process used to both diagnose Tobacco Mosaic Virus and confirm DAS-ELISA results The results of this research are as follows: - Through the general investigation on tomato in Don Duong and Duc Trong districts, we find out that tomato in Duc Trong have been severely destroyed by viruses - DAS-ELISA result data show that Cucumber Mosaic Virus is the key pathogen creating virus disease epidemic in Duc Trong on 3th, 2005 while Tobacco Mosaic Virus appears mildly and Tomato Spotted Wilt Virus is not found now in these areas - Finding out the RT-PCR process that can amplify the pretty specific product but the product has not been confirmed yet v MỤC LỤC CHƢƠNG TRANG Lời cảm tạ i Tóm tắt ii Tóm tắt tiếng Anh iii Mục lục iv Danh sách chữ viết tắt viii Danh sách bảng, biểu đồ ix Danh sách hình x PHẦN I MỞ ĐẦU 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Mục đích yêu cầu 1.2.1 Mục đích 1.2.2 Yêu cầu PHẦN II TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 Cà chua 2.1.1 Sơ lƣợc cà chua 2.1.2 Tình hình phát triển cà chua giới 2.1.3 Tình hình sản xuất cà chua Đà Lạt 2.2 Bệnh hại cà chua 2.2.1 Sơ lƣợc Tomato Spotted Wilt Virus (TSWV) 2.2.1.1 Lịch sử bệnh TSWV gây 2.2.1.2 Phân loại TSWV 2.2.1.3 Phân bố địa lý tầm quan trọng kinh tế 2.2.1.4 Dãy kí chủ TSWV 2.2.1.5 Cấu tạo TSWV 2.2.1.6 Tính chất TSWV 2.2.1.7 Vector truyền vi 2.2.1.8 Điều kiện phát triển bệnh TSWV 10 2.2.1.9 Triệu chứng bệnh 11 2.2.1.10 Khống chế bệnh TSWV 11 Cây kháng 11 Quản lý TSWV 12 2.2.2 Sơ lƣợc Tobacco Mosaic Virus (TMV) 14 2.2.2.1 Lịch sử bệnh 14 2.2.2.2 Phân loại TMV 14 2.2.2.3 Sự phân bố TMV 14 2.2.2.4 Ký chủ TMV 14 2.2.2.5 Đặc điểm cấu tạo TMV 14 2.2.2.6 Tính chất TMV 16 2.2.2.7 Đặc điểm truyền bệnh 17 2.2.2.8 Sự phát sinh phát triển TMV 17 2.2.2.9 Triệu chứng bệnh TMV 17 2.2.2.10 Phòng trừ 19 2.2.3 Sơ lƣợc Cucumber Mosaic Virus (CMV) 19 2.2.3.1 Lịch sử bệnh CMV 19 2.2.3.2 Phân loại CMV 20 2.2.3.3 Phạm vi phân bố 21 2.2.3.4 Ký chủ 21 2.2.3.5 Đặc điểm cấu tạo CMV 21 2.2.3.6 Tính chất lý hóa CMV 23 2.2.3.7 Sự truyền bệnh 24 2.2.3.8 Điều kiện phát triển bệnh 24 2.2.3.9 Triệu chứng 25 2.2.3.10 Phòng trừ 25 2.3 Các phƣơng pháp chẩn đoán bệnh virus thực vật 26 2.3.1 Phƣơng pháp chẩn đoán nhanh thị 26 vii 2.3.2 Phƣơng pháp chẩn đoán thị màu 26 2.3.3 Phƣơng pháp chẩn đoán dựa vào triệu chứng học 26 2.3.4 Phƣơng pháp chẩn đoán dựa vào kháng huyết 27 2.3.4.1 Phƣơng pháp Direct ELISA 28 2.3.4.2 Phƣơng pháp Indirect ELISA 28 2.3.4.3 Phƣơng pháp Sanwich ELISA 28 Direct Sanwich ELISA hay DAS-ELISA (Double antibody sandwich-ELISA) 28 Indirect Sanwich ELISA 28 2.3.4.4 Tissue blot immunoassay (TIBA) 28 2.3.4.5 Quartz crystal microbalance (QCM) immunosensor 28 2.3.5 Phƣơng pháp chẩn đoán dựa vào trình tự đoạn DNA 29 2.3.5.1 Phƣơng pháp RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphirm) 29 2.3.5.2 Phƣơng pháp PCR hay RT-PCR RNA 29 2.3.5.3 Các kỹ thuật liên quan đến PCR khác 29 2.3.5.4 Phƣơng pháp sử dụng probe đánh dấu 29 2.3.5.5 Array 29 2.4 Phƣơng pháp DAS-ELISA phƣơng pháp RT-PCR 30 2.4.1 Phƣơng pháp DAS-ELISA 30 2.4.2 Phƣơng pháp RT-PCR 30 2.5 Một số kết nghiên cứu nƣớc bệnh CMV, TMV TSWV gây thời gian gần 32 2.5.1 Ở nƣớc 32 2.5.2 Ở Việt Nam 33 PHẦN III VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 34 3.1 Thời gian địa điểm thực 34 3.1.1 Thời gian thực đề tài 34 3.1.2 Địa điểm thực đề tài 34 viii 3.2 Vật liệu 34 3.2.1 Dụng cụ 34 3.2.2 Hóa chất 34 3.3 Phƣơng pháp 35 3.3.1 Điều tra lấy mẫu 35 3.3.2 Phƣơng pháp nghiên cứu 35 3.3.2.1 Chẩn đoán DAS-ELISA 35 3.3.2.2 Chẩn đoán RT-PCR 36 Ly trích RNA 36 Phản ứng reverse transcriptase (RT) tạo cDNA 37 Phản ứng PCR 38 3.3.2.3 Phân tích sản phẩm PCR 44 PHẦN IV KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 46 4.1 Phản ứng ELISA 46 4.1.1 Kết ELISA 46 4.1.2 Tỷ lệ mẫu nhiễm hỗn hợp virus CMV TMV so với mẫu nhiễm CMV hay TMV 47 4.1.3 Tỷ lệ bệnh theo tuổi thể số mẫu điều tra 48 4.1.4 Tỷ lệ bệnh theo địa điểm thể số mẫu điều tra 49 4.1.5 Tỷ lệ bệnh theo giống cà thể số mẫu điều tra 51 4.1.6 Triệu chứng thực tế mẫu thí nghiệm 52 4.1.7 Tỷ lệ bệnh theo loại triệu chứng quan sát đƣợc 53 4.2 Kết phản ứng RT-PCR 57 Kết RT-PCR sử dụng cặp primer 57 Kết RT-PCR sử dụng cặp primer 62 PHẦN V KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 70 5.1 Kết luận 70 5.2 Đề nghị 71 PHẦN VI TÀI LIỆU THAM KHẢO 73 ix PHỤ LỤC Thành phần dung dịch phản ứng ELISA 76 PHỤ LỤC Thành phần chất kit tổng hợp iScriptTM 77 PHỤ LỤC Thành phần hóa chất phản ứng PCR 78 PHỤ LỤC Hình chụp đĩa chứa mẫu phân tích ELISA 79 PHỤ LỤC Bảng câu hỏi điều tra 80 PHỤ LỤC Danh sách trình tự tƣơng đồng với TMV dịng Trung Quốc dùng để thiết kế primer 81 x 86 PHỤ LỤC THÀNH PHẦN CÁC DUNG DỊCH TRONG PHẢN ỨNG ELISA Kháng thể kháng thể đa dòng từ thỏ Conjugate kháng thể đa dòng từ thỏ Buffer chiết X1(TSWV, TMV) PBS x 20 (Phosphate buffered Saline), 20% PVP (Polyvinylpyrrolidone), pH 7.4, Tween 1%, NaN3_gi|62125|emb|V01409.1|TOTMV5 Length=6398 Tobacco mosaic virus genome (variant 2) Score = 7133 bits (3598), Expect = 0.0 Identities = 3691/3722 (99%), Gaps = 0/3722 (0%) 92 Strand=Plus/Plus >gi|8886896|gb|AF273221.1|AF273221 Tobacco mosaic virus 126 kDa protein, 183 kDa protein, 54 kDa protein, movement protein, and coat protein genes, complete cds Length=6395 Score = 7111 bits (3587), Expect = 0.0 Identities = 3697/3731 (99%), Gaps = 2/3731 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|1321645|dbj|D78608.1|MTV180KP Tobacco mosaic virus gene for 180K protein Length=4851 Score = 7099 bits (3581), Expect = 0.0 Identities = 3682/3713 (99%), Gaps = 2/3713 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|15149321|gb|AF395129.1|AF395129 complete genome Length=6395 Tobacco mosaic virus isolate TMV-152, Score = 6770 bits (3415), Expect = 0.0 Identities = 3654/3731 (97%), Gaps = 2/3731 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|15149313|gb|AF395127.1|AF395127 Tobacco mosaic virus isolate Fujian, complete genome Length=6395 Score = 6746 bits (3403), Expect = 0.0 Identities = 3651/3731 (97%), Gaps = 2/3731 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|15149317|gb|AF395128.1|AF395128 complete genome Length=6395 Tobacco mosaic virus isolate TMV-017, Score = 6738 bits (3399), Expect = 0.0 Identities = 3650/3731 (97%), Gaps = 2/3731 (0%) Strand=Plus/Plus 93 >gi|1619995|dbj|D63809.1| Tabacco mosaic virus genomic RNA for 130K protein, 180K protein, 30K protein and coat protein, complete sequence Length=6395 Score = 5564 bits (2807), Expect = 0.0 Identities = 3502/3731 (93%), Gaps = 2/3731 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|50234597|gb|AY596920.1| Tobacco mosaic virus strain Egyptian helicase-like gene, partial sequence Length=838 Score = 904 bits (456), Expect = 0.0 Identities = 730/780 (93%), Gaps = 35/780 (4%) Strand=Plus/Plus >gi|62041|emb|X66047.1|TMV54KDA protein Length=1566 Tobacco Mosaic Virus RNA for 54 kDa Score = 811 bits (409), Expect = 0.0 Identities = 409/409 (100%), Gaps = 0/409 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|45685348|gb|AY566703.1| Tobacco mosaic virus replicase mRNA, partial cds Length=958 Score = 692 bits (349), Expect = 0.0 Identities = 352/353 (99%), Gaps = 0/353 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|1806556|emb|Z84397.1|TOBZ84397 fragment Length=339 Tobacco mosaic virus (strain h1a) RNA Score = 648 bits (327), Expect = 0.0 Identities = 336/339 (99%), Gaps = 0/339 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|1806557|emb|Z84398.1|TOBZ84398 Tobacco mosaic virus (strain H20a) RNA fragment Length=339 94 Score = 632 bits (319), Expect = 2e-177 Identities = 331/335 (98%), Gaps = 0/335 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|1806555|emb|Z84396.1|TOBZ84396 fragment Length=339 Tobacco mosaic virus (strain H17) RNA Score = 632 bits (319), Expect = 2e-177 Identities = 334/339 (98%), Gaps = 0/339 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|1806558|emb|Z84399.1|TOBZ84399 fragment Length=339 Tobacco mosaic virus (strain H23) RNA Score = 640 bits (323), Expect = 7e-180 Identities = 335/339 (98%), Gaps = 0/339 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|1894801|emb|Z92965.1|TMVZ92965 fragment Length=339 Tobacco mosaic virus (strain H20a) RNA Score = 632 bits (319), Expect = 2e-177 Identities = 331/335 (98%), Gaps = 0/335 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|1806559|emb|Z84400.1|TOBZ84400 fragment Length=336 Tobacco mosaic virus (strain H4a) RNA Score = 620 bits (313), Expect = 7e-174 Identities = 333/339 (98%), Gaps = 3/339 (0%) Strand=Plus/Plus >>gi|62128|emb|X02144.1|TOTMV8 Tobacco mosaic virus tomato strain (L) genome Length=6384 Score = 599 bits (302), Expect = 2e-167 Identities = 680/806 (84%), Gaps = 0/806 (0%) Strand=Plus/Plus 95 >gi|29539243|dbj|AB083196.1| genome, strain:L11A-Fukushima Length=6385 Tomato mosaic virus genomic RNA, complete Score = 599 bits (302), Expect = 2e-167 Identities = 680/806 (84%), Gaps = 0/806 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|13274576|gb|AF332868.1|AF332868 complete genome Length=6383 Tomato mosaic virus isolate Queensland, Score = 599 bits (302), Expect = 2e-167 Identities = 680/806 (84%), Gaps = 0/806 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|16580717|emb|AJ417701.1|TMO417701 complete genome Length=6383 Tomato mosaic virus camellia strain, Score = 589 bits (297), Expect = 2e-164 Identities = 735/881 (83%), Gaps = 0/881 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|5809676|gb|AF155507.2|AF155507 Tobacco mosaic virus, complete genome Length=6384 Score = 583 bits (294), Expect = 1e-162 Identities = 678/806 (84%), Gaps = 0/806 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|1890233|emb|Z92909.1|TMVK2XX genome Length=6383 Tobacco mosaic virus (K2 strain), complete Score = 573 bits (289), Expect = 1e-159 Identities = 733/881 (83%), Gaps = 0/881 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|6572455|emb|AJ243571.1|TMO243571 tobacco mosaic virus (K1 strain) complete RNA genome Length=6383 Score = 573 bits (289), Expect = 1e-159 96 Identities = 733/881 (83%), Gaps = 0/881 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|1806566|emb|Z84407.1|TOBZ84407 fragment Length=305 Tobacco mosaic virus (strain H4a) RNA Score = 571 bits (288), Expect = 5e-159 Identities = 300/304 (98%), Gaps = 0/304 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|1806563|emb|Z84404.1|TOBZ84404 fragment Length=305 Tobacco mosaic virus (strain H20a) RNA Score = 571 bits (288), Expect = 5e-159 Identities = 300/304 (98%), Gaps = 0/304 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|1806554|emb|Z84374.1|TOBZ84374 fragment Length=339 Tobacco mosaic virus (strain H12) RNA Score = 569 bits (287), Expect = 2e-158 Identities = 326/339 (96%), Gaps = 0/339 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|1806561|emb|Z84402.1|TOBZ84402 fragment Length=305 Tobacco mosaic virus (strain H17) RNA Score = 563 bits (284), Expect = 1e-156 Identities = 299/304 (98%), Gaps = 0/304 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|4456886|emb|AJ132845.1|TMO132845 tomato mosaic virus genes encoding RNAdependent RNA polymerase, movement protein and coat protein Length=6384 Score = 557 bits (281), Expect = 8e-155 Identities = 731/881 (82%), Gaps = 0/881 (0%) Strand=Plus/Plus 97 >gi|1806565|emb|Z84406.1|TOBZ84406 fragment Length=305 Tobacco mosaic virus (strain H23) RNA Score = 555 bits (280), Expect = 3e-154 Identities = 298/304 (98%), Gaps = 0/304 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|1806560|emb|Z84401.1|TOBZ84401 fragment Length=305 Tobacco mosaic virus (strain H12) RNA Score = 468 bits (236), Expect = 6e-128 Identities = 287/304 (94%), Gaps = 0/304 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|62126|emb|X00052.1|TOTMV6 Tobacco mosaic virus (TMV) common strain OM 5'-terminal region Length=275 Score = 422 bits (213), Expect = 3e-114 Identities = 222/225 (98%), Gaps = 0/225 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|1806551|emb|Z84371.1|TOBZ84371 Tobacco mild green mosaic virus (strain H7) RNA fragment Length=309 Score = 420 bits (212), Expect = 1e-113 Identities = 262/276 (94%), Gaps = 2/276 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|1806564|emb|Z84405.1|TOBZ84405 fragment Length=305 Tobacco mosaic virus (strain H21a) RNA Score = 396 bits (200), Expect = 2e-106 Identities = 278/304 (91%), Gaps = 0/304 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|1806562|emb|Z84403.1|TOBZ84403 fragment Length=305 Tobacco mosaic virus (strain H1a) RNA 98 Score = 381 bits (192), Expect = 1e-101 Identities = 276/304 (90%), Gaps = 0/304 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|62118|emb|V01405.1|TOTMV1 Tobacco mosaic virus (TMV) RNA 5' coding region (nucleotides 69 to 236) Length=168 Score = 218 bits (110), Expect = 9e-53 Identities = 110/110 (100%), Gaps = 0/110 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|57639540|gb|AY859497.1| complete genome Length=6356 Pepper mild mottle virus isolate PMMoV-CN, Score = 159 bits (80), Expect = 7e-35 Identities = 413/524 (78%), Gaps = 0/524 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|66863604|dbj|AB113117.1| Pepper mild mottle virus gene for 126k protein, complete cds, strain: TPO-2-19 Length=6356 Score = 151 bits (76), Expect = 2e-32 Identities = 412/524 (78%), Gaps = 0/524 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|66863602|dbj|AB113116.1| Pepper mild mottle virus gene for 126k protein, complete cds, strain: Pa18 Length=6356 Score = 151 bits (76), Expect = 2e-32 Identities = 412/524 (78%), Gaps = 0/524 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|23237770|dbj|AB000709.2| Pepper mild mottle virus mRNA for 126 kDa protein, 183kDa protein, 28kDa protein, 17kDa protein, complete cds Length=6357 99 Score = 151 bits (76), Expect = 2e-32 Identities = 412/524 (78%), Gaps = 0/524 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|333293|gb|M81413.1|PPPSLF Nucleotide sequence of the genomic RNA of the tobamovirus Pepper mild mottlevirus, strain S (PMMV-S) Length=6357 Score = 151 bits (76), Expect = 2e-32 Identities = 412/524 (78%), Gaps = 0/524 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|18652912|dbj|AB069853.1| complete cds Length=6357 Pepper mild mottle virus gene for 126 kDa protein, Score = 151 bits (76), Expect = 2e-32 Identities = 412/524 (78%), Gaps = 0/524 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|60417796|dbj|AB126003.1| Pepper mild mottle virus gene for 183 KDa protein, 126 KDa protein, movement protein, coat protein, complete cds Length=6356 Score = 149 bits (75), Expect = 7e-32 Identities = 294/367 (80%), Gaps = 0/367 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|15387664|emb|AJ308228.1|PMI308228 Pepper Mild Mottle Virus proviral gene for 183 kDa protein, gene for 126 kDa protein, gene for 28 kDa protein and cp gene, genomic RNA Length=6357 Score = 145 bits (73), Expect = 1e-30 Identities = 247/305 (80%), Gaps = 0/305 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|577067|emb|X82684.1|LETXETB2 xyloglucan endo-transglycosylase Length=1279 L.esculentum tXET-B2 mRNA for 100 Score = 133 bits (67), Expect = 4e-27 Identities = 163/195 (83%), Gaps = 0/195 (0%) Strand=Plus/Minus >gi|62127|emb|X00053.1|TOTMV7 Tobacco mosaic virus tomato (TMV) strain L 5'terminal region Length=278 Score = 133 bits (67), Expect = 4e-27 Identities = 163/195 (83%), Gaps = 0/195 (0%) Strand=Plus/Plus >gi|22138833|dbj|AB089381.1| strain:Japanese Length=6524 Paprika mild mottle virus complete genome, Score = 129 bits (65), Expect = 6e-26 Identities = 110/125 (88%), Gaps = 0/125 (0%) Strand=Plus/Plus (Nguồn: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Blast/Blast.cgi) ... nhiễm bệnh virus (Cucumber Mosaic Virus, Tobacco Mosaic Virus Tomato Spotted Wilt Virus) cà chua (Solanum lycopersicum) tỉnh Lâm Đồng kỹ thuật ELISA bƣớc đầu xây dựng quy trình chẩn đoán virus Tobacco. .. TOMATO SPOTTED WILT VIRUS) TRÊN CÀ CHUA (Solanum lycopersicum) Ở TỈNH LÂM ĐỒNG BẰNG KỸ THUẬT ELISA VÀ BƢỚC ĐẦU XÂY DỰNG QUY TRÌNH CHẨN ĐỐN TOBACCO MOSAIC VIRUS BẰNG KỸ THUẬT RT-PCR Giáo viên hƣớng... TẮT Lâm Ngọc Hạnh Đại học Nơng Lâm Tp Hồ Chí Minh Tháng 9/2005 ? ?Đánh giá tình trạng nhiễm bệnh virus (Cucumber Mosaic Virus, Tobacco Mosaic Virus Tomato Spotted Wilt Virus) cà chua (Solanum lycopersicum)
