ĐẠI HỌC QUỐC GIA THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN LÊ THỊ PHƯƠNG TÚ KHẢO SÁT TÌNH HÌNH MANG VI KHUẨN NON-TYPHI SALMONELLA KHƠNG TRIỆU CHỨNG TẠI THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH Chuyên ngành: DI TRUYỀN Mã số: 60.42.70 LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC TS STEPHEN BAKER Thành phố Hồ Chí Minh - 2011 LỜI CẢM ƠN Trước tiên xin gửi lời cảm ơn chân thành đến tiến sĩ Stephen Baker, người trực tiếp hướng dẫn đề tài tạo điều kiện tốt để tơi hồn thành luận văn Tơi xin chân thành cảm ơn chị Minh, Viện, Ánh, Nga dành thời gian đọc góp ý, chỉnh sửa cho luận văn Tôi xin gửi lời cảm ơn đến Corinne Thompson chị My hỗ trợ phần phân tích kết Xin cảm ơn anh chị phịng thí nghiệm vi sinh đơn vị nghiên cứu lâm sàng đại học Oxford tận tình dạy tơi thao tác vi sinh giúp đỡ thời gian làm đề tài Xin cảm ơn anh chị bạn đồng nghiệp OUCRU, đặc biệt Nhã Thư chị Thảo bên cạnh chia sẻ kiến thức, kinh nghiệm giúp đỡ nhiều q trình làm đề tài Tơi xin gửi lời cảm ơn chân thành đến thầy cô giảng dạy khoa Sinh Học trường đại học Khoa Học Tự Nhiên Thành Phố Hồ Chí Minh truyền đạt kiến thức cho suốt thời gian đại học cao học Cuối cùng, xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến thành viên gia đình tơi hỗ trợ tơi mặt tinh thần đốc thúc tơi hồn thành đề tài i MỤC LỤC Trang DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT VÀ KÝ HIỆU v DANH MỤC CÁC BẢNG vii DANH MỤC CÁC SƠ ĐỒ VÀ BIỂU ĐỒ viii DANH MỤC CÁC HÌNH ix LỜI MỞ ĐẦU CHƯƠNG I: TỔNG QUAN 1.1 Danh pháp phân loại Salmonella enterica 1.2 Đặc điểm cấu trúc, sinh lý sinh hóa di truyền Salmonella enterica 1.2.1 Đặc điểm cấu trúc 1.2.2 Đặc điểm sinh lý sinh hóa .7 1.2.3 Đặc điểm di truyền 1.3 Bệnh học nhiễm trùng NTS 1.3.1 Triệu chứng lâm sàng 1.3.2 Sự phát sinh bệnh 1.3.3 Chẩn đoán 10 1.3.4 Điều trị 11 1.3.5 Phòng ngừa 12 1.4 Tình hình nhiễm NTS giới Việt Nam .13 1.4.1 Tình hình nhiễm NTS giới .13 1.4.2 Tình hình nhiễm NTS Việt Nam 17 - 1.5 Các phương pháp phân loại di truyền Salmonella enterica 17 1.5.1 Phage typing 17 1.5.2 Plasmid typing .18 1.5.3 Ribotyping .18 1.5.4 PFGE .18 1.5.5 MLEE 19 1.5.6 MLST 19 1.6 Tình trạng mang vi khuẩn không triệu chứng S Typhi NTS .22 1.6.1 Tình trạng mang trùng khơng triệu chứng Typhi Paratyphi A 23 1.6.2 Tình trạng mang trùng NTS 23 1.7 Các yếu tố nguy nhiễm trùng NTS 24 1.7.1 Các yếu tố nguy từ môi trường 24 1.7.2 Các yếu tố nguy từ thân vật chủ 25 CHƯƠNG II: VẬT LIỆU-PHƯƠNG PHÁP 2.1 Đối tượng nghiên cứu 28 2.2 Qui trình thực nghiệm 29 2.3 Hóa chất- thiết bị- phương pháp tiến hành 29 2.3.1 Phân lập định danh Salmonella spp API 20E 29 2.3.2 Định danh dựa phản ứng ngưng kết kháng nguyên kháng thể 32 2.3.3 Xác định kháng sinh đồ 33 2.3.4 Xác định đa dạng di truyền phương pháp MLST 35 2.3.4.1 Tách chiết DNA vi khuẩn 35 2.3.3.2 PCR gen giữ nhà (house keeping genes) 37 2.3.3.3 Phân tích sản phẩm PCR điện di gel agarose 38 2.3.3.4 Tinh sản phẩm PCR 40 2.3.3.5 Giải trình tự gen giữ nhà .42 2.3.3.6 Phân tích kết giải trình tự 44 2.3.3.7 Phân tích kết MLST 45 2.3.5 Xác định yếu tố nguy nhiễm trùng dày ruột Salmonella 46 2.3.5.1 Bảng câu hỏi khảo sát 46 2.3.5.2 Phân tích thống kê phần mềm Stata 47 CHƯƠNG III: KẾT QUẢ-BIỆN LUẬN 3.1 Tỉ lệ nhiễm trùng không triệu chứng trẻ em tuổi thành phố Hồ Chí Minh 49 3.2 Kết kháng sinh đồ chủng Salmonella spp phân lập từ nhóm người bệnh nhóm người khỏe mạnh khơng triệu chứng 49 3.3 Kết phân loại di truyền phương pháp MLST 51 3.3.1 Kết khuếch đại phân đoạn gen bên gen giữ nhà 51 3.3.2 Kết kiểu di truyền týp huyết mẫu phân lập từ nhóm bệnh nhóm mang trùng khơng triệu chứng 52 3.3.3 Đặc điểm gen giữ nhà 55 3.3.4 Kết phát sinh loài .56 3.3.5 Mối quan hệ mẫu NTS phân lập từ nhóm bệnh nhóm mang trùng khơng triệu chứng 58 - 3.4 Phân tích đặc điểm lâm sàng – yếu tố nguy cơ: 61 3.4.1 Đặc điểm lâm sàng bệnh nhiễm trùng dày ruột NTS trẻ em tuổi thành phố Hồ Chí Minh 61 3.4.2 Phác đồ điều trị 63 3.4.3 Sự phân bố ca nhiễm NTS năm .63 3.4.4 Đặc điểm kinh tế xã hội .64 3.4.5 Các yếu tố nguy nhiễm trùng NTS 65 CHƯƠNG IV: KẾT LUẬN-ĐỀ NGHỊ 4.1 Kết luận 69 4.2 Đề nghị 69 TÀI LIỆU THAM KHẢO 70 PHỤ LỤC .81 DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT VÀ KÍ HIỆU AMP Ampicillin AUG Augmentin bp Base pair CAZ Ceftazidime CIP Ciprofloxacin CHL Chloramphenicol CLSI Clinical and Laboratory Standards Institute CN Gentamicin CRO Ceftriaxone dNTP Deoxyribonucleotide triphosphate ddNTP Dideoxyribonucleotide triphosphate DNA Deoxyribonucleic acid MC Mac Conkey MLST Multilocus sequence typing MH Muller-Hinton MLEE Multilocus enzyme electrophoresis MST Minimum spanning tree Na Nalidixic acid NA Nutrition agar NTS Non-Typhi Salmonella OFX Oxfloxacin OR Odds ratio PCR Polymerase chain reaction PSO Polyvalent O PFGE Pulsed field gel electrophoresis SB Selenite broth SLVs Single locus variants ST Sequence type SPI Salmonella Pathogenicity Islands S.Typhimurium Salmonella enterica subspecies enterica serovar Typhimurium SXT Trimethoprim – sulfamethoxazole TBE Tris-borat/EDTA T3SS type three secretion system Tế bào M Microfold cell UV Ultra violet XLD Xylose-Lysine-Deoxychocolate agar DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 2.1 Tiêu chuẩn tính kháng số kháng sinh họ vi khuẩn Enterobacteriaceae 34 Bảng 2.2 Trình tự mồi sử dụng cho phản ứng PCR 37 Bảng 2.3 Thành phần phản ứng PCR 38 Bảng 2.4 Chương trình phản ứng khuếch đại 38 Bảng 2.5 Trình tự mồi cho phản ứng giải trình tự 42 Bảng 2.6 Thành phần phản ứng PCR cho giải trình tự 43 Bảng 2.7 Chương trình phản ứng giải trình tự 44 Bảng 3.1 Kiểu di truyền 174 chủng Salmonella spp 52 Bảng 3.2 Sự phân bố týp huyết nhóm bệnh nhóm mang trùng không triệu chứng 53 Bảng 3.3 Nhóm huyết týp huyết trội nhóm bệnh nhóm mang trùng khơng triệu chứng 55 Bảng 3.4 Đặc điểm gen giữ nhà 56 Bảng 3.5 Đặc điểm lâm sàng bệnh nhiễm trùng dày ruột NTS 62 Bảng 3.6 Phác đồ điều trị cho ca nhiễm NTS 63 Bảng 3.7 Đặc điểm nhóm bệnh nhóm chứng 65 Bảng 3.8 Các yếu tố nguy từ môi trường 66 Bảng 3.9 Mối tương quan yếu tố nguy nhiễm NTS 67 viii DANH MỤC CÁC SƠ ĐỒ VÀ BIỂU ĐỒ Sơ đồ 2.1 Quy trình thực nghiên cứu 29 Biểu đồ 3.1 Tỉ lệ kháng kháng sinh 174 chủng NTS 50 Biểu đồ 3.2 Mối liên hệ số ca nhiễm nhiệt độ trung bình theo tháng 64 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 Feigin, R.D., Textbook of pediatric infectious diseases 5th ed 2004, Philadelphia, Pa.: Saunders Fierer, J (2008),"Salmonella outcomes", J Infect Dis 198(11): p 1724 Fierer, J and Guiney, D.G (2001),"Diverse virulence traits underlying different clinical outcomes of Salmonella infection", J Clin Invest 107(7): p 775-80 Foley, S.L., Zhao, S., and Walker, R.D (2007),"Comparison of molecular typing methods for the differentiation of Salmonella foodborne pathogens", Foodborne Pathog Dis 4(3): p 253-76 Fookes, M., Schroeder, G.N., Langridge, G.C., Blondel, C.J., Mammina, C., Connor, T.R., Seth-Smith, H., Vernikos, G.S., Robinson, K.S., Sanders, M., Petty, N.K., Kingsley, R.A., Baumler, A.J., Nuccio, S.P., Contreras, I., Santiviago, C.A., Maskell, D., Barrow, P., Humphrey, T., Nastasi, A., Roberts, M., Frankel, G., Parkhill, J., Dougan, G., and Thomson, N.R (2011),"Salmonella bongori Provides Insights into the Evolution of the Salmonellae", PLoS Pathog 7(8): p e1002191 Franklin, K., Lingohr, E.J., Yoshida, C., Anjum, M., Bodrossy, L., Clark, C.G., Kropinski, A.M., and Karmali, M.A (2011),"Rapid genoserotyping tool for classification of salmonella serovars", J Clin Microbiol 49(8): p 2954-65 Galanis, E., Lo Fo Wong, D.M., Patrick, M.E., Binsztein, N., Cieslik, A., Chalermchikit, T., Aidara-Kane, A., Ellis, A., Angulo, F.J., and Wegener, H.C (2006),"Web-based surveillance and global Salmonella distribution, 20002002", Emerg Infect Dis 12(3): p 381-8 Gendrel, D., Kombila, M., Beaudoin-Leblevec, G., and Richard-Lenoble, D (1994),"Nontyphoidal salmonellal septicemia in Gabonese children infected with Schistosoma intercalatum", Clin Infect Dis 18(1): p 103-5 Giannella, R.A (1996),"Baron 's Medical Microbiology 4th edition." Epidemiology chapter 21 Gil-Cruz, C., Bobat, S., Marshall, J.L., Kingsley, R.A., Ross, E.A., Henderson, I.R., Leyton, D.L., Coughlan, R.E., Khan, M., Jensen, K.T., Buckley, C.D., Dougan, G., MacLennan, I.C., Lopez-Macias, C., and Cunningham, A.F (2009),"The porin OmpD from nontyphoidal Salmonella is a key target for a protective B1b cell antibody response", Proc Natl Acad Sci U S A 106(24): p 9803-8 Gondwe, E.N., Molyneux, M.E., Goodall, M., Graham, S.M., Mastroeni, P., Drayson, M.T., and MacLennan, C.A (2010),"Importance of antibody and complement for oxidative burst and killing of invasive nontyphoidal Salmonella by blood cells in Africans", Proc Natl Acad Sci U S A 107(7): p 3070-5 Gonzalez-Escobedo, G., Marshall, J.M., and Gunn, J.S (2011),"Chronic and acute infection of the gall bladder by Salmonella Typhi: understanding the carrier state", Nat Rev Microbiol 9(1): p 9-14 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 Gordon, M.A., Graham, S.M., Walsh, A.L., Wilson, L., Phiri, A., Molyneux, E., Zijlstra, E.E., Heyderman, R.S., Hart, C.A., and Molyneux, M.E (2008),"Epidemics of invasive Salmonella enterica serovar enteritidis and S enterica Serovar typhimurium infection associated with multidrug resistance among adults and children in Malawi", Clin Infect Dis 46(7): p 963-9 Gordon, M.A., Kankwatira, A.M., Mwafulirwa, G., Walsh, A.L., Hopkins, M.J., Parry, C.M., Faragher, E.B., Zijlstra, E.E., Heyderman, R.S., and Molyneux, M.E (2010),"Invasive non-typhoid salmonellae establish systemic intracellular infection in HIV-infected adults: an emerging disease pathogenesis", Clin Infect Dis 50(7): p 953-62 Gradel, K.O., Dethlefsen, C., Schonheyder, H.C., Ejlertsen, T., Sorensen, H.T., Thomsen, R.W., and Nielsen, H (2007),"Severity of infection and seasonal variation of non-typhoid Salmonella occurrence in humans", Epidemiol Infect 135(1): p 93-9 Graham, S.M and English, M (2009),"Non-typhoidal salmonellae: a management challenge for children with community-acquired invasive disease in tropical African countries", Lancet 373(9659): p 267-9 Guard-Petter, J (2001),"The chicken, the egg and Salmonella enteritidis", Environ Microbiol 3(7): p 421-30 Guibourdenche, M., Roggentin, P., Mikoleit, M., Fields, P.I., Bockemuhl, J., Grimont, P.A., and Weill, F.X (2010),"Supplement 2003-2007 (No 47) to the White-Kauffmann-Le Minor scheme", Res Microbiol 161(1): p 26-9 Guindon, S., Dufayard, J.F., Lefort, V., Anisimova, M., Hordijk, W., and Gascuel, O (2010),"New algorithms and methods to estimate maximumlikelihood phylogenies: assessing the performance of PhyML 3.0", Syst Biol 59(3): p 307-21 Hathout, S.e.-D., Abd el-Ghaffar, Y., Awny, A.Y., and Hassan, K (1966),"Relation between urinary schistosomiasis and chronic enteric urinary carrier state among Egyptians", Am J Trop Med Hyg 15(2): p 156-61 Heinitz, M.L., Ruble, R.D., Wagner, D.E., and Tatini, S.R (2000),"Incidence of Salmonella in fish and seafood", J Food Prot 63(5): p 579-92 Hien, B.T., Scheutz, F., Cam, P.D., Serichantalergs, O., Huong, T.T., Thu, T.M., and Dalsgaard, A (2008),"Diarrheagenic Escherichia coli and Shigella strains isolated from children in a hospital case-control study in Hanoi, Vietnam", J Clin Microbiol 46(3): p 996-1004 Hien, B.T., Trang do, T., Scheutz, F., Cam, P.D., Molbak, K., and Dalsgaard, A (2007),"Diarrhoeagenic Escherichia coli and other causes of childhood diarrhoea: a case-control study in children living in a wastewater-use area in Hanoi, Vietnam", J Med Microbiol 56(Pt 8): p 1086-96 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 Hung, C.C., Hung, M.N., Hsueh, P.R., Chang, S.Y., Chen, M.Y., Hsieh, S.M., Sheng, W.H., Sun, H.Y., Huang, Y.T., Lo, Y.C., Hsiao, C.F., and Chang, S.C (2007),"Risk of recurrent nontyphoid Salmonella bacteremia in HIV-infected patients in the era of highly active antiretroviral therapy and an increasing trend of fluoroquinolone resistance", Clin Infect Dis 45(5): p e60-7 Ikumapayi, U.N., Antonio, M., Sonne-Hansen, J., Biney, E., Enwere, G., Okoko, B., Oluwalana, C., Vaughan, A., Zaman, S.M., Greenwood, B.M., Cutts, F.T., and Adegbola, R.A (2007),"Molecular epidemiology of communityacquired invasive non-typhoidal Salmonella among children aged 29 months in rural Gambia and discovery of a new serovar, Salmonella enterica Dingiri", J Med Microbiol 56(Pt 11): p 1479-84 Janda, J.M and Abbott, S.L., The enterobacteria 2nd ed 2005, Washington, D.C.: ASM Press ix, 411 Jones, T.F., Ingram, L.A., Cieslak, P.R., Vugia, D.J., Tobin-D'Angelo, M., Hurd, S., Medus, C., Cronquist, A., and Angulo, F.J (2008),"Salmonellosis outcomes differ substantially by serotype", J Infect Dis 198(1): p 109-14 Jones, T.F., Ingram, L.A., Fullerton, K.E., Marcus, R., Anderson, B.J., McCarthy, P.V., Vugia, D., Shiferaw, B., Haubert, N., Wedel, S., and Angulo, F.J (2006),"A case-control study of the epidemiology of sporadic Salmonella infection in infants", Pediatrics 118(6): p 2380-7 Kariuki, S., Revathi, G., Gakuya, F., Yamo, V., Muyodi, J., and Hart, C.A (2002),"Lack of clonal relationship between non-typhi Salmonella strain types from humans and those isolated from animals living in close contact", FEMS Immunol Med Microbiol 33(3): p 165-71 Kariuki, S., Revathi, G., Kariuki, N., Kiiru, J., Mwituria, J., Muyodi, J., Githinji, J.W., Kagendo, D., Munyalo, A., and Hart, C.A (2006),"Invasive multidrugresistant non-typhoidal Salmonella infections in Africa: zoonotic or anthroponotic transmission?" J Med Microbiol 55(Pt 5): p 585-91 Kazemi, M., Gumpert, G., and Marks, M.I (1974),"Clinical spectrum and carrier state of nontyphoidal salmonella infections in infants and children", Can Med Assoc J 110(11): p 1253-7 Khatri, N.S., Maskey, P., Poudel, S., Jaiswal, V.K., Karkey, A., Koirala, S., Shakya, N., Agrawal, K., Arjyal, A., Basnyat, B., Day, J., Farrar, J., Dolecek, C., and Baker, S (2009),"Gallbladder carriage of Salmonella paratyphi A may be an important factor in the increasing incidence of this infection in South Asia", Ann Intern Med 150(8): p 567-8 Kidgell, C., Reichard, U., Wain, J., Linz, B., Torpdahl, M., Dougan, G., and Achtman, M (2002),"Salmonella typhi, the causative agent of typhoid fever, is approximately 50,000 years old", Infect Genet Evol 2(1): p 39-45 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 Kimura, A.C., Palumbo, M.S., Meyers, H., Abbott, S., Rodriguez, R., and Werner, S.B (2005),"A multi-state outbreak of Salmonella serotype Thompson infection from commercially distributed bread contaminated by an ill food handler", Epidemiol Infect 133(5): p 823-8 Kingsley, R.A., Msefula, C.L., Thomson, N.R., Kariuki, S., Holt, K.E., Gordon, M.A., Harris, D., Clarke, L., Whitehead, S., Sangal, V., Marsh, K., Achtman, M., Molyneux, M.E., Cormican, M., Parkhill, J., MacLennan, C.A., Heyderman, R.S., and Dougan, G (2009),"Epidemic multiple drug resistant Salmonella Typhimurium causing invasive disease in sub-Saharan Africa have a distinct genotype", Genome Res 19(12): p 2279-87 Kotetishvili, M., Stine, O.C., Kreger, A., Morris, J.G., Jr., and Sulakvelidze, A (2002),"Multilocus sequence typing for characterization of clinical and environmental salmonella strains", J Clin Microbiol 40(5): p 1626-35 Langridge, G.C., Nair, S., and Wain, J (2009),"Nontyphoidal Salmonella serovars cause different degrees of invasive disease globally", J Infect Dis 199(4): p 602-3 Lawley, T.D., Bouley, D.M., Hoy, Y.E., Gerke, C., Relman, D.A., and Monack, D.M (2008),"Host transmission of Salmonella enterica serovar Typhimurium is controlled by virulence factors and indigenous intestinal microbiota", Infect Immun 76(1): p 403-16 Lazcano-Ponce, E.C., Miquel, J.F., Munoz, N., Herrero, R., Ferrecio, C., Wistuba, II, Alonso de Ruiz, P., Aristi Urista, G., and Nervi, F (2001),"Epidemiology and molecular pathology of gallbladder cancer", CA Cancer J Clin 51(6): p 349-64 Leonard, J., Marshall, J.K., and Moayyedi, P (2007),"Systematic review of the risk of enteric infection in patients taking acid suppression", Am J Gastroenterol 102(9): p 2047-56; quiz 2057 Lepage, P., Bogaerts, J., Van Goethem, C., Hitimana, D.G., and Nsengumuremyi, F (1990),"Multiresistant Salmonella typhimurium systemic infection in Rwanda Clinical features and treatment with cefotaxime", J Antimicrob Chemother 26 Suppl A: p 53-7 Luu, Q.H., Fries, R., Padungtod, P., Tran, T.H., Kyule, M.N., Baumann, M.P., and Zessin, K.H (2006),"Prevalence of Salmonella in retail chicken meat in Hanoi, Vietnam", Ann N Y Acad Sci 1081: p 257-61 Luxemburger, C., Chau, M.C., Mai, N.L., Wain, J., Tran, T.H., Simpson, J.A., Le, H.K., Nguyen, T.T., White, N.J., and Farrar, J.J (2001),"Risk factors for typhoid fever in the Mekong delta, southern Viet Nam: a case-control study", Trans R Soc Trop Med Hyg 95(1): p 19-23 Mackenzie, G., Ceesay, S.J., Hill, P.C., Walther, M., Bojang, K.A., Satoguina, J., Enwere, G., D'Alessandro, U., Saha, D., Ikumapayi, U.N., O'Dempsey, T., 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 Mabey, D.C., Corrah, T., Conway, D.J., Adegbola, R.A., and Greenwood, B.M (2010),"A decline in the incidence of invasive non-typhoidal Salmonella infection in The Gambia temporally associated with a decline in malaria infection", PLoS One 5(5): p e10568 MacLennan, C.A., Gilchrist, J.J., Gordon, M.A., Cunningham, A.F., Cobbold, M., Goodall, M., Kingsley, R.A., van Oosterhout, J.J., Msefula, C.L., Mandala, W.L., Leyton, D.L., Marshall, J.L., Gondwe, E.N., Bobat, S., Lopez-Macias, C., Doffinger, R., Henderson, I.R., Zijlstra, E.E., Dougan, G., Drayson, M.T., MacLennan, I.C., and Molyneux, M.E (2010),"Dysregulated humoral immunity to nontyphoidal Salmonella in HIV-infected African adults", Science 328(5977): p 508-12 MacLennan, C.A., Gondwe, E.N., Msefula, C.L., Kingsley, R.A., Thomson, N.R., White, S.A., Goodall, M., Pickard, D.J., Graham, S.M., Dougan, G., Hart, C.A., Molyneux, M.E., and Drayson, M.T (2008),"The neglected role of antibody in protection against bacteremia caused by nontyphoidal strains of Salmonella in African children", J Clin Invest 118(4): p 1553-62 Maiden, M.C (2006),"Multilocus sequence typing of bacteria", Annu Rev Microbiol 60: p 561-88 Majowicz, S.E., Musto, J., Scallan, E., Angulo, F.J., Kirk, M., O'Brien, S.J., Jones, T.F., Fazil, A., and Hoekstra, R.M (2010),"The global burden of nontyphoidal Salmonella gastroenteritis", Clin Infect Dis 50(6): p 882-9 Mead, P.S., Slutsker, L., Dietz, V., McCaig, L.F., Bresee, J.S., Shapiro, C., Griffin, P.M., and Tauxe, R.V (1999),"Food-related illness and death in the United States", Emerg Infect Dis 5(5): p 607-25 Molbak, K (2005),"Human health consequences of antimicrobial drug-resistant Salmonella and other foodborne pathogens", Clin Infect Dis 41(11): p 1613-20 Mtove, G., Amos, B., von Seidlein, L., Hendriksen, I., Mwambuli, A., Kimera, J., Mallahiyo, R., Kim, D.R., Ochiai, R.L., Clemens, J.D., Reyburn, H., Magesa, S., and Deen, J.L (2010),"Invasive salmonellosis among children admitted to a rural Tanzanian hospital and a comparison with previous studies", PLoS One 5(2): p e9244 Nelson, J.D., Kusmiesz, H., Jackson, L.H., and Woodman, E (1980),"Treatment of Salmonella gastroenteritis with ampicillin, amoxicillin, or placebo", Pediatrics 65(6): p 1125-30 Nguyen, T.V., Le Van, P., Le Huy, C., and Weintraub, A (2004),"Diarrhea caused by rotavirus in children less than years of age in Hanoi, Vietnam", J Clin Microbiol 42(12): p 5745-50 Nielsen, L.R., Schukken, Y.H., Grohn, Y.T., and Ersboll, A.K (2004),"Salmonella Dublin infection in dairy cattle: risk factors for becoming a carrier", Prev Vet Med 65(1-2): p 47-62 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 Nkuo-Akenji, T.K., Ntemgwa, M.L., and Ndip, R.N (2001),"Asymptomatic salmonellosis and drug susceptibility in the Buea District, Cameroon", Cent Afr J Med 47(11-12): p 254-7 Oberhelman, R.A., Flores-Abuxapqui, J., Suarez-Hoil, G., Puc-Franco, M., Heredia-Navarrete, M., Vivas-Rosel, M., Mera, R., and Gutierrez-Cogco, L (2001),"Asymptomatic salmonellosis among children in day-care centers in Merida, Yucatan, Mexico", Pediatr Infect Dis J 20(8): p 792-7 Paton, S., Nicolle, L., Mwongera, M., Kabiru, P., Mirza, N., Plummer, F., and Wamola, I (1991),"Salmonella and Shigella gastroenteritis at a public teaching hospital in Nairobi, Kenya", Infect Control Hosp Epidemiol 12(12): p 710-7 Perron, G.G., Quessy, S., and Bell, G (2008),"A reservoir of drug-resistant pathogenic bacteria in asymptomatic hosts", PLoS One 3(11): p e3749 Phan, T.T., Khai, L.T., Ogasawara, N., Tam, N.T., Okatani, A.T., Akiba, M., and Hayashidani, H (2005),"Contamination of Salmonella in retail meats and shrimps in the Mekong Delta, Vietnam", J Food Prot 68(5): p 1077-80 Ponce, E., Khan, A.A., Cheng, C.M., Summage-West, C., and Cerniglia, C.E (2008),"Prevalence and characterization of Salmonella enterica serovar Weltevreden from imported seafood", Food Microbiol 25(1): p 29-35 Reddy, E.A., Shaw, A.V., and Crump, J.A (2010),"Community-acquired bloodstream infections in Africa: a systematic review and meta-analysis", Lancet Infect Dis 10(6): p 417-32 Rowe, S.Y., Rocourt, J.R., Shiferaw, B., Kassenborg, H.D., Segler, S.D., Marcus, R., Daily, P.J., Hardnett, F.P., and Slutsker, L (2004),"Breast-feeding decreases the risk of sporadic salmonellosis among infants in FoodNet sites", Clin Infect Dis 38 Suppl 3: p S262-70 Samuel, G and Reeves, P (2003),"Biosynthesis of O-antigens: genes and pathways involved in nucleotide sugar precursor synthesis and O-antigen assembly", Carbohydr Res 338(23): p 2503-19 Siggins, M.K., Cunningham, A.F., Marshall, J.L., Chamberlain, J.L., Henderson, I.R., and MacLennan, C.A (2011),"Absent bactericidal activity of mouse serum against invasive African nontyphoidal Salmonella results from impaired complement function but not a lack of antibody", J Immunol 186(4): p 2365-71 Sirichote, P., Bangtrakulnonth, A., Tianmanee, K., Unahalekhaka, A., Oulai, A., Chittaphithakchai, P., Kheowrod, W., and Hendriksen, R.S (2010),"Serotypes and antimicrobial resistance of Salmonella enterica ssp in central Thailand, 2001-2006", Southeast Asian J Trop Med Public Health 41(6): p 1405-15 Sirinavin, S and Garner, P (2000),"Antibiotics for treating salmonella gut infections", Cochrane Database Syst Rev (2): p CD001167 90 91 92 93 94 95 96 97 98 Sirinavin, S., Pokawattana, L., and Bangtrakulnondh, A (2004),"Duration of nontyphoidal Salmonella carriage in asymptomatic adults", Clin Infect Dis 38(11): p 1644-5 Sukhnanand, S., Alcaine, S., Warnick, L.D., Su, W.L., Hof, J., Craver, M.P., McDonough, P., Boor, K.J., and Wiedmann, M (2005),"DNA sequence-based subtyping and evolutionary analysis of selected Salmonella enterica serotypes", J Clin Microbiol 43(8): p 3688-98 Svenungsson, B and Goffe, G (1990),"Persistent excretion of Salmonella in foreign-born adopted and native Swedish children", Scand J Infect Dis 22(1): p 37-42 Switt, A.I., Soyer, Y., Warnick, L.D., and Wiedmann, M (2009),"Emergence, distribution, and molecular and phenotypic characteristics of Salmonella enterica serotype 4,5,12:i", Foodborne Pathog Dis 6(4): p 407-15 Tamura, K., Peterson, D., Peterson, N., Stecher, G., Nei, M., and Kumar, S (2011),"MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods", Mol Biol Evol Thomson, N.R., Clayton, D.J., Windhorst, D., Vernikos, G., Davidson, S., Churcher, C., Quail, M.A., Stevens, M., Jones, M.A., Watson, M., Barron, A., Layton, A., Pickard, D., Kingsley, R.A., Bignell, A., Clark, L., Harris, B., Ormond, D., Abdellah, Z., Brooks, K., Cherevach, I., Chillingworth, T., Woodward, J., Norberczak, H., Lord, A., Arrowsmith, C., Jagels, K., Moule, S., Mungall, K., Sanders, M., Whitehead, S., Chabalgoity, J.A., Maskell, D., Humphrey, T., Roberts, M., Barrow, P.A., Dougan, G., and Parkhill, J (2008),"Comparative genome analysis of Salmonella Enteritidis PT4 and Salmonella Gallinarum 287/91 provides insights into evolutionary and host adaptation pathways", Genome Res 18(10): p 1624-37 Thong, K.L., Goh, Y.L., Radu, S., Noorzaleha, S., Yasin, R., Koh, Y.T., Lim, V.K., Rusul, G., and Puthucheary, S.D (2002),"Genetic diversity of clinical and environmental strains of Salmonella enterica serotype Weltevreden isolated in Malaysia", J Clin Microbiol 40(7): p 2498-503 Tran, T.H., Nguyen, T.D., Nguyen, T.T., Ninh, T.T., Tran, N.B., Nguyen, V.M., Tran, T.T., Cao, T.T., Pham, V.M., Nguyen, T.C., Tran, T.D., Pham, V.T., To, S.D., Campbell, J.I., Stockwell, E., Schultsz, C., Simmons, C.P., Glover, C., Lam, W., Marques, F., May, J.P., Upton, A., Budhram, R., Dougan, G., Farrar, J., Nguyen, V.V., and Dolecek, C (2010),"A randomised trial evaluating the safety and immunogenicity of the novel single oral dose typhoid vaccine M01ZH09 in healthy Vietnamese children", PLoS One 5(7): p e11778 Tran, T.P., Ly, T.L., Nguyen, T.T., Akiba, M., Ogasawara, N., Shinoda, D., Okatani, T.A., and Hayashidani, H (2004),"Prevalence of Salmonella spp in 99 100 101 102 103 104 105 106 107 pigs, chickens and ducks in the Mekong Delta, Vietnam", J Vet Med Sci 66(8): p 1011-4 Ulutan, F (1991),"Effect of quinolones on the duration of Salmonella carriage after acute salmonellosis", Scand J Infect Dis 23(4): p 513-4 Verma, N.K., Quigley, N.B., and Reeves, P.R (1988),"O-antigen variation in Salmonella spp.: rfb gene clusters of three strains", J Bacteriol 170(1): p 1037 Voetsch, A.C., Van Gilder, T.J., Angulo, F.J., Farley, M.M., Shallow, S., Marcus, R., Cieslak, P.R., Deneen, V.C., and Tauxe, R.V (2004),"FoodNet estimate of the burden of illness caused by nontyphoidal Salmonella infections in the United States", Clin Infect Dis 38 Suppl 3: p S127-34 Watera, C., Todd, J., Muwonge, R., Whitworth, J., Nakiyingi-Miiro, J., Brink, A., Miiro, G., Antvelink, L., Kamali, A., French, N., and Mermin, J (2006),"Feasibility and effectiveness of cotrimoxazole prophylaxis for HIV-1infected adults attending an HIV/AIDS clinic in Uganda", J Acquir Immune Defic Syndr 42(3): p 373-8 Weinberger, M., Andorn, N., Agmon, V., Cohen, D., Shohat, T., and Pitlik, S.D (2004),"Blood invasiveness of Salmonella enterica as a function of age and serotype", Epidemiol Infect 132(6): p 1023-8 WHO (2001),"Provisional WHO/UNAIDS recommendations on the use of contrimoxazole prophylaxis in adults and children living with HIV/AIDS in Africa", Afr Health Sci 1(1): p 30-1 Wiegering, V., Kaiser, J., Tappe, D., Weissbrich, B., Morbach, H., and Girschick, H.J (2011),"Gastroenteritis in childhood: a retrospective study of 650 hospitalized pediatric patients", Int J Infect Dis 15(6): p e401-7 Williams, T.N., Uyoga, S., Macharia, A., Ndila, C., McAuley, C.F., Opi, D.H., Mwarumba, S., Makani, J., Komba, A., Ndiritu, M.N., Sharif, S.K., Marsh, K., Berkley, J.A., and Scott, J.A (2009),"Bacteraemia in Kenyan children with sickle-cell anaemia: a retrospective cohort and case-control study", Lancet 374(9698): p 1364-70 Younus, M., Wilkins, M.J., Davies, H.D., Rahbar, M.H., Funk, J., Nguyen, C., Siddiqi, A.E., Cho, S., and Saeed, A.M (2010),"The role of exposures to animals and other risk factors in sporadic, non-typhoidal Salmonella infections in Michigan children", Zoonoses Public Health 57(7-8): p e170-6 TÀI LIỆU INTERNET [108] http://www.who.int/child-adolescenthealth/New_Publications/CHILD_HEALTH/WHO_FCH_CAH_03.7.pdf) [109] http://www.nuigalway.ie/salmonella_lab/phage_typing.html [110] http://www.pulsenetinternational.org/Pages/default.aspx [111] http://www.ykhoanet.com/baigiang/lamsangthongke/lstk15_logistic.pdf ... MLST 19 1.6 Tình trạng mang vi khuẩn khơng triệu chứng S Typhi NTS .22 1.6.1 Tình trạng mang trùng không triệu chứng Typhi Paratyphi A 23 1.6.2 Tình trạng mang trùng NTS ... 1.6.1 Tình trạng mang trùng khơng triệu chứng Typhi Paratyphi A Typhi Paratyphi A sinh sơi tuyến tụy thải ngồi theo phân thời gian dài Con người vật chủ cho Typhi Paratyphi A, người mang trùng không. .. sát tỉ lệ mang trùng không triệu chứng trẻ em tuổi Thành phố Hồ Chí Minh - Xem xét mối tương quan mặt di truyền chủng NTS phân lập từ nhóm bệnh nhóm mang trùng khơng triệu chứng cách sử dụng phương