Đang tải... (xem toàn văn)
Nghiên cứu ứng dụng mPCR để xác định phân týp của HIV1 ở Hà Nội Viêng Chăn (2007 2011)Nghiên cứu ứng dụng mPCR để xác định phân týp của HIV1 ở Hà Nội Viêng Chăn (2007 2011)Nghiên cứu ứng dụng mPCR để xác định phân týp của HIV1 ở Hà Nội Viêng Chăn (2007 2011)Nghiên cứu ứng dụng mPCR để xác định phân týp của HIV1 ở Hà Nội Viêng Chăn (2007 2011)Nghiên cứu ứng dụng mPCR để xác định phân týp của HIV1 ở Hà Nội Viêng Chăn (2007 2011)Nghiên cứu ứng dụng mPCR để xác định phân týp của HIV1 ở Hà Nội Viêng Chăn (2007 2011)
1 ĐẶT VẤN ĐỀ HIV (Human Immunodeficiency V y y Sy AIDS (Acquired Immuno V, ố T S y ố giai ủ ố ố , y , V ữ ụ y N ữ S UNAIDS/WHO 30 tri thuố o ng 76 tri q it V/ [143] D S ặc tr , V i b nhi 30 y V q tâm lớn toàn c u V V-1 HIV-2, y , ò ốq ố ự T yP V-1 có ặ G phân týp (Sub - y - R V-1 (non - M, non - O , :M M P P O ỉ y , 10 V-1 ỉ í y y , ặ M ,O O P M N P í y : ,N [16], [65], [114], [115], í T yT , y V-2 S ặ N w N [132], p n nay, theo n AIDS [139], [140], [141], [142], x t hi y q ố M Kỳ [95]; 1981 N , B, , G; , E, , G, ,J , J, K K ặ [28], [122] M ố P A4, A5 [50], [120], [128], [145] B [113] L ò 1, B’ 1, 2, 3, ặ B-Thái [120], [138], [139]; 51 ể x [34] Đ ặ ố y y , E ủ ớ, ò Đ N Á í ; y, í y y B T P ủ ì q ữ y y ụ Bắ Mỹ, T y  , í B ữ ằ q y; y L , E ữ ố í q ứ ì ụ [55], ố , V-1 ự ự quan ự , ố S q q [68], [113], [130], [148] Vì kh í V-1 thích nghi lây tr y B ỗ ,k q , í , ò , ể í í ặ y x ể ELISA p týp HIV ặ Mobility Assay (HMA), ỹ kỹ V-1, kỹ thu t Heteroduplex yP R multiplex PCR (mPCR), kỹ ỗ thu t gi i trình tự gen (Sequencing), phân tích loài (phylogenetic), V3 ủ x týp ủ cao Kỹ ứ , í x ò ì yy , y í V-1 ứ ỹ ự ể V-1 T y x mPCR ể ố ể , ự , , í, ặ ỹ í ủ V L ò N L ể ự y, ỹ ự Vì v y : “Nghiên cứu ứng dụng multiplex PCR để xác định phân týp HIV-1 Hà Nội - Viêng Chăn (2007- 2011) ” ụ : Tối ưu hóa qui trình multiplex PCR để xác định phân týp chủ yếu HIV-1 khu vực Hà Nội Viêng Chăn Xác định phân týp chủ yếu HIV-1 đối tượng khu vực Hà Nội Viêng Chăn kỹ thuật multiplex PCR CHƢƠNG TỔNG QUAN 1.1 Tình hình nhiễm HIV/AIDS toàn cầu V y y S ỷ, ì ặ í 1959 1981 mã ặ y y, V/ S y S y Mỹ x ố ắ S ữ Theo UNAIDS/WHO, ố 34,2 V Z re, châu Phi [151], ữ 1983 , [95] ẻ M V, V [38] Cho ố q ố 2012, 16,7 í ụ ữ, 3,4 [140], [141], [143] ản 1.1 Tóm tắt đại dịch HIV/AIDS toàn cầu năm 2012 34,2 [ 31,8 – 35,9 ] T n s Số ố N V P ụ ữ Tẻ 16,7 [ 15,7 – 17,9 ] < 15 T n s N V N 2011 T ẻ T S 2011 30,7 [ 28,6 – 32,2 ] 3,4 [ 3,1 – 3,9 ] 2,5 [ 2,2 – 2,8 ] 2,2 [ 2,0 - 2,4 ] < 15 330.000 [ 280.000 – 380.000 ] 1,7 [ 1,6 – 1,9] T n s N Tẻ < 15 1,5 [1,3 – 1,7] 230.000 [ 200.000 – 270.000 ] *Nguồn theo: UNAIDS (2012) [141] 1.1.1 T nh h nh nhi m HIV IDS Ch u Á ự ắ , , S châu Phi [141] N ữ 1984 châu Á v T T [65] Đ N ố 60% 4,26 ỷ dân) [150] Châu Á khu vực b V/ N , K y, í ố , ỷ ặ 0,2% , Pakistan ỷ ắ ì B q ố Ấ Đ , V ố V Philippine Châu Á 370.000 330 000 [140], [141], ỷ Thái Lan, [137] Á, S ốq ố / Đ ng Nam Á V Trung Q ố ố yể ố cao [142] Ấ Đ q ố ,x ố ứ ự V 2,1 ứ [143] 1.1.2 T nh h nh nhi m HIV Việt Nam T T B y ố p , , xé ỉ ự 1990 y, V V í 1998, 77% ố x , ì V ỉ V/ 2011 , q ố S x ố [1] 100% 98% ố q , y , Tì 2011 ố 14 125, ố S , , thành V V 432 ố ố ỉ giáp L y ố ắ T y Bắ ố , x N hí Minh Đ ố Q ỉ V xé S 413 [1] i u đ 1.1 Tình hình HIV/AIDS t von AIDS qu c c năm *Nguồn theo: Bộ y tế Việt Nam (2012) [1] 1.1.3 T nh h nh nhi m HIV Lào ò Theo t ì ụ -B y ố 2012, ố í 942 15- 49 V 360 ố 670 , ố ì Bể ố ỉ , ỉnh Champasak 9% [85], [86] 0,2% xé hân AIDS báo cáo 120 ố ố S S, tỷ 2011 ố , 10.350 q yq , í y L S y V, 650 q Ướ B V 290 x S L , 1990 Tí vào V/ HIV/AIDS có ồ1.2), [101] HIV/AIDS Savannakhet 34% h ỷ ố Viêng V 33% ứ3 i u đ 1.2 Tình hình HIV/AIDS t von AIDS qu c c năm *Nguồn theo: MOH, CHAS (2011) [101] P ố V y 2011 y: y 87%, 6,8%, ỷ y q ì y ụ y y y , ố q ì ỷ V ẹ 5%, ỷ 3%, m HIV ụ ỷ õ lây V 0,1% kim t y y 0,1% [101] 1.2 N u n c xuất xứ củ HIV HIV-1 HIV-2 ố q ặ deficiencyvirus (SIV) [24], [65], [67], [98], [115], chúng ủ Retroviridae P [112] y Simianimmuno ữ ể ặ ủ Lớp III Lớp I Lớp II , è Đ ố Cá Đ Đ ặ ò i u đ 1.3 Nhữn virus thuộc họ Retrovirid e có th Côn trùng ây bệnh cho vật chủ *Nguồn theo: Patric J, et al (2005),[112] y ủ V [31], [131], [132], [149], [152] ố ,x xứ ản 1.2 N u n oại N u n Nhóm HIV-1 B O, P SIV K ỉ t) Phía tây trung Phi SV K ỉ ặ x Tây Phi y SV z xứ Xuất xứ châu Phi SIVcpz (Tinh tinh) M, N c M, N HIV-2 x c xuất xứ phân loại củ HIV V-1 x Trung Phi ố T nhóm xứ T ng Phi, ò nhóm O, P SV phía Tây Trung Phi N ữ MR ứ ủ í V x ự ồ ố [65], [133], [134], [149], theo W yM ự (2009), [149], phân tích ì ự G , P ủ S V z/ V-1 SIVsm/HIV-2, y ằ ự E ữ ủ ủ SV z , ữ ữ P , vùng gen phân : 1265 658-1679) HIV-1/M P 1795 1627-1900 HIV-1/O P 1827(1680 -1917) HIV-1/P vùng gen Env phân hóa 1845(1766 -1912), [134] HIV-1/N P m 1932 (1876-1968) SV P 1686 1525- HIV-2/ P 1905 1857-1949) HIV-2/B P 1914 1868-1955) 1811) 10 N ySV z í 969 a thành HIV-1/M x ố ủ V-1/M tính trung bình 1795 SIVs x q x q ì q yể , ố ì ự 1: B , [21], [62], ủ 98% [4], , y yể , ủ 1981 ữ SV ữ [62], x y x ớc ủ , ắ , [115], y ể ự ể ữ ỉ ì ủ , ố [35], S B A Hình 1.1 Con người sinh hoạt tiếp xúc với Retrovirus , B , ố *Nguồn theo: Hahn B H et al (2000), [62]; Peeters M et al.(2012), [115] 104 56,6 – 61,60 , õ 540 680 K ể q ố ự y ới ph n ứ ắ P R21 ẹ ứ ụ q ặ ố ặ : B-SPEC, E-SPEC, F-SPEC, C- SPEC 61,60 ố y ủ BEANCH, mồi xuôi, mồ ì ố N T ố ụ ớ PCR2.1 í ố y b, 645 bp ố 63,90C; 64,80C Ph n ứng PCR 2.2 x ặ A5’- A3’, E5’- E3’, G5’- G3’ , E, G 644 P R Để ố ứ P R 2, P R 1, ứ 650C, Vớ ố y ố y , ự y ứ ố ự y 680C 54 N ố ố ố P R Vì ố y 56,60C 61,60C Vớ N , 606 16 ố ể í , 45 , 554 y , 63,9 63,9 ự ữ ứ 4.1.5 Kết t m thời gian tr nhiệt độ gắn m i T y ì S ắ ì í y ì q ốq , ể ì õ T q y y 40 ứ ủ ủ ứ ì ắ 30 í 19 y ì P R y 90 27 , ắ P R , 18y [8] ố 30 y, 105 45 y, 60 y, 90 y ứ y, Để ì ỗ ứ ứ ể ặ 4ố ố 30 y ì ứ y, 45 ố y, 60 y, 90 ố ứ ặ , 16 ố ứ , ố P R ố ắ ắ : 30 ố y, 45 giây, 60 giây, 90 giây T 30 có T DNA rõ, 1/3 có 60 y 45 N ứ õ T õ, 1/3 N N y, gian trì 60 giây, ặ õ Vì ự 60 giây ặ 63,90C N 1/3 õ, 2/3 T N N ắ q y N ó , 1/3 3/3 90 giây có 2/3 ứ ây có 1/3 y, ữ y ì y cho ắ ứ 4.1.6 Kết tối ưu hoá n ng độ MgCl2 Nồ Nồ M M ứ M 2+ ặ ứ , M ứ q ứ í 3,0μl (50mM) PCR [8] ứ ể í ứ ứ , , ủ y Trong trình tố ố T q N ặ Nồ q ì ụ cho ố ủ ủ q í y M M l2, 1µ ứ ố ừ1 N ứ q 50 M 3,5µ /25µ í ứ , , ố ỉ 106 ủ ể í Nồ M 25µ y 50 M õ M ứ K ứ ụ ỗ 30 , ặ ụ 720C 720C q ự ứ ứ ự ứ ặ P R P R í ố ì 1% S P R õ é g , P R2.1 ứ ằ q y ự é y ứ 1-2 853 ụ ữ ố4 y P R1 , 1; , ể ể yố ể ủ y S q ụ P R ự 778 3,5 µ (50mM) 2,5μ Vì ủ T q- N Đ ứ 2,5μl (50mM) , , ừ1 ứ ỗ N ể í ứ MgCl2 ỗ ố ứ 1,5; 2; 2,5; 3; 3,5µl /25µ N M ứ [8] 4.1.7 Kiểm tra qui tr nh tối ưu S ố ể q ì q y ì ủ q ủ y ứ ì P R, húng 10 ố q sau: Vớ P R2 í 645 bp, 9/10 ứ q P R2 , ố 9/10 x ố x ỉ ò 1/10 N 5/10 N x ặ N õ y 107 Vớ ứ í P R2 554 7/10 q , 10/10 x ố N x ặ 10/10 N y ứ ụ y ủ l P R2 q y ì ố ủ T q ỗ ò ì ố Đ y ố ứ x ì yể , E, G y ủ ứ ự y ứ N í ự P R23 ứ V x ỉ q ( ể ứ ự ò ì ồ31 N V-1 ì , P R2 , ụ P R2 ò y yể P R2 ự ể P R2 P R1 í Vì ứ í ứ q õ í y q ố ủ ứ ứ ặ P R2 yq ự ì N P R V au: B BE O5’ í ứ Ở ứ P R1 í ặ , , N ứ [78], , N y ự í L Vứ V P R2 B N ,L T q ố ự A5’- A3’ ặ E ặ , ặ B, ố [11], [18], E ặ ể ặ ứ y yể E3’ ặ ặ P R21 ,T ò ò , E, G ặ ì B-SPEC, C-SPEC, E-SPEC, F-SPE , V ằ BE O3’ ằ ặ 41 G 5’- G 3’ ặ R 01- E , ì , ặ y E 5’G 108 ò K ứ q P R20 y ỉ ự õ P R21 , , ốí í P R21 ặ ì ủ B-SPEC, ứ , E, G ự -SPE , E-SPE , -SPE ể B, C, D F R 441 B ì ứ ể phân bi ặ P R21 P R2 với ặc hi B D Để gi m t i cho mPCR gi m công tố 01 nghiên cứu n ứng, nhóm cho phân týp B cho phân týp D, s n ph m phân t p D d phân bi n di nên b sung cho phân t p D vào s n ph m chung B D s x y m t thêm ỉ ng h p, n u có s n ph m phân t D, n u s n ph m phân D5’– D3’ ặ typ B Cặ x 350 ụ ì , q x B N y P R1, ò ứ ựq ì ủ P R , E, G N ố í T 41 ằ P R20 ì ụ P R 21 ì B, B, ằ P R22 , , ồ31 Thành ph n hỗn h p chung cho m t ph n ứng PCR với thể tích 25μl ố : Buffer Taq X10 (Invitrogen) 2,5μl, dNTP mix (10mM) (Invitrogen) 0,5μl, MgCl2 (50mM) 2,5 μl, ỗ ứ (Invitrogen) 0,2 μl; N N ủ 25 μl í ò P R μl cho PCR; ò ồi (10 pmol) 0,5 μl; Taq DNA-polymerase y 1μ x N P R1 ể í Vớ P R E 5’- E 3’ ặ ì ặ A5’- A3’ ặ E, ặ G 5’- G 3’ ặ , ặ 109 phân týp G Vớ P R SPE ì ặ ể ì B-SPEC, B, C, D F T x ằ B, P R22 týp D ể ặ D5’ – D3’ ặ ể : u 950C phút + B ớc bi n í + 35 chu kỳ luân nhi t (mỗi chu kỳ - 950 45 - 63,90 ớc) gồm: y n bi n tính) - 720 n gắn mồi) 1,5 n t ng h p) + B ớc t ng h p b sung k t thúc 72o S E í 80 V, ủ y 1: “Tố ủy phân týp K í q ủ HIV-1 ố , q T x P R ể x N ì V ” ủ , : , ụ ì ụ ể í ỉ ứ ứ ự ò , ụ ứ , 1ố 50μl) x , ụ ự ể ỉ 25μ 4oC V-1 ụ ố ữ 60 N ểx N ứ , 1% , ì 10 P R N 100 ì B ì q -SPE , E-SPE , - í q ụ 110 4.2 Ứn d n quy trình mPCR x c định phân týp HIV-1 c c đ i tƣợn khu vực Hà Nội Viên Chăn q Sau tì ụ ì ố , 280 K q ự y, q y ì y 93,57% T N 1,07% S í N P R2 697 ứ 441 N x ứ P R20 x 257/280 554 ứ E í 644 V 262/280 y 91,78% 1/280 ứ ứ 1,07% N 1,07% x ớ N í í P R22 týp B ò 18/280 6,43% x kỹ thu t mPCR phân týp khác nhóm khác không thu c ph m vi phát hi n cặp mồi nghiên cứu d ng tái t h p Tuy nhiên k t qu thực t í t hi u su t cao ph n ứng mPCR V-1 so sánh với ng di truy n phức t p củ ỉ cho k t qu 84,8% [53], tác tác gi khác Chính tác gi gi o qui trình Fumihiro [53], [54], Y n cho k t qu x V-1 t 92,7% [11] Nghiên hi u su t phát hi n phân týp HIV-1 tới 93,57% ì ự N y n Th Bích q P R y t 111 Bảng 4.1 Một s kết nghiên cứu phân týp HIV-1 mPCR Chẩn đo n dƣơn tính Chẩn đo n âm tính (X c định) (Chƣ x c định) S lƣợn (%) S lƣợn (%) 11 11 (100) 00 33 28 (84,8) (15,2) 260 241(92,7) 19 (7,3) 73 73 (100) 00 280 262 (93,57) 18 (6,43) T c iả Cỡ (năm n hiên cứu) mẫu Fumihiro (2002), [54] Fumihiro (2005), [53] N y Y (2003), [11] L T V Bí T (2010), [9] ứ Nghiên y (2011) Vớ q , ứ y L y ự ể 10 ò ể ứ q ủ 3130XL, ụV B K q x G q y B ụB x ỹ 05 01 ể V-1 nên nhóm ngh x ủy ụ P R ủ ì ể V-1 ứ ứ ứ P R ằ E ố E 03 , 01 ì E ự y B Sy , í ì ố ằ ự ủ phân 112 Q ố 10 ứ ì ự ố y ự Đ N q ể ứ ủ ự ố 91,78% K x N V N 2003 T N 248 V ự V-1 ằ ỹ y T 18) P R q ủ V-1 y ủ N y T N Bí Y Bí Y [11], ứ [11], íM P R B T [6], [9] Đ y ố x , ự ủy N T ỹ 91,9% 239/260 ì ố V T , q ứ V-1 V-1 ; phân týp E (CRF01-AE) y Q ỳ ,L V x x q N q 01 y ủ ứ T y P R ò K q ứ q ự 03 P R ể ự B ủ B ố hai ì q ì N E R 01- E x y y x ứ , 01 q y 2002 [54] y E, y ố ủ P R N ì ự K y ủ ể Á [61] [78], [91], [148] ặ ự y ò E N y q ố R 01- E P R ì q P R E ể í K R 01-AE E tron B E T S G ứ , 14 P R ố 260 L 41 241/260 98,7% , 8,1% 21/260 E 113 N V 2004 N E Ry ố q ự [36], ụng ma tuý 19 y 11 V N ố 11 q ố , 6/11 55% R 01- E, 5/11 45% ỉ ứ B, ò 19 2/19 10,5% q ố R 01-AE, 17/19 phân týp B (89,5%) M ứ ố ố í P ò ủ N B ì Đ HIV-1 ằ ì ự K , ự ủ ứ z w q CRF01- E, 4/295 1,4% B/C) N 2009 [18], q HIV/AIDS y x ủ y 290/295 98,3% B, 1/295 0,3% y ứ V N y ủy phân týp CRF01-AE ứ ự [113], q Bang kok, Thái Lan 2217 E, 13,5% B’ 5,1% ự [135], x 86,5% Takebe Y y ố M y – My ủ , N mP R ì Pauli N x y My N ứ 59 1999-2000 T V ự V-1 í , ụ y ố K , ỹ q y 45,8% phân týp CRF01-AE; 25,4% phân týp B, 13,6% phân týp C, ò 15,3% N 2006, Y y T Q ố T Z ự [155], , RN ứ 321 1989-2004 P17 ỉ V , , ỹ ì ự N P R 114 K tí q y 53% / R 07-BC/CRF08- B ; 40,5% R 01- E 90,9% 6,5% / R 07-BC/CRF08-B ma túy, 85,4% CRF01- E y M L ố ứ R 01-AE 75 % y ự Á, y ủ ằ ứ ự Đ í N ủ T L , T , ì R 01- E 97,3% V ố 420 y , AE 12 2,9% q ự ỹ P R ự í ố ò 0,5% V , ữ ứ ự N phân týp E (CRF01- E , ể y q ố ự ự phân bố phân týp HIV-1 21 , Bắ R 01- ự V-1 98,57% Bắ , V-1 ự y ự ữ ố ủ ự , K ự Đ ứ với mục tiêu V ể 398 94,8% B ứ ) Đ B ự [118] ự N L , ắ iB P L , T ủ y q T ủ N m Á, Piyanot Wirachsilp c ng [117], 2,7% T S ự nghiên cứu 282 m u củ 97,3; 94,8% 66,8% T Nam Lào ố Bắ y CRF01-AE V CRF01- E Á [78] ứ Indonesia í ụ N S y q ì ự Đ , 97,2% y q y [117], [118]; N B T x ữ N V 138/140 2/140 x ằ 115 P R 1,43% K ự V 124/140 88,57% V-1 E 119 85% N (CRF01- E x 03 , 01 0,71% B N N ặ ể 0,71% y V-1 ủy ủ ự V ằ R 01E 2,14% x V K E ò x 01 E x E ự Đ N Á 16/140 11,43% P R ự x N ỉ 19 Đ ỏ, V-1 N ? N ữ x R 01- x 02 1,43% y ặ ứ V ứ ằ P R phân týp khác nhóm khác không thu c ph m vi phát hi n cặp mồi nghiên cứu d ng tái t h p mớ Đ y nghiên cứu sinh triển khai áp dụng sau v y cứu hi n t kh i quy ể m t thách thức cho N c ph n lớn m u c phân tích ti p gi i trình tự gen vùng gen env hoặ u ki n sau V phân bố phân týp HIV-1 ố ỉ có 3.20); Sự , E ,B í y ủ P R ữ T ố í R 01- E ủy y ò y ằ y ể ng nghiên cứu (b ng nh x ằ V u ki n hi n t i M t số m u không phát hi V-1 mPCR s Đ t qu nghiên y x ố í y y í y [18], [19] y ỉ 116 E R 01- E x ằ mPCR S V-1 19) y ố ự ĩ ủy ,B E ỉx ứ í ằ ỗ N ò ủ V-1 ự y x N ỉ x í P R ứ y ố ỏ x q ủy q ự ựx V-1 t ự , ỹ , ố ủ ỉ p í ủ N 14% P R, y, ỹ ủ ự , B, P R K ; K í y ằ ố ự V x 18% L [...]... 7,4%; phân týp 3,7% phân týp týp B 277 65%, phân týp B 32,9%, phân týp C 2,2% T phân týp Lebanon, T phân týp 27 phân týp D 3,7% 1. 5.5 Đặc điểm ph n týp HIV- 1 ở Liên Bang Nga P N V -1 L 2009, Thomson M.M, ủ HIV- 1 k q S P B N ự [13 6] , phân tích 10 2 89,3%; phân týp A phân týp A [19 ], [27] tra í y y 2006, B 9,7% và phân týp F1 1% 1. 5.6 Đặc điểm ph n týp HIV- 1 ở châu Úc P V -1 B L, châu Úc, E 9 ,1% ; ự [63],... phân týp phân týp x N t phân týp 1, 3% ụ , sự phân týp 3,0% T í Saudi Arabia, 16 9 , m 36,7%, phân týp G 24,3%, phân týp B 18 ,3%; phân týp D 4,7%; phân týp A 4 ,1% ; CRF02-AG 3,6%; CRF25-cpx 2,4%; CRF43- 02G 4,7%; ò 1, 2% , q í í Iran, 59 q 40,7%; phân týp B phân týp 35,6%; phân týp D 6,8%; phân týp C 3,4%; phân týp G 3,4%; 1, 7% 8,5% T Turkey, í R 02- G q phân 70,4%; phân týp A 14 ,8 %; phân týp F1 7,4%; phân. .. 19 95, Salminen, ặc bi t là kỹ thu t t phá mới làm rõ v chi u dài 19 99 danh pháp phân lo i HIV phân týp y ủ của b c thống nh t [12 2] 17 1. 4 .1 Các phân týp HIV y, HIV 1 c chia thành 2 týp: HIV- 1 và HIV- 2, HIV- chia thành 4 nhóm: M, N, O, P [16 ], [65], [11 4], [11 5], [13 2], nhóm M chia thành 10 phân týp: A, B, C, D, E, F, G, H, J và K [28], [12 2]; ừ p ố phân týp M G; ,B , J, K ớ [12 8], A4 [14 5], A5 [12 0],... HIV- 1 ở châu Mỹ N ằ 2 011 , ự [75], Junqueira DM, de Medeiros RM y B Mỹ x y ừ ể 19 64 19 50 -19 67) Phân týp B c q ố Mỹ V g Bắ Mỹ phân týp B 10 ,6 % [70] V V N Caribean Mỹ phân týp B 89,4%; Trung Mỹ phân týp B B [37], [39] F [15 ], [43] 22 1. 5.4 Đặc điểm ph n týp HIV- 1 ở Trung Đông T Đ ữ HIV ự y ít [56], ằ ứ T Đ ố ủ 2 011 , G phân týp M ự z V -1 P , í ự ốq ố ia ,x 3 01 85,4%; phân týp B 8,6%; CRF02-AG 1, 7%; phân. .. í 14 1 ểx q B 74%; 3,54% 513 G 1, 44% N ừ 2003, V -1 12%, 2 012 , Hawke, K.G 2000 – 2 010 , ể 23 V -1 q Nam Úc, B 76% 8%, R 01- AE 10 %; CRF02 - G 3% 2% 1. 5.7 Đặc điểm ph n týp HIV- 1 ở ch u Sự phân ố phân týp HIV- 1 ự ữ í châu Á , y q ố ể ồ ự châu Á T Ấ Đ ủy ữ ớ 95 - 97% B Ấ Đ [77], [82], y [10 7], [12 6], [15 4]; các q ố Bangladesh [12 7], Nepal, Myanmar, T : Q ố , Đ N B [14 8] T T Q ố , í ì ụ ồ ớ phân týp: CRF 01- .. .11 1. 3 Cấu trúc HIV 1. 3 .1 Đặc điểm cấu trúc của virus HIV ớ ố í ể , V í ỉ 80 -10 0 ồ 3 ớ ì ừ (Hình 1. 2), [2], [49], [83], [11 2], [11 6] 1. 3 .1. 1 Lớp bao ngoài (envelope - env) Lớ é , ắ y y 16 0 y còn V ắ 16 0 ồ y y ủ ể + Glycoprotein xuyên màng có tr q 41, í ì ủ 41 ắ x ớ 12 0, 41 ỗ x ò 1. 3 .1. 2 Lớp vỏ trong (vỏ capsid ) ồ 2 ớ : Lớp ngoài hình c u, c u t o b i protein có tr V -1 18 18 Lớp trong... phân týp [56], [12 0] Các q ố ể ớ ỷ Phi có q ố C O T ự , thể x P ể ủ ủ , V , [29], [40], [12 0], [14 4], [15 8] 1. 5.2 Đặc điểm ph n týp HIV- 1 ở châu Âu Mặ  ớ ỷ ố ố í Phi và châu Á [14 1], ứ phân týp HIV- 1 q ố châu Âu [27], B France ự sau [15 3] P P V/ y S ủ Phân týp B là B Spain 74,5% [96], ớ Switzerland 91, 6% [58], B 70,7% Greece [11 0]; Bắ Poland [11 1], R x ớ France [25], [59], [60] 1. 5.3 Đặc điểm ph n týp. .. CRF 01- E 42,9%, B 10 %; B 12 ,9%; CRF07 - BC 11 ,4%; CRF08 - BC10%; CRF02 - AG 4,3%; K 1, 4% Ngoài ra, ò G 2,9% B/CRF 01- AE 1, 4%; U/G 1, 4% và U/CRF 01 - AE 1, 4% [15 9] T ủy Philippine B 70%, phân týp E 20%, phân týp F là 6% và phân týp C là 4% [12 5] T S ủy T ủy N tB R 01- AE 56%, phân týp B là 23,9% [10 9] B m 87,9%, CRF 01 0,7%; 1, 2%; CRF02 - AG 0,8%; 0,3%; 0,2% và 0,04% E 8,4%; G 0,4%; R 08 - BC [75] 1. 5.8... [12 1] 1. 5 Đặc đi m phân týp HIV- 1 ở một s khu vực 1. 5 .1 Đặc điểm ph n týp HIV- 1 ở châu Phi V ự S ỷ ứ V V -1 c T P : V, [14 1] Các nghiên y ự ố V -1 , Benin và Ghana là phân týp A chi ,G các Janssens và cộng sự (19 97) [74] ứ Tây Phi: Cote ’ ủ 71% vùng châu Phi [12 0] T q ể châu Phi , R Z P y vùng ủy Vùng ủy , 21 ò B, , , E, , G, U , Rw P ủy N ỷ ủy B Đ ,K y ,T z ủy , Bắ P ố B nh Algeria, Morocco, Egypt phân. .. [ 71] , [72], [ 91] , [99]; Từ ồ y ớ ặ CRF07-BC và CRF08-BC V Nhìn chung d y, nhóm gái ữ phân týp x T ác Q ố [64] Á B 36,9%; CRF 01- AE 34,6%; phân týp C 16 ,2%, ò 12 ,3% ỉ xé ì ố R 01- E ữ 81, 3% ồ E ố ự P [55], Thái Lan [30], [11 3], [11 7], [11 8]; ớ :V Myanmar [13 5], ớ R 01- E ố ừT ụ ,T Á P E ớ 50,8% gây d h ự N , ố Q ố [73], N ra [5], [6], [9], [11 ], [18 ], Cambodia [78], 19 94, R 01 - E ỉ ỉ T V Q ố [99], [15 5],