Đang tải... (xem toàn văn)
Đặc điểm dịch tễ học phân tử về gen độc lực và gen kháng kháng sinh của Enterococus faecalis phân lập từ người, động vật, thực phẩm, ngoại cảnhĐặc điểm dịch tễ học phân tử về gen độc lực và gen kháng kháng sinh của Enterococus faecalis phân lập từ người, động vật, thực phẩm, ngoại cảnhĐặc điểm dịch tễ học phân tử về gen độc lực và gen kháng kháng sinh của Enterococus faecalis phân lập từ người, động vật, thực phẩm, ngoại cảnhĐặc điểm dịch tễ học phân tử về gen độc lực và gen kháng kháng sinh của Enterococus faecalis phân lập từ người, động vật, thực phẩm, ngoại cảnhĐặc điểm dịch tễ học phân tử về gen độc lực và gen kháng kháng sinh của Enterococus faecalis phân lập từ người, động vật, thực phẩm, ngoại cảnhĐặc điểm dịch tễ học phân tử về gen độc lực và gen kháng kháng sinh của Enterococus faecalis phân lập từ người, động vật, thực phẩm, ngoại cảnhĐặc điểm dịch tễ học phân tử về gen độc lực và gen kháng kháng sinh của Enterococus faecalis phân lập từ người, động vật, thực phẩm, ngoại cảnhĐặc điểm dịch tễ học phân tử về gen độc lực và gen kháng kháng sinh của Enterococus faecalis phân lập từ người, động vật, thực phẩm, ngoại cảnhĐặc điểm dịch tễ học phân tử về gen độc lực và gen kháng kháng sinh của Enterococus faecalis phân lập từ người, động vật, thực phẩm, ngoại cảnhĐặc điểm dịch tễ học phân tử về gen độc lực và gen kháng kháng sinh của Enterococus faecalis phân lập từ người, động vật, thực phẩm, ngoại cảnhĐặc điểm dịch tễ học phân tử về gen độc lực và gen kháng kháng sinh của Enterococus faecalis phân lập từ người, động vật, thực phẩm, ngoại cảnhĐặc điểm dịch tễ học phân tử về gen độc lực và gen kháng kháng sinh của Enterococus faecalis phân lập từ người, động vật, thực phẩm, ngoại cảnhĐặc điểm dịch tễ học phân tử về gen độc lực và gen kháng kháng sinh của Enterococus faecalis phân lập từ người, động vật, thực phẩm, ngoại cảnhĐặc điểm dịch tễ học phân tử về gen độc lực và gen kháng kháng sinh của Enterococus faecalis phân lập từ người, động vật, thực phẩm, ngoại cảnhĐặc điểm dịch tễ học phân tử về gen độc lực và gen kháng kháng sinh của Enterococus faecalis phân lập từ người, động vật, thực phẩm, ngoại cảnhĐặc điểm dịch tễ học phân tử về gen độc lực và gen kháng kháng sinh của Enterococus faecalis phân lập từ người, động vật, thực phẩm, ngoại cảnhĐặc điểm dịch tễ học phân tử về gen độc lực và gen kháng kháng sinh của Enterococus faecalis phân lập từ người, động vật, thực phẩm, ngoại cảnhĐặc điểm dịch tễ học phân tử về gen độc lực và gen kháng kháng sinh của Enterococus faecalis phân lập từ người, động vật, thực phẩm, ngoại cảnhĐặc điểm dịch tễ học phân tử về gen độc lực và gen kháng kháng sinh của Enterococus faecalis phân lập từ người, động vật, thực phẩm, ngoại cảnhĐặc điểm dịch tễ học phân tử về gen độc lực và gen kháng kháng sinh của Enterococus faecalis phân lập từ người, động vật, thực phẩm, ngoại cảnhĐặc điểm dịch tễ học phân tử về gen độc lực và gen kháng kháng sinh của Enterococus faecalis phân lập từ người, động vật, thực phẩm, ngoại cảnhĐặc điểm dịch tễ học phân tử về gen độc lực và gen kháng kháng sinh của Enterococus faecalis phân lập từ người, động vật, thực phẩm, ngoại cảnhĐặc điểm dịch tễ học phân tử về gen độc lực và gen kháng kháng sinh của Enterococus faecalis phân lập từ người, động vật, thực phẩm, ngoại cảnh
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI HOÀNG THỊ AN HÀ ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC PHÂN TỬ VỀ GEN ĐỘC LỰC, GEN KHÁNG KHÁNG SINH CỦA ENTEROCOCCUS FAECALIS PHÂN LẬP TỪ NGƯỜI, ĐỘNG VẬT, THỰC PHẨM, NGOẠI CẢNH LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC HÀ NỘI – 2023 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI HOÀNG THỊ AN HÀ ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC PHÂN TỬ VỀ GEN ĐỘC LỰC, GEN KHÁNG KHÁNG SINH CỦA ENTEROCOCCUS FAECALIS PHÂN LẬP TỪ NGƯỜI, ĐỘNG VẬT, THỰC PHẨM, NGOẠI CẢNH Chuyên ngành: Vi sinh Ngành: Khoa học y sinh Mã số: 9720101 LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC Người hướng dẫn khoa học: 1 PGS – TS Nguyễn Vũ Trung 2 TS Trần Huy Hoàng HÀ NỘI - 2023 LỜI CẢM ƠN Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến PGS.TS.BS Nguyễn Vũ Trung, Viện trưởng Viện Pasteur thành phố Hồ Chí Minh đã tận tình giúp đỡ, động viên và hướng dẫn tôi trong suốt quá trình học tập nghiên cứu Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến TS.BS Trần Huy Hoàng, Trưởng phòng Kháng Kháng sinh, Phó Trưởng khoa Vi khuẩn, Viện vệ sinh Dịch tễ Trung ương, người thầy luôn có những ý tưởng sáng tạo về nội dung, phương pháp nghiên cứu, đã luôn lo lắng, tận tình chỉ bảo và tạo mọi điều kiện tốt nhất giúp tôi hoàn thành luận luận án này Trân trọng biết ơn Thầy Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến các thầy cô giáo Bộ môn Vi sinh, Trường Đại học Y Hà Nội đã nhiệt tình giảng dạy và tạo điều kiện thuân lợi nhất cho tôi trong suốt quá trình học tập tại Bộ môn đồng thời có những ý kiến đóng góp quí báu giúp bản luận án này được hoàn thiện hơn Tôi cũng xin gửi lời cảm ơn tới Ban lãnh đạo Viện vệ sinh dịch tễ Trung ương, lãnh đạo và tập thể khoa Vi khuẩn, đặc biệt là các anh chị em phòng thí nghiệm Kháng kháng sinh đã tạo điều kiện thuận lợi, giúp đỡ và đồng hành cùng tôi trong suốt thời gian nghiên cứu Tôi xin trân trọng cảm ơn quỹ NAFOSTED đã hỗ trợ kinh phí từ đề tài mã số: 108.02-2017.320 do tiến sỹ Trần Huy Hoàng làm chủ nhiệm để chúng tôi có thể hoàn thành nghiên cứu này Với tất cả sự kính trọng, tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành tới các thầy cô Ban Giám hiệu, Phòng Đào tạo Sau đại học Trường Đại học Y Hà Nội đã luôn giúp đỡ các học viên với thái độ nhiệt tình, vô tư và thân thiện Cảm ơn cô Đoàn Thị Thu Huyền đã song hành cùng nghiên cứu sinh khóa 37 chúng em Xin chân thành cảm ơn Ban giám hiệu Trường Đại học Y khoa Vinh, các phòng ban liên quan, các giảng viên bộ môn Vi sinh, Ký sinh trùng đã tạo mọi điều kiện thuận lợi về chế độ và thời gian giảng dạy để tôi có thể tập trung hoàn thành luận án Xin chân thành cảm ơn các đồng nghiệp, bạn bè đã chia sẻ, động viên khuyến khích và giúp đỡ tôi trong suốt quá trình học tập Cuối cùng tôi xin ghi nhớ công ơn sinh thành, nuôi dưỡng, dạy dỗ của bố mẹ hai bên và sự ủng hộ, động viên, thương yêu, chăm sóc, khích lệ của chồng, con và các em, những người luôn ở bên và là chỗ dựa vững chắc để tôi yên tâm học tập và hoàn thành luận án này Hà Nội, ngày 2 tháng 8 năm 2023 Nghiên cứu sinh Hoàng Thị An Hà LỜI CAM ĐOAN Tôi là Hoàng Thị An Hà, nghiên cứu sinh khóa 37, Trường Đại học Y Hà Nội, chuyên ngành Vi sinh y học, xin cam đoan: 1 Đây là luận án do bản thân tôi trực tiếp thực hiện dưới sự hướng dẫn của Thầy Nguyễn Vũ Trung và Thầy Trần Huy Hoàng 2 Công trình này hoàn toàn không trùng lặp với bất kỳ nghiên cứu nào khác đã được công bố tại Việt Nam 3 Các số liệu và thông tin trong nghiên cứu là hoàn toàn chính xác, trung thực và khách quan, đã được xác nhận và chấp thuận của cơ sở nơi nghiên cứu Tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm trước pháp luật về những cam kết này Hà Nội, ngày 2 tháng 8 năm 2023 Người viết cam đoan Hoàng Thị An Hà MỤC LỤC ĐẶT VẤN ĐỀ .1 Chương 1 3 TỔNG QUAN .3 1.1 Tổng quan về E faecalis 3 1.1.1 Đặc điểm sinh học của E faecalis 3 1.1.2 Khả năng gây bệnh 15 1.1.3 Phân bố của Enterococcus 20 1.1.4 Các cơ chế kháng kháng sinh của Enterococcus faecalis 25 1.1.5 Tiếp cận một sức khỏe 35 1.2 Các kỹ thuật phát hiện vi khuẩn kháng kháng sinh, gen đề kháng và mối liên hệ kiểu gen giữa các chủng 36 1.2.1 Kỹ thuật phát hiện vi khuẩn kháng kháng sinh 36 1.2.2 Các kỹ thuật sinh học phân tử phát hiện gen kháng kháng sinh 42 1.2.3.Các kỹ thuật sinh học phân tử phát hiện mối liên hệ kiểu gen giữa các chủng vi khuẩn 48 1.3 Tính thời sự, tính mới của nghiên cứu .53 1.3.1 Tính thời sự 53 1.3.2 Tính mới 54 Chương 2 .55 ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .55 2.1 Địa điểm nghiên cứu 55 2.1.1 Địa điểm lấy mẫu 55 2.1.2 Địa điểm thực hiện các xét nghiệm phân tích vi sinh 55 2.2 Thiết kế nghiên cứu 55 2.3 Thời gian nghiên cứu 55 2.4 Đối tượng nghiên cứu 55 2.5 Cỡ mẫu nghiên cứu 57 2.6 Phương pháp và phương tiện nghiên cứu 57 2.6.1 Phương pháp lựa chọn mẫu 58 2.6.2 Phương pháp lấy mẫu xét nghiệm .58 2.6.3 Nuôi cấy, phân lập, định danh vi khuẩn .60 2.6.4 Kháng sinh đồ với các vi khuẩn E faecalis 60 2.6.5 PCR phát hiện các gen liên quan tới độc lực và kháng kháng sinh 62 2.6.6 Phân tích mối liên hệ kiểu gen bằng kỹ thuật PFGE 65 2.6.7 Kỹ thuật giải trình tự toàn bộ bộ gen Whole genome sequencing (WGS) 66 2.7 Các chỉ số, biến số nghiên cứu 69 2.8 Thu thập và phân tích số liệu .71 2.9 Khống chế sai số 72 2.10 Đạo đức nghiên cứu 72 2.11 Sơ đồ tóm tắt nghiên cứu 73 Chương 3 .74 KẾT QUẢ 74 3.1 Đặc điểm dịch tễ học của E faecalis 74 3.1.1 Tỷ lệ E faecalis phân lập được trong nghiên cứu 74 3.1.2 Mức độ nhạy cảm của E faecalis với các loại kháng sinh 74 3.2 Gen liên quan tới độc lực và gen kháng kháng sinh của các chủng E.faecalis 78 3.2.1 Gen độc lực 78 3.2.2 Các gen độc lực trong các chủng E faecalis từ các nguồn khác nhau 78 3.2.2 Gen liên quan đến kháng kháng sinh 79 3.2.3 Tỷ lệ gen kháng kháng sinh trong các chủng E faecalis đề kháng theo nguồn gốc phân lập được .81 3.3 Mối liên hệ kiểu gen giữa các chủng E faecalis bằng kỹ thuật PFGE .88 3.4 Đặc điểm sinh học phân tử các chủng giải trình tự toàn bộ bộ gen (WGS) 93 3.4.1 Kiểu ST của các chủng E faecalis 93 3.4.2 Các gen độc lực 96 3.4.3 Các gen kháng kháng sinh 97 3.4.4 Các loại plasmid trong các chủng E faecalis 103 3.4.5 Mối liên hệ kiểu gen của các chủng mang optrA .104 Chương 4 111 BÀN LUẬN .111 4.1 Đặc điểm dịch tễ học của E faecalis 111 4.1.1 Tỷ lệ phân lập E faecalis 111 4.1.2 Mức độ nhạy cảm của E faecalis với các loại kháng sinh 115 4.2 Các gen độc lực và gen liên quan đến kháng kháng sinh của E faecalis 127 4.2.1 Các gen độc lực 127 4.2.2 Các gen liên quan đến kháng kháng sinh 142 4.2.3 Các plasmid trong E faecalis 163 4.3 Mối liên hệ kiểu gen giữa các chủng E faecalis 167 4.3.1 Mối liên hệ kiểu gen xác định bằng kỹ thuật PFGE 167 4.3.2 Mối liên hệ kiểu gen xác định bằng kỹ thuật MLST và WGS 170 4.5 Hạn chế của nghiên cứu 173 KẾT LUẬN .174 ĐÓNG GÓP MỚI CỦA LUẬN ÁN KHUYẾN NGHỊ DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH CÔNG BỐ KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẲT AME Aminoglycoside modifying enzyme ABC (Enzym biến đổi aminoglycosid) ABR ATP-binding cassette AMR (Hệ thống vận chuyển liên kết ATP) AS Antibiotic resistance AST (Kháng kháng sinh) ATCC Antimicrobial Resistance BSI (Kháng chất kháng khuẩn) CAUTI Aggregation substance CLSI (Chất kết tập) DANMAP Antimicrobial susceptibility testing (Thử nghiệm mức độ nhạy cảm với kháng sinh) DAP American Type Culture Collection ECM (Ngân hàng chủng chuẩn vi sinh vật Hoa Kỳ) EDTA Bloodstream infections (Nhiễm khuẩn huyết) Catheter-Associated Urinary Tract Infection (Nhiễm trùng đường tiết niệu liên quan đến ống thông) The Clinical and Laboratory Standards Institute (Viện Tiêu chuẩn Lâm sàng và Xét nghiệm) Danish Integrated Antimicrobial Resistance Monitoring and Research Programme Chương trình nghiên cứu và kháng sát kháng thuốc của Đan Mạch Daptomycin Extracellular matrix Chất nền ngoại bào Ethylene diamine tetraacetic acid ESBL Extended-spectrum beta-lactamase EUCAST (Men beta-lactamase phổ rộng) European Committee on Antimicrobial Susceptibility FDA Testing GRE Ủy ban Châu Âu về Thử nghiệm độ nhạy cảm với HLAR kháng sinh HLGR Food and Drug Administration HLSR (Cục quản lý Thực phẩm và Dược phẩm Hoa Kỳ) LD50 Glycopeptide resistant enterococci I (Enterococci kháng glycopeptid) ICU High level aminoglycoside resistance IE (Kháng aminoglycoside mức độ cao) KS High level gentamicin resistance LEADER (Kháng gentamicin mức độ cao) High level streptomycin resistance LZD (Kháng g streptomycin mức độ cao) MDR Lethal Dose 50 Liều chết 50 Intermediary (Trung gian) Intensive care unit (Đơn vị chăm sóc tích cực) Infective endocarditis (Viêm nội tâm mạc) Kháng sinh Linezolid Experience and Accurate Determination of Resistance Thử nghiệm và xác định đề kháng linezolid Linezolid Multiple drug resistance (Đa kháng thuốc) MDRO Multidrug-resistant organism MGEs (Vi khuẩn đa kháng) MFS Mobile genetic elements MIC Các yếu tố di truyền động MLSA Major Facilitator Superfamily MLSB Hệ thống vận chuyển cơ chất MLST Minimal Inhibitory concentration MSCRAMM (Nồng độ ức chế tối thiểu) Macrolide-Lincosamide-Streptogramin A MRSA Macrolide-Lincosamide-Streptogramin B NGS Multilocus sequence typing NIHE (Chuỗi trình tự đa điểm) NKBV Microbial surface components recognizing adhesive NKH matrix molecules NKTN Ma trận phân tử kết dính nhận biết các thành phần bề mặt PAI của vi khuẩn PCR Methicillin-resistant Staphylococcus aureus PBP (Tụ cầu vàng kháng Methicillin) Next-generation sequencing Giải trình tự gen thế hệ mới National Institute of Hygiene and Epidemiology (Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương) Nhiễm khuẩn bệnh viện Nhiễm khuẩn huyết Nhiễm khuẩn tiết niệu Pathogenicity island Đảo bệnh sinh Polymerase Chain Reaction (Phản ứng khuếch đại gen) Penicillin binding protein (Protein gắn penicillin)