Header Page of 146 ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM - - Nguyễn Ngọc Sơn TÁCH DÒNG VÀ XÁC ĐỊNH TRÌNH TỰ NUCLEOTIT MỘT SỐ ĐOẠN TRONG GENOME CỦA VIRUT VÀNG LÙN LÚA (RGSV) TẠI VIỆT NAM LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Thái Nguyên – 2009 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên Footer Page of 146 http://www.lrc-tnu.edu.vn Header Page of 146 ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM -  - NGUYỄN NGỌC SƠN TÁCH DÒNG VÀ XÁC ĐỊNH TRÌNH TỰ NUCLEOTIT MỘT SỐ ĐOẠN TRONG GENOME CỦA VIRUT VÀNG LÙN LÚA (RGSV) TẠI VIỆT NAM Chuyên ngành: Di truyền học Mã số: 60.42.70 LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC NGƢỜI HƢỚNG DẪN KHOA HỌC: TS Nguyễn Trung Nam Viện Công nghệ sinh học (IBT) Thái Nguyên - 2009 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên Footer Page of 146 http://www.lrc-tnu.edu.vn Header Page of 146 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên Footer Page of 146 http://www.lrc-tnu.edu.vn Header Page of 146 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan công trình nghiên cứu riêng Các số liệu, kết nghiên cứu luận văn trung thực chƣa đƣợc công bố Tác giả Nguyễn Ngọc Sơn Footer Page of 146 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn Header Page of 146 LỜI CẢM ƠN Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới TS Nguyễn Trung Nam (Viện Công nghệ Sinh học) tận tình hướng dẫn tạo điều kiện giúp đỡ hoàn thành công trình nghiên cứu Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành tới GS TS Lê Trần Bình, TS Chu Hoàng Hà, TS Nguyễn Hữu Cường, KS Hoàng Thị Thu Hằng tập thể cán Phòng Công nghệ Tế bào thực vật – Viện Công nghệ Sinh học nhiệt tình giúp đỡ, truyền đạt nhiều kinh nghiệm đồng thời hỗ trợ suốt thời gian thực nghiệm hoàn thành khóa luận Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành tới TS Nguyễn Như Cường (Viện Bảo vệ Thực vật) chủ nhiệm đề tài cấp Nhà nước “Nghiên cứu đặc tính sinh học virut gây bệnh môi giới truyền bệnh vàng lùn, lùn xoắn lá, biện pháp quản lý tổng hợp trồng (ICM) sản xuất lúa” cung cấp mẫu bệnh cộng tác trình thực công trình nghiên cứu Tôi xin chân thành cảm ơn Ban lãnh đạo Trường Đại học sư phạm – Đại học Thái Nguyên, Ban chủ nhiệm khoa Sau đại học, Ban chủ nhiệm khoa Sinh – KTNN, thày cô giáo, cán Khoa truyền đạt kiến thức tạo điều kiện cho thực khóa luận Cuối cùng, xin chân thành cảm ơn gia đình, bạn bè tạo điều kiện, động viên, giúp đỡ suốt trình học tập, nghiên cứu hoàn thành luận văn Tác giả luận văn Footer Page of 146 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn Header Page of 146 MỤC LỤC Trang LỜI CẢM ƠN MỤC LỤC DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT DANH MỤC CÁC BẢNG MỞ ĐẦU Chƣơng TỔNG QUAN TÀI LIỆU 11 1.1 TÌNH HÌNH DỊCH BỆNH VL&LXL TRÊN THẾ GIỚI VÀ VIỆT NAM 11 1.1.1 Thế giới 11 1.1.2 Việt Nam 12 1.2 TRIỆU CHỨNG LÖA NHIỄM BỆNH VL&LXL 13 1.3 ĐẶC ĐIỂM CỦA CÁC LOẠI VIRUT GÂY BỆNH VL&LXL Ở LÖA 14 1.3.1 Virut vàng lùn lúa (RGSV) 14 1.3.2 Các loại virut khác 16 1.3.2.1 Virut lùn xoắn lúa (RRSV) 16 1.3.2.2 Virut tungro hình cầu (RTSV) 17 1.3.2.3 Virut tungro hình nhộng (RTBV) 18 1.4 ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC CỦA RẦY NÂU – MÔI GIỚI CHỦ YẾU TRUYỀN BỆNH VL&LXL 19 1.4.1 Đặc điểm hình thái 19 1.4.2 Đặc điểm sinh học, sinh thái gây hại 19 1.5 PHÕNG TRỪ BỆNH VL&LXL 20 1.6 MỘT SỐ ENZYM VÀ KỸ THUẬT SINH HỌC PHÂN TỬ TRONG NGHIÊN CỨU BỆNH VIRUT 21 1.6.1 Một số enzym sử dụng sinh học phân tử 21 1.6.2 Kỹ thuật RT-PCR 22 1.6.3 Kỹ thuật PCR 23 1.6.4 Kỹ thuật biến nạp plasmit vào E.coli 24 1.6.5 Kỹ thuật tách dòng gen 24 1.6.6 Kỹ thuật PCR trực tiếp từ khuẩn lạc (colony – PCR) 25 Chƣơng VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 26 2.1 VẬT LIỆU 26 2.2 HÓA CHẤT, THIẾT BỊ, ĐỊA ĐIỂM 27 2.2.1 Hóa chất 27 Footer Page of 146 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn Header Page of 146 2.2.2 Thiết bị 27 2.2.3 Địa điểm nghiên cứu 27 2.3 PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 27 2.3.1 Thu mẫu thí nghiệm 27 2.3.2 Thiết kế mồi đặc hiệu 28 2.3.3 Tách chiết RNA tổng số virut lúa 28 2.3.4 Phản ứng RT-PCR 29 2.3.5 Tạo plasmit tái tổ hợp mang gen mong muốn (Ligation) 29 2.3.6 Biến nạp vectơ tái tổ hợp vào tế bào khả biến E.coli DH5α phƣơng pháp sốc nhiệt 30 2.3.7 Colony-PCR 31 2.3.8 Tách chiết plasmit 32 2.3.9 Cắt gen enzym giới hạn 32 Chƣơng KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 34 3.1 THIẾT KẾ MỒI 34 3.2 TÁCH DÕNG CÁC ĐOẠN TRONG GENOME CỦA RGSV 34 3.2.1 RT-PCR 34 3.2.2 Biến nạp vectơ tái tổ hợp vào tế bào khả biến E.coli DH5α 37 3.2.3 Chọn lọc plasmit tái tổ hợp colony-PCR 37 3.2.4 Tách plasmit cắt kiểm tra có mặt gen 39 3.3 XÁC ĐỊNH TRÌNH TỰ NUCLEOTIT CỦA MỘT SỐ ĐOẠN TRONG GENOME CỦA RGSV 40 3.4 SO SÁNH TRÌNH TỰ GEN CP-RGSV CỦA HAI TỈNH NINH THUẬN VÀ BÌNH THUẬN VỚI CÁC TRÌNH TỰ TƢƠNG ỨNG TRÊN GENBANK 41 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 46 CÔNG TRÌNH NGHIÊN CỨU ĐÃ CÔNG BỐ 47 TÀI LIỆU THAM KHẢO 48 PHỤ LỤC 53 Footer Page of 146 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn Header Page of 146 DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT µg microgram µl microlitre µm micrometer bp base pair cDNA Complementary DNA (DNA bổ sung đƣợc tổng hợp nhờ enzym phiên mã ngƣợc từ RNA thông tin) CS Cộng CLRRI Cuulong Delta Rice Research Institute (Viện nghiên cứu lúa đồng sông Cửu Long), http://www.clrri.org CP/NCP Coat protein/Nucleocapsid Protein (Protein vỏ) Đ/c Đối chứng ĐBSCL Đồng sông Cửu Long DEPC Diethyl pyroCarbonate DNA Deoxyribonucleic acid DPV Description of Plant Viruses (Miêu tả virus thực vật), http://www.dpvweb.net EDTA Ethylene Diamine Tetra-acetic Acid ELISA Enzyme linked immunsorbent assay (kỹ thuật hấp thụ miễm dịch liên kết với enzym) g gram ICTV International Committee on Taxonomy of Viruses (Ủy ban quốc tế phân loại virus) ICTVdB The Universal Virus Database of the International Committee on Taxonomy of Viruses (Ngân hàng liệu virus ICTV), http://www.ictvdb.rothamsted.ac.uk IPTG Isopropylthio-β-D-galactoside IRRI International Rice Research Institute (Viện nghiên cứu Lúa quốc tế), http://www.irri.org Footer Page of 146 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn Header Page of 146 Kb Kilobase LB Luria Bertani M Nồng độ mol/lit ml mililitre mm milimeter NCBI National Center for Biotechnology Information (Trung tâm Quốc gia thông tin Công nghệ Sinh học), http://www.ncbi.nlm.nih.gov ng Nanogram nm Nanometer PCR Polymerase Chain Reaction (Phản ứng chuỗi polymerase) PEG Polyethylene glycon RdRp RNA dependent RNA polymerase (Enzym nhân RNA tạo phân tử RNA) RGSV Rice grassy stunt virus (Virut vàng lùn lúa) RNA Ribonucleic acid RNase Ribonuclease RRSV Rice ragged stunt virus (Virut lùn xoắn lúa) RSV Rice stripe virus RT- PCR Reverse transcription polymerase chain reaction (phản ứng PCR phiên mã ngƣợc) RTBV Rice tungro bacilliform virus (Virut tungro hình nhộng) RTSV Rice tungro spherical virus (Virut tungro hình cầu) RWSV Rice wilted stunt virus (Virut héo lùn lúa) TAE Tris - Acetate – EDTA Taq Thermus aquaticus v/p vòng/phút vcRNA viral complementary RNA (đoạn RNA bổ sung virus) VL&LXL Vàng lùn, lùn xoắn vRNA viral RNA (đoạn RNA virus) X-gal 5-brom-4-chloro-3-indolyl-β-D-galactosidase Footer Page of 146 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn Header Page 10 of 146 DANH MỤC CÁC BẢNG Trang Bảng 3.1 Trình tự mồi sử dụng để nhân số đoạn genome RGSV… 34 Bảng 3.2 Mã số đăng ký GenBank trình tự thu đƣợc 41 Bảng 3.3 Hệ số tƣơng đồng sai khác trình tự nucleotit gen CPRGSV Bình Thuận, Ninh Thuận với trình tự tƣơng ứng tỉnh ĐBSCL giới (GenBank) 42 DANH MỤC CÁC HÌNH Trang Hình 1.1 Cây lúa bị bệnh vàng lùn, bụi lúa giảm chồi 13 Hình 1.2 RGSV quan sát dƣới kính hiển vi điện tử 15 Hình 1.3 Sơ đồ cấu trúc gen RGSV 16 Hình 1.4 RRSV quan sát dƣới kính hiển vi điện tử 17 Hình 1.5 RTSV RTBV quan sát dƣới kính hiển vi điện tử 18 Hình 1.6 Các giai đoạn phát triển rầy nâu 19 Hình 2.1 Các điểm thu mẫu lúa nghi nhiễm bệnh VL&LXL Nam Trung Bộ 26 Hình 2.2 Sơ đồ vectơ pBT 30 Hình 3.1 Điện di sản phẩm RT-PCR phân đoạn RGSV từ mẫu tỉnh Bình Thuận cặp mồi RNA1-RGSV RNA4-RGSV 35 Hình 3.2 Điện di sản phẩm RT-PCR gen CP RGSV cặp mồi CP-RGSV 36 Hình 3.3 Điện di sản phẩm RT-PCR gen CP RGSV cặp mồi CP-RGSV 36 Footer Page 10Trung of 146 Số hóa tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn Header Page 44 of 146 41 trình tự đem so sánh với trình tự phân đoạn RGSV GenBank cao (96- 99%) Kết chứng tỏ hai trình tự trình tự phân đoạn RGSV Các trình tự thu đƣợc đƣợc đăng ký vào GenBank với mã số nhƣ bảng 3.2 Hai trình tự thu đƣợc có kích thƣớc tƣơng đối ngắn có độ bảo thủ cao nên thực phản ứng PCR nhiệt độ thích hợp có độ nhạy cao Do sử dụng cặp mồi để kiểm tra có mặt RGSV mẫu lúa với hiệu cao Bảng 3.2 Mã số đăng ký GenBank trình tự thu đƣợc STT Tên gen (phân đoạn) Tỉnh phân lập Mã số GenBank RNA1-RGSV Bình Thuận FM995215 RNA4-RGSV Bình Thuận FN179368 CP-RGSV Bình Thuận FM882251 CP-RGSV Ninh Thuận FM882252 Căn vào kích thƣớc thấy gen CP-RGSV từ mẫu NT BT thu đƣợc sau xác định trình tự phù hợp với kích thƣớc lý thuyết thiết kế mồi So sánh trình tự cách so sánh chƣơng trình Blast (NCBI), hệ số tƣơng đồng trình tự đem so sánh với trình tự gen CP RGSV GenBank cao (96,5- 99%) Kết chứng tỏ trình tự gen CP-RGSV Các trình tự thu đƣợc đƣợc đăng ký vào GenBank với mã số nhƣ bảng 3.2 3.4 SO SÁNH TRÌNH TỰ GEN CP-RGSV CỦA HAI TỈNH NINH THUẬN VÀ BÌNH THUẬN VỚI CÁC TRÌNH TỰ TƢƠNG ỨNG TRÊN GENBANK Kết bảng 3.3, hệ số tƣơng đồng trình tự gen CP- RGSV cao (96,5%- 99,9%) cho thấy gen CP- RGSV có mức độ bảo thủ cao Đặc biệt, hệ số tƣơng đồng hai trình tự Ninh Thuận Bình Thuận với trình tự tƣơng ứng đem so sánh đạt từ 98,0- 99,9% Trong đó, hai trình tự giống với trình tự VL2 (EU076544) tỉnh Vĩnh Long (99,9%) khác với trình tự CN(AF290947) Trung Quốc (98,0%) Footer Page 44Trung of 146 Số hóa tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn Header Page 45 of 146 42 Bảng 3.3 Hệ số tƣơng đồng sai khác trình tự nucleotit gen CP- RGSV Bình Thuận, Ninh Thuận với trình tự tƣơng ứng tỉnh ĐBSCL giới (GenBank) Hệ số sai khác Hệ số tƣơng đồng AG(GQ306203): An Giang, BL1(EU076531): Bạc Liêu1, BL2(EU976532): Bạc Liêu2, BT(FM882251): Bình Thuận, CT1(EU076533): Cần Thơ1, CT2(EU076534): Cần Thơ2, CN(AF290947): Trung Quốc, DT1(EU076535): Đồng Tháp1, DT2(EU076536): Đồng Tháp2, HG(GQ329709): Hậu Giang; JP(AB000403): Nhật Bản, JP(AB023779): Nhật Bản, LA(FN433644): Long An; LA(GQ329710): Long An; NT(FM882252): Ninh Thuận, ST1(EU076537): Sóc Trăng1, ST2(EU076538): Sóc Trăng2, TG1(EU076539): Tiền Giang1, TG2(EU076540): Tiền Giang2, TV1(EO076541): Trà Vinh1, TV2(EU076542): Trà Vinh2, VL1(EU076543): Vĩnh Long1, VL2(EU076544): Vĩnh Long2 Footer Page Số hóa Trung45 tâm of Học 146 liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn Header Page 46 of 146 43 Cây phát sinh chủng loại đƣợc xây dựng theo phƣơng pháp Bootstrap phần mềm MEGA4 sử dụng kết so sánh ClustalW trình tự gen CP-RGSV hai tỉnh Ninh Thuận, Bình Thuận với trình tự số trình tự tƣơng ứng đại diện cho dòng RGSV khác Việt Nam giới (Hình 3.9) Hình 3.9 Cây phát sinh chủng loại xây dựng sở so sánh 02 trình tự nucleotit gen CP- RGSV Nam Trung Bộ (Ninh Thuận, Bình Thuận) với trình tự tƣơng ứng ĐBSCL giới công bố GenBank Cây phát sinh chủng loại đƣợc xây dựng sở so sánh 23 trình tự (Nam Trung Bộ (2), ĐBSCL(18) giới (3)) gen CP-RGSV lấy từ GenBank Thanh bar trình bày số thay nucleotide Các số đốt phát sinh chủng loại giá trị bootstrap tính theo phần trăm (1000 lần lặp lại) Chỉ giá trị bootstrap > 50% đƣợc hình AG(GQ306203): An Giang, BL1(EU076531): Bạc Liêu1, BL2(EU976532): Bạc Liêu2, BT(FM882251): Bình Thuận, CT1(EU076533): Cần Thơ1, CT2(EU076534): Cần Thơ2, CN(AF290947): Trung Quốc, DT1(EU076535): Đồng Tháp1, DT2(EU076536): Đồng Tháp2, HG(GQ329709): Hậu Giang; JP(AB000403): Nhật Bản, JP(AB023779): Nhật Bản, LA(FN433644): Long An; LA(GQ329710): Long An; NT(FM882252): Ninh Thuận, ST1(EU076537): Sóc Trăng1, ST2(EU076538): Sóc Trăng2, TG1(EU076539): Tiền Giang1, TG2(EU076540): Tiền Giang2, TV1(EO076541): Trà Vinh1, TV2(EU076542): Trà Vinh2, VL1(EU076543): Vĩnh Long1, VL2(EU076544): Vĩnh Long2 Footer Page 46Trung of 146 Số hóa tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn Header Page 47 of 146 44 Qua hình 3.9 thấy phát sinh chủng loại đƣợc chia thành hai nhánh là: nhánh gồm trình tự gen CP-RGSV giới nhánh gồm trình tự gen CP-RGSV Việt Nam Nhánh gồm trình tự Việt Nam lại đƣợc chia thành hai nhánh nhỏ, hai trình tự gen phân lập hai tỉnh Nam Trung Bộ thuộc nhánh nhỏ thứ hai gồm trình tự: VL1, VL2, BL2, TG2, DT1, TV2 (ĐBSCL) NT, BT (Nam Trung Bộ) Nhƣ vậy, hai dòng RGSV phân lập từ tỉnh Nam Trung Bộ có quan hệ gần gũi với dòng RGSV phân lập từ ĐBSCL, đặc biệt với tỉnh Vĩnh Long có khác biệt nhỏ với nhóm giới Vì vậy, giả thiết chủng virut RGSV phân lập đƣợc từ Ninh thuận Bình Thuận có quan hệ nguồn gốc với trình tự gen CP- RGSV phân lập từ ĐBSCL Đồng thời, thấy dòng virut phân lập Việt Nam (ĐBSCL Nam Trung Bộ) có nguồn gốc nội địa, nhƣ dịch bệnh VL&LXL khu vực nghiên cứu Việt Nam virut nội địa gây virut ngoại lai xâm nhập vào Căn vào hệ số tƣơng đồng mối quan hệ trình tự gen CPRGSV (bảng 3.3 hình 3.9) thấy hai trình tự Ninh Thuận Bình Thuận giống với trình tự VL2 tỉnh Vĩnh Long (99,9%) khác với trình tự Trung Quốc (CN- AF290947) Vì lần lƣợt so sánh trình tự với trình tự VL2 trình tự Trung Quốc nhằm phân tích mức độ đa dạng cấp độ nucleotit để đánh giá mức ý nghĩa sai khác Từ kết phân tích phần mềm DNAsp thấy hai trình tự gen CP- RGSV Bình Thuận Vĩnh Long2 khác 01 vị trí, cặp nucleotit thứ 93 Đồng thời, hai trình tự Ninh Thuận Vĩnh Long2 khác vị trí cặp nucleotit thứ 585 Sự sai khác 01 vị trí trình tự Bình Thuận Long An2 không ảnh hƣởng tới thành phần số lƣợng axit amin chuỗi polypeptit trình tự mã hóa Kết tƣơng tự với trình tự Ninh Thuận Vĩnh Long2 Nhƣ vậy, lần khẳng định mối quan hệ nguồn gốc dòng RGSV Bình Thuận Ninh Thuận với dòng thuộc khu vực ĐBSCL, đặc biệt với dòng tỉnh Vĩnh Long Mặt khác, so sánh trình tự gen CP- RGSV Bình Thuận Trung Quốc khác 20 vị trí Các vị trí khác biệt không tập trung vùng gen mà nhiều vị trí khác đoạn gen Khi so sánh trình tự gen CP- RGSV Ninh Thuận Trung Quốc khác 20 vị trí Đồng thời vị trí khác biệt không tập trung khu vực mà trải gen Footer Page 47Trung of 146 Số hóa tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn Header Page 48 of 146 45 Mặc dù số vị trí sai khác lớn (20/978 = 2,05%), nhƣng trình tự Bình Thuận Ninh Thuận so sánh với trình tự Trung Quốc 20 vị trí bị biến đổi vị trí làm thay đổi axit amin chuỗi polypeptit gen CP gồm axit amin số 19 221 Nhƣ vậy, mức độ ảnh hƣởng từ sai khác gen đến sản phẩm protein không nhiều Tuy nhiên, cho sai khác trình tự gen CP- RGSV có ý nghĩa Điều khẳng định gen CP- RGSV có độ bảo thủ cao Footer Page 48Trung of 146 Số hóa tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn Header Page 49 of 146 46 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ Kết luận 1> Đã hoàn thiện tối ƣu phản ứng RT-PCR với cặp mồi đƣợc thiết kế đặc hiệu để phát virut RGSV với độ đặc hiệu cao 2> Đã tách dòng, xác định trình tự phân đoạn 1, RGSV mẫu lúa Bình Thuận gen CP- RGSV từ mẫu lúa hai tỉnh Ninh Thuận, Bình Thuận Kích thƣớc gen CP đƣợc xác định trình tự đầy đủ 978 nucleotit, phân đoạn lần lƣợt 423 441 nucleotit Mã số đăng ký GenBank trình tự thu đƣợc là: FM995215, FN179368, FM882251, FM882252 3> Hệ số tƣơng đồng trình tự gen CP- RGSV cao (96,5%99,9%) cho thấy gen CP- RGSV có mức độ bảo thủ cao Đặc biệt, hệ số tƣơng đồng hai trình tự Ninh Thuận Bình Thuận với trình tự tƣơng ứng đem so sánh đạt từ 98,0- 99,9% Trong đó, hai trình tự giống với trình tự VL2 (EU076544) tỉnh Vĩnh Long (99,9%) khác với trình tự CN(AF290947) Trung Quốc (98,0%) 4> So sánh trình tự gen CP- RGSV Bình Thuận Ninh Thuận với trình tự tƣơng ứng Trung Quốc thấy 20 điểm sai khác phân bố gen dẫn đến sai khác có ý nghĩa hai chuỗi polypeptit gen mã hóa Đề nghị 1> Tiếp tục phân lập phân đoạn khác genome RGSV chủng virut khác gây bệnh VL&LXL (RRSV, RTSV, RTBV) 2> Nghiên cứu có mặt chủng virut rầy nâu nhằm tăng khả cảnh báo xuất bệnh tỉnh Footer Page 49Trung of 146 Số hóa tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn Header Page 50 of 146 47 CÔNG TRÌNH NGHIÊN CỨU ĐÃ CÔNG BỐ Nguyễn Ngọc Sơn, Hoàng Thị Thu Hằng, Đặng Thị Lan Anh, Nguyễn Nhƣ Cƣờng, Nguyễn Hữu Cƣờng, Chu Hoàng Hà, Lê Trần Bình, Nguyễn Trung Nam (2008), Quan hệ di truyền chủng virut gây bệnh vàng lùn lúa tỉnh Nam Trung bộ, Tạp chí Công nghệ sinh học, 6(3): 301-309 Nguyễn Ngọc Sơn, Hoàng Thị Thu Hằng, Nguyễn Hữu Cƣờng, Hoàng Thị Nga, Chu Hoàng Hà, Lê Trần Bình, Đặng Thị Lan Anh, Nguyễn Trung Nam, Nguyễn Nhƣ Cƣờng (2009), Kiểm tra có mặt virut gây bệnh vàng lùn lúa (RGSV) rầy nâu tỉnh Nam Trung Bộ RT-PCR Tạp chí Bảo vệ thực vật, 1: 23- 27 Nguyen Trung Nam, Hoang Thi Thu Hang, Chu Hoang Ha, Nguyen Huu Cuong, Dang Thi Lan Anh, Nguyen Nhu Cuong, Nguyen Ngoc Son, Hoang Thi Nga, Hoang The Hung, Le Tran Binh (2009), Detection of rice ragged stunt virus (RRSV) in Vietnamese rice using RT-PCR and DNA sequencing Proceeding of the Analytical Vietnam Conference 2009: 233- 240 Nguyen, S.N et al (2008, 2009), Các trình tự DNA virus RGSV đăng ký GenBank với mã số FM882251, FM882252, FM956076, FM958187, FM995215, FM994933, FM995502, FM995503, FM995504, FM995505, FN179368 Footer Page 50Trung of 146 Số hóa tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn Header Page 51 of 146 48 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng Việt Bùi Bá Bổng (2006), Tổng kết hội nghị phòng chống rầy nâu, bệnh vàng lùn lùn xoắn năm 2006 Phạm Văn Dƣ (2007), Các giải pháp quản lý bệnh vàng lùn, lùn xoắn Đồng Sông Cửu Long Các giải pháp kỹ thuật thích hợp cho vụ lúa Hè thu năm 2007 Nam Diễn đàn khuyến nông @ Công nghệ Hồ Huỳnh Thùy Dƣơng (2002), Sinh học phân tử, NXB Giáo Dục Phan Trọng Hoàng, Nông Văn Hải, Lê Trần Bình, Chu Hoàng Hà (2005), “Sử dụng enzym XcmI để thiết kế vector pBT phục vụ tách dòng đọc trình tự gen”, Tạp chí Công nghệ sinh học, 3: 459-463 Vũ Triệu Mân (2007), Một số ý kiến việc phòng chống bệnh lùn cỏ, vàng lùn lùn xoắn miền Nam Việt Nam Các giải pháp kỹ thuật thích hợp cho vụ Hè Thu năm 2007 Nam Bộ Diễn đàn khuyến nông @ Công nghệ Nguyễn Thơ (2007), Một số suy nghĩ phòng trừ bệnh vàng lùn, lùn xoắn lúa Các giải pháp kỹ thuật thích hợp cho vụ Hè Thu năm 2007 Nam Bộ Diễn đàn khuyến nông @ Công nghệ Nguyễn Trung Nam, Nguyễn Minh Hùng, Chu Hoàng Hà, Hoàng Thị Thu Hằng, Lê Trần Bình (2007), “Đánh giá đa dạng di truyền dòng virus gây bệnh lùn lúa cỏ tỉnh Đồng sông Cửu Long”, Tạp chí Công nghệ Sinh học, 5: 479-484 Hà Minh Trung, Phạm Văn Doãn, Đặng Vũ Thị Thanh, Trần Thị Thuần, Ngô Vĩnh Viễn (1980), Kết nghiên cứu bệnh lúa lùn xoắn tỉnh phía Nam 1978 – 1979/ Kết nghiên cứu khoa học kỹ thuật (1969 - 1979), Nhà xuất Nông nghiệp Ngô Vĩnh Viễn (1994), Bệnh vàng lúa virut Mycoplasma gây biện pháp phòng trừ Việt Nam, Luận án Phó tiến sĩ khoa học nông nghiệp, Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp Việt Nam, Hà Nội 10 Ngô Vĩnh Viễn (2007), Kết nghiên cứu xây dựng mô hình phòng chống rầy nâu, bệnh vàng lùn, lùn xoắn Long An Bến Tre, vụ Đông Xuân 20062007 Hội nghị toàn quốc tổng kết công tác Bảo vệ thực vật năm 2006, kế hoạch công tác năm 2007 Footer Page 51Trung of 146 Số hóa tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn Header Page 52 of 146 49 11 Ban đạo phòng chống rầy nâu, bệnh VL&LXL tỉnh phía Nam (2008), Báo cáo tình hình dịch rầy nâu, bệnh VL&LXL tỉnh phía Nam 12 Ban đạo phòng chống rầy nâu, bệnh VL&LXL tỉnh phía Nam (2009), Báo cáo tình hình dịch rầy nâu, bệnh VL&LXL tỉnh phía Nam Tài liệu tiếng nƣớc 13 Azzam O., Arboleda M., Umadhay K.M.L., Cruz F.S., Mackenzie A., McNally K.L (2000), “Genetic composition and complexity of virus populations at tungro-endemic and outbreak rice sites”, Arch Virol, 145: 2643-2657 14 Azzam O., Imbe T., Ikeda R., Nath P.D., Coloquio E (2001), “Inheritance of resistance to rice tungro spherical virus in a near-isogenic line derived from Utri Merah and in rice cultivar TKM6”, Euphytica, 122: 91-97 (RTSV) 15 Bao Y., and Hull R (1992), “Characterization of the discontinuities in rice tungro bacilliform virus DNA” J Gen Virol, 73:1297-1301 16 Cabauatan P.Q, Hibino H., Lapis D.B , Omura T., and Tsuchizaki T (1985), “Transmission of rice tungro bacilliform and spherical viruses by Nephotettix virescens Distant Philippine”, Phytopathology, 21:103-109 17 Cabauatan P.Q., Cabunagan R.C., and Koganezawa H (1995), “Biological variants of rice tungro viruses in the Philippines”, Phytopathology, 85:77-81 18 Chaogang S., Jianhua W., Guoying Z., Gang S., Baozhen P., Juanli L., Dendi J., Shenxiang C., Upadhyaya N.M., Waterhouse P., and Zuxun G (2003), “Ectopic expression of the spike protein of Rice Ragged Stunt Oryzavirus in transgenic rice plants inhibits transmission of the virus to insects”, Mol Breeding, 7:295301 19 Chen C., and Chiu R (1982), “Three symptomatological types of rice virus diseases related to grassy stunt in Taiwan”, Plant Dis, 66 : 5-18 20 Chen C., Chiu R., Wang E (1979) “Rice ragged stunt: a virus disease new to Taiwan”, Plant Prot Bull, (Taiwan) 21:447 (Abstr.) 21 Chomchan P., Li S.F., Shirako Y (2003), “Rice Grassy Stunt Tenuivirus Nonstructural Protein p5 Interacts with Itself To Form Oligomeric Complexes In Vitro and In Vivo”, J Virol, 77: 769–775 22 Dyck V.A., Thomas B (1979), The brown planthopper problem In: Brown Planthopper: Threat to Rice Production in Asia IRRI, Philippines pp 3-17 23 Druka A., Burns T., Zhang S., Hull R (1996), “Immunological characterization of rice tungro spherical virus coat proteins and differentiation of isolates from the Philippines and India”, J Gen Virol, 77:1975-1983 Footer Page 52Trung of 146 Số hóa tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn Header Page 53 of 146 50 24 Herdt R.W (1991), Rice Biotechnology, Eds Khush & Toenniessen, pp 19-54, CABI, Wallingford, UK 25 Hibino H., Cabauatan P., Omura T., and Tsuchizaki T (1985b), “Rice grassy stunt virus strain causing tungro like symptoms in the Philippines”, Plant Dis, 69:538-541 26 Hibino H (1996), “Biology and epidemiology of rice viruses”, Ann Rev Phytopathol, 34:249-274 27 Hull R (1996), “Molecular biology of rice tungro viruses”, Ann Rev Phytopathol, 34:275-297 28 Iwasaki M., Nakano M., and Shinkai A (1982), “Variation in the transmission rates of rice grassy stunt virus in various colonies of brown planthopper”, Proc Assoc Plant Prot Kyushu, 28:1-3 29 Iwasaki M., Nakano M., and Shinkai A (1985b), “Detection of rice grassy stunt virus in planthopper vectors and rice plants by ELISA”, Ann Phytopathol Soc Jpn 51:450-458 30 Lin P.K.T., Brown D.M (1992), “Synthesis of oligodeoxyribonucleotides containing degenerate bases and their use as primers in the polymerase chain reaction”, Nucleic Acids Res, 19:5149-5152 31 Ling K.C., Aguiero V.M., and Lee S.H (1970), “A mass screening method for testing resistance to grassy stunt disease of rice” Plant Dis Rep, 56:565–569 32 Ling K.C (1972), Rice Virus Diseases International Rice Research Institute, Los Baños Philippines 33 Mariappan V., Hibino H., and Shanmugam N (1984), “A new rice virus disease in India” Int Rice Res Newsl, 9:9-10 34 Marmey P., Bothner B., Jacquot E., Kochko A.d., Ong C.A., Yot P., Siuzdak G., Beachy R.N., and Fauquet C.M (1999), “Rice Tungro Bacilliform Virus Open Reading Frame Encodes a Single 37-kDa Coat Protein”, Virolog, 253:319-326 35 Mayo M.A., Miranda J.R.D., Falk B.W., Goldbach R., Haenni A.L., Toriyama S (2000), Genus Tenuivirus In: van Regenmortel M.H.V., Fauquet C.M., Bishop D.H.L., Carstens E.B., Estes M.K., Lemon S.M., Maniloff J., Mayo M.A., McGeoch D.J., Pringle C.R., Wickner R.B (eds) Virus Taxonomy Seventh Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses, Academic Press, San Diego, pp 622–627 36 Milne R., Ling K (1982), “Rice ragged stunt virus” CMI/AAB Desc Pl Viruses, 248:5p Footer Page 53Trung of 146 Số hóa tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn Header Page 54 of 146 51 37 Miranda J.G., Aliyari R., Shirako Y (2001), “Nucleotide sequence of a Dianthovirus RNA1-like RNA found in grassy stunt- diseased rice plants”, Arch Virol, 146: 225–238 38 Miranda J.R.D., Wu R., Espinoza A.M (2001), “Phylogenetic Placement of a Novel Tenuivirus from the Grass Urochloa plantaginea”, Virus Genes, 22: 329– 333 39 Montpetit M.L., Cassol S., Salas T., and O'Shaughnessy M.V (1992), “OLIGOSCAN: A computer program to assist in the design of PCR primers homologous to multiple DNA sequences”, J Virol Methods, 36: 119-128 40 Palmer L.T., Soepriaman Y., Sunendar K., Kartaatmadja S (1978), “Rice yield losses due to brown planthopper and rice grassy stunt disease in Java and Bali”, Plant Dis Rep, 62: 962-965 41 Pham V.D., Cabunagan R.C., Choi I.R (2005), “Rice Yellowing Syndrone in Mekong River Delta”, Omonrice, 13: 135-138 42 Rivera C.T., Ou S.H.(1965), “Leafhopper transmission of tungro disease of rice” Plant Dis Rep, 49:127- 131 43 Rivera C.T., Ou S.H., and Ida T (1966), “Grassy stunt disease of rice and its transmission by the planthopper Nilaparvata lugens Stal”, Plant Dis Rep, 50:453456 44 Saha P., Dasgupta I., Das S (2006), “A novel approach for developing resistance in rice against phloem limited viruses by antagonizing the phloem feeding hemipteran vectors”, Plant Mol Biol, 62:735–752 45 Sambrook J., Russell D (2001), Molecular Cloning: a Laboratory Manual, 3rd edn Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY 46 Shen P., Kaniewska M., Smith C., Beachy R.N (1993) “Nucleotide sequence and genomic organization of rice tungro spherical virus”, Virology, 193: 621630 47 Shikata E., Senboku T., and Ishimizu T (1980), “The Causal Agent of Rice Grassy Stunt Disease”, Proc Japan Acad, Ser B 56 48 Shikata E., Senboku T., Tiongco E.R., and Ling K.C (1979), ”Rice ragged stunt virus, a new member plant reovirus group”, Ann Phytopath soc Jpn, 45: 436-443 49 Thole V., Hull R (1996), “Rice tungro spherical virus: nucleotide sequence of the 3' genomic half and studies on the two small 3' open reading frames”, Virus Genes, 13:239-246 50 Tinjuangjun P., Loc N.T., Gatehouse A.M.R., Gatehous J.A., Christou P (2000), “Enhanced insect resistance in Thai rice varieties generated by particlebombardment”, Mol Breeding, 6: 391-399 Footer Page 54Trung of 146 Số hóa tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn Header Page 55 of 146 52 51 Toriyama S., Kimishima T., Takahashi M., Shimizu T., Minaka N., Akutsu K (1998), “The complete nucleotide sequence of the rice grassy stunt virus genome and genomic comparisons with viruses of the genus Tenuivirus”, J Gen Virol, 79: 2051–2058 52 Zhang S., Davies J.W., Hull R (1997), “Sequences of the Three Coat Protein Genes of a Malaysian Isolate of Rice Tungro Spherical Virus Reveal a Close Relationship to the Philippine Isolate”, Virus Genes, 15, 61-64 53 Zhang S., Jones M.C., Barker P., Davies J.W., Hull R (1993), “Molecular cloning and sequencing of coat protein encoding cDNA of rice tungro spherical virus - a plant picornavirus”, Virus Genes, 7: 121-132 Các trang web: 54 Nguyễn Văn Đức Tiến (2007), Chi cục bảo bệ thực vật thành phố Hồ Chí Minh Những bệnh nguy hiểm có liên quan đến rầy gây hại lúa http://www.bvtvhcm.gov.vn/technology.php?id=40 55 Trung tâm khuyến nông quốc gia (2006) Sổ tay hướng dẫn phòng trừ rầy nâu truyền bệnh VL&LXL hại lúa http://www.iasvn.org/content/detail.php?contentid=1080&subcatid=229&catid=1 08&id=1080&langid=0 56 Cabunagan R.C (2006), “Yellowing Syndrome” in Mekong Delta, Vietnam: A trip report by Rogelio Cabunagan, PBGB, IRRI August 27- September 2, 2006, Omon, Cantho, www.clrri.org/benhvanglun/tech/benhvanglun.pdf 57 RGSV description: http://image.fs.uidaho.edu/vide/descr688.htm 58 RRSV description: http://image.fs.uidaho.edu/vide/descr691.htm 59 http://www.dpvweb.net 60 http://www.ictvdb.rothamsted.ac.uk 61 http://www.irri.org 62 http://www.fao.org 63 http://www.ncbi.nlm.nih.gov 64 http://www.clrri.org 65 http://www.vaas.org.vn/ 66 http://www.iah.bbsrc.ac.uk 67 http://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/primer3plus/primer3plus.cgi Footer Page 55Trung of 146 Số hóa tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn Header Page 56 of 146 53 PHỤ LỤC Phụ lục 1: Kết so sánh chƣơng trình Blast (NCBI) phân đoạn RGSV Phân đoạn (RG1) > emb|FM995215.1| Rice grassy stunt virus partial RNA polymerase, segment RNA1, isolate Binhthuan1 from brown planthopper, genomic RNA Length=423 Score = 760 bits (411), Expect = 0.0 Identities = 419/423 (99%), Gaps = 0/423 (0%) Strand=Plus/Plus RG1 GB RG1 61 GB 61 CAAACATCCTCCCAAGCATTTCACAGTCTCTGTTACCATATGCCATAGTGTAGTGAGAAT 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CAAACATCCTCCCAAGCATTTCACAGTCTCTGTTACCATATGCCATAGTGTAGTGAGAAT 60 TTCCCACTCGGTGTTCTCTTGACCATTCCTTCAATGATTGTATAGTATCTGATAGGTGCA 120 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TTCCCACTCGGTGTTCTCTTGACCATTCCTTCAATGATTGTATAGTATCTGATAGGTGCA 120 RG1 121 TTGCACTAGATAGACTAACACTTTTGATGTAAGACTCCATATTTTGATCAGAGTTTACTT 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GB 121 TTGCACTAGATAGACTAACACTTTTGATGTAAGACTCCATATTTTGATCAGAGTTTACTT 180 RG1 181 CAATCTGAACTGCTACATCATGTAGATAACCTCTCCATACACCTGGTCCGAAGTACTTCT 240 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GB 181 CAATCTGAACTGCTACATCATGTAGATAACCTCTCCATACACCTGGTCCGAAGTACTTCT 240 RG1 241 TTTCCTCCCTGTTATATGATTGCTTTTGGACGTAGCCACCCAGTAGACCTAGATTACCAA 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GB 241 TTTCCTCCCTGTTATATGATTGCTTTTGGACGTAGCCACCCAGTAGACCTAGATTACCAA 300 RG1 301 TTCTTATCTTCTCCATAATGTCTCTCCTACAGTATTTAGCTTCATCCCTCAGTTTCATTA 360 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || GB 301 TTCTTATCTTCTCCATAATGTCTCTCCTACAGTATTTAGCTTCATCCCTCAGTTTCAATA 360 RG1 361 GGTCATAACTACTCTTAACAATCCTGTGACCAATCATTGTTAACCAGTTCCTCGTTGGAT 420 ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||| GB 361 GGTCATAACTACTCTTAACAATCTTATGACCAATCATTGTCAACCAGTTCCTCGTTGGAT 420 RG1 421 GB 421 CAT 423 ||| CAT 423 Hình 1: Kết so sánh trình tự nucleotit trình tự RG1- Bình Thuận với trình tự tƣơng ứng GenBank Footer Page 56Trung of 146 Số hóa tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn Header Page 57 of 146 54 Phân đoạn (RG4) > emb|FM995504.1| Rice grassy stunt virus segment S4, partial putative p4V protein, isolate Khanhhoa from brown planthopper, genomic RNA Length=441 Score = 804 bits (435), Expect = 0.0 Identities = 439/441 (99%), Gaps = 0/441 (0%) Strand=Plus/Plus RG4 GB RG4 61 GB 61 AGCTGCCACTCAAGGTGTTTGCCAGTATGGCAAACTTATTCTTCAGTACTCCACAGGAGC 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AGCTGCCACTCAAGGTGTTTGCCAGTATGGCAAACTTATTCTTCAGTACTCCACAGGAGC 60 TGAGGATTTTAAATTATATAATAACTAGGAATACTGTACAATTTCACTGGACGATTCCTA 120 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TGAGGATTTTAAATTATATAATAACTAGGAATACTGTACAATTTCACTGGACGATTCCTA 120 RG4 121 AAAATTCTGATAACCCTATTATTTACACAACACTCTTGCAGAACACTAAAGATTTCTACT 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | GB 121 AAAATTCTGATAACCCTATTATTTACACAACACTCTTGCAGAACACTAAAGATTTCTATT 180 RG4 181 TCACAGAGTTGAGAAGTAAAGATTTAAACACTGAAATGCTGGGCTTATGCATCAAGTTAA 240 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GB 181 TCACAGAGTTGAGAAGTAAAGATTTAAACACTGAAATGCTGGGCTTATGCATCAAGTTAA 240 RG4 241 TAATTAAAGTAGTGATCAAAATAAACCAAGGAATCAATATACCATTAGAAGATGTGTTCA 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GB 241 TAATTAAAGTAGTGATCAAAATAAACCAAGGAATCAATATACCATTAGAAGATGTGTTCA 300 RG4 301 AGAAAATTTATGATGATAGAGGTAGAAACATTTATTTATATACAAATTTTAGTGATAAAG 360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GB 301 AGAAAATTTATGATGATAGAGGTAGAAACATTTATTTATATACAAATTTTAGTGATAAAG 360 RG4 361 ACTTAGAAAGAAAGGTTAACCAATATGTACATTGCGCATCTCTTAAATTACCTATCGATT 420 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| GB 361 ACTTAGAAAGAAAGGTTAACCAATATGTACATTGCGCATCTCTTAAACTACCTATCGATT 420 RG4 421 TCGAGAACCACCCACTAGCTC 441 ||||||||||||||||||||| GB 421 TCGAGAACCACCCACTAGCTC 441 Hình 2: Kết so sánh trình tự nucleotit trình tự RG4- Bình Thuận với trình tự tƣơng ứng GenBank Phụ Lục : Trình tự nucleotide gen CP phân đoạn 1, chủng RGSV phân lập từ lúa tỉnh Nam Trung Bộ Phân đoạn – RGSV Bình Thuận (FM994933) CAAACATCCTCCCAAGCATTTCACAGTCTCTGTTACCATATGCCATAGTGTAGTGAGAATTTCCCACTCGGTG TTCTCTTGACCATTCCTTCAATGATTGTATAGTATCTGATAGGTGCATTGCACTAGATAGACTAACACTTTTG ATGTAAGACTCCATATTTTGATCAGAGTTTACTTCAATCTGAACTGCTACATCATGTAGATAACCTCTCCATA CACCTGGTCCGAAGTACTTCTTTTCCTCCCTGTTATATGATTGCTTTTGGACGTAGCCACCCAGTAGACCTAG ATTACCAATTCTTATCTTCTCCATAATGTCTCTCCTACAGTATTTAGCTTCATCCCTCAGTTTCATTAGGTCA TAACTACTCTTAACAATCCTGTGACCAATCATTGTTAACCAGTTCCTCGTTGGATCAT Footer Page 57Trung of 146 Số hóa tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn Header Page 58 of 146 55 Phân đoạn – RGSV Bình Thuận (FN179368) AGCTGCCACTCAAGGTGTTTGCCAGTATGGCAAACTTATTCTTCAGTACTCCACAGGAGCTGAGGATTTTAAA TTATATAATAACTAGGAATACTGTACAATTTCACTGGACGATTCCTAAAAATTCTGATAACCCTATTATTTAC ACAACACTCTTGCAGAACACTAAAGATTTCTACTTCACAGAGTTGAGAAGTAAAGATTTAAACACTGAAATGC TGGGCTTATGCATCAAGTTAATAATTAAAGTAGTGATCAAAATAAACCAAGGAATCAATATACCATTAGAAGA TGTGTTCAAGAAAATTTATGATGATAGAGGTAGAAACATTTATTTATATACAAATTTTAGTGATAAAGACTTA GAAAGAAAGGTTAACCAATATGTACATTGCGCATCTCTTAAATTACCTATCGATTTCGAGAACCACCCACTAG CTC Gen CP – RGSV Bình Thuận (FM882251) ATGGGTAAAGTGCAGTTTGGAGATGGTCACTGGGCAAATAACAAGGAATGGTCTGAGTTGTTATCAGAAATAT TTTCAAAAATCAGAGCATCCATAGATGGATTTGCCAATGCTACAGCTGATTTGGCTGCAGGATTGGAGTATCA GGCTTTCAATCCTGAAAAGATTTTGAGGAAGTTGATTGCATCCTCAACTTCATTGGATGACTTTGTTAAGGAT ATGCGTGACCTCTTGGTGGCCAGGTACACCAGAGGAACTAGCTTCTTGTTCAATGCTAAAAACTCAATTGAGA AAGCAAAGGATAAGAAGAAGGCTGAAGCTATTCAGGTACTGATAAATAGGTACGGAGTAAAAAAGAATGCTGG TGACAATGCTGTTGATCAAGCCACTTTGGGAAGGATAAGTCAAGTGTTGGCATATATGGCCTTGAGAGTTGCT TTACAAATCACAGACTATCATAAGCCAATCATACCATTGAGACCCATTAGTACCGTTGATATAAAGAATGCTA TCATTGATGTTGTTCCACAATTCTTATATCTTAAAGCAGATCAACTTGATTCAAAGACCAACTCAGAGGCAGC TCTGTATGTAATCCATTTGTGTTACCAAGTCTGTGTGTCTGAAAGAATCATGACTAAAGCTCAGAAAGATAAG CACGGTGTTCACACTAAGTCAGCAATGATAACACACTGCATGGGTTTTGTCAATCTGGCTATGGATAATTCTT CAGTAGTGTCTGATGATAAGATAGCTGGTAGAAGGATGATCTCAGGTCCATGGGGACTACAGGAAACTGCTCT AGATGCCACAGGCTGCGCATGTATCATTGATGTTGTTGATTTCTGCTGCAGGGGACACAAAGTAACAGATGCT GTGGCGCCAGTTCGGCTGTTCAGATTAGCTATTGAGTGCATAAAAGACACAGCTGATCTGAAGGATGCTGGAG TCAAATTGAAGACTCTGGTTGATAAGTGA Gen CP – RGSV Ninh Thuận (FM882252) ATGGGTAAAGTGCAGTTTGGAGATGGTCACTGGGCAAATAACAAGGAATGGTCTGAGTTGTTATCAGAAATAT TTTCAAAAATCAGAGCATCTATAGATGGATTTGCCAATGCTACAGCTGATTTGGCTGCAGGATTGGAGTATCA GGCTTTCAATCCTGAAAAGATTTTGAGGAAGTTGATTGCATCCTCAACTTCATTGGATGACTTTGTTAAGGAT ATGCGTGACCTCTTGGTGGCCAGGTACACCAGAGGAACTAGCTTCTTGTTCAATGCTAAAAACTCAATTGAGA AAGCAAAGGATAAGAAGAAGGCTGAAGCTATTCAGGTACTGATAAATAGGTACGGAGTAAAAAAGAATGCTGG TGACAATGCTGTTGATCAAGCCACTTTGGGAAGGATAAGTCAAGTGTTGGCATATATGGCCTTGAGAGTTGCT TTACAAATCACAGACTATCATAAGCCAATCATACCATTGAGACCCATTAGTACCGTTGATATAAAGAATGCTA TCATTGATGTTGTTCCACAATTCTTATATCTTAAAGCAGATCAACTTGATTCAAAGACCAACTCAGAGGCAGC CCTGTATGTAATCCATTTGTGTTACCAAGTCTGTGTGTCTGAAAGAATCATGACTAAAGCTCAGAAAGATAAG CACGGTGTTCACACTAAGTCAGCAATGATAACACACTGCATGGGTTTTGTCAATCTGGCTATGGATAATTCTT CAGTAGTGTCTGATGATAAGATAGCTGGTAGAAGGATGATCTCAGGTCCATGGGGACTACAGGAAACTGCTCT AGATGCCACAGGCTGCGCATGTATCATTGATGTTGTTGATTTCTGCTGCAGGGGACACAAAGTAACAGATGCT GTGGCGCCAGTTCGGCTGTTCAGATTAGCTATTGAGTGCATAAAAGACACAGCTGATCTGAAGGATGCTGGAG TCAAATTGAAGACTCTGGTTGATAAGTGA Footer Page 58Trung of 146 Số hóa tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn ... hành đề tài : Tách dòng xác định trình tự nucleotit số đoạn genome virut vàng lùn lúa (RGSV) Việt Nam Mục tiêu Phân lập so sánh trình tự nucleotit số đoạn genome virut vàng lùn lúa (RGSV) Nội dung... -  - NGUYỄN NGỌC SƠN TÁCH DÒNG VÀ XÁC ĐỊNH TRÌNH TỰ NUCLEOTIT MỘT SỐ ĐOẠN TRONG GENOME CỦA VIRUT VÀNG LÙN LÚA (RGSV) TẠI VIỆT NAM Chuyên ngành: Di truyền học Mã số: 60.42.70 LUẬN VĂN THẠC... 3.2.4 Tách plasmit cắt kiểm tra có mặt gen 39 3.3 XÁC ĐỊNH TRÌNH TỰ NUCLEOTIT CỦA MỘT SỐ ĐOẠN TRONG GENOME CỦA RGSV 40 3.4 SO SÁNH TRÌNH TỰ GEN CP-RGSV CỦA HAI TỈNH NINH THUẬN VÀ