BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM TP HỒ CHÍ MINH Ngơ Thị Hồng Phương KHẢO SÁT SỰ KHÁNG KHÁNG SINH CỦA ACINETOBACTER BAUMANNII VÀ CÁC CHỦNG ACINETOBACTER SPP TẠI VIỆN PASTEUR TP HỒ CHÍ MINH LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Thành phố Hồ Chí Minh – 2013 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM TP HỒ CHÍ MINH Ngơ Thị Hồng Phương KHẢO SÁT SỰ KHÁNG KHÁNG SINH CỦA ACINETOBACTER BAUMANNII VÀ CÁC CHỦNG ACINETOBACTER SPP TẠI VIỆN PASTEUR TP HỒ CHÍ MINH Chuyên ngành Mã số : Vi sinh vật học : 60 42 01 07 LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC TS CAO HỮU NGHĨA Thành phố Hồ Chí Minh - 2013 LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng Các số liệu kết nêu luận văn trung thực chưa cơng bố cơng trình khác Tác giả LỜI CẢM ƠN Luận văn hoàn thành với giúp đỡ quý báu từ Thầy Cô, Anh Chị, bạn Xin gửi lời cảm ơn chân thành lòng biết ơn sâu sắc đến: TS CAO HỮU NGHĨA – người trực tiếp hướng dẫn khoa học – tận tâm hướng dẫn, giúp đỡ suốt thời gian thực luận văn Ban Giám Hiệu trường ĐHSP Thành Phố Hồ Chí Minh tạo điều kiện thuận lợi cho việc học tâp nghiên cứu Quý Thầy Cô trường ĐHSP Thành Phố Hồ Chí Minh, Cơ Cao Minh Nga tận tình dạy dỗ, truyền đạt kiến thức cho suốt thời gian học trường Chị Vũ Lê Ngọc Lan, Chị Nguyễn Thị Phương Quỳnh, Cơ, Anh Chị phịng Vi sinh Bệnh phẩm khoa LAM (Pasteur) Anh Chị phòng Vi khuẩn khoa Miễn dịch (Pasteur), Cô Trần Thái Thành bệnh viện Ngoại Thần Kinh Quốc Tế nhiệt tình dạy bảo tạo điều kiện giúp tơi hồn thành luận văn Các bạn sinh viên thực tập Gia đình điểm tựa vững cho Tác giả MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN LỜI CẢM ƠN MỤC LỤC DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT MỞ ĐẦU Lý chọn đề tài .8 Mục đích đề tài Nhiệm vụ đề tài Đối tượng, phạm vi nghiên cứu .9 Thời gian, địa điểm thực đề tài .9 CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 11 1.1 Nhiễm trùng bệnh viện 11 1.1.1 Khái niệm 11 1.1.2 Những đối tượng có nguy nhiễm trùng bệnh viện 11 1.1.3 Các tác nhân gây nhiễm trùng bệnh viện 11 1.2 Sự đề kháng kháng sinh 13 1.2.1 Kháng sinh .13 1.2.2 Sự đề kháng kháng sinh vi khuẩn 19 1.2.3 Một số biện pháp hạn chế gia tăng vi khuẩn kháng kháng sinh 22 1.3 Acinetobacter .23 1.3.1 Khái quát Acinetobacter 23 1.3.2 Acinetobacter baumannii .28 1.4 Sơ lược tình hình nghiên cứu kháng kháng sinh Acinetobacter giới nước .33 1.4.1 Trên giới 33 1.4.2 Trong nước 34 CHƯƠNG 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 37 2.1 Thời gian địa điểm nghiên cứu 37 2.2 Đối tượng nghiên cứu 37 2.2.1 Đối tượng .37 2.2.2 Cỡ mẫu 37 2.3 Phương pháp nghiên cứu 37 2.3.1 Vật liệu 37 2.3.2 Phương pháp thực 39 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN 51 3.1 Kết phân lập, định danh chủng Acinetobacter 51 3.2 Đặc tính bệnh nhân nghiên cứu 54 3.2.1 Đặc tính giới bệnh nhân 54 3.2.2 Đặc tính tuổi bệnh nhân 55 3.3 Sự phân bố vi khuẩn Acinetobacter 57 3.4 Khảo sát mức độ kháng kháng sinh Acinetobacter baumannii .58 3.5 Các chủng sản xuất metallo-β-lactamase sàng lọc nhanh theo phương pháp đĩa đôi IMP-EDTA 62 3.6 Một số gene kháng kháng sinh phát Acinetobacter baumannii 63 3.6.1 Gene blaampC 63 3.6.2 Gene blaOXA-23 .65 3.6.3 Gene blaIMP-1 66 3.6.4 Gene blaNDM-1 68 3.7 Kết giải trình tự số gene kháng kháng sinh .69 3.7.1 Gene blaAmpC 69 3.7.2 Gene blaOXA-23 .72 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 76 TÀI LIỆU THAM KHẢO 78 PHỤ LỤC 86 DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT ADN Acid deoxyribonucleic AM Ampicillin (10µg) AMC Amoxicillin/clavulanic acid (20/10µg) AN Amikacin (30μg) ARN Acid ribonucleic ATCC American Type Culture Collection- Ngân hàng chủng giống Mỹ ATM Aztreonam (30μg) ATP Adenosin triphosphat BCP Bromcresol Purple PBPs Penicillin-binding proteins BHI Brain Heart Infusion BN Bệnh nhân BP Bệnh phẩm BP(+) Bệnh phẩm dương BPNC Bệnh phẩm nghiên cứu BTU Burn therapy units- Đơn vị điều trị bỏng CA Chocolate agar CAZ Ceftazidime (30μg) CDC The Centers for Disease Control and Prevention- Trung tâm kiểm soát ngăn ngừa bệnh CFU Colony-forming unit- đơn vị tạo khuẩn lạc CIP Ciprofloxacin (5μg) CLSI lâm sàng Clinical and Laboratory Standards Institute- Viện tiêu chuẩn thí nghiệm CN Cephalexine (30μg) CO Columbia agar CS Colistin (10μg) DNT Dịch não tủy EDTA Ethylene diamin tetraacetic acid FT Nitrofurantoin (300μg) GMN Gentamicin (10μg) HAIs Health care-associated infections- Nhiễm trùng bệnh viện I Intermediate- trung gian ICU Intensive care unit- đơn vị chăm sóc đặc biệt IMP Imipenem (10μg) mARN Message ribonucleic acid MBL Metallo-beta-lactamase MEC Mecillinam (10µg) MEM Meropenem (10μg) MH Mueller Hinton agar NCBI Nation Center for Biotechnology Information – Trung tâm quốc gia thông tin Công nghệ sinh học NET Netilmicin (30μg) NT Nước tiểu OMPs Outer membrane proteins- protein màng PABA Acid para-amino-bezoic PCR Polymerase chain reaction- phản ứng khuếch đại chuỗi PIP Piperacillin (100µg) R Resistant- kháng S Susceptible- nhạy cảm SXT Trimethoprim- sulfamethoxazole (1.25/23.75 μg) tARN Transfer ribonucleic acid TBE Tris-acetic base EDTA TCC Ticarcillin/clavulanic acid (75/10μg) TE Tetracyline (30μg) TE Tris-HCl-EDTA TSA Trypticase soy agar VAP Ventilator-associated pneumonia- Viêm phổi liên quan đến thở máy VF Virulence factors- Yếu tố độc lực MỞ ĐẦU Lý chọn đề tài Acinetobacter vi khuẩn thường tìm thấy đất, nước, môi trường ẩm ướt bệnh viện, dụng cụ y tế qua sử dụng, Chúng thường trú da người khỏe mạnh, đặc biệt da nhân viên y tế Acinetobacter nguyên nhân hàng đầu gây nhiễm khuẩn bệnh viện Chúng gây bệnh lý với nhiều mức độ khác viêm phổi, nhiễm khuẩn vết thương, nhiễm khuẩn huyết nặng [12] [14] Tỷ lệ Acinetobacter spp gây nhiễm khuẩn bệnh viện tăng lên đặn năm gần giới Kết hợp với tỷ lệ nhiễm khuẩn tăng gia tăng chủng không nhạy cảm với kháng sinh, cụ thể Carbapenems, đặc biệt đáng lo ngại Ở Anh, nhiễm khuẩn bệnh viện Acinetobacter kháng Carbapenems xảy từ năm 2000 Từ năm 2004 đến năm 2008 tỷ lệ Acinetobacter không nhạy với Meropenem tăng từ 13% đến 29% Trong năm 2008, không nhạy Acinetobacter với lớp khác kháng sinh báo cáo: Aminoglycosides khoảng 20%; Ciprofloxacin 30%; Ceftazidime 70%; Cefotaxime 89%; Piperacillin/ Tazobactam 50% Ở Châu Âu, tỷ lệ kháng kháng sinh Acinetobacter báo cáo cao thuộc vùng Địa Trung Hải bao gồm Hi Lạp, Thổ Nhĩ Kỳ, Ý Nhật [60] Ở Mỹ, liệu nhiễm khuẩn bệnh viện xác định 65-75% Acinetobacter đa kháng thuốc, không nhạy với Carbapenem tăng từ 9% năm 1995 lên 57% năm 2008 [60] Ở Việt Nam, nghiên cứu 36 bệnh viện tỉnh phía Bắc năm 2006-2007 bao gồm bệnh viện trung ương, 17 bệnh viện tuyến tỉnh 17 bệnh viện tuyến huyện cho thấy 553/7571 (7,8%) bệnh nhân mắc nhiễm trùng bệnh viện (HAIs) Căn nguyên gây nhiễm khuẩn bệnh viện thường gặp là: viêm phổi (41,9%), nhiễm khuẩn vết mổ (27,5%), nhiễm khuẩn tiêu hoá (13,1%) Các vi khuẩn thường gặp Pseudomonas aeruginosa (31,5%), Acinetobacter baumannii (23,3%),và Candida spp (14,4%) Chủ yếu, HAIs xảy khoa phẫu thuật [9] Trong nghiên cứu thời nhiễm trùng ICU (intensive care units) 75 quốc gia lục địa, Acinetobacter tìm thấy đứng thứ năm tác nhân gây bệnh phổ biến Hai nét đặc biệt đóng góp cho khả gây bệnh ngày tăng PHỤ LỤC Tiêu chuẩn đọc kết đường kính vùng ức chế Acinetobacter spp Theo CLSI (phiên cập nhật lần thứ 22, năm 2012) Nhóm thử nghiệm/ báo cáo B O O A B B A B B B Kháng sinh Hàm lượng Giới hạn đường kính vùng ức chế (mm) S I R PENICILLINS Piperacillin 100 μg ≥21 18-20 ≤17 Mezlocillin 75 μg ≥21 18-20 ≤15 Ticarcillin 75 μg ≥20 15-19 ≤14 β-LACTAM/YẾU TỐ KẾT HỢP ỨC CHẾ β-LACTAMASE Ampicillin-sulbactam 10/10 μg ≥15 12-14 ≤11 Piperacillin- tazobactam 100/10 μg ≥21 18-20 ≤17 Ticarcillin-clavulanic 75/10 μg ≥20 15-19 ≤14 axit CEPHEMS (ĐƯỜNG TIÊM) (Bao gồm cephalosporins hệ I,II,III,và IV Ceftazidime 30 μg ≥18 15-17 ≤14 Cefepime 30 μg ≥18 15-17 ≤14 Cefotaxime 30 μg ≥23 15-22 ≤14 Ceftriaxone 30 μg ≥21 14-20 ≤13 CARBAPENEMS A Imipenem 10 μg ≥16 14-15 ≤13 A Meropenem 10 μg ≥16 14-15 ≤13 O Polymyxin B O Colistin LIPOPEPTIDES AMINOGLYCOSIDES 10 μg 10 μg 30 μg - - - - - - - A Gentamicin ≥15 13-14 ≤12 A Tobramycin ≥15 13-14 ≤12 B Amikacin ≥17 15-16 ≤14 C Netilmicin TETRACYCLINES (2)Các chủng nhậy cảm với tetracycline xem nhậy cảm với doxycycline minocycline.Tuy nhiên, số chủng kháng trung gian kháng với tetracycline nhậy cảm doxycycline và/hoặc 98 minocycline B Tetracycline B Doxycycline B Minocycline ≥15 ≥13 ≥16 12-14 10-12 13-15 A A ≥21 ≥17 16-20 14-16 ≤15 ≤13 Gatifloxacin μg ≥18 15-17 THUỐC ỨC CHẾ CON ĐƯỜNG CHUYỂN HOÁ FOLATE Trimethoprim1.25/ ≥16 11-15 sulfamethoxazole 23.75 μg ≤14 30 μg 30 μg 30 μg FLUOROQUINOLONES Ciprofloxacin μg Levofloxacin μg O B ≤11 ≤9 ≤12 ≤10 Bổ sung: đọc đường kính vùng ức chế kháng sinh Acinetobacter spp đọc theo tiêu chuẩn Enterobacteriaceae Nhóm thử Kháng sinh nghiệm/ Hàm lượng Giới hạn đường kính (μg) vùng ức chế (mm) báo cáo S I R PENICILLINS A Ampicillin 10 ≥17 14-16 ≤13 O Mecillinam 10 ≥15 12-14 ≤11 ≥15 13-14 ≥21 18-20 AMINOGLYCOSIDES O Netilmicin 30 ≤12 MONOBACTAMS C Aztreonam 30 ≤17 β-LACTAM/YẾU TỐ KẾT HỢP ỨC CHẾ β-LACTAMASE B Amoxicillin/ 20/10 ≥18 14-17 ≤13 clavulanic acid CEPHEMS (ĐƯỜNG TIÊM) (Bao gồm cephalosporins hệ I,II,III,và IV U Cephalothin (1) 30 ≥18 15-17 ≤14 ≥17 15-16 ≤14 NITROFURAN U Nitrofurantoin 300 99 (1) Tiêu chuẩn Cephalothin dùng dự đốn kết tác nhân uống khác: Cefadroxil, Cefpodroxine, Cephalexin Loracarbef Bổ sung: đọc đường kính vùng ức chế kháng sinh Acinetobacter spp đọc theo tiêu chuẩn Pseudomonas aeruginosa Nhóm thử Kháng sinh nghiệm/ Hàm lượng Giới hạn đường kính (μg) vùng ức chế (mm) báo cáo S I R ≥11 - ≤10 LIPOPEPTIDES O Colistin 10 100 PHỤ LỤC GIỚ I NĂM SINH BỆNH KẾT QUẢ KHÁNG SINH ĐỒ PHẨM ST T MÃ SỐ 1482 M 1929 Đàm 2547 M 1942 Đàm 2548 M 1936 Đàm 9878 M 1966 MU 9879 M 1967 Đàm 1517 M 1966 MU 1531 F 1928 Đàm 8511 M 1962 9942 M 1954 Đàm Đàm 10 5133 M 1962 Đàm 11 4193 F 1929 Đàm 12 5177 M 1967 Đàm 13 9724 M 1957 MU 14 4878 M 1934 Đàm 15 5144 M 1956 MAU 16 6018 M 1956 Đàm || I - AMC:S - AN:S - ATM:R - CAZ:S - CIP:S - CN:R CS:S - FT:R - IPM:S - MEC:R - NET:S - PEF:S - PIP:S S:I - SXT:S - TCC:S - TE:S AM:R - AMC:R - AN:R - CAZ:R - CIP:R - CN:R - CS:S FT:R - GM:R - MEC:R - NET:R - PIP:R - SXT:R - TE:S AM:R - AMC:R - AN:R - CAZ:R - CIP:R - CN:R - CS:S FT:R - GM:R - MEC:R - NET:S - PIP:R - SXT:R - TE:S AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - GM:R - IPM:R - MEC:R - NET:R PEF:R - PIP:R - SXT:R - TCC:R - TE:S || R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R - CN:R - CS:S - FT:R - GM:R - IPM:R - MEC:R - NET:R PEF:R - PIP:R - SXT:R - TCC:R - TE:I AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - IPM:R - MEC:R - NET:R - PEF:R PIP:R - S:R - SXT:R - TCC:R - TE:R AM:R - AMC:R - AN:R - CAZ:R - CIP:R - CN:R - CS:S FT:R - IPM:R - MEC:R - NET:S - PEF:R - PIP:R - S:R SXT:R - TCC:R - TE:S AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - IPM:R - MEC:R - NET:S - PEF:R PIP:R - SXT:R - TCC:R - TE:S AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - IPM:R - MEC:R - NET:S - PEF:R PIP:R - S:R - SXT:R - TCC:R - TE:S AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - IPM:R - MEC:R - NET:S - PEF:R PIP:R - S: - SXT:R - TCC:R - TE:S || R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R - CN:R - CS:S - FT:R - IPM:R - MEC:R - NET:S - PEF:R - PIP:R - S:R - SXT:R - TCC:R - TE:S AM:R - AMC:R - AN:R - CAZ:R - CIP:R - CN:R - CS:S FT:R - MEC:R - NET:R - PIP:R - S:R - SXT:R - TE:S – AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - GM:R - IPM:R - MEC:R - NET:R PEF:R - PIP:R - SXT:R - TCC:R - TE:R AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - IPM:R - MEC:R - NET:R - PEF:R PIP:R - S:R - SXT:S - TCC:R - TE:S AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R - CN:R - CS:S - IPM:R - MEC:R - NET:S - PEF:R - PIP:R - S:R - TCC:R – AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R - 101 17 6620 M 1927 Đàm 18 6621 F 1936 Đàm 19 6622 M 1979 Đàm 20 6745 F 1947 Đàm 21 7323 M 1956 Đàm 3439 M 1967 22 MAU 23 5216 M 1924 Đàm 24 7314 M 1931 25 7315 M 1952 Đàm Đàm 26 9428 M 1990 27 2513 M 2003 MU Đàm 28 4452 M 1946 29 3066 M 1960 Đàm Đàm 30 5767 F 1960 31 7016 M 1945 Đàm Đàm 32 2914 F 1955 Đàm CN:R - CS:S - FT:R - IPM:R - MEC:R - NET:S - PIP:R S:R - SXT:R - TCC:R - TE:S AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - IPM:R - MEC:R - MEM:R - NET:R - PIP:R - STR:R - SXT:I - TCC:R - TE:I AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - IPM:R - MEC:R - MEM:R - NET:R - PIP:R - STR:R - SXT:R - TCC:R - TE:R AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - IPM:R - MEC:R - MEM:R - NET:R - PIP:R - STR:R - SXT:R - TCC:R - TE:R || R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R - CN:R - CS:S - FT:R - IPM:R - MEC:R - MEM:R - NET:R PIP:R - STR:R - SXT:R - TCC:R - TE:R || || AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - IPM:R - MEC:R - MEM:R - NET:R - PIP:R - STR:R - SXT:R - TCC:R - TE:R AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - GM:R - IPM:R - MEC:R - MEM:R - NET:S - PIP:R - SXT:R - TCC:R - TE:S AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - GM:R - IPM:R - MEC:R - MEM:R - NET:R - PIP:R - SXT:S - TCC:R - TE:S AM:R - AMC:R - AN:S - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - GM:S - MEC:S - MEM:S - NET:S PIP:R - SXT:R - TCC:R - TE:R || R - AMC:R - AN:R - ATM:I - CAZ:R - CIP:R - CN:R CS:S - FT:R - GM:R - IPM:R - MEC:R - MEM:R NET:R - PIP:R - SXT:R - TCC:R - TE:S AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - GM:R - IPM:R - MEC:R - NET:S PIP:R - SXT:R - TCC:R - TE:R AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - GM:R - IPM:R - MEC:R - MEM:R - NET:S - PIP:R - SXT:R - TCC:R - TE:S AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - GM:R - IPM:R - MEC:R - MEM:R - NET:R - PIP:R - SXT:R - TCC:R - TE:I AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - GM:R - IPM:R - MEC:R - MEM:R - NET:R - PIP:R - SXT:R - TCC:R - TE:R AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - GM:R - IPM:R - MEC:R - MEM:R - NET:R - PIP:R - SXT:S - TCC:R - TE:S AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - GM:R - IPM:R - MEC:R - MEM:R - NET:S - PIP:R - SXT:R - TCC:R - TE:S AM:R - AMC:R - AN:R - CAZ:R - CIP:R - CN:R - CS:S FT:R - GM:R - MEC:R - NET:S - PIP:R - SXT:R - TE:S – 102 33 4635 M 1944 Đàm 34 5136 M 1941 Đàm 35 9084 M 2003 Đàm 36 9960 M 1945 Đàm 37 2261 1996 Đàm 3018 F 1932 Đàm 39 5561 M 1948 Đàm 40 7422 F 1931 Đàm 41 2611 F 1930 Đàm 42 5201 M 1941 Đàm 43 3392 F 1941 Đàm 44 1458 M 1986 Đàm 45 3688 M 1955 Đàm 46 9182 M 1951 Đàm 47 4811 M 1992 MU 48 5344 F 1947 Đàm 49 1790 M 1937 Đàm 38 AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CN:R - CS:S - FT:R - GM:R - IPM:S - MEC:R - MEM:I - NET:I NOR:R - PIP:R - SXT:R - TCC:R - TE:S AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CN:R - CS:S - FT:R - GM:R - IPM:R - MEC:R - MEM:R - NET:R PIP:R - SXT:R - TCC:R - TE:R AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - GM:R - IPM:R - MEC:R - MEM:R - NET:S - PIP:R - SXT:R - TCC:R - TE:S AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:S - IPM:R - MEC:R - MEM:R - NET:R - PIP:R - S:R - SXT:R - TCC:R - TE:R || R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R - CN:R - CS:S - FT:R - GM:R - IPM:R - MEC:R - MEM:R NET:R - PIP:R - SXT:R - TCC:R - TE:R AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - GM:S - IPM:R - MEC:R - MEM:R - NET:S - PIP:R - SXT:S - TCC:R - TE:S AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - IPM:R - MEC:R - MEM:R - NET:R - PIP:R - SXT:R - TE:R – AM:R - AMC:I - AN:I - ATM:R - C:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - GM:I - IPM:R - MEC:R - MEM:R NET:S - PIP:R - SXT:S - TCC:R - TE:R AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - GM:R - IPM:R - MEC:R - MEM:R - NET:R - PIP:R - SXT:R - TCC:R - TE:R AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - GM:R - IPM:R - MEC:R - MEM:R - NET:R - PIP:R - SXT:S - TCC:R - TE:R AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - GM:R - IPM:R - MEC:R - MEM:R - NET:S - PIP:R - SXT:R - TCC:R - TE:R AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - GM:R - IPM:R - MEC:R - MEM:R - NET:R - PIP:R - SXT:R - TCC:R - TE:R || R - AMC:R - AN:R - CAZ:R - CIP:R - CN:R - CS:S FT:R - GM:R - MEC:R - NET:R - PIP:R - SXT:R - TE:R – || R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R - CN:R - CS:S - FT:R - GM:R - IPM:R - MEC:R - MEM:R NET:R - PIP:R - SXT:R - TCC:R - TE:R || R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R - CN:R - CS:S - FT:R - GM:R - IPM:R - MEC:R - MEM:R NET:R - PIP:R - SXT:R - TCC:R - TE:R AM:R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - GM:R - IPM:R - MEC:R - MEM:R - NET:R - PIP:R - SXT:R - TCC:R - TE:I || R - AMC:R - AN:R - ATM:R - CAZ:R - CIP:R - CN:R 103 50 4659 M 1952 Đàm 51 8845 M 1952 Đàm - CS:S - FT:R - GM:R - IPM:R - MEC:R - MEM:R NET:R - PIP:R - SXT:R - TCC:R - TE:R AM:R - AMC:R - AN:S - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - GM:I - IPM:R - MEC:R - MEM:R NET:S - PIP:R - SXT:S - TCC:R - TE:R AM:R - AMC:R - AN:S - ATM:R - CAZ:R - CIP:R CN:R - CS:S - FT:R - GM:R - IPM:R - MEC:R - MEM:R - NET:R - PIP:R - SXT:R - TCC:R - TE:R - 104 PHỤ LỤC Kết kháng sinh đồ 30 chủng khảo sát khả sản xuất MBL theo phương pháp đĩa đơi IMP-EDTA trình bày theo bảng sau: Bảng Kết kháng sinh đồ 30 chủng khảo sát khả sản xuất MBL Kháng sinh Ký hiệu N Ampicillin AM Piperacillin Mecillinam Amoxicillin/clavulanic acid Ticarcillin/clavulanic acid Ceftazidime Cephalexine Aztreonam Imipenem Meropenem Amikacin Gentamicin Netilmicin Trimethoprimsulfamethoxazole Colistin Nitrofurantoin Ciprofloxacin Tetracyline S I R Số lượng Tỷ lệ Số Tỷ lệ Số Tỷ lệ (%) lượng (%) lượng (%) 30 0 3,33 29 96,67 PIP 30 MEC 30 AMC 30 1 3,33 3,33 3,33 0 0 0 29 29 29 96,67 96,67 96,67 TCC 27 3,7 0 26 96,3 CAZ CN ATM IMP MEM AN GMN NET SXT 30 30 27 25 13 30 13 30 30 0 1 13 3,33 0 7,7 6,7 7,7 43,33 13,33 0 0 0 0 0 0 0 0 3,33 29 30 27 24 12 29 12 15 25 96,67 100 100 96 92,3 93,3 92,3 56,67 83,33 CS FT CIP TE 30 29 30 30 30 18 100 3,33 60 0 0 10 29 29 100 96,67 30 105 PHỤ LỤC Bảng Đường kính vùng chức chế vi khuẩn đĩa IMP IMP-EDTA STT MÃ SỐ MÃ SỐ IMP IMP+EDTA THUẾ Labo 1531 515 17 6745 02 11 17 9724 427 10 18 1517 511 32 32 3439 138 12 18 9942 777 18 9879 491 17 1482 10 32 32 6620 992 18 10 9878 489 17 11 4878 596 10 18 12 5133 961 17 13 4193 188 12 14 14 9428 923 10 15 15 6622 994 13 16 6621 993 12 17 5216 496 16 18 7314 855 30 30 19 5767 447 18 20 2548 321 16 21 7323 45 12 20 22 2513 985 10 16 23 4452 57 10 16 24 8511 725 13 21 25 5177 251 15 17 26 5144 952 15 27 3066 364 28 2547 320 15 29 6018 975 12 15 30 7315 857 15 16 Tổng (+) Dương tính: chủng có khả sản xuất men MBL (-) Âm tính: chủng khơng có khả sản xuất MBL 106 KẾT QUẢ + + + + + + + + + + + + + + + 15(+); 15(-) PHỤ LỤC Mã số chủng tách chiết ADN trình bày theo bảng sau: Bảng Các chủng tách chiết ADN STT 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 MÃ SỐ THUẾ 4193 5177 4878 5144 6018 6620 6621 6622 1482 2547 2548 9878 9879 1517 1531 8511 9942 5133 9724 6745 7323 3439 5216 7314 7315 9428 2513 4452 3066 5767 107 MÃ SỐ LABO 188 251 596 952 975 992 993 994 10 320 321 489 491 511 515 725 777 961 427 02 45 138 496 855 857 923 985 57 364 447 PHỤ LỤC Kết giải trình tự sản phẩm PCR đoạn gene blaAmpC sau: CATCTCTTGCCTTGCGTTTCCAGATGAAGTACAAACAGACCAACAAGTTTTAACTTTTTTCAAAG ACTGGAAACCTAAAAACCCAATCGGTGAATCCAGACAATATTCAAATCCAAGTATTGGCCTATT TGGAAAGGTTGTAGCTTTGTCTATGAATAAACCTTTCGACCAAGTCTTAGAAAAAACAATTTTT CCGGCCCTTGGCTTAAAACATAGCTATGTAAATGTACCTAAGACCCAAATGCAAAACTATGCTT TTGGCTATAACCAAGAAAATCAGCCGATTCGAGTTAACCCCGGCCCACTCGATGCCCCAGCATA CGGTGTCAAATCGACACTACCCGACATGTTGAGTTTTATTCATGCCAACCTTAACCCACAGAAA TATCCGACAGATATTCAACGGGCAATTAATGAAACACATCAAGGTCGCTATCAAGTAAATACC ATGTATCAAGCGCTTGGTTGGGAAGAGTTTTCTTATCCGGCAACGTTACAAACTTTATTAGACA GTAATTCAGAACAGATTGTGATGAAACCTAATAAAGTGACTGCTATTTCAAAGGAACCTTCAGT TAAGATGTACCATAAAACTGGCTCAACTAACGGTTTCGGAACATTTGAAATGTTTGGGCCCTGG CCGGCGCCCCGGTGGTGGTTCATAAAATTGCCCGTTGAATAAAGCGCTTGGGACATGGTTGTGG GTTGAGGTTGACATGGATGAGATTCAACATGTGGGGTAGTGTCGATGTGACACCGTATGCTGGG GCATCGGGTGGGCCGAGGGTTAACTCGAATCGGCTGATTGCTTGGTTGACACCAAAAGCTGAG TTTTGCATTGGGGGTCTTGTGTACATTTAAGCGAGCGATGTTTTTTTGGCCTATGGGCAGGAAA AAATGTGTTTGTATCTAAGGATTTGATCGCAAATGTTTATATCATAAGAATATATACTACAACG GTCCGCCAAAATAGTGCCCAATTACCTTGAGATTTGGAAATCATATATGCTGGGATTTCATCGG ACTGAGCTATGTTAGCGATTTCACAAGTACGTCGATACATGTGAATAGTACATTGTATTCGTCT GGATTGCAACCGTATCATGGCTGGTGAATAACTAGGCCATAGTGCCAGTGCGATTCTGCACCAA ACAGTATGAATGATCA Trình tự nu chủng có mã số Genbank: gb|JX169789.1|, dùng để so sánh với kết giải trình nghiên cứu atgcgattta aaaaaatttc ttgtctactt ttatccccgc tttttatttt tagtacctca 61 atttatgcgg gcaatacacc aaaagaccaa gaaattaaaa aactggtaga tcaaaacttt 121 aaaccgttat tagaaaaata tgatgtgcca ggtatggctg tgggtgttat tcaaaataat 181 aaaaagtatg aaatgtatta tggtcttcaa tctgttcaag ataaaaaagc cgtaaatagc 241 agtactattt ttgagctagg ttctgtcagt aaattattta ccgcgacagc aggtggatat 301 gcaaaaaata aaggaaaaat ctcttttgac gatacgcctg gtaagtattg gaaagaacta 361 aaaaatacac cgattgacca agttaactta cttcaactcg cgacgtatac aagtggtaac 421 cttgccttgc aatttccaga tgaagtaaaa acagatcagc aagttttaac attttttaaa 481 gactggaaac ctaaaaactc aatcggtgaa tatcgacaat attcaaaccc aagcattggt 541 ttatttggaa aagttgtagc tttgtctatg aataaacctt tcgaccaagt cttagaaaaa 601 acaatttttc cggcccttgg cttaaaacat agctatgtaa atgtacctaa gacccagatg 661 caaaactatg cttttggcta taaccaagaa aatcagccga ttcgagttaa ccccggccca 721 ctcgatgccc cagcatatgg cgtcaaatcg acactacccg acatgttgag ttttattcat 108 781 gccaacctaa atccacaaaa atatccagca gatattcaac gggcaattaa tgaaacacat 841 cagggtcgct atcaagtaaa taccatgtat caggcactcg gttgggaaga gttttcttat 901 ccggcaacgt tacaaacttt attagacagt aattcagaac agattgtgat gaaacctaat 961 aaagtgactg ctatttcaaa ggaaccttca gttaagatgt accataaaac tggctcaact 1021 accggtttcg gaacatatgt ggtgtttatt cctaaagaaa atattggttt agtcatgtta 1081 accaataaac gtattccaaa tgaagagcgc attaaggcag cttatgttgt gctgaatgca 1141 ataaagaaat aa + Trình tự acid amin nghiên cứu này: ISCLAFPDEVQTDQQVLTFFKDWKPKNPIGESRQYSNPSIGLFGKVVALSMNKPFDQVLEKTIFPALGLKHSYV NVPKTQMQNYAFGYNQENQPIRVNPGPLDAPAYGVKSTLPDMLSFIHANLNPQKYPTDIQRAINETHQGRYQ VNTMYQALGWEEFSYPATLQTLLDSNSEQIVMKPNKVTAISKEPSVKMYHKTGSTNGFGTFEMFGPWPAPRW WFIKLPVEZSAWDMVVGZGZHGZDSTCGVVSMZHRMLGHRVGRGLTRIGZLLGZHQKLSFALGVLCTFKRA MFFWPMGRKKCVCIZGFDRKCLYHKNIYYNGPPKZCPITLRFGNHICWDFIGLSYVSDFTSTSIHVNSTLYSSGL QPYHGWZITRPZCQCDSAPNSMND Trình tự acid amin với gene blaAmpC-7 mang mã Genbank: AY648950.1 AUTHORS Hujer,K.M., Hujer,A.M., Bethel,C.R and Bonomo,R.A TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (09-JUN-2004) Research Service, VAMC, 10701 East Blvd, Cleveland, OH 44106, USA FEATURES source Location/Qualifiers 1152 /organism="Acinetobacter baumannii" /mol_type="genomic DNA" /db_xref="taxon:470" CDS 1152 /note="cephalosporinase precursor" /codon_start=1 /transl_table=11 /product="ADC-7 beta-lactamase precursor" /protein_id="AAT70411.1" /db_xref="GI:50096079" /translation="MRFKKISCLLLSPLFIFSTSIYADNTPKDQEIKKLVDQNFKPLL EKYDVPGMAVGVIQNNKKYEMYYGLQSVQDKKAVNSNTIFELGSVSKLFTATAGGYAK NKGKISFDDTPGKYWKELKNTPIDQVNLLQLATYTSGNLALQFPDEVQTDQQVLTFFK DWKPKNPIGEYRQYSNPSIGLFGKVVALSMNKPFDQVLEKTIFPALGLKHSYVNVPKT QMQNYAFGYNQENQPIRVNPGPLDAPAYGVKSTLPDMLSFIHANLNPQKYPTDIQRAI NETHQGRYQVNTMYQALGWEEFSYPATLQTLLDSNSEQIVMKPNKVTAISKEPSVKMY 109 HKTGSTSGFGTYVVFIPKENIGLVMLTNKRIPNEERIKAAYVVLNAIKK" 110 PHỤ LỤC 10 Kết giải trình tự sản phẩm PCR gene blaOXA-23 sau: CGTATGATATTTAATGGAAGGGCGAGAAAAGGTCATTTACCGCTTGGGAAAAAGACATGACAC TAGGAGAAGCCATGAAGCTTTCTGCAGTCCCAGTCTATCAGGAACTTGCGCGACGTATCGGTCT TGATCTCATGCAAAAAGAAGTAAAACGTATTGGTTTCGGTAATGCTGAAATTGGACAGCAGGTT GATAATTTCTGGTTGGTAGGACCATTAAAGGTTACGCCTATTCAAGAGGTAGAGTTTGTTTCCC AATTAGCACATACACAGCTTCCATTTAGTGAAAAAGTGCAGGCTAATGTAAAAAATATGCTTCT TTTAGAAGAGAGTAATGGCTACAAAATTTTTGGAAAGACTGGTTGGGCAATGGATATAAAACC ACAAGTGGGCTGGTTGACCGGCTGGGTTGAGCAGCCAGATGGAAAAATTGTCGCTTTTGCATTA AATATGGAAATGCGGTCAGAAAT Trình tự nu chủng có mã số Genbank: gb|AJ132105, dùng so sánh với trình tự nu nghiên cứu aagcttatag ctaacaccgc aatcaatttt ttcactcgtc tagggtctgt caagcgcgta 61 ttttcaagat taaacccgcg tcctttgaga caactgaata aggtttcaat ttcccagcgt 121 aatgcataat cctgaatagc attggcatta aactgaggag aaacgacgag taaaagctct 181 ccattttcta actgtagtgc acttatatat agtttcaccc gaccaaccaa aatccgtcgt 241 ttacgacatt caatttgacc aactttaaga tggcgaaata aatcactaat tttatgattc 301 tttcctaaat gattggtgac aatgaagttt ttttaacacg aatgcagaag ttgatgtctt 361 gttcaattaa ccatgtaaac cactgctcac cgataaactc tctgtctgcg aacacattca 421 caatacggtc tttaccaaaa atggctataa agcgttgaat caaagcaata cgctctttcg 481 tatctgaatt tccacgttta ttaagcaatg tccaaaggat aggtatcgct attccacgat 541 aaacgattgc gagcatcagg atattaatat ttcgttttcc ccatttccaa ttggttctat 601 ctaaagtcag ttgcacttgg tcgaatgaaa acatattgaa aatcaactga gaaatttgac 661 gataatcaaa atactgacct gcaaagaaac gctgcatacg tcgataaaat gattgtggta 721 aacacttgat gggcaaggct ttagatgcag aagaaagatt acatgtttgc tttaaaataa 781 tcacaagcat gatgagcgca aagcacttta aatgtgactt gttccatttt agagatttgt 841 ttaagataag atataactca ttagatgtgt catagtattc gtcgttagaa aacaattatt 901 gtgacattat ttcaatgagt tatctatttt tgtcgtgtac agagttattt tctattgatc 961 tggtgtttaa aatgaataaa tattttactt gctatgtggt tgcttctctt tttctttctg 1021 gttgtacggt tcagcataat ttaataaatg aaaccccgag tcagattgtt caaggacata 1081 atcaggtgat tcatcaatac tttgatgaaa aaaacacctc aggtgtgctg gttattcaaa 1141 cagataaaaa aattaatcta tatggtaatg ctctaagccg cgcaaataca gaatatgtgc 1201 cagcctctac atttaaaatg ttgaatgccc tgatcggatt ggagaaccag aaaacggata 1261 ttaatgaaat atttaaatgg aagggcgaga aaaggtcatt taccgcttgg gaaaaagaca 1321 tgacactagg agaagccatg aagctttctg cagtcccagt ctatcaggaa cttgcgcgac 1381 gtatcggtct tgatctcatg caaaaagaag taaaacgtat tggtttcggt aatgctgaaa 111 1441 ttggacagca ggttgataat ttctggttgg taggaccatt aaaggttacg cctattcaag 1501 aggtagagtt tgtttcccaa ttagcacata cacagcttcc atttagtgaa aaagtgcagg 1561 ctaatgtaaa aaatatgctt cttttagaag agagtaatgg ctacaaaatt tttggaaaga 1621 ctggttgggc aatggatata aaaccacaag tgggctggtt gaccggctgg gttgagcagc 1681 cagatggaaa aattgtcgct tttgcattaa atatggaaat gcggtcagaa atgccggcat 1741 ctatacgtaa tgaattattg atgaaatcat taaaacagct gaatattatt taagagcttg 1801 acagaaactc taattttata aaaagcccat ttgagataaa tgggcctttt ataatctgac 1861 taataatgaa acctgttaat ttttctagtt taaaatttta cagtgctttt agttgttgtg 1921 atc Trình tự acid amin mã hóa bời gene blaOXA-23 chủng cơng bố Genbank: AJ132105 gene 972 1793 /gene="ari-1" CDS 972 1793 /gene="ari-1" /standard_name="oxa-23" /codon_start=1 /transl_table=11 /product="beta-lactamase" /protein_id="CAB69042.1" /db_xref="GI:6735234" /db_xref="GOA:Q9L4P2" /db_xref="HSSP:P14489" /db_xref="InterPro:IPR001460" /db_xref="InterPro:IPR012338" /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:Q9L4P2" /translation="MNKYFTCYVVASLFLSGCTVQHNLINETPSQIVQGHNQVIHQYF DEKNTSGVLVIQTDKKINLYGNALSRANTEYVPASTFKMLNALIGLENQKTDINEIFK WKGEKRSFTAWEKDMTLGEAMKLSAVPVYQELARRIGLDLMQKEVKRIGFGNAEIGQQ VDNFWLVGPLKVTPIQEVEFVSQLAHTQLPFSEKVQANVKNMLLLEESNGYKIFGKTG WAMDIKPQVGWLTGWVEQPDGKIVAFALNMEMRSEMPASIRNELLMKSLKQLNII" - Trình tự acid amin nghiên cứu này: YDIZWKGEKRSFTAWEKDMTLGEAMKLSAVPVYQELARRIGLDLMQKEVKRIGFGNAEIGQQVDN FWLVGPLKVTPIQEVEFVSQLAHTQLPFSEKVQANVKNMLLLEESNGYKIFGKTGWAMDIKPQVG WLTGWVEQPDGKIVAFALNMEMRSE 112 ... DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM TP HỒ CHÍ MINH Ngơ Thị Hồng Phương KHẢO SÁT SỰ KHÁNG KHÁNG SINH CỦA ACINETOBACTER BAUMANNII VÀ CÁC CHỦNG ACINETOBACTER SPP TẠI VIỆN PASTEUR TP HỒ CHÍ MINH. .. tài: “KHẢO SÁT SỰ KHÁNG KHÁNG SINH CỦA ACINETOBACTER BAUMANNII VÀ CÁC CHỦNG ACINETOBACTER SPP TẠI VIỆN PASTEUR TP HỒ CHÍ MINH? ?? Mục đích đề tài Góp phần giúp bác sĩ lựa chọn kháng sinh thích hợp... gene kháng kháng sinh vi khuẩn Nhiệm vụ đề tài - Phân lập định danh chủng Acinetobacter - Khảo sát đặc tính bệnh nhân nhiễm Acinetobacter - Khảo sát tỷ lệ kháng kháng sinh Acinetobacter baumannii