LỜI CAM ĐOAN Tôi xin chịu hoàn toàn trách nhiệm số liệu kết luận văn Tôi xin cam đoan công trình nghiên cứu riêng tôi, số liệu, kết luận văn trung thực chưa công bố công trình khác HỌC VIÊN Nguyễn Ngọc Linh LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành luận văn xin trân trọng cảm ơn :  Ban Giám hiệu, Viện Công nghệ Sinh học- Công nghệ Thực phẩm Viện Đào tạo Sau Đại học, Trường Đại học Bách khoa Hà Nội  Ban Giám đốc, Ban chủ nhiệm Khoa Vi rút, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương Đã tạo điều kiện giúp đỡ suốt trình học tập Tôi xin gửi tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới Thầy hướng dẫn khoa học: TS Nguyễn Thị Thu Thủy, Trưởng phòng thí nghiệm Arbo, Khoa Vi rút, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương tận tình bảo, dìu dắt truyền đạt cho kinh nghiệm quý báu suốt trình nghiên cứu từ bước đầu tới hoàn thành luận văn, tạo điều kiện thuận lợi để học tập, nâng cao mở rộng kiến thức, để có kết ngày hôm Tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành đến PSG.TS Khuất Hữu Thanh, Phó giám đốc Trung tâm Nghiên cứu Phát triển Công nghệ Sinh học, Viện Công nghệ Sinh học- Công nghệ Thực phẩm, Trường Đại học Bách khoa Hà Nội hướng dẫn kiến thức chuyên ngành với lòng nhiệt tình suốt trình học tập, nghiên cứu hoàn thành luận văn Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành tới Thầy, Cô giáo Viện Công nghệ Sinh học- Công nghệ Thực phẩm cho kiến thức bổ trợ, vô có ích năm học vừa qua Tôi xin trân trọng gửi lời cảm ơn tới PGS.TS Lê Thị Quỳnh Mai, Phó Viện trưởng, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương, TS Hoàng Vũ Mai Phương, TS Nguyễn Lê Khánh Hằng, lãnh đạo Khoa Vi rút, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương anh chị bạn đồng nghiệp công tác Phòng Thí Nghiệm Arbo, Phòng Thí Nghiệm Dự án NIHE-Nagasaki, Khoa Vi rút, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương nhiệt tình giúp đỡ ủng hộ suốt trình nghiên cứu hoàn thành luận văn Tôi xin gửi lời cảm ơn sâu sắc tới Gia đình, người thân bạn bè bên cạnh giúp đỡ, ủng hộ, động viên, khuyến khích đường nghiệp khoa học để đạt thành ngày hôm Hà Nội, ngày 25 tháng 04 năm 2016 NGUYỄN NGỌC LINH MỤC LỤC TRANG PHỤ BÌA LỜI CAM ĐOAN LỜI CÁM ƠN MỤC LỤC DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT DANH MỤC BẢNG DANH MỤC HÌNH, SƠ ĐỒ MỞ ĐẦU CHƢƠNG I: TỔNG QUAN 1.1.Bệnh sốt xuất huyết 1.1.1 Tổng quan bệnh sốt xuất huyết giới 1.1.2 Tình hình bệnh sốt xuất huyết Việt Nam 1.1.3 Tình hình bệnh sốt xuất huyết Hà Nội 1.1.4 Sự lưu hành vi rút Dengue Hà Nội từ năm 2000-2015 1.2.Vi rút Dengue 14 1.2.1 Vị trí phân loại 14 1.2.2 Hình thái 15 1.2.3 Đặc tính protein vi rút Dengue 18 1.2.4 Quá trình xâm nhập vi rút vào tế bào 21 1.3.Dịch tễ học truyền bệnh 22 1.3.1 Vật chủ, vectơ chu kì truyền bệnh 22 1.3.2 Tiệu chứng lâm sàng 24 1.4.Biện pháp kiểm soát phòng chống SD/SXHD 27 1.4.1 Chủ động giám sát bệnh SD/SXHD 27 1.4.2 Kiểm soát vectơ truyền bệnh 27 1.4.3 Vacxin phòng chống SD/SXHD 27 1.5.Chẩn đoán phòng thí nghiệm 28 1.5.1 Phương pháp huyết học 29 1.5.2 Phương pháp phân lập vi rút 31 1.5.3 Phương pháp sinh học phân tử 31 CHƢƠNG II VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP 37 2.1 Đối tƣợng vật liệu 37 2.1.1 Đối tượng nghiên cứu 37 2.1.2 Vật liệu 37 2.2 Phƣơng pháp 41 2.2.1 Quy trình thực xét nghiệm vi rút Dengue phòng thí nghiệm 41 2.2.2 Phương pháp sinh học phân tử 42 2.2.3 Phương pháp phân lập vi rút tế bào 43 2.2.4 Phương pháp giải trình tự gen 45 CHƢƠNG III KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN 51 3.1 Kết lựa chọn dòng tế bào cảm nhiễm thích hợp 51 3.2 Kết giải trình tự gen vùng gen E vi rút Dengue 53 3.3 Lựa chọn chủng vi rút Dengue sử dụng cho phân tích phát sinh loài 55 3.4 Kết so sánh độ tƣơng đồng chủng vi rút Dengue típ Việt Nam 57 3.4.1 Độ tương đồng Nucleotide chủng dengue típ Hà Nội 57 3.4.1 Độ tương đồng Axit Amin chủng Dengue típ Hà Nội 58 3.5 Kết tạo chủng loại phát sinh Dengue típ 61 KẾT LUẬN 67 KIẾN NGHỊ 68 TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT ADN Acid Deoxy Ribonucleic ARN Acid Ribonucleic CDC Centers for Disease Control and Prevention (Trung tâm phòng chống kiểm soát bệnh tật Hoa Kỳ) DENV Dengue Vi rút Kb Kilobase PCR Polymerasa Chain Reaction (Phản ứng tổng hợp chuỗi polymerase) PTN Phòng thí nghiệm SD Sốt Dengue SXHD Sốt Xuất Huyết Dengue TCYTTG Tổ chức y tế giới DANH MỤC BẢNG Bảng 1.1 Phân bố ca bệnh theo giới tính 10 Bảng 1.2 Phân bố típ huyết lưu hành Hà Nội theo năm 12 Bàng 1.3 Phân chia cấp độ nặng nhẹ sốt xuất huyết Dengue 25 Bảng 1.4 Biểu lâm sàng bệnh SXHD liên quan đến típ huyết 26 Bảng 3.1.Các chủng DENV phân lập Hà Nội giai đoạn từ 1998-2015 56 Bảng 3.2 Độ tương đồng Nucleotide chủng Dengue típ Hà Nội 57 Bảng 3.3 So sánh độ tương đồng Axit Amin vi rút Dengue típ Hà Nội 58 DANH MỤC HÌNH VÀ SƠ ĐỒ No table of contents entries found.Hình 3.5: Kết so sánh trình tự axit amin chủng Dengue lưu hành Hà Nội 59 Hình 3.6: So sánh độ tương đồng axit amin Dengue típ Hà Nội năm 1999, 2004, 2008, 2009 60 Hình 3.7: Các kiểu gen phát sinh loài vi rút Dengue 63 Hình 3.8: Cây phát sinh loài vi rút Dengue 66 BIỂU ĐỒ Biều đồ 1.1: Phân bố bệnh nhân sốt xuất huyết theo năm tháng Biều đồ 1.2: Tỉ lệ bệnh nhân mắc sốt xuất huyết theo giới tính, 2000-2015 11 Biểu đồ 1.3: Phân bố típ huyết vi rút Dengue lưu hành Hà Nội 13 Biểu đồ 1.4: Tỷ lệ phần trăm phân bố tip huyết vi rút Dengue lưu hành Hà nội từ 2000-2015 13 MỞ ĐẦU Hội chứng sốt xuất huyết tác nhân vi rút nhóm bệnh vi rút vi rút thuộc họ Flaviridae, Filoviridae, Bunyaviridae Một số loài vi rút gây bệnh thể nhẹ sốt Nephropathia Scandinavia, Zika, số khác gây bệnh tương đối nặng, chí gây tử vong, chẳng hạn sốt Lassa, Marburg, Ebola, Hanta, Crimea-Congo, phổ biến sốt xuất huyết Dengue Bệnh sốt xuất huyết Dengue bệnh truyền nhiễm có tốc độ lây lan nhanh giới, vi rút Dengue ghi nhận lưu hành 100 nước thuộc khu vực có khí hậu nhiệt đới nhiệt đới, vùng Đông Nam Á, Tây Thái Bình Dương, Châu Mỹ, Châu Phi [1] Việt Nam quốc gia có tỉ lệ bệnh nhân sốt xuất huyết cao khu vực Đông Nam Á Theo số liệu thống kê Bộ Y tế Việt Nam, 20 năm gần số mắc chết bệnh ngày gia tăng Từ năm 1998 trở lại tình hình bệnh sốt xuất huyết có diễn biến phức tạp, đó, miền Nam ghi nhận khu vực nóng nước số ca mắc ,và chết Tuy nhiên, việc giám sát bệnh khu vực khác miền Bắc, miền Trung, Tây Nguyên vấn đề y tế cần quan tâm [2] Trong 20 năm trở lại đây, Việt Nam ghi nhận nhiều vụ dịch sốt xuất huyết lớn, vào năm 1998 với 324.866 ca mắc 384 trường hợp tử vong, nguyên vụ dịch xác định vi rút Dengue típ Ngoài không nhắc đến vụ dịch lớn vào năm 2009,cả nước ghi nhận có 105,370 trường hợp mắc 87 ca tử vong Riêng Hà Nội, số trường hợp mắc sốt xuất huyết ghi nhận 15.444 ca chiếm 87% số trường hợp mắc khu vực phía Bắc, số tử vong chiếm 100% so với toàn miền Bắc nguyên nhân vi rút Dengue Năm 2015, khu vực miền Bắc, Việt Nam ghi nhận 16.047 ca mắc sốt xuất huyết, 90% ca bệnh chủ yếu tập trung Hà Nội (14.560 ca bệnh) [4] Vi rút Dengue Dengue nguyên nhân gây vụ dịch Chính nguyên nhân trên, muốn tiến hành nghiên cứu tìm hiểu vi rút Dengue típ gây dịch Hà Nội năm gần nhằm xác định đặc tính, nguồn gốc giả định, xác định tiến hóa mặt di truyền vi rút Dengue típ lưu hành Hà Nội từ năm 2000- Vì vậy, thực đề tài nghiên cứu: "Tìm hiểu đặc tính chủng vi rút Dengue típ gây dịch Hà Nội, từ năm 2000 đến nay" Với mục tiêu: Xác định dòng tế bào cảm nhiễm thích hợp chủng vi rút Dengue Xác định độ tương đồng trình tự nucleotide, axit amin, so sánh, lập sơ đồ phát sinh loại vi rút Dengue típ Hà Nội với vi rút Dengue típ phân lập vùng khác Việt nam giới, từ xác định kiểu gen lưu hành, nguồn gốc giả định CHƢƠNG I: TỔNG QUAN 1.1 Bệnh sốt xuất huyết 1.1.1 Tổng quan bệnh sốt xuất huyết giới Bệnh sốt xuất huyết bệnh truyền nhiễm cấp tính chủ yếu vi rút Dengue (DENV) gây nên Bệnh lây truyền từ người sang người qua vật chủ trung gian truyền bệnh muỗi vằn Bệnh gây thành dịch tỷ lệ tử vong tương đối cao, cụ thể theo Tổ chức Y tế giới, năm có khoảng 100 triệu trường hợp mắc, tỷ lệ tử vong trung bình sốt xuất huyết khoảng 2,5-5% Bệnh lưu hành 100 quốc gia thuộc khu vực có khí hậu nhiệt đới nhiệt đới vùng Đông Nam Á Tây Thái Bình Dương, châu Mỹ, châu Phi với khoảng 2,5 tỷ người sống vùng nguy [1,35] Sự lây lan nhanh chóng vi rút Dengue bệnh sốt xuất huyết kết hợp yếu tố: gia tăng đô thị hoá, tăng trưởng dân số, di cư giao lưu di chuyển giới, bên cạnh khó khăn việc kiểm soát có hiệu vector truyền bệnh Sự biến đổi khí hậu phần yếu tố ảnh hưởng đến lây lan sốt xuất huyết toàn giới [9] Bệnh sốt xuất huyết ghi nhận hầu hết châu lục, trừ Nam Cực Từ xa xưa, bệnh có triệu chứng tương tự sốt xuất huyết mô tả tài liệu Trung Quốc (992) Tây Ấn (thế kỉ XVII) Những ghi nhận bệnh sốt Dengue/ sốt xuât huyết Dengue (SD/SXHD) giới vào năm 1779 Jakarta (Indonesia) Cairo (Ai Câp), 1780 Philadenphia (Mỹ) Tại khu vực châu Á có tài liệu ghi lịch sử bệnh SD/SXHD xảy từ năm 1927-1928 Athens (Hy lap) làm khoảng 1250 người chết, 1953-1954 Philippine vòng 20 năm sau bệnh SD/SXHD trải rộng khắp vùng Đông Nam châu Á tới Ấn Độ, Srilanka, Trung Quốc, Nam Tây Thái Bình Dương, Châu Phi, châu Mỹ vùng biển Caribean Tháng năm 1945, lần tác nhân gây bệnh phân lập Alber Sabin từ binh lính bị ốm Calcuta (Ấn Độ), NewGuinea Hawaii Những chủng vi rút Dengue mà Sabin phân lập Ấn Độ, New Guinea chủng Hawaii có tính kháng - Bộ mồi cho phản ứng RT-PCR Mồi Trình tự ( 5’-3’ ) Vị trí D1 134-161 TCAATATGCTGAAACGCGCGAGAAACCG D2 616-644 TTGCACCAACAGTCAATGTCTTCAGGTTC TS1 568-586 CGTCTCAGTGATCCGGGGG TS2 232-252 CGCCACAAGGGCCATGAACAG TS3 400-421 TAACATCATCATGAGACAGAGC TS4 506-527 CTCTGTTGTCTTAAACAAGAGA Bảng phụ lục 1.2 Chu trình nhiệt phản ứng RT-PCR Chu kỳ nhiệt phản ứng 500C 30 phút 950C 15 phút 940C 30 giây 550C 45 giây 720C phút 720C phút 40C Cho đến sử dụng x 35  Điện di sản phẩm - Nguyên lý: Dưới tác động điện trường, phân tử ADN tích điện âm khác kích thước, điện tích, mức độ cuộn xoắn dạng phân tử di chuyển qua hệ mạng thạch từ cực âm sang cực dương với tốc độ khác nhau, chúng tách trường điện di Vị trí đoạn ADN thạch điện di quan sát soi tia UV nhờ nhuộm Ethidium bromide, chất gắn kết với ADN cách cài vào khe nucleotide, từ đó, xác định kích thước đoạn ADN cách so sánh với thang chuẩn ADN marker - Hoá chất sinh phẩm - Dung dịch đệm TBE 10X (Invitrogen) - Agarose - Cyan/Yellow Loading dye 6X (Invitrogen) - Ethidium bromide, 10mg/ml (Sigma) - Thang ADN chuẩn 100bp (Promega) Nhận định kết  Kết khi: - Chứng dương lên băng vị trí phù hợp (so với thang trọng lượng phân tử) - Chứng âm không lên băng  Mẫu nhận định âm tính diện băng thể sản phẩm PCR hay xuất sản phẩm PCR vị trí không đặc hiệu  Mẫu nhận định dương tính xuất băng vị trí đặc hiệu so với thang trọng lượng phân tử Bảng phụ lục 1.3 Độ dài sản phẩm khuyếch đại sau phản ứng RT-PCR Týp vi rút Độ dài sản phẩm khuếch đại DENV-1 482 bp DENV-2 119 bp DENV-3 290 bp DENV-4 392 bp 482bp 290bp 392bp 119bp Hình phụ lục 1.1: Kết điện di RT-PCR Dengue (1) Chú thích Nhận định kết (-): Chứng âm Hình 3.1: NEC: Chứng âm tách chiết Mẫu 1,2,3: Dương tính với DENV-1 (+) D1,D2,D3,D4: Chứng dƣơng Mẫu 4,5,6: Dương tính với DENV-2 M: Thang ADN chuẩn Mẫu 7,8,9: Dương tính với DENV-3 1-15: Mẫu bệnh phẩm Mẫu 10,11,12: Dương tính với DENV-4  Phản ứng Realtime RT-PCR Thành phần phản ứng Realtime RT-PCR chẩn đoán Dengue Thể tích Số lƣợng phản ứng (ul)/1 pƣ (N) 2x Reaction mix 12.5 12.5xN Superscript III RT/Platium Taq Mix 0.5 0.5xN 0.25 0.25xN 0.25 0.25xN 0.45 0.45xN 0.125 0.125xN 0.125 0.125xN 0.45 0.45xN 0.25 0.25xN 0.25 0.25xN 0.45 0.45xN 0.125 0.125xN 0.125 0.125xN 0.45 0.25xN Nồng độ Sinh phẩm D1 F 100uM Dengue1 D1 C Probe Denv1 10uM D2 F 100uM Dengue2 D2 C Probe Denv2 Probe cặp mồi 10uM D3 F 100uM Dengue3 D3 C Probe Denv3 10uM D4 F 100uM Dengue4 D4 C Probe Denv4 ARN mẫu 10uM Nước cất tinh 3.7 Tổng số 25 Trình tự cặp mồi probe cho Denv 1, Denv 2, Denv 3, Denv Dengue Dengue Dengue2 Dengue Mồi probe Trình tự (5'-3') Nồng độ D1 F CAA AAG GAA GTC GTG CAA TA 100uM D1C CTG AGT GAA TTC TCT TCT CTA CTG AAC C 100uM Probe Denv1 CAT GTG GTT GGG AGC ACG C 10uM D2 F CAG GTT ATG GCA CTG TCA CGA T 100uM D2 C CCA TCT GCA GCA ACA CCA TCT C 100uM Probe Denv2 CTC TCC GAG AAC AGG CCT CGA CTT CAA 10uM D3 F GGA CTG GAC ACA CGC ACT CA 100uM D3 C CAT GTC TCT ACC TTC TCG ACT TGT CT 100uM Probe Denv3 ACC TGG ATG TCG GCT GAA GGA GCT TG 10uM D4 F TTG TCC TAA TGA TGC TGG TCG 100uM D4C TCC ACC TGA GAC TCC TTC CA 100uM Probe Denv4 TTC CTA CTC CTA CGC ATC GCA TTC CG 10uM Chu trình nhiệt phản ứng Realtime-PCR Chu kỳ nhiệt phản ứng Nhiệt độ (oC) 50 Thời gian Chu kỳ lặp 30:00 Dengue 1-4 x1 95 2:00 95 0:10 60 0:30  x 45 Thu tín hiệu huỳnh quang 10  Nhận định kết Kết đọc khi: + Chứng âm: tín hiệu huỳnh quang + Chứng âm tách chiết: tín hiệu huỳnh quang + Mẫu dương tính: tín hiệu huỳnh quang thu nhận trước chu kỳ thứ 39 phản ứng Phụ lục 2: Các chủng vi rút đƣợc lựa chọn nghiên cứu Bảng phụ lục 2.1.Chủng vi rút Dengue phân lập Hà Nội lựa chọn nghiên cứu Mã tên Năm Mã tên Năm Vietnam/Hanoi/118/1998 1998 Vietnam/Hanoi/I0901-077/2009 2009 Vietnam/Hanoi/0226/1999 1999 Vietnam/Hanoi/I0901-091/2009 2009 Vietnam/Hanoi/921/2003 2003 Vietnam/Hanoi/I0901-101/2009 2009 Vietnam/Hanoi/1279/2004 2004 Vietnam/Hanoi/I1001-290/2010 2010 Vietnam/Hanoi/1283/2004 2004 Vietnam/Hanoi/I1001-383/2010 2010 Vietnam/Hanoi/1284/2004 2004 Vietnam/Hanoi/I1001-388/2010 2010 Vietnam/Hanoi/1760/2008 2008 Vietnam/Hanoi/I1001-389/2010 2010 Vietnam/Hanoi/1778/2008 2008 Vietnam/Hanoi/I1001-390/2010 2010 Vietnam/Hanoi/1787/2008 2008 Vietnam/Hanoi/I1001-391/2010 2010 Vietnam/Hanoi/1789/2008 2008 Vietnam/Hanoi/I1001-392/2010 2010 Vietnam/Hanoi/1790/2008 2008 Vietnam/Hanoi/I1001-393/2010 2010 Vietnam/Hanoi/1802/2008 2008 Vietnam/Hanoi/I1001-397/2010 2010 Vietnam/Hanoi/1841/2008 2008 Vietnam/Hanoi/I1001-399/2010 2010 Vietnam/Hanoi/1844/2008 2008 Vietnam/Hanoi/I1001-406/2010 2010 Vietnam/Hanoi/1855/2008 2008 Vietnam/Hanoi/I1001-407/2010 2010 Vietnam/Hanoi/I0901- 2009 Vietnam/Hanoi/I1201-1043/2012 2012 2009 Vietnam/Hanoi/I1201-1221/2012 2012 2009 Vietnam/Hanoi/I1201-1226/2012 2012 2009 Vietnam/Hanoi/I1201-1232/2012 2012 2009 Vietnam/Hanoi/I1201-1281/2012 2012 2009 Vietnam/Hanoi/5355/2013 2013 2009 Vietnam/Hanoi/NDT60/2015 2015 2009 Vietnam/Hanoi/NDT65/2015 2015 007/2009 Vietnam/Hanoi/I0901008/2009 Vietnam/Hanoi/I0901038/2009 Vietnam/Hanoi/I0901039/2009 Vietnam/Hanoi/I0901040/2009 Vietnam/Hanoi/I0901042/2009 Vietnam/Hanoi/I0901045/2009 Vietnam/Hanoi/I0901060/2009 Bảng phụ lục 2.2 Nguồn gốc địa lý, năm phân lập cácchủng vi rút Dengue lưu hành Việt Namthu thập ngân hàng gen Mã tên Năm Địa điểm Gen bank Vietnam/QuyNhon/1365/1/Jun/09 2009 Quy Nhơn KC861957 Vietnam/QuangBinh/49902/13/Jun/02 2002 Quảng Bình KC861979 Vietnam/QuyNhon/12/06 2006 Quy Nhơn KC861978 Vietnam/QuyNhon/1259/27/Dec/08 2008 Quy Nhơn KC861977 Vietnam/NhaTrang/609/24/May/07 2007 Nha Trang KC861976 Vietnam/QuyNhon/1306/11/Dec/2006 2006 Quy Nhơn KC861975 Vietnam/QuyNhon/1239/22/Dec/08 2008 Quy Nhơn KC861974 Vietnam/QuyNhon/1331/3/Jun/09 2009 Quy Nhơn KC861973 Vietnam/DacNong/106004/10/May/04 2004 Đắc Nông KC861972 Vietnam/HaTinh/151/98 1998 Hà Tĩnh KC861971 Vietnam/ThanhHoa/1679/15/Sep/07 2007 Thanh Hóa KC861970 Vietnam/QuyNhon/60/06 2006 Quy Nhơn KC861967 Vietnam/QuyNhon/17/06 2006 Quy Nhơn KC861966 Vietnam/NgheAn/1520/17/July/06 2006 Nghệ An KC861965 Vietnam/NgheAn/87403/31/Aug/03 2003 Nghệ An KC861964 Vietnam/QuyNhon/1380/20/Jun/09 2009 Quy Nhơn KC861963 Vietnam/NhaTrang/1214/17/Jul/09 2009 Nha Trang KC861962 Vietnam/NhaTrang/1094/2/Jan/09 2009 Nha Trang KC861960 Vietnam/DaNang/99730/7/Aug/09 2009 Đà Nẵng KC861959 Vietnam/BuonMeThuot/1064/10/May/04 2004 Buôn Mê KC861958 Thuật Vietnam/NgheAn/128604//16/Oct/04 2004 Nghệ An KC861956 Vietnam/DacNong/105904/6/May/04 2004 Đắc Nông KC861954 Vietnam/CanTho/09539/09 2009 Cần Thơ KC861953 Vietnam/NhaTrang/621/22/Jun/07 2007 Nha Trang KC861952 Vietnam/QuyNhon/1323/19/May/09 2009 Quy Nhơn KC861950 Vietnam/NgheAn/10901067/30/Aug/09 2009 Nghệ An KC861949 Vietnam/NgheAn/10/Sep/08 2008 Nghệ An KC861948 Vietnam/ThanhHoa/268/99 1999 Thanh Hóa KC861947 Vietnam/QuyNhon/1364/10/Jun/09 2009 Quy Nhơn KC861946 Vietnam/QuyNhon/1245/23/Dec/08 2008 Quy Nhơn KC861945 Vietnam/DacNong107104/9/May/04 2004 Đắc Nông KC861943 Vietnam/CanTho/08479/08 2008 Cần Thơ KC861941 Vietnam/QuyNhon/45/07 2007 Quy Nhơn KC861940 Vietnam/NhaTrang/33/29/Jul/05 2005 Nha Trang KC861939 Vietnam/NhaTrang/1082/29/Dec/08 2008 Nha Trang KC861938 Vietnam/QuangBinh/50702/12/Jun/02 2002 Quảng Bình KC861937 Vietnam/NgheAn/129804/19/Oct/04 2004 Nghệ An KC861934 Vietnam/NgheAn/1762/8/Sep/08 2008 Nghệ An KC861933 Vietnam/DaNang/98413/2/Jul/09 2009 Đà Nẵng KC861931 Vietnam/QuangBinh/54002/11/Jun/02 2002 Quảng Bình KC861930 Vietnam/DacNong/107204/9/May/04 2004 Đắc Nông KC861929 Vietnam/NhaTrang/1182/15/Jun/09 2009 Nha Trang KC861928 Vietnam/NhaTrang/1181/15/Jun/09 2009 Nha Trang KC861927 Vietnam/NhaTrang/675/24/Aug/07 2007 Nha Trang KC861926 Vietnam/CanTho/09527/09 2009 Cần Thơ KC861925 Vietnam/DaNang/96032/24/Apr/09 2009 Đà Nẵng KC861924 Vietnam/NgheAn/129104/18/Oct/04 2004 Nghệ An KC861923 Vietnam/QuyNhon/29/06 2006 Quy Nhơn KC861922 Vietnam/NgheAn/128804/16/Oct/04 2004 Nghệ An KC861921 Vietnam/NgheAn/1518/17/July/06 2006 Nghệ An KC861918 Vietnam/CanTho/09502/09 2009 Cần Thơ KC861917 VietNam/Danang/2007 2007 Đà Nẵng HQ588146 Vietnam/Binh/Thuan2/2007 2007 Bình Thuận HQ588128 Vietnam/QuangNgai2/2007 2007 Quảng Ngãi HQ588127 Vietnam/PhuYen1/2007 2007 Phú Yên HQ588126 Vietnam/DaNang2/2006 2006 Đà Nẵng HQ588125 Vietnam/QuangNgai1/2006 2006 Quảng Ngãi HQ588124 Vietnam/QuangNam2/2006 2006 Quảng Nam HQ588123 Vietnam/BinhDinh2/2007 2007 Bình Định HQ588122 Vietnam/BinhDinh1/2006 2006 Bình Định HQ588121 Vietnam/PhuYen1/2006 2006 Phú Yên HQ588120 Vietnam/QuangNam1/2007 2007 Quảng Nam HQ588119 Vietnam/KhanhHoa1/2007 2007 Khánh Hòa HQ588118 Vietnam/Binh/Thuan1/2006 2006 Bình Thuận HQ588117 Bảng phụ lục 2.3 Nguồn gốc địa lý năm phân lập chủng Dengue típ lưu hành giới thu thập ngân hàng gen Mã tên Năm Địa điểm Cambodia/2001 2001 Cambodia AB111069 Cambodia/0706aTw/2007 2007 Cambodia EU448389 Cambodia/1012aTw/2010 2010 Cambodia JF967952 Cambodia/0807aTw/2008 2008 Cambodia JF967808 China/1980 1980 Trung Quốc AF350498 China/D1GI/2010 2010 Trung Quốc JN029807 China/D1GI/2007 2007 Trung Quốc FJ158612 China/D1GI/2012 2012 Trung Quốc KF060917 China/D1GI/2013 2013 Trung Quốc KJ545444 China/D1GI/2011 2011 Trung Quốc KC006935 Gen bank China/D1GI/2006 2006 Trung Quốc JQ277852 China/D1GI/1999 1999 Trung Quốc FJ196848 Myanmar/1998 1998 Myanmar AY726555 Myanmar/2001 2001 Myanmar AY708047 Myanmar/0810aTw/2008 2008 Myanmar JF967840 Indonesia/2002 2002 Indonesia AB111075 Indonesia/0306aTw/2003 2003 Indonesia EU448408 Indonesia/0508bTw/2005 2005 Indonesia EU448407 Indonesia/0603aTw/2006 2006 Indonesia EU448402 Indonesia/0704bTw/2007 2007 Indonesia EU448409 Indonesia/0808aTw/2008 2008 Indonesia JF967825 Indonesia/1012cTw/2010 2010 Indonesia JF967951 Malaysia/1972.SEQ 1972 Malaysia AF425662 Malaysia/0412aTw/2004 2004 Malaysia EU448410 Malaysia/0606aTw/2006 2006 Malaysia EU448400 Malaysia/0710aTw/2007 2007 Malaysia EU448395 Malaysia/0808aTw/2008 2008 Malaysia JF967821 Malaysia/1009aTw/2010 2010 Malaysia JF967935 Philippines/0301aTw/2003 2003 Philippines EU448406 Philippines/0706aTw/2007 2007 Philippines EU448405 Philippines/1009cTw/2010 2010 Philippines JF967938 Philipines/1974 1974 Philippines AF425627 Philipines/2002 2002 Philippines AB111074 Taiwan/1987 1987 Taiwan AF425628 Taiwan/111TP0808a/2008 2008 Taiwan JQ403516 Taiwan/511CH0909a/2009 2009 Taiwan JQ403519 Taiwan/248TP1010a/2010 2010 Taiwan JQ403520 Thailand/1963 1963 Thailand AF425629 Thailand/1995 1995 Thailand AY732473 Thailand/D1GI/1997 1997 Thailand AY732418 Thailand/1998 1998 Thailand AB111064 Thailand/D1GI/2001 2001 Thailand FJ687432 Thailand/2002 2002 Thailand AB111078 Thailand/0301aTw/2003 2003 Thailand EU448396 Thailand/0407aTw/2004 2004 Thailand EU448386 Thailand/D1GI/2006 2006 Thailand JQ993196 Thailand/0701aTw/2007 2007 Thailand EU448398 Thailand/0808eTw/2008 2008 Thailand JF967826 Thailand/0909aTw/2009 2009 Thailand JF967884 Thailand/D1G1/2010 2010 Thailand KM216684 Singapore/1999 1999 Singapore AF299807 Singapore/2001 2001 Singapore EU081262 Singapore/2002 2002 Singapore EU081254 Singapore/D1GI/2005 2005 Singapore EU081237 Singapore/D1GI/2008 2008 Singapore GQ357676 Singapore/D1GI/2010 2010 Singapore JF960224 Brazil/1990 1990 Brazil AF226685 Brazil/1997 1997 Brazil AF425614 Paraguay/2000 2000 Paraguay AF514883 Colombia/1985 1985 Colombia AF425638 Mexico/1980 1980 Mexico AF425623 Jamaica/1977 1977 Jamaica AF425621 Venezuela/1997 1997 Venezuela AF425638 Argentina/2000 2000 Argentina AF514889 Australia/1983 1983 Australia AF425611 Mexico/1983 1983 Mexico AF425631 Hawaii/1945 1945 Hawaii AF425619 ... 38 60 2008 16 0 51 74 2009 52 0 48 10 0 2 010 25 83 12 1 2 011 13 88 0 11 4 215 12 2 012 14 32 12 11 89 15 8 2 013 25 74 11 4 2 014 12 0 30 43 2 015 16 0 76 10 1 Tổng số 15 2 18 8 49 30 808 12 27 10 0.00 90.00... lưu hành vi rút Dengue Hà Nội từ năm 2000- 2 015 1. 2 .Vi rút Dengue 14 1. 2 .1 Vị trí phân loại 14 1. 2.2 Hình thái 15 1. 2.3 Đặc tính protein vi rút Dengue. .. đồ 1. 4: Tỷ lệ phần trăm phân bố tip huyết vi rút Dengue lưu hành Hà nội từ 2000- 2 015 13 1. 2 Vi rút Dengue 1. 2 .1 Vị trí phân loại Vi rút Dengue (DENV) arbovirus (arthropod-borne virus), tức vi rút