Đang tải... (xem toàn văn)
Đánh giá đa dạng di truyền một số mẫu giống bình vôi (Stephania Rotunda Lour.) sử dụng chỉ thị RAPD. Kết quả tách chiết DNA 32 mẫu giống bình vôi sử dụng quy trình CTAB thu được đáp ứng tốt cho mục đích sử dụng làm khuôn cho phản ứng RAPD – PCR với chỉ số độ tinh sạch DNA (OD260280) dao động từ 1,71 – 2,07; nồng độ DNA đạt dao động 117 – 1054 ngµl.
HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỀ TÀI: ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN MỘT SỐ MẪU BÌNH VƠI (STEPHANIA ROTUNDA LOUR.) SỬ DỤNG CHỈ THỊ RAPD Hà Nội – 2022 HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỀ TÀI: ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN MỘT SỐ MẪU BÌNH VƠI (STEPHANIA ROTUNDA LOUR.) SỬ DỤNG CHỈ THỊ RAPD Người thực Lớp Khoá Chuyên ngành Giáo viên hướng dẫn : : : : : ĐẶNG HUYỀN TRANG K63CNSHD 63 CÔNG NGHỆ SINH HỌC TS NINH THỊ THẢO Hà Nội - 2022 LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan khóa luận tốt nghiệp “Đánh giá đa dạng di truyền số mẫu bình vơi (Stephania rotunda Lour.) sử dụng thị RAPD” cơng trình nghiên cứu riêng hướng dẫn TS Ninh Thị Thảo Các nội dung nghiên cứu, số liệu kết nghiên cứu trung thực chưa cơng bố cơng trình Nếu phát gian lận tơi xin chịu hồn tồn trách nhiệm LỜI CẢM ƠN Khoá luận tốt nghiệp với đề tài “Đánh giá đa dạng di truyền số mẫu bình vơi (Stephania rotunda Lour.) sử dụng thị RAPD” kết trình cố gắng thân với giúp đỡ tận tình, động viên khích lệ thầy cơ, bạn bè người thân Qua đây, em xin gửi lời cảm ơn chân thành đến người giúp đỡ em thời gian học tập – nghiên cứu khoa học vừa qua Em xin trân trọng gửi đến cô TS Ninh Thị Thảo, người trực tiếp tận tình hướng dẫn cung cấp tài liệu, thông tin khoa học cần thiết cho luận lời cảm ơn chân thành sâu sắc Em xin cảm ơn quý thầy, cô giáo Bộ môn Công nghệ sinh học Thực vật tạo điều kiện tốt giúp đỡ em suốt q trình thực khố luận tốt nghiệp Em xin chân thành cảm ơn thầy, cô giáo Khoa Công nghệ sinh học giảng viên trường Học viện Nơng nghiệp Việt Nam tận tình giảng dạy, trang bị cho em kiến thức quý giá suốt quãng thời gian học tập Học viện Cuối cùng, em xin gửi lời cảm ơn tới gia đình, bạn bè, người thân bên cạnh ủng hộ, khích lệ tinh thần giúp em hồn thành khố luận tốt nghiệp Do giới hạn kiến thức khả lý luận thân cịn nhiều thiếu sót hạn chế, kính mong dẫn đóng góp thầy, cô để luận em hoàn thiện Em xin chân thành cảm ơn! Hà Nội, ngày 09 tháng năm 2022 Sinh viên thực ĐẶNG HUYỀN TRANG MỤC LỤC TÓM TẮT PHẦN I MỞ ĐẦU 10 1.1 Đặt vấn đề 10 1.2 Mục tiêu yêu cầu 10 PHẦN II TỔNG QUAN TÀI LIỆU 11 2.1 Tổng quan bình vơi .11 2.1.1 Nguồn gốc phân loại 11 2.1.2 Đặc điểm sinh học bình vơi 12 2.1.3 Giá trị kinh tế giá trị dược liệu bình vơi 13 2.1.4 Tình hình nghiên cứu bình vơi giới Việt Nam .15 2.2 Chỉ thị phân tử ứng dụng thị phân tử phân tích đa dạng di truyền 16 2.2.1 Khái niệm thị phân tử 16 2.2.2 Chỉ thị RAPD 17 2.3 Các nghiên cứu sử dụng thị phân tử (RAPD) phân tích đa dạng di truyền dược liệu giới Việt Nam 18 2.3.1 Các nghiên cứu sử dụng thị RAPD phân tích đa dạng di truyền dược liệu giới 18 2.3.2 Các nghiên cứu sử dụng thị RAPD phân tích đa dạng di truyền dược liệu Việt Nam 19 PHẦN III VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 20 3.1 Vật liệu, địa điểm thời gian nghiên cứu 20 3.2 Hoá chất 21 3.3 Nội dung phương pháp nghiên cứu 22 3.3.1 Nội dung nghiên cứu 22 3.3.2 Phương pháp nghiên cứu 22 PHẦN IV KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 26 4.1 Kết tách chiết DNA tổng số .26 4.2 Kết RAPD-PCR .28 4.3 Kết phân tích đa dạng di truyền thị RAPD 28 4.4 Thảo luận 37 PHẦN V KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 37 5.1 Kết luận 37 5.2 Kiến nghị 38 TÀI LIỆU THAM KHẢO 38 PHỤ LỤC 40 DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT Từ viết tắt AFLP cs DNA ISSR RAPD PCR PIC RFLP Rp SSR TAE Tên đầy đủ Amplified Fragment Length Polymorphism Cộng Deoxyribonucleic acid Inter-Simple Sequence Repeats Random Amplified Polymorphism DNA Polymerase Chain Reaction Polymorphic Information Content Restriction Fragment Length Polymorphism Resolving power Simple Sequence Repeat Tris base, acetic acid and EDTA DANH MỤC BẢNG Bảng 2.1 Phân loại khoa học chi Bình vơi (Stephania spp) Bảng 3.1 Danh sách 32 mẫu giống bình vơi sử dụng nghiên cứu Bảng 3.2 Hoá chất sử dụng nghiên cứu Bảng 3.3 Danh sách mồi RAPD sử dụng nghiên cứu Bảng 3.4 Thành phần phản ứng RAPD-PCR Bảng 3.5 Chu kì nhiệt phản ứng RAPD-PCR Bảng 4.1 Kết số OD nồng độ DNA 32 mẫu bình vơi nghiên cứu Bảng 4.3 Kết phân tích 14 mồi RAPD Bảng 4.4 Giá trị PIC Rp 14 mồi RAPD Bảng 4.5 Hệ số tương đồng 32 mẫu giống bình vơi sử dụng thị RAPD DANH MỤC HÌNH Hình 2.1 Cây bình vơi Hình 4.1 Hình ảnh điện di sản phẩm DNA tổng số 32 mẫu bình vơi Hình 4.2 Kết chạy điện di sản phẩm RAPD-PCR mồi OPA01 Hình 4.3 Hình ảnh điện di sản phẩm RAPD-PCR mồi OPC03 Hình 4.4 Hình ảnh điện di sản phẩm RAPD-PCR mồi OPO01 Hình 4.5 Sơ đồ quan hệ di truyền 32 mẫu bình vơi dựa thị RAPD TĨM TẮT Phân tích đa dạng di truyền 32 mẫu giống bình vơi thị phân tử RAPD Tách chiết DNA tổng số mẫu có độ tinh DNA cao nồng độ DNA cao Sau phân tích 14 mồi RAPD kết thu cho thấy tất mồi cho đa hình Các mồi tạo 1346 băng, trung bình 42,06 băng mẫu bình vơi 96,14 băng/mồi Hệ số đa hình PIC biến động từ 0,09 đến 0,35 số sai khác 14 mồi RAPD (Rp) dao động từ 0,31 đến 0,97 Hệ số tương đồng 32 mẫu giống bình vôi biến động từ 0,478 – 0,956 Ở mức khoảng cách di truyền trung bình (0,752), 32 mẫu bình vơi nghiên cứu phân bố vào nhóm sơ đồ quan hệ di truyền PHẦN I MỞ ĐẦU 1.1 Đặt vấn đề Cây bình vơi (Stephania rotunda Lour.) tìm thấy vùng có núi đá như: Hà Giang, Tun Quang, Hịa Bình, Hà Nam, Hải Phòng, Cao Bằng, Bắc Kạn, Lạng Sơn, Trong củ bình vơi có chứa alkaloid bao gồm Ltetrahydropalmatin (rotundin), stepharin, roemerin, cycleanin Ngồi cịn có tinh bột, đường khử oxygen, acid malic, men oxydase Rotundin có tác dụng giảm đau, an thần, gây ngủ hiệu quả, điều hòa hô hấp tim mạch Hàm lượng hoạt chất có củ bình vơi tươi khoảng 0,12 – 0,3% Roemerin có tác dụng gây tê niêm mạc, giãn mạch, hạ huyết áp Cepharanthin coi chất có tác dụng kích thích miễn dịch làm giảm nhẹ cách hữu hiệu tác dụng phụ thuốc chống ung thư Ngồi cơng dụng điều trị bệnh, củ bình vơi cịn dùng làm vật trang trí nhiều người ưa chuộng Trong năm gần đây, thị phân tử RAPD, ISSR, SSR, DNA Barcode sử dụng phổ biến đánh giá di truyền xây dựng phân loài Việc nghiên cứu đa dạng di truyền giống bình vơi cung cấp liệu mức độ phân tử, giúp cho việc lai chọn tạo giống tiết kiệm thời gian công sức Nghiên cứu đa dạng di truyền tạo sở khoa học cho bảo tồn nguồn gen loài Tuy nhiên nghiên cứu đa dạng di truyền bình vơi Việt Nam giới mẻ Đề tài “Đánh giá đa dạng di truyền số mẫu giống bình vôi (Stephania rotunda Lour.) sử dụng thị RAPD” tiến hành để đánh giá đa dạng nguồn gen 32 giống bình vơi thu thập số tỉnh thành Việt Nam, từ đưa nhận định ban đầu quan hệ di truyền giống bình vơi, góp phần cung cấp liệu sử dụng công tác bảo tồn lai tạo giống bình vơi phục vụ sản xuất 1.2.Mục tiêu yêu cầu 1.2.1 Mục tiêu Xác định mối quan hệ di truyền 32 giống bình vơi dựa thị phân tử RAPD nhằm phục vụ cho công tác bảo tồn, phân loại chọn tạo giống 1.2.2 Yêu cầu - Tách chiết DNA tổng số đảm bảo đạt tiêu chuẩn để làm khuôn cho phản ứng PCR - Thiết lập thành phần điều kiện phản ứng RAPD - PCR phù hợp cho sản phẩm có tính lặp lại cao, sản phẩm sau điện di cho vạch băng rõ ràng, sắc nét