So sánh trình tự nucleotide của đoạn SSR có liên quan đến protein thực hiện chức năng trao đổi chất ở một số mẫu chè tại thái nguyên

76 15 0
  • Loading ...
1/76 trang

Thông tin tài liệu

Ngày đăng: 02/12/2016, 09:01

ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC HÀ THỊ THANH HOÀN SO SÁNH TRÌNH TỰ NUCLEOTIDE CỦA ĐOẠN SSR CÓ LIÊN QUAN ĐẾN PROTEIN THỰC HIỆN CHỨC NĂNG TRAO ĐỔI CHẤT Ở MỘT SỐ MẪU CHÈ TẠI THÁI NGUYÊN Chuyên nghành: Công nghệ Sinh học Mã số: 60 42 02 01 LUẬN VĂN THẠC SỸ CÔNG NGHỆ SINH HỌC Ngƣời hƣớng dẫn khoa học: TS Hoàng Thị Thu Yến Thái Nguyên, 2015 Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn ii LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan công trình nghiên cứu riêng Các số liệu kết trình bày luận văn trung thực chƣa đƣợc công bố công trình khác Mọi trích dẫn luận văn ghi rõ nguồn gốc Tác giả Hà Thị Thanh Hoàn Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn iii LỜI CẢM ƠN Lời đầu tiên, xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới TS Hoàng Thị Thu Yến - Giảng viên, phó trƣởng khoa - Khoa Khoa học Sự sống - Trƣờng Đại học Khoa học - ngƣời tận tình hƣớng dẫn, truyền đạt kiến thức kinh nghiệm quý báu để hoàn thành luận văn Tôi xin cảm ơn thầy cô tập thể cán phòng thí nghiệm Khoa Khoa học Sự sống, cảm ơn lãnh đạo Trƣờng Đại học Khoa học - Đại học Thái Nguyên giúp đỡ tạo điều kiện thuận lợi cho suốt trình học tập thực đề tài Tôi xin chân thành cảm ơn tới cán công tác Viện Nghiên cứu hệ gen - Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam nhiệt tình hƣớng dẫn trình làm đề tài Nhân dịp xin gửi lời cảm ơn chân thành tới tập thể cán bộ, Công ty chè Sông Cầu - Huyện Đồng Hỷ - Thành Phố Thái Nguyên, nhân dân vùng chè Trại Cài - Minh Lập - Đồng Hỷ Vùng chè Tân Cƣơng -Thành Phố Thái Nguyên giúp đỡ thời gian thu thập vật liệu nghiên cứu làm đề tài Cuối cùng, xin bày tỏ lòng biết ơn tới toàn thể gia đình, cảm ơn bạn bè, đồng nghiệp nhóm nghiên cứu di truyền cổ vũ, động viên suốt thời gian qua Tác giả Hà Thị Thanh Hoàn Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn iv DANH MỤC NHỮNG TỪ VÀ CHỮ VIẾT TẮT Từ viết tắt Viết đầy đủ AFLP Amplified Fragment Length Polymorphic (đa hình chiều dài đoạn cắt khuếch đại) bp Cặp base DNA Deoxyribonucleic acid dNTP Deoxynucleoside triphosphate đtg Đồng tác giả EDTA Ethyen Diamin Tetraacetic Acid EtBr Ethidium Bromide Kb Kilobase PCR Polymerase Chain Reaction (Phản ứng chuỗi polymerase) Primer F Primer Forward (mồi xuôi) Primer R Primer Reverse (mồi ngƣợc) RAPD Random Amplify Polymorphic DNA (phân tích đa dạng DNA khuếch đại ngẫu nhiên) RNA Ribonucleic Acid RFLP Restriction Fragment Length Polymorphic (đa hình chiều dài đoạn cắt giới hạn) SSR Simple Sequence Repeat (đoạn lặp lại trình tự đơn giản) TAE Tris acetat EDTA VNTR Variable Number of Tandem Repeat (DNA lặp lại nối tiếp có kích thƣớc khác nhau) Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn v MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN ii LỜI CẢM ƠN iii DANH MỤC NHỮNG TỪ VÀ CHỮ VIẾT TẮT iv MỤC LỤC .v DANH MỤC CÁC HÌNH TRONG LUẬN VĂN vii DANH MỤC CÁC BẢNG TRONG LUẬN VĂN viii MỞ ĐẦU 1 Lý chọn đề tài Mục tiêu nghiên cứu Nội dung nghiên cứu CHƢƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Giới thiệu chung chè .3 1.1.1 Nguồn gốc phân loại chè 1.1.2 Đặc điểm sinh học chè 1.1.3 Giá trị chè 1.1.4 Đặc điểm số giống chè Thái Nguyên .9 1.2 Tình hình nghiên cứu hệ gen chè giới Việt Nam 10 1.2.1 Tình hình nghiên cứu hệ gen chè giới 10 1.2.2 Tình hình nghiên cứu hệ gen chè Việt Nam 13 1.3 Chỉ thị SSR ứng dụng nghiên cứu protein thực chức trao đổi chất 14 1.3.1 Khát quát thị SSR 14 1.3.2 Chỉ thị SSR liên quan đến protein thực chức trao đổi chất17 CHƢƠNG VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .22 2.1 Vật liệu nghiên cứu 22 2.1.1 Nguyên liệu 22 2.1.2 Hóa chất 22 Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn vi 2.1.3 Thiết bị .22 2.2 Phƣơng pháp nghiên cứu .23 2.2.1 Phƣơng pháp thu mẫu chè 23 2.2.2 Phƣơng pháp tách chiết DNA tổng số từ chè 23 2.2.3 Phƣơng pháp điện di 25 2.2.4 Phƣơng pháp xác định hàm lƣợng kiểm tra độ tinh DNA tổng số 27 2.2.5 Kỹ thuật PCR-SSR 27 2.2.6 Phƣơng pháp tinh sản phẩm PCR 29 2.2.7 Phƣơng pháp xác định phân tích trình tự 30 CHƢƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 31 3.1 Tách DNA tổng số từ mẫu chè nghiên cứu 31 3.2 Phân tích thị SSR mẫu chè nghiên cứu 32 3.2.1 Phân tích số thị SSR mẫu chè nghiên cứu kỹ thuật PCR - SSR 32 3.2.2 Đánh giá mối quan hệ di truyền mẫu chè dựa phân tích thị SSR 38 3.3 Phân tích trình tự nucleotide đoạn SSR liên quan đến protein thực chức trao đổi chất 41 3.3.1 Phân tích trình tự nucleotid đoạn SSR liên quan đến glyoxalase 42 3.3.2 Phân tích trình tự nucleotid đoạn SSR liên quan đến sucrose 43 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 45 TÀI LIỆU THAM KHẢO .46 PHỤ LỤC Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn vii DANH MỤC CÁC HÌNH TRONG LUẬN VĂN Hình 1.1 Một số giống chè trồng Công ty chè Sông Cầu tỉnh Thái Nguyên 10 Hình 1.2 Chu trình sinh tổng hợp sucrose với tham gia enzyme 18 Hình 1.3 Sơ đồ hệ thống enzyme glyoxilase .20 Hình 3.1 Kết điện di DNA tổng số 18 mẫu chè nghiên cứu 31 Hình 3.2 Hình ảnh điện di sản phẩm PCR - SSR 18 mẫu chè với mồi YS27 32 Hình 3.3 Hình ảnh điện di sản phẩm PCR - SSR 18 mẫu chè với mồi YTS46 33 Hình 3.4 Hình ảnh điện di sản phẩm PCR - SSR 18 mẫu chè với mồi YTS64 34 Hình 3.5 Hình ảnh điện di sản phẩm PCR - SSR 18 mẫu chè với mồi YTS98 36 Hình 3.6 Sơ đồ quan hệ di truyền 18 mẫu chè nghiên cứu 40 Hình 3.7 So sánh trình tự nucleotide đoạn SSR bốn mẫu nghiên cứu với trình tự công bố 43 Hình 3.8 So sánh trình tự nucleotide đoạn SSR bốn mẫu nghiên cứu với trình tự công bố 44 Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn viii DANH MỤC CÁC BẢNG TRONG LUẬN VĂN Bảng 2.1 Danh mục thiết bị, dụng cụ đƣợc sử dụng .23 Bảng 2.2 Thành phần gel polyacrylamide 8% .27 Bảng 2.3 Danh sách 14 cặp mồi SSR đƣợc sử dụng nghiên cứu 28 Bảng 2.4 Thành phần phản ứng PCR - SSR 29 Bảng 2.5 Chu trình nhiệt phản ứng PCR – SSR 29 Bảng 3.1 Số phân đoạn DNA xuất số phân đoạn DNA đa hình thị .37 Bảng 3.2 Bảng hệ số tƣơng đồng di truyền 18 mẫu chè nghiên cứu 39 Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn MỞ ĐẦU Lý chọn đề tài Chè loại công nghiệp dài ngày, đƣợc tìm thấy Trung Quốc, tự nhiên chè phân bố rộng rãi toàn châu Á Lá chè đƣợc chế biến không để phục vụ đời sống ngƣời, sản phẩm chè từ lâu trở thành nét văn hóa đặc trƣng nhiều quốc gia, đặc biệt quốc gia vùng Đông Nam Á Trong chè chứa nhiều vitamin có giá trị dinh dƣỡng bảo vệ sức khỏe, có tác dụng giải khát, bổ dƣỡng kích thích hệ thần kinh trung ƣơng, giúp tiêu hóa chất mỡ ngăn ngừa phát triển số tế bào ung thƣ [43] Ngoài ra, chè mang lại nhiều lợi ích kinh tế xã hội nhƣ: giải công ăn việc làm, đem lại nguồn thu nhập ổn định cho ngƣời dân, thúc đẩy trình công nghiệp hóa đại hóa nông thôn [15] Cây chè giữ tầm quan trọng sức khỏe, tinh thần kinh tế xã hội Tuy nhiên, hiểu biết trình sinh học mức độ phân tử Việt Nam nhƣ giới hạn chế Kích thƣớc hệ gen chè lớn (khoảng Gb) nên việc giải mã toàn gen đòi hỏi thời gian nhiều năm chi phí ƣớc tính hàng chục triệu đôla Ngày nay, để làm sáng tỏ trình sinh học chè, nhà khoa học bắt đầu tập trung nghiên cứu chè mức độ phân tử Trên giới có nhiều nghiên cứu hệ gen chè mức độ phân tử, thông qua thị: AFLP, RADP, RFLP, SSR Trong SSR đoạn DNA vệ tinh có trình tự lặp lại đơn giản trình tự nucleotide đó, phổ biến sinh vật đặc biệt loài sinh vật nhân chuẩn Chỉ thị SSR với nhiều đặc tính nhƣ độ xác cao, phân bố rộng rãi hệ gen, tuân theo định luật Menden Trong năm gần đây, ngƣời ta tập trung nghiên cứu chè mức độ phân tử, đặc biệt việc phân tích cDNA/EST chè đem lại nguồn Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn thông tin lớn Khi so sánh đoạn EST chè gen biết từ loài khác cho thấy thị SSR-EST đƣợc nghiên cứu đƣợc cho có liên quan đến trình sinh học Trao đổi chất trình sinh hoá xảy thể sinh vật với mục đích sản sinh nguồn lƣợng nuôi sống tế bào tổng hợp vật chất cấu thành nên tế bào, tảng tƣợng sinh học Đối với thực vật nói chung chè nói riêng trình trao đổi chất nhân tố điều khiển đƣợc quan tâm nhà khoa học giới Xuất phát từ thực tế trên, thực đề tài: “So s nh tr nh tự nuc eotide đo n SSR trao đổi chất t số iên quan tới protein thực chức ẫu ch t i Th i Nguyên” Mục tiêu nghiên cứu - Đánh giá đƣợc mối quan hệ di truyền 18 mẫu giống chè nghiên cứu - Xác định đƣợc khác biệt trình tự nucleotide đoạn SSR có liên quan đến protein thực chức trao đổi chất số mẫu chè Thái Nguyên N i dung nghiên cứu Để đạt đƣợc mục tiêu đề tài tiến hành nội dung nghiên cứu sau: - Phân tích thị phân tử dựa vào kỹ thuật PCR-SSR nghiên cứu quan hệ di truyền mẫu chè nghiên cứu - Nghiên cứu so sánh trình tự nucleotide đoạn SSR có liên quan đến protein tham gia vào đƣờng trao đổi chất số mẫu chè Thái Nguyên Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn Phụ ục 2: Số phân đo n DNA đƣợc nhân điện di sản phẩ – SSR 18 ẫu ch nghiên cứu polyacrylamide PCR Bảng Tổng số phân đoạn DNA sản phẩm PCR - SSR với 14 thị Mồi YS Mẫu 17 YTS1 YS YS YS YTS YS YTS YS YS YS YTS YTS YTS Tổng 19 27 28 34 46 52 64 73 78 83 98 104 110 M1 2 1 2 2 2 23 M2 2 1 1 1 1 2 19 M3 2 1 2 2 1 21 M4 1 2 1 1 1 19 M5 1 2 1 1 19 M6 2 2 1 1 1 20 M7 2 2 1 1 21 M8 2 1 2 1 1 20 M9 2 2 2 1 1 21 M10 1 1 1 1 1 16 M11 2 1 1 1 1 1 17 M12 2 1 1 1 1 1 2 18 M13 2 1 2 1 1 20 M14 2 2 1 1 1 19 M15 2 1 2 2 1 22 M16 1 2 1 1 19 M17 2 1 1 1 1 1 16 M18 1 1 1 1 1 16 Tổng 30 29 26 26 21 27 25 22 23 23 27 18 21 27 346 Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn Bảng Số phân đoạn DNA đƣợc nhân điện di sản phẩm PCR - SSR 18 mẫu chè nghiên cứu với mồi YS17 (M1 – M18: Các mẫu nghiên cứu theo thứ tự bảng phụ lục 1) YS17 M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 130bp 1 1 1 1 160bp 0 0 0 0 170bp 0 0 0 0 180bp 1 1 1 1 200bp 0 0 0 0 Tổng 2 2 2 2 YS17 M10 M11 M12 M13 M14 M15 M16 M17 M18 130bp 0 0 0 0 160bp 0 0 0 0 170bp 0 0 1 180bp 1 1 1 200bp 0 0 0 0 Tổng 1 1 2 Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn Bảng Số phân đoạn DNA đƣợc nhân điện di sản phẩm PCR - SSR 18 mẫu chè nghiên cứu với mồi YTS119 (M1 – M18: Các mẫu nghiên cứu theo thứ tự bảng phụ lục 1) Y19 M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 330bp 0 0 1 0 390bp 1 1 0 1 400bp 1 0 1 1 Tổng 2 1 1 2 Y19 M10 M11 330bp 390bp 400bp Tổng 2 M12 M13 M14 M15 M16 M17 M18 1 1 0 0 0 0 0 1 1 1 1 2 2 1 Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn Bảng Số phân đoạn DNA đƣợc nhân điện di sản phẩm PCR - SSR 18 mẫu chè nghiên cứu với mồi YS27 (M1 – M18: Các mẫu nghiên cứu theo thứ tự bảng phụ lục 1) YS27 M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 120bp 0 0 0 0 125bp 1 0 1 130bp 0 0 1 0 135bp 0 0 0 1 140bp 0 0 0 0 150bp 0 0 0 0 155bp 0 0 0 0 Tổng 2 1 1 2 YS27 M10 M11 M12 M13 M14 M15 M16 M17 M18 120bp 1 0 0 125bp 0 1 1 130bp 0 0 0 135bp 0 0 0 0 140bp 0 0 1 150bp 0 0 0 155bp 0 0 0 0 Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn Tổng 1 2 Bảng Số phân đoạn DNA đƣợc nhân điện di sản phẩm PCR - SSR 18 mẫu chè nghiên cứu với mồi YS28 (M1 – M18: Các mẫu nghiên cứu theo thứ tự bảng phụ lục 1) YS28 M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 180bp 0 0 1 1 190bp 0 0 0 0 200bp 1 1 0 210bp 0 0 1 1 220bp 0 0 0 0 Tổng 1 1 2 2 YS28 M10 M11 M12 M13 M14 M15 M16 M17 M18 180bp 0 0 0 1 190bp 0 1 1 0 200bp 1 0 0 0 210bp 0 0 0 0 220bp 0 1 1 0 Tổng 1 2 2 1 Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn Bảng Số phân đoạn DNA đƣợc nhân điện di sản phẩm PCR - SSR 18 mẫu chè nghiên cứu với mồi YS34 (M1 – M18: Các mẫu nghiên cứu theo thứ tự bảng phụ lục 1) YS34 M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 150bp 0 1 0 155bp 1 0 0 0 160bp 0 1 1 0 170bp 0 0 0 1 Tổng 1 2 1 YS34 M10 M11 M12 M13 M14 M15 M16 M17 M18 150bp 0 0 0 0 155bp 0 0 160bp 1 1 1 170bp 0 0 0 0 Tổng 1 1 1 1 Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn Bảng Số phân đoạn DNA đƣợc nhân điện di sản phẩm PCR - SSR 18 mẫu chè nghiên cứu với mồi YTS46 (M1 – M18: Các mẫu nghiên cứu theo thứ tự bảng phụ lục 1) YTS46 M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 100bp 0 0 0 0 110bp 0 1 0 120bp 1 0 0 0 130bp 0 1 1 150bp 0 0 1 Tổng 1 2 2 2 YTS46 M10 M11 M12 M13 M14 M15 M16 M17 M18 100bp 0 0 0 0 110bp 0 0 120bp 1 1 1 130bp 0 0 1 150bp 0 0 0 0 Tổng 1 1 2 Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn Bảng 10 Số phân đoạn DNA đƣợc nhân điện di sản phẩm PCR - SSR 18 mẫu chè nghiên cứu với mồi YS52 (M1 – M18: Các mẫu nghiên cứu theo thứ tự bảng phụ lục 1) YS52 M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 90bp 1 1 1 100bp 0 0 0 0 110bp 1 0 0 120bp 0 0 0 1 130bp 0 1 1 0 140bp 0 0 0 0 Tổng 2 2 2 YS52 M10 M11 M12 M13 M14 M15 M16 M17 M18 90bp 0 0 0 0 100bp 1 0 0 110bp 0 0 0 0 120bp 0 0 0 0 130bp 0 0 1 1 140bp 0 0 0 Tổng 1 1 1 Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn Bảng 11 Số phân đoạn DNA đƣợc nhân điện di sản phẩm PCR SSR 18 mẫu chè nghiên cứu với mồi YTS64 (M1 – M18: Các mẫu nghiên cứu theo thứ tự bảng phụ lục 1) YTS64 M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 250bp 0 0 0 0 260bp 0 0 0 0 270bp 1 1 1 1 300bp 0 0 0 0 310bp 0 0 0 0 Tổng 1 1 1 1 YTS64 M10 M11 M12 M13 M14 M15 M16 M17 M18 250bp 0 0 0 260bp 0 1 0 270bp 1 1 0 0 300bp 0 0 1 310bp 0 0 0 0 Tổng 1 2 1 Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn Bảng 12 Số phân đoạn DNA đƣợc nhân điện di sản phẩm PCR SSR 18 mẫu chè nghiên cứu với mồi YS73 (M1 – M18: Các mẫu nghiên cứu theo thứ tự bảng phụ lục 1) YS73 M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 170bp 1 0 1 180bp 0 0 200bp 1 0 210bp 0 0 0 Tổng 2 1 1 YS73 M10 M11 M12 M13 M14 M15 M16 M17 M18 170bp 0 0 0 0 180bp 0 0 0 200bp 0 1 1 1 210bp 0 0 0 Tổng 1 1 1 Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn Bảng 13 Số phân đoạn DNA đƣợc nhân điện di sản phẩm PCR SSR 18 mẫu chè nghiên cứu với mồi YS78 (M1 – M18: Các mẫu nghiên cứu theo thứ tự bảng phụ lục 1) YS78 M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 130bp 1 1 1 0 140bp 0 0 0 1 160bp 0 0 0 0 180bp 0 0 0 0 Tổng 1 1 1 YS78 M10 M11 M12 M13 M14 M15 M16 M17 M18 130bp 1 1 0 140bp 0 1 1 160bp 0 0 0 0 180bp 1 0 0 Tổng 2 1 1 Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn Bảng 14 Số phân đoạn DNA đƣợc nhân điện di sản phẩm PCR SSR 18 mẫu chè nghiên cứu với mồi YS83 (M1 – M18: Các mẫu nghiên cứu theo thứ tự bảng phụ lục 1) YS83 M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 300bp 1 1 1 1 350bp 0 0 0 0 400bp 1 1 0 0 500bp 0 0 0 0 Tổng 2 2 1 1 YS83 M10 M11 M12 M13 M14 M15 M16 M17 M18 300bp 1 1 1 1 350bp 0 0 1 0 400bp 0 0 0 0 500bp 0 0 0 0 Tổng 1 2 1 Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn Bảng 15 Số phân đoạn DNA đƣợc nhân điện di sản phẩm PCR SSR 18 mẫu chè nghiên cứu với mồi YTS98 (M1 – M18: Các mẫu nghiên cứu theo thứ tự bảng phụ lục 1) YTS98 M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 230bp 1 0 0 0 240bp 0 1 0 245bp 0 0 1 Tổng 1 1 1 1 YTS98 M10 M11 M12 M13 M14 M15 M16 M17 M18 230bp 0 0 0 240bp 1 1 1 0 245bp 0 0 0 0 Tổng 1 1 1 1 Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn Bảng 16 Số phân đoạn DNA đƣợc nhân điện di sản phẩm PCR SSR 18 mẫu chè nghiên cứu với mồi YTS104 (M1 – M18: Các mẫu nghiên cứu theo thứ tự bảng phụ lục 1) YTS104 M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 280bp 1 0 0 0 290bp 0 1 1 300bp 1 0 0 310bp 0 0 0 0 Tổng 2 1 1 1 YTS104 M10 M11 M12 M13 M14 M15 M16 M17 M18 280bp 0 0 0 0 290bp 0 0 0 0 300bp 1 1 1 310bp 0 1 0 0 Tổng 1 1 1 1 Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn Bảng 17 Số phân đoạn DNA đƣợc nhân điện di sản phẩm PCR SSR 18 mẫu chè nghiên cứu với mồi YTS110 (M1 – M18: Các mẫu nghiên cứu theo thứ tự bảng phụ lục 1) YTS110 M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 285bp 1 0 1 0 290bp 0 1 0 0 295bp 0 0 0 0 300bp 1 1 1 1 310bp 0 0 0 0 Tổng 2 2 2 YTS110 M10 M11 M12 M13 M14 M15 M16 M17 M18 285bp 0 1 0 1 290bp 0 0 1 0 295bp 1 0 0 0 300bp 0 0 0 310bp 0 0 0 0 Tổng 1 1 1 Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn [...]... tử ở chè Các chỉ thị SSR- EST liên quan đến quá trình sinh học ở chè bao gồm: quá trình trao đổi chất, protein đáp ứng lại stress, tổ chức tế bào Có 3 dạng chỉ thị SSR- EST liên quan đến thành phần tế bào là các đoạn SSR mã hóa protein tham gia cấu tạo màng tế bào, nội bào và ngoại bào Khi phân tích dƣới dạng chức năng phân tử, các chỉ thị SSR- EST biểu hiện dƣới các đoạn DNA mã hóa protein cấu trúc, protein. .. gen thực hiện các chức năng này ở chè vẫn chƣa đƣợc nghiên cứu 1.3.2 Chỉ thị R iên qu n đến protein thực hiện chức năn tr o đổi chất Nghiên cứu của Sharman (2009), Ma và đtg (2010) khi so sánh các đoạn EST ở chè với các gen đã biết trƣớc từ các loài khác cho thấy hầu hết các chỉ thị SSR- EST đƣợc nghiên cứu cho đến nay đƣợc cho rằng có liên quan đến các quá trình sinh học, thành phần tế bào và chức năng. .. đã biết chức năng từ các loài khác cho thấy hầu hết các chỉ thị SSR- EST liên quan đến các quá trình sinh học, thành phần cấu tạo tế bào và chức năng phân tử của gen ở chè Các EST -SSR cung cấp thông tin liên quan đến nhiều gen mã hóa các sản phẩm trao đổi, sự dịch mã, vận chuyển lipit, đáp ứng lại stress, protein bám GTP, Fe, S và nhiều chức năng khác Tuy nhiên, mối liên quan của các chỉ thị SSR- EST... gen của chè lớn, khoảng 4 Gb Do thiếu sự hiểu biết về nuôi cấy mô cũng nhƣ quá trình dịch mã xảy ra ở chè nên rất ít các thông tin về trình tự hệ gen đƣợc biết đến Đến năm 2010, chỉ có 819 trình tự nucleotide, 12.664 đoạn trình tự biểu hiện (Expressed Sequence Tags - EST), và 478 protein từ chè đƣợc công bố trên ngân hàng gen Các nghiên cứu về chè chủ yếu tập trung vào các gen liên quan đến quá Số hóa... thời có thể lai tạo một số giống mới… Dƣới đây là một số giống chè hiện trồng nhiều ở Thái Nguyên: Hiện nay 60% diện tích trồng chè ở Thái Nguyên là giống Trung du Giống chè Trung du (hay còn gọi là chè ta) có đặc điểm búp nhỏ nên năng suất không cao Nhƣng nếu biết cách chế biến, chè Trung du sẽ cho ra sản phẩm có chất lƣợng cao hơn hẳn các loại chè đƣợc làm từ các giống khác, để chế biến loại chè thƣợng... tử có tiềm năng ứng dụng trong chọn giống chè, chúng tôi tiến hành phân tích chỉ thị SSR ở một số giống/dòng chè trồng ở các địa phƣơng của tỉnh Thái Nguyên 1.3 Chỉ thị SSR và những ứng dụng trong nghiên cứu protein thực hiện chức năng trao đổi chất 1.3.1 Khát quát về chỉ thị SSR Kỹ thuật PCR -SSR còn đƣợc gọi là kỹ thuật microsatellies (vi vệ tinh) Kĩ Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn... protein bám, protein xúc tác Những chỉ thị SSR liên quan tới các protein thực hiện chức năng glyoxalase, tổng hợp sucrose, … [28], [33] Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn 18 Sucrose là một disaccharide của glucose và fructose có công thức phân tử là C12H22O11 Đây là sản phẩm chính của quá trình quang hợp, có vai trò bổ sung năng lƣợng cho sự sinh trƣởng và phát triển của thực vật... xen kẽ có hoặc không có quy luật của hơn hai motif khác nhau [31] Tính đặc hiệu cao: Các đoạn mồi SSR đƣợc thiết kế dựa trên vùng trình tự sƣờn có tính bảo thủ cao của các đoạn lặp SSR, do đó sản phẩm nhân gen của phản ứng SSR- PCR đặc hiệu và ổn định hơn các chỉ thị DNA ngẫu nhiên Bên cạnh đó, nhờ tính chất bảo thủ của vùng trình tự sƣờn mà các mồi SSR có thể đƣợc sử dụng chéo giữa các loài có quan hệ... nghiên cứu thực nghiêm [33] Năm 2012, nhóm tác giả Sahu thống kê đƣợc 12852 đoạn EST ở chè, theo tính toán lý thuyết có 1636 đoạn EST chứa 2371 SSR Nhóm nghiên cứu này cho rằng loại trình tự SSR lặp 1nucleotide là phổ biến nhất (65,9%), tiếp theo là lặp 2 nucleotide (24,6%), lặp 3 nucleotide (7,8%), lặp 4 nucleotide (0,8%), lặp 5 nucleotide và 6 nucleotide (0,8%) Khi so sánh các đoạn EST ở chè với các... tích sự đa hình các gen chức năng ở chè Đến nay rất ít chỉ thị SSR đƣợc phát triển dựa vào hệ gen Chỉ thị SSR đƣợc xác định chủ yếu tập trung vào trình tự EST của các gen đơn bản Zhao và đtg là nhóm nghiên cứu đầu tiên xác định đƣợc 24 chỉ thị SSR từ 2119 EST Năm 2009, nhóm nghiên cứu của Sharma đã thống kê có 2181 EST từ cơ sở dữ liệu NCBI, trong đó có 1223 gen có trình tự SSR từ 2 – 34 nuleotide
- Xem thêm -

Xem thêm: So sánh trình tự nucleotide của đoạn SSR có liên quan đến protein thực hiện chức năng trao đổi chất ở một số mẫu chè tại thái nguyên , So sánh trình tự nucleotide của đoạn SSR có liên quan đến protein thực hiện chức năng trao đổi chất ở một số mẫu chè tại thái nguyên , So sánh trình tự nucleotide của đoạn SSR có liên quan đến protein thực hiện chức năng trao đổi chất ở một số mẫu chè tại thái nguyên

Gợi ý tài liệu liên quan cho bạn

Từ khóa liên quan

Nạp tiền Tải lên
Đăng ký
Đăng nhập