Header Page of 126 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN - Nguyễn Đức Hiếu XÁC ĐỊNH VÀ PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ HỆ GENE TY THỂ HOÀN CHỈNH CỦA GIỐNG LỢN Ỉ TẠI VIỆT NAM LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Hà Nội –2016 Footer Page of 126 Header Page of 126 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN - Nguyễn Đức Hiếu XÁC ĐỊNH VÀ PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ HỆ GENE TY THỂ HOÀN CHỈNH CỦA GIỐNG LỢN Ỉ TẠI VIỆT NAM Chuyên ngành : Sinh học thực nghiệm Mã số : 60420114 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC NGƢỜI HƢỚNG DẪN KHOA HỌC: TS Võ Thị Bích Thủy TS Hoàng Thị Mỹ Hạnh Hà Nội –2016 Footer Page of 126 Header Page of 126 Lời cảm ơn Trước tiên, xin dành lời cảm ơn sâu sắc tới TS Võ Thị Bích Thủy TS Hoàng Thị Mỹ Hạnh người tận tình hướng dẫn suốt trình nghiên cứu, thực luận văn thạc sĩ Tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành tới PGS TS Nghiêm Ngọc Minh, người tạo điều kiện nghiên cứu tốt cho tôi, quan tâm, giúp đỡ trao đổi kinh nghiệm quý báu suốt trình nghiên cứu Tôi xin gửi lời cảm ơn đến PGS TS Nguyễn Lai Thành, người giúp đỡ, định hướng ban đầu cho thời gian học tập trường Đại học Khoa học Tự nhiên, Đại học Quốc gia Hà Nội Cuối cùng, xin gửi lời cảm ơn đến gia đình, bạn bè bên công việc sống Hà Nội, ngày tháng năm 2017 Học viên cao học Nguyễn Đức Hiếu Footer Page of 126 Header Page of 126 MỤC LỤC DANH MỤC BẢNG iii DANH MỤC HÌNH iv DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT v MỞ ĐẦU CHƢƠNG TỔNG QUAN 1.1 Giới thiệu giống lợn Ỉ 1.1.1 Nguồn gốc giống vật nuôi 1.1.2 Giống lợn nhà (Sus scrofa) 1.1.3 Giống lợn Ỉ 1.2 Tầm quan trọng nghiên cứu lợn Việt Nam 1.3 Marker nghiên cứu đa dạng di truyền 1.3.1 Cấu trúc hệ gen ty thể 1.3.2 Ty thể nghiên cứu đa dạng di truyền 10 1.4 Phƣơng pháp giải trình tự Sanger 12 1.5 Phƣơng pháp phân tích chủng loại phát sinh 17 1.5.1 Cây chủng loại phát sinh 17 1.5.2 Phương pháp Bayesian 19 CHƢƠNG ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP 21 2.1 Đối tƣợng 21 2.2 Vật liệu trang thiết bị 21 2.3 Phƣơng pháp 21 2.3.1 Thu mẫu 21 2.3.2 Tách chiết mẫu DNA tổng số (với nguồn mẫu máu) 21 2.3.3 Thiết kế mồi 22 2.3.4 Khuếch đại trình tự hệ gen ty thể kỹ thuật PCR 23 2.3.5 Giải trình tự máy ABI 3500 24 Footer Page of 126 Header Page of 126 2.3.6 Xử lí kết giải trình tự 25 2.3.7 Phân tích trình tự 26 2.3.8 Phân tích chủng loại phát sinh 26 CHƢƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 27 3.1 Thu thập giải trình tự hệ gen ty thể lợn Ỉ 27 3.1.1 Thu mẫu 27 3.1.2 Tách chiết DNA tổng số 27 3.1.3 Khuếch đại hệ gen ty thể 28 3.1.4 Tinh sản phẩm PCR 31 3.1.5 Kiểm tra kết giải trình tự 32 3.2 Phân tích hệ gen ty thể lợn Ỉ 32 3.2.1 Dự đoán gen ty thể 33 3.2.2 Kết xếp trình tự 42 3.2.3 Cây chủng loại phát sinh sử dụng trình tự hoàn chỉnh 46 3.2.4 Cây chủng loại phát sinh sử dụng trình tự D loop 47 3.2.5 Sự chủng loại phát sinh Sus scrofa 49 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 53 TÀI LIỆU THAM KHẢO 54 PHỤ LỤC 65 Footer Page of 126 Header Page of 126 DANH MỤC BẢNG Bảng 1.1 Khối lượng lợn Ỉ Ỉ pha qua mốc tuổi (kg) Bảng 1.2 Khối lượng lợn Ỉ pha Ỉ mỡ Bảng 2.1 Trình tự mồi PCR 22 Bảng 2.2 Thành phần phản ứng PCR 24 Bảng 2.3 Thành phần phản ứng giải trình tự 25 Bảng 3.1 Cấu trúc hệ gen ty thể lợn Ỉ 34 Bảng 3.2 Khu vực địa lý thông số thành phần trình tự giống lợn 38 Footer Page of 126 Header Page of 126 DANH MỤC HÌNH Hình 1.1 Cấu trúc ba loại đường năm carbon ribose, deoxyribose dideoxyribose 13 Hình 1.2 Sơ đồ phản ứng giải trình tự Sanger Ở đây, mồi giải trình tự gắn phóng xạ phản ứng tạo đoạn trình tự bổ sung với khuôn DNA 14 Hình 1.3 Cấu trúc phổ phát xạ huỳnh quang bốn loại dye succinylfluorescein phát triển DuPont 15 Hình 1.4 Sơ đồ biểu diễn hệ thống giải trình tự DNA mao quản 16 Hình 3.1 Hình ảnh cá thể lợn Ỉ 27 Hình 3.2 DNA tổng số tách từ mẫu máu lợn Ỉ 28 Hình 3.3 Sản phẩm PCR khuếch đại mồi 1-30 với nhiệt độ gắn mồi 54oC 29 Hình 3.4 Sản phẩm PCR khếch đại nhiệt độ gắn mồi 53oC 51oC 30 Hình 3.5 Kết tinh sản phẩm PCR hệ gen ty thể 31 Hình 3.6 Ví dụ cho phần kết giải trình tự đủ độ tin cậy lựa chọn 32 Hình 3.7 Cấu trúc dạng vòng hệ gen ty thể lợn Ỉ xây dựng phần mềm GenomeVX 33 Hình 3.8 Cấu trúc bậc hai 22 loại tRNA mã hóa hệ gen ty thể lợn Ỉ 41 Hình 3.9 Một phần trình tự D loop lợn Ỉ giống lợn công bố sau tiến hành xếp 43 Hình 3.10 Một phần trình tự hoàn chỉnh lợn Ỉ giống lợn công bố sau tiến hành xếp 44 Hình 3.11 Cây chủng loại phát sinh sử dụng trình tự hoàn chỉnh phân tích theo phương pháp Bayesian 47 Hình 3.12 Cây chủng loại phát sinh sử dụng trình tự D loop phân tích theo phương pháp Bayesian 49 Footer Page of 126 Header Page of 126 DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT DNA Deoxyribonucleic acid RNA Ribonucleic acid tRNA RNA vận chuyển rRNA RNA ribosome P:C:I Phenol:Chloroform:Isoamyl Alcohol RFLP Restriction fragment length polymorphism WB bp SNP Footer Page of 126 Giống lợn hoang Base pair Đa hình nucleotide đơn (single nucleotide polymorphism) Header Page of 126 MỞ ĐẦU Lợn Ỉ giống lợn đƣợc nuôi phổ biến tỉnh Bắc Bộ Việt Nam Giống lợn mang nhiều đặc điểm di truyền quý nhƣ mắn đẻ, khả chống chịu bệnh tốt, chất lƣợng thịt thơm ngon Tuy nhiên kích thƣớc nhỏ, tốc độ sinh trƣởng chậm, không kinh tế, số lƣợng lợn Ỉ đƣợc nuôi ngày giảm giống có nguy biến Là nghiên cứu di truyền phân tử giống lợn Ỉ, nghiên cứu lựa chọn phƣơng pháp giải trình tự toàn hệ gen ty thể làm công cụ nghiên cứu nguồn gốc di truyền lợn Ỉ Hệ gen ty thể dễ khuếch đại, kích thƣớc nhỏ, bên cạnh chúng đƣợc coi dấu hiệu phân tử (marker) lĩnh vực đa dạng sinh học Những kết nghiên cứu trở thành sở phân phục vụ cho hoạt động bảo tồn nguồn gen nhƣ nghiên cứu sâu di truyền phân tử đối tƣợng lợn Ỉ Mục tiêu phƣơng pháp đƣợc thực đề tài “Xác định phân tích trình tự hệ gen ty thể hoàn chỉnh giống lợn Ỉ Việt Nam” Footer Page of 126 Header Page Luận 10 ofvăn 126.thạc sĩ CHƢƠNG TỔNG QUAN 1.1 Giới thiệu giống lợn Ỉ 1.1.1 Nguồn gốc giống vật nuôi Quá trình hóa vật nuôi đƣợc diễn khoảng 8,000 - 10,000 năm trƣớc Tây Nam Á, Đông Á Châu Mỹ, [16] Điều không hoàn toàn ngẫu nhiên thời điểm đó, sau Kỷ băng hà (12,200–11,100 năm trƣớc) kết thúc, khí hậu bắt đầu trở nên ấm theo mùa Một số quần thể ngƣời bắt đầu phát triển nhanh chóng trở thành trung tâm dân cƣ, hình thành nên khu vực quan trọng Quá trình định cƣ thƣờng diễn khu vực đất đai màu mỡ tự nhiên, thích hợp cho nông nghiệp, vị trí nằm vùng đất rộng lớn, đóng vai trò liên kết vùng đất lại với nhau, điểm dừng chân ngƣời di cƣ Sự tăng lên dân số địa di cƣ khiến nhu cầu cung cấp thực phẩm tăng lên, kích thích kinh tế nông nghiệp trình hóa giống nông nghiệp [43, 72, 82] Ba khu vực Tây Nam Á (Vùng Trăng lƣỡi liềm màu mỡ rìa phía đông nó, hƣớng phía lƣu vực Ấn Độ) [77], Đông Á (Trung Quốc nƣớc phía nam Trung Quốc) khu vực dãy Andean Nam Mỹ [16] đƣợc coi khu vực diễn trình hóa giống vật nuôi Gia súc, cừu, dê, lợn trâu đƣợc hóa hai khu vực châu Á, lạc đà không bƣớu lạc đà Alpaca đƣợc hóa Nam Mỹ Ngựa ngoại lệ, chúng đƣợc hóa khu vực độc lập phía bắc, ngựa dƣờng nhƣ loài gia súc lớn đƣợc hóa gần (khoảng 6000 năm trƣớc) [39, 93] 1.1.2 Giống lợn nhà (Sus scrofa) Giống lợn nhà (Sus scrofa) bắt nguồn từ hai nhóm lợn rừng hoang dại Đó lợn rừng Châu Âu (Sus scrofaferus) lợn rừng Châu Á (Sus orientalis, Sus cristatus sus vittatus) đƣợc ngƣời hoá thời gian dài mà thành Căn vào hình dáng tai, ngƣời ta chia hai nhóm lợn nguyên thuỷ Châu Âu Châu Á Nguyễn Đức Hiếu Footer Page 10 of 126 K23 Sinh học thực nghiệm Header Page Luận 25 ofvăn 126.thạc sĩ phải sử dụng gel acrylamide vốn cần nhiều thao tác không phù hợp với hệ thống thông lƣợng cao Đến năm 1990, Harold Swerdlow đồng nghiệp sử dụng điện di mao quản giải trình DNA [88, 89] Mao quản có kích thƣớc nhỏ, đƣờng kính bên 50μm, chúng có khả tản nhiệt hiệu diện tích bề mặt lớn Điều có nghĩa hệ thống mao quản chạy với điện áp cao nhiều từ giảm đáng kể thời gian chạy Quan trọng nhất, hệ thống mao quản chạy tự động, ƣu điểm lớn so với hệ thống dựa gel Cuối vào năm 1993, B.L Karger đồng nghiệp báo cáo việc sử dụng loại chất phân tách độ nhớt thấp bơm vào mao quản với áp suất tƣơng đối thấp [74] Loại polyme rửa thay sau trình sử dụng Đây tất yếu tố cần thiết để phát triển tảng giải trình tự thông lƣợng cao (hình 1.4) Hiện hệ thống đƣợc phát triển giải trình tự đoạn DNA có độ dài 500-1000 base vài 1.5 Phƣơng pháp phân tích chủng loại phát sinh 1.5.1 Cây chủng loại phát sinh Trƣớc thời điểm đời công nghệ giải trình tự DNA, thuật ngữ chủng loại phát sinh hầu nhƣ đƣợc sử dụng để mô tả mối quan hệ loài hệ thống học (systematic) phân loại học (taxonomy) Ngày nay, khái niệm đƣợc sử dụng hầu hết ngành sinh học Ngoài việc thể mối quan hệ loài, đƣợc sử dụng để mô tả mối quan hệ nguồn gốc họ gen [58], lịch sử phát sinh quần thể [22], trình biến đổi dịch tễ tác nhân gây bệnh [32, 57], mối quan hệ tế bào sinh dƣỡng suốt trình biệt hóa phát triển ung thƣ [78] Gần đây, phân tích chủng loại phát sinh sử dụng công cụ phân tử trở thành công cụ thiếu so sánh hệ gen, phân loại trình tự metagenomics [14], để xác định gen, yếu tố điều hòa RNA không mã hóa nằm hệ gen sau đƣợc giải trình tự [44, 51, 65], phân tích Nguyễn Đức Hiếu Footer Page 25 of 126 17 K23 Sinh học thực nghiệm Header Page Luận 26 ofvăn 126.thạc sĩ genome cá thể đại cổ đại [31, 33, 50], tái tạo lại genome tổ tiên [55] Một chủng loại phát sinh bao gồm điểm nút từ điểm nút chia thành nhánh Mỗi nhánh biểu diễn cho tồn đối tƣợng di truyền theo thời gian điểm nút đánh dấu thời điểm đối tƣợng Nếu biểu diễn mối quan hệ di truyền nhóm loài, điểm nút đại diện cho kiện đặc biệt Ví dụ, đƣợc xây dựng dựa trình tự đối tƣợng cần nghiên cứu, điểm nút đại diện cho phát sinh cá thể đƣợc coi tổ tiên mẫu này, đƣợc xây dựng để biểu diễn họ gen, điểm nút đại diện cho điểm trùng lặp gen [99] Cây chủng loại phát sinh không đƣợc vẽ trực tiếp mà đƣợc suy từ liệu trình tự loại liệu khác Phƣơng pháp xây dựng chủng loại phát sinh dựa vào khoảng cách tính toán đƣợc đặc điểm liệu Đối với phƣơng pháp sử dụng ma trận khoảng cách, tùy theo loại phƣơng pháp riêng khoảng cách giữa trình tự đƣợc tính toán lần lƣợt theo cặp, sau ma trận tổng hợp kết khoảng cách lại sử dụng chúng để dựng Ví dụ, phƣơng pháp Neighbor joining áp dụng thuật toán gộp nhóm vào tính toán ma trận khoảng cách để xác định chủng loại phát sinh [76] Các phƣơng pháp phân tích dựa đặc điểm liệu phân tích nhƣ Maximum parsimony, Maximum likelihood Bayesian Những phƣơng pháp đồng thời so sánh tất trình tự đƣợc xếp, xem xét đặc điểm vị trí xếp, thời điểm để tính toán loại số gọi điểm số “Điểm số cây” đƣợc tính toán theo công thức khác tùy theo phƣơng pháp, Maximum parsimony giá trị thay đổi nhỏ nhất, Maximum likelihood log khả xảy (log-likelihood) Bayesian xác suất hậu nghiệm Theo lí thuyết, có điểm số cao đƣợc xác định cách so sánh điểm số tất có khả xảy Tuy nhiên Nguyễn Đức Hiếu Footer Page 26 of 126 18 K23 Sinh học thực nghiệm Header Page Luận 27 ofvăn 126.thạc sĩ thực tế, số lƣợng xảy lớn, việc tìm kiếm toàn không khả thi ngoại trừ trƣờng hợp lƣợng liệu nhỏ Thay vào đó, thuật toán tìm kiếm mô đƣợc sử dụng Cách tiếp cận thƣờng tạo ban đầu thuật toán nhanh, sau thực xếp lại vị trí để tăng điểm số lên Cách tìm kiếm mô không đảm bảo tìm đƣợc tốt theo lý thuyết nhƣng phƣơng pháp khả thi phân tích lƣợng liệu lớn Để biểu diễn số liệu, phƣơng pháp ma trận khoảng cách, Maximum likelihood Bayesian sử dụng mô hình thay đƣợc đặt Maximum pasrsimony mô hình rõ ràng giá trị đƣợc ẩn [99] 1.5.2 Phương pháp Bayesian Cơ sở cho phân tích Bayesian phƣơng pháp chung suy luận thống kê Tuy nhiên phƣơng pháp khác với Maximum likelihood tham số đƣợc sử dụng, chúng biến ngẫu nhiên phƣơng pháp Bayesian số cố định chƣa biết phƣơng pháp Maximum likelihood Trƣớc phân tích liệu, tham số đƣợc gắn cho phân bố tiền nghiệm, sau kết hợp với liệu để tìm phân bố hậu nghiệm Hiện phân tích Bayesian trở nên phổ biến nhờ tiến phƣơng pháp tính toán, đặc biệt thuật toán Markov chain Monte Carlo (MCMC) [99] Cả hai phƣơng pháp Bayesian likelihood sử dụng hàm “khả xảy ra” chúng có chung nhiều ƣu điểm thống kê nhƣ tính thống hiệu [98] Tuy nhiên, cách suy luận thống kê hai phƣơng pháp đối lập, điểm mạnh điểm yếu phƣơng pháp phụ thuộc vào loại phƣơng pháp Điểm mạnh phân tích Bayesian phƣơng pháp đƣa câu trả lời trực tiếp hiệu kết thông qua việc biểu diễn xác suất hậu nghiệm, đơn giản xác suất để xác, biểu diễn dƣới dạng liệu mô hình Ngƣợc lại, việc phân tích chủng loại phát sinh chƣa thể xác định khoảng tin cậy phát sinh việc sử dung khái niệm khoảng tin cậy giả định có Nguyễn Đức Hiếu Footer Page 27 of 126 19 K23 Sinh học thực nghiệm Header Page Luận 28 ofvăn 126.thạc sĩ thể gây khó khăn cho ngƣời sử dụng Việc áp dụng phổ biến phƣơng pháp bootstrap Maximum likelihood gây khó khăn cho ngƣời sử dụng giải thích [12, 24, 87] Tuy nhiên, Bayesian có yếu điểm, xác suất hậu nghiệm tính toán theo Bayesian thƣờng cao [68] Xác suất tiền nghiệm mặc phép kết hợp liệu ban đầu để sử dụng cho chúng, liệu thƣờng sẵn việc tính toán chúng gây khó khăn cho ngƣời sử dụng Do đó, hầu nhƣ tất phân tích liệu đƣợc thực cách sử dụng liệu ban đầu “mặc định” chƣơng trình tính toán [15, 69] 1.6 Định hướng nghiên cứu Trong nghiên cứu tập trung vào việc tiến hành tách khuếch đại toàn hệ gen ty thể đối tƣợng lợn Ỉ phƣơng pháp PCR Sản phẩm khuếch đại đƣợc giải trình tự phƣơng pháp Sanger Trình tự hoàn chỉnh hệ gen ty thể thu đƣợc đƣợc sử dụng phân tích nhằm tìm mối quan hệ di truyền lợn Ỉ với số giống lợn giới Nguyễn Đức Hiếu Footer Page 28 of 126 20 K23 Sinh học thực nghiệm Header Page Luận 29 ofvăn 126.thạc sĩ TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu Tiếng Việt Lê Thị Biên, V.V.S., Phạm Sỹ Tiệp Kỹ thuật chăn nuôi số động vật quý hiếm, Viện chăn nuôi Lê Thị Thúy, B.K.H (2008), “Khảo sát số tiêu sinh trƣởng phát dục, khả sinh sản giống lợn Bản lợn Móng Cái nuôi nông hộ vùng cao huyện Yên Châu, tỉnh Sơn La”, Tạp chí Chăn nuôi, 7, pp 4-7 Trần Văn Do, T.T.Q.V.T.H.H (2005), “Sinh trƣởng phát triển lợn Vân Pa Đakrông, Hƣớng Hóa, tỉnh Quảng Trị Báo cáo tóm tắt đề tài nghiên cứu khoa học”, Sở Khoa học Công nghệ tỉnh Quảng Trị Từ Quang Hiển, L.X.Đ (2005), “Điều tra số tiêu sinh học giống lợn Lang huyện Hạ Lang, tỉnh Cao Bằng Tuyển tập công trình nghiên cứu khoa học chăn nuôi”, pp 227 – 229 Từ Quang Hiển Nguyễn Khánh Quắc, N.Q.T., Trần Văn Phùng (1995), Giáo Trình chăn nuôi lợn, Đại học Nông Lâm Thái Nguyên, pp.1 - 134 Tùng, Đ.X (2001), “Đánh giá nhu cầu nội địa thịt lợn Việt Nam”, Viện Kinh tế Nông nghiệp Tài liệu Tiếng Anh Alvard, M.S and Kuznar L (2001), “Deferred harvests: The transition from hunting to animal husbandry”, American Anthropologist, 103 (2), pp 295-311 Avise, J.C., Arnold J., et al (1987), “Intraspecific phylogeography: the mitochondrial DNA bridge between population genetics and systematics”, Annual review of ecology and systematics, pp 489-522 Ballard, J.W.O and Rand D.M (2005), “The population biology of mitochondrial DNA and its phylogenetic implications”, Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics, pp 621-642 Nguyễn Đức Hiếu Footer Page 29 of 126 54 K23 Sinh học thực nghiệm Header Page Luận 30 ofvăn 126.thạc sĩ 10 Ballard, J.W.O and Whitlock M.C (2004), “The incomplete natural history of mitochondria”, Molecular ecology, 13 (4), pp 729-744 11 Barrell, B.G., Anderson S., et al (1980), “Different pattern of codon recognition by mammalian mitochondrial tRNAs”, Proceedings of the National Academy of Sciences, 77 (6), pp 3164-3166 12 Berry, V and Gascuel O (1996), “On the interpretation of bootstrap trees: appropriate threshold of clade selection and induced gain”, Molecular Biology and Evolution, 13 (7), pp 999-1011 13 Bhuiyan, M., Bhuiyan A., Yoon D., Jeon J., Park C., and Lee J (2007), “Mitochondrial DNA diversity and origin of Red Chittagong cattle”, ASIAN AUSTRALASIAN JOURNAL OF ANIMAL SCIENCES, 20 (10), pp 1478 14 Brady, A and Salzberg S (2011), “PhymmBL expanded: confidence scores, custom databases, parallelization and more”, Nature methods, (5), pp 367367 15 Brown, J.M., Hedtke S.M., Lemmon A.R., and Lemmon E.M (2010), “When trees grow too long: investigating the causes of highly inaccurate Bayesian branch-length estimates”, Systematic Biology, 59 (2), pp 145-161 16 Bruford, M.W., Bradley D.G., and Luikart G (2003), “DNA markers reveal the complexity of livestock domestication”, Nature Reviews Genetics, (11), pp 900-910 17 Chen, C.-H., Huang H.-L., et al (2011), “Mitochondrial genome of taiwan pig (sus scrofa)”, African Journal of Biotechnology, 10 (13), pp 2556-2561 18 Chen, K., Baxter T., Muir W.M., Groenen M.A., and Schook L.B (2007), “Genetic resources, genome mapping and evolutionary genomics of the pig (Sus scrofa)” Nguyễn Đức Hiếu Footer Page 30 of 126 55 K23 Sinh học thực nghiệm Header Page Luận 31 ofvăn 126.thạc sĩ 19 Chomyn, A., Cleeter M., Ragan C., Riley M., Doolittle R., and Attardi G (1986), “URF6, last unidentified reading frame of human mtDNA, codes for an NADH dehydrogenase subunit”, Science, 234, pp 614-618 20 Darwin, C (1859), “On the origins of species by means of natural selection”, London: Murray, 247 21 Devendra, C and Thomas D (2002), “Smallholder farming systems in Asia”, Agricultural systems, 71 (1), pp 17-25 22 Edwards, S.V (2009), “Is a new and general theory of molecular systematics emerging?”, Evolution, 63 (1), pp 1-19 23 Fan, J., Li C.-H., and Shi W (2015), “The complete mitochondrial genome of Java warty pig (Sus verrucosus)”, Mitochondrial DNA, 26 (3), pp 481-482 24 Felsenstein, J and Kishino H (1993), “Is there something wrong with the bootstrap on phylogenies? A reply to Hillis and Bull”, Systematic Biology, 42 (2), pp 193-200 25 Fernández, A., Alves E., et al (2008), “Mitochondrial genome polymorphisms associated with longissimus muscle composition in Iberian pigs”, Journal of animal science, 86 (6), pp 1283-1290 26 Fernández, A., Alves E., Ovilo C., Rodríguez M., and Silió L (2011), “Divergence time estimates of East Asian and European pigs based on multiple near complete mitochondrial DNA sequences”, Animal genetics, 42 (1), pp 8688 27 Ghivizzani, S.C., Mackay S.L., Madsen C.S., Laipis P.J., and Hauswirth W.W (1993), “Transcribed heteroplasmic repeated sequences in the porcine mitochondrial DNA D-loop region”, Journal of molecular evolution, 37 (1), pp 36-47 Nguyễn Đức Hiếu Footer Page 31 of 126 56 K23 Sinh học thực nghiệm Header Page Luận 32 ofvăn 126.thạc sĩ 28 Gissi, C., Iannelli F., and Pesole G (2008), “Evolution of the mitochondrial genome of Metazoa as exemplified by comparison of congeneric species”, Heredity, 101 (4), pp 301-320 29 Giuffra, E., Kijas J., Amarger V., Carlborg Ö., Jeon J.-T., and Andersson L (2000), “The origin of the domestic pig: independent domestication and subsequent introgression”, Genetics, 154 (4), pp 1785-1791 30 Goldstein, D.B and Chikhi L (2002), “Human migrations and population structure: what we know and why it matters”, Annual review of genomics and human genetics, (1), pp 129-152 31 Green, R.E., Krause J., et al (2010), “A draft sequence of the Neandertal genome”, science, 328 (5979), pp 710-722 32 Grenfell, B.T., Pybus O.G., et al (2004), “Unifying the epidemiological and evolutionary dynamics of pathogens”, science, 303 (5656), pp 327-332 33 Gronau, I., Hubisz M.J., Gulko B., Danko C.G., and Siepel A (2011), “Bayesian inference of ancient human demography from individual genome sequences”, Nature genetics, 43 (10), pp 1031-1034 34 Hassanin, A., Léger N., and Deutsch J (2005), “Evidence for multiple reversals of asymmetric mutational constraints during the evolution of the mitochondrial genome of Metazoa, and consequences for phylogenetic inferences”, Systematic biology, 54 (2), pp 277-298 35 Hau, N (2008), “On farm performance of Vietnamese pig breeds and its relation to candidate genes”, University of Hohenheim, Stuttgart, Germany 36 Heckman, J.E., Sarnoff J., Alzner-Deweerd B., Yin S., and Rajbhandary U.L (1980), “Novel features in the genetic code and codon reading patterns in Neurospora crassa mitochondria based on sequences of six mitochondrial tRNAs”, Proceedings of the National Academy of Sciences, 77 (6), pp 31593163 Nguyễn Đức Hiếu Footer Page 32 of 126 57 K23 Sinh học thực nghiệm Header Page Luận 33 ofvăn 126.thạc sĩ 37 Hongo, H., Ishiguro N., et al (2002), “Variation in mitochondrial DNA of Vietnamese pigs: relationships with Asian domestic pigs and Ryukyu wild boars”, Zoological Science, 19 (11), pp 1329-1335 38 Huan, D.D., Binh V.T., Anh D., and Le Coq J Maize commodity chain in Northern area of Vietnam in Proceedings of the Workshop ‘2010 Trends of Animal Production in Vietnam 2002 39 Jansen, T., Forster P., et al (2002), “Mitochondrial DNA and the origins of the domestic horse”, Proceedings of the National Academy of Sciences, 99 (16), pp 10905-10910 40 Jones, G., Rothschild M., and Ruvinsky A (1998), “Genetic aspects of domestication, common breeds and their origin”, The genetics of the pig., pp 17-50 41 Karp, A., Edwards K.J., et al (1997), “Molecular technologies for biodiversity evaluation: opportunities and challenges”, Nature biotechnology, 15 (7), pp 625-628 42 Kasamatsu, H and Vinograd J (1974), “Replication of circular DNA in eukaryotic cells”, Annual review of biochemistry, 43 (1), pp 695-719 43 Kealhofer, L (2002), “Changing Perceptions of Risk: The Development of Agro‐Ecosystems in Southeast Asia”, American Anthropologist, 104 (1), pp 178-194 44 Kellis, M., Patterson N., Endrizzi M., Birren B., and Lander E.S (2003), “Sequencing and comparison of yeast species to identify genes and regulatory elements”, Nature, 423 (6937), pp 241-254 45 Kijas, J and Andersson L (2001), “A phylogenetic study of the origin of the domestic pig estimated from the near-complete mtDNA genome”, Journal of Molecular Evolution, 52 (3), pp 302-308 Nguyễn Đức Hiếu Footer Page 33 of 126 58 K23 Sinh học thực nghiệm Header Page Luận 34 ofvăn 126.thạc sĩ 46 Kim, K.I., Lee J.H., et al (2002), “Phylogenetic relationships of Asian and European pig breeds determined by mitochondrial DNA D‐loop sequence polymorphism”, Animal Genetics, 33 (1), pp 19-25 47 Lan, H and Shi L (1993), “The origin and genetic differentiation of native breeds of pigs in southwest China: an approach from mitochondrial DNA polymorphism”, Biochemical genetics, 31 (1-2), pp 51-60 48 Lapar, M.L.A., Vu T.B., and Ehui S (2003), Identifying barriers to entry to livestock input and output markets in South-East Asia: the case of Vietnam, ILRI (aka ILCA and ILRAD) 49 Lemke, U., Kaufmann B., Thuy L., Emrich K., and Zárate A.V (2006), “Evaluation of smallholder pig production systems in North Vietnam: Pig production management and pig performances”, Livestock science, 105 (1), pp 229-243 50 Li, H and Durbin R (2011), “Inference of human population history from individual whole-genome sequences”, Nature, 475 (7357), pp 493-496 51 Lindblad-Toh, K., Garber M., et al (2011), “A high-resolution map of human evolutionary constraint using 29 mammals”, Nature, 478 (7370), pp 476-482 52 Liu, F., Tang H.-X., Liu Y.-G., Bai M.-J., and Tang Y.-X (2015), “The complete mitochondrial genome of Sus cebifrons (Sus, Suidae)”, Mitochondrial DNA, 26 (3), pp 483-484 53 Lobry, J (1995), “Properties of a general model of DNA evolution under nostrand-bias conditions”, Journal of molecular evolution, 40 (3), pp 326-330 54 Loftus, R.T., Machugh D.E., Bradley D.G., Sharp P.M., and Cunningham P (1994), “Evidence for two independent domestications of cattle”, Proceedings of the National Academy of Sciences, 91 (7), pp 2757-2761 Nguyễn Đức Hiếu Footer Page 34 of 126 59 K23 Sinh học thực nghiệm Header Page Luận 35 ofvăn 126.thạc sĩ 55 Ma, J (2011), “Reconstructing the history of large-scale genomic changes: biological questions and computational challenges”, Journal of Computational Biology, 18 (7), pp 879-893 56 Machugh, D.E., Loftus R.T., Bradley D.G., Sharp P.M., and Cunningham P (1994), “Microsatellite DNA variation within and among European cattle breeds”, Proceedings of the Royal Society of London B: Biological Sciences, 256 (1345), pp 25-31 57 Marra, M.A., Jones S.J., et al (2003), “The genome sequence of the SARSassociated coronavirus”, Science, 300 (5624), pp 1399-1404 58 Mäser, P., Thomine S., et al (2001), “Phylogenetic relationships within cation transporter families of Arabidopsis”, Plant Physiology, 126 (4), pp 1646-1667 59 Moritz, C., Dowling T., and Brown W (1987), “Evolution of animal mitochondrial DNA: relevance for population biology and systematics”, Annual Review of Ecology and systematics, pp 269-292 60 Moriya, J., Yokogawa T., et al (1994), “A novel modified nucleoside found at the first position of the anticodon of methionine tRNA from bovine liver mitochondria”, Biochemistry, 33 (8), pp 2234-2239 61 Mount, D.W (2004), “Sequence and genome analysis”, Bioinformatics: Cold Spring Harbour Laboratory Press: Cold Spring Harbour, 62 Ogle, B and Phuc B.H.N (1997), “Sustainable intensive livestock-based systems in Vietnam”, IRD Currents 63 Ojala, D., Montoya J., and Attardi G (1981), “tRNA punctuation model of RNA processing in human mitochondria” 64 Osawa, S., Jukes T., Watanabe K., and Muto A (1992), “Recent evidence for evolution of the genetic code”, Microbiological reviews, 56 (1), pp 229-264 Nguyễn Đức Hiếu Footer Page 35 of 126 60 K23 Sinh học thực nghiệm Header Page Luận 36 ofvăn 126.thạc sĩ 65 Pedersen, J.S., Bejerano G., et al (2006), “Identification and classification of conserved RNA secondary structures in the human genome”, PLoS Comput Biol, (4), pp e33 66 Porter, V (2002), Mason's world dictionary of livestock breeds, types and varieties, CABI 67 Prober, J.M., Trainor G.L., et al (1987), “A system for rapid DNA sequencing with fluorescent chain-terminating dideoxynucleotides”, Science, 238 (4825), pp 336-341 68 Rannala, B and Yang Z (1996), “Probability distribution of molecular evolutionary trees: a new method of phylogenetic inference”, Journal of molecular evolution, 43 (3), pp 304-311 69 Rannala, B., Zhu T., and Yang Z (2012), “Tail paradox, partial identifiability, and influential priors in Bayesian branch length inference”, Molecular biology and evolution, 29 (1), pp 325-335 70 Reed, C.A (1969), The pattern of animal domestication in the prehistoric Near East, G Duckworth 71 Report, G (2006), “Vietnam Livestock and Products Annual”, USDA Foreign Agricultural Service 72 Richerson, P.J., Boyd R., and Bettinger R.L (2001), “Was agriculture impossible during the Pleistocene but mandatory during the Holocene? A climate change hypothesis”, American Antiquity, 66 (3), pp 387-411 73 Rosenberg, N.A., Burke T., et al (2001), “Empirical evaluation of genetic clustering methods using multilocus genotypes from 20 chicken breeds”, Genetics, 159 (2), pp 699-713 74 Ruiz-Martinez, M.C., Berka J., Belenkii A., Foret F., Miller A.W., and Karger B.L (1993), “DNA sequencing by capillary electrophoresis with replaceable Nguyễn Đức Hiếu Footer Page 36 of 126 61 K23 Sinh học thực nghiệm Header Page Luận 37 ofvăn 126.thạc sĩ linear polyacrylamide and laser-induced fluorescence detection”, Analytical chemistry, 65 (20), pp 2851-2858 75 Ryan, K.R and Jensen R.E (1995), “Protein translocation across mitochondrial membranes: what a long, strange trip it is”, Cell, 83 (4), pp 517-519 76 Saitou, N and Nei M (1987), “The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees”, Molecular biology and evolution, (4), pp 406-425 77 Salamini, F., Özkan H., Brandolini A., Schäfer-Pregl R., and Martin W (2002), “Genetics and geography of wild cereal domestication in the Near East”, Nature Reviews Genetics, (6), pp 429-441 78 Salipante, S.J and Horwitz M.S (2006), “Phylogenetic fate mapping”, Proceedings of the National Academy of Sciences, 103 (14), pp 5448-5453 79 Sanger, F., Nicklen S., and Coulson A.R (1977), “DNA sequencing with chainterminating inhibitors”, Proceedings of the National Academy of Sciences, 74 (12), pp 5463-5467 80 Savolainen, P., Zhang Y.-P., Luo J., Lundeberg J., and Leitner T (2002), “Genetic evidence for an East Asian origin of domestic dogs”, Science, 298 (5598), pp 1610-1613 81 Shen, L.-Y., Zhang S.-H., and Zhu L (2016), “Complete mitochondrial genome sequence of Chenghua pig (Sus Scrofa) and its phylogenetic analysis”, Mitochondrial DNA Part B, (1), pp 530-531 82 Sherratt, A (1997), “Climatic cycles and behavioural revolutions: the emergence of modern humans and the beginning of farming”, Antiquity, 71 (272), pp 271-287 83 Smith, L.M., Sanders J.Z., et al (1986), “Fluorescence detection in automated DNA sequence analysis”, Nature, 321 (6071), pp 674-679 Nguyễn Đức Hiếu Footer Page 37 of 126 62 K23 Sinh học thực nghiệm Header Page Luận 38 ofvăn 126.thạc sĩ 84 Sow-Angr, F (2006), “The State of the World's Animal Genetic Resources for Food and Agriculture 1st ed”, Rome: FAO 85 Sueoka, N (1995), “Intrastrand parity rules of DNA base composition and usage biases of synonymous codons”, Journal of Molecular Evolution, 40 (3), pp 318-325 86 Sunnucks, P (2000), “Efficient genetic markers for population biology”, Trends in Ecology & Evolution, 15 (5), pp 199-203 87 Susko, E (2010), “First-order correct bootstrap support adjustments for splits that allow hypothesis testing when using maximum likelihood estimation”, Molecular biology and evolution, 27 (7), pp 1621-1629 88 Swerdlow, H., Wu S., Harke H., and Dovichi N.J (1990), “Capillary gel electrophoresis for DNA sequencing: laser-induced fluorescence detection with the sheath flow cuvette”, Journal of Chromatography A, 516 (1), pp 61-67 89 Swerdlow, H., Zhang J.Z., et al (1991), “Three DNA sequencing methods using capillary gel electrophoresis and laser-induced fluorescence”, Analytical Chemistry, 63 (24), pp 2835-2841 90 Taberlet, P., Valentini A., et al (2008), “Are cattle, sheep, and goats endangered species?”, Molecular Ecology, 17 (1), pp 275-284 91 Tamura, K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., and Kumar S (2013), “MEGA6: molecular evolutionary genetics analysis version 6.0”, Molecular biology and evolution, 30 (12), pp 2725-2729 92 Technologies, I.D “DNA Sequencing” 93 Vilà, C., Leonard J.A., et al (2001), “Widespread origins of domestic horse lineages”, Science, 291 (5503), pp 474-477 94 Walberg, M.W and Clayton D.A (1981), “Sequence and properties of the human KB cell and mouse L cell D-loop regions of mitochondrial DNA”, Nucleic Acids Research, (20), pp 5411-5421 Nguyễn Đức Hiếu Footer Page 38 of 126 63 K23 Sinh học thực nghiệm Header Page Luận 39 ofvăn 126.thạc sĩ 95 Wang, M., Sheng Z., Wu X., Wang Q., and Pan Y (2010), “Mitochondrial DNA-based genetic structure analysis of Pudong White pigs”, Biochemical genetics, 48 (11-12), pp 924-937 96 Wei, S.-J., Shi M., et al (2010), “New views on strand asymmetry in insect mitochondrial genomes”, PLoS One, (9), pp e12708 97 Wolstenholme, D.R (1992), “Animal mitochondrial DNA: structure and evolution”, International review of cytology, 141, pp 173-216 98 Yang, Z (2006), Computational molecular evolution, Oxford University Press 99 Yang, Z and Rannala B (2012), “Molecular phylogenetics: principles and practice”, Nature Reviews Genetics, 13 (5), pp 303-314 100 Yu, G., Xiang H., Wang J., and Zhao X (2013), “The phylogenetic status of typical Chinese native pigs: analyzed by Asian and European pig mitochondrial genome sequences”, Journal of animal science and biotechnology, (1), pp 101 Zeder, M.A and Hesse B (2000), “The initial domestication of goats (Capra hircus) in the Zagros Mountains 10,000 years ago”, Science, 287 (5461), pp 2254-2257 102 Zhang, Y., Xie Z., et al (2015), “Mitochondrial genome of the Luchuan pig (Sus scrofa)”, Mitochondrial DNA, pp 1-3 Nguyễn Đức Hiếu Footer Page 39 of 126 64 K23 Sinh học thực nghiệm ... QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN - Nguyễn Đức Hiếu XÁC ĐỊNH VÀ PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ HỆ GENE TY THỂ HOÀN CHỈNH CỦA GIỐNG LỢN Ỉ TẠI VIỆT NAM Chuyên ngành : Sinh học thực nghiệm... tRNA mã hóa hệ gen ty thể lợn Ỉ 41 Hình 3.9 Một phần trình tự D loop lợn Ỉ giống lợn công bố sau tiến hành xếp 43 Hình 3.10 Một phần trình tự hoàn chỉnh lợn Ỉ giống lợn công bố... nhƣ nghiên cứu sâu di truyền phân tử đối tƣợng lợn Ỉ Mục tiêu phƣơng pháp đƣợc thực đề tài Xác định phân tích trình tự hệ gen ty thể hoàn chỉnh giống lợn Ỉ Việt Nam Footer Page of 126 Header