Phân tích trình t DNAự 1. Sequencing 2. Phân tích chu iỗ 3. Xây d ng cây ph hự ả ệ Sequencing (Sanger) - cũ Sequencing (Sanger) - cũ A C G T A C G T A C G T Sequencing (Sanger) - cũ Sequencing (Sanger) - new Bigdye terminator Sequencing v iớ BigDye terminator Sequencing (Sanger) – đ c k t ọ ế qu ả Đi n di gelệ Sequencing (Sanger) – đ c k t ọ ế qu ả Đi n di mao qu nệ ả Điện di gel Applied Biosystems PRISM 377 (Gel, 34-96 lanes) Điện di mao quản Applied Biosystems PRISM 3700 (Capillary, 96 capillaries) Sequencing (Sanger) – đ c k t ọ ế qu ả Sequencing (Sanger) – k t qu ế ả Sequencing (Sanger) – k t qu ế ả Ví d : Sequence gen S9 c a rice rugged stunt ụ ủ virus (RRSV) 1. RT-PCR 2. Thôi gel 3. Sequencing 2 chi uề 4. Ki m tra sequenceể 5. Biên t p sequenceậ Ph n m m biên t pầ ề ậ - SeqMan (DNASTAR = $$$) - DNA Baser (free) [...]... Bioedit Phân tích DNA Xác định khoảng cách di  truyền thay thế nts trên vị trí là số A = ? thay thế B = ? thay thế Phải dùng mô hình thay thế Vd: dùng Jukes-Cantor 3.8/11 vị trí (0.346/vị trí) Phân tích DNA Xác định khoảng cách di truyền  Tính khoảng cách di truyền của 5 chuỗi 16S RNA của 5 vi khuẩn  Phần mềm MEGA Phân tích DNA Xây dựng cây phả hệ Các thuật ngữ Các thuật ngữ time - taxa - sister taxa -. . .Phân tích DNA Tìm kiếm chuỗi trên ngân hàng gen  Ngân hàng gen (Genbank)  NCBI (National Center for Biotechnology Information) Tìm kiếm chuỗi S9 Cần Thơ Phân tích DNA Căn trình tự đa chuỗi (multiple sequence alignment)  Căn trình tự đa chuỗi 16S RNA của 5 vi khuẩn  Phần mềm ClustalX Phân tích DNA Xác định mức đồng nhất nucleotide  Xác định mức... khoảng cách - NJ  Không dựa trên giả thuyết đồng hồ sinh học  Tạo ra một cây không rễ  Khoảng cách di truyền có tính cộng  Cây được xây dựng bằng cách tìm một cặp chuỗi lân cận mà chúng giảm thiểu độ dài của cây Phương pháp khoảng cách - NJ  Xây dựng cây phả hệ của 5 chuỗi 16S RNA của 5 vi khuẩn  Phần mềm MEGA Phương pháp khoảng cách - NJ 0.0000 Xo-16S-AP008229 99 0.1046 0.4925 Xo-16S-X95921 0.0000... dựng cây phả hệ của 5 chuỗi 16S RNA của 5 vi khuẩn  Phần mềm MEGA Phương pháp khoảng cách - NJ 0.0000 Xo-16S-AP008229 99 0.1046 0.4925 Xo-16S-X95921 0.0000 0.1809 0.5704 100 0.1030 Dt-16S-AJ864721 Xc-16S-AE00892 Rs-16S-CU914168 0.1 0.0716 ... thuật ngữ time - taxa - sister taxa - common ancestor - clade - nodes - branches - root Ý nghĩa các chiều Taxon B Taxon C Taxon A Không có ý nghĩa Taxon D Taxon E • Không có scale => không có ý nghĩa => cladograms • Có scale, tỷ lệ với KCDT => có ý nghĩa => phylograms (= additive trees) • Có scale, tỷ lệ với thời gian => có ý nghĩa => cây tiến hóa thực (=ultrametric trees) Ý nghĩa các chiều Cladogram... B A D C B D A A D C B Số lượng cây (2N - 5)!! = số cây không rễ (2N - 3)!! = Số cây có rễ Cây đúng? Phương pháp xây dựng cây 1 Parsimony 2 Khoảng cách 3 Maximum likelyhood Parsimony  Đánh giá sai khác nucleotide tại từng vị trí  Cho điểm các cây có thể  Cây tốt nhất là cây có tổng số thay đổi tiến hóa (số thay thế nucleotide) ít nhất Parsimony Ch l y ví d 2 trong s 15 cây có th V trí 1 2 3 4 5 Taxa . Phân tích trình t DNA 1. Sequencing 2. Phân tích chu iỗ 3. Xây d ng cây ph hự ả ệ Sequencing (Sanger) - cũ Sequencing (Sanger) - cũ A C G T A C G T A C G T Sequencing (Sanger) - cũ . ủ virus (RRSV) 1. RT-PCR 2. Thôi gel 3. Sequencing 2 chi uề 4. Ki m tra sequenceể 5. Biên t p sequenceậ Ph n m m biên t pầ ề ậ - SeqMan (DNASTAR = $$$) - DNA Baser (free) Phân tích DNA Tìm ki m. Phân tích DNA Xây d ng cây ph hự ả ệ Các thu t ậ ngữ - taxa - sister taxa - common ancestor - clade - nodes - branches - root time Các thu t ậ ngữ Taxon A Taxon B Taxon C Taxon E Taxon