Nghiên cứu ứng dụng mPCR để xác định phân týp của HIV 1 ở hà nội, viêng chăn (2007 2011)

118 93 0
  • Loading ...
1/118 trang
Tải xuống

Thông tin tài liệu

Ngày đăng: 29/11/2016, 10:48

Nghiên cứu ứng dụng mPCR để xác định phân týp của HIV1 ở Hà Nội Viêng Chăn (2007 2011)Nghiên cứu ứng dụng mPCR để xác định phân týp của HIV1 ở Hà Nội Viêng Chăn (2007 2011)Nghiên cứu ứng dụng mPCR để xác định phân týp của HIV1 ở Hà Nội Viêng Chăn (2007 2011)Nghiên cứu ứng dụng mPCR để xác định phân týp của HIV1 ở Hà Nội Viêng Chăn (2007 2011)Nghiên cứu ứng dụng mPCR để xác định phân týp của HIV1 ở Hà Nội Viêng Chăn (2007 2011)Nghiên cứu ứng dụng mPCR để xác định phân týp của HIV1 ở Hà Nội Viêng Chăn (2007 2011) 1 ĐẶT VẤN ĐỀ HIV (Human Immunodeficiency V y y Sy AIDS (Acquired Immuno V, ố T S y ố giai ủ ố ố , y , V ữ ụ y N ữ S UNAIDS/WHO 30 tri thuố o ng 76 tri q it V/ [143] D S ặc tr , V i b nhi 30 y V q tâm lớn toàn c u V V-1 HIV-2, y , ò ốq ố ự T yP V-1 có ặ G phân týp (Sub - y - R V-1 (non - M, non - O , :M M P P O ỉ y , 10 V-1 ỉ í y y , ặ M ,O O P M N P í y : ,N [16], [65], [114], [115], í T yT , y V-2 S ặ N w N [132], p n nay, theo n AIDS [139], [140], [141], [142], x t hi y q ố M Kỳ [95]; 1981 N , B, , G; , E, , G, ,J , J, K K ặ [28], [122] M ố P A4, A5 [50], [120], [128], [145] B [113] L ò 1, B’ 1, 2, 3, ặ B-Thái [120], [138], [139]; 51 ể x [34] Đ ặ ố y y , E ủ ớ, ò Đ N Á í ; y, í y y B T P ủ ì q ữ y y ụ Bắ Mỹ, T y  , í B ữ ằ q y; y L , E ữ ố í q ứ ì ụ [55], ố , V-1 ự ự quan ự , ố S q q [68], [113], [130], [148] Vì kh í V-1 thích nghi lây tr y B ỗ ,k q , í , ò , ể í í ặ y x ể ELISA p týp HIV ặ Mobility Assay (HMA), ỹ kỹ V-1, kỹ thu t Heteroduplex yP R multiplex PCR (mPCR), kỹ ỗ thu t gi i trình tự gen (Sequencing), phân tích loài (phylogenetic), V3 ủ x týp ủ cao Kỹ ứ , í x ò ì yy , y í V-1 ứ ỹ ự ể V-1 T y x mPCR ể ố ể , ự , , í, ặ ỹ í ủ V L ò N L ể ự y, ỹ ự Vì v y : “Nghiên cứu ứng dụng multiplex PCR để xác định phân týp HIV-1 Hà Nội - Viêng Chăn (2007- 2011) ” ụ : Tối ưu hóa qui trình multiplex PCR để xác định phân týp chủ yếu HIV-1 khu vực Hà Nội Viêng Chăn Xác định phân týp chủ yếu HIV-1 đối tượng khu vực Hà Nội Viêng Chăn kỹ thuật multiplex PCR CHƢƠNG TỔNG QUAN 1.1 Tình hình nhiễm HIV/AIDS toàn cầu V y y S ỷ, ì ặ í 1959 1981 mã ặ y y, V/ S y S y Mỹ x ố ắ S ữ Theo UNAIDS/WHO, ố 34,2 V Z re, châu Phi [151], ữ 1983 , [95] ẻ M V, V [38] Cho ố q ố 2012, 16,7 í ụ ữ, 3,4 [140], [141], [143] ản 1.1 Tóm tắt đại dịch HIV/AIDS toàn cầu năm 2012 34,2 [ 31,8 – 35,9 ] T n s Số ố N V P ụ ữ Tẻ 16,7 [ 15,7 – 17,9 ] < 15 T n s N V N 2011 T ẻ T S 2011 30,7 [ 28,6 – 32,2 ] 3,4 [ 3,1 – 3,9 ] 2,5 [ 2,2 – 2,8 ] 2,2 [ 2,0 - 2,4 ] < 15 330.000 [ 280.000 – 380.000 ] 1,7 [ 1,6 – 1,9] T n s N Tẻ < 15 1,5 [1,3 – 1,7] 230.000 [ 200.000 – 270.000 ] *Nguồn theo: UNAIDS (2012) [141] 1.1.1 T nh h nh nhi m HIV IDS Ch u Á ự ắ , , S châu Phi [141] N ữ 1984 châu Á v T T [65] Đ N ố 60% 4,26 ỷ dân) [150] Châu Á khu vực b V/ N , K y, í ố , ỷ ặ 0,2% , Pakistan ỷ ắ ì B q ố Ấ Đ , V ố V Philippine Châu Á 370.000 330 000 [140], [141], ỷ Thái Lan, [137] Á, S ốq ố / Đ ng Nam Á V Trung Q ố ố yể ố cao [142] Ấ Đ q ố ,x ố ứ ự V 2,1 ứ [143] 1.1.2 T nh h nh nhi m HIV Việt Nam T T B y ố p , , xé ỉ ự 1990 y, V V í 1998, 77% ố x , ì V ỉ V/ 2011 , q ố S x ố [1] 100% 98% ố q , y , Tì 2011 ố 14 125, ố S , , thành V V 432 ố ố ỉ giáp L y ố ắ T y Bắ ố , x N hí Minh Đ ố Q ỉ V xé S 413 [1] i u đ 1.1 Tình hình HIV/AIDS t von AIDS qu c c năm *Nguồn theo: Bộ y tế Việt Nam (2012) [1] 1.1.3 T nh h nh nhi m HIV Lào ò Theo t ì ụ -B y ố 2012, ố í 942 15- 49 V 360 ố 670 , ố ì Bể ố ỉ , ỉnh Champasak 9% [85], [86] 0,2% xé hân AIDS báo cáo 120 ố ố S S, tỷ 2011 ố , 10.350 q yq , í y L S y V, 650 q Ướ B V 290 x S L , 1990 Tí vào V/ HIV/AIDS có ồ1.2), [101] HIV/AIDS Savannakhet 34% h ỷ ố Viêng V 33% ứ3 i u đ 1.2 Tình hình HIV/AIDS t von AIDS qu c c năm *Nguồn theo: MOH, CHAS (2011) [101] P ố V y 2011 y: y 87%, 6,8%, ỷ y q ì y ụ y y y , ố q ì ỷ V ẹ 5%, ỷ 3%, m HIV ụ ỷ õ lây V 0,1% kim t y y 0,1% [101] 1.2 N u n c xuất xứ củ HIV HIV-1 HIV-2 ố q ặ deficiencyvirus (SIV) [24], [65], [67], [98], [115], chúng ủ Retroviridae P [112] y Simianimmuno ữ ể ặ ủ Lớp III Lớp I Lớp II , è Đ ố Cá Đ Đ ặ ò i u đ 1.3 Nhữn virus thuộc họ Retrovirid e có th Côn trùng ây bệnh cho vật chủ *Nguồn theo: Patric J, et al (2005),[112] y ủ V [31], [131], [132], [149], [152] ố ,x xứ ản 1.2 N u n oại N u n Nhóm HIV-1 B O, P SIV K ỉ t) Phía tây trung Phi SV K ỉ ặ x Tây Phi y SV z xứ Xuất xứ châu Phi SIVcpz (Tinh tinh) M, N c M, N HIV-2 x c xuất xứ phân loại củ HIV V-1 x Trung Phi ố T nhóm xứ T ng Phi, ò nhóm O, P SV phía Tây Trung Phi N ữ MR ứ ủ í V x ự ồ ố [65], [133], [134], [149], theo W yM ự (2009), [149], phân tích ì ự G , P ủ S V z/ V-1 SIVsm/HIV-2, y ằ ự E ữ ủ ủ SV z , ữ ữ P , vùng gen phân : 1265 658-1679) HIV-1/M P 1795 1627-1900 HIV-1/O P 1827(1680 -1917) HIV-1/P vùng gen Env phân hóa 1845(1766 -1912), [134] HIV-1/N P m 1932 (1876-1968) SV P 1686 1525- HIV-2/ P 1905 1857-1949) HIV-2/B P 1914 1868-1955) 1811) 10 N ySV z í 969 a thành HIV-1/M x ố ủ V-1/M tính trung bình 1795 SIVs x q x q ì q yể , ố ì ự 1: B , [21], [62], ủ 98% [4], , y yể , ủ 1981 ữ SV ữ [62], x y x ớc ủ , ắ , [115], y ể ự ể ữ ỉ ì ủ , ố [35], S B A Hình 1.1 Con người sinh hoạt tiếp xúc với Retrovirus , B , ố *Nguồn theo: Hahn B H et al (2000), [62]; Peeters M et al.(2012), [115] 104 56,6 – 61,60 , õ 540 680 K ể q ố ự y ới ph n ứ ắ P R21 ẹ ứ ụ q ặ ố ặ : B-SPEC, E-SPEC, F-SPEC, C- SPEC 61,60 ố y ủ BEANCH, mồi xuôi, mồ ì ố N T ố ụ ớ PCR2.1 í ố y b, 645 bp ố 63,90C; 64,80C Ph n ứng PCR 2.2 x ặ A5’- A3’, E5’- E3’, G5’- G3’ , E, G 644 P R Để ố ứ P R 2, P R 1, ứ 650C, Vớ ố y ố y , ự y ứ ố ự y 680C 54 N ố ố ố P R Vì ố y 56,60C 61,60C Vớ N , 606 16 ố ể í , 45 , 554 y , 63,9 63,9 ự ữ ứ 4.1.5 Kết t m thời gian tr nhiệt độ gắn m i T y ì S ắ ì í y ì q ốq , ể ì õ T q y y 40 ứ ủ ủ ứ ì ắ 30 í 19 y ì P R y 90 27 , ắ P R , 18y [8] ố 30 y, 105 45 y, 60 y, 90 y ứ y, Để ì ỗ ứ ứ ể ặ 4ố ố 30 y ì ứ y, 45 ố y, 60 y, 90 ố ứ ặ , 16 ố ứ , ố P R ố ắ ắ : 30 ố y, 45 giây, 60 giây, 90 giây T 30 có T DNA rõ, 1/3 có 60 y 45 N ứ õ T õ, 1/3 N N y, gian trì 60 giây, ặ õ Vì ự 60 giây ặ 63,90C N 1/3 õ, 2/3 T N N ắ q y N ó , 1/3 3/3 90 giây có 2/3 ứ ây có 1/3 y, ữ y ì y cho ắ ứ 4.1.6 Kết tối ưu hoá n ng độ MgCl2 Nồ Nồ M M ứ M 2+ ặ ứ , M ứ q ứ í 3,0μl (50mM) PCR [8] ứ ể í ứ ứ , , ủ y Trong trình tố ố T q N ặ Nồ q ì ụ cho ố ủ ủ q í y M M l2, 1µ ứ ố ừ1 N ứ q 50 M 3,5µ /25µ í ứ , , ố ỉ 106 ủ ể í Nồ M 25µ y 50 M õ M ứ K ứ ụ ỗ 30 , ặ ụ 720C 720C q ự ứ ứ ự ứ ặ P R P R í ố ì 1% S P R õ é g , P R2.1 ứ ằ q y ự é y ứ 1-2 853 ụ ữ ố4 y P R1 , 1; , ể ể yố ể ủ y S q ụ P R ự 778 3,5 µ (50mM) 2,5μ Vì ủ T q- N Đ ứ 2,5μl (50mM) , , ừ1 ứ ỗ N ể í ứ MgCl2 ỗ ố ứ 1,5; 2; 2,5; 3; 3,5µl /25µ N M ứ [8] 4.1.7 Kiểm tra qui tr nh tối ưu S ố ể q ì q y ì ủ q ủ y ứ ì P R, húng 10 ố q sau: Vớ P R2 í 645 bp, 9/10 ứ q P R2 , ố 9/10 x ố x ỉ ò 1/10 N 5/10 N x ặ N õ y 107 Vớ ứ í P R2 554 7/10 q , 10/10 x ố N x ặ 10/10 N y ứ ụ y ủ l P R2 q y ì ố ủ T q ỗ ò ì ố Đ y ố ứ x ì yể , E, G y ủ ứ ự y ứ N í ự P R23 ứ V x ỉ q ( ể ứ ự ò ì ồ31 N V-1 ì , P R2 , ụ P R2 ò y yể P R2 ự ể P R2 P R1 í Vì ứ í ứ q õ í y q ố ủ ứ ứ ặ P R2 yq ự ì N P R V au: B BE O5’ í ứ Ở ứ P R1 í ặ , , N ứ [78], , N y ự í L Vứ V P R2 B N ,L T q ố ự A5’- A3’ ặ E ặ , ặ B, ố [11], [18], E ặ ể ặ ứ y yể E3’ ặ ặ P R21 ,T ò ò , E, G ặ ì B-SPEC, C-SPEC, E-SPEC, F-SPE , V ằ BE O3’ ằ ặ 41 G 5’- G 3’ ặ R 01- E , ì , ặ y E 5’G 108 ò K ứ q P R20 y ỉ ự õ P R21 , , ốí í P R21 ặ ì ủ B-SPEC, ứ , E, G ự -SPE , E-SPE , -SPE ể B, C, D F R 441 B ì ứ ể phân bi ặ P R21 P R2 với ặc hi B D Để gi m t i cho mPCR gi m công tố 01 nghiên cứu n ứng, nhóm cho phân týp B cho phân týp D, s n ph m phân t p D d phân bi n di nên b sung cho phân t p D vào s n ph m chung B D s x y m t thêm ỉ ng h p, n u có s n ph m phân t D, n u s n ph m phân D5’– D3’ ặ typ B Cặ x 350 ụ ì , q x B N y P R1, ò ứ ựq ì ủ P R , E, G N ố í T 41 ằ P R20 ì ụ P R 21 ì B, B, ằ P R22 , , ồ31 Thành ph n hỗn h p chung cho m t ph n ứng PCR với thể tích 25μl ố : Buffer Taq X10 (Invitrogen) 2,5μl, dNTP mix (10mM) (Invitrogen) 0,5μl, MgCl2 (50mM) 2,5 μl, ỗ ứ (Invitrogen) 0,2 μl; N N ủ 25 μl í ò P R μl cho PCR; ò ồi (10 pmol) 0,5 μl; Taq DNA-polymerase y 1μ x N P R1 ể í Vớ P R E 5’- E 3’ ặ ì ặ A5’- A3’ ặ E, ặ G 5’- G 3’ ặ , ặ 109 phân týp G Vớ P R SPE ì ặ ể ì B-SPEC, B, C, D F T x ằ B, P R22 týp D ể ặ D5’ – D3’ ặ ể : u 950C phút + B ớc bi n í + 35 chu kỳ luân nhi t (mỗi chu kỳ - 950 45 - 63,90 ớc) gồm: y n bi n tính) - 720 n gắn mồi) 1,5 n t ng h p) + B ớc t ng h p b sung k t thúc 72o S E í 80 V, ủ y 1: “Tố ủy phân týp K í q ủ HIV-1 ố , q T x P R ể x N ì V ” ủ , : , ụ ì ụ ể í ỉ ứ ứ ự ò , ụ ứ , 1ố 50μl) x , ụ ự ể ỉ 25μ 4oC V-1 ụ ố ữ 60 N ểx N ứ , 1% , ì 10 P R N 100 ì B ì q -SPE , E-SPE , - í q ụ 110 4.2 Ứn d n quy trình mPCR x c định phân týp HIV-1 c c đ i tƣợn khu vực Hà Nội Viên Chăn q Sau tì ụ ì ố , 280 K q ự y, q y ì y 93,57% T N 1,07% S í N P R2 697 ứ 441 N x ứ P R20 x 257/280 554 ứ E í 644 V 262/280 y 91,78% 1/280 ứ ứ 1,07% N 1,07% x ớ N í í P R22 týp B ò 18/280 6,43% x kỹ thu t mPCR phân týp khác nhóm khác không thu c ph m vi phát hi n cặp mồi nghiên cứu d ng tái t h p Tuy nhiên k t qu thực t í t hi u su t cao ph n ứng mPCR V-1 so sánh với ng di truy n phức t p củ ỉ cho k t qu 84,8% [53], tác tác gi khác Chính tác gi gi o qui trình Fumihiro [53], [54], Y n cho k t qu x V-1 t 92,7% [11] Nghiên hi u su t phát hi n phân týp HIV-1 tới 93,57% ì ự N y n Th Bích q P R y t 111 Bảng 4.1 Một s kết nghiên cứu phân týp HIV-1 mPCR Chẩn đo n dƣơn tính Chẩn đo n âm tính (X c định) (Chƣ x c định) S lƣợn (%) S lƣợn (%) 11 11 (100) 00 33 28 (84,8) (15,2) 260 241(92,7) 19 (7,3) 73 73 (100) 00 280 262 (93,57) 18 (6,43) T c iả Cỡ (năm n hiên cứu) mẫu Fumihiro (2002), [54] Fumihiro (2005), [53] N y Y (2003), [11] L T V Bí T (2010), [9] ứ Nghiên y (2011) Vớ q , ứ y L y ự ể 10 ò ể ứ q ủ 3130XL, ụV B K q x G q y B ụB x ỹ 05 01 ể V-1 nên nhóm ngh x ủy ụ P R ủ ì ể V-1 ứ ứ ứ P R ằ E ố E 03 , 01 ì E ự y B Sy , í ì ố ằ ự ủ phân 112 Q ố 10 ứ ì ự ố y ự Đ N q ể ứ ủ ự ố 91,78% K x N V N 2003 T N 248 V ự V-1 ằ ỹ y T 18) P R q ủ V-1 y ủ N y T N Bí Y Bí Y [11], ứ [11], íM P R B T [6], [9] Đ y ố x , ự ủy N T ỹ 91,9% 239/260 ì ố V T , q ứ V-1 V-1 ; phân týp E (CRF01-AE) y Q ỳ ,L V x x q N q 01 y ủ ứ T y P R ò K q ứ q ự 03 P R ể ự B ủ B ố hai ì q ì N E R 01- E x y y x ứ , 01 q y 2002 [54] y E, y ố ủ P R N ì ự K y ủ ể Á [61] [78], [91], [148] ặ ự y ò E N y q ố R 01- E P R ì q P R E ể í K R 01-AE E tron B E T S G ứ , 14 P R ố 260 L 41 241/260 98,7% , 8,1% 21/260 E 113 N V 2004 N E Ry ố q ự [36], ụng ma tuý 19 y 11 V N ố 11 q ố , 6/11 55% R 01- E, 5/11 45% ỉ ứ B, ò 19 2/19 10,5% q ố R 01-AE, 17/19 phân týp B (89,5%) M ứ ố ố í P ò ủ N B ì Đ HIV-1 ằ ì ự K , ự ủ ứ z w q CRF01- E, 4/295 1,4% B/C) N 2009 [18], q HIV/AIDS y x ủ y 290/295 98,3% B, 1/295 0,3% y ứ V N y ủy phân týp CRF01-AE ứ ự [113], q Bang kok, Thái Lan 2217 E, 13,5% B’ 5,1% ự [135], x 86,5% Takebe Y y ố M y – My ủ , N mP R ì Pauli N x y My N ứ 59 1999-2000 T V ự V-1 í , ụ y ố K , ỹ q y 45,8% phân týp CRF01-AE; 25,4% phân týp B, 13,6% phân týp C, ò 15,3% N 2006, Y y T Q ố T Z ự [155], , RN ứ 321 1989-2004 P17 ỉ V , , ỹ ì ự N P R 114 K tí q y 53% / R 07-BC/CRF08- B ; 40,5% R 01- E 90,9% 6,5% / R 07-BC/CRF08-B ma túy, 85,4% CRF01- E y M L ố ứ R 01-AE 75 % y ự Á, y ủ ằ ứ ự Đ í N ủ T L , T , ì R 01- E 97,3% V ố 420 y , AE 12 2,9% q ự ỹ P R ự í ố ò 0,5% V , ữ ứ ự N phân týp E (CRF01- E , ể y q ố ự ự phân bố phân týp HIV-1 21 , Bắ R 01- ự V-1 98,57% Bắ , V-1 ự y ự ữ ố ủ ự , K ự Đ ứ với mục tiêu V ể 398 94,8% B ứ ) Đ B ự [118] ự N L , ắ iB P L , T ủ y q T ủ N m Á, Piyanot Wirachsilp c ng [117], 2,7% T S ự nghiên cứu 282 m u củ 97,3; 94,8% 66,8% T Nam Lào ố Bắ y CRF01-AE V CRF01- E Á [78] ứ Indonesia í ụ N S y q ì ự Đ , 97,2% y q y [117], [118]; N B T x ữ N V 138/140 2/140 x ằ 115 P R 1,43% K ự V 124/140 88,57% V-1 E 119 85% N (CRF01- E x 03 , 01 0,71% B N N ặ ể 0,71% y V-1 ủy ủ ự V ằ R 01E 2,14% x V K E ò x 01 E x E ự Đ N Á 16/140 11,43% P R ự x N ỉ 19 Đ ỏ, V-1 N ? N ữ x R 01- x 02 1,43% y ặ ứ V ứ ằ P R phân týp khác nhóm khác không thu c ph m vi phát hi n cặp mồi nghiên cứu d ng tái t h p mớ Đ y nghiên cứu sinh triển khai áp dụng sau v y cứu hi n t kh i quy ể m t thách thức cho N c ph n lớn m u c phân tích ti p gi i trình tự gen vùng gen env hoặ u ki n sau V phân bố phân týp HIV-1 ố ỉ có 3.20); Sự , E ,B í y ủ P R ữ T ố í R 01- E ủy y ò y ằ y ể ng nghiên cứu (b ng nh x ằ V u ki n hi n t i M t số m u không phát hi V-1 mPCR s Đ t qu nghiên y x ố í y y í y [18], [19] y ỉ 116 E R 01- E x ằ mPCR S V-1 19) y ố ự ĩ ủy ,B E ỉx ứ í ằ ỗ N ò ủ V-1 ự y x N ỉ x í P R ứ y ố ỏ x q ủy q ự ựx V-1 t ự , ỹ , ố ủ ỉ p í ủ N 14% P R, y, ỹ ủ ự , B, P R K ; K í y ằ ố ự V x 18% L [...]... 7,4%; phân týp 3,7% phân týp týp B 277 65%, phân týp B 32,9%, phân týp C 2,2% T phân týp Lebanon, T phân týp 27 phân týp D 3,7% 1. 5.5 Đặc điểm ph n týp HIV- 1 ở Liên Bang Nga P N V -1 L 2009, Thomson M.M, ủ HIV- 1 k q S P B N ự [13 6] , phân tích 10 2 89,3%; phân týp A phân týp A [19 ], [27] tra í y y 2006, B 9,7% và phân týp F1 1% 1. 5.6 Đặc điểm ph n týp HIV- 1 ở châu Úc P V -1 B L, châu Úc, E 9 ,1% ; ự [63],... phân týp phân týp x N t phân týp 1, 3% ụ , sự phân týp 3,0% T í Saudi Arabia, 16 9 , m 36,7%, phân týp G 24,3%, phân týp B 18 ,3%; phân týp D 4,7%; phân týp A 4 ,1% ; CRF02-AG 3,6%; CRF25-cpx 2,4%; CRF43- 02G 4,7%; ò 1, 2% , q í í Iran, 59 q 40,7%; phân týp B phân týp 35,6%; phân týp D 6,8%; phân týp C 3,4%; phân týp G 3,4%; 1, 7% 8,5% T Turkey, í R 02- G q phân 70,4%; phân týp A 14 ,8 %; phân týp F1 7,4%; phân. .. 19 95, Salminen, ặc bi t là kỹ thu t t phá mới làm rõ v chi u dài 19 99 danh pháp phân lo i HIV phân týp y ủ của b c thống nh t [12 2] 17 1. 4 .1 Các phân týp HIV y, HIV 1 c chia thành 2 týp: HIV- 1 và HIV- 2, HIV- chia thành 4 nhóm: M, N, O, P [16 ], [65], [11 4], [11 5], [13 2], nhóm M chia thành 10 phân týp: A, B, C, D, E, F, G, H, J và K [28], [12 2]; ừ p ố phân týp M G; ,B , J, K ớ [12 8], A4 [14 5], A5 [12 0],... HIV- 1 ở châu Mỹ N ằ 2 011 , ự [75], Junqueira DM, de Medeiros RM y B Mỹ x y ừ ể 19 64 19 50 -19 67) Phân týp B c q ố Mỹ V g Bắ Mỹ phân týp B 10 ,6 % [70] V V N Caribean Mỹ phân týp B 89,4%; Trung Mỹ phân týp B B [37], [39] F [15 ], [43] 22 1. 5.4 Đặc điểm ph n týp HIV- 1 ở Trung Đông T Đ ữ HIV ự y ít [56], ằ ứ T Đ ố ủ 2 011 , G phân týp M ự z V -1 P , í ự ốq ố ia ,x 3 01 85,4%; phân týp B 8,6%; CRF02-AG 1, 7%; phân. .. í 14 1 ểx q B 74%; 3,54% 513 G 1, 44% N ừ 2003, V -1 12%, 2 012 , Hawke, K.G 2000 – 2 010 , ể 23 V -1 q Nam Úc, B 76% 8%, R 01- AE 10 %; CRF02 - G 3% 2% 1. 5.7 Đặc điểm ph n týp HIV- 1 ở ch u Sự phân ố phân týp HIV- 1 ự ữ í châu Á , y q ố ể ồ ự châu Á T Ấ Đ ủy ữ ớ 95 - 97% B Ấ Đ [77], [82], y [10 7], [12 6], [15 4]; các q ố Bangladesh [12 7], Nepal, Myanmar, T : Q ố , Đ N B [14 8] T T Q ố , í ì ụ ồ ớ phân týp: CRF 01- .. .11 1. 3 Cấu trúc HIV 1. 3 .1 Đặc điểm cấu trúc của virus HIV ớ ố í ể , V í ỉ 80 -10 0 ồ 3 ớ ì ừ (Hình 1. 2), [2], [49], [83], [11 2], [11 6] 1. 3 .1. 1 Lớp bao ngoài (envelope - env) Lớ é , ắ y y 16 0 y còn V ắ 16 0 ồ y y ủ ể + Glycoprotein xuyên màng có tr q 41, í ì ủ 41 ắ x ớ 12 0, 41 ỗ x ò 1. 3 .1. 2 Lớp vỏ trong (vỏ capsid ) ồ 2 ớ : Lớp ngoài hình c u, c u t o b i protein có tr V -1 18 18 Lớp trong... phân týp [56], [12 0] Các q ố ể ớ ỷ Phi có q ố C O T ự , thể x P ể ủ ủ , V , [29], [40], [12 0], [14 4], [15 8] 1. 5.2 Đặc điểm ph n týp HIV- 1 ở châu Âu Mặ  ớ ỷ ố ố í Phi và châu Á [14 1], ứ phân týp HIV- 1 q ố châu Âu [27], B France ự sau [15 3] P P V/ y S ủ Phân týp B là B Spain 74,5% [96], ớ Switzerland 91, 6% [58], B 70,7% Greece [11 0]; Bắ Poland [11 1], R x ớ France [25], [59], [60] 1. 5.3 Đặc điểm ph n týp. .. CRF 01- E 42,9%, B 10 %; B 12 ,9%; CRF07 - BC 11 ,4%; CRF08 - BC10%; CRF02 - AG 4,3%; K 1, 4% Ngoài ra, ò G 2,9% B/CRF 01- AE 1, 4%; U/G 1, 4% và U/CRF 01 - AE 1, 4% [15 9] T ủy Philippine B 70%, phân týp E 20%, phân týp F là 6% và phân týp C là 4% [12 5] T S ủy T ủy N tB R 01- AE 56%, phân týp B là 23,9% [10 9] B m 87,9%, CRF 01 0,7%; 1, 2%; CRF02 - AG 0,8%; 0,3%; 0,2% và 0,04% E 8,4%; G 0,4%; R 08 - BC [75] 1. 5.8... [12 1] 1. 5 Đặc đi m phân týp HIV- 1 ở một s khu vực 1. 5 .1 Đặc điểm ph n týp HIV- 1 ở châu Phi V ự S ỷ ứ V V -1 c T P : V, [14 1] Các nghiên y ự ố V -1 , Benin và Ghana là phân týp A chi ,G các Janssens và cộng sự (19 97) [74] ứ Tây Phi: Cote ’ ủ 71% vùng châu Phi [12 0] T q ể châu Phi , R Z P y vùng ủy Vùng ủy , 21 ò B, , , E, , G, U , Rw P ủy N ỷ ủy B Đ ,K y ,T z ủy , Bắ P ố B nh Algeria, Morocco, Egypt phân. .. [ 71] , [72], [ 91] , [99]; Từ ồ y ớ ặ CRF07-BC và CRF08-BC V Nhìn chung d y, nhóm gái ữ phân týp x T ác Q ố [64] Á B 36,9%; CRF 01- AE 34,6%; phân týp C 16 ,2%, ò 12 ,3% ỉ xé ì ố R 01- E ữ 81, 3% ồ E ố ự P [55], Thái Lan [30], [11 3], [11 7], [11 8]; ớ :V Myanmar [13 5], ớ R 01- E ố ừT ụ ,T Á P E ớ 50,8% gây d h ự N , ố Q ố [73], N ra [5], [6], [9], [11 ], [18 ], Cambodia [78], 19 94, R 01 - E ỉ ỉ T V Q ố [99], [15 5],
- Xem thêm -

Xem thêm: Nghiên cứu ứng dụng mPCR để xác định phân týp của HIV 1 ở hà nội, viêng chăn (2007 2011), Nghiên cứu ứng dụng mPCR để xác định phân týp của HIV 1 ở hà nội, viêng chăn (2007 2011), Nghiên cứu ứng dụng mPCR để xác định phân týp của HIV 1 ở hà nội, viêng chăn (2007 2011), Qua các số liệu giám sát cho thấy dịch HIV/AIDS đã xuất hiện ở 100% tỉnh, thành phố từ năm 1998, đến cuối năm 2011 đã có 98% số quận, huyện, thị xã và 77% số xã, phường, thị trấn có người nhiễm HIV được báo cáo. Tình hình nhiễm HIV trên toàn quốc tron..., + Yếu tố thứ hai là khả năng nhân lên của HIV cao, khoảng 1010 virion được sản xuất trong một ngày. Yếu tố thứ ba là dưới tác dụng và áp lực của các thuốc kháng virus, dẫn đến HIV thích nghi bằng cách đột biến [29], [34], [40], [96], [97], tạo ra các..., Phân týp HIV-1 phổ biến ở châu Úc là phân týp B [26]. Năm 2003, Herring B. L, và cộng sự [68], phân tích141 mẫu để xác định phân týp HIV-1 lưu hành tại châu Úc, kết quả phân týp B chiếm 74%; phân týp C 12%, phân týp E 9,1%; phân týp A 3,5..., Giai đoạn sau, sản phẩm của phản ứng Nested PCR của chủng HIV-1 cần xác định phân týp sẽ được lai với từng sản phẩm DNA trong panel phân týp qua các giai đoạn xử lí nhiệt độ thích hợp. Sản phẩm lai cặp này được phát hiện qua điện di trên gel polyacryl..., Từ giá trị mật độ quang học OD260/OD280 = T (OD - Optical Density) đánh giá mức độ sạch của dung dịch tách. Nếu 1,8<T<2,0 thì dung dịch axit nucleic đó được coi là sạch [94] ., Thêm 5 thể tích Buffer 1 (PCR Binding Buffer) vào ống chứa 1 thể, Chạy máy giải trình tự tự động ABI Sytem 3130XL., Ban đầu chúng tôi đã áp dụng nguyên bản quy trình của tác giả Fumihiro với 10 mẫu, cho thấy hiệu quả xác định phân týp là thấp, đối với PCR 2.1 cho kết quả 5/10 mẫu không có băng xuất hiện, có 5/10 mẫu xuất hiện băng DNA đặc hiệu với kích thước 645 bp...

Mục lục

Xem thêm

Gợi ý tài liệu liên quan cho bạn

Từ khóa liên quan

Nhận lời giải ngay chưa đến 10 phút Đăng bài tập ngay
Nạp tiền Tải lên
Đăng ký
Đăng nhập