NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN MỘT SỐ MẪU PHÂN LẬP NẤM Corynespora cassiicola (Berk. Curt.) Wei TRÊN CÂY CAO SU BẰNG KỸ THUẬT GIẢI TRÌNH TỰ VÙNG ITS – rDNA VÀ CHỈ THỊ PHÂN TỬ ISSR

57 4 0
  • Loading ...
1/57 trang

Thông tin tài liệu

Ngày đăng: 27/02/2019, 12:07

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BỘ MƠN CƠNG NGHỆ SINH HỌC KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN MỘT SỐ MẪU PHÂN LẬP NẤM Corynespora cassiicola (Berk & Curt.) Wei TRÊN CÂY CAO SU BẰNG KỸ THUẬT GIẢI TRÌNH TỰ VÙNG ITS – rDNA VÀ CHỈ THỊ PHÂN TỬ ISSR Ngành học : CÔNG NGHỆ SINH HỌC Sinh viên thực : DƯƠNG NGỌC KIỀU THI Niên khóa : 2006 – 2010 Tháng 07/2010     BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BỘ MƠN CƠNG NGHỆ SINH HỌC NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN MỘT SỐ MẪU PHÂN LẬP NẤM Corynespora cassiicola (Berk & Curt.) Wei TRÊN CÂY CAO SU BẰNG KỸ THUẬT GIẢI TRÌNH TỰ VÙNG ITS - rDNA VÀ CHỈ THỊ PHÂN TỬ ISSR Hướng dẫn khoa học: Sinh viên thực hiện: TS NGUYỄN ANH NGHĨA DƯƠNG NGỌC KIỀU THI KS NGUYỄN VĂN LẪM Tháng 07/2010     LỜI CẢM ƠN   Xin chân thành cảm ơn Ban Giám Hiệu, quý thầy cô Trường Đại học Nơng Lâm Thành phố Hồ Chí Minh Bộ mơn Cơng nghệ Sinh học tận tình dạy dỗ, tạo điều kiện tối đa cho bạn sinh viên khác hồn thành chương trình học trường Xin chân thành cám ơn Viện Nghiên cứu Cao su Việt Nam, Bộ môn Bảo vệ Thực vật, Bộ mơn Giống nhiệt tình giúp đỡ tơi hồn thành khóa luận tốt nghiệp Xin chân thành cám ơn Tiến sĩ Nguyễn Anh Nghĩa, Kỹ sư Nguyễn Văn Lẫm, cô chú, anh chị Bộ môn Bảo vệ Thực vật Bộ mơn giống ln tận tình bảo tơi giúp đỡ tơi để tơi hồn thành khóa luận Cám ơn bạn Trường Đại Học Nông Lâm bên tôi, san sẻ niềm vui nỗi buồn với tôi, động viên suốt thời gian qua Cuối cùng, xin chân thành cám ơn ba mẹ sinh con, nuôi nấng con, yêu thương con, dạy dỗ thành người Nếu khơng có ba mẹ, tuyệt đối không trưởng thành ngày hôm Người thực DƯƠNG NGỌC KIỀU THI i   TÓM TẮT Bệnh rụng Corynespora, gây nên nấm Corynespora cassiicola, bệnh quan trọng cao su (Hevea brasiliensis) Triệu chứng bệnh đa dạng biến thiên nên dễ nhầm lẫn với bệnh khác Bệnh gây rụng Corynespora cao su dẫn đến thiệt hại nặng nề cho ngành cao su Kiểm sốt bệnh thuốc hóa học ảnh hưởng đến mơi trường Kiểm sốt bệnh biện pháp di truyền hi vọng đem lại kết tốt Do đó, 34 mẫu phân lập nấm C cassiicola từ vùng khác dòng vơ tính cao su khác tách đơn bào tử, nhân sinh khối ly trích DNA, thực phản ứng PCR – ITS với cặp mồi ITS1 ITS4, giải trình tự, so sánh kết giải trình tự để tìm khác biệt Thực phản ứng PCR – ISSR với mồi UBC826, UBC835, Mj3, Mj4, Mj5, so sánh khác biệt băng DNA gel điện di để phân tích đa dạng di truyền Đề tài phân tích đa dạng di truyền sử dụng thị phân tử ISSR giải trình tự vùng rDNA – ITS phân tách 34 mẫu phân lập nấm C cassiicola thành hai nhóm Nhóm gồm 21 mẫu phân lập thu thập từ vùng Lai Khê, Đồng Nai, Quảng Nam, nhóm gồm 13 mẫu phân lập lại thu thập từ vùng Lai Khê, Đồng Nai, Quảng Nam, Bình Phước Tây Nguyên Đã phát SNPs vùng rDNA – ITS mẫu phân lập nghiên cứu Kết tìm kiếm BLAST cho thấy trình tự nucleotide vùng rDNA – ITS nấm C cassiicola có tính bảo tồn cao Nhìn chung, thị phân tử ISSR kỹ thuật hữu hiệu để phân biệt nhóm di truyền nấm thị phân tử trình tự rDNA – ITS khơng định danh mà suy nhóm di truyền nấm Nghiên cứu khẳng định có hai nhóm di truyền nấm C cassiicola xâm nhiễm vào cao su trồng Việt Nam Khả lây nhiễm dòng vơ tính cao su mẫu phân lập thuộc hai nhóm di truyền cần xem xét nhằm xác định có phải chúng thuộc hai nòi sinh lý khác hay khơng ii   SUMMARY “Diversity of Corynespora cassiicola (Berk & Curt.) Wei isolates in rubber trees using ISSR markers and rDNA – ITS sequence markers” Corynespora leaf fall, caused by Corynespora cassiicola, is one of the most important diseases in rubber (Hevea brasiliensis) plantations Diversified and variable symptoms easily caused mistake for other leaf diseases Corynespora leaf fall in rubber trees can cause serious damage for rubber plantations Chemical controls are effective but could harm the environment Genetic controls are awaiting for bringing positive effects There fore, 34 C cassiicola isolates obtained from a number of Hevea clones growed in rubber platations in Vietnam were purified using single spore isolation method, extracted DNA, using PCR – ITS with ITS1 and ITS4 primer, sequencing, comparing the sequencing results and finding the differences Using PCR – ISSR with primers UBC826, UBC835, Mj3, Mj4, Mj5, the differences of bands generated are compared for diversity analysis In this study, the ISSR and rDNA – ITS sequence analyses segregated the 34 studied isolates into two distinct groups Group includes 21 isolates from Lai Khe, Dong Nai, Quang Nam; and group includes 13 isolates obtained from Lai Khe, Dong Nai, Quang Nam, Binh Phuoc and Tay Nguyen Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) were discovered from the rDNA – ITS region of the studied isolates The BLAST search results revealed that the nucleotide sequences in the rDNA – ITS region of C cassiicola fungus are highly conserved In conclusion, ISSR markers proved useful to distinguish the genotype groups of the fungus while rDNA – ITS sequence markers could not only identify but could also infer the genotype groups of this fungus This study confirmed that at least two distinct groups of C cassiicola infect rubber trees in Vietnam The infectious ability on different rubber clones of the isolates belonged to these two groups need to be considered to confirm whether they are belong to two different physiological races iii   MỤC LỤC     Trang Lời cảm ơn i Tóm tắt ii Summary iii Mục lục iv Danh sách chữ viết tắt vii Danh sách bảng ix Danh sách hình ix Chương MỞ ĐẦU 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Yêu cầu đề tài 1.3 Nội dung thực Chương TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 Sơ lược cao su Hevea brasiliensis 2.1.1 Nguồn gốc cao su Việt Nam 2.1.2 Bệnh hại cao su 2.2 Sơ lược nấm Corynespora cassiicola 2.2.1 Lịch sử phát nấm Corynespora cassiicola 2.2.2 Phân loại học 2.2.3 Phạm vi phân bố, phổ ký chủ khả gây bệnh 2.3 Bệnh rụng Corynespora cao su 2.4 Đặc tính gây bệnh nấm Corynespora cassiicola (Berk & Curt.) Wei 2.5 Tình hình bệnh nấm Corynespora cassiicola gây Việt Nam 2.6 Phân tích đa dạng di truyền dựa kỹ thuật sinh học phân tử 2.6.1 RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) 2.6.2 ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) 10 2.6.3 Ribosomal DNA – ITS (rDNA – ITS) sequencing 13 2.7 Những nghiên cứu Corynespora cassiicola nước 15 2.7.1 Những nghiên cứu Corynespora cassiicola nước 15 iv   2.7.1.1 Tình hình bệnh hại Corynespora 15 2.7.1.2 Những nghiên cứu Corynespora cassiicola giới 16 2.7.2 Những nghiên cứu Corynespora cassiicola nước 18 2.7.2.1 Tình hình bệnh hại nước 18 2.7.2.2 Các nghiên cứu thực 19 Chương VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 20 3.1 Thời gian địa điểm nghiên cứu 20 3.1.1 Thời gian 20 3.1.2 Địa điểm 20 3.2 Vật liệu 20 3.2.1 Các mẫu phân lập nấm Corynespora cassiicola 20 3.2.2 Hóa chất 21 3.2.2.1 Hóa chất dùng để ly trích DNA nấm 21 3.2.2.2 Hóa chất để thực phản ứng PCR 21 3.2.2.3 Hóa chất để điện di sản phẩm PCR 22 3.2.3 Máy móc thiết bị 22 3.3 Phương pháp nghiên cứu 22 3.3.1 Ly trích DNA mẫu phân lập nấm Corynespora cassiicola 22 3.3.2 Phân tích đa dạng di truyền giải trình tự vùng rDNA – ITS 23 3.3.2.1 Khuếch đại vùng rDNA – ITS kỹ thuật PCR 23 3.3.2.2 Giải trình tự vùng rDNA – ITS 24 3.3.2.3 Phân tích đa dạng di truyền từ kết giải trình tự 24 3.3.3 Phân tích đa dạng di truyền phương pháp khuếch đại vùng ISSR 24 3.3.3.1 Khuếch đại vùng ISSR 24 3.3.3.2 Phân tích kết 25 Chương KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 26 4.1 Kết 26 4.1.1 Kết ly trích DNA nấm Corynespora cassiicola 26 4.1.2 Nhận diện phân tích đa dạng di truyền dựa vùng rDNA – ITS 26 4.1.3 Phân tích đa dạng di truyền dựa kỹ thuật ISSR 28 4.2 Thảo luận 31 Chương KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 35 v   5.1 Kết luận 35 5.2 Đề nghị 35 TÀI LIỆU THAM KHẢO 37  PHỤ LỤC vi   DANH SÁCH CÁC CHỮ VIẾT TẮT µg : Microgram µl : Microlitre µM : Micromolar AFLP : Amplified Fragment Length Polymorphism BLAST : Basic Local Alignment Search Tool bp : base pair CFC : Common Fund for Commodities CTAB : hexacetyltrimethyl ammonium bromide DNA : deoxyribonucleic acid dNTPs : deoxynucleotides EDTA : ethylenediaminetetraacetic acid g : gram IMI : International Mycological Institute ISSR : Inter Simple Sequence Repeat ITS : Internal Transcribed Spacer kp : kilo base – pair LSU : Large subunit mM : Milimolar MW : molecular weight NCBI : National Center for Biotechnology Information ng : nanogram PCR : Polymerase Chain Reaction PDA : Potato Dextrose Agar RAPD : Random Amplified Polymorphic DNA rDNA : ribosomal deoxyribonucleotide acid RFLPs : Restriction Fragment Length Polymorphisms RNA : ribonucleic acid RNase A : ribonuclease A RRIM : Rubber Research Institute of Malaysia vii   RRIV : Rubber Research Institute of Vietnam SALB : South American Leaf Blight SNPs : Single Nucleotide Polymorphism SSR : Simple Sequence Repeat SSU : Small subunit TAE : Tris acetate EDTA TE : Tris – EDTA U : Unit UBC : University of British Columbia UPGMA : unweighted paired group method with arithmetic mean UV : Ultra Violet V : Volts viii   số báo cáo khác lại khơng tìm thấy tương quan (Romruensukharom, 2005) Một thứ bất tiện cho kỹ thuật RAPD sinh sản phẩm ít, khơng ổn định khơng phòng thí nghiệm với mà phòng thí nghiệm (Jones ctv, 1997) Inter Simple Sequence Repeat (ISSR) (Zietkiewicz ctv, 1994) phương pháp khác dựa tảng kỹ thuật PCR tương tự RAPD ngoại trừ trình tự mồi ISSR dài thiết kế từ vùng vi vệ tinh Do đó, nhiệt độ bắt cặp mồi cao nhiệt độ sử dụng cho mồi RAPD làm cho sản phẩm PCR tăng độ tin cậy lên cao Thuận lợi kỹ thuật ISSR sử dụng thị phân tử đa vị trí để phân tích đa dạng di truyền, in dấu di truyền, lập đồ gen hiệu Chúng dễ thực hiện, cho sản phẩm nhiều so với kỹ thuật RAPD khơng cần phải biết trước trình tự (Goldwin ctv, 1997) ISSR ứng dụng thành công nghiên cứu đa dạng di truyền nhiều nấm bệnh Beauveria bassiana (Estrada ctv, 2007), Fusarium graminearum (Mishra ctv, 2004), Serpula lacrymans (Kauserud, 2004), Cryphonectria cubensis (Van Der Merwe ctv, 2003), Ustilago spp (Menzies ctv, 2003) Cho đến nay, lần ISSR sử dụng để phân tích đa dạng di truyền nấm C cassiicola cao su thực Việt Nam Trong nghiên cứu này, 94,4% băng DNA tổng hợp đa hình, điều phản ánh mẫu nấm phân lập tồn mức độ biến động di truyền lớn Hai nhóm từ phân lồi tạo nên từ phân tích UPGMA dựa hệ số tương đồng Nei Li không tương quan với vùng địa lý phân lập Dựa kết thu được, Lai Khê, Quảng Nam Đồng Nai có hai nhóm nấm bệnh, Bình Phước Tây Ngun có nhóm 2, chưa thấy xuất nhóm vùng Các giống cao su trồng phổ biến Việt Nam RRIV 3, RRIV 4, PB 260 bị hai nhóm nấm xâm nhiễm Giá trị tương đồng thấp hai nhóm nấm (41,2%) cho thấy có biến động di truyền lớn mẫu nấm phân lập Giá trị tương đồng hai phân nhóm phụ 1A 1B thấp (42,5%), điều cho thấy có biến động di truyền lớn mẫu phân lập nhóm Giá trị tương đồng mẫu phân lập phân nhóm phụ 1A 78%, giá trị bootstrap cao (100%), cho thấy mẫu phân lập phân nhóm phụ 1A có tương đồng lớn Nhóm có giá trị tương đồng mẫu 62% giá trị bootstrap 100% cho thấy mức độ tương quan mẫu phân lập nhóm 32   Bên cạnh thị phân tử ISSR, giải trình tự vùng ITS – rDNA phương pháp hữu dụng để định danh nghiên cứu đa dạng di truyền nấm (White ctv, 1990) Vùng rDNA – ITS nằm small subunit DNA (SSU) large subunit DNA (LSU) với vùng ITS1 ITS2 (Internal trancribed spacer) 5,8S rDNA gene nhân Trình tự vùng rDNA – ITS ứng dụng rộng rãi để tìm mối quan hệ di truyền loài nấm loài để phát định danh nấm (Kanbe, 2008; Abdel – Rahman, 2008; Bridge ctv, 2008, 2005; Nelson ctv, 2008, 2005; Horton Bruns, 2001; Cullings Vogler, 1998; Hershkovitz Lewis, 1996; White ctv, 1990) Các đoạn ITS1 – 5,8S rDNA – ITS2 với giống hệt vùng 5,8S rDNA ITS2 34 mẫu phân lập vùng rDNA – ITS mẫu phân lập nghiên cứu có tính bảo tồn cao phát đột biến SNPs vùng ITS1 Một điều quan trọng SNPs chia mẫu phân lập thành hai nhóm hồn tồn trùng khớp với kết thu từ phân tích UPGMA 125 băng ISSR – DNA Điều cho thấy có tương quan loại đánh dấu phân tử nghiên cứu Kết BLAST tìm kiếm trình tự tương đồng rDNA – ITS cho kết tương đồng cao mẫu phân lập nghiên cứu hầu hết mẫu phân lập nấm Corynespora cassiicola GenBank cho thấy 34 mẫu phân lập nấm nghiên cứu thuộc loài nấm Điều vùng rDNA – ITS nấm C cassiicola có tính bảo tồn cao mẫu phân lập tương tự vài lồi nấm khác Aspergillus fumigatus, Candida albicans, Saccharomyces cerevisiae, Xanthoria parietina, Boletus edulis, Ustilago maydis khác với nấm khác Fusarium solani, Xylaria hypoxxylon, Rhizoctonia bataticola, Archaeospora leptoticha (Nilsson ctv, 2008) Khái niệm đơn giản SNP vị trí base tìm thấy base khác (Carter ctv, 2004) SNPs dạng đột biến phổ biến tìm thấy DNA gen (Bruns ctv, 2003; Barnes, 2002) Theo Nilsson ctv (2008), biến động ITS loài số loài nấm GenBank tương đối thấp với nửa chúng cho thấy khác biệt nhỏ 1% Nhưng có nhiều đột biến SNPs tồn vùng Các SNPs báo cáo vùng rDNA – ITS vài loài nấm Trichophyton tonsurans (Abdel – Rahman, 2008), Odium 33   heveae (Liu ctv, 2007), Agaricus bisporus (Yadav ctv, 2007), Glomus etunicatum (Pawlowska Taylor, 2004) 34   Chương KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ   5.1 Kết luận Giải trình tự vùng rDNA – ITS đánh dấu phân tử ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) dùng để phân tích đa dạng di truyền 34 mẫu phân lập thu từ số dòng vơ tính cao su trồng nhiều vùng địa lý Việt Nam Phân tích trình tự vùng ITS cho thấy mức độ tương đồng trình tự nucleotide mẫu phân lập nghiên cứu cao xuất đột biến SNPs vùng ITS1 Đột biến phân 34 mẫu phân lập nghiên cứu thành hai nhóm nhóm gồm 21 mẫu phân lập thu từ vùng Lai Khê, Đồng Nai, Quảng Nam nhóm gồm 13 mẫu phân lập lại thu từ vùng Lai Khê, Đồng Nai, Quảng Nam , Bình Phước Tây Nguyên Kết BLAST cho trình tự rDNA – ITS cho thấy tương đồng lớn mẫu phân lập nghiên cứu hầu hết mẫu phân lập GenBank Mặt khác, điều trình tự nucleotide vùng rDNA – ITS nấm C cassiicola có tính bảo tồn cao Phân tích ISSR chia 34 mẫu phân lập thành hai nhóm mẫu phân lập nhóm hoàn toàn trùng khớp với kết thu từ phân tích trình tự vùng rDNA – ITS Chỉ thị phân tử ISSR chứng tỏ hữu ích phân hóa mẫu phân lập lồi nấm thị phân tử trình tự vùng rDNA – ITS khơng định danh mà phân hóa mẫu phân lập lồi nấm Nghiên cứu chứng tỏ có hai nhóm di truyền nấm C cassiicola tồn vùng địa lý khác dòng vơ tính cao su khác Việt Nam Các thông tin thị cần phải mở rộng thêm để nghiên cứu đa dạng di truyền rộng nấm C cassiicola từ nhiều vùng địa lý khác ký chủ khác 5.2 Đề nghị Khả lây nhiễm dòng vơ tính cao su mẫu phân lập thuộc hai nhóm di truyền cần xem xét nhằm xác định có phải chúng thuộc nòi sinh lý khác hay không Cần tiến hành phân lập mẫu bệnh thu thập từ loài ký chủ khác, phân tích mối quan hệ di truyền mẫu phân lập với mẫu phân lập từ cao 35   su Khảo sát khả lây nhiễm chéo chúng, phục vụ cho công tác phòng chống kiểm sốt bệnh lồi nấm gây cao su loài trồng khác 36   TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng Việt Vũ Thị Quỳnh Chi 2005 Phân tích đa dạng di truyền số mẫu nấm Corynespora cassiicola (Berk & Curt.) Wei gây bệnh cao su (Hevea brasiliensis Muell Arg.) phương pháp RFLP – PCR Luận văn kỹ sư chuyên ngành Công nghệ Sinh học, Đại học Nơng Lâm Tp Hồ Chí Minh Phan Thành Dũng 2004 Kỹ thuật bảo vệ thực vật cao su Nhà xuất Nông Nghiệp Nguyễn Thái Hoan, Phan Thành Dũng Trần Minh 2006 Bản tin số thông tin khoa học - công nghệ cao su thiên nhiên, Viện Nghiên cứu Cao su Việt Nam Lê Văn Huy, 2006 Nghiên cứu đa dạng di truyền quần thể nấm Corynespora cassiicola (Berk & Curt.) Wei gây bệnh cao su (Hevea brasiliensis Muell Arg.) trại thực nghiệm Lai Khê, Viện Nghiên cứu Cao su Việt Nam kỹ thuật RAPD Luận văn kỹ sư Công nghệ Sinh học, Đại học Nông Lâm Tp Hồ Chí Minh Đặng Văn Vinh 2000 Một trăm năm cao su Việt Nam Nhà xuất Nông Nghiệp TP HCM 11-38 Tài liệu tiếng Anh Abdel-Rahman SM 2008 Strain differentiation of Dermatophytes Mycopathologia 166:319–33 Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ 1990 Basic local alignment search tool Journal of Molecular Biology 215(3): 403–410 Atan S, Hamid NH 2003 Differentiating races of Corynespora cassiicola using RAPD and internal transcribed spacer markers J Rubber Res 6(1): 58-64 Awoderu VA 1969 New leaf spot of para rubber (Hevea Brasiliensis) in Nigeria Plant Disease Reporter 53(5): 406-408 10 Bardakci F 2001 Random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers Turkey Journal Biology 25:185–196 11 Barnes MR 2002 SNP and mutation data on the Web – hidden treasures for uncovering Comparative and Functional Genomics 3:67–74 12 Benson AD, Karsch-Mizrachi I, Lipman DJ, Ostell J, Wheeler DL 2008 GenBank Nucleic Acids Research 36: 25–30 13 Bornet B, Branchard M 2001 Nonanchored inter simple sequence repeat (ISSR) markers: reproducible and specific tools for genome fingerprinting Plant Molecular Biology Reporter 19:209–215 14 Bruns TD, White TJ, Taylor JW 1991 Fungal molecular systematics Annual Review of Ecology and Systematics 22:525–564 15 Carter DA, Nai TD, Marra RE, Vera RE 2004 The development of genetic markers from fungal genome initiatives Applied Mycology and Biotechnology 4:1–27 16 Chee, K.H., 1987 Corynespora leaf spot Rubber Research Institute of Malaysia Planters’ Bulletin, No 194: – 17 Choi YJ, Denchev CM, Shin HD 2008 Morphological and molecular analyses support the existence of host-specific Peronospora species infecting Chenopodium Mycopathologia 165:155–164 37   18 Darmono TW, Darussamin A, Pawirosoemardjo S 1996 Variation among isolates of Corynespora cassiicola associated with Hevea brasiliensis in Indonesia In: Proceeding Workshop on Corynespora Leaf Fall Disease of Hevea Rubber, 16-17 December 1996 , Medan, Indonesia Indonesian Rubber Research Institute pp.79–91 19 Dung PT 1995 Studies on Corynespora cassiicola (Bert & Curt.) Wei on Rubber Master’s Thesis, Universiti Pertanian Malaysia (UPM) 20 Dung, P.T and Hoan, N.T 2000 Current status of Corynespora leaf fall in Vietnam Presented at workshop on Corynespora leaf fall disease of Hevea brassiliensis, Kuala Lumpur, Malaysia and Medan, Indonesia, – 15 21 Estrada ME, Camacho MV, Benito C 2007 The molecular diversity of different isolates of Beauveria bassiana (Bals.) Vuill as assessed using intermicrosatellites (ISSRS) Cellular and Molecular Biology Letters 12: 240–252 22 Gil-Lamaignere C, Roilides E, Hacker J, Muller FMC 2003 Molecular typing for fungi–a critical review of the possibilities and limitation of currently and future methods Clinical Microbiology and Infection 9:172–185 23 Goldwin ID, Aitken AB, Smith LW 1997 Application of inter simple sequence repeats (ISSR) markers to plant genetics Electrophoresis 18:1524–1528 24 Hall TA 1999 BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT Nucleic Acids Symposium Series 41:95–98 25 Hershkovitz MA, Lewis LA 1996 Deep-level diagnostic value of the rDNA–ITS region Molecular Biology and Evolution 13:1276–1295.Jayashinge, C.K 2000 Current status of Corynespora leaf fall in Sri Lanka Presented at workshop on Corynespora leaf fall disease of Hevea brassiliensis, Kuala Lumpur, Malaysia and Medan, Indonesia, – 15 26 Jones CJ, Edwards KJ, Castaglione S, Winfield MO, Sala F, Van de Wiel C, Bredemeijer G, Vosman B, Matthes M, Daly A, Brettschneider R, Bettini P, Buiatti M., Maestri E, Malcevschi A, Marmiroli N, Aert R, Volckaert G, Rueda J, Linacero R, Vazquez A, Karp A 1997 Reproducibility testing of RAPD, AFLP and SSR markers in plants by a network of European laboratories Molecular Breeding 3:381–390 27 Junqueira NTV, Gasparotto L, Moraes VHF, Silva HM, Lim TM 1985 New diseases caused by virus, fungi and also bacterium on rubber from Brazil and their impact on international quarantine In: Proceeding of the regional conference on plant quarantine support for agricultural development pp 253–260 28 Kanbe T 2008 Molecular approaches in the diagnosis of dermatophytosis Mycopathologia 166:307–317 29 Litt M, Luty JA 1989 A hypervariable microsatellite revealed by in vitro amplification of a dinucleotide repeat within the cardiac muscle actin gene American Journal of Human Genetics 44:397–401 30 Maclean DJ, Braithwaite KS, Manners JM, Irwin JAG 1993 How we identify and classify fungal plant pathogens in the era of DNA analysis? Advances in Plant Pathology 10:207–244 31 McCartney HA, Foster SJ, Fraaije BA, Ward E 2003 Molecular diagnostics for fungal plant pathogens Pest Management Science 59:129–142 32 Nguyen Anh Nghia, Jagah Kadir, Sunderasan E., Mohd Puad Abdullah, Adam Mailik Suhaimi Napis 2008 Morphological and Inter Simple Sequence Repeat (ISSR) Markers Analyses of Corynespora cassiicola Isolates from Rubber Plantation in Malaysia Mycopathologia 166:189-201 38   33 Nguyen Anh Nghia 2009 Diversity of Corynespora cassiicola isolates and changes in rubber (Hevea brasiliensis) leaf protein profiles in response to pathogen inoculation pp 79-82 34 Nilsson RH, Kristiansson E, Ryberg M, Hallenberg N, Larsso KH 2008 Intraspecific ITS variability in the kingdom fungi as expressed in the international sequence databases Evolutionary Bioinformatics 4:193–201 35 Page RDM 1996 TREEVIEW: an application to display phylogenetic trees on personal computers Computer Applications in the Biosciences 12:357–358 36 Pavlíček A, Hrdá Š, Flegr J 1999 FreeTree - freeware program for construction of phylogenetic trees on the basis of distance data and for bootstrap/jackknife analysis of the trees robustness Application in the RAPD analysis of genus Frenkelia Folia Biologica 45:97–99 37 Pearson WR, Lipman DJ 1988 Improved tools for biological sequence comparison Proceedings of the National Academy of Sciences USA 85:2444–2448 38 Pongthep K Corynespora disease of Hevea in Thailand 1987 In: Proceeding of IRRDB symposium on pathology of Hevea brasiliensis, 2-3 November 1987, Chieng Mai, Thailand The International Rubber Research and Development Board pp 1–5 39 Rahman MA 1988 Diseases of Hevea brasiliensis in Bangladesh Bano Biggyyan Patrika 17:73–79 40 Ramakrishnan TS, Pillay R 1961 Leaf spot of rubber caused by Corynespora cassiicola (Berk & Curt.) Wei Rubber Board Bulletin 5: 32-35 41 Reddy MP, Sarla N, Siddiq EA 2002 Inter simple sequence repeat (ISSR) polymorphism and its application in plant breeding Euphytica 128:9–17 42 Romruensukharom P, Tragoonrung S, Vanavichit A, Toojinda T 2005 Genetic variability of Corynespora cassiicola population in Thailand Journal of Rubber Research 8(1): 38-49 43 Safiah A, Noor HH 2003 Differentiating races of Corynespora cassiicola using RAPD and internal transcribed spacer markers Journal of Rubber Research 6(1): 58– 64 44 Sankar AA, Moore GA 2001 Evaluation of inter-simple sequence repeat analysis for mapping in Citrus and extension of genetic linkage map Theoretical and Applied Genetics 102:206–214 45 Silva, W.P.K, Deverall, B.J & Lyon, B.R 1998 Molecular, physiological and pathological characterization of Corynespora leaf spot fungi from rubber plantations in Sri Lanka Plant pathology, 47 (3), 267-277 46 Silva, W.P.K, Deverall, B.J & Lyon, B.R., 1995 RFLP and RAPD analyses in the identification and differentiation of isolates of the leaf spot fungus C cassiicola Aust J Bot., 43, 609 – 618 47 Silva, W.P.K, Eric H Karunanayake, Ravi L.C Wijesundera and Uhanowita M.S Priyanka 2003 Genetic variation in Corynespora cassiicola: a possible relation between host and virulence Mycol Res 107(Pt 5): 567-571 48 Tautz D 1989 Hypervariability of simple sequences as a general source for polymorphic DNA markers Nucleic Acids Research 17: 6463–6471 49 Thompson DJ, Higgins DG, Gibson TJ 1994 CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment trough sequence weighing, positionspecific gap penalties and weigh matrix choice Nucleic Acids Research 22:4673– 4680 39   50 Virk PS, Zhu J, Newbury HJ, Bryan GJ, Jackson MT, Fordloyd BV 2000 Effectiveness of different classes of molecular marker for classifying and revealing variation in rice (Oryza sativa) germplasm Euphytica 112:275–284 51 White TJ, Bruns T, Lee S, Taylor J 1990 Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics In: Innis MA, Gelfand DH, Sninsky JJ, White TJ, editors PCR protocols: a guide to methods and applications Academic Press, New York; pp 315-322 52 Williams JGK, Kubelik AR, Livak KJ, Rafalski JA, Tingey SV 1990 DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers Nucleic Acids Research 18:6531–6535 53 Yasodha R, Kathirvel M, Sumathi R, K Gurumurthi, Archak S, Nagaraju J 2004 Genetic analyses of Casuarinas using ISSR and FISSR markers Genetica 122:161– 172 Tài liệu từ Internet 54 Bruns, T D., R Vilgalys, S M Barns, D Gonzalez, D S Hibbett, D J Lane, L Simon, S Stickel, T M Szaro, W G Weisburg, and M L Sogin 1992 Evolutionary relationships within the fungi: analyses of nuclear small subunit rRNA sequences Molec Phylog Evol 1: 231-241 http://www.biology.duke.edu/fungi/mycolab/primers.htm 55 Vilgalys R Conserved primer sequences for PCR amplification and sequencing from nuclear ribosomal RNA, Vilgalys lab, Duke University http://152.3.12.176/fungi/mycolab/primers.htm 56 Farr DF, Rossman AY, Palm ME, McCray EB Fungal Databases, Systematic Botany and Mycology Laboratory, ARS, USDA 2008 http://nt.ars-grin.gov/fungaldatabases/ 40   PHỤ LỤC CoryLK07 CoryLK08 CoryLK13 CoryLK14 CoryLK15 CoryLK16 CoryLK17 CoryLK18 CoryLK19 CoryLK21 CoryLK22 CoryBL01 CoryDP01 CoryDN01 CoryDN02 CoryDN03 CoryDN04 CoryQN01 CoryQN02 CoryPK01 CoryDC01 CoryKT01 CoryKT02 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 0 1 1 1 2.5 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1.9 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 1 1.8 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1.5 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1.45 0 0 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 1 0 1.2 0 0 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 CoryLK20 CoryLK06 CoryLK12 CoryLK05 CoryLK11 CoryLK04 CoryLK10 CoryLK03 CoryLK09 CoryLK02 UBC CoryLK01 band size primer Ma trận nhị phân 125 băng DNA tổng hợp từ 34 mẫu phân lập Corynespora cassiicola dùng loại primer ISSR 826 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.9 10 0 0 0 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 0.8 11 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0.7 12 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0.65 13 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.6 14 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0.55 15 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 0 1 0     UBC 835   CoryDN04 CoryQN01 CoryQN02 CoryPK01 CoryDC01 CoryKT01 CoryKT02 CoryDN03 CoryDN02 CoryDN01 CoryDP01 CoryBL01 CoryLK22 CoryLK20 CoryLK21 CoryLK19 CoryLK18 CoryLK17 CoryLK16 CoryLK15 CoryLK14 CoryLK08 CoryLK13 CoryLK07 CoryLK12 CoryLK06 CoryLK11 CoryLK05 CoryLK10 CoryLK04 CoryLK09 CoryLK03 CoryLK02 16 CoryLK01 band size 0.53 1 1 0 0 0 0 0.5 17 0 1 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 1 0.4 19 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.38 20 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.35 21 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 1 0.32 22 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 1 0.3 23 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 1 0.26 24 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0.253 25 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.25 26 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 1 0 0.16 27 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.5 28 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 1 2.3 29 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 30 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.8 31 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1.7 32 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1.5 33 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.4 34 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1.3 35 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 0 1 1.2 36 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 37 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.9 38 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 0.8 39 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0.75 40 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 1 0.7 41 1 0 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0.65 42 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 1 CoryLK07 CoryLK08 CoryLK13 CoryLK14 CoryLK15 CoryLK16 CoryLK17 CoryLK18 CoryLK19 CoryLK21 CoryLK22 CoryBL01 CoryDP01 CoryDN01 CoryDN02 CoryDN03 CoryDN04 CoryQN01 CoryQN02 CoryPK01 CoryDC01 CoryKT01 CoryKT02 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 0 0.55 44 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.5 45 0 1 0 1 1 1 0 0 0 1 0 0 Mj3   CoryLK20 CoryLK06 CoryLK12 CoryLK05 CoryLK11 CoryLK04 CoryLK10 CoryLK03 CoryLK09 CoryLK02 CoryLK01 band 43 size primer 0.6 0.4 46 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.35 47 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0.3 48 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0.26 49 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.25 50 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 0 0.16 51 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 2.5 52 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.4 53 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2.3 54 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2.1 55 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 56 1 1 0 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1.75 57 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1.7 58 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 0 1.65 59 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1.6 60 0 1 0 1 1 0 0 0 1 1 0 0 1 1.55 61 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.5 62 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1.45 63 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1.35 64 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 1 0.85 65 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.8 66 1 0 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0.75 67 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 1 0.65 68 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 CoryLK07 CoryLK08 CoryLK13 CoryLK14 CoryLK15 CoryLK16 CoryLK17 CoryLK18 CoryLK19 CoryLK21 CoryLK22 CoryBL01 CoryDP01 CoryDN01 CoryDN02 CoryDN03 CoryDN04 CoryQN01 CoryQN02 CoryPK01 CoryDC01 CoryKT01 CoryKT02 1 1 1 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0.55 70 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0.53 71 0 0 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 0 0.5 72 0 1 0 1 1 1 0 1 1 0 1 1 1 0.49 73 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 Mj4   CoryLK20 CoryLK06 CoryLK12 CoryLK05 CoryLK11 CoryLK04 CoryLK10 CoryLK03 CoryLK09 CoryLK02 CoryLK01 band 69 size primer 0.6 0.35 75 0 1 0 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0.3 76 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 77 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 0 3.5 78 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 79 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 0 2.5 80 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 0 0 1.8 81 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.7 82 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1.5 83 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1.4 84 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1.3 85 1 0 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 1 0 1.2 86 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 1.1 87 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 88 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0.85 89 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 0.8 90 1 0 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0.65 91 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0.55 92 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 0.5 93 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 1 0.45 94 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0.4 95 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 0.38 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 CoryLK07 CoryLK08 CoryLK13 CoryLK14 CoryLK15 CoryLK16 CoryLK17 CoryLK18 CoryLK19 CoryLK21 CoryLK22 CoryBL01 CoryDP01 CoryDN01 CoryDN02 CoryDN03 CoryDN04 CoryQN01 CoryQN02 CoryPK01 CoryDC01 CoryKT01 CoryKT02 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 Mj5 99 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.5 101 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 102 1 0 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 1.8 104 1 0 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 0 1.7 105 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 1.5 106 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1   CoryLK20 CoryLK06 CoryLK12 CoryLK05 CoryLK11 CoryLK04 CoryLK10 CoryLK03 CoryLK09 CoryLK02 CoryLK01 band size primer 98 0.26 1.4 107 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1.35 108 1 0 0 1 1 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 1.2 109 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1.1 110 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0.9 111 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0.85 112 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0.8 113 1 0 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0.75 114 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0.7 115 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.65 116 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0.6 117 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.55 118 0 1 1 1 1 1 0 1 1 0 0 0 0 0.5 119 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.45 120 1 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0.4 121 1 0 1 1 1 0 0 1 1 1 0 0 0 0.35 122 0 0 0 1 1 1 1 1 0 0 1 1 0 0 1 0.3 123 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0.26 124 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.16 125 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1    
- Xem thêm -

Xem thêm: NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN MỘT SỐ MẪU PHÂN LẬP NẤM Corynespora cassiicola (Berk. Curt.) Wei TRÊN CÂY CAO SU BẰNG KỸ THUẬT GIẢI TRÌNH TỰ VÙNG ITS – rDNA VÀ CHỈ THỊ PHÂN TỬ ISSR , NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN MỘT SỐ MẪU PHÂN LẬP NẤM Corynespora cassiicola (Berk. Curt.) Wei TRÊN CÂY CAO SU BẰNG KỸ THUẬT GIẢI TRÌNH TỰ VÙNG ITS – rDNA VÀ CHỈ THỊ PHÂN TỬ ISSR

Gợi ý tài liệu liên quan cho bạn