BỘ GIÁO DỤC VÀ ðÀO TẠO TRƯỜNG ðẠI HỌC NÔNG NGHIỆP HÀ NỘI NGUYỄN TÙNG NGHIÊN CỨU MỘT SỐ ðẶC TÍNH SINH HỌC CỦA VI RÚT CÚM A/H5N1 CLADE PHÂN LẬP Ở VIỆT NAM LUẬN ÁN TIẾN SỸ CHUYÊN NGÀNH: KÝ SINH TRÙNG VÀ VI SINH VẬT HỌC THÚ Y HÀ NỘI, NĂM 2013 BỘ GIÁO DỤC VÀ ðÀO TẠO TRƯỜNG ðẠI HỌC NÔNG NGHIỆP HÀ NỘI NGUYỄN TÙNG NGHIÊN CỨU MỘT SỐ ðẶC TÍNH SINH HỌC CỦA VI RÚT CÚM A/H5N1 CLADE PHÂN LẬP Ở VIỆT NAM CHUYÊN NGÀNH: KÝ SINH TRÙNG VÀ VI SINH VẬT HỌC THÚ Y Mà SỐ: 62.64.01.04 NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC PGS TS NGUYỄN BÁ HIÊN TS NGUYỄN VĂN CẢM HÀ NỘI, NĂM 2013 LỜI CAM ðOAN Tôi xin cam ñoan: công trình khoa học tôi, số liệu kết nghiên cứu luận án trung thực chưa ñược công bố công trình khác Tôi xin cam ñoan: giúp ñỡ cho việc thực ñề tài nghiên cứu hoàn thành luận án ñều ñược cảm ơn Các thông tin trích dẫn luận án ñều xác ñược nêu rõ nguồn gốc Hà nội, tháng 12 năm 2013 Tác giả Nguyễn Tùng i Trường ðại Học Nông Nghiệp Hà Nội – Luận văn tiến sĩ khoa học nông nghiệp LỜI CẢM ƠN Trong suốt trình thực ñề tài hoàn thành luận án, nhận ñược giúp ñỡ nhiều tổ chức cá nhân Nhân dịp xin cảm ơn Ban Giám hiệu, Ban Quản lý ðào tạo, Khoa Thú y, Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội ñã tạo ñiều kiện cho ñược theo học chương trình ñào tạo nghiên cứu sinh trường Tôi xin chân thành cảm ơn Lãnh ñạo cán Trung tâm Chẩn ñoán Thú y ñã tạo ñiều kiện thuận lợi giúp ñỡ cho hoàn thành ñề tài nghiên cứu Tôi xin cảm ơn tập thể cán thuộc môn Vi sinh vật – Truyền nhiễm, khoa Thú y, Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội, ñã giúp ñỡ trình học tập nghiên cứu Tôi xin bày tỏ long biết ơn sâu sắc ñến Thầy giáo, PGS TS Nguyễn Bá Hiên, Khoa Thú y, Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội TS Nguyễn Văn Cảm – Hội Thú y , người thầy hướng dẫn khoa học, trực tiếp giúp ñỡ trình thực ñề tài hoàn thành luận án Tôi xin gửi lời cảm ơn ñến ñồng nghiệp công tác tổ chức quan quốc tế FAO, CDC, USDA ñã hỗ trợ cung cấp tài liệu nguyên liệu cần thiết ñể thực nghiên cứu Tôi biết ơn gia ñình, bạn bè ñồng nghiệp ñã bên cạnh, ñộng viên giúp ñỡ hoàn thành nghiên cứu luận án Hà Nội, tháng 12 năm 2013 Tác giả Nguyễn Tùng ii Trường ðại Học Nông Nghiệp Hà Nội – Luận văn tiến sĩ khoa học nông nghiệp MỤC LỤC Lời cảm ơn Lời cam ñoan Mục lục Danh mục ký hiệu, chữ viết tắt Danh mục bảng Danh mục hình MỞ ðẦU CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Lịch sử bệnh cúm gia cầm 1.1.1 Lịch sử bệnh giới 1.1.2 Bệnh cúm gia cầm Việt Nam 1.2 Nguyên nhân bệnh cúm gia cầm 1.2.1 ðặc ñiểm sinh học phân tử virus cúm gia cầm 1.2.2 Kháng nguyên virus cúm gia cầm 1.2.3 ðặc ñiểm tiến hóa hình thành genotype virus cúm gia cầm giai ñoạn 1996-2008 1.2.4 Tính thích ứng ña vật chủ virus cúm A/H5N1 1.2.5 Cơ chế xâm nhiễm gây bệnh virus cúm A tế bào vật chủ 1.2.6 ðộc lực khả gây bệnh virus cúm gia cầm 1.2.7 Triệu chứng lâm sàng gia cầm mắc bệnh cúm 1.2.8 Bệnh tích gia cầm mắc cúm gia cầm 1.3 Chẩn ñoán bệnh 1.3.1 Chẩn ñoán dựa vào dịch tễ học 1.3.2 Chẩn ñoán dựa vào triệu chứng bệnh tích 1.3.3 Chẩn ñoán phòng thí nghiệm 1.4 Vacxin phòng bệnh cúm gia cầm 1.4.1 Tình hình sử dụng vắc-xin cúm gia cầm giới 1.4.2 Tình hình sử sụng vắc-xin cúm gia cầm Việt Nam 1.5 Tình hình nghiên cứu cúm gia cầm Việt Nam CHƯƠNG NỘI DUNG – NGUYÊN LIỆU – PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1 Nội dung 2.1.1 Phân lập giám ñịnh virus cúm gia cầm A/H5N1 từ mẫu dịch ngoáy ổ nhớp 2.1.2 Xác ñịnh ñặc tính di truyền học virus cúm A/H5N1 clade 2.1.3 Xác ñịnh số ñặc tính sinh học virus A/H5N1 clade 2.1.4 Xác ñịnh ñặc tính kháng nguyên (tính tương ñồng kháng nguyên) 2.1.5 Xác ñịnh hiệu lực vacxin H5N1 Re-1 2.2 ðịa ñiểm nghiên cứu 2.3 Vật liệu phương pháp nghiên cứu 2.3.1 Vật liệu nghiên cứu 2.3.2 Phương pháp nghiên cứu Trang i ii iii v vi viii 4 10 14 20 29 30 32 34 36 36 36 36 37 37 39 41 42 44 46 46 46 46 46 46 46 47 47 47 iii Trường ðại Học Nông Nghiệp Hà Nội – Luận văn tiến sĩ khoa học nông nghiệp CHƯƠNG KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 3.1 Phân lập giám ñịnh virus cúm gia cầm H5N1 clade 3.2 Xác ñịnh ñặc tính di truyền virus cúm A/H5N1 thuộc clade phân lập Việt Nam 3.2.1 Giải trình tự gen HA (H5) phân tích phả hệ sử dụng chuỗi gen H5 3.2.2 Giải trình tự gen NA(N1) phân tích phả hệ dựa chuỗi nucleotide gen N1 3.2.3 Giải trình tự gen M phân tích phả hệ dựa chuỗi nucleotide gen M 3.3 Xác ñịnh số ñặc tính sinh học chủng virus A/H5N1 clade A/chicken/Vietnam/NCVD-016/2008 3.3.1 Tính thích ứng phôi gà (xác ñịnh số EID50) 3.3.2 Tính thích ứng tế bào xơ phôi gà (xác ñịnh số TCID50) 3.3.3 Kết xác ñịnh ñộc lực virus cúm A/H5N1clade 3.3.4 Kết ñánh giá ñộ thải virus ñộng vật thí nghiệm 3.3.5 ðánh giá khả nhiễm ña phủ tạng virus cúm A/H5N1clade 3.3.6 Xác ñịnh ñặc tính kháng nguyên chủng virus cúm A/H5N1 clade phân lập Việt Nam 3.3.7 ðánh giá khả bảo hộ vacxin Re-1 ñối với virus cúm A/H5N1HA clade gà KẾT LUẬN VÀ ðỀ NGHỊ Tài liệu tham khảo Công trình công bố liên quan ñến luận án Phụ lục 59 59 62 62 71 78 84 84 89 92 103 106 113 116 121 124 135 136 iv Trường ðại Học Nông Nghiệp Hà Nội – Luận văn tiến sĩ khoa học nông nghiệp DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT Viết tắt Tên ñầy ñủ AI CDC CEF CK cs Ct DEF Dk EID50 ELD50 FAO HA HI HPAI IHC LPAI M MDCK MDEF MDT MEGA NA NCBI NCVD NP NS OIE PA PB1 PB2 RNA RRT-PCR TCID50 WHO Avian Influenza Center of Disease Control and Prevention Chicken Embryo Fibroblast Chicken cộng Cycle Threshold Duck Embryo Fibroblast Duck Embryo Infection Dose 50% Embryo Lethal Dose 50% Food and Agriculture Organisation Hemaglutinin Hemagglutination Inhibition Highly Pathogenic Avian Influenza Immuno Histochemistry Low Pathogenic Avian Influenza Matrix protein Mardine Darby Canine Kidney Muscovy Duck Embryo Fibroblast Mean Death Time Molecular Evolution Genetic Analysis Neuraminidase National Center for Biotechonology Information National Centre for Veterinary Diagnostics Nucleoprotein Non-strutural protein Office International des Epizooties Polymerase acidic Polymerase basic protein Polymerase basic protein Ribonucleic acid Realtime Reverse Transcriptase – Polymerase Chain Reaction Tissue Culture Infection Dose 50% World Health Organisation v Trường ðại Học Nông Nghiệp Hà Nội – Luận văn tiến sĩ khoa học nông nghiệp DANH MỤC CÁC BẢNG TT 1.1 1.2 1.3 1.4 2.1 2.2 2.3 2.4 2.5 3.1 3.2 3.3 3.4 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 3.10 3.11 3.12 3.13 3.14 3.15 3.16 3.17 Tên bảng Trang Tổng số trường hợp nhiễm cúm gia cầm A/H5N1 người báo cáo cho WHO ñến 4/2012 Một số ñặc ñiểm triệu chứng gia cầm mắc cúm A/H5N1 34 Một số loại vacxin phòng cúm gia cầm H5N1 ñang ñược sử dụng 40 giới Kết tiêm phòng vacxin cúm gia cầm chương trình quốc gia 41 Bảng tổng hợp số liệu tính toán theo phương pháp Reed-Muench 49 Primer probe ñể phát virus cúm gia cầm A/H5N1 52 Chuẩn bị mix (hỗn hợp phản ứng cho Realtime RT-PCR 52 Chuẩn bị mix (hỗn hợp phản ứng) RT-PCR giải trình tự gen 55 Trình tự primer ñể giải trình tự gen(theo quy trình CDC) 56 Kết xét nghiệm virus từ chương trình giám sát biên giới 60 Kết giải trình tự gen phân tích phát sinh loài mẫu 62 virus cúm A/ H5N1 phát Lạng Sơn Danh sách chủng virus cúm A/H5N1 dùng ñể so sánh lập 66 phát sinh loài dựa gen H5 69 So sánh mức ñộ khác biệt di truyền gen HA chủng virus A/H5N1 clade với số chủng tham chiếu Danh sách chủng virus A/H5N1 sử dụng ñể so sánh lập 74 phát sinh loài dựa N1 So sánh mức ñộ khác biệt di truyền gen N1 chủng 77 virus cúm A/H5N1 clade với số chủng tham chiếu Danh sách chủng virus cúm A/H5N1 sử dụng ñể so sánh lập 80 phát sinh loài dựa gen M So sánh mức ñộ khác biệt di truyền gen M chủng virus 83 cúm A/H5N1 clade với số chủng tham chiếu Theo dõi thời gian gây chết phôi 85 Kết theo dõi tỷ lệ sống/chết phôi trứng gây nhiễm virus 86 A/Chicken/Vietnam/NCVD-016/2008 Theo dõi thời gian virus gây nhiễm lên tế bào CEF 89 Kết theo dõi bệnh tích tế bào CEF gây nhiễm virus 90 A/Chicken/Vietnam/NCVD-016/2008 93 Các axit amin vùng “cleavage site” virus cúm H5N1 ñộc lực cao clade số chủng virus tham chiếu Kết ñánh giá ñộc lực virus cúm A/H5N1clade gia 95 cầm Kết theo dõi lâm sàng gà thí nghiệm 96 ðánh giá ñộ thải virus gây nhiễm virus A/chicken/ 103 Vietnam/NCVD-016/2008 Kết xét nghiệm RRT-PCR ñối với số loại phủ tạng gà gây 107 bệnh virus A/H5N1 clade chuyển ñổi sang nồng ñộ virus vi Trường ðại Học Nông Nghiệp Hà Nội – Luận văn tiến sĩ khoa học nông nghiệp 3.18 3.19 3.20 Phân bố bệnh tích vi thể nhuộm IHC phát kháng nguyên virus cúm H5N1A/chicken/Vietnam/NCVD-016/2008 Kết xác ñịnh ñặc tính kháng nguyên virus cúm A/H5N1 clade phân lập ñược phản ứng HI Kết theo dõi thí nghiệm công cường ñộc gà tiêm vacxin cúm gia cầm H5N1 Re-1 109 115 118 vii Trường ðại Học Nông Nghiệp Hà Nội – Luận văn tiến sĩ khoa học nông nghiệp DANH MỤC CÁC HÌNH TT 1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 1.7 1.8 1.9 1.10 1.11 1.12 1.13 1.14 1.15 1.16 2.1 3.1 3.2 3.3 3.4 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 3.10 Tên hình Trang Bản ñồ phân bố ca cúm A/H5N1trên giới (tính ñến 2009) Biểu ñồ biểu diễn dịch cúm gia cầm virus cúm A/H5N1 theo thời gian (A)Mô hình thái virus cúm, (B) Hình thái kính hiển vi 10 ñiện tử Mô hình hệ gen virus cúm A 14 Mô cấu trúc kháng nguyên Haemalutinin Neurminidase 15 Sơ ñồ minh họa ñột biến ñiểm phân ñoạn genvirus cúm A 20 Sơ ñồ minh họa tượng trộn kháng nguyên virus cúm 20 A/H5N1và H3N2 Cây phả hệ dựa gen HA virus cúm A/H5N1 ñộc lực cao 22 Sự tiến hóa clade virus A/H5N1 theo thời gian 23 Sự phân bố clades virus cúm gia cầm giới từ 200324 2009 Thời gian xuất clade H5N1 Việt Nam từ 2001-2007 25 Hình 1.12 Sự phân bố clade virus A/H5N1 khác theo 27 không gian Các genotype virus cúm gia cầm A/H5N1 ñộc lực cao 28 Mối quan hệ lây nhiễm thích ứng loài vật chủ virus cúm A 30 Mô hình chế xâm nhiễm nhân lên virus cúm A tế bào chủ 31 Minh hoạ vùng “Cleavage site” virus cúm ñộc lực thấp(LPAI) 33 Sơ ñồ bố trí primer giải trình tự gen H5, N1 M virus cúm A/H5N1 52 Hình 3.1 Bản ñồ nơi phát ñược virus A/H5N1 clade 61 Cây phả hệ dựa gen H5 virus A/H5N1 clade 62 Hiện tượng chèn xóa axit amin vị trí cleavage site 71 chủng virus A/H5N1 clade phân lập Việt Nam Cây phả hệ dựa gen N1 virus A/H5N1 clade 73 Cây phả hệ dựa gen M virus A/H5N1 clade 79 Kiểm tra ñặc tính gây ngưng kết hồng cầu(phản ứng HA) 87 Kết kiểm tra bệnh tích phôi bsau gây nhiễm chủng virus 88 cúm A/H5N1 clade phân lập Việt Nam Hình ảnh tế bào CEF DEF phân lập chuẩn ñộ virus 92 Một số hình ảnh bệnh tích ñại thể gà gây bệnh virus A/H5N1 98 Clade (A/Chicken/Vietnam/NCVD 016) Môt số hình ảnh thể bệnh tích ñại thể gà gây bệnh 99 virus A/H5N1 clade 2.3.4 2.3.2 viii Trường ðại Học Nông Nghiệp Hà Nội – Luận văn tiến sĩ khoa học nông nghiệp Peyre M, Fusheng G, Desvaux S, Roger F (2008) Avian influenza vaccines: a practical review in relation to their application in the field with a focus on the Asian experience Epidemiol Infect 14: 1-21 Pfeiffer, D.U., et al Implications of global and regional patterns of highly pathogenic avian influenza virus cúm A/H5N1clades for risk management The Veterinary Journal (2011), doi:10.1016/j.tvjl.2010.12.022 Pfeiffer, J., Pantin-Jackwood, M., To, T L., Nguyen, T., & Suarez, D L (2009) Phylogenetic and biological characterization of highly pathogenic H5N1 avian influenza viruses (Vietnam 2005) in chickens and ducks Virus research, 142(12), 108-20 doi:10.1016/j.virusres.2009.01.019 Pfeiffer J, Suarez DL, Sarmento L, To TL, Nguyen T, Pantin-Jackwood MJ 2010 Efficacy of commercial vaccines in protecting chickens and ducks against H5N1 highly pathogenic avian influenza viruses from Vietnam Avian Dis 2010 Mar;54(1 Suppl):262-71 Prel A, Le Gall-Reculé G, Jestin V (2008) Achievement of avian influenza virus-like particles that could be used as a subunit vaccine against low-pathogenic avian influenza strains in ducks Avian Pathol 37(5): 513-520 Qiao C, Tian G, Jiang Y, Li Y, Shi J, Yu K, Chen H (2006) Vaccines developed for H5 highly pathogenic avian influenza in China Ann N Y Acad Sci 1081: 182-192 Rabadan R, Levine AJ, Robins H (2006) Comparison of avian and human influenza A viruses reveals a mutational bias on the viral genomes J Virol 80(23): 1188711891 Römer-Oberdörfer A, Veits J, Helferich D, Mettenleiter TC (2008)Level of protection of chickens against highly pathogenic H5 avian influenza virus with Newcastle disease virus based live attenuated vector vaccine depends on homology of H5 sequence between vaccine and challenge virus Vaccine 26(19): 2307-2313 Salzberg SL (2007) Genome Analysis Linking Recent European and African Influenza (H5N1) Viruses Emerg Infect Dis 13(5) Scholtissek C, Stech J, Krauss S, Webster RG (2002) Sekellick MJ, Carra SA, Bowman A, Hopkins DA, Marcus PI (2000) Transient resistance of influenza virus to interferon action attributed to random multiple packaging and activity of NS genes J Interferon Cytokine Res 20(11): 963-970 Shinya, K., Hatta, M., Yamada, S., Takada, A., Watanabe, S., Halfmann, P., Horimoto, T., Neumann, G., Kim, J.H., Lim,W., Guan, Y., Peiris, M., Kiso, M., Suzuki, T., Suzuki, Y., Kawaoka, Y., 2005 Characterization of a human H5N1 influenza A virus isolated in 2003 J Virol 79 (15), 9926–9932 Sims LD, Domenech J, Benigno C, Kahn S, Kamata A, Lubroth J, Martin V, Roeder P (2005) Origin and evolution of highly pathogenic H5N1 avian influenza in Asia Vet Rec 157(6): 159-164 Review Simmons CP, Bernasconi NL, Suguitan AL, Mills K, Ward JM, Chau NV, Hien TT, Sallusto F, Ha Do Q, Farrar J, de Jong MD, Lanzavecchia A, Subbarao K (2007) Prophylactic and therapeutic efficacy of human monoclonal antibodies against H5N1 influenza PLoS Med 4(5): e178 Trường ðại Học Nông Nghiệp Hà Nội – Luận văn tiến sĩ khoa học nông nghiệp 131 Smith, G.J., Naipospos, T.S., Nguyen, T.D., de Jong, M.D., Vijaykrishna, D., Usman, T.B., Hassan, S.S., Nguyen, T.V., Dao, T.V., Bui, N.A., Leung, Y.H., Cheung, C.L., Rayner, J.M., Zhang, J.X., Zhang, L.J., Poon, L.L., Li, K.S., Nguyen, V.C., Hien, T.T., Farrar, J., Webster, R.G., Chen, H., Peiris, J.S., Guan, Y., 2006 Evolution and adaptation of H5N1 influenza virus in avian and human hosts in Indonesia and Vietnam Virology 350, 258–268 Songserm, T., Jam-On, R., Sae-Heng, N., Meemak, N., Hulse-Post, D.J., SturmRamirez, K.M.,Webster, R.G., 2006 Domestic ducks and H5N1 influenza epidemic, Thailand Emerg Infect Dis 12 (4), 575–581 Steensels, M., Van Borm, S., Boschmans, M., van den Berg, T., 2007 Lethality and molecular characterization of an HPAI H5N1 virus isolated from eagles smuggled from Thailand into Europe Avian Dis 51, 401–407 Stubb, E.L 1965 fowl plague In H.E Biester, and L.H Schwarte (eds), Disease of Poultry 5th ed Iowa State Univeristy Press, Ames, pp 813-822 Sturm-Ramirez, K.M., Ellis, T., Bousfield, B., Bissett, L., Dyrting, K., Rehg, J.E., Poon, L., Guan,Y., Peiris, M.,Webster, R.G., 2004 Reemerging H5N1 influenza viruses in Hong Kong in 2002 are highly pathogenic to ducks J Virol 78 (9), 4892–4901 Sturm-Ramirez, K.M., Hulse-Post, D.J., Govorkova, E.A., Humberd, J., Seiler, P., Puthavathana, P., Buranathai, C., Nguyen, T.D., Chaisingh, A., Long, H.T., Naipospos, T.S., Chen, H., Ellis, T.M., Guan, Y., Peiris, J.S.,Webster, R.G., 2005 Are ducks contributing to the endemicity of highly pathogenic H5N1 influenza virus in Asia? J Virol 79 (17), 11269–11279 Suarez DL, Schultz-Cherry S (2000) Immunology of avian influenza virus: a review Dev Comp Immunol 24(2-3): 269-283 Review Subbarao K, Joseph T Scientific Barriers to Developing Vaccines Against Avian Influenza Viruses Nature Reviews Immunology 7:267-278 Subbarao K, Klimov A, Katz J, Regnery H, Lim W, Hall H (1998) Characterization of an avian influenza A (H5N1) virus isolated from a child with a fatal respiratory illness Science 279: 393-396 Subbarao K, Luke C (2007) H5N1 viruses and vaccines PLoS Pathog 3(3): e40 Review Subbarao, K., & Joseph, T (2007) Scientific barriers to developing vaccines against avian influenza viruses Nature Reviews Immunology, 7(4), 267-278 Suzuki Y (2005) Sialobiology of influenza: molecular mechanism of host range variation of influenza viruses Biol Pharm Bull 28(3): 399-408 Review Swayne D.E., beck j.r., garcia M Stone HD (1999), Influenza of virus strain and antigen mass on the efficacy of H5 avian influenza inactivated vaccine Swayne, D.E., Halvorson, D.A., 2003 Influenza In: Saif, Y.M., Barnes, H.J., Fadly, A.M., Glisson, J.R., McDougald, L.R.,Swayne, D.E (Eds.), Diseases of Poultry, 11th ed Iowa State Press, Ames, IA, pp 135–160 Swayne, D.E., Pantin-Jackwood, M.J., 2006 Pathogenicity of avian influenza viruses in poultry Dev Biol (Basel) 124, 61–67 Trường ðại Học Nông Nghiệp Hà Nội – Luận văn tiến sĩ khoa học nông nghiệp 132 Swayne DE, Suarez DL (2000) Highly pathogenic avian influenza Rev Sci Tech Off Int Epiz 20: 463-482 Tian G, Zhang S, Li Y, Bu Z, Liu P, Zhou J, Li C, Shi J, Yu K, Chen H (2005) Protective efficacy in chickens, geese and ducks of an H5N1-inactivated vaccine developed by reverse genetics Virology 341(1): 153-162 Tumpey, T.M., Suarez, D.L., Perkins, L.E., Senne, D.A., Lee, J.G., Lee, Y.J., Mo, I.P., Sung, H.W., Swayne, D.E., 2002 Characterization of a highly pathogenic H5N1 avian influenza A virus isolated from duck meat J Virol 76, 6344–6355 Tung Nguyen, CT Davis, A Balish , P Rivailler, R Loughlin, B Shu, J Jones, I Perry, BK Kapella, J Kile A Klimov, RO Donis (2010) Molecular epidemiology of highly pathogenic avian influenza H5N1 viruses in Vietnamese poultry, 20082009 Poster presentation Option VII meeting in Hongkong, 2010 Uiprasertkul M, Kitphati R, Puthavathana P, Kriwong R, Kongchanagul A, Ungchusak K, Angkasekwinai S, Chokephaibulkit K, Srisook K, Vanprapar N, Auewarakul P (2007) Apoptosis and pathogenesis of avian influenza A (H5N1) virus in humans Emerg Infect Dis 13(5): 708-712 Wagner R, Matrosovich M, Klenk H (2002) Functional balance between haemagglutinin and neuraminidase in influenza virus infections Med Virol 12(3): 159-166 Wahlgren John Infection Ecology and Epidemiology 2011, 1: 6004 - DOI: 10.3402/iee.v1i0.6004 Wallace, R.G., Hodac, H., Lathrop, R.H., Fitch,W.M., 2007 A statistical phylogeography of influenza A H5N1 Proc Natl Acad Sci 104, 4473–4478 Wan, X.-F., Nguyen, T., Davis, C.T., Smith, C.B., Zhao, Z.-M., Carrel, M., Inui, K., Do, H.T., Mai, D.T., Jadhao, S., Balish, A., Shu, B., Luo, F., Emch, M., Matsuoka, Y., Lindstrom, S.E., Cox, N.J., Nguyen, C.V., Klimov, A., Donis, R.O., 2008 Evolution of highly pathogenic H5N1 avian influenza viruses in Vietnam between 2001 and 2007 PLoS ONE 3, e3462 Wang, J., Vijaykrishna, D., Duan, L., Bahl, J., Zhang, J.X., Webster, R.G., Peiris, J.S., Chen, H., Smith, G.J., Guan, Y., 2008a Identification of the progenitors of Indonesian and Vietnamese avian influenza A (H5N1) viruses fromsouthern China J.Virol 82, 3405–3414 Wang, G., Zhan, D., Li, L., Lei, F., Liu, B., Liu, D., Xiao, H., Feng, Y., Li, J., Yang, B., Yin, Z., Song, X., Zhu, X., Cong, Y., Pu, J., Wang, J., Liu, J., Gao, G.F., Zhu, Q., 2008b H5N1 avian influenza re-emergence of Lake Qinghai: phylogenetic and antigenic analyses of the newly isolated viruses and roles of migratory birds in virus circulation J Gen Virol 89, 697–702 Wasilenko JL, Lee CW, Sarmento L, Spackman E, Kapczynski DR, Suarez DL, PantinJackwood MJ (2008) NP, PB1, and PB2 viral genes contribute to altered replication of H5N1 avian influenza viruses in chickens J Virol 82(9): 45444553 Wanasawaeng, Wisanu, Bunpapong, Napawan, Leelamanit, Wichet, Thanawongnuwech, Roongroje.2009 Growth Characteristics of the H5N1 Trường ðại Học Nông Nghiệp Hà Nội – Luận văn tiến sĩ khoa học nông nghiệp 133 Avian Influenza Virus in Chicken Embryonic Eggs and MDCK Cells Thai J Vet Med., 2009 39(3): 281-286 Webster RG (1998) Influenza: an emerging disease Emerg Infect Dis 4: 436-441 Webster RG, Guan Y, Peiris M, Walker D, Krauss S, Zhou NN, Govorkova EA, Ellis TM, Dyrting KC, Sit T, Perez DR, Shortridge KF (2002) Characterization of H5N1 influenza viruses that continue to circulate in geese in southeastern China J Virol 76(1): 118-126 Weiss RA (2003) Cross-species infections Curr Top Microbiol Immunol 278: 47-71 World Health Organization/World Organisation for Animal Health/Food and Agriculture Organization H5N1 Evolution Working Group, 2008 Toward a unified nomenclature system for highly pathogenic avian influenza virus (H5N1) Emerg Infect Dis 14 Retrieved from http://www.cdc.gov/EID/content/14/7/e1.html WHO: Retrieved from http://www.who.int/influenza/human_animal_interface/avian _influenza/en/ WHO: Retrieved from http://www.who.int/influenza/human_animal_interface/ H5N1_avian -influenza-update200412.pdf Wu WL, Chen Y, Wang P, Song W, Lau SY, Rayner JM, Smith GJ, Webster RG, Peiris JS, Lin T, Xia N, Guan Y, Chen H (2008b) Antigenic profile of avian H5N1 viruses in Asia from 2002 to 2007 J Virol 82(4): 1798-17807 Xu X, Subbarao K, Cox NJ, Guo Y (1999) Genetic characterization of the pathogenic influenza A/Goose/Guangdong/1/96 (H5N1) virus: similarity of its hemagglutinin gene to those of H5N1 viruses from the 1997 outbreaks in Hong Kong Virology 261: 15-19 Yamada S, Suzuki Y, Suzuki T, Le MQ, Nidom CA, Sakai-Tagawa Y, Muramoto Y, Ito M, Kiso M, Horimoto T, Shinya K, Sawada T, Kiso M, Usui T, Murata T, Lin Y, Hay A, Haire LF, Stevens DJ, Russell RJ, Gamblin SJ, Skehel JJ, Kawaoka Y (2006) Haemagglutinin mutations responsible for the binding of H5N1 influenza A viruses to human-type receptors Nature 444(7117): 378-382 Zhao ZM, Shortridge KF, Garcia M, Guan Y, Wan XF (2008) Genotypic diversity of H5N1 highly pathogenic avian influenza viruses J Gen Virol 89(9): 2182-2193 Zhou, J.Y., Shen, H.G., Chen, H.X., Tong, G.Z., Liao, M., Yang, H.C., Liu, J.X., 2006 Characterization of a highly pathogenic H5N1 influenza virus derived from barheaded geese in China J Gen Virol 87 (Pt 7), 1823– 1833 Zhou JJ, Fu J, Fang DY, Yan HJ, Tian J, Zhou JM, Tao JP, Liang Y, Jiang LF (2007) Molecular characterization of the surface glycoprotein genes of an H5N1 influenza virus isolated from a human in Guangdong, China Arch Virol 152(8): 1515-1521 Zhu Q, Yang H, Chen W, Cao W, Zhong G, Jiao P, Deng G, Yu K, Yang C, Bu Z, Kawaoka Y, Chen H (2008) A naturally occurring deletion in its NS gene contributes to the attenuation of an H5N1 swine influenza virus in chickens J Virol 82(1):220-228 Trường ðại Học Nông Nghiệp Hà Nội – Luận văn tiến sĩ khoa học nông nghiệp 134 CÁC CÔNG TRÌNH ðà CÔNG BỐ LIÊN QUAN ðẾN LUẬN ÁN Nguyễn Tùng, ðỗ Thị Hoa, Ngô Thị Thu Hương, Nguyễn Văn Cảm, Nguyễn Bá Hiên (2011), “Xác ñịnh số ñặc tính sinh học virus cúm gia cầm ñộc lực cao H5N1 nhánh phân lập Việt Nam”, Tạp chí Khoa học Kỹ thuật Thú y, số 2-2011 Tr5-11 Nguyễn Tùng, Nguyễn Hoàng ðăng, Ngô Thị Thu Hương, ðỗ Thị Hoa, Nguyễn Văn Cảm, Nguyễn Bá Hiên (2011), “ðộc lực virus cúm gia cầm ñộc lực cao H5N1 nhánh gia cầm”, Tạp chí Khoa học Kỹ thuật Thú y, số 3-2011 Tr5-10 Tung Nguyen, Pierre Rivailler, C Todd Davis, Do Thi Hoa, Amanda Balish , Nguyen Hoang Dang, Joyce Jones, Dam Thi Vui, Natosha Simpson, Ngo Thu Huong, Bo Shu, Rosette Loughlin, Karen Ferdinand, Stephen E Lindstrom, Ian A York, Alexander Klimov, Ruben O Donis (2012), “Evolution of highly pathogenic avian influenza (H5N1) virus populations in Vietnam between 2007 and 2010”, Virology 432 (2012) 405–416 Tung Nguyen, CT Davis, A Balish , P Rivailler, R Loughlin, B Shu, J Jones, I Perry, BK Kapella, J Kile A Klimov, RO Donis (2010) Molecular epidemiology of highly pathogenic avian influenza H5N1 viruses in Vietnamese poultry, 2008-2009 Poster presentation Option VII meeting in Hongkong, 2010 Trường ðại Học Nông Nghiệp Hà Nội – Luận văn tiến sĩ khoa học nông nghiệp 135 PHỤ LỤC 1) Trình tự gen HA mẫu virus cúm A/H5N1HA clade A/chicken/Vietnam/NCVD-016/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-04/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-03/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-05/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-093/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab06/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab15/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab16/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab17/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab18/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab19/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab20/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab24/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab25/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab26/ 10 20 30 40 50 60 70 | | | | | | | | | | | | | | ATGGAGAAAATAGTGCTTCTTCTTGCAATGATCGGTCTTGTTAAAAGTGATCAGATTTGCATTGGTTACC .A G .A A.C .A A.C .A G A A A C .G A .A .G G A .G G A .A .A .A .A A/chicken/Vietnam/NCVD-016/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-04/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-03/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-05/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-093/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab06/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab15/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab16/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab17/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab18/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab19/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab20/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab24/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab25/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab26/ 80 90 100 110 120 130 140 | | | | | | | | | | | | | | ATGCAAACAACTCGACAGAGCAGGTTGACACAATAATGGAAAAGAACGTTACTGTTACACATGCTCAAGA .A A/chicken/Vietnam/NCVD-016/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-04/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-03/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-05/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-093/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab06/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab15/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab16/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab17/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab18/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab19/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab20/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab24/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab25/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab26/ 150 160 170 180 190 200 210 | | | | | | | | | | | | | | CATACTGGAGAAGACACACAACGGGAAGCTCTGCAACCTAGATGGGGTGAAGCCTCTAATTTTGAAAGAC .A .C.A A .C.A A .C.A A A .T .A .C.A A A .T .A .C.A A A .T A A .T .T A A .T .A .C.A G .A .C.A A .C.A A .C.A A/chicken/Vietnam/NCVD-016/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-04/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-03/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-05/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-093/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab06/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab15/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab16/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab17/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab18/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab19/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab20/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab24/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab25/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab26/ 220 230 240 250 260 270 280 | | | | | | | | | | | | | | TGTAGTGTAGCTGGATGGCTCCTCGGGAACCCAATGTGTGACGAATTTCTCAATGTGTCAGAATGGTCTT A A A A A A/chicken/Vietnam/NCVD-016/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-04/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-03/2008 290 300 310 320 330 340 350 | | | | | | | | | | | | | | ACATAGTGGAGAAGGCCAGTCCAGCCAATGGCCTCTGTTACCCAGGGGATTTCAATGACTATGAAGAACT Trường ðại Học Nông Nghiệp Hà Nội – Luận văn tiến sĩ khoa học nông nghiệp 136 A/chicken/Vietnam/NCVD-05/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-093/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab06/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab15/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab16/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab17/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab18/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab19/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab20/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab24/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab25/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab26/ T .A T T T A/chicken/Vietnam/NCVD-016/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-04/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-03/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-05/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-093/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab06/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab15/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab16/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab17/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab18/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab19/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab20/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab24/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab25/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab26/ 360 370 380 390 400 410 420 | | | | | | | | | | | | | | GAAACACCTATTGAGCAGAATAAACCATCTTAAGAAAATTAAGATCATCCCCAAAAGTTATTGGTCCAAT A.A CA A.A CA A.A CA T G A.A CA T G A.A CA T G T G A.A CA A.A CA A.A CA A.A CA A/chicken/Vietnam/NCVD-016/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-04/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-03/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-05/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-093/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab06/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab15/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab16/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab17/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab18/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab19/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab20/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab24/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab25/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab26/ 430 440 450 460 470 480 490 | | | | | | | | | | | | | | CATGAAGCCTCATCAGGGGTGAGCGCAGCATGTTCCTATCTGGGAGAGCCCTCCTTTTTCAGAAATGTGG G A G G A T T AGA.T T A A G A T T AGA.T T A G A T T AGA.T T A A T T AGA.T T A G T G G G G A/chicken/Vietnam/NCVD-016/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-04/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-03/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-05/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-093/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab06/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab15/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab16/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab17/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab18/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab19/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab20/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab24/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab25/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab26/ 500 510 520 530 540 550 560 | | | | | | | | | | | | | | TATGGCTTATCAAAAAGAATAATACATACCCACCAATAAAGGTGAACTACACCAATACCAACCAAGAAGA .T .T .T C .C G A T C G A T C G A .C G A .C T .T .T .T .T A/chicken/Vietnam/NCVD-016/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-04/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-03/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-05/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-093/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab06/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab15/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab16/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab17/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab18/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab19/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab20/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab24/ 570 580 590 600 610 620 630 | | | | | | | | | | | | | | TCTTTTGGTACTGTGGGGGATTCACCATCCCAATGATGAGAAAGAGCAGATAAGGATCTATCAAAACCCA A GC CA T A GC CA T A GC CA T A .A GC A T T A GC CA T A .A GC T T A GC CA T A .A GC T T A .A GC T T A GC CA T A GC CA T A GC CA T Trường ðại Học Nông Nghiệp Hà Nội – Luận văn tiến sĩ khoa học nông nghiệp 137 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab25/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab26/ A GC CA T A GC CA T A/chicken/Vietnam/NCVD-016/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-04/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-03/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-05/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-093/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab06/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab15/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab16/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab17/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab18/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab19/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab20/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab24/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab25/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab26/ 640 650 660 670 680 690 700 | | | | | | | | | | | | | | AACACCTCTATTTCAGTTGGAACATCAACACTAAACCAGAGATTGGTACCAAAAATAGCTACTAGACCCA T CA A T T CA A T T CA A T .A.G C T T CA A T .A C GT T CA.R A T .A C T .A C T .A A T T CA.G A T T CA A T T CA A T T CA A T A/chicken/Vietnam/NCVD-016/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-04/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-03/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-05/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-093/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab06/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab15/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab16/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab17/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab18/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab19/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab20/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab24/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab25/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab26/ 710 720 730 740 750 760 770 | | | | | | | | | | | | | | AAGTGAACGGGCAAAGTGGACGAATGGAGTTCTTCTGGACAATTTTAAAGCCGAATGATTCTATCAATTT .T A A T A A .C A A A .C A A .A G A .C A G A .C A G A A .A A .A A .A A .A C A/chicken/Vietnam/NCVD-016/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-04/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-03/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-05/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-093/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab06/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab15/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab16/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab17/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab18/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab19/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab20/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab24/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab25/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab26/ 780 790 800 810 820 830 840 | | | | | | | | | | | | | | CGATAGCAATGGAAATTTCATTGCTCCAGAATATGCATACAAAATTGCCAAGAAAGGGGACTCAGTGATT C - T .G.CA C - T .G.CA C - T .G.CA T T .CA C - T .G.CA T T .CA C - T .G.CA T T .CA T T .CA - C T .CA C - T .G.CA C - T .G.CA C - T .G.CA C - T .G.CA A/chicken/Vietnam/NCVD-016/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-04/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-03/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-05/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-093/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab06/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab15/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab16/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab17/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab18/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab19/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab20/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab24/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab25/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab26/ 850 860 870 880 890 900 910 | | | | | | | | | | | | | | ATGAAAAGTGAATTGGAATATGGTAACTGCAACACCAAGTGTCAAACTCCAATGGGGGCGATAAATTCTA G .G .G A C A G A C A G A C A A C A A .G .G .G .C .G .C A/chicken/Vietnam/NCVD-016/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-04/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-03/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-05/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-093/200 920 930 940 950 960 970 980 | | | | | | | | | | | | | | GTATGCCATTCCACAACATACACCCTCTCACCATCGGGGAATGCCCCAAATATGTGAAATCAAACAGATT G G G Trường ðại Học Nông Nghiệp Hà Nội – Luận văn tiến sĩ khoa học nông nghiệp 138 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab06/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab15/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab16/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab17/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab18/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab19/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab20/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab24/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab25/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab26/ G G C G G G A/chicken/Vietnam/NCVD-016/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-04/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-03/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-05/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-093/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab06/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab15/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab16/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab17/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab18/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab19/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab20/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab24/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab25/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab26/ 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 | | | | | | | | | | | | | | AGTCCTCGCGACTGGACTCAGAAATGCCCCCCAAAGAGAG GGAGGAAGAAGGAGAAAAAGAGGA T AAGAGAG G A T AAGAGAG G A T AAGAGAG G A T T - A T AAGAGAG G A T T - A T AAGAGAG G A T T - A T T - A T T A T AAGAGAG G A T AAGAGAG G A T AAGAGAG G A T AAGAGAG G A A/chicken/Vietnam/NCVD-016/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-04/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-03/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-05/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-093/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab06/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab15/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab16/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab17/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab18/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab19/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab20/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab24/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab25/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab26/ 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 | | | | | | | | | | | | | | CTATTTGGAGCCATAGCAGGGTTTATAGAGGGAGGATGGCAGGGAATGGTAGATGGTTGGTATGGGTACC C C C C C A/chicken/Vietnam/NCVD-016/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-04/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-03/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-05/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-093/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab06/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab15/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab16/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab17/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab18/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab19/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab20/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab24/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab25/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab26/ 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 | | | | | | | | | | | | | | ACCATAGCAATGAGCAGGGGAGTGGATACGCTGCAGACAAAGAATCCACTCAAAAGGCAATAGATGGAAT G T C G .G T C .T A A .G T .A .G T .A .T .A .T .A .G .G .G .G A/chicken/Vietnam/NCVD-016/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-04/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-03/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-05/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-093/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab06/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab15/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab16/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab17/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab18/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab19/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab20/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab24/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab25/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab26/ 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 | | | | | | | | | | | | | | CACCAATAAGGTCAACTCGATCATTGACAAAATGAACACTCAGTTTGAGATCGTTGGAAGGGAATTTAAT T A GC T A GC T A GC A GC T A GC A GC T A GC A GCT A GCT A GC T A GC T A GC T A GC T A GC Trường ðại Học Nông Nghiệp Hà Nội – Luận văn tiến sĩ khoa học nông nghiệp 139 A/chicken/Vietnam/NCVD-016/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-04/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-03/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-05/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-093/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab06/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab15/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab16/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab17/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab18/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab19/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab20/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab24/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab25/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab26/ 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 | | | | | | | | | | | | | | AACTTAGAAAGGAGAATAGAAAATTTAAACAAGAAGATGGAGGACGGATTCCTAGATGTCTGGACTTATA G .A G .A G .A A G .A A G .A A A A A A G .A G .A G .A G .A A/chicken/Vietnam/NCVD-016/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-04/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-03/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-05/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-093/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab06/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab15/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab16/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab17/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab18/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab19/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab20/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab24/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab25/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab26/ 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 | | | | | | | | | | | | | | ACGCTGAACTTCTGGTTCTCATGGAGAATGAGAGAACTCTAGACTTTCATGACTCAAATGTCAAGAACCT A .A .A .A C T A .A C T .T A .A C T A C T T C T .T A .T A .T A .T A A/chicken/Vietnam/NCVD-016/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-04/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-03/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-05/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-093/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab06/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab15/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab16/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab17/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab18/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab19/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab20/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab24/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab25/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab26/ 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 | | | | | | | | | | | | | | TTACGAAAAGGTCCGACTACAGCTTAGGGATAATGCAAAGGAGCTGGGTAACGGTTGTTTTGAGTTCTAC C C C G C C G C C G C G C G C C .W C C C A/chicken/Vietnam/NCVD-016/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-04/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-03/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-05/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-093/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab06/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab15/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab16/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab17/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab18/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab19/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab20/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab24/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab25/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab26/ 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 | | | | | | | | | | | | | | CACAAATGTGATAATGAATGTATGGAAAGTGTAAGAAACGGAACGTATGACTACCCGCAGTATTCAGAAG T A G T A G .A A T G .A A T G .G A/chicken/Vietnam/NCVD-016/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-04/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-03/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-05/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-093/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab06/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab15/ 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 | | | | | | | | | | | | | | AAGCAAGACTAAGCAGAGAGGAAATAAGTGGAGTAAAAATGGAATCAATGGTAACTTATCAAATACTGTC A T C A T C A T C A .T T C A T C A A .T T C Trường ðại Học Nông Nghiệp Hà Nội – Luận văn tiến sĩ khoa học nông nghiệp 140 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab16/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab17/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab18/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab19/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab20/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab24/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab25/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab26/ .A C C A .T T C A .T T C A .T T C A T .A T C A T C A T C A/chicken/Vietnam/NCVD-016/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-04/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-03/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-05/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-093/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab06/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab15/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab16/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab17/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab18/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab19/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab20/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab24/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab25/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab26/ 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 | | | | | | | | | | | | | | AATTTATTCAACAGTGGCGAGTTCCCTAGCATTGGCAATCATGGTGGCTGGTCTATCTTTATGGATGTGC A A/chicken/Vietnam/NCVD-016/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-04/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-03/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-05/2008 A/chicken/Vietnam/NCVD-093/200 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab06/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab15/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab16/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab17/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab18/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab19/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab20/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab24/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab25/ A/chicken/Vietnam/NCVD-swab26/ 1690 1700 1710 | | | | | | | TCCAATGGATCGTTACAATGCAGAATTTGCATTTGA − 10 20 30 40 50 2) Trình tự gen NA mẫu virus cúm A/H5N1HA clade A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/200 10 20 30 40 50 60 70 | | | | | | | | | | | | | | ATGAATCCAAATCAGAAGATAATAACCATCGGATCAATCTGTATGGTAATTGGAATAGTTAGCTTAATGT C C C G A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/200 80 90 100 110 120 130 140 | | | | | | | | | | | | | | TACAAATTGGGAACATGGTCTCAATATGGGTCAGTCATTCAATTCAGACTAGGAATCAACGCCAAGCTGA .T .T .T .A .AGA .T A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/200 150 160 170 180 190 200 210 | | | | | | | | | | | | | | ACCGATCAGCAACACTAAATCTCTTACTGAGAAAGCTGTGGCTTCAGTAACATTAGCGGGCAATTCATCT G .G .G .T T .T C G AT A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/200 220 230 240 250 260 270 280 | | | | | | | | | | | | | | CTTTGCCCCATTAGCGGATGGGCTGTATACAGTAAGGACAACAGCATAAGGATCGGTTCCAAGGGGGATG C Trường ðại Học Nông Nghiệp Hà Nội – Luận văn tiến sĩ khoa học nông nghiệp 141 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/200 290 300 310 320 330 340 350 | | | | | | | | | | | | | | TGTTTGTTATAAGAGAGCCGTTCATCTCATGCTCACACTTGGAATGCAGAACTTTCTTTTTGACTCAGGG C A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/200 360 370 380 390 400 410 420 | | | | | | | | | | | | | | AGCTTTGCTAAATGACAAGCACTCCAATGGGACAATCAAAGACAGAAGTCCTCACAGAACATTAATGAGT G C G C G C C G .TG C A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/200 430 440 450 460 470 480 490 | | | | | | | | | | | | | | TGTCCTGTGGGTGAGGCTCCCTCCCCTTATAACTCAAGGTTTGAGTCTGTCGCTTGGTCAGCAAGTGCTT C .T C .T C .T .T A .T A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/200 500 510 520 530 540 550 560 | | | | | | | | | | | | | | GCCATGATGGCACCAGTTGGTTGACAATTGGAATTTCTGGCCCAGATAATGGGGCTGTGGCTGTATTGAA .C A G C A G C A G C A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/200 570 580 590 600 610 620 630 | | | | | | | | | | | | | | ATACAATGGCATAATAACAGACACTATCAAGAGTTGGAGAAACAACATACTGAGAACTCAAGAGTCTGAA T A G A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/200 640 650 660 670 680 690 700 | | | | | | | | | | | | | | TGTGCATGTGTAAATGGCTCTTGCTTTGCTGTAATGACTGATGGACCAAGTAATAGGCAGGCATCATATA T A A T .C A A T .C A A A G A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/200 710 720 730 740 750 760 770 | | | | | | | | | | | | | | AGATTTTCAAAA TGGAAAAAGGAAAAGTGGTTAAATCAATCGAA-TTGGATGCTCCTAATTATCACTA - - - C T G .G.T - A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/200 780 790 800 810 820 830 840 | | | | | | | | | | | | | | TGAGGAGTGCTCCTGTTATCCTGATGCTGGCGAAATCACATGTGTGTGCAGAGATTATTGGCATGGCTCA C A C A .A A G A A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/200 850 860 870 880 890 900 910 | | | | | | | | | | | | | | AATAGGCCATGGTTATCTTTCAATCAAAATTTGGAGTATCAAATAGGGTATATATGCAGCGGAGTTTTTG T C .T G A T C .G G CT A .A T C A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/200 920 930 940 950 960 970 980 | | | | | | | | | | | | | | GAGACAATCCACGCCCCAATGATGGAACAGGTAGTTGTGGTCCGGTGTCCTCTAACGGGGCATATGGGGT CA A C .G C .C T 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 | | | | | | | | | | | | | | Trường ðại Học Nông Nghiệp Hà Nội – Luận văn tiến sĩ khoa học nông nghiệp 142 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/200 AAAAGGGTTTTCATTTAAATACGGCAATGGTGTTTGGATCGGGAGAACCAAAAGCACTAATTCCAGGAGC A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/200 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 | | | | | | | | | | | | | | GGTTTTGAAATGATTTGGGATCCAAATGGGTGGACTGAAACGGACAGCAGCTTTTCGATGAAGCAAGATA .G .G .G C G G G A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/200 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 | | | | | | | | | | | | | | TCGTAGCAATAACTGATTGGTCAGGATATAGCGGGAGTTTTGTTCAGCATCCAGAACTGACAGGATTAGA G C G C G C .C A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/200 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 | | | | | | | | | | | | | | TTGCATAAGACCTTGTTTCTGGGTTGAGTTGGTCAGAGGGCGGCCCAAAGAGAGCACAATCTGGACTAGT T .G T A A G T A A G A A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/200 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 | | | | | | | | | | | | | | GGGAGCAGCATATCTTTTTGTGGTGTAAATAGTGACACTGTGAGTTGGTCTTGGCCAGACGGTGCTGAGT C C C C G G A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/2008 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/200 1340 1350 | | | | TGCCATTCACCATTGACAAGTA - 3) Trình tự gen M mẫu virus cúm A/H5N1HA clade A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/08 10 20 30 40 50 60 70 | | | | | | | | | | | | | | ATGAGTCTTCTAACCGAGGTTGAAACGTACGTTCTCTCTATCATCCCGTCAGGCCCCCTCAAAGCCGAGA A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/08 80 90 100 110 120 130 140 | | | | | | | | | | | | | | TAGCGCAAAAACTTGAAGATGTTTTCGCAGGAAAGAACACTGATCTCGAGGCTCTCATGGAGTGGCTAAA A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/08 150 160 170 180 190 200 210 | | | | | | | | | | | | | | G G GACAAGACCAATCCTGTCACCTCTGACTAAAGGGATTTTGGGATTTGTATTCACGCTCACCGTGCCCAGT A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/08 220 230 240 250 260 270 280 | | | | | | | | | | | | | | T GAGCGAGGACTGCAGCGTAGACGCTTTGTCCAGAATGCCCTAAGTGGAAATGGAGATCCAAATAATATGG Trường ðại Học Nông Nghiệp Hà Nội – Luận văn tiến sĩ khoa học nông nghiệp 143 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/08 290 300 310 320 330 340 350 | | | | | | | | | | | | | | G ATAGGGCAGTTAAGCTATATAAGAAGCTGAAAAGAGAAATAACATTCCATGGGGCTAAAGAGGTCGCACT A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/08 360 370 380 390 400 410 420 | | | | | | | | | | | | | | C A CAGCTACTCAACTGGTGCACTTGCCAGTTGCATGGGTCTCATATACAACAGAATGGGAACGGTAACTACG A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/08 430 440 450 460 470 480 490 | | | | | | | | | | | | | | G GAAGTAGCTTTTGGTTTAGTGTGTGCCACTTGTGAGCAGATTGCAGATTCACAGCATCGGTCTCACAGAC A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/08 500 510 520 530 540 550 560 | | | | | | | | | | | | | | G AGATGGCAACTATCACCAACCCACTAATCAGGCATGAGAACAGAATGGTGCTAGCCAGCACTACAGCTAA A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/08 570 580 590 600 610 620 630 | | | | | | | | | | | | | | C .C .C .C .C GGCTATGGAGCAGATGGCGGGATCAAGTGAGCAGGCAGCGGAAGCAATTGAGATCGCTAATCAGGCTAGG A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/08 640 650 660 670 680 690 700 | | | | | | | | | | | | | | A CAGATGGTGCAGGCAATGAGGACAATTGGGACTCATCCTAACTCTAGTGCTGGTCTGAGGGACAATCTTC A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/08 710 720 730 740 750 760 770 | | | | | | | | | | | | | | TTGAAAATTTGCAGGCCTACCAGAAACGAATGGGAGTGCAGATGCAGCGATTCAAGTGATCCTCTTGTTG A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/08 780 790 800 810 820 830 840 | | | | | | | | | | | | | | TTGCCGCAAATATCATTGGGATCTTGCACTTGATATTGTGGATTCTTGATCATCTTTTCTTCAAATGCAT A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/08 850 860 870 880 890 900 910 | | | | | | | | | | | | | | T TTATCGTCGCCTTAAATACGGTTTGAAAAGAGGGCCTTCTACGGCAGGGGTACCTGAGTCTATGAGGGAA A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-016/200 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-03/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-04/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-05/08 A/CHICKEN/VIETNAM/NCVD-093/08 920 930 940 950 960 970 980 | | | | | | | | | | | | | | G G G G GAATACCGGCAGGAACAGCAGAGTGCTGTGGATGTTGACGACGGTCATTTTGTCAACATAGAGTTGGAGT Trường ðại Học Nông Nghiệp Hà Nội – Luận văn tiến sĩ khoa học nông nghiệp 144 SỐ ðĂNG KÝ NGÂN HÀNG GEN CAC CHỦNG VIRUS CÚM A/H5N1 CLADE CỦA VIỆT NAM (SỬ DỤNG TRONG NGHIÊN CỨU) Số ñăng ký gen HA (GenBank) Số ñăng ký full Genome (GISAID) A/Chicken/Vietnam/NCVD-016/2008 FJ842476 EPI_ISL_28830 A/chicken/Vietnam/NCVD-03/2008 FJ842481 EPI_ISL_80638 A/chicken/Vietnam/NCVD-04/2008 FJ842482 EPI_ISL_80639 A/chicken/Vietnam/NCVD-05/2008 FJ842483 EPI_ISL_80640 A/chicken/Vietnam/NCVD-093/2008 FJ842480 EPI_ISL_80641 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab06/2008 FJ842484 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab15/2008 FJ842477 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab16/2008 FJ842485 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab17/2008 FJ842478 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab18/2008 FJ842479 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab19/2008 FJ842486 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab20/2008 FJ842487 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab24/2008 FJ842488 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab25/2008 FJ842489 A/chicken/Vietnam/NCVD-swab26/2008 FJ842490 Tên chủng Trường ðại Học Nông Nghiệp Hà Nội – Luận văn tiến sĩ khoa học nông nghiệp 145 [...]... nếu virus này xâm nhập vào ñàn gà nội ñ a nước ta ðứng trước thực tế trên chúng tôi tiến hành ñề tài: Nghiên cứu một số ñặc tính sinh học c a virus cúm A/ H5N1 clade 7 phân lập ở Vi t Nam Nhằm góp phần cung cấp thông tin làm cơ sở cho vi c xây dựng biện pháp phòng chống bệnh cúm gia cầm Mục tiêu c a ñề tài - Xác ñịnh ñặc tính di truyền học, tính kháng nguyên và ñộc lực c a cúm A/ H5N1 clade 7 phân lập. .. lập ở Vi t Nam năm 2008; - Xác ñịnh ñược hiệu lực c a vacxin H5N1 Re-1, góp phần xây dựng biện pháp phòng chống bệnh cúm gia cầm Ý ngh a khoa học c a ñề tài ðây là một trong những nghiên cứu ñầu tiên ở Vi t Nam có hệ thống về ñặc tính sinh học c a virus cúm A/ H5N1 clade 7 Trường ðại Học Nông Nghiệp Hà Nội – Luận văn tiến sĩ khoa học nông nghiệp 2 - Làm cơ sở tham khảo cho vi c nghiên cứu sự biến ñổi c a. .. dòng Phúc Kiến (clade 2.3.4) tại Vi t Nam, qua phân tích gen gi a các chủng phân lập tại Nghệ An (Vi t Nam) , A/ Dk/Vietnam/NA114/20 07 (H5N1) và A/ Dk/ Vietnam/NA72/20 07 (H5N1) , thuộc dòng Phúc Kiến) với các chủng H5N1 thuộc phân dòng Quảng ðông, bao Trường ðại Học Nông Nghiệp Hà Nội – Luận văn tiến sĩ khoa học nông nghiệp 10 gồm một số chủng làm vacxin ñang sử dụng, chỉ ñạt 94% (Lê Thanh H a và cs, 2008,... Vi n Vacxin Nha Trang) ñều có những triển khai các lĩnh vực nghiên cứu liên quan ñến cúm A/ H5N1 trên người (Nguyễn Thị Kim Tiến, 2005; Dinh và cs, 2006; Chan và cs, 20 07; Hatta và cs, 20 07) 1.3 Cúm gia cầm và các ñặc ñiểm c a virus cúm gia cầm Cúm gia cầm (Avian Influenza-AI) là một bệnh truyền nhiễm cấp tính c a gia cầm, do nhóm virus cúm type A, thuộc họ Orthomyxoviridae gây ra ðây là nhóm virus... hình nghiên cứu cúm gia cầm ở Vi t Nam Bệnh cúm gia cầm xuất hiện ở Vi t nam từ cuối năm 2003 (Trương Văn Dung và Nguyễn Vi t Không, 2004) Từ ñó ñến nay ñã có nhiều nghiên cứu về virus và bệnh cúm gia cầm ở Vi t Nam, chủ yếu tập trung nghiên cứu dịch tễ bệnh, khảo sát sự lưu hành c a virus, các phương pháp chẩn ñoán, nghiên cứu ứng dụng vacxin, xác ñịnh hàm lượng kháng thể sau tiêm phòng, ñiều tra mức... 20 07 2008 2009 2010 2011 2012 Total Quốc gia Cases Death Cases Death Cases Death Cases Death Cases Death Cases Death Cases Death Cases Death Cases Death Cases Death Cases Death Ajerbaijan 8 5 Bangladesh 1 Cambodia China 1 1 4 4 2 2 1 1 1 8 5 13 8 5 3 4 2 1 4 7 4 3 8 5 6 0 1 1 8 8 2 2 20 18 2 1 1 1 1 1 42 28 1 0 Djibouti 1 Egypt 18 10 25 9 8 4 39 4 29 13 39 15 9 5 1 67 60 55 45 42 37 24 20 21 19 9 7 12... cũng như cúm gia cầm ñộc lực thấp, và các loại virus cúm khác trên ñộng vật - Khuyến cáo cho vi c sử dụng vacxin cúm phù hợp với nhánh virus mới lưu hành trong thực tế - Chủ ñộng trong công tác phòng ng a sự xâm nhập c a chủng virus cúm mới vào nội ñ a Những ñóng góp mới c a ñề tài - ðã xác ñịnh ñược các ñặc tính sinh học c a virus cúm gia cầm ñộc lực cao H5N1 clade 7 phân lập ở Vi t Nam, như ñặc tính. .. chủng cổ ñiển ñang làm vacxin tại Vi t Nam và thế giới (vacxin H5N1, chủng gốc: A- Gs-CN-Gd1(96) (H5N1) ; vacxin H5N2, chủng gốc: A- Turkey-ENGN28 (73 )(H5N2); 1 378 (83)(H5N8)); vacxin vacxin TrovacAIV-H5, chủng H5N2, gốc: chủng gốc: A- Tk-IRE- A- Ck-MEX-Hidalgo- 232(94)(H5N2)) và vacxin H5N1 thế hệ mới chủng NIBRG-14, sử dụng chủng gốc: A/ Vietnam/1194/2004 (H5N1) hiện nay ñang ñược Vi t Nam nghiên cứu sản xuất... ñịnh ñược ñặc tính di truyền, cụ thể là giải trình tự các gen HAH5, NA-N1 và gen Matrix (M) c a virus cúm A/ H5N1 clade 7 - ðánh giá ñược khả năng bảo hộ c a vacxin H5N1 Re-1 với virus cúm A/ H5N1 clade 7 tại Vi t Nam Trường ðại Học Nông Nghiệp Hà Nội – Luận văn tiến sĩ khoa học nông nghiệp 3 CHƯƠNG 1 TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Lịch sử bệnh cúm gia cầm 1.1.1 Lịch sử bệnh trên thế giới Cúm gia cầm lần ñầu... cấu hình không gian c a thụ thể ch a acid sialic c a tế bào ñích với vị trí gắn với thụ thể này trên phân tử HA c a virus cúm, quyết ñịnh sự xâm nhiễm dễ dàng c a virus ở các loài vật chủ khác nhau (Wagner và cs, 2002; Wasilenko và cs, 2008) Vị trí axit amin 226 (aa226) c a HA1 ñược xác ñịnh là vị trí quyết ñịnh phù hợp gắn HA với thụ thể ñặc hiệu c a nó, ở hầu hết các chủng virus cúm A lưu hành trong